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知识发现与知识转化: benlion 2016-11-8 18:46; - 瑞士ETH-D-BSSE研究中心（ https://www.bsse.ethz.ch/research/research-groups.html ） - 第6届国际合成生物学会议（ http://sb6.biobricks.org/about/series/ ）和论文集（ http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/sb500085b ） - 系统与合成生物学国际会议（ http://syntheticbiology.conferenceseries.com/ ）; 个人分类: 工业化科学|1869 次阅读|0 个评论

人工科学与工业科学时代: benlion 2016-11-8 13:41; 从知识的发现到知识的转化，包括，管理的知识与知识的传授等，并导致自然资源转变到人工客体，构成人类社会的文化与信息增长，也就是走向知识化社会的过程。自科学革命到工业革命，从手工业转换到机器化工业，经历了物理-化学、社会-语言学和生物-心理学的建立过程，而后，又形成了认知与计算机科学、纳米与微电子科学等工程与人工科学，从而，将在未来转换到工业规模的科学，比如，智能机器与工程生物等人工系统的研究与开发，企业的工业组织将成为科学与工程发展的重要机构。在研究与开发机构，基础知识的发现，成为社会共享的公益事业，而知识的转化，在企业的制造与营销过程，形成资本与技术结合的资本增值，资本就是投入生产的有形和无形资产，有形资产是2）仪器和设备等，而无形资产就是1）技术与设计等，至于3）整个过程的管理与决策也是属于社会科学范畴，也就是1）、2）和3）体现或凝聚的都是知识。机器化工业经历了机械化与电气化、自动化与信息化的技术革命，而将在互联网时代，形成物理-化学-生物科学的交叉与综合模式，从而导致人工智能与合成生物的有机化机器人与生物制造工业时代。系统与合成生物学的概念与原理，建立在系统科学与综合哲学思维、中医理论与分子医学方法切入，生理学与遗传学、仿生学与基因工程整合和分子细胞生物系统层面的科学与工程，即，系统科学、认知科学、计算机科学与生物科学和纳米技术、信息技术、微电子技术与生物技术的整合与集成等。（1996年举办ICTA国际会议与筹备协会，1999年建立BSSE的Biosystem Network网站，2008年成立SBE研究所Ltd.等。） 1999 年-2003年，系统与合成生物学的理论与实验、计算与工程方法研究天然与人工生物系统体系的概念共识和学术共同体的形成，属于科学范式的建立时期。 2003 年-2007年，生物系统的科学与工程偶合模式形成，包括，系统医学与转化、个体化医学，以及网络生物学与工程生物学、系统遗传学与系统生物工程的发展。 2007 年-2015年走向系统生物工程-合成生物学的代谢工程、工程免疫细胞治疗和禽类生物反应器制药的产业化，以及太阳能-生物电子技术等发展时期。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 工业化科学|2103 次阅读|0 个评论

人工神经科学 – 机器设计与制造: benlion 2016-10-9 15:23; 细胞纳米机器设计与制造 – 经济管理和绘画艺术、工程技术。神经元与神经网络 - 热物理学与数学生物学，以及系统遗传学与合成生物学的研究。 1）数学与理论物理学兴趣，仿生学与生物工程 – 人工光合作用仿生工厂与微电子遥控昆虫行为等； 2）心身医学与医学遗传学 - 神经-内分泌、免疫网络与心血管系统，细胞的基因表达调控、细胞仿生工程等； 3）分子生物技术与基因差异表达分析、生物信息技术与计算机辅助设计，细胞信号传导与代谢系统，输卵管生物反应器和耐药细胞连续突变筛选等； 4）细胞分析与分子合成芯片 – 序列标记片段显示分析，生物系统机理与人工生物系统，人工细胞设计与合成 - 生物反应器与传感器等。 5）欧洲文明，存在古代的以色列-希腊-罗马和中古代的瑞士-荷兰-英国的2条发展路径等。（1978年-2015年BjZeng的学术思路） - Benjoe Institute -; 个人分类: 中国科学与工业|1759 次阅读|0 个评论

系统生物学发展年表: benlion 2016-10-7 11:41; 1996年BjZeng任秘书长在北京举办第1届国际转基因动物学术研讨会与筹备国际转基因协会，并在国际上发起倡导生物系统理论与系统生物工程（实际上的合成生物学概念）的研究体系，以及生物技术与绘画艺术一同展览，至今年11月是20周年整。 1 ）1910年S.Leduc化学合成概念和1974年基因重组概念的合成生物学； 2 ）1968年D.Mesarovic和1993年系统理论概念的系统生物学； 3 ）1972年BjZeng中西医药学与儒家文化影响； 4 ）1983-1986年BjZeng结构论，1987年中西医学理论比较与系统科学方法； 5 ）1991年BjZeng论科学的结构与中国的未来，太阳能-生物电子技术； 6 ）1992年系统生物医学的术语，从生物医学到系统生物医学，生态系统、生理与生物化学的系统论与控制论； 7 ）1992年BjZeng系统医学– 理论与分子生物学转换到系统与合成生物学，城市群的文化传播与创造； 8 ）1992-1994年BjZeng系统医学– 系统遗传学与生物工程，图论与网络拓扑分析； 9 ）1996-1999年BjZeng生物系统的科学与工程和Biosystem network网站 - 生物系统理论与系统生物工程、实验生物学与计算生物学 - 生物系统与人工生物系统； 10 ）1999年-2003年BjZeng与L.Hood、H.Kitano，系统与合成生物学的学术共同体形成； 11 ）2000年E.Kool人工xDNA与合成生物学，国际系统生物学会议； 12 ）2001年系统理论、组学实验、计算机模拟的系统生物学与Ap.Arkin工程设计的合成细胞生物学； 13 ）2003-2007年系统医学、转化医学与S.Benner个体化医学，国际iGEM和合成生物学会议，系统遗传学与生物工程； 14 ）2004年、2005年Al.Barabasi网络生物学与D.Endy工程生物学； 15 ）2007-2015年生物系统的科学与工程，网络医学概念，图论-网络拓扑学、太阳能-生物电子学的方法； 16 ）2007年RI.Kitney与BjZeng分别论述工业革命，瑞士ETH大学D-BSSE中心成立，贝克利大学J.Keasling在酵母表达青蒿素； 17 ）2010年BjZeng细胞纳米机器设计3原则，文特尔合成原核细胞基因组； 18 ）2012年国际系统医学大会召开与欧盟系统医学组织成立等。 - （1996年-2016年20周年纪念）-; 个人分类: 系统医学与药物学|3232 次阅读|0 个评论

生物工业模式: benlion 2016-10-4 21:50; 人类文化是一个社会的知识或信息系统，知识化社会，就是人类文明发展的特征，知识的传承、传播与发展，涉及到概念与理论创造、现象与机理发现、技术与方法发明，以及设计与产品创新等。科学与工程偶合，即，基础研究与应用开发的转化过程。在医学发展到社会-心理-生物医学模式和系统医学范式 – 图论与网络拓扑学分析方法，衍生的概念涉及，循证、整合与工程的科学范式和转化、个体化与精准医疗模式。在工业发展到物理-化学-生物工业模式的系统生物工程范式 –太阳能-生物电子学设计技术，包括，生物电池与能源技术、生物反应器与细胞工厂、生物传感器与计算机和纳米机器等。也就是系统与合成生物学，构成了系统医学和生物工业源头上的概念。而且，系统遗传学，及其生物系统的结构论基础，探讨生物系统的设计机理与人工生物系统的制造方法等。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 工业化科学|1830 次阅读|0 个评论

公司科学时代: benlion 2016-9-26 13:21; - 工业，科学与艺术的结合一个文明的核心，就是哲学思想，中西文化的显著区别，在于实践理性的行为模式与思辨理性的认知模式。东方传统，构成犹太教 - 释家与儒 - 法家、道 - 兵家和墨 - 名家模式，希腊 - 罗马哲学，则构成西方文化传统。人文精神与科学方法，在现代社会渗透到制造技术与设计艺术的工业化过程，形成了好莱坞和硅谷的产业模式。而瑞士到荷兰的轴线，奠基了现代文明的社会体制与金融市场机制。人类医学，经历了传统医学到实验医学，而到系统医学的发展。附、 BjZeng 的探索历程： 1 ）系统遗传学与生物资源， 2 ）医学论坛与绘画艺术 1963 年湖南古台山芍药园 1972 年中西医药与儒学 1976 年 -1978 年科学启蒙与改革开放 1983 年 -1986 年结构论与拓扑生物学 1984 年李约瑟讲演与林惠祥人类学 1987 年 -1988 年系统科学与中西医学 1991 年 -1994 年系统医学与系统生物工程 1994 年 -1996 年系统遗传学与转基因技术 1996 年国际转基因动物学术研讨会 1996 年 -1999 年生物系统的科学与工程 1999 年 biosystem network 网站 1999 年 -2002 年莱布尼兹与细胞计算机 2003 年 -2006 年道德经济学 2007 年 -2012 年工业革命和科学与技术革命 2008 年系统生物工程研究所 2009 年 -2010 年细胞纳米机器 2013 年 -2015 年 4 世界与 4 轴心时代 -（2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 中国科学与工业|1990 次阅读|0 个评论

系统与合成生物学 - 国际协会: 热度 1 benlion 2016-9-24 14:13; 从1996年组织国际转基因动物学术研讨会与筹备国际转基因协会，而到1999年筹备国际系统生物科学与工程会议与协会，在国际上，从系统科学的生物学转换到生物系统的理论与实验、计算与工程方法研究，以及结合生物技术与设计艺术展览的会议模式，至今年是20周年。 20 世纪初，在物理学、心理学和生物学，以及社会学和经济学等领域，形成了不同于以往的新思维，体现在场论和拓扑学的关系或连通（connectivity）等系统思维，自组织系统的结构论（structurity –structure theory of self-organization），就是对这个思维的综合（synthesis）与图论、网络拓扑学（network topology）方法探究。然而，80年代之前，在生物科学领域，基本属于理论生物学和分子生物学的范式，比如，生态系统（ecosystem）的系统生态学、器官（神经和心血管等）系统的系统生理学等概念，以及属于医疗器械或医学工程等领域的概念，包括，生物化学系统论和神经生理学的控制论等。在1993年之前的合成生物学、系统生物学和系统生物医学（system biomedicine）等，也不同于本世纪以来的系统生物学概念 – 1992年-1999年，从系统理论的生物学研究，转换到了生物系统的理论与实验、计算生物学方法研究，从生物学的化学分子研究，转换到了系统生物学范式的工程生物系统研究，并应用于生态与生理等不同层次的生物系统。一般来说，以1999年-2007年为系统与合成生物学的国际学术共同体形成时期，而在2007年-2015年进入了常规科学的发展时期，自从1999年以来，国际上，研究机构、专业期刊和国际会议与国际协会都已经纷纷建立了起来。 - （1996年-2016年20周年纪念）-; 个人分类: 系统医学与药物学|2720 次阅读|1 个评论

系统与合成生物学发展: benlion 2016-9-21 18:41; 在中学时代，读了介绍相对论的小册子，由于睡在蚊帐里，思考宇宙可能是编织的，1986年-1993年的结构论 - 涉及自组装编织和中医经络、计算机网络和图论与网络拓扑，以及城市与城市群分析和洛河图、天象图与组合数学等思维方法的来源，并应用于神经系统、细胞通讯与分子相互作用等网络理论。系统生物学与合成生物学，在20世纪90年代之前，仅仅出现过几次，比如：系统生物学，词汇在1968年和1993年的两次出现，其实是理论生物学概念，或说属于理论生物学范畴。合成生物学，词汇在1910年和2000年出现的表述是化学概念，以及1974年和1980年为基因重组概念，或说属于分子生物学范畴。非常规科学时期：1992年-1996年在中国属于交叉与综合学科范式的提出阶段，1996年-1999年属于国际交流的概念和偶合与转化模式的通讯阶段，则是一个不同学科 - 系统科学、计算机科学、纳米科学、微电子科学、工程科学与生物科学等交叉，以及数学、计算生物学与纳米、化学生物学等综合的过程。常规科学时期：1999年-2003年才是国际学术共同体的建立和概念或范式共识- 理论与计算、实验与工程方法体系的形成阶段，而2007年进入常规科学时期，即，生物科学的分子生物学范式转换到了系统生物学范式。其中： 1 ）1992年-1999年BjZeng提出系统医学 – 系统遗传学与系统生物工程概念，以及图论与网络拓扑分析和太阳能-生物电子技术等方法； 2 ）1999年元月BjZeng建立生物系统科学与工程的biosystem network网站，同年10月L.Hood、12月H.Kitnao分别注册系统生物学网站的域名，即，构成了系统生物学的基本概念– 理论与实验、计算生物学的生物系统研究； 3 ）2001年-2003年系统生物学与合成生物学的范式共识形成，即，生物系统的理论与实验、计算生物学方法，以及人工生物系统的工程系统生物学，BjZeng在第19届国际遗传学大会再述系统遗传学概念体系； 4 ）2003年-2007年网络生物学与工程生物学的图论与网络拓扑学、太阳能-生物电子学方法，2003年S.Benner发表个体化医学，而T.Knight发起iGEM国际竞赛等； 5 ）2009年-2010年BjZeng在国际会议阐述细胞纳米机器设计，2012年国际系统医学大会召开和欧盟成立系统医学组织等。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|2928 次阅读|0 个评论

系统生物学 – 附注: benlion 2016-9-12 18:37; 系统与合成生物学的建立，本身就是交叉与综合的体系化科学，包括，系统与计算机科学、纳米与微电子科学和生物与工程科学等构成，导致的一对偶合学科的系统涌现现象。 1 ） 1992 年之前，只有理论生物学和分子生物学，系统生物学术语出现在 1968 年、 1993 年和系统生物医学词汇出现在 1992 年，都不是现在整合理论、实验与计算生物学方法的概念。 2 ） 2000 年之前，合成生物学术语的出现，只有 1910 年、 2000 年化学合成和 1974 年、 1980 年 DNA 重组的基因工程概念，都不是现在转换到工程方法的系统生物学范式。 3 ）系统生物学，也不是 D.Nobel 论述的 1865 年贝尔纳生理学概念，而是生理学与遗传学交叉而在分子细胞生物学层面的整合，也不是 1992 年之前的生态系统、器官系统和生物化学代谢系统的控制论等。 4 ）系统生物学的方法与技术，包括，理论的数学、计算与网络生物学和实验的纳米、化学与合成（最始的概念）生物学等， L.Hood 论述的组学（分子生物技术与仪器）生物学和 H.Kitano 计算生物（生物信息技术与软件）学，并不等于系统生物学，也不是仪器技术开发的学科综合概念。 5 ）系统遗传学是非线性系统动力学，却不等于数量与统计遗传学的数量叠加概念，也不等同于表观遗传学的基因修饰概念，而是研究生物进化与发育的基因相互作用与生物系统机制，不是孟德尔遗传学的单基因与基因组合等模式。 6 ）作为国际系统与合成生物学最初的 L.Hood 和 H.Kitnao 及其它学派等，都在 1999 年之前不见相关系统生物学术语的文字记载， 1992 年 -1999 年只有 BjZeng 涉及到系统与合成生物学的相关词汇。注：在结构论， 1994 年、 1999 年 BjZeng 同时引用与、相关文献，国际上， 2008 年 BjZeng 首次提到、的文献， D.Nobel 批驳了把功能基因组学或生物信息学等同于系统生物学的概念。; 个人分类: 科学与历史|1957 次阅读|0 个评论

系统生物学范式转换: benlion 2016-9-12 11:35; 系统生物学及其系统生物工程（合成生物学）的起因，就是基于对活细胞的物理学和化学规律与数学原理的思考，以及中医药的现代科学分析和计算机科学的人工智能等探索，在医学遗传学、行为和心身医学的层面，以及生理学与遗传学、转基因学与仿生学的交叉，深入到细胞分子生物系统与细胞通讯网络和细胞发生（进化与发育）动力学的研究，并综合了系统与计算机科学、纳米和微电子科学等理论与方法。自1992年到1999年，系统生物学已经整合了生态学、生理学与遗传学的研究，并且，关键在于系统科学与综合哲学的思维，形成系统与合成生物学的偶合和转换到生物系统的科学与工程研究，从而，实际上系统生理学、系统生态学已经不适合，也并不同于以往的器官系统、生态系统概念，也不同于以往中医药的整体论和计算机科学的元胞自动机等，而是分子细胞生物学层面的生物系统动力学与网络拓扑的人工设计等。也就是说：中医药的数学模型与计算机自动化细胞的深入分子生物系统机理与设计，就是系统与合成生物学建立与发展的起因。 1999 年BjZeng（曾邦哲）建立生物系统科学与工程（BSSE）的biosystem network网站（实际上是全球第一家系统与合成生物学网站）为起点，并阐述了生物系统理论、实验与计算和工程方法的概念，以及链接了系统科学的数学理论与纳米计算机等技术、基因组学与表达谱和转基因生物技术，以及生物信息技术和分子生物技术等资讯*等。系统与合成生物学的建立，涉及生物系统科学与工程（2007年瑞士ETH建立D-BSSE研究中心为标志）的理论、实验、计算与工程和网络生物学等5大学派和细胞分子网络的细胞通讯与信号传导、分子模块与基因调控、基因或DNA合成与组装、代谢工程与生物反应器等几个方面。 2000-2003 年国际上24位系统与合成生物学开拓者名单： A ）DNA人工合成 Eric T. Kool, S.Benner B ）分子模块 1Stanislas Leibler - 2Michael B Elowitz - Uri Alon （以色列）, 3James Collin C ）代谢工程 4Jens Nielsen （瑞典）, 5Jay Keasling D ）细胞周期 Marc Kirschner# E ）数学模型 Olaf Wolkenhauer （德国）01a F ）组学技术 6George Church, Leroy Hood#+01b - Trey Ideker, Ruedi Aebersold （瑞士） G ）计算机模拟 Hiroaki Kitano （日本）01c, Denis Nobel# （英国） H ）工程设计 Adam Arkin01d, Tom Knight - Ron Weiss - Drew Endy+, 7van Oudenaarden （荷兰）, Chris Voigt I ）网络拓扑 8Bernhard Palsson, 9Albert-László Barabási 其中， * 包含E.Kool、E.Hafen、T.Pawson和S.Leibler等，以及N.Seeman、R.Rosen、DW.Thompson等相关文献，# 为2000年之前已经是院士，数字为已知因系统与合成生物学而在2006-2016年入选的新任院士，+为奥巴马总统科技顾问，01a-d分别是2001年分别发表理论、实验、计算和工程方法等4个方面，合成生物学是转换到系统生物学范式的概念。 2007 年英国RI.Kitney院士和BjZeng分别提出系统与合成生物学 - 生物系统的科学与工程将导致第3次（2012年Zeng添加自动化和计算机为第3次，从而成为第4次）工业革命，2014年BjZeng阐述生物工业革命为工业5.0制造技术 - 即，细胞纳米机器与生物制造、工程医学等。 - （2011-2016年网络日记）-; 个人分类: 科学与历史|2930 次阅读|0 个评论

系统与合成生物学 - 工业制造5.0: benlion 2016-9-11 20:08; 1、1992年之前，只有理论（系统论）概念的系统生物学、分子（基因重组）概念的合成生物学和系统生物医学（医学工程？）*词汇等； 2、1992年-1994年系统医学与系统遗传学、系统生物工程等和图论与网络拓扑学、太阳能-生物电子学方法等是现代系统与合成生物学概念的起点，并在1996年-1999年转换到生物系统的科学与工程 - 理论与实验、计算与工程方法的研究体系； 3、国际上2001年9月-12月分别发表理论、实验、计算的系统生物学与工程方法的合成生物学，2003年-2007年系统与合成生物学转换到生物系统的科学与工程偶合模式，并发展系统医学、系统遗传学等， 2004-2015 年形成网络生物学的图论-网络拓扑学方法和工程生物学的太阳能-生物电子学设计等。注*：不同于现代的系统生物学研究生物医学概念，系统生物技术则是系统生物学的技术概念 – 计算与实验生物学方法等。; 个人分类: 系统生物学|2482 次阅读|0 个评论

结构论 - 系统与合成生物学理论: benlion 2016-9-2 15:07; 李约瑟1984年到厦门大学讲演和林惠祥的人类学观点，影响了bjZeng对科学与人文的历史与哲学探索与思考。 1983 年-1993年结构论 1992 年-2003年系统医学 - 系统遗传学与系统生物工程 - 图论与网络拓朴学、太阳能-生物电子学 - 城市群的文化创造与传播 - 输卵管生物反应器和细胞仿生工程 - 细胞连续突变筛选、基因片段组装合成 - 生物系统的理论与实验、计算生物学 - 基因组智能与工程方法的人工生物系统 - 细胞发生动力学与自动化细胞 2003 年-2006年道德经济学 - 印度教-希腊神话、犹太教-儒家 - 论社会和精神论与知识论 - 星际情殇 - 幻象诗与显现绘画 2007-2015 年4世界与4轴心时代 - 4 次科学与技术革命和工业革命 - 李约瑟-钱学森问题 - 序列标志片段显示分析 - 细胞分析与合成芯片 - Nieb 技术、细胞纳米机器与机器论 - 生物制造工业和工业5.0 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1945 次阅读|0 个评论

系统医学与药物学计划: benlion 2016-8-27 09:27; 系统医学 - 系统与合成生物学 A ）1993年之前，1968年和1993年理论生物学概念的系统生物学，1910年化学合成与1974年基因重组概念的合成生物学，以及1992年系统生物医学的词汇。 B ）从系统、计算机、纳米与生物科学等交叉和细胞分子生物系统的层面提出，既是循证辨析，也是数据整合的医学，即实证分析与系统综合的方法。 1 ）1992-1994年bjZeng提出系统医学与药物学 - 系统遗传学与系统生物工程，包括，禽类输卵管生物反应器、转基因与仿生学的细胞仿生工程，以及图论与网络拓扑学、太阳能-生物电子设计方法等。 2 ）1996年bjZeng组织国际转基因会议与筹备协会，1999年建立BSSE的Biosystemnetwork网站与筹备国际协会，阐述生物系统的结构理论*与系统生物工程，实验与计算生物学结合和工程方法的人工生物系统研究，以及基因组智能的软件编程、细胞通讯的分子电路设计等。 C ）1999-2003年，国际系统与合成生物学的系统理论、组学技术（omics）、计算模拟（in silico）、工程合成和网络拓扑等学派形成。 3 ）1997年bjZeng建立细胞连续突变筛选技术，2002年提出序列标志片段显示分析方法，并阐述细胞发生动力学与自动化细胞模型，2009-2010年阐述细胞纳米机器的设计与合成等。细胞纳米机器 - 设计与制造 2008 年成立Benjoe系统生物工程研究所ltd.， 2009-2029 年计划 - 细胞纳米机器的人工智能与合成生物设计，应用于疾病的遗传分析、细胞治疗、药物筛选和生物制造等领域。 1 ）决策与管理 - CEO行政与组织管理，CFO财经与融资洽谈； 2 ）市场与产品 - CMO创意、广告媒体与市场策划与营销等，CTO数据库与软件设计、仪器与生物芯片制造等； 3 ）系统医学与药物学论坛 - 学术会议与艺术沙龙，人工神经细胞与网络模块的系统遗传学与合成生物学研究等。 a - 星球、生命与机器 - 绘画展览绘画艺术工作室 - 行星际文明的幻象诗歌和显现绘画、工业艺术设计等。 b - 系统与合成生物学的技术解决方案微流控芯片实验室 - 细胞分析与合成MolNet1.0，开发生物传感器与反应器等。注*：结构论 - 4世界与4轴心时代理论，探讨科学范式与管理模式。引用文献，含有1968年理论概念的系统生物学和1910年化学概念的合成生物学术语。技术方法，涉及基因差异表达谱分析、计算机辅助设计和基因片段组装合成等。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 创新创业|2546 次阅读|0 个评论

系统生物学 – 非线性科学: 热度 1 benlion 2016-8-13 07:54; 临床上的检测与治疗，就是有医生和护士针对具体病人个体的准确检测、治疗与护理的过程；但是，个体化医学是强调病人的个体差异和医患关系，如，不同个人的体质、心理素质和遗传因素，以及疾病的综合症或多种疾患等，属于系统概念，即系统综合效应是构成因素及其组合差异导致的整体现象，不同于结构或组成分布的同型或全息概念。局部与整体的差异和“没有2片完全相同的树叶”（以及表观遗传学修饰和发育过程的表达差异等）是系统概念，而局部与整体的相同或“窥一斑而视全豹”（或局部信息联络整体，但整体的信息在局部并不全）是全息概念。也就是，系统是整体大于部分的个体复杂化，全息是局部同构或相同于整体的重复简单化，分别属于两个方向或方面（如，1992年从论述全息医学到发展系统医学）。在发育遗传与病理发生，如，并发症的研究，在系统遗传学是“一因多效与多因一效的非加和”现象，数量遗传学是“一基因一性状的数量累加”统计效应。个体化医疗，必须解决并发症和副作用等问题，而预测*比气象预测的复杂度不会低，这就是一个系统概念。注*： 4P 医学L.Hood的“1预测性（Predictive）、2预防性（Preventive）、3个体化（Personalized）与4参与性（Participatory）”，其中，2是预防医学、4是康复医学与医患关系等。奥巴马的总统科技顾问有L.Hood（系统生物学）和D.Endy（合成生物学），个体化医学（2003年合成生物学家S.Benner提出）和精准医学（2009年系统生物医学论文集）是系统与合成生物学在医学应用的延伸，即，医疗实践或临床模式。 - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|2406 次阅读|0 个评论

系统与合成生物学偶合与转化科学: benlion 2016-8-10 21:01; 系统医学 - 实证分析与系统综合方法，从实验与分子生物学到系统与合成生物学的范式转换与建立： 1 ）1992-1995年bjZeng在结构论的引用文献*，涉及到1910年化学概念的合成生物学和1968年理论概念的系统生物学，并提出系统医学、系统遗传学与生物工程概念，以及图论-网络拓扑学、太阳能-生物电子学等方法。 2 ）1996-1999年bjZeng组织国际会议与筹备国际协会，建立biosystems network网站*，从生物系统理论与系统生物工程，到实验生物学与计算生物学结合的生物系统科学与工程研究体系。 3 ）2000-2003年国际系统与合成生物学的概念形成，即，理论与实验、计算生物学与工程方法*的生物系统研究体系，而2007-2015年国际系统医学、系统遗传学与生物工程等发展。 4 ）2002年bjZeng阐述细胞发生动力学与自动化细胞模型，2003年在第19届国际遗传学大会重述系统遗传学概念，2009-2010年阐述细胞纳米机器的设计与合成等。注*：在1996-2000年的通信，涉及L.Hood、M.Tomita和N.Seeman等，2001年在线引用的文献，还有E.Kool、E.Hafen 和T.Pawson等，其中，L.Hood与O.Wolkenhauer、H.Kitano与AP.Arkin等分别于2001年论述系统理论、组学实验、计算机模拟和工程设计的系统与合成生物学等。 1983 年-2015年学术探讨：哲学（1983-1993）-医学（1992-2003）-人文（1996-2006）-经济（2005-2015） - （2011年-2016年网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|2229 次阅读|0 个评论

系统生物学简介: benlion 2016-5-25 11:40; 最简单明了的介绍 - 系统生物学是什么? 合成生物学是其生物工程形态，以及偶合与转化模式，系统医学则是2个的应用。一般而言，“研究生物系统组成成分的构成与相互关系的结构、动态与发生，以系统论和实验、计算方法整合研究为特征的生物学”称之为系统生物学 - 这段文字，就是BjZeng给出的系统生物学定义。 2000 年E. Kool在美国化学年会上重新提出来，“2003年国际上定义为基于系统生物学的遗传工程和工程方法的人工生物系统研究，从基因片段、DNA分子、基因调控网络与信号传导路径到细胞的人工设计与合成，类似于现代集成型建筑工程，将工程学原理与方法应用于遗传工程与细胞工程等生物技术领域” - 这段文字，也是来自BjZeng阐述的概念定义。典型特征，就是科学与艺术的结合。工程设计概念的起点是1996年，在北京举办的第一届国际转基因动物学术研讨会，BjZeng阐述生物系统理论与系统生物工程 - 从实证到综合，以及绘画艺术与生物技术的展览，国际上的概念解释和机构的徽标设计，其基本框架是BjZeng的结构论图案。从进化论到系统论，从系统论到结构论，基因组进化与生物体发育过程的自组织系统，这是发展，构成直接的理论基础，以及还原与整体渗透的方法、表达谱图式分析和分子生物技术与生物信息技术等。附 - http://www.1000plan.org/superblog/884/652 ，在千人网的简单介绍。从哲学起点，再到对已经形成的学科进行哲学思考，就是科学体系的建立过程。 1983 年-1993年BjZeng对古今中外的科学历史与哲学探讨。 1992 年-1996年是BjZeng论述生物系统科学与工程的结构理论和概念与方法体系。 1996 年-1999年是BjZeng大规模的国际通讯与讨论时期，1999年-2003年是国际上的激烈讨论时期，2003年-2007年是国际学界共同体形成时期，2007年之后，已经是常规科学时期了。常规科学的迅速发展时期，CNS专刊和整版论文和各类国际会议及学会、专门刊物、研究机构和基金会，都已经全部建立。中国科学院、医学科学院和各著名大学，也已经建立大型研究中心。 - （1996年-2016年20周年纪念）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1241 次阅读|0 个评论

系统遗传学与生物技术: benlion 2016-2-4 08:17; - Systems Genetics and Biotechnology -（02/04/2016网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|1777 次阅读|0 个评论

科学与艺术 - 秘密花园: benlion 2016-1-29 06:10; 生命之花，美哉，在于科学与艺术的完美结合，细胞动力学的数学方程和分子与细胞通讯网络的操作技术，构成自然界的艺术。 1983 年形成结构论研究纲领，1992-2002年bjZeng的国内外学术探讨总结： 1 ）系统与合成生物学，转换到生物系统的科学与工程概念； 2 ）采用计算生物学与实验生物学结合、网络拓扑学和生物电子学的方法； 3 ）应用于系统医学与生物工程，禽蛋生物反应器、细胞仿生工程； 4 ）而系统遗传学的分子细胞动力学与非线性细胞发生学，构成生物系统理论与人工生物系统设计原理。在科学和文化的哲学层面，提出了4世界与4轴心时代理论，阐述了自然与社会、精神与机器和城市群的结构理论。在计算机科学，将图灵理论和诺伊曼计算机模型推进到细胞分子层面的纳米机器，在医学科学，解读了传统中国医学的理论模型，并转换到分子与细胞的网络拓扑学和图论数学方法。 1983-1993 年bjZeng论述了结构论与科学方法论，以及城市群理论，并1992-1994年系统遗传学与系统医药学、系统生物工程等，提出图论与网络拓扑学、太阳能-生物电子学方法，整合系统科学、人工智能与基因工程技术。 1996-1999 年bjZeng组织国际会议与筹备国际协会，系统与合成生物学转换到生物系统科学与工程的天然与人工生物系统研究概念，并结合计算与实验生物学方法。 1999-2003 年论述系统遗传学与非线性细胞动力学、自动化细胞计算机，整合细胞仿生工程与转基因技术。 2003-2006 年阐述精神与社会论、轴心时代4个经典文化模式的起源与相互关系，以及在中国和欧洲的模式转换，探讨绘画艺术的思维方法。 2007-2014 年阐述精神与机器论，科学与技术革命、第3次工业革命与工业5.0技术、李约瑟-钱学森问题与4世界理论，以及虚拟、知识与制造经济的互动关系与社会管理模式的转型等。 2002-2012 年开展序列标志片段显示分析、细胞分析与合成技术等。自1983年形成结构论纲领和1984年李约瑟到厦门大学讲演，开启了30年的探索历程，2015年则是比较困惑的一年，不知应该继续走向产业化，或是回到学术研究，或是转向绘画艺术的发展。 - （01/29/2016网络日记）-; 个人分类: 系统医学与药物学|1696 次阅读|0 个评论

生物工业制造技术: benlion 2016-1-9 19:19; 生物系统的科学与工程，人工细胞设计与合成，包括，基因组合成，转基因与遗传编辑，分子模块和电子线路设计。 2007 年贝克利大学Keasling在酵母成功实现青蒿素生产，每次在创新创业活动，bjZeng就提第3次工业革命，并以青蒿素的发现与制药为例，以及提示细胞计算机的体内注射靶向治疗、人工合成细胞的生物能源等。 1994年bjZeng提出转基因禽类生物反应器和细胞仿生工程，并随后开展了全基因组装合成、连续突变筛选耐药细胞和序列标志显示分析技术等。细胞分析与合成技术的芯片制造，用于疾病的遗传分析、药物发现与工程制药等领域。 - （2011-2015网络日记）-; 个人分类: 工业化科学|1464 次阅读|0 个评论

第3次工业革命: benlion 2016-1-9 13:01; 2007 年bjZeng与riKitney同时分别论述，系统生物科学与工程，即系统与合成生物学的偶合，将带来第三次工业革命。自2000年以来，全球趋势发展了，包括系统医学、系统遗传学与系统生物工程的整个学科体系。其中， 1992-1994年bjZeng提出系统医学、系统遗传学和系统生物工程的术语， 1996-1999年bjZeng转换或定义系统与合成生物学、系统生物科学与工程的概念，并提出图论与网络拓扑学分析、太阳能-生物电子学设计等方法。 2002 年bjZeng开展序列标志片段显示分析，2003年T.Knight提出bio-brick工程标准化设计，2014年中国bjZeng提出工业技术5.0概念。 -（2011-2015网络日记）-; 个人分类: 系统生物学|2592 次阅读|0 个评论

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标签: 生物系统的科学与工程

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