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工科试验设计的必要性
sxlion 2012-10-22 21:32
这几天在帮一个研究生整理数据, 整得吐血。 原因如下: 1,不明确的试验目的; 问:为什么这样做? 答:不知道了。。。 为了毕业吧。 2,严重的设计缺陷; 问:为什么用全排列设计? 答:老师没说不可以,后来就这样做了。 3,缺乏基本常识,不会合理安排试验。 问:为什么只做两个平行? 答:试验次数太多,样品也好多。。。 4,没有数据分析能力 问:相关分析,正交分析可以先做做看啊? 答:不会。。。 5,没有结合数据和专业的解释能力。 。。。 问了基本情况,试验做了一大堆, 数据很多。 听说我会整数据,帮着找到救命稻草的心态来找我。当然,这种事,遇到不是第一次了, 见得多了。 但每次看到这种设计缺陷,实施缺乏常识,数据乱一堆的情况,还是堵得慌。批评也不是,有的是老师,有的学生自己也不会,当然都不是我的学生。还有他们做得都很辛苦, 累死累活的做几个月,原以为做完了,也该毕业了,那知道别人说做了一堆“无用”数据,当面哭的没有,背面哭去了的有。 最近两年在带研究生的《试验设计与数据分析的课程》,课上会把这些反面例子提出来警示大家,提示大家避免上面的情况。 虽然试验设计不能保证你得到创新的结果,但是至少能保证你按科学合理的方法实施试验和得到可靠的结论。
个人分类: 教学科研|3669 次阅读|0 个评论
统计是如此的重要
热度 1 klymzkm86 2012-5-21 15:40
原来没有重视统计(包括试验设计)和数学的学习,现在后悔的很啊。 翻开学术论文,一看到“试验方法”这一节时就头痛,什么这种试验设计,那种统计模型。很多还上来很多公式,一看就不知所措了。 在后来的学习过程中,我发现现在的科学研究几乎没有离开统计的,里面涉及了大量的数学方法和试验设计的内容。作为一个走完学校生活的过来人,俺真心的告诉那些见到这篇文章的朋友们:把统计学好吧。
1965 次阅读|1 个评论
如何进行高效严密的实验设计
热度 9 jiangjiping 2011-6-19 06:35
如何进行高效 严密 的实验设计 蒋继平 2011 年 6 月 1 9 日 在我发表了 ( http://blog.sciencenet.cn/home.php ? )一文后, 有的网友要我进一步谈谈实验设计的具体细节。本文应这样的要求而作, 并本着与同行们交流的心愿, 希望我的经验可以为您提供一点借鉴, 或者从您的评论中我可以学到更优秀的方法和思路, 从而起到互相学习,共同提高的目的。 不过,我要利用这个机会,郑重声明:鉴于我的专业是在生物学方面, 而且是搞实用研究的, 不是理论研究, 所以,要是您是在纯理论或者非生物研究领域的科技人员, 我劝您最好就此打住, 不要继续往下看, 否则的话, 可能会浪费您的宝贵时间。因为浪费是极大的犯罪, 我担当不起这个罪过。 · 总体部署。 在接到研究课题后, 要做的第一件事就是总体部署或者称之为总体规划。 这个部署应当着重分析决定这个课题成败的关键因素。 找到这些关键因子后, 要对各个关键因子进行进一步的分析试验, 以确证这些因子可以通过适当的方法达到试验的要求。拿我自己的经历来作为一个范例。 老板要我建立一种对付青椒茎腐病的温室抗性筛选方法。 他的要求是, 这种方法必须是能够在温室条件下进行可靠的和大量的人工筛选。 接到任务后, 我立即认真地分析了这个课题的关键因子。 这些关键因子是:菌源, 环境, 种质资源和植物的生长期。这是导致植物生病的三要素。 在对现有的实验室的资源进行初步调查后,我发现这三要素是齐备的。所以,我的总体部署是:先在温室种下带有不同抗病基因的四个品种, 每星期种一批, 使种苗具有不同的生长期。与此同时, 在实验室制造菌源, 主要是如何获得大量的具有高度活性的孢子,和掌握获得这些孢子需要的时间。至于环境, 主要是湿度, 这个病是发生在高湿度的环境下的, 因而, 提供高湿度是关键。 根据这个信息,我自己在温室作了一个大型的塑料湿度接种箱。 现在总体部署已经完成。 · 具体设计。 在物质和条件齐备的情况下, 接下来的就是具体的实验设计。 这个设计需要严密的逻辑推理和排列组合的运用。 因为涉及到三个关键因子, 每个因子具有不同的参数, 因而,必须采取科学和认真的态度来对待。 下面是我设计的第一个实验内容。 表一:不同孢子浓度对四种青椒品种的影响。 播种日期: 苗龄 : 接种日期: 浓度 \ 品种 / 病害 1 2 3 4 备注 2000/ml 5000/ml 10000/ml 20000/ml 50000/ml 100000/ml 在接种后大约一个星期左右, 或者在感病品种已经彻底死亡后, 观察记载各个品种在不同孢子浓度下的反应。 找到能够最大限度地区分抗病品种和感病品种的孢子浓度。 然后, 就用这个孢子浓度作为标准浓度。 接下来要继续测试不同苗龄的抗性表现。 表二:四种青椒品种的不同苗龄的抗性表现。 孢子浓度: 10000 接种日期: 苗龄 \ 品种 / 病害 1 2 3 4 备注 二叶期 四叶期 六叶期 八叶期 在获得不同苗龄的实验数据后, 经分析得到接种最佳苗龄的结论。 然后就用这个苗龄作为标准苗龄作进一步的实验。 因为这个病害的致病菌的孢子是游动孢子,它们必须在有水的的情况才能充分发挥它们的致病性。 因而,在接种的时候,必须保证苗盆的土壤有足够的饱和水。 所以,被接种的苗盆必须浸泡在水中。可是,浸泡的时间长短会直接影响到病害发生的严重程度。 鉴于这种原因,下一步就是要测定浸泡的时间长度对病害严重程度的影响。 表三: 浸泡长度对病害严重程度的影响。 孢子浓度: 10000/ml 妙龄:六叶期 接种日期: 时间 \ 品种 / 病害 1 2 3 4 备注 12 小时 24 小时 36 小时 48 小时 60 小时 因为病害的严重程度会随着植物生长的变化而变化, 所以,要建立一个可靠的筛选体系,必须知道在接种后多少时间对抗性进行评估。 表四:接种后的时间对病害严重程度的影响。 孢子浓度 : 10000/ml 苗龄:六叶期 接种日期: 浸泡: 36 小时 天数 \ 品种 / 病害 1 2 3 4 备注 7 天 10 天 14 天 21 天 28 天 · 综合分析。 在获得了以上四组数据后, 就进行综合分析,从中找到最佳组合。 根据已经掌握的信息,其最佳组合应当是:用 10000/ml 的孢子浓度, 在六叶期苗龄接种,接种后将苗盆置于饱和水的湿度箱中 36 个小时, 然后搬出湿度箱, 在接种后 14 天进行病害严重程度的评估, 测定不同品种的抗病性。 以上只是非常简单地说明一个具体实验的设计程序和操作过程, 因 此 表中没有列出具体的数字。 在完成第一次实验后, 在得到最佳组合后, 一定要重复这个最佳组合的实验, 以证实它是可靠的。 这也是科技界的要求和常识。 在重复实验获得可靠的结果后, 就可应用于大规模的生产程序上了。 简言之, 一个高效的实验设计是环环相扣的。 我上面的例子只是非常简略的说明一下。在实际操作中,我是一步到位。 换句话说, 我几乎是同时进行几个试验,而不是等到一个试验有结果,才进行第二步。生物试验周期较长, 一定要有严密的规划。 其中的细节, 比如说, 4 个品种, 至少 3 个重复, 每个重复至少 12 株苗, 6 个不同的孢子浓度, 4 个不同的苗龄, 5 个不同的浸泡期, 5 个不同的评估期。这就需要从一开始就准备种多少苗。更为重要的是, 要计算好需要多少用于接种的孢子, 这一步是至关重要的。我的前任科学家就是因为不能准时在实验室生产足够的孢子而做不出任何结果。所以,他的课题组已经做了三年了, 毫无进展。 我接手后,只用了三个月的时间就彻底完成了这个课题。 (注: 没有作者的授权, 不得分享和转载)
个人分类: 经验交流|5681 次阅读|19 个评论
作为一个工科学生所具备的基本条件
botar 2010-9-26 12:57
从上大学到今天,十三年了,回想一下,走了许多弯路,自己想如果当时有个人给自己指点一下,可能今天的我会做的更好,可惜,我的人生就是这样,一切需要自己点点滴滴积累。没有这个人,如果有也是自己来指导。 我是材料加工专业,所以,感觉一个工科学生应该在大学里具备一些基本素质和能力。但,这些我都没有做到,因为,没有人告诉我这些,只是后来工作、学习中的体会。 由于现在计算机处理能力很强,如果工作中不利用计算机处理问题,那么已经被淘汰了。所以,应充分利用计算机来处理问题。 MathCAD,Maple,Mathematical这三个数学工具至少会一个,看个人兴趣和能力选择,这些工具对于初级、高等数学的处理是很强大的,尤其是画图功能,让你对数学瞬间改变观念,产生兴趣。 CAD工具至少会一个,ProE、UG、SW、Catia三维建模工具,至于AutoCAD会则更好,不会也罢,因为现在都是数控加工了。 Origin这是个图表处理的强大工具,充分借助它来分析数据,绘制曲线,会让自己的研究成果锦上添花。 CAE工具,做工程,如果不使用CAE进行分析,很不好说如何,与CAD工具已经普遍的今天而言,CAE是明天的普遍工具,所以,一定要会一个自己行业使用的它。 试验设计也就是DOE,工科学生的基本能力,如何设计实验和处理数据。前些年日本经济的迅速发展是因为大量使用了实验设计,大学生几乎都会田口设计,田口设计应用与质量管理给日本企业带来了巨大的利润效益。 基础理论:虽然我们是工科学生,但是基础理论即使没人教也要自己学,如:金属物理学、物理化学、热力学、动力学、材料科学基础。 材料的检测分析。实验结果的分析必须借助于XRD、SEM设备进行分析,所以,这些理论和操作都要掌握。 Endnote,文献处理。 这些是我认为要会的基本工具,还有一些如果用到了再去学也不迟。 如果都能掌握,那么可以给自己60分作为一个工科学生及格了。
个人分类: 教育学习|6043 次阅读|0 个评论
非标准误差结构的试验设计
agri521 2010-7-14 09:59
在农业科研中,研究者常根据研究目的和试验条件选择试验设计方案,如 完全随 机设计 、 随机区组设计 、 析因设计 等。详细可以参考 agri521的另外一个帖子: 统计分析中检验方法的选择 。 在这些试验设计中,各处理因素同时作用于同一级别的受试对象,且处理因素间没有主次之分,因 此在方差分析时,往往用 标准误差结构 ( standard error structure) ,即以模型的误差项作为分析各处理因素的误差项。 然而在实际工作中,根据研究目的,各处理因素可能有隶属关系或主次之分,如系统分组(嵌套) 设计;或由于试验的特性各处理因素先后作用于不同级别的受试对象,如裂区设计;或对同一受试对象先后多次测量同一观察指标,如 重复测量 设计 等等。这类资料在方差分析时需要考虑 非标准误差结构 (nonstandard error structure),即分析不同处理因素作用时要用到不同层次的误差项。 关于 裂区试验设计 方差分析的SAS代码,在 agri521的 Proc ANOVA常用语句 中作了详细说明,并以实例作了说明。
个人分类: 统计计算|2752 次阅读|0 个评论
把每次试验都当做最后一次
liudongyang 2009-11-3 21:59
课题组的交流会如期举行。主讲的师兄侃侃而谈,把以前试验的思路,目的,方法,经验教训一一托出。他的试验设计很好,确证一种细菌在一种疾病中的作用,建立模型,生化测定,组织切片,电镜观察均有涉及。在我的眼里,他的实验做得蛮成功。 在演讲中,他也做了很多回顾,从今天的角度来看当年的试验,从实验动物日龄的选择,试验分组,采集样品,到对结果的旁证,还是有一些遗憾在里面。如果现在来做这个试验,又会怎样设计更好,又会采用什么更优的方法,又会采用何种更有说服力的手段。但是试验已经过去,论文已经写就,课题结罢,他又有教学任务,再来补做这些试验显然不可能了。那么,有些遗憾与不足,只能留在他的论文中,留在听众的记忆中,作为经验传承给下面的师弟师妹们。 在销售员培训时有假如今天是我生命中的最后一天这样一个励志项目,让我们来思考这一天怎样度过。联想到自己的试验,结合师兄的经验,可否也可以这样借鉴:把每一次试验都作为最后一次试验来准备,来设计,避免一些弯路,多快好省的的出结果。每一个试验从最终发论文,从回顾的角度来设计。这样也许可以避免试验做完,发文之时,毕业在即却发现有很多小遗憾在中间。回头补做,费钱耗时坏心情。这里并不排斥某些试验要重复几次的情况,认真对待每一次试验,大胆假设,小心求证。达到这样的境界,要导师的高屋建瓴,自己对文献深度与广度的把握,对实验室条件的通盘考虑,要自己的认真思索,要与同学的广泛交流。 我虽未达到这个层次 , 却一直朝这个方向在努力,老博自知夕阳晚,不用扬鞭自奋蹄。
个人分类: 科研记录|2000 次阅读|4 个评论
忙中如何理头绪?
liudongyang 2009-7-12 16:54
暑假不能闲,还有很多事情要做,忙的脚后跟疼,还是心中有火,时时焦虑。 这学期选修了彭克美老师的《神经生物学》,作业还没有交上去。查了一堆文献,思路也理好,一直翻译文献,为综述作业准备材料。昨日见了彭老师只好道歉,请他缓我几日。 试验还算顺利,天气热,培养箱时时报警,空调不能关。细胞小污染,已经有了扩展的苗头,急需遏制。下一步要对细胞鉴定,做免疫组化。实验方案细化拟定与订购试剂都要操心。 借了几本书,也顾不上看了,只好立在电脑一则作为装点门面的工具。原来定下的每天听写30分钟VOA节目的计划也中断了一周,只好泛听,没有精听。 专利材料放这里快一个月,也与科技处的老师见了一面,一直要开工整理材料,却迟迟下不了手。导师问过一次,真怕下次再问,我该如何回答。 分出轻重缓急,我看来每件事都要急着做。分身无术,心火太旺,这不,牙龈溃烂,就差长出水泡了。 怎样安排好这些事?对我来说有些困难。
个人分类: 科研记录|1001 次阅读|3 个评论
请次生林生态与经营研究组的各位注意(1)!
JJZhu 2009-6-27 07:43
请次生林生态与经营研究组的各位注意( 1 )! 1关于论文投稿 次生林生态与经营研究组的工作人员、学生,尤其是做我负责课题的工作人员与学生,发表论文时必须经我审阅通过才可投出。 对于在研究组的学生、工作人员,上述要求基本可以得到遵守,偶尔发生了小的问题也容易纠正;但是,对已经毕业离开研究组的学生,希望你们仍遵守你们离开研究组 / 所里与研究生部签署的协议(保证),你们在用到在本研究组取得的数据发表论文时,务必与研究组联系,尤其是签署本课题组人员名字的论文。实际上,我对离开研究组 / 所不遵守此规定的学生是无可奈何的!有个 曾经的 博士生,毕业前、毕业后发表的论文我一点儿都不知道(相信研究所产权管理部门也不知道),虽然 Ta 不在这领域继续做研究,但是,利用在研究组 / 所期间取得的数据发表的论文不经研究组(研究所)同意是绝对不允许的!请各位同学注意,再有类似情况发生,我们将严厉追究! 2 关于发表 SCI 论文 不管目前国内对 SCI 论文如何评论,本研究领域( Forest Ecology and Management )目前的 SCI 期刊均比国内期刊审稿严格、要求质量高,多数刊登的内容具有原创性,发表难度远远大于国内期刊。所以,我希望研究组的工作人员与学生将自己的研究结果展示给世界,尽量多发表 SCI 论文;同时,支持研究所给予发表 SCI 论文作者的奖励,毕竟 SCI 论文作者为此付出的劳动强度和时间要远远大于国内期刊。提醒组里的年轻人:不管将来是什么评价机制,也不管将来对 SCI 是否被重视,抑或是被否定,写作并发表 SCI 论文是你们应必备的基本技能!硕士研究生在三年内发表 / 接受至少一篇中文核心期刊论文、博士研究生发表 / 接受至少一篇 SCI 期刊论文是必须的; 尤其是 博士毕业生,引用网上的一句话:博士毕业没发 10 篇 SCI 论文很正常,但如果连 1 篇都没有,那就值得怀疑了。 3 关于试验设计与论文撰写 进行实验生态学研究时,最不应该有的思维是:在没有弄清科学问题前,就先进行了试验,然后再来分析这些试验所得数据的用途,然后再反过来找科学问题,然后再去写文章;这样做具有很大的盲目性,不是真正科学研究所应该做的。而应该有的思维是:先找出科学问题,要解决 / 回答这个科学问题,在我们具备的条件下需要做什么试验、需要测定哪些参数,为此设计合理的试验方案、选择合适指标,收集数据并进行处理、分析,如此,一篇论文的框架就已经搭建起来。请研究组的研究生按着如下的顺序或思维来进行你们的试验研究: 1 )解决什么科学问题或验证什么假设 2 )在什么条件下进行什么实验 3 )需要测定哪些指标 4 )得到什么结果 5 )这些结果说明什么 6 )是否能回答所提出的科学问题,验证假设或推翻假设
个人分类: 未分类|4961 次阅读|0 个评论
植物组织培养试验怎么设计?
热度 1 Bobby 2008-10-23 17:08
植物组织培养试验怎么设计? / 刘进平 一、为什么植物组织培养结果难以复制? 在进行植物组织培养工作的时候,常听到有的学生问这样的问题,为什么我按照别人文献中提供的最适培养基怎么做不出来呢?这种问题如果不是作者有意作伪或提供假的培养基配方的话,那么问题可用下面一段话来解释。 Tissue culture techniques are often plagued by unknown variables. Consequently results obtained in one experiment are not always reproducible in subsequent ones, or results which can easily be duplicated in one laboratory, sometimes are not reproducible in another. Problems may also arise when successful routines established in small-scale initial experiments are modified to produce the same results on a larger scale, more efficiently, and at lower cost. Such new routines may mean slightly modified methods of media preparation, different types of culture vessels, larger growth cabinets, etc., with each of these steps possibly introducing unsuspected unknown changes, significantly affecting the results. (引自蒋悟生《生物专业英语》,北京:高等教育出版社, 2000 , pp251 )。 其大意是说,组织培养经常受很多未知因素或变量困扰,因此一次试验中获得的结果很难在下一次试验中重复,或者一个实验室做出的工作难以在另一个实验室进行复制。小规模试验中成功的方法需要加以调整才能在大规模试验中更有效更低成本地产生同样的结果。因此需要对培养基配制、不同类型培养容器的选择、不同大小培养箱的使用等方面加以调整。植物组织培养的每个步骤都可能引入不能预期的未知变化,并显著地影响培养结果。 二、植物组织培养试验要试验那些因子? ( 1 )不同类型的外植体: 茎尖 、 分生组织 、顶芽、 腋芽 、带芽 茎段、 节间、叶片、叶柄、根、花序、花瓣、花丝、子房壁、合子胚等。 ( 2 )不同基因型的供体植株:同属的不同种,或同种的不同品种,或同一品种的不同无性系等。 ( 3 )不同发育时期或生理状态的供体植株及外植体: 幼龄阶段 或成熟阶段的供体植株,不同生长环境条件下的供体植株,幼嫩或成熟的外植体类型。这对于木本植物来说特别重要,因为外植体来源有幼态和成熟态的区别。一般说来,木本植物 幼嫩 ( 非木质化 ) 组织一般比年老的木质化的组织 培养效果好。幼态或复幼的材料如根上抽出的根出条或分蘖条,生殖生长(开花)开始时或旺盛生长时主茎基部抽出嫩枝是最好的外植体来源,而成熟态材料(成年树的树冠部分)则难以 组织培养 。 ( 4 )表面消毒及外植体处理方法:对于热带植物,试验不同类型的消毒剂、浓度组合和消毒时间克服消毒困难是最重要的工作。如果因内部污染难以克服,则需采用无菌种子播种获得无菌实生苗外植体、 大田中采集植物材料 在温室或实验室扦插成活后采集外植体,或者从大田外植体上采集的芽真接进行分生组织培养。此外,外植体的处理方法如流水冲洗也是一个方面。外植体的褐化是困扰热带植物组织培养的另一个问题。 植物种类 或 基因型、外植体 采集时间、采集 部位及生理状态、培养基成分 、培养条件、继代 培养时间 等都影响 褐变 的发生。可采用接种较大的外植体、接种前热激预处理、 幼龄材料 及分 生或幼态部位 外植体 接种 、改变接种方向如水平或倒置接种、降低培养基中 无机盐 和植物生长调节物质浓度、避免 过高的温度和 过强的 光照 、 及时转 接到新鲜的培养基(如每隔数小时就转接一次,直到不再出现褐化为止)、 外植体采集后用流水冲洗 30 分钟以上 、 接种前先将外植体在无菌水中浸泡处理 、 使用液体培养基 、在培养基中 加入 吸收性物质(如 活性炭 、 聚乙烯 吡咯烷酮)或抗氧化物质(如柠檬 酸 、 维生素 C 、 硫化硫酸纳 )等。 ( 5 )不同的基本培养基: 盐量高的 、 硝酸盐含量高的 、 无机盐中等含量 的和 低盐含量基本培养基 加以试验。或者从著名的基本培养基如 MS 、 WPM 或 B5 等开始试验并加以改良。 ( 6 )培养基配方或组成:主要是对生长调节物质的种类和浓度组合进行试验,可采用单因子或多因子试验设计。也可参考文献或根据经验来设计几种培养基,这需要深入了解各种生长调节物质的特性与不同外植体的培养反应。 ( 7 )接种方式:不同大小不同部位的外植体,竖插或横插入一定深度或平伏在培养基表面。按照器官自然生长极性或相反接入培养基。转接时间和频率也是一个重要方面。 ( 8 )培养方式:固体培养、液体培养、半液半固培养等。 ( 9 )培养条件:光照和温度是最主要的影响因素,光照有全光照(连续光照)、黑暗条件、散射光照、一定光照时间的光周期。培养温度比如 22-25 ℃、 25-28 ℃、 28-31 ℃不同范围,或者采用不同时间间隔的变温处理(如先低温后高温或先高温后低温)。 ( 10 )不同的再生途径和发育路线: 器官发生和体细胞胚胎发生是植株再生的两种最基本的途径。无论器官发生还是体细胞胚胎发生又都可分为直接发生和间接发生(经愈伤组织培养阶段)。带芽茎段或芽可采用 单节培养(或微型扦插)或丛生芽方式等增殖。 需要指出的是: A 、上述影响因素中, 培养基配方或组成是最主要的影响因素,要重点试验,但前提是成功地克服污染和褐化问题之后。 B 、在每一种处理中,接种的外植体数量(样本大小)多多益善,至少不能少于 20 个,否则难以说明问题。 C 、保存原始数据,对结果进行统计学处理(如显著性分析、 t 测验等)将大大提高你的论文质量。 D 、用照片记录组织培养全过程的几个重要阶段, 这对将来发表文章至关重要。 (版权所有,转载或引用要注明科学网 - 刘进平博客,否则一经发现将追究责任并加以曝光)
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