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传感生物多样性——遥感对生物个体的监测
热度 4 lionbin 2014-10-21 16:35
经常有人会问我,如何用遥感监测生物多样性变化?按照传统的认识,遥感主要在大尺度研究中见长,而对于生物个体(有机体)的观测是无能为力的,因为遥感只是一台安装高倍望远镜的大幅面相机,不是放大镜和显微相机。但目前这个认识要更新了,最近阅读的几篇文章挑战了我的传统认识,更惊讶的是 遥感正考虑对地面生物个体的直接监测 。 生物多样性保护是一个公众关注的重大问题。人类健康与生物多样性之间的联系越来越强烈。科学证据表明,人类生存依赖于生物多样性的许多方面,特别是生态系统结构与功能及它们所提供的服务。生物多样性丧失是一个全球变化的问题,其后果可能会超过气候变化的影响。然而,在生物多样性关键问题方面有限的数据持续限制着这种保护努力。有效的生物多样性保护需要对生物多样性元素(如生态系统的条件或物种的数量与鉴定)以及快速了解它们随时间改变的情况。 遥感涉及在轨道卫星和飞机平台上广泛的工具和技术。它可直接观察大尺度的生态系统和大型生物,为生物多样性描绘更广泛的环境状况,跟踪气候和其他导致生物多样性变化的因素(通常用于生态模型),并使生物多样性监测具有一致的观测时间和空间。在过去的60年中,地球观测已经从空中摄影研究发展到高科技的机载三维成像技术,并进行以卫星为基础的全球监测。受地球的性质和过程变化所需的定量和丰富数据的驱动,这些技术已经得到了长足发展。在生物圈遥感领域,主要集中于土地覆盖与土地利用变化、包括火灾等生态干扰,以及植被光吸收等基本的生物物理特性。遥感专家可能不熟悉诸如“类群”、“无脊椎动物”或“保护缺失区分析”这样的术语,而生物多样性专家可能没有意识到许多现存的卫星传感器可用于基于遥感的生物多样性测绘活动。遥感学家也许不知道,栖息地的边界和土地覆盖类型并不总是或者很少相关的。生物多样性专家可能需要知道从遥感所提取的信息不仅仅是土地覆盖或植被指数。遥感专家需要了解,来自生物多样性保护领域的管理者和决策者所需的地图和信息产品是可供不熟悉自然科学的公共机构和公众了解的。生物多样性社区需要提供有关动植物栖息地边界条件的信息适合进行遥感分析。 然而,近年来,这种兴趣在生物多样性监测中迅速蔓延开来。遥感科学可在许多方面帮助保护生物学与环境管理,这两个在历史上一致分属不同研究群体的人现在终于走到一起了,这种同步对改善用遥感数据来支持环境管理决策的潜力是非常重要的。 这无疑在生物多样性监测中提出了一个巨大挑战,我们可反思那些在全球范围内广泛使用的相关卫星数据。主要的遥感传感器,如NASA的MODIS和Landsat,一直是推动生物多样性监测的前沿。一些研究通过结合地球观测数据和明确的气候与地质信息,寻找栖息地监测的新方式。这些结果是非常强大的,因为它们揭示了控制生物多样性的基本非生物联系,从物种到生态系统,从分类组成到物种间的功能变化。 生物学家显然有对畜群分布、迁徙途径和其他大型哺乳动物的生境条件的需求,但是一般直接监测哺乳动物的研究很少。许多对遥感解译的研究主要集中分析其特征和评估哺乳动物栖息地的变化,而不是对动物个体或群体的直接观察。虽然这对具有明确栖息地偏好的哺乳动物及其他动物来说不失为一种有效的方法,但我们必须知道,一些物种会利用不只单一的植被类型,也不会与单一的栖息地直接相关。 因此,在生物多样性分析中可从遥感数据所获得的相关信息通常是间接的,特别是对动物的研究,即使最高分辨率的星载传感器也允许难于对目标动物进行直接观测。许多评估大型鸟类种群的研究利用的是机载数据,而不是卫星遥感数据。因此,这些研究通常只能获得描述某个物种栖息地的变量。每种动植物物种都有确定的栖息地范围,包括温度、降水量、海拔或地形的限制,资源可用性(土壤类型、食物、猎物),以及与其他物种(包括人类)的接近程度。如果用这些变量来定义栖息地边界,那么遥感技术就可以帮助我们提取出来而制图。 “生物多样性”这个术语涵盖从基因到整个生物群落的组成与功能变化的各种生命形式。首先, “有机体”水平方面的遥感工作开始增长 。 对植物物种进行大尺度制图和分析曾经被认为是不可能的,但现在这些滚滚而来的方法和应用正将这变成现实。 比如,光探测与测距激光雷达(LiDAR)和成像光谱技术(也称为高光谱遥感)对有机体的遥感工作。激光雷达可获取对植被的定量三维视图,揭示林冠高度、分枝、叶面分布及其他属性。新型激光雷达的研究显示出检测和绘制物种与群落的能力正在迅速扩张,而且通常具有较高的精度和准确性。 激光雷达展示出通过冠层结构分析生物多样性的可能,而成像光谱技术则另辟蹊径,可通过详细的反射特性或“光谱特征”来分析植物。所有植物冠层的光谱特征,都是由多种因素决定的,包括叶片的总量、叶片的角度分布和叶片的化学成分。还有一些研究将激光雷达和成像光谱技术结合起来突破对有机体遥感的限制,以获得高精确度的物种制图(图1)。这样的组合区分不同的物种和生态系统类型与条件是强大的工具。雷达微波可以穿透云层,而通常在生物多样性丰富的潮湿热带地区则是多云的。在沿海地区,光谱仪和水深激光雷达,合并透水绿色激光,可直接监测海草、珊瑚礁和其他浅层底栖栖息地的特征。这些机载光谱仪—激光雷达/雷达组合,可以作为生物多样性轨道卫星的先驱提供生态系统组成、结构和功能的详细视图。 这种制图为曾经被认为是遥不可及的应用打开了大门 ,如植物群落组成的详细地理分析,β-和γ-多样性,特定物种的生物量和模式。 图1 巴拿马雨林的三维光谱图像,通过融合激光雷达波形和来自卡耐基机载天文台的高保真成像光谱仪测量。形象地揭示了热带雨林详细的生物、功能和结构的多样性,不同颜色表示在共存的树木和藤蔓叶中生长和防御物质的变化。 一些生物多样性研究和保护的工作充分利用了全球卫星数据,这些数据的空间分辨率大多是1公里及以上(通常用于气候研究)。大多数的这些工作包括了对生物多样性的间接遥感。在这些方法中,气候参数如温度、植被指数等综合植被测量,或植被三维结构的观测都可输入到模型中。不管是用于生态位模型中的物种数据,还是机制模型中有机体的生理和/或种群统计学信息,遥感数据都可用于评估物种的分布和丰度。例如,Pearson等使用模拟的气候变量和遥感的土地覆盖和地表数据,在生态位-种群统计耦合模型中采用空间和种群统计变量估算了气候变化的灭绝风险。在物种分布建模中如何合理使用遥感数据是具有挑战性的,因为这需要联合地理学家和生态学家开发的工具。这样做需要关注样本大小和遥感与生态数据的特性,匹配观测尺度和调查中的现象,确定一些物种的缺失信息是否需要,并明确建模的目的是什么。 上周(2014-10-17)Science上发表了一篇文章“Sensing biodiversity”(传感生物多样性),则从另外一个角度讨论了遥感监测生物多样性的问题: 将卫星遥感和航空遥感与原位传感器联网,使生物多样性许多元素的变化随时间被跟踪记录下来,最大限度地发挥其保护潜力 (图2)。 如果能充分利用公民科学, 将一些监测众包给各位爱好者,那最终的效果将更为吸引人。 图2 传感器的威力 。将卫星遥感和航空遥感与原位传感器联网,将使生物多样性许多元素的变化将随时间被被跟踪记录下来。 遥感越来越需要原位传感器的帮助,如放置在静止物体上的摄像头或小型无人机、录音机、手机、电子标签,以及直接从环境中获得的遗传物质的片段(fragments of genetic material)。来自气候研究卫星的数据其尺度通常太粗了,不能直接用于观察生物多样性的重要元素。然而,机载设备和一系列私营卫星的快速增长,用于在线地图的数据,可直接感知和识别生物,包括巨大的树冠上甚至大的哺乳动物和鸟类。这些仪器的像素大小通常50厘米到数米。比如,有研究者使用了从三个这样的卫星获得的图像来估计帝企鹅的全球种群。他们发现了四个新的集群并确认三个位置是以前曾有疑问的站点,一般通过调查确定全球某个区域繁殖群体的总数时是非常困难的。关注物种的全球种群进行估计是保护措施中的一个关键问题。对这个问题来说,分离企鹅、雪、阴影和鸟粪是独特的,需要类似的工作,但这项研究表明, 正有越来越多工作在使用遥感来区分有机体与其周围环境。 非常高空间分辨率的传感器通常要获得更高空间分辨率的数据,其对地表覆盖就要窄得多,这对组装成全球等大范围数据集颇具挑战性。此外,这些商用数据集的成本可能会增加保护预算。成像光谱仪或高光谱传感器提供非常高的光谱(对比空间)分辨率。本质上它们能生成从可见光到短波红外波段的连续光谱,大多政府或商用航拍飞机都是如此。数米至数十米分辨率的光谱反映了冠层植被和海洋浮游植物的独特化学性质。在最后的卫星产品中, 科学家可以区分一些生态学特性,甚至地面和水里的属和物种,可对这些种类进行制图,还能描述相关生态系统的组成和功能。 随着机载和天基遥感的发展,原位传感的发展特别引人注目。陆生和水生动物的传输标签(Transmission tags)、相机陷阱(camera trap,作为野外调查的一种非损伤性技术手段,在传统调查方法难以实现的情况下表现出极大优势,被广泛应用于野生动物生态学和保护学研究中)、录音设备、遥控无人机,以及淡咸水域和土壤中环境DNA的收集可直接观察生物,甚至生物多样性的微生物组成。这些方法也提供有关动物行为的信息、丰富度和群落组织的信息。这些传感器的体积小,为地球陆地景观和海洋景观提供了潜在的近乎无所不包的传感设备。 公民科学进一步增长细微尺度生物多样性的观测。 这些原位数据提供了在基因、物种和一些生态系统水平的洞察力,这些尺度对遥感来说还是困难重重。原位传感因此带来了细微尺度的生物多样性信息,可用于更广泛的状况,并成为遥感所获得的环境驱动因子的测量。它还可以生成生物多样性观测所急需的时间序列,补充遥感时间系列的测量 ,例如跨越几十年的土地覆盖和海洋表面温度。 来自卫星、飞机和原位传感器的数据,覆盖广泛的空间尺度。协同使用这些遥感数据需要复杂的网络和地统计分析来填补精细尺度有机体或基因观察与生态系统尺度观测的差距。将生物多样性观测与变化有关的更广泛的环境驱动因子的数据联系起来,类似的网络是必须的。未来,尺度并非唯一的问题,大量的传感器类型用来测量生物多样性元素,甚至在同一空间尺度有更复杂的网络,也有来自模型的信息集成。这种类型第一个程序化的网络正在被创建。在美国全国生态观测站网络(NEON)建设中,提出将全国台站的原位采样与机载和卫星遥感链接起来,这仍需要设计一些卫星组件。国际地球观测组织(GEO)伙伴,特别是其旗下的 全球生物多样性观测网络(GEO BON),是由国家政府第一次尝试共同协调卫星、航空、生物多样性元素跨基因、物种和生态系统的原位观测,这一努力对在生物多样性公约和政府间生物多样性和生态系统服务平台背景下实现政府义务来评估国家生物多样性是至关重要的。 展望未来,最深刻和最具社会重要性的生物多样性制图,将集中于人类活动的直接(即土地覆盖变化)和间接(即气候变化)影响如何改变我们的生物圈组成,以及物种组成的变化如何通过生态系统来调解给人类的服务。通过这样的认识,我们不仅能更深刻地体会到我们这个星球惊人的生物多样性,而且我们还能更清晰和定量地认识到生物多样性对人类的生存是多么重要。 参考文献 Science 17 October 2014: Vol. 346 no. 6207 pp. 301-302, DOI: 10.1126/science.125 Remote Sensing 2013, 5(1), 374-376; doi:10.3390/rs5010374 Remote Sensing for Conservation: uses, prospects and challenges. http://remote-sensing-biodiversity.org/zsl-symposium Earth observation satellite sensors for biodiversity monitoring: potentials and bottlenecks, International Journal of Remote Sensing, 2014, Vol. 35, No. 18, 6599–6647, http://dx.doi.org/10.1080/01431161.2014.964349
个人分类: 一起读顶刊|13851 次阅读|8 个评论
机器人学
benlion 2014-8-26 17:53
人类文化范式的发展,经历了艺术与宗教、哲学与工程(古代中国)和科学与工业(近现代)的3个历程。 从星球上生命的起源与进化,到人类文明的演化,而将进入机器人技术进展时代。人类医学,经历了传统与经验医学、实验与分子医学,而到系统与工程医学时代。 人类文明,涉及个体与群体的自然、社会与精神3个方面,从而,发展了“道-兵、儒-法与释-名家”哲学、数学(筹算与商家)、技术(农家和墨家)与艺术(戏曲等)的文化体系,而后,发展到科学与工业文明。 人类社会的行为,包含,宗教与科学的2个方面。 机器人的设计,不仅,涉及心理与认知科学、遗传与生物科学的原理与工程技术方面,而且,也涉及机器人的宗教或伦理原则。 -(从生物系统到人工生物系统)-
个人分类: 工程|2106 次阅读|0 个评论
关于生态学的10个规律及随想—(8)有机体具有很多限制
热度 1 chensing 2014-8-25 21:02
有机体表现出来的形态、功能和环境适应力的总多样性是令人惊叹的,每个个体(和每一个种,但较少程度)则在相对较小的约束范围中运转。约束基本上有两类:( i )受物理学规律的约束,( ii )受进化史和遗传可塑性的限制的约束。由于这些约束,进化从来就没有达到 “ 完善 ” 过;尽管有许多令人惊叹的精巧的生物结构,但有机体基本上是许多妥协的杂烩 。 物理约束的例子有动物身体的比例,细胞的大小等; 进化约束的例子有脊椎动物的眼睛、喉返神经等。 这些约束和限制,使得地球上不会出现一种全能的生物,也使得各种生物都能在自然界找到自己的生态位,这也可以认为是生物多样性的基础之一; 那么,在基因工程设计中,我们要不要创造出一个完美的物种?想像有一种大豆或水稻或小麦:耐旱、抗任何病虫害、抗除草剂、还高产,是美梦还是恶梦?! References [ 1 ] A. 麦肯齐等著,孙儒泳等译 . 生态学 . 北京:科学出版社, 2000
3075 次阅读|1 个评论
人工有机体和机器人
benlion 2013-6-4 19:54
人造生命 * 的诞生和人类机器到达火星 – 2012 年 “ 好奇号 ” 火星探测车成功登陆,象征人类飞向外太空和进入太阳系文明 世纪 。 人类社会进入科学 - 数学与工程 - 艺术 时代 ,形成知识 - 信息 - 创意和制造 - 能源 - 物流产业,以及金融 - 证卷 - 投资等产业的经济结构,银行与税务、基金会和投资商的管理是社会的调控机制。 企业是小型社会,公司组织的演变,如同科幻电影表达的未来社会,前沿科学和尖端技术将在企业的组织迅速发展。 注 * : 20 世纪 60-70 年代系统生物学(词汇和概念)提出是系统理论和数学方法的生物系统研究, 80-90 年代发展了计算机建模方法,网络生物学尽管词汇提出于 21 世纪,网络拓扑学是数学,也就属于数学生物学范畴;因而, 90 年代到 21 世纪的发展是技术方法和系统生物工程 – 人工生物系统的合成生物学研究。 -(太阳系文明)-
个人分类: 经济|2682 次阅读|0 个评论
[转载]不同环境下的有机体可以相互杂交
热度 1 crossludo 2012-6-20 13:08
不同环境下的有机体可以相互杂交,并且不会阻碍进化与新物种的产生 酵母菌 (化石网/歆塬编译)来自奥克兰大学的学者利用实验解释了进化学上一个经典的谜题——有性繁殖如何帮助物种适应不断变化的环境。Mat Goddard博士说,依据经典的进化学说,有性繁殖会妨碍物种适应复杂环境并出现新物种,但实际情况与理论却是矛盾的,有性繁殖是一项极其成功的生存策略,它完全不会对进化产生阻碍。研究者此次进行的实验就支持另一种与经典学说完全不同的理论。 在有机体适应环境挑战的过程中,它们会积累有益的基因突变,而有性繁殖能够为后代提供父母双方基因的混合,理论上讲,由于混合过程会使有益基因稀释,有性繁殖对有机体适应不同环境显得不利,因为经典理论认为在一种情况下有益的基因在另一种情况下会变得有害。为了验证这一理论,研究者培育了能够由无性转为有性的酵母菌株,两种酵母菌群在不同环境下被允许进行有性繁殖,以此来观测其适应环境的速度是否变慢了。事实上,有性繁殖反而加速了它们的适应速度,甚至在两类群进行了杂交的情况下也是如此。这表明在一种情况下有益的基因在另一种情况下不一定有害。 Goddard博士说,如果经典理论成立,那么任何两类有机体之间的杂交都会减慢进化速度,若要利用经典理论解释进化,会遇到诸多复杂情况。实验结果支持不同的理论, 不同环境下的有机体可以相互杂交,并且不会阻碍进化与新物种的产生。( 化石网/歆塬编译) 相关新闻: · 英科学家称兔子进化到大象需1000代
个人分类: 科研迷题|1567 次阅读|1 个评论
系统生物学3个时期
benlion 2012-1-5 21:19
系统科学的所谓新老 3 论,涉及到生物或有机体研究的渊源,在 50 年代 -70 年代国际上是热门时期,然而进入分子生物学时代后在生物学领域里已经几乎只是很少一个群体在理论生物学和生物数学里继续, 68 年的国际系统论与生物学会议和 89 年的计算机数学建模和生物化学系统论会议(国际分子系统生物学会议的第一届), 96 年在北京举办的国际转基因动物研讨会论述的生物技术和基因工程的系统论方法, 96 年 -99 年的国际通信和筹办国际系统生物科学与工程会议(网站早在 99 年第一季度通信 96 年之前已经, Nature99 年 10 月等)倡导在计算生物学与实验生物学结合层面的探讨, Hood (胡德)是 99 年 10 月注册系统生物学域名开始进入这个领域, 99 年 -2000 年国际上同时涌现这个趋势, 01 年许多科学家又同时从 Omics (组学)生物技术、计算生物学模型、合成生物工程和应用系统理论等 4 个方面论述系统生物学与合成生物学(系统生物学的工程概念), 03 年形成概念共识 - 系统论、实验、计算与工程方法的生物系统、人工生物系统研究;因此,系统生物学经历了 60-70 年代的理论时期、 80-90 年代的计算机建模或计算系统生物学时期, 90 年代 - 以 96-99 年的显著涌现不同专业平行发展的科学家聚焦或转向系统生物学和交叉 * 到了实验与计算结合的研究范式。 注 * :在这个领域的交叉学科,我的概念是在两个层面开展,一是应用其它学科方法研究生物系统,二是将其它学科原理应用于人工生物系统开发。胡德的是生物技术和仪器设备角度的交叉概念。 胡德 2000 年建立研究所,正式论述是 01 年在切奇等基础上组学( omics-99 年之前已经形成)概念的系统生物学(有说是提出词汇 - 实为注册域名,词汇 68 年已经存在,也能在 NIH 文献库查到 93 年),独创是“ 4P 医学”和“纳米系统生物学”,北野宏明 2000 年举办国际会议而论文于 01 年出版,北野宏明在 Tomita 等 e-cell 模型的基础上论述的主要是“计算系统生物学”和软件语言等。
个人分类: 2012|2423 次阅读|3 个评论
管理信息系统建设导论
热度 1 zlhua 2011-7-27 16:36
阐明管理信息系统建设与开发之间的关系,通过现代组织管理信息系统开发的成功与失败案例,分析影响管理信息系统开发成败的关键因素。 管理信息系统属于管理系统范畴,它相当于组织级的神经系统(Nervous System)。最初,它可能是完全基于自然人的,通过组织成员自主交流互动,完成管理信息系统的基本功能。基于自然人的管理信息系统伴随组织的诞生而自发产生,这也是为什么说,对于任何组织而言,管理信息系统不存在有无问题,只存在优劣之分的理由之一。 现代管理信息系统建设的主要任务是采用先进的信息科学技术不断优化组织现有管理信息系统,如果一开始组织的管理信息系统是基于自然人,那管理信息系统建设的首要任务是要实现基于自然人的管理信息系统向基于计算机的管理信息系统转变。然后才在此基础上继续对其进行优化,使之能够更快、更准确地为组织管理提供决策支持,增强管理的效率和效益,不断给予组织可持续发展的动力。本篇探讨的管理信息系统建设主要是基于计算机的管理信息系统的可持续开发过程。 从组织初装第一台计算机开始,组织就注定会经历若干次管理信息系统的开发。小到安装一个单机版的会计核算系统,大到在BPR的基础上开发ERP,都可以看作一个个相对独立的管理信息系统开发项目。其实,最初管理信息系统开发是一件相对简单的事情,在计算机发展的早期,程序员是管理信息系统建设的主要力量,由于每个程序员对构造系统的相关技术的掌握程度和习惯的不同,导致所开发出来的系统之间难以整合,特别是当原有程序员退出管理信息系统建设工作之后,新进程序员很难对现有系统进行维护,使得再次开发不可避免。现在则不同,现代管理信息系统开发已被纳入了系统工程范畴,都需要遵循从系统识别、选择,规划,系统设计、系统分析、系统实施、系统运行与维护等工程步骤。 未完待续。。。 【天马行空】 现代生理学研究表明,人体是一个极为复杂的有机体。体内各器官、系统的功能各异,彼此之间看似相互独立,但却可以在神经系统的直接或间接调节和控制下,相互联系,相互制约,相互协调,相互配合。同时神经系统还能对体内外各种环境变化做出迅速而完善的适应性调节,从而维护体内各器官、系统功能的正常进行。使所有人体器官和系统和谐统一、共同完成认识世界和改造世界的活动。 组织也是一个复杂的系统,主要由人、财、物三个主要因素构成。如何配置好这三要素,是管理者必须思考的问题。 如果把一个组织比作一棵大榕树,那么处于最高层的领导者则是树根,中间的管理者则是树枝,而底层的树叶则是基层工作者。根决定了这个树的根本属性。 从人类科学技术发生发展规律来看,科学技术之所以能发生,主要源于社会需求。社会的需求是刺激科学技术发生的源动力。但尽管如此,不能发现有些科学技术一经发生很快就消亡了,而有些则快速被优化、发展、推广、普及。而决定已发生的科学技术是否能进一步发展有很多影响因素,其中,最重要的是社会需求的强度需求,此外还有一个非常重要的因素,则是事物发展的客观规律的制约。比如,在大跃进时期,中国人当时有非常强烈的提高粮食亩产的需求,其需求的强度非常高,但尽管如此,农业科技仍然没有得到飞速发展,其原因就在于忽略事物发展的客观规律,盲目追求人的需求最大化。 文献调查发现,管理信息系统这个概念最早出现在1970年,当时由瓦尔特.肯尼万提出:“管理信息系统是以书面或口头的形式,在合适的时间向经理、职员以及外界人员提供过去的、现在的、预测未来的有关企业内部及其环境的信息,以帮助他们进行决策。” 【扩展阅读】:神经系统的功能 人体是一个极为复杂的有机体。体内各器官、系统的功能各异,但彼此之间并不是相互孤立的。体内各器官、系统在神经系统的直接或间接调节和控制下,相互联系,相互制约,相互协调,相互配合,共同完成统一的生理功能;同时神经系统还能对体内外各种环境变化做出迅速而完善的适应性调节,从而维护体内各器官、系统功能的正常进行。 神经系统由中枢神经系统和周围神经系统组成。中枢神经系统位于颅腔和椎管内,包括脑和脊髓,主要由神经细胞及神经胶质系统构成。位于颅腔和椎管以外的神经组织属于周围神经系统,包括神经干和神经节。神经系统发挥调节功能主要依赖于中枢神经系统。 1.神经元 神经细胞能够感受刺激和传导兴奋,是构成神经系统的结构和功能的基本单位,又称为神经元(neuron)。人类中枢神经系统含有约1000亿个神经元,其形状和大小不一,直径在4-150um之间,但大多数神经元与典型的脊髓运动神经元相仿,由胞体和突起两部分组成。神经元的胞体主要集中存于大脑和小脑的皮层、脑干和脊髓的灰质以及神经节内。突起部分分为树突(dendrite)和轴突(axon)。一个神经元可有一个或多个树突,它们由胞体向外伸展,并呈树枝状分支。有些神经元,尤其在大脑和小脑的皮层,树突分支上还有大量多种形状的细小突起,称为树突棘,常为形成突触的部位。一个神经元一般只有一个轴突。与树突相比较,轴突较为细长,直径均一,分支较少,但可发出侧支,与轴突成直角。胞体发出轴突的部位常呈圆锥形,称为轴丘。轴突起始的部分称为始段;轴突的末端分成许多分支,每个分支末梢部分膨大呈球状,称为突触小体(synaptic knob),另一个神经元的树突或胞体相接触而形成突触(synapse)。突触小体内含有丰富的线粒体和囊泡,囊泡内含有神经递质。轴突和感觉神经元的长树突二者称为轴索,轴索外面包有髓鞘或神经膜,成为神经纤维(nerve fiber)。 神经纤维末端称为神经末梢(nerve terminal),除了与其他神经元形成突触结构外,还分布在其他器官、系统的组织中,形成各种各样的神经末梢。根据功能不同,神经末梢分为感觉神经末梢和运动神经末梢两大类。前者与其相连的各种特化装置一起称为感受器;后者终止于其他器官、系统的组织中,主要是肌肉(骨骼肌、心肌和平滑肌)或腺体等效应器,指派配它们的活动。 神经元是高度分化的细胞,它的基本功能是:(1)能感受体内、外各种刺激而引起的兴奋或抑制;(2)对不同来源的兴奋和抑制进行分析综合:神经元通过其突起与其他神经元、其他器官、系统的组织之间的相互联系,把来自内、外环境改变的信息传入中枢神经,加以分析、整合和贮存,再经过传出通路把信号传到其他器官、系统的组织,产生一定的生理调节和控制效应。此外,有一些神经元,如下丘脑中某些神经元,除了具有典型的神经细胞的功能外,还能够分析激素,它们可以将中枢神经系统中其他部位传来的神经信息,转变为激素的信息。 2 神经胶质细胞 神经系统除了神经元外,还有大量的神经胶质细胞(neuroglia)。其数量是神经元数量的10倍,神经胶质细胞广泛分布于中枢和周围神经系统,在周围神经系统,有包绕轴索形成髓鞘的施万细胞和脊神经节中的卫星细胞;在中枢神经系统,有星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞。它们也有突起,但无树突和轴突之分,与相邻的细胞不形成突触样结构。目前对神经胶质细胞的功能知之甚少,主要有以下几个方面的假设:(1)支持作用;(2)修复和再生作用;(3)物质代谢和营养性作用;(4)绝缘和屏蔽作用;(5)维持合适的离子浓度;(6)摄取和分泌神经递质。 3 神经递质 神经递质(neurotransmitter)是指由突触前神经元合成并在末梢处释放,经突触间隙扩散,特异性地作用于突触后神经元或效应细胞上的受体,引致信息从突触前传递到突触后的一些化学物质。
个人分类: 随便想想|3329 次阅读|5 个评论
[转载]盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)
syfox 2011-6-22 13:35
耕种行为并非人类的专利,研究人员发现一种真核微生物也会播种并收获自己的食物——细菌。 新一期 Nature 报告说,美国赖斯大学的研究人员发现一些盘基网柄菌具有这种农业行为。盘基网柄菌是黏菌的一种,虽然名字中带个“菌”字,却并不是通常说的细菌,而是属于真核生物。它通常以单细胞形态存在,以细菌为食,但当某处的食物变得匮乏时,大量盘基网柄菌就会聚集到一起,形成黏液状的多细胞有机体,集体迁徙到别的地方。 过去人们一直认为盘基网柄菌只会这样四处“游猎”,但本次研究发现,有的盘基网柄菌在找到可作为食物的细菌后,并不将其完全吃掉,而是留下一部分作为“种子”,在集体迁徙时也带上这些“种子”,到达新地方后再进行“播种”,以收获更多细菌。研究人员在报告 中风 趣地称这些盘基网柄菌为“农民”。 领导研究的德布拉·布罗克说,盘基网柄菌有很多种,研究只发现其中一部分具有这种行为。具有这种能力的盘基网柄菌在食物稀缺环境下要比其他同类更具竞争力。( 生物谷 Bioon.com) 生物谷推荐原文出处: Nature doi:10.1038/nature09668 Primitive agriculture in a social amoeba Debra A. Brock,Tracy E. Douglas,David C. Queller Joan E. Strassmann Agriculture has been a large part of the ecological success of humans1. A handful of animals, notably the fungus-growing ants, termites and ambrosia beetles2, 3, 4, have advanced agriculture that involves dispersal and seeding of food propagules, cultivation of the crop and sustainable harvesting5. More primitive examples, which could be called husbandry because they involve fewer adaptations, include marine snails farming intertidal fungi6 and damselfish farming algae7. Recent work has shown that microorganisms are surprisingly like animals in having sophisticated behaviours such as cooperation, communication8, 9 and recognition10, 11, as well as many kinds of symbiosis12, 13, 14, 15. Here we show that the social amoeba Dictyostelium discoideum has a primitive farming symbiosis that includes dispersal and prudent harvesting of the crop. About one-third of wild-collected clones engage in husbandry of bacteria. Instead of consuming all bacteria in their patch, they stop feeding early and incorporate bacteria into their fruiting bodies. They then carry bacteria during spore dispersal and can seed a new food crop, which is a major advantage if edible bacteria are lacking at the new site. However, if they arrive at sites already containing appropriate bacteria, the costs of early feeding cessation are not compensated for, which may account for the dichotomous nature of this farming symbiosis. The striking convergent evolution between bacterial husbandry in social amoebas and fungus farming in social insects makes sense because multigenerational benefits of farming go to already established kin groups 盘基网柄菌生活在含丰富有机物的土壤中。当潮湿时,子实体接种的孢子释放单倍体细胞,这些细胞呈现阿米巴的外形和生活方式。它们生活在水膜中,吃细菌,通过二分分裂方式繁殖(营养期,vegetative phase)。只有当食物供给已经耗尽或食物暴露,有干掉的危险时,成百上千的黏菌就向周围发送信号——环腺苷酸小分子cAMP。收到信号的黏菌,也向其周围发送同样的信号。在一片互相收发的信号背景中,自发形成一个聚集中心。大量黏菌聚集后,形成一个多细胞组成的蛞蝓。口语中也称它为“蛞蝓”,科学术语称它为粘聚菌(grex)或假疟原虫(pseudoplasmodium)。蛞蝓被包在一种粘质的、非细胞片物质中,能象一个真正的蛞蝓那样移动。它迁移到一个明亮的地方变成子实体(fruitingbody),子实体由一个基板和一个支持球形新孢子聚集于顶端的茎组成。基板和茎由体细胞构成。体细胞形成由纤维素组成的壁,最后死亡。相反,其中的孢子细胞存活,它们是生殖细胞,其形成和释放都是为了执行无性繁殖的功能。   从大量黏菌以自己为中心向四面发送cAMP信号,最初形成均匀的随机背景,后来突然自发产生一个聚集中心。这是一种以自发对称破缺为特征的非平衡相变,是自组织行为的典型事例。人们对此进行过许多实验和理论研究。   在无性繁殖的生命周期中,网柄菌从单细胞状态到多细胞状态发生了一个非同寻常的转换:大量单个阿米巴集合成一个社会群体,使能适应不利的环境条件。因此,网柄菌是一种由原来独立的单细胞阿米巴形成的“部分时间是多细胞的生物体”。   网柄菌在非正常条件下也会产生奇妙的有性生殖:通过吞噬相邻的阿米巴,两个细胞融合并扩大成一个巨型细胞,这个巨型细胞被包裹在囊内,尔后经过减数分裂和有丝分裂产生新的单倍体阿米巴虫。   图示盘基网柄菌的生命周期。 近年来, 盘基网柄菌 作为异源重组糖蛋白表达载体的研究受到了学术界的重视,已经有多种具有生物活性的复杂糖蛋白成功地得到了表达。通过对表达产物的研究发现, 盘基网柄菌 具有各种翻译后加工机制,例如磷酸化、酰基化及形成GPI(糖基磷脂酰基醇)锚点等,具有类似于高等动物的糖基化修饰能力。与哺乳动物细胞表达载体相比较, 盘基网柄菌 具有培养成本低廉、细胞生长迅速及易于大规模培养的优势。 盘基网柄菌 有可能发展成为一种有重要应用前景的糖蛋白表达载体系统
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生物多样性研究国际文献分析报告 1966 - 2011年
xupeiyang 2011-5-22 07:46
生物多样性是指一定范围内多种多样活的有机体(动物、植物、 微生物 ) 有规律地结合所构成稳定的 生态 综合体。 这种多样包括动物、植物、微生物的物种多样性,物种的遗传与变异的多样性及 生态系统 的多样性。 http://baike.baidu.com/view/6597.htm#3 http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/WEB1kOWEB10O00h0010009000000h001000j100300.y 文献的研究主题分布:详细分析报告见附件,最好在分析平台上查看动态的分析结果。 Biodiversity 12,666 ‍ Animals 7,560 ‍ Ecosystem 6,055 ‍ Residence Characteristics 4,364 ‍ Phylogeny 3,020 ‍ Environment 2,769 ‍ Genes 2,725 ‍ Conservation of Natural Resources 2,623 ‍ Nature 2,607 ‍ Bacteria 2,356 ‍ Population Dynamics 1,940 ‍ Humans 1,829 ‍ Species Specificity 1,649 ‍ Ecology 1,634 ‍ Sequence Analysis, DNA 1,608 ‍ Evaluation Studies as Topic 1,567 ‍ DNA 1,538 ‍ Trees 1,403 ‍ RNA, Ribosomal, 16S 1,388 ‍ Climate 1,336 附件:信息分析报告 Biodiversity.doc
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科技革命是人类社会的一种病变
热度 1 ibc 2011-4-23 22:54
科技革命是人类社会的一种病变,技术的爆炸性发展与癌细胞的飞速扩散相当,最终的结果都是耗尽有机体的养分,破坏器官,导致其寄宿体的死亡。 我们应该放弃那些“粗暴的”技术,如化石能源和核电,保留“温和的”技术,如太阳能和小水电。我们应该将那些大中城市解散,将人们分布于自给自足的,采用温和技术的小村镇,建立新型的“新农业社会”。
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基于化学遗传学的天然产物的发现
yylscu 2011-3-27 23:53
一.化学遗传学: 化学遗传学的研究历史虽然只有短短的十多年,但由于其特殊的特点已经在很多研究中得到应用。其核心的研究策略包括正向化学遗传学和反向化学遗传学。其中正向化学遗传学是指,以细胞(原核,真核)或者有机体本身为靶标,采用小分子化合物高通量筛选突变体,然后进一步寻找小分子化合物的具体的蛋白,或者基因靶标,进而确定蛋白以及基因的功能;而反向化学遗传学是指采用已经得到的蛋白为靶点,采用高通量筛选的方法找出与之有相互作用的小分子配体,在用这些化合物处理细胞或者有机体观察其功能,进而确定该蛋白的功能。可以说化学遗传学跟分子遗传学一样是遗传学的一个分支,由于其可控的和可逆的(可以随时加入或除去化合物,从而启动或中断特定的反应)特性,目前已经在信号转导,药物开发,功能基因组学等方向的研究中得到了广泛的应用。 二.天然产物化学背景介绍: 天然产物化学研究已经有较长的历史,在其发展过程中不仅对有机化学,及现代分析技术产生了推动作用,更重要的是为现代药物治疗提供了大量的先导化合物。近年来由于现代分离,检测技术的引用天然产物化学研究在微量,及结构复杂成分的研究方面取得了一定的成就,但是由于大量出现的重复分离化合物的问题以及在分离上的盲目性等使得其进一步发展遇到了瓶颈。而最近出现的全基因组测序,以及现代分子生物学方法的引入给天然产物研究注入了新的活力。现在研究的比较火的“基于基因资源的新的天然产物的发现”(genome mining find natural products)就是一个很好的例子,但是其主流的研究方法是采用分子生物学的方法如:次生代谢产物基因簇的异源表达,插入强启动子活化沉默基因簇,以及通过表达特异性的调控因子等方法(这方面可以参考我之前写过的一篇博文“基于基因资源的天然产物的发现”)。这些方法对于传统的天然产物化学研究的人来说往往难以开展,因此有必要开发更多的方法。 三.小分子诱导的天然产物的发现: 在长期的微生物天然产物的研究中发现,培养条件的改变往往能够改变微生物的生长状况以及次生代谢情况。早在上世纪90年代就有人就提出了“一个物种多个化合物”的学说,即是指同一个细菌或者是真菌在不同的培养条件下会得到不同的化合物,最近随着各种微生物的全基因组测序,发现在这些微生物的基因组中存在着大量的跟次生代谢有关的基因簇,远远超过从这些微生物中已经发现的化合物,因此将这些对应基因称为“cryptic gene cluster”对应的天然产物称为“隐形天然产物”,这就给“一个物种多个化合物”的学说提供了一个很好的证据,在一般情况下这些“隐形生物合成基因簇”是沉默的,只有在某些特殊的条件下他才会被活化并表达出相应的天然产物。在长期的研究过程中发现,培养过程中加入某些特殊的小分子化合物往往能够激发这些沉默的天然产物。常见的化合物主要有:1.DNA甲基化酶,组蛋白去乙酰化酶抑制剂。2.多糖类化合物。3.某些合成酶的抑制剂。4.重金属离子等。目前采用这种方法已经得到了十多个新的天然产物,由于其操作的简单方便,易于开展等特点使得该方法得到了广泛应用。 四.基于化学遗传学的天然产物的研究: 化学生物学(化学遗传学)的核心是采用小分子化合物来调控生物体的生命活动过程,因此采用小分子化合物调控微生物的次生代谢产物的合成从理论上来说是合理的,基于此采用化学遗传学的方法研究微生物次生代谢产物是很有意义的。目前虽然基于小分子诱导的天然产物的发现的报道已很多,但是主要是通过随机的实验研究,有关其机理及化学遗传学的研究还较少,因此有必要进一步开展化学遗传学的研究。一方面可以采用反向化学遗传学的方法,通过现有的关于次生代谢产物合成的调控的机制的知识,找出调控相关的蛋白,再通过高通量筛选找出可以与其相互作用的小分子化合物,然后用这些化合物处理微生物检测其次生代谢产物。另一方面可以采用正向化学遗传学方法,直接拿微生物筛小分子化合物得到可以活化次生代谢产物的小分子化合物后再找出其对应的蛋白或者基因靶点。确定这些蛋白的功能,同时可以得到跟次生代谢产物生物合成调控相关的信息。这样就可以合理的设计出小分子诱导天然产物发现的方法。相信化学遗传学方法的引入一定会给微生物天然产物的研究带来新的变革。。。
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GMT+8, 2024-6-1 20:33

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