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Topic Linkages between Papers and Patents
xiaohai2008 2012-9-27 16:33
@INPROCEEDINGS{XXQS+12, author = {Shuo Xu and Lijun Zhu and Xiaodong Qiao and Qingwei Shi and Jie Gui}, title = {Topic Linkages between Papers and Patents}, booktitle = {Proceedings of the 4th International Conference on Advanced Science and Technology}, year = {2012}, pages = {176--183}, location = {Beijing, China}, publisher = {Science and Engineering Research Support soCiety (SERSC)}, abstract = {The papers and patents are usually considered as the indicators of basic science studies and technologies, respectively. Previous linkage research between papers and patents mainly focus on the analysis of non-patent literature cited by patent from the viewpoint of citation analysis. Thus, one will miss many valuable scientific papers that are not cited by patents until now. This paper proposes a simple procedure for constructing topic linkages between papers and patents by analyzing these two kinds of information resources simultaneously. Experimental results on \emph{new energy vehicles} indicate that our approach is feasible and efficient.}, keywords = {Topic Linkages \sep Topic Models \sep Topic Similarity \sep Latent Dirichlet Allocation \sep Optimal Transportation Problem}, } 全文见: TopicLinkage.pdf 宣讲幻灯片见: TopicLinkages (Slides).pdf
个人分类: 机器学习|3486 次阅读|0 个评论
火鸡(遗传图谱)SNP based linkage map of the turkey genome
jjb8104149 2010-12-31 17:34
火鸡 即吐绶鸡(turkey)。鸡形目吐绶鸡科吐绶鸡属的一种; 是一种重 要的农业物种,对世界家禽肉制品生产的贡献居第二位。 火鸡基因组2010年发表在PLoS Biology,应用Roche 454和illumina技术相结合测序组装出火鸡的基因组草图,Contig N50 为12.6kb,Scaffold N50 为1.5Mb,而遗传图谱的构建不仅可用于QTL定位分析,还可作为框架使测序所得scaffold组装成染色体。同时遗传图谱的构建还能反应火鸡的重组热点,反应出火鸡在染色体水平上的重组和交换关系;而且通过比较基因组学的分析,例如和鸡基因组基因组比较分析,研究基因组进化机制及有助于鉴定基因组重组、复制、缺失等不常发生的基因组事件。 Aslam 等( BMC genomics , 2010 )通过对 18 个近亲家系 1008 ( 35F1 和 973F2 )只火鸡群体 , 应用 775 个 SNPs 进行分型,其中 570 个 SNPs 构建了火鸡的遗传图谱,总的遗传图距为 2,234c M, 覆盖了 28 个连锁群。此连锁图谱比先前报道应用SSR等标记的图谱高,具有更均匀的标记( markers )分布,并且本图基于 SNP 标记,比先前连锁图中所用微卫星标记相比, SNP 标记可更方便和快捷地用于基因分型分析。本研究显示火鸡和家鸡仅含有相当少数目的染色体间和体内的基因组重组而具有高度保守的基因组结构。 Aslam et al.: A SNP based linkage map of the turkey genome reveals multiple intrachromosomal rearrangements between the Turkey and Chicken genomes. BMC Genomics 2010 11:647.
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High-density SNP-based chicken linkage map
jjb8104149 2010-12-22 13:30
基因组学的快速发展带动了遗传连锁图谱的构建,遗传连锁图谱的构建加速了基因组学水平上的研究,通过遗传连锁图可以在染色体水平上对基因组进行比较研究,使得比较基因组学能够得以直观的表现出来。而且遗传图谱可以反应物种在减数分裂过程中的重组与交换事件,从而得出重组率以及重组热点,这些基础研究将为以后的育种研究提供理论依据,我们可以更加清晰地进行杂交育种、对群体进行人工选择。从而加速育种进程,获得我们所需要的优良品种。 鸡肉居全世界家禽肉消费之首,同时鸡蛋也是人们不可或缺的食物之一,其经济价值不言而喻,由此关于鸡的研究也是非常之多,自2004年家鸡基因组测序组装完成以来,关于鸡的研究paper也是越来越多,并且在基因组学水平进行的研究更是非常众多,其研究界的大牛 Leif Andersson 更是发表了无数关于鸡的paper,以下是genome research中的一篇关于应用SNP分子标记构建遗传图谱进行的研究。 Martien A.M. Groenen, Per Wahlberg, Mario Foglio, et al. A high-density SNP-based linkage map of the chicken genome reveals sequence features correlated with recombination rate. Genome Research. 2009 19: 510-519. paper中通过12,945 SNPs对三个已经存在的的鸡作图群体(52 BC1\ 456 F2\ 47 F2, 4 F1, 4 F0)进行genotyping,得到高密度的遗传图谱,图谱总长度达3228cM, 图谱由34个连锁群组成,其中至少覆盖了38条常染色体中的29条。并研究了鸡的重组热点。
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