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应用BICOMB2处理EXCEL数据软件生成共现矩阵案例: 热度 1 zilu85 2014-5-30 15:32; 【这是东北农业大学的翟洪江老师在使用bicomb过程中历经磨难后得到的一些经验，总结后发给了我，我觉得应当跟大家共享一下，所采用的方法不一定是最好的，但是确实提供了解决问题的一种思路，欢迎大家讨论。】最近做了一个关于文件计量的研究。由于本人没有任何基础，所以做起来比较难。在网上收集了很多资料，发现崔雷老师的 BICOMB2 软件很适合我的研究。第一，这个软件针对于中文数据制作，我的数据主要来自于 cnki ；第二，我已经将所以论文的数据导入到 EXCEL 之中，这个软件对格式的自定义功能可以让我处理这些数据，不必在从 cnki 上重新下数据。由于本人没有学习过文献计量学的软件，所有用起来比较难，尽管有崔雷老师的指导，但是仍然做了很多次试验才操作成功。为了让如我这样笨的菜鸟少走弯路，我写下这个案例，供大家参考。本案例只适合于没有任何文献计量学基础的人使用。我的文件结构如下图（案例中文献是我在 cnki 中主题，输入“文献计量学”，被引前 150 的文章）。我要做的是作者的共现分析。由于 BICOMB 不支持 EXCEL 格式（好像所有的文献计量学软件都不支持），我们要把它转化成 TXT 文件，但直接另存为 txt 文件可不可以呢？答案是否定的。在转化之前我们要制作节点。要制作两个节点：一个是文章节点，它要使软件能区分哪些作者是一个文章出现的；一个是字段节点，抽取作者字段从哪里开始。单独将作者这一列加入到新的表中，在前面加一列，写上抽取字段节点字符，似乎写什么字符都可以，我是按照 cnki 里面给的代表作者的字符写的。下一步制作文章节点。稍微有些复杂。在 c 列输入 2 、 4 、 6 、 8 ……等差数列，在 d 列输入 1 、 3 、 5 、 7 ……等差数列，在 E 列输入文章节点字符，我输入的字符就是“文章节点”。（ c 、 d 、 e 列输入比较简单，只输入前两行，然后点住单元格右下角“黑方点”双机即可。但也不排除有人不会用 EXCEL ）将 d 列和 e 列整体选中，剪切，将 d 列数字与 c 列数字相接。然后以 c 列为主要关键字进行排序。排列完如下图。 C 列和 d 列换一下。在 e 列插入函数 =CONCATENATE(A1,B1,C1,) ，这个函数是将所选单元格中的字符串合并，可以学习一下这个函数的相关说明。 E 列的数据就是我们最后想要的处理数据了。将 e 列的数据选中，复制到一个新建的 txt 文件中。下面要做的是自定义格式。打开 BICOMB2 ，点“管理员”选项卡。点“格式定义”右端的增加按钮，输入你定义的名称，我定义的名称为“作者共现分析”，格式类型一定要选择 txt 格式。在格式定义中选“作者共现分析”，选中“文章节点”，点击右侧“修改”按钮，在节点 1 中输入“文章节点”，取值方法描述选择“单值、单行”就可以。这个就是 Excel 中定义的文章节点。选中“作者”，点击右侧“修改”按钮，在节点 1 中输入“ Author- 作者 : ”。这个也是在 Excel 中设定的抽取字段节点。抽取方法选择“多值，分隔符 ; ”；这个很重要，要根据你数据是什么样的选择取值方法。详细参看软件使用说明书。这些都定义完以后，我们就可按照软件的正常程序进行分析了。点击项目选项卡，增加一个项目，格式类型选择刚才定义的类型。点击提取选项卡，选择“作者分析” txt 文档，点击提取，完成提取，就可以查看数据了。以后的分析按软件说明书进行即可。字频统计共现矩阵生成。导出矩阵小结： Excel 数据转化成软件可使用的数据关键在设定文章节点和抽取字段节点，而且这两个节点不能在同一行（我试了很多次，同一行作者会统计很多很多）。第二个关键处在格式定义要定义好，一定要读明白说明书再定义。【报告的撰写过程中涉及了科学计量学的知识，笔者求助了中国医科大学的雷军教授、中国科学技术信息研究所的化柏林副研究员、中国科学院武汉文献情报中心吕鹏辉老师、湖北经济学院的熊沂老师、理学院的吴秋风老师等人，他们在互不相识的情况下给予了无私的帮助，更重要的是在交流的过程中体验了学科间合作的快乐，在此向他们表示感谢。东北农业大学高教研究所翟洪江】【崔雷说：我有些困惑翟老师为什么在开始从CNKI下载文献记录的时候，为什么不采用notefirst（XML）格式或者自定义（txt）格式，而是抽取出作者后又转成了Excel文件，但是这又恰好给我们提供一个如何处理天然是Excel格式文件的处理办法】; 个人分类: 文献计量学|25198 次阅读|1 个评论

使用Modeltest筛选核苷酸替换模型: Bearjazz 2011-7-17 15:54; 使用 Modeltest 筛选核苷酸替换模型熊荣川六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 我们使用模型最全的 jModelTest.jar ，位置 D:\download\Bio tools softwares\jmodeltest0.1\jModelTest 0.1 package 这个软件的目的是挑选最适合我们所分析的序列文件中核苷酸替代的模型，因此理论上讲是需要输入一个比对后的核苷酸序列文件。软件包提供了一些可以作为例子分析的比对序列 D:\download\Bio tools softwares\jmodeltest0.1\jModelTest 0.1 package\examples 。我们以 small.fas 为例来演示怎样使用软件进行模型选择：使用jModeltest优选核苷酸替代模型.pdf; 个人分类: 我的研究|7280 次阅读|0 个评论

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