《PLoS One 的商业后手对中国》博文（链接： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=825582do=blogid=655957 ）谈到PLoS One是一家商业出版社。 那么，商业定价是否应该受至质疑？一个商家是否有根据不同地域市场自由定价？ 再观众多仪器、试剂进口厂家卖得都比国外贵（按美元报价*10作为人民币报价）。它们是否也应该受到谴责？它们从中国多挣的钱可要比PLoS One 多多了。
本人也终于在PLOS ONE发表了第一篇论文，其中的辛酸或许只有自己知道吧！O(∩_∩)O~ 今天把投稿至刊登的过程与大家分享下。 论文的题目是：A Meta-Analysis of Core Stability Exercise versus General Exercise for Chronic Low Back Pain。 PLOS ONE论文的地址： http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0052082 Received: May 15, 2012; Accepted: November 8, 2012; Published: December 17, 2012 （从投稿至刊登历经7个月，2011年8月份着手准备的，从准备到刊登大概耗时16个月。） 一、仔细阅读PLOS ONEGuidelines 其实每个杂志都有自己的格式及喜好，所以在投稿前，一定要看他们写的投稿指南，因为里面包括了各种详细的信息：Why Publish with PLOS ONE ； PLOS ONE Publication Criteria；PLOS ONE Editorial Policies； PLOS ONE Manuscript Guidelines；Guidelines for Figure and Table Preparation等。 二、注册PLOS ONE账号： 2012年5月11日成功在PLOS ONE注册了账号： Dear Mr. XXXXX, Thank you for registering for the Editorial Manager online submission and peer review tracking system for PLoS ONE. Here is your username and confidential password, which you need to access the Editorial Manager at http://pone.edmgr.com/. Your username is: XXXX Your password is: XXXX 三、开始正式投稿了 1）按照他们的要求逐一填写。 2）填写完了之后，提交后，会给你一封邮件：类似是否确认投稿。 Dear XXX, This is an automatic email. The PDF for your submission, "A meta-analysis of core stability exercise versus general exercise for chronic low back pain" has been built. If you have not already done so, please review your manuscript and approve your PDF to complete your submission at http://pone.edmgr.com/. 3）然后你需要下载PDF文件（你的论文被转换为PDF格式），接着正式提交。 4）之后他们会给再来封邮件： Dear Mr., Your submission entitled "A meta-analysis of core stability exercise versus general exercise for chronic low back pain" has been received by PLoS ONE. You will be able to check on the progress of your paper by logging on to Editorial Manager as an author. The URL is http://pone.edmgr.com/. Your manuscript will be given a reference number once an Editor has been assigned. 5）结果折腾了5天，才拿到了稿件编号，他们会再次给你发封邮件： Dear Mr., We received your Research Article entitled "A meta-analysis of core stability exercise versus general exercise for chronic low back pain" by XXX. Your manuscript has been assigned the manuscript number: PONE-D-12-13827. 四、等待着审稿，焦急地等待着结果。别人说1个月就有审稿结果、我是一个月，一个月等，盼星星盼月亮。 五、将近等了三个月，2012年8月3号终于等来了“PLOS ONE Decision”。让我非常高兴的是，编辑部给的意见是“小修”（Minor Revision），这让欢喜若狂，并且两个审稿人给的意见都是非常肯定的comment，下面是编辑部的邮件： Dear Mr., Thank you for submitting your manuscript for review to PLOS ONE. After careful consideration, we feel that your manuscript will likely be suitable for publication if it is revised to address the points below. Therefore, my decision is "Minor Revision." We invite you to submit a revised version of the manuscript that addresses the following points: Please pay overall attention to the language formatting and grammar and ask a native English speaker to review the final manuscript. We encourage you to submit your revision within forty-five days of the date of this decision. 以下是审稿人的意见： Reviewers' comments: Reviewer #1: This report is very well written. The authors performed a very important task, pointing out the lack of evidence to assess core stability exercise versus general exercise for chronic low back pain. Reviewer #2: Thanks for the opportunity to review such interesting paper. The topic is significant and relevant to Journal of PLoS ONE and this is a well-designed study and well-written paper. I have read with interest the manuscript and recommend publication after some minor corrections to improve the manuscript. 六、我仔细按照审稿人的要求逐一进行修改，并且找了国外的一家润色公司，帮忙润色语言，当然也让我澳洲的朋友帮忙看看英语的语法等问题。2012年8月15日把修改稿上传到PLOS ONE编辑部。 七、结果又是漫长的等待，2012年10月7日鼓足勇气向PLOS ONE发了封催稿信，询问稿件的状态，说自己要急着刊登，敬请谅解之类的话，后来编辑部给回信说：编辑正在找其他的两个人来审这篇论文，我一直以为第二次审稿应该是之前的那两个审稿人呢！好吧，就接着等呗，寻找另外两个审稿人也好啊。 八、2012年11月8日等来了PLOS ONE的accept的邮件，再次的狂喜。 Dear Mr., I am pleased to inform you that your manuscript has been deemed suitable for publication in PLOS ONE. PLOS ONE Decision: Accept 九、剩下的时间就是缴纳版面费啊，校对稿件的内容啊等。 十、到了2012年12月17日正式出版了。编辑部同时也给了封邮件： Dear XXX, Congratulations! Your paper entitled “A Meta-Analysis of Core Stability Exercise Versus General Exercise for Chronic Low Back Pain” was recently published in PLOS ONE and is available online at http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0052082 . 从投稿至刊登历经7个月的“磨难”，O(∩_∩)O~
一直很眼馋传说中的各位牛人从博士阶段就接受各种审稿邀请，感觉上似乎化学学科比生物行业发文章更快，审稿机会也更多，比如马臻老师审着审着就到了审不过来的程度。这周终于盼到自己第一次做独立审稿人，也算尝了尝鲜。 过程是这样的，虽然我主要的方向是肥胖，糖尿病，胰岛素抵抗的基础研究，但经过五年的写文章投稿修稿，已经蛮有经验的了，高年级的时候协助指导了做甲亢临床方向的师弟师妹的实验设计并修改了文章，报道新发现了个甲亢marker，并阐述了其在甲亢中的功能，最终发表在临床内分泌专业内最好的JCEM上。这次有PLOS ONE的投稿也是做这个marker的，并且在文章中引用了我们的结论，于是PLOS ONE把文章发给通讯作者，他推荐了我独立审稿，于是这个PLOS ONE就重新把文章发给了我。PLOS ONE是关注度和争议度都很高的杂志了，所以借此可以说说我对PLOS ONE审稿的过程和感受。 第一是PLOS ONE审稿速度应该有保障，因为editor要求在10天内返回审稿意见。这点大大出乎我意料，因为我们投稿基本上外审回来一个月总是要的，而且网上有的帖子说PLOS ONE现在稿件众多，审稿很慢。我不知道10天后editor还要多久才能决定，但我想应该不会很慢。 第二是PLOS ONE的审稿要求，这也是争议较大的一点。众所周知，PLOS ONE是只有电子版，所以没有文章数量的限制。并且其要求是 The study presents the results of primary scientific research. Results reported have not been published elsewhere. Experiments, statistics, and other analyses are performed to a high technical standard and are described in sufficient detail. Conclusions are presented in an appropriate fashion and are supported by the data. The article is presented in an intelligible fashion and is written in standard English. The research meets all applicable standards for the ethics of experimentation and research integrity. The article adheres to appropriate reporting guidelines and community standards for data availability. 大多数要求都是很容易达到的，总体来说，只要文章里数据支持最终结论，就可以发，细节上网站还称即使数据是别人做过的也可能发，网站称这个说明前人数据可重复，这是争议比较大的一点，作为影响因子过4的杂志，国内一大堆等着毕业的博士生还挺有福气的。不过我想真要是完全重复人家的工作，一般的老板也干不出来，多数可能还是科研撞车了的。不禁想如果当年我撞车的文章有PLOS ONE这么善解人意的杂志来发表就好了（故事见我以前的博客文章 如何冷静面对课题的“撞车”和“即将撞车 http://blog.sciencenet.cn/blog-676085-530679.html ，已被中国科学报转载）。 所以静下心来看文章，投稿的是一巴基斯坦的实验室，也是个临床文章，做的内容可以算是我们那篇文章的一点点引申，但也有重复的地方，而且数据量和信息量都很有限，只有三个table，里面还包括一个table是病人资料，并且文章中也有不少问题，比如病人资料不全，数据太preliminary不足以支持结论，等等。就我个人看，实在是不咋地，感觉能投上sci就已属不错了。查了一下通讯作者，已经是巴基斯坦某大学教授了，pubmed上也就三篇不认识的sci，看来硬要想做faculty，巴基斯坦倒是个选择。 第三，写审稿意见不容易。本来想着要据的，但摸不透PLOS ONE这杂志发表的风格，只是据说通过率蛮高的，并且自己也略有恻隐之心，所以决意还是把审稿意见写详细点，就当对方是师弟师妹指导一下，对方如果都做完就能达到PLOS ONE或者JCEM的水平。开写审稿意见的时候，参考了以前我发表文章的审稿意见，有正面的有负面的，格式基本上先写此文梗概，有什么发现什么意义，然后第二段就开始笔锋一转，表明自己的concern，我分major comments和minor comments分别来写，前者主要是要求对方完善病人情况，实验设计方面，增加了更多的实验组，以及对机理提出了要求。后者主要是单复数，结论下得太大的句子做改动，整整也写了两页，最后给了major revision，两天提交，不过还不知道editor最后如何定夺。据说如果审稿意见比较负面，即使给了大修，editor也会据，我就等着其他审稿人和editor的意见了。这些意见也会发给我，这种交流也是很重要的经历和学习啊，蛮享受这个过程的。 第四，因为审稿，也仔细查看回顾了PLOS ONE以前发表的一些文章，这才第一次发现其文章引用率都相对较高。这可能是由于其Open Access的缘故，两三年前发表的临床文章，两位数以上的引用很正常，竟然有的已经达到三位数，这在生命科学和医学领域还是很难得的，说明PLOS ONE被关注的程度还是挺高的。虽然大家对这个杂志都有自己的看法，其稿件也确实良莠不齐，不过如果有合适的工作差不多的档次，但希望引起更多的关注，PLOS ONE也是个不错的选择。 如果有内分泌代谢方面，obesity, diabetes, insulin sensitivity, aging,thyroid dysfuncton的文章，可以推荐我做审稿人。如果不嫌弃，我也愿意给投稿的各位提点建议。希望自己的审稿经验能越来越多。
近日，信息经济研究所刘闯博士与华东理工大学程飞雄博士，周炜星教授，唐赟教授等合作，在国际知名期刊《PLoS计算生物学》（PLoS Computational Biology）上发表论文“基于网络结构的药物－靶标相互作用的发现和已知药物的重新定位”。程飞雄和刘闯为共第一作者。 药物－靶标相互作用是靶标识别和药物分子设计的基础，但是通过试验发现新的药物靶标连接十分耗时耗力。因此可以考虑通过计算模拟的方法，在已有的药物靶标连接的基础上对新的药物靶标连接作出预测，发现药物潜在的靶标，可为后续的实验验证提供可能性更高的候选药物靶标反应对。许多成功的案例都表明计算模拟预测新的药物靶标连接，对药物的重新定位可以加速药物发现过程。因此，开发一种可以有效识别潜在药物靶标相互作用对的计算模拟方法，具有非常重要的理论和现实意义。 程飞雄和刘闯等基于复杂网络中的物质扩散原理，发展了基于二部网络的推理算法Network based Inference（NBI），用于药物-靶标相互作用预测和药物重新定位研究。他们通过收集DrugBank数据库中已上市药物－靶标信息并构建了药物-靶标二部网络，如下图所示。基于已构建的药物靶标二部网络，利用前期开发的推理算法预测了数千个已知药物的新靶标。基于实验室已有的生物测试平台进行试验验证，发现五个老药，即孟鲁司特(Montelukast)、双氯芬酸(Diclofenac)、辛伐他汀(Simvastatin)、酮康唑(Ketoconazole)和伊曲康唑(Itraconazole)对雌激素受体或二肽基肽酶-IV(DPP-IV)表现出全新的作用，其中Simvastatin和Ketoconazole对MDA-MB-231乳房癌细胞株 表现出较好的抗增值活性。结果显示他们的方法具备很好的应用价值。 与传统的计算方法相比，NBI方法只利用已知的药物-靶标网络拓扑信息，不需要任何药物小分子或靶标蛋白的结构信息，这是一大突破。同时他们也发展了基于药物相似推理（DBSI）和基于靶标蛋白一级序列相似推理（TBSI）算法。该研究拓展了网络药理学的研究思路，特别是药物重新定位研究。 期刊信息：《PLoS Computational Biology》属于著名的生物医学类期刊《Public Library of Science, PLoS》系列，也是计算生物学领域中最有影响的学术期刊之一，刊物影响因子为5.808。 论文信息：F.-X. Cheng, C. Liu, J. Jiang, W.-Q. Lu, W.-H. Li, G.-X. Liu, W.-X. Zhou, J. Huang and Y. Tang. Prediction of Drug-Target Interactions and Drug Repositioning via Network-Based Inference. PLoS Comput Biol,8(5),2012: e1002503. doi:10.1371/journal.pcbi.1002503 论文链接： http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1002503
2012-02-28 Beijing, China 王应宽 PLoS与BioMed Central出版的OA期刊影响因子稳步提升 根据最新一版的期刊引证报告JCR 2010, 作为OA领头羊的开放存取出版商PLoS与BioMed Central 出版的OA期刊的影响因子稳步提升，再创新高。PLoS与BioMed Central期刊的成功不仅证明OA期刊商业模式切实可行，在学术质量方面也可与传统商业期刊媲美。 Note: Many open access journals are pulling quite decent impact factors. For instance: • PLOS Biology - 12.469 • PLOS Medicine - 15.617 • PLOS Computational Biology - 5.515 • PLOS Genetics - 9.543 • PLOS Pathogens - 9.079 • PLOS One - 4.411 • Genome Biology - 6.885 • BMC Bioinformatics - 3.028 • BMC Medicine - 5.750 • BMC Biology - 5.203 • BMC Genomics - 4.206 • BMC Plant Biology - 4.085 • Breast Cancer Research - 5.785 • Molecular Neurodegeneration - 5.361 • Nucleic Acids Research - 7.836 On the other hand (top tiered journal-CNS, but not open access): • Cell - 32.401 • Nature - 36.101 • Science - 31.364 • PNAS - 9.771 June 29, 2011 2010 Impact Factors are Out! http://www.library.illinois.edu/blog/bicnews/archives/2011/06/2010_impact_fac.html The 2010 edition of Journal Citation Reports is out, with the 2010 Impact Factors for journals that are tracked by Thomson Reuters (Web of Science). From their news release: “The 2010 release features the largest ever JCR with 10,196 journal listings in 238 disciplines of Science and Social Sciences. 2,494 publishers from 84 countries are represented, some for the first time. A total of 1,075 journals receive their first Journal Impact Factor in the latest JCR release.” News Release: http://thomsonreuters.com/content/press_room/science/JCR-impact-factor-2010 Access the Journal Citation Reports database: http://www.library.uiuc.edu/orr/get.php?instid=258273 Not sure what Impact Factors are? Here’s a link to a presentation I’ve used for a Library Savvy Researcher workshop on the topic: http://www.library.illinois.edu/export/biotech/docs/ImpactFactors.ppt
昨天我整了篇题为 “ JBC vs PLoS ONE: 鹿死谁手 ? ”的博文，引起了不少网友，尤其是 牛登科先生的关注和热议， 登科先生还专门写了一篇博文“ 编委会自己审稿，算不算peer review ”，由于我对登科先生的博文的不少观点有自己不同的看法，所以也专门写此博文以商榷，也非常欢迎感兴趣的网友发表自己的观点和看法。 登科先生（称其牛先生似乎确有歧义 ）的一个重要观点是：“ Plos one和BBRC的审稿规则是一样的。都是主编、编委自己决定一部分自己熟悉的稿件，可以直接接受，不熟悉的再外审“。对于是否真的“Plos one和BBRC的审稿规则是一样的”，让我们先用事实说话。 根据PLoS One官方网站关于“ Editorial and Peer-Review Process ”介绍，我们可以知道：正如登科先生提到的，95.8%的接受稿件经过了外审（原文为： Currently, of the articles that are ultimately accepted for publication, 95.8% were sent for review by external experts.）那么剩下的4.2%是怎么回事呢，这部份没有经过外审就接受的稿件是：“Around 4.2%* of articles are peer reviewed by the Academic Editors themselves (often in consultation with other members of the Editorial Board)（博主注：这个Editorial Board有上千人的规模） when they are sufficiently expert in the field to determine whether the paper meets the PLoS ONE criteria .”也就是说，PLoS One有极少数稿件（5%的接受稿件），由熟悉稿件内容的小同行—学术编辑来亲自审稿并常常征询Editorial Board其他同行的意见，这种情况和其他一般国际期刊没有什么区别，因为别的期刊也会有少量稿件由于正好是主编／副主编或学术编辑熟悉该研究领域，就直接自己审稿并拍板决定是否接受。这也符合国际期刊的惯例。 更重要的是，大多数国际期刊都是只邀请两位审稿人审稿（当然也有极个别的有多达８位 reviewer 的期刊），而 PLoS One ，则 “On average, ALL accepted articles have been reviewed by 2.9* experts (one Academic Editor and 1.9* external Peer Reviewers).” ，也就是说，平均而言，所有的接受稿件要被３位专家（一位学术编辑 +2 位外部审稿人）审稿，比一般期刊还要严格！。 下面我们再来看看BBRC是如何审稿的，根据BBRC 官方网站关于” Peer Review Policy ”的介绍，原文为：“BBRC is a rapid communications journal. As such, the decision to publish an article rests entirely with the handling Editor. Manuscripts are assigned to members of the Editorial Board based on expertise. This Editor may accept the manuscript as it is, send it to a colleague for review, or reject it. Requests for revisions are rare. Should the Editor request revisions, the manuscript will be treated as a new submission.” 简单的说，绝大多数稿件，直接就由members of the Editorial Board来直接审稿并拍板决定是否接受，尽管文中说也许会送外审，但是通过丁香园众多网友的投稿经验来看，送外审的几率非常之低，就算送外审的比例很高，不管哪种情况，关键是：１）“This Editor may accept the manuscript as it is＂；２）Requests for revisions are rare，也就是说：无需任何修改，直接接受发表。所以文章的质量难以保证，因为几乎任何投稿论文都会有或多或少的问题和毛病，同行评审则可将（至少是可能的）问题和毛病最大程度上减少（当然不大可能完全解决掉）。 我们知道，国际期刊的同行评审(Peer Review)模式已经创立有上百年的历史了，发展至今，也确实存在不少问题，其存废之争多年来一直在进行，为何现在全球绝大多数期刊都还采用这一方式？就是目前还没有一套更好的系统还取代它。 综上所述，事实说明： PLoS One和BBRC的审稿规则是截然不同的 。 另外，登科先生还在其博文中提到：“ BBRC和PLoS ONE的内部审稿模式，是将来很多中低档期刊的发展方向。”。据我了解，BBRC是国际期刊中唯一采用（几乎是完全采用）这种内部审稿模式的（如有网友知道别的期刊，请指出，让我也长长见识），别的期刊都不这么玩，所以， 我不认为内部审稿模式是“将来很多中低档期刊的发展方向” 。 另外 PLoS One 和 BBRC 这两种期刊还是都是自己显著特点的，对于 PLoS One 而言，就是正如 其网站上所言 ： “Publish all papers that are judged to be technically sound. Judgments about the importance of any particular paper are then made after publication by the readership (who are the most qualified to determine what is of interest to them).” 。也就是说正如牛先生所指出的， PLoS One 不管你文章的重要性，只要你能技术上自圆其说即可，文章的重要性交给发表后的读者来评判。这种评判稿件的标准和原则在全球科技期刊中开了先河（不知现在有无第二家？！）。 PLoS One 这一准则也使得该刊发表了一些一般期刊不愿发表或不屑发表的有些另类的文章，比较典型的例子有：我国学者去年首次获得搞笑诺贝尔（ Ig Nobel Prize ）的论文即发表在 PLoS One 上，标题为： “Fellatio by Fruit Bats Prolongs Copulation Time” （果蝠 口/交 延长交配时间） “ （详见我的丁香园博文： 特大号外：来自中国大陆的学者终获诺贝尔奖！！ ） 而 BBRC 的显著特点就一个字： “ 快 ” ，到底能有多快呢，其网站上说 “Authors of manuscripts can expect an accept or reject decision normally within 2 weeks of receipt.” 即：一般稿件，投稿后 2 个周内决定是否接受，当然也有更长时间的，最短的：丁香园上有网友报料其投稿从投到接受，只用了几个小时， BBRC 被视为是全球 SCI 期刊中决定投稿是否接受最快的期刊。当然，由于 BBRC 处理稿件速度快，接受后又不用修改，所以对语言要求很高（接受后就没有机会改了），语言不过关，就会直接退回，修改后如果再投，就算新的投稿了。由于 BBRC 快字当头，确实是急等论文毕业的研究生和急需论文晋升的科研人员的福音，由于其影响因子不算高（ 2-3 分），对文章的质量要求不太高（要求最多４个图，创新性要求也不高，当然高了的稿件也不会投 BBRC ） , 所以也可视为广大搞生命科学的研究生们练手园地。 另外感谢科学网编辑将我和牛先生的博文一并推荐到博客首页，我很欣赏编辑鼓励将两种不同观点的博文进行讨论的方式，这种 “ 百家争鸣 ” 的风格才更能体现 “ 科学 ” 网的科学性，但愿以后科学网能更少一些既不科学也不和谐的博文（比如今天博主 A 对博主 B 公开宣称绝交啦，明天博主 B 对博主 A 也如法炮制）。 最后，和牛登科先生开个玩笑：我的 “ 守业 ” 之名字和 “ 登科 ” 一比，顿然显得胸无大志，小家子气！ （文首图片来自网络，特向作者表示谢意。 王守业写于 2011 年 4 月 19 日，引文地址： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=563591do=blogquickforward=1id=435130 )
IMAGE: Molecular geneticist Shiva Singh of the University of Western Ontario found no two people are alike, even if they're identical twins. Singh is studying the genetic determinants of schizophrenia. Click here for more information. 西安大略大学（University of Western Ontario）的一个最新研究表明：就像没有完全相同的雪花一样，没有两个人相同，即使他们是同卵双胞胎。分子遗传学家Shiva Singh与精神科医生Richard O'Reilly合作，借助同卵双胞胎，测定了精神分裂症的基因序列，这一研究发表在这个月的PLoS ONE上. Singh发现100万同卵双胞胎，只有其中一个患有精神分裂症。Singh说道：“精神分裂症的最典型的特征是它偶尔出现于家庭。例如，如果你的兄弟、姐妹、母亲或者父亲患有精神分裂症，你患病的几率就大大高于正常人群的1%，我们开始相信同卵双胞胎在遗传学上是相同的，因此，如果精神分裂症都归咎于基因，那么双胞胎中的一个患病，另外一个患病的几率就是100%，然而，多年的研究表明双胞胎患病的几率是50%。”这意味着双胞胎遗传学上既不完全相同，精神分裂症这一家族病也不是与遗传无关。 Singh和他的团队已经证明双胞胎遗传学上不相同。Singh发现不同个体间12%的DNA是不同的，“因此，如果精神分裂症由基因决定，那么同卵双胞胎只有一个患病的话，他们遗传图谱的差异应该与该病有关。随着我们发展和区分，他们的细胞被分开。更加重要的是，患病的细胞丢失或者获得了一些DNA。其基因组不稳定。” O'Reilly医生希望这一研究有助于更好地了解精神分裂症，以及改善该病的治疗。 O'Reilly医生说：“如果我们获得了该病的遗传检测手段，在当今难于诊断该病的情况下，可以更早的应用。” 英文相关报道 http://www.eurekalert.org/pub_releases/2011-03/uowo-rpn032811.php
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