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这段时间总结: 热度 2 huashenglunjian 2011-12-11 21:42; 从9月份入学来，一直在看一些文献，文献看了不少，也试着做了一些试验，但都以失败告终，所以这段时间很纠结。感觉时光飞逝，而自己是没有什么进展。感觉主要问题有几个。一是自己的方向到底会做到一个什么样的程度，我想没有人知道，这种方法一直处在一个争议的阶段。这种方法优势很明显，可是现在还存在问题，好的结果很多，坏的结果也有一些。质疑声音不断，可以说是公说公有理，婆说婆有理。搞得自己这个目前还算是门外汉的人无所适从。二是自己现在要做算是“白手起家”。试验原料，试验仪器，试验平台都没有，看来得一个一个慢慢弄，可是时间不等人啊。另外自己一些基本的试验技能还是不会，所以一些简单的试验都不能重复来，这很是影响到自己的信心和积极性。看看文献觉得是很简单，也有一些想法，可是做起来不是那么简单。三是自己一直一个人在单干，没有好好利用周围的资源。总是今天一个想法，明天一个想法，觉得自己会做得很好，结果做的时候是状况连连。向别人请教，同别人合作的意识还不强。问题是不少，是要慢慢想办法去克服了。不过这也许就是研究生所要去面对的吧，什么问题哪有那么简单，是没有现成答案的。正如跟俺们上课的教授（一位很可爱、很个性的教授，私下我们都叫他“文艺青年”）所说的，“研究生的精彩在于研究，在于创造”。俺的目标还是想好好做一点研究的，使自己能得到一个比较合格的科研训练。; 个人分类: 科研记录|3466 次阅读|4 个评论

[转载]Ubuntu 8.04.2 中编译 NAMD: 热度 1 momoqianxing 2011-8-19 09:43; 在网络上看到有人说NAMD和VMD很难编译，于是就想挑战一下。仔细研究之后发现其实很简单，有时侯自己写的程序比这还难编译（只有我自己才能编译，呵呵）。好好看看官方的编译说明（最好打印出来看），然后自己试试就成了，官方说明非常详细。我现在以NAMD的编译安装过程为例子说明。总的来说，安装的难点有二。一是fftw, tcl 都必须自己编译，原因后面详述；二是最后编译NAMD时的库文件和包含文件的路径设置有点嚼头。编译的大致过程是这样的：一. 编译charm 二. 编译fftw 三. 编译tcl 四. 设置fftw, tcl 的路径五. 编译NAMD 其中第四步设置fftw, tcl的路径很重要。首先说明我的试验平台：硬件信息： hp-workstation xw4100（IA32体系结构，的基于intel cpu的 PC工作站，可以baidu一下其具体硬件信息）操作系统： Ubuntu 8.04.2 编译系统： gcc-4.2.4 gfortran-4.2.4 (Ubuntu 8.0.4.2自带的编译器， intel编译器是一样的，可以自己试试）以下是操作过程一. 下载NAMD的源代码，官方地址可以在google上搜索关键词"NAMD"。我下载的是 NAMD_2.7b1_Source.tar.gz 下载后放在桌面上，以后的操作中，NAMD_2.7b1_Source一直都放在桌面，其完整路径为 /your/home/dir/Desktop/NAMD_2.7b1_Source 二. 软件包解压缩 tar xzvf NAMD_2.7b1_Source.tar.gz 解压缩后得到目录 NAMD_2.7b1_Source 三. 为编译charm-6.1作准备。上述版本的NAMD自带的是charm-6.1版本，由于NAMD是用Charm编译器编译的，因此首先得编译这个并行版本的C++编译器。 cd NAMD_2.7b1_Source tar xzvf charm-6.1.tar.gz cd charm-6.1 四. 编译charm-6.1 ./build charm++ net-linux-gfortran-gcc --no-shared （以前的版本编译有点麻烦，charm-6.1的编译一般不会有太大的问题，如果你想交互式选择./build的参数，直接./build 然后一步一步选择，结果与上面一样。注意：我只是用了GCC编译器链来进行编译，没有用intel compilers，如果你要用intel compilers，可以在交互式的选项中自己选择编译结束后就会出现一个目录， net-linux-gfortran-gcc 如果要测试charm编译是否正确，可以参考官方的编译手册五. 为编译NAMD作准备，编译fftw-2.1.5和tcl-8.3.5 1. 下载 fftw-2.1.5 版本。（由于Ubuntu8.04.2是fftw-2.1.3，且没有编译出 libsrfftw.so 库，必须自己编译。不过NAMD官方有个预编译版本可以下载，是否能用没试过） 2. 编译 fftw-2.1.5 tar xzvf fftw-2.1.5.tar.gz cd fftw-2.1.5 ./configure --enable-float --enable-static --enable-type-prefix prefix=/your/home/dir/fftw2.1.5 make make install # fftw-2.1.5安装到/your/home/dir/fftw2.1.5中选项--enable-float是为了生成libsrfftw.a，该库文件在Ubuntu8.04上的fftw-2.1.3中没有编译出来 3. 将编译好的/your/home/dir/fftw2.1.5 整个目录拷贝（或移动）到NAMD_2.7b1_Source中（熟悉后你就知道可以不拷贝，但现在还是按照手册上说的做） cp -r /your/home/dir/fftw2.1.5 /your/home/dir/Desktop/NAMD_2.7b1_Source/ cd /your/home/dir/Desktop/NAMD_2.7b1_Source mv fftw2.1.5 fftw (上面每一步说的很详细，对熟悉Linux的人可能比较罗嗦，请不要抱怨） 4. 下载 tcl8.3.5.tar.gz, 解压并编译 google 关键词tcl/tk，到tcl/tk官方网站下载 tcl8.3.5.tar.gz tar tcl8.3.5.tar.gz cd tcl8.3.5/unix ./configure --disable-shared --prefix=/your/home/dir/tcl8.3.5 make make install # tcl8.3.5安装在/your/home/dir/tcl8.3.5中 mv /your/home/dir/tcl8.3.5 /your/home/dir/Desktop/NAMD_2.7b1_Source/tcl 注意：如果./configure出错，按照下面的提示加以修改 vi configure (修改configure文件中的错误，将4769行和6194行最后的一个单引号去掉）修改前 4769行：system=MP-RAS-`awk '{print }' /etc/.relid' ` 6194行：system=MP-RAS-`awk '{print }' /etc/.relid' ` 修改后 4769行：system=MP-RAS-`awk '{print }' /etc/.relid ` 6194行：system=MP-RAS-`awk '{print }' /etc/.relid ` 我用tcl8.4，tcl8.5编译NAMD都没成功，很奇怪，也就是说，目前我只能用tcl8.3成功编译NAMD，具体什么原因还不得而知。六. 修改相关的配置文件。（这是最关键的一步，几乎所有的编译错误都是由于以下的三个配置文件设置不对引起的） I) 修改Make.charm cd /your/home/dir/Desktop/NAMD_2.7b1_Source vi Make.charm (将CHARMBASE设置为 ../charm-6.1) 我的配置文件如下： ############################################################################ # Set CHARMBASE to the top level charm directory. # The config script will override this setting if there is a directory # called charm-6.1 or charm in the NAMD base directory. CHARMBASE=../charm-6.1 ############################################################################ 前面编译过的charm-6.1根目录，这里只需写根目录，下面的编译中实际要用的是其下的 net-linux-gfortran-gcc目录，其是在编译charm-6.1时有生成的。可见这个目录其实可以放在任何位置。为什么这样设置后面有解释。 II） vi arch/Linux-x86.fftw (设置fftw的目录），我的配置文件如下 ############################################################################ FFTDIR=../fftw # 刚才编译的fftw FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include# include 目录 FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw # lib 目录 FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS) ############################################################################ III) vi arch/Linux-x86.tcl (设置tcl目录)我的配置文件如下 ############################################################################ TCLDIR=../tcl # 刚才下载的tcl目录 TCLINCL=-I$(TCLDIR)/include # include 目录 TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.3 -ldl # lib 目录 TCLFLAGS=-DNAMD_TCL TCL=$(TCLINCL) $(TCLFLAGS) ############################################################################# 七. 编译NAMD cd /your/home/dir/Desktop/NAMD_2.7b1_Source ./config Linux-x86-g++ --charm-arch net-linux-gfortran-gcc 请仔细查看输出的信息，其中有几个信息很重要，如下 NAMD_ARCH = Linux-x86 # Linux-x86-g++ CHARMARCH = net-linux # net-linux-gfortran-gcc CXX = g++ CXXOPTS = -O2 ....... CC = gcc COPTS = -O2 ........ # 以上四条信息在arch/Linux-x86-g++.arch中,我把其中的 # -O3修改成了-O2，只是为了说明其内容是可以修改的。 ....... Creating link: .. to .rootdir# 表明.rootdir是.., 其实是Linux-x86-g++目录的../ ....... CHARMBASE = ../charm-6.1# charm-6.1 ...... include .rootdir/Make.charm# .rootdir为当前目录的上一目录 ...... ...... ...... TCLDIR = .rootdir/tcl FFTDIR = .rootdir/fftw # 这里的信息即为上面设置的fftw, tcl的目录八. 检查Make.config的设置是否正确，如果不正确，修改之 cd Linux-x86-g++ vi Make.config 如果按照上面的做没有错误，这里是不用修改的，我在这里修改的目的是让大家看的更清楚其中每一项的意义。这里的结果要与上一不的输出对照起来。我修改的结果为 ############################################################################## include ../Make.charm # 没有用变量表示，直接写出相对路径 include ../arch/Linux-x86-g++.arch CHARMARCH = net-linux-gfortran-gcc CHARM = ../charm-6.1/$(CHARMARCH) # 如果下载的是最新的charm-6.1.2 # 只要在这里修改一下就好了 NAMD_PLATFORM = $(NAMD_ARCH) # NAMD_ARCH = Linux-x86，请看上面 # ./config 输出的信息就知道了 include ../arch/$NAMD_ARCH).base # ../arch/Linux-x86.base include ../arch/$(NAMD_ARCH).tcl # ../arch/Linux-x86.tcl include ../arck/$(NAMD_ARCH).fftw # ../arch/Linux-x86.fftw TCLDIR= ../tcl # tcl 和 fftw的位置，如果在其他位 FFTDIR = ../fftw # 置，直接在这里修改即可 ############################################################################## 可见，我对其做了大改，目的是让各位看个明白，免得用变量反而看不清楚。九.编译NAMD，激动人心的时刻 ||=）！ make 如果你把上述过程完全弄清楚了的话，这里应该没有问题，如果有问题，那就请你把官方的编译步骤print出来仔细研究。; 个人分类: 分子模拟|3347 次阅读|1 个评论

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