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为R10K项目制作的视频: SNPs 2012-6-24 09:11; 一直想给R10K项目做些Podcast, 介绍一下这个项目，目的是什么？为什么做？如何做？预期的结果是什么？等等。。这次趁在阿拉巴马的两个星期制作了一套，就用iPhone拍的，加上苹果的iMove软件加工一下就可以了：（点图链接）有了视频，就比较方便大家了解信息和传播消息了。拍了这套视频，在能体验到演员们的辛苦。简单的三五分钟的录像，每个都要拍好几次才能把“台词”讲熟练了。我是制片人（出钱买设备，虽然只有iPhone和简单的灯光），导演，灯光，演员全是一个人，够折腾的了。不过，效果还算满意。主要达到交流的目的就可以了。本想请研究院的专业摄影做，可是在那么好的摄影机前还真有点紧张，还是自己关在办公室里面出洋相比较轻松些。以后有机会再改进吧，先凑合着用。; 个人分类: 免疫组库新领域|4890 次阅读|0 个评论

大规模科研合作项目的利益分配（案例）: 热度 12 SNPs 2011-9-4 04:19; 后基因组时代科研的一个特点就是常常需要大规模合作。比如一些GWAS研究，动不动就是几千个病例。这就要求手头有临床标本的临床医生能和具有最新的科研工具（高通量测序，GWAS, 蛋白组学，系统生物学）的科研单位建立起有效的合作。看看这方面比较有影响的论文，你就会发现许多都有十几个单位，上百个科学家参与。这样的合作项目是如何组织起来的？责任和利益的分配是如何实现的？这里介绍一个案例。前段时间有博客文章介绍了我们最近启动的 R10K 免疫租库测序的国际合作项目：由非盈利的 HudsonAlpha 研究院挑头，通过给一万个临床标本测序来寻找一百个常见疾病新的诊断指标。如果这个项目真的很成功，可能会产生出大量的知识产权，涉及很多病的新的诊断和治疗方法。且不管这个项目是否能达到预想的效果，这里想介绍一下这个项目参与方的内部结构和责任，利益的划分。这个项目的参与者很复杂，涉及到非盈利的研究院，盈利的公司，合作的科学家，医生，还有大型生物技术公司和药厂的赞助，最后还有政府的投入等。下图显示这个项目的结构：首先，介绍一下这个项目的来龙去脉。身为HudsonAlpha研究院研究员的我在几年前发明了一个技术（多重PCR, 刚刚拿到专利 )，所以09年初我从研究院把技术转移出来，成立了一个控股公司（CBB)。控股公司利用这个专利集资四百万美金进行产业化。作为交换，研究院得到一笔可观的现金补偿，同时在控股公司持股。 CBB随后又以mPCR核心技术成立了两家公司，做免疫组库测序的 iRepertoire , 和做分子诊断技术平台的 iCubate 。之所以成立两家公司是因为两个公司涉及的领域不同（制药和诊断），技术应用不同，客户不同，退出机制不同，成立两个公司更容易管理。 iCubate公司的技术平台研制已经完成，正在做产品的报批，生产和市场推广。这期间我们又为iCubate的研发需求集资三百多万美金。 iRepertoire方面我们也研发出了一系列的新技术，软件，产品。这些给进行R10K项目提供了坚实的技术铺垫。因为前期科研结果显示我们能够通过免疫组库测序得到疾病特异性的诊断指标，于是决定扩大范围，去研究一百个疾病。这就是R10K 项目。为了进行R10K项目，iRepertoire公司捐献价值三百万美金的试剂，免费提供所有技术和软件，换取的是一个非排他性的知识产权使用权。同时，我还找到私人捐款作为项目的启动经费。整个项目运作至今没有问政府要一分钱。这个R10K 项目是HudsonAlpha研究院主持，产生的知识产权归属非盈利的研究院。参与合作的科学家通过网上向R10K项目提交项目书，由专家委员会评审，获准后得到免费的试剂（由iRepertoire生产的免疫组库测序建库试剂），免费的测序和生物信息服务。得到数据后合作科学家作为第一作者发表论文（数据六个月后公布于世），同时获得非排他性的知识产权使用权。HudsonAlpha研究院负责在六个月内为科研成果申请专利保护，知识产权归非盈利的研究院。手头有临床标本的科学家们之所以愿意和我们合作，是因为我们有独特的给免疫组库测序的技术，有测序能力，而且承担绝大部分的经费。因为核心技术是我们研发出来的，知识产权也理当归研究院所有。双方各有所得，是真正意义上的共赢。有了数据和相关的IP, R10K项目（HudsonAlpha)就可以通过技术转让的方式获得大药厂，生物技术公司的赞助了。药厂仅需交付$5万美金就可以及时得到（在数据公布于世以前）一个病相关的数据，$5百万可以得到全套数据。药厂利用R10K数据做的再开发产生的知识产权归药厂所有，R10K不再提出任何诉求。技术转让得到的钱用来扩大项目范围，同时给研究院的可持续发展做贡献。药厂为什么要买进？等数据公布于世的时候在做研发不就行了？不行。首先，公布于世的数据是供非盈利的科学家和机构使用的，商业化的使用要交付更多的钱（加倍）；其次，对药厂来说，时间就是金钱，越早看到数据，就越有可能抢先申请相关的再开发知识产权（开发的药物或者诊断）。这个项目和其它类似项目的不同之处就是这是一个“非政府”项目，完全靠自己解决项目资金。不排除项目启动之后再去申请美国政府的资助。可是如果等政府资助就可能浪费至少一两年的时间。R10K项目从设计到开始运行不过短短三个月的时间。这样一个涉及多方的（民间）科技合作项目，需要设计得合理合法（多个合同，先让律师们赚了一笔）。昨天我向R10K项目的科学顾问委员会的一些委员做汇报，他们非常赞同我们对这个项目结构的设计。不合作，一事无成；合作了，科研才能加速进行，互惠共赢。 R10K是否能成功很快就会有结果（整个项目预期两三年完成）。至少，能够干净利落地建立起一个合作项目，没有勾心斗角，没有追名逐利，很爽。你合作了吗？; 个人分类: 免疫组库新领域|21165 次阅读|17 个评论

在美国迅速组织起来的国际合作项目: R10K: 热度 7 SNPs 2011-8-8 00:44; 今年五月中在旧金山参加美国免疫学年会的时候对外宣布要开展一个大规模免疫组库测序项目( 相关博文）， R10K (repertoire 10K) ，现在，这个项目已经正式启动，而且初具规模。这个项目是通过给一万个标本的免疫组库测序来寻找一百个疾病的诊断，预后，和疗效评估的新指标。启动的原因是我们的前期实验显示可以通过这个方法找到癌症诊断的特异性指标，例如，乳癌特异性的T细胞受体。 R10K的具体运作程序是这样：（1）科学家按照我们的要求提交简短的项目申请；（2）专家委员会成员协助审批；（3）选中的项目由R10K资助进行；（4）数据由协作科学家和我们一起分析（六个月），申请相关知识产权，然后对外公布所有数据。（5）知识产权由非盈利的HudsonAlpha研究院和参与项目的科学家（单位）共同所有。 R10K启动的第一步是找到启动资金。因为测序等都是烧钱的，做这么多标本的测序，标本采集，细胞分类，核酸提取等需要大量的资金。如果等着从NIH申请经费，至少需要两年才能启动。所以我找到了投资人，并以非盈利的方式去做这个项目。预计项目需要一千万美金，目前手头的经费已经过半，完全可以顺利进行下去了。项目的第二步是组建专家委员会（连接有他们的简历）。因为我本人不是学免疫出身，所以做这个项目需要多方的帮助。我们的专家委员会中有美国现任免疫协会主席，基础和临床免疫学的专家，几个曾经参与人类基因组计划的著名科学家，感染性疾病方面的专家（包括国内的曾毅院士），还有生物技术企业界的领袖帮助做后续的产业化。专家委员会的主要功能是帮助我们推荐，筛选，评审项目。我登门拜访了每个专家面谈，介绍我们的技术并给他们看我们已经得到的数据和结果。没有请客送礼，没有客套关系，他们的服务也没有报酬（差旅费报销而已）。第三步是找项目。项目在网上公开招募，已经有二三十个合作项目，包括各种肿瘤，自身免疫疾病，炎症，和感染性疾病。在中国有北京（国家计划生育委员会科研所），上海（中山医院），和香港地区（养和医院，港大）的科学家参与。在短短两三个月的时间完成这么多工作全靠我们精悍的团队。我们有一个四人组成的“执行委员会”分管具体事物，下面再有支撑团队。总共不到十个人。未来两年，是这个项目出成果的时候。我们预计在明年三月份在HudsonAlpha召开以免疫组库测序为主题的国际研讨会，会议每年一次。组织启动这个项目有一些体会：（1）做大科学项目也不一定靠政府。一般类似的烧钱的科研项目都要等靠政府出钱。可是如果我们能通过其它途径找到资金，还是先把事情做起来的好。事情做好了，钱自然就来了。（2）敢想，才能去做。这个项目的启动和我拜访NIH的Steve O'Brien有直接关系（他也是我们专家委员会成员）。正是在他那里，我学到了“科研热情可以使梦想变成现实”的道理。是等条件成熟了再去做？还是能走一步就勇敢地踏出一步？的确，太多情况下，条件不成熟会让早期的努力付诸东流。可是不去勇敢地迈出这一步，你连失败的机会都没有。俗话说“失败是成功之母”，所以积极地去失败，也是成功之必须。（3）找到自己的位置。在前两天的一篇博客中我有提到： “ 要有目的地去编织一个价值体系，并让这个体系成为整个健康行业价值链中间的一个环节，而自己又能在这个体系中占有一个独特的，不可取代的地位。” 这么多著名专家愿意跟我们合作，一个主要的原因就是看中了我们的技术：只有我们能做免疫组库半定量扩增；我们有比较全面的技术（做人和老鼠的T和B细胞，所有的链，兼容各种测序平台），有整套且免费的分析软件，有使用方便的技术等等。靠技术去建立关系网，要比靠关系去编织技术合作网要牢固得多。（4）开放才是硬道理。有了独特的（ mPCR )技术，是关起门来自己折腾？还是快速地，有计划，有策略地公布出去让更多的人参与？能开放就开放，能早开放就不晚开放。就像 Steve Burrill讲的：“成功可能在产品之外”。这也是IT行业给我们的一个提示：把自己的技术，产品做好，人人都想用，然后免费让大家用。赚钱另有方法。Google, facebook等都是这样成功的。当人人都需要你的（免费）产品的时候，你就有价值了。至于如何把这个价值变成钱，那可以是另外一个问题。我们中国人常讲“功夫在X外”，意思是超常的成绩需要在本职工作以外更加努力。现在，网络和信息技术正在引入一些全新的经营模式，可以说是“钱在产品外”模式。（5）数据就是成果。之所以把R10K项目的运作设计成现在的模式，也是适应新科学的发展趋势。搞生物医学方面的科研，出成绩都要靠数据来堆砌，而得到数据光有技术和手段还不够，最关键的是要有临床标本。把技术免费的交给那些在各个疾病领域有研究，有建树，又有标本的科学家们，就是通过双赢的合作迅速取得成果的一个有效途径。; 个人分类: 免疫组库新领域|12393 次阅读|8 个评论

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