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DSS的基本使用: xbinbzy 2017-2-15 12:20; 参考文章：ABayesianhierarchicalmodeltodetectdifferentiallymethylatedlocifromsinglenucleotideresolutionsequencingdata DSS为计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包。 DSS的下载与安装： 1）source( http://bioconductor.org/biocLite.R ) 2）biocLite(DSS) 也可以下载安装包，解压缩安装，此情况下需要将DSS的依赖包一个个安装。 DSS的使用， 1）可在R下使用system.file(package=DSS)查看DSS包的安装目录， 2）在此路径下用exdata、data等不同目录，如图所示 3）进extdata目录下，有4个example文件，每个文件都是4列。其中第1列表示chromosome、第2列是genomiccoordinate、第3列是totalnumberofreads、第4列是numberofreadsshowingmethylation。 4）进doc目录，可见到DSS.R和DSS.Rnw，有关于DSS使用的介绍 5）实际使用案例，用extdata目录下的4个example文件来计算差异，代码如下： library(DSS) path-file.path(system.file(package=DSS),extdata) dat1.1-read.table(file.path(path,cond1_1.txt),header=TRUE) dat1.2-read.table(file.path(path,cond1_2.txt),header=TRUE) dat2.1-read.table(file.path(path,cond2_1.txt),header=TRUE) dat2.2-read.table(file.path(path,cond2_2.txt),header=TRUE) BSobj-makeBSseqData(list(dat1.1,dat1.2,dat2.1,dat2.2),c(C1,C2,N1,N2)) dmlTest-DMLtest(BSobj,group1=c(C1,C2),group2=c(N1,N2)) dmls-callDML(dmlTest,p.threshold=0.001)（差异单位点计算） dmls2-callDML(dmlTest,delta=0.1,p.threshold=0.001)（差异区域计算）结果的输出可利用write.csv(dmls,文件名)读写到个人命名的文件中; 个人分类: 科研文章|7567 次阅读|0 个评论

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