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化学家发现了地球上早期生命的合理配方
热度 4 zhpd55 2018-1-15 11:15
化学家发现了地球上早期生命的合理配方 诸平 据物理学家组织网( Phys.rog ) 2018 年 1 月 8 日转载来自美国斯克里普斯研究所 ( The Scripps Research Institute , TSRI) 的消息,该研究所的化学家与其他单位的科学家合作已经为地球上的生命起源提出了一个有趣的新理论。他们的研究成果 2018 年 1 月 8 日已在《 自然通讯 》 ( Nature Communications ) 杂志网站上发表 ——Greg Springsteen, Jayasudhan Reddy Yerabolu, Julia Nelson, Chandler Joel Rhea, Ramanarayanan Krishnamurth. Linked cycles of oxidativedecarboxylation of glyoxylate as protometabolic analgos of the citric acidcycle . Nature Communications, 2018, 9: 91. DOI: 10.1038/s41467-017-0259-0. Publishedonline: 08 January 2018 Abstract: Thedevelopment of metabolic approaches towards understanding the origins of life,which have focused mainly on the citric acid (TCA) cycle, have languished — primarily due to a lack of experimentally demonstrable andsustainable cycle(s) of reactions. We show here the existence of aprotometabolic analog of the TCA involving two linked cycles, which convertglyoxylate into CO 2 and produce aspartic acid in the presence ofammonia. The reactions proceed from either pyruvate, oxaloacetate or malonatein the presence of glyoxylate as the carbon source and hydrogen peroxide as theoxidant under neutral aqueous conditions and at mild temperatures. The reactionpathway demonstrates turnover under controlled conditions. These resultsindicate that simpler versions of metabolic cycles could have emerged underpotential prebiotic conditions, laying the foundation for the appearance ofmore sophisticated metabolic pathways once control by (polymeric) catalystsbecame available. 此项研究成果是美国福尔曼大学( Furman University )、美国化学进化 NSF/NASA 中心( NSF/NASA Center for Chemical Evolution )以及 TSRI 的科研人员合作完成 的,其实验结果表明,如今支持生命的关键化学反应,可能是在 40 亿年前就可能与存在于地球上的某些成分中已经进行反应。参与此项研究的资深作者 、 TSRI 化学副教授 Ramanarayanan Krishnamurthy 博士 说:“这对我们来说就是一个黑黑匣子,但如果你专注于化学,生命起源的问题就会变得不那么令人生畏了。” 对于此项新的研究成果而言, Ramanarayanan Krishnamurthy 博士 和他的合著者,他们都是美国国家科学基金会 / 国家航空学和空间管理中心有关化学进化研究( National Science Foundation/National Aeronautics and Space Administration Center for Chemical Evolution )的成员,关注一系列构成柠檬酸循环的化学反应。 从火烈鸟( flamingoes )到真菌( fungi ),每一种好氧生物( aerobic organism )都依赖柠檬酸循环来释放储存在细胞中的能量。在之前的许多研究中,研究人员设想,在早期的生命中像当今一样,就柠檬酸循环而言同样参与反应的分子是相同的。 Ramanarayanan Krishnamurthy 博士 解释说,这种方法的问题就在于这些生物分子是脆弱易碎的,而且在地球的前 10 亿年里,柠檬酸循环中所使用的化学反应是不存在的,即这些成分根本就不存在。 美国福尔曼大学等单位科研人员合作完成的此项 新研究,其领导者首先从这些化学反应开始。他们草拟了个反应物配方,然后确定在早期地球上存在的分子可以作为反应的原料。这项新研究概述了两个非生物循环( non-biological cycles ),即 HKG 循环( HKG cycle )和丙二酸盐循环( malonate cycle ),是如何能共同启动一个原始的柠檬酸循环的。这两个循环使用的反应与柠檬酸循环中的 a- 酮酸( a-ketoacids )和 b- 酮酸( b-ketoacids )的基本化学反应相同。这些共享的反应包括醛醇加成( aldol additions ),它将新的来源分子带入此循环,以及 b 和氧化脱羧( beta and oxidative decarboxylations )反应,它们会释放出 CO 2 。 当他们进行这些反应时,研究人员发现它们可以产生除 CO 2 之外还有氨基酸形成,而氨基酸正是柠檬酸循环的最终产物。研究人员认为,随着酶等生物分子的出现,它们可能会在这些基本反应中取代非生物分子( non- biological molecules ),从而使它们更加精细和高效。 Ramanarayanan Krishnamurthy 博士 说:“随着时间的推移,化学变化可能会保持不变,只是分子的性质发生了变化。随着时间的推移,分子的进化会变得更加复杂,这取决于生物学的需要。” 福尔曼大学 副教授,也是此项研究的第一作者 GregSpringsteen 博士( Greg Springsteen, PhD )补充说:“现代新陈代谢有一个前体,一个模板,是非生物的。” 使这些反应似乎更加可信的是,在这些反应的中心是一种叫做乙醛酸盐( glyoxylate )的分子,研究表明它可以在早期的地球上出现,并且是今天柠檬酸循环的一部分 ( 被称为“乙醛酸盐循环( Glyoxylate shuntor cycle )。 Ramanarayanan Krishnamurthy 博士 说,还需要做更多的研究,看看这些化学反应如何能像今天的柠檬酸循环那样可持续。更多信息请注意浏览原文或者相关报道。
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创建新药变得更容易
zhpd55 2014-3-14 23:03
创建新药变得更容易 诸平 据物理学家组织网( Phys.org ) 2014 年 3 月 12 日 报道,美国斯克利普斯研究所 ( The Scripps Research Institute 简称 TSRI ) 的科学家,已经开发出一种可以使新药创建变得更加容易的新方法,此项研究成果 3 月 12 日已经在《自然》( Nature )杂志网站在线发表—— Ri-Yuan Tang, Gang Li, Jin-Quan Yu. Conformation-Induced Remote meta-C–H Activation of Amines. Nature, 507, 215–220 (13 March 2014), DOI:10.1038/nature12963 . Published online: 12 March 2014 。 TSRI 的科学家他们已经开发出一种修饰有机分子的方法 , 这种方法可以显著拓展开发新药和对现有药物改进的可能性。 TSRI 化学系教授,也是此项研究的资深作者于金泉( Jin-Quan Yu 音译)说:“这是一种可以直接用于许多相关药用化合物的技术。”此创新使得通过将生物活性功能基附着于药物分子,来实现对现有有机化合物药物的修饰变得更加容易。一个典型的小分子药物其活性来自这样的官能团 , 而这些官能团是与由碳原子组成的、相对简单的骨架结构相连接在一起的。 推向边缘 化学家为了在碳原子上链接或者引入功能基团,花费了整整半个世纪左右的研究,而且设计了各种方法欲使新化合物形成或者对已有化合物进行修改,但至今某些类型的修改仍然是遥不可及。面对抗药性现状,科学家真得束手无策了吗?有一种可以使 C-H 键活化的方法被称为“ meta ”,翻译为中文有“变化”或者“改变”之意 , 这一修改涉及到一个辅助性分子临时性链接到一个碳原子上的方式,在此方法中辅助性分子通过最近邻的碳原子延伸到下一个最邻近的碳原子 , 在此调停而引入一个功能基团。因为会受到许多因素的影响,因此引入一个功能基并不是一件容易的事 , 但最主要的原因在于距离目标结合位点之遥远,还有就是受空间位阻等众多因素的影响,使功能基难以接近目标结合位点。典型的有机化合物骨架中的碳原子是以六元环的形式排列,因此要从这样一个碳原子,越过第二碳原子而达到第三碳原子,意味着几乎从六元环的这一边到达远在对面的另一边。 但是 2012 年 , 于金泉和他的同事合作就已经发表了一篇里程碑式的论文 , 也在《自然》( Nature )杂志发表的 , 其中描述了一种方法是用一组化合物来完成这一壮举。他们设计了一种辅助分子 , 是具有长链结构的腈 , 它可以附加到某化合物的一个碳原子上 , 拱悬于相邻的碳原子之上 , 实际上是在其远端背面悬挂了一个钯原子,有点像起重机的长臂上吊着一个瞄准了目标碳原子破碎球。这里的钯原子将作为一种催化剂 , 使现有的链接基团(一般往往是氢原子)先驱逐出去,为新来者让出空位 , 使新的官能团与其结合。遵循同样的原则 , 于金泉的团队最近提出了一种使更具挑战性的有机化合物中 C-H 键活化的新模式。现在 , 在新研究中 , 研究人员以胺类化合物为例,展示了相同的任务。胺类化合物包括了医药方面重要的杂环胺类化合物等。这使得研究人员发现了一种方法,与他们以前的研究结果相比较,使用的辅助性分子或者称其为模板,在化学上是更简单的和对使用者更友好的化合物。 促进药物发现 对于这样一个不同寻常的项目 , TSRI 化学家用 x 射线晶体学以及核磁共振光谱学分析了其模板化合物的 3D 原子结构。研究结果显示 , 新模板有能力来调解新功能基团附着到一个遥远的碳原子上,可以通过轻微修改它的化学成分 , 包括选择合适的金属催化剂来调整其链接的部位。于金泉谈到, “ 关键是调整模板的形状来创建一个对目标 C-H 键有特别偏爱的倾向 , 同时模板向目标位点运动必须有效地利用超级反应催化剂。 ” 使用这种新技术可以修改的化合物包括四氢喹啉( tetrahydroquinoline )、苯并嗪类( benzooxazines )、苯胺类( anilines )、苄胺类( benzylamines )、 2- 苯基吡咯烷类( 2-phenylpyrrolidines )以及 2- 苯基哌啶类( 2-phenylpiperidines )化合物。所有这些都是常用于药物化学的化合物,有可能是最终的药物化合物,也可能是制备药物的中间化合物。 于金泉现在与百时美施贵宝( Bristol-Myers Squibb )制药公司合作 , 利用他使 C-H 活化技术来研制潜在的新药化合物。于金泉认为这样能控制、远程激活 C-H 键的技术才刚刚开始被制药行业所采用 , 并再经过多年开发研究,应该对新药物发现提供积极地促进作用。更多信息请浏览原文: Ri-Yuan Tang, Gang Li, Jin-Quan Yu. Conformation-Induced Remote meta-C–H Activation of Amines. Nature,507, 215–220 (13 March 2014), DOI:10.1038/nature12963 . Published online: 12 March 2014 。
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