最近越来越多的科研人员开始使用预印本。预印本到底是什么？为什么科研人员要使用预印本？ScienceOpen特地为大家整理一个 预印本 系列，着重介绍预印本，以及预印本产生的背景，并详细讲述预印本的特点和作用。 什么是预印本 预印本（Preprint） 是指科研工作者的研究成果指尚未经过同行评议，还未在正式出版物上发表，而出于和同行交流目的自愿先在学术会议上或通过互联网发布的科研论文、科技报告等文章。 来自维基百科的解释： In academic publishing, a preprint is a version of a scholarly or scientific paper that precedes publication in a peer reviewed scholarly or scientific journal. The preprint may persist, often as a nontypeset version available free, after a paper is published in a journal. 过程： 论文完成初稿，由作者上传到公开的数据库，预印本跟投稿到期刊的版本经常是一样的。一旦论文预印本上传完成，系统会快速检查文档的内容本质是否与科研相关，然后在一两天之内在线发表，不用经过同行评审，而且免费开放给所有人浏览。如果论文后续还有经过修改，也可以继续上传，但旧的版本会继续存在。 预印本涵盖各个学科，文章版权开放，可以搜索、分享、引用和评论，每篇发表的文章都拥有其唯一的DOI。由于预印本的文章没有接受过同行评审、校对和排版，因此在多数情况下，可以被认为是一份初稿或者底稿。文章正式发表后，预印本会更新文章和网页，添加正式发表的链接地址。 同时，预印本发表并不算真正意义上的学术发表，在发表预印本后，论文依然可以向期刊投稿。 在物理和自然科学的快速发展的学科中，预印本的使用已很常见，因为它们允许作者在等待论文得到同行评审的同时，提前声明自己的最新发现。 为什么会有预印本？ 当前，传统的学术出版评审和出版周期十分漫长，一篇论文从投稿到发表往往要经过数月甚至一年之久。一经收稿还有 同行评审（Peer Review） ，学者要在应对大量的严谨提问之后才能迎来发表。这就减缓了科研的进展和科研思路的更新。而部分科学领域内的发展十分迅猛，需要更方便、快速的科学交流形式。 而科学界的惯例就是最先发表的人更有发言权。 首先就是种类繁多的期刊无论在投稿、审稿和最后的发表上都是有区别的，越是影响力高的期刊审稿周期往往就越长。同时，世界上有多位研究人员同时做着同样的研究是很常见，他们彼此都不知道对方在做一样的主题研究，各自独立展开，然后又几乎差不多的时间完成，这时候发表的及时性就显得尤为重要了。面对这样的矛盾，预印本的作用就凸显出来了。 预印本的特点 与期刊发表的文章以及网页发布的博客文章相比，预印本具有以下特点： · 交流速度快 ： 使用预印本最明显的好处是可以避免因期刊发表过程造成的延迟，其他人可以立刻从你的工作中受益。 · 开放获取： 将你的工作储存到预印本服务器上是让你的研究免费开放给全球科研人员的好方法。 · 建立自己的优先权： 世界上可能有许多科研人员正做着同样的研究工作，上传预印本能让你取得研究想法或研究发现的优先权，因为预印本伺服器上一般都会标示文章发布的日期。 · 收到宝贵的反馈意见： 在你上传预印本后，你可以跟其他同行分享文章链接，寻求他们的反馈。有时候其他人员会指出文章中的错误并评论，你可以利用这些意见来判断工作质量，在投稿前改善论文，如此也可提高论文接受率。 · 及早获得引用： 发布在预印本服务器的文章通常都可以引用，因此你有可能在论文发表前就能收到引用。如果其他科研人员喜欢你的研究，他们也有可能会分享到社交网络上，这样你的研究甚至有可能在论文正式发表前就受到关注。 · 提供研究证据： 基金单位招聘委员会经常会要求提供近期研究工作的证据。如果发表延迟了，对你的基金或工作申请可能会带来破坏性的影响，预印本在这个时候就能派上用场。 · 提高合作机会和收到更多会议邀请： 学术会议和活动的主办单位经常要找人报告尚未发表的研究。预印本能提高你的研究的可见度，吸引会议主办单位和潜在合作对象的注意力。 · 发表广泛的研 究结果： 创新经常是要发表期刊的主要条件，因此如果你的研究没有做出显著结果，或是你做的是复制研究，可能不容易发表。预印本可以扫除这些问题，提高广泛的研究结果的能见度。 除去上述明显特色，由于预印本可被引用，因此它们能帮助年轻科学家迅速建立学术记录。这会让正在寻求资助或者工作的人受益。预印本作者可能收到对其研究产生兴趣的期刊编辑的来信：一些期刊编辑会浏览 bioRxiv 寻找论文。 预印本的作用 最近的一项研究表明，发表预印本使得Altmetrics分值及对最终发表论文的引用获得显著提高。 案例分析： 预印本这种开放、快速的交流方式受到了越来越多学者认可。虽然长期以来物理学家多用preprints来提前互通成果，但在生物学者中尚未广泛运用。2015年，Daniel MacArthur就在论文投稿的过程中公开了preprints，他的科研项目包括建立一个巨大的人类基因序列库，包含60706种原始序列，因此成果一经发布，十个月内就被浏览了300万次，给其他生物医学界研究基因相关的病症带来了极大的便利。斯坦福的Stephen Quake也说 如果一份preprint能给两个生物学者提出新的思路，那么10年里这个行业科学进展就会快五倍 （跟没有preprints相比）。 预印本支持者表示，一个优势是你能在论文被同行评议的期刊接收的数月甚至几年前，便将其和同行分享。华威大学细胞生物学家Stephen Royle表示，这种速度有助于研究人员保持热情。“发表论文是一个如此漫长的过程，以至于等它出现在期刊上时，所有的兴奋通常都消失殆尽。”Royle认为，“在你仍然感到兴奋时，论文发表了，这是一种了不起的感觉。”一项对提交给arXiv的论文进行的研究发现，对一项发现的早期关注会在随后获得回报：最终在期刊上发表的预印本似乎被引用得更快。 参考资料： https://en.wikipedia.org/wiki/Preprint http://blog.sciencenet.cn/blog-769813-1020469.html http://asapbio.org/roleofpreprints https://www.editage.cn/insights/1899.html https://www.sciencemag.org/news/2017/09/are-preprints-future-biology-survival-guide-scientists http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2017/10/391136.shtm http://blog.sciencenet.cn/blog-681387-1094978.html
我前几天发了篇博文“ 预印本(Preprint)及出版商的投稿政策 ”，写了点关于预印本和各大出版商对待预印本政策的内容。两天前发了篇消息博文“ PeerJ开始可以无限量免费发表预印本 ”，提到 PeerJ 宣布从2013-11-11日开始作者可以无限量免费在其预印本网站 PeerJ Priprints 发表预印本。好玩的是，11月14日Nature杂志一篇题为“Preprints come to life”的文章提到冷泉港实验室出版社启动了一个新的预印本站点 bioRχiv.org 。 这是个生物学领域的同行需要知道的消息。 Nature 这篇文章开头就问：“生物学家在怕什么？物理学家、数学家、社会科学家常常将发表前的稿件发布到如 arXiv.org 等预印本站点，然而只有少数生物学家这样做”。文章提到arXiv从2003年开始增加了定量生物学（quantitative biology）版块，这个版块发布的预印本过去两年里有了指数增长，发布预印本的主要是基于基因组数据开展研究的生物学家（比如科学网上讨论过H7N9以及研究人类遗传学的老师，就把他们文章的初稿发布到这个版块）。实际上，arXiv并没有打算扩展到更多的生物学领域，所以冷泉港实验室出版社的两位建立了生物学预印本站点bioRχiv，以作为arXiv的补充。文章还采访了几位美国科学家，他们认为生物学领域的同行们需要更多的利用预印本网站。 看到这个消息我立马就想到了 PeerJ Preprints ，我是 PeerJ 的编委，最近也正打算发布预印本在上面。实际上 Nature 的文章也提到了 PeerJ 在2013年4月启动了预印本网站，到目前已经发布了90多篇文章。作为研究者个体来说，我们肯定欢迎好用的生物学预印本站点，但如果同时有两个或多个预印本站点的时候，你选择用哪个？于是看到这个消息我就顺手给Peter Binfield（ PeerJ 的出版人之一， PLoS ONE 的创建人）发了个邮件，问他对于这两个预印本站点的看法，或者说他们自己的站点跟bioRχiv有什么不同的生态位。 Pete很快给我回了邮件。他首先认为这是个好消息，预示着生物学和医学领域培养预印本文化的时候终于开始到来了（“We definitely see this as good news – it means that the time has finally arrived for a preprint culture to flourish in the biological and medical sciences!”）。 他觉得PeerJ PrePrints和bioRxiv至少有四个很重要的不同点。 1）内容的开放程度：PeerJ PrePrints采用CC-BY共享协议，是完全开放获取的；而bioRxiv为作者提供了不同的开放协议，包括一些很受限制的协议。 2）学科覆盖的范围：bioRxiv涵盖生物科学的分支领域，而PeerJ PrePrints涵盖了生物科学、医学和健康科学的领域。 3）他认为PeerJ PrePrints的使用功能更好，包括让读者参与讨论的QA版块，更有助于作者修改提高稿件，网站的界面看起来也更漂亮。 4）PeerJ PrePrints另一个特色是它跟母刊 PeerJ 有机的结合，作者可以很方便的将发布的预印本投稿到PeerJ，有助于文章的整个出版流程。 我个人觉得Pete说的这几个方面是有道理的。但我们也要继续看看bioRxiv的发展情况，从它的名字可以看出来是想借arXiv的光，不过最终发展到什么地方还得看生物学家们的反应。使用预印本确实是个群体文化和行为的问题，或许用得人多了自然就成常规了吧。 科学网上的同行们怎么看？ 注1：感谢Pete同意我引用他的观点，从新闻的角度来说，应该还是独家第一手资料呢吧。 注2：点了发布博文才刚看到孙学军老师发表了“ 迟来的好消息 ”一文，也提到这个事儿。他提到“这个网站暂时没有包括临床医学研究的内容是一大遗憾”，或许我的博文会回答这个问题。
打开邮箱看到 PeerJ 发来的邮件，宣布从2013-11-11日开始作者可以无限量免费在其预印本网站PeerJ Priprints发表预印本。之前的限制是初级用户每年免费发表一篇。 http://blog.peerj.com/post/66681668539/peerj-preprints-now-free-to-all All authors can now publish unlimited PeerJ PrePrints for free PeerJ has been publishing PeerJ PrePrints (an innovative pre-print server for un-peer reviewed articles in the biological, health and medical sciences) since April 2013. Until today we had allowed authors to publish one free preprint per year (without needing to purchase a ‘paid’ publication plan), however we appreciate that this limits the ability of some authors to submit their preprints to us. One of our core beliefs is that we are working to maximize the ability of all authors to publish their work as freely as possible, and so we are pleased to announce today that we have removed the ‘one free preprint per year’ restriction. Henceforth anyone will be able to publish as many preprints as they wish, without needing to take out a paid publication plan. Full details are in this blog post This is a significant new benefit for the academic community, and so we encourage you to tell your colleagues and to submit your own pre-prints to us at https://peerj.com/preprints.
Preprint （预印本），指尚未投稿、或已投稿但尚未在正式出版物发表，但为及时跟同行交流而自愿在预印本网站、个人博客、维基站点、或会议等发布的论文或报告。简单的说，预印本就是指论文完成之后投稿时的那个版本，还没有经过同行评审。预印本显而易见的好处是：有助于更及时的跟同行交流并获得反馈（或许会有助于修改你的稿子），及发表优先权。但因为没有经过同行评审，有人认为预印本文章的可靠性不一定有保证。 预印本在不同领域流行的程度不同，最有名的预印本网站当属 arxiv.org ，主要发布物理学、数学、计算机科学等领域的预印本，也发布一些生物学和金融领域的文章，所以物理学和计算机领域的同志们看到我谈论这个或许会说：这有什么好谈的。其实对于更多不熟悉或很少发布预印本的同志们、以及哪怕经常使用预印本服务的同志们来说，还是有些地方值得了解。虽然大家都有占有发表优先权以及想让研究结果尽早被同行知道的欲望，但一个现实的问题是： 发布预印本会不会影响正常的投稿？尤其在那些预印本使用还不多的领域，比如俺们的领域。 有的期刊会认为提前发布了预印本文章就像二手货了，于是不爱收。我这几天正考虑是否将一篇正在投稿到 NPG 某期刊的稿子发布预印本，顺便关注了下一些主要出版商在其投稿政策中是如何谈预印本的。 Nature 在其作者指南说，作者发布预印本不影响在 Nature 系列期刊投稿。比如在 “ Peer-review policy ” 部分提到 ：“ We do not consider meeting report abstracts and preprints on community servers to compromise novelty ”（会议摘要和预印本是 OK 的） ；在“ Confidentiality Pre-publicity ”部分提到：“ You are welcome to post pre-submission versions or the original submitted version of the manuscript on a personal blog, a collaborative wiki or a preprint server at any time (but not subsequent pre-accept versions that evolve due to the editorial process) ”（你可以将投稿前版本或投稿版本在个人博客、协作维基站点或预印本网站发布）。但是也提到 ：“ The website and URL must be identified to the editor in the cover letter accompanying submission of the paper, and the content of the paper must not be advertised to the media by virtue of being on the website or preprint server ”（作者有责任在投稿信中将预印本的发布地址告知编辑，稿件内容不能向媒体传播）。没有带 Nature 题头的 NPG 期刊的投稿政策或许会有些差别，但大体上跟 Nature 系列差不多。 实际上， Nature 曾在 2005 年 3 月发表过一篇题为“ Nature respects preprint servers ”社论，以澄清坊间关于 Nature 不接受发布过预印本的稿件的流言。 2007 年 Nature 还发布了 Nature Precedings 预印本服务站点，一直运行到 2012 年 4 月。在 2009 年 2 月的一篇名为“ It’s good to blog ”（“写博客是件好事”，我记得科学网有老师聊到过这篇社论，作为支持科学家写博客的证据）的社论中， Nature 又重申支持及时的科学交流，认为发布预印本没问题。 Elsevier （爱思唯尔）对于预印本的政策是：“ Elsevier is liberal with respect to authors and electronic preprints. Unlike some publishers, we do not consider that a preprint of an article (including a prior version as a thesis) prior to its submission to Elsevier for consideration amounts to prior publication , which would disqualify the work from consideration for re-publication in a journal. We also do not require authors to remove electronic preprints from publicly accessible servers (including the author's own home page) once an article has been accepted for publication. ”（爱思唯尔认为预印本包括学位论文不影响正常的投稿）。 牛津大学出版社对于预印本的政策是：“ For the majority of OUP journals, prior to acceptance for publication, authors retain the right to make a preprint version of the article available on their own personal website and/or that of their employer and/or in free public servers of preprints and/or articles in their subject area, provided that where possible they acknowledge that the article has been accepted for publication as follows: This article has been accepted for publication in : Published by Oxford University Press . All rights reserved. ”（大部分牛津大学出版社期刊支持预印本，但需要作者在文章接受时注明最终发表出处）。 但也有很多期刊并不支持预印本发布，比如 Science 很多时候并不鼓励作者提前发布预印本，认为会影响文章（正式发表前）的原创性：“ Posting of a paper on the Internet may be considered prior publication that could compromise the originality of the Science submission, although we do allow posting on not-for-profit preprint servers in many cases. Please contact the editors for advice about specific cases. ”；还有 Cell Press 旗下很多期刊也不支持预印本发布。 这个维基百科的网页列出了一些期刊支持预印本与否的情况： List of academic journals by preprint policy 。也有一些中文的预印本服务站点，比如国家科技图书文献中心和中信所建设的“ 中国预印本服务系统 ”、还有教育部支持的“ 中国科技论文在线 ”等。 有时候跟一些同行交流，有人会提到自己正在做的某项工作还没有发表，害怕被有竞争可能的同行知道，连在会议上都不敢做报告提及。这样做当然也无可非议，但肯定少了一些获得建议的机会。其实看了上面大多期刊对于预印本和会议材料的政策，或许大家可以更好地利用预印本的功能。这里也提个问题：你会选择发布预印本吗？为什么？
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