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[转载]Genome-wide identification of Gossypium RH2FE3 genes
crilqy 2018-12-20 10:57
RING-H2 指 E3 连接酶( RH2FE3 )基因编码富含半胱氨酸的蛋白,介导 E3 泛素连接酶活性并降解靶底物。这些基因在植物对植物激素和非生物胁迫的反应中所起的作用在多个物种中都有不少记载,但它们在棉纤维发育中的作用却鲜为人知。目前,陆地棉 RH2FE3 基因的全基因组鉴定和表达分析尚未见报道。 我们对陆地棉 RH2FE3 基因进行了估算、结构和系统发育分析、染色体分布分析和 Ka / Ks 值估算。通过全对比 BLASTP 搜索鉴定直系同源和旁系同源基因对,我们预测了顺式作用元件,并分析了微阵列数据集,以生成不同发育阶段的热图。采用实时定量聚合酶链反应( qRT-PCR )分析法测定了棉纤维组织特异性表达以及激素和非生物胁迫反应。 我们研究了 140 个陆地棉、 80 个亚洲棉和 89 个雷蒙德氏棉的推定 RH2FE3 基因及其进化机制,并与拟南芥和水稻的直系同源基因进行了比较。基于域分析的陆地棉 RH2FE3 基因预测到保守的特征基序和基因结构。染色体定位结果显示该基因所有陆地棉染色体上都有分布,共检测到 60 个重复事件( 4 个串联重复和 56 个片段重复)和 98 个直系同源染色体片段。在陆地棉 RH2FE3 基因启动子区域检测到顺式元件。微阵列数据和 qRT-PCR 分析显示,陆地棉 RH2FE3 基因与棉纤维发育密切相关。此外,几乎所有被鉴定的基因都在植物激素 [ 芸苔素内酯( Brassinolide )、赤霉素( Gibberellic acid , GA )、吲哚 -3- 乙酸( Indole-3-acetic acid , IAA )和水杨酸( Salicylic acid , SA ) ]以及 非生物胁迫(低温,高温,干旱和盐渍)的作用方面上调表达。 本文首次报道了陆地棉 RH2FE3 基因的全基因组鉴定、综合分析和保守结构域和基因的结构的表征,以及系统发育分析、顺式元件预测和表达谱分析,分析了他们在棉花纤维发育和对植物激素和非生物胁迫响应的作用。研究结果将有助于其他物种中的 RH2FE3 基因的全基因组分析,并为今后陆地棉 RH2FE3 基因的生理和功能研究奠定基础。 Genome-wide identification and expression analysis of Gossypium RING-H2 finger E3 ligase genes revealed their roles in fiber development, and phytohormone and abiotic stress responses QANMBER Ghulam, YU Daoqian, LI Jie, WANG Lingling, MA Shuya, LU Lili, YANG Zuoren and LI Fuguang Journal of Cotton Research . 2018; 1:1. \0 https://jcottonres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s42397-018-0004-z \0
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多物种同源基因分析
liujd 2013-10-11 10:24
个人分类: 生物信息|0 个评论
关于如何获取人类基因组的某个基因在其他物种中的同源基因
supershine 2013-4-25 15:21
查找资料时遇到了这个问题,于是简单整理了一下,方法应该很多,只要适用就好。 欢迎拍砖。 当我们深入研究一个基因(比如说人类的某个基因)时,不可避免地会需要了解这个基因在其他物种中的同源性或者说保守性(这里面精确的词汇该怎么描述我还不确定)。 NCBI上的HomoloGene数据库可以帮助我们解决这个问题, 在Homologene数据库的搜索栏里输入感兴趣的基因名,就可以看到进化保守性信息。NCBI还会提供不同物种间该基因的序列比对,保守结构域等项目信息。 一般情况下,粗略了解一个基因在不同级别的生物物种里保守性使用HomoloGene足够了。 但如果有更精细的要求,可以参考如下帖子选择一个合适的方法。 这个帖子也是比较实用的帖子,被多次转载。 What is the best method to find orthologous genes of a species? - BioStar http://www.biostars.org/p/7568/ 祝好!
个人分类: 心得分享|14062 次阅读|0 个评论

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GMT+8, 2024-5-19 17:24

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