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Amber里关于ambmask总结: CanonLife 2017-10-10 22:28; 通过在A mber 的控制文件 Cntrl 的 list 里写入某些 mask 关键词，可以进行限制性的优化或跑动力学。 amber 里可进行限制性的操作有： 1. 固定某些原子关键词： ibelly, bellymask 两个词需同时指定才能达到固定原子目的。如： ibelly=1, bellymask= 不被固定的原子解释： ibelly 表示 flag for belly type dynamics. 当 ibelly=1 时，表示某些原子被固定，某些原子可移动。可移动的原子通过 bellymask 指定。 2. 给某些原子加上束缚力关键词： ntr, restraint_wt, restraint_mask 三个关键词需同时指定。如： ntr =1, restraint_wt=100.0 restraint_mask = 被束缚的原子解释： ntr ： Flag for restraining specified atoms in Cartesianspace using a harmonic potential. ntr0 时，需同时指定 restraint_wt , restraint_mask 。 restraint_wt ： The weight (in kcal/mol−Å2) for thepositional restraints. The restraint is of the form k(∆x)2,where k is the value given by this variable, and ∆x is the difference betweenone of the Cartesian coordinates of a restrained atom and its reference position. 手册给出以上定义。这个值的大小如何选取？参考力场文件里相应的键的力常数一项且注意单位是否一致（如 prmtop 文件里 %FLAG BOND_FORCE_CONSTANT 这一部分数据） restraint_mask ：指定被束缚的原子。 ---------------------------------------------------------------------------- 在 bellymask= 以及 restraint_mask= 中，如何选定目标原子？以下：在中可以指定的有：原子或者残基的编号或名字。规则如下：以：指定残基的编号或名字以 @ 指定原子的编号或名字以 @% 指定原子类型如： :1-10,12,15-20 表示 1-10 号， 12 号， 15-20 号残基： ASN,CYS,HIS 表示体系里所以 ASN,CYS,HIS 氨基酸 @1-200,220 表示 1-200 号原子和 220 号原子 @CA,C,O 表示体系里 atom name 为 CA,C,O 的三个原子 @%CT,N3 表示体系里 atom type 为 CT ， N3 的所有原子复合选项：表示 and | 表示 or ！表示否定，即不包括的意思（）表示优先距离范围选项： : : @ @ 通配符： * 和 = * 表示代表所有。如： :* 表示所有残基 @* 表示所有原子 @%N* 表示所有 N 原子的原子类型，即所有 N 原子。 = 只能去匹配原子或者残基的名字，且只能匹配名字的后面部分，即： :AS= 所有以 AS 开头的残基名称，即所有 ASN,ASP 氨基酸 @H= 所有以 H 开始的原子名称，即所有 H 原子 :=A 这样是不对的， = 不能指定原子或残基名字的开端。一些例子： @C= !@CA,C 所有 C 原子，但不包含名字为 CA ， C 的碳原子。 :1-3@CA 1-3 号残基中的名字为 CA 的原子 (:1-3@CA| :5-7@CB) 1-3 号残基中的名字为 CA 的原子和 5-7 号残基中的名字为 CB 的原子 :CYS,ARG !(:1-10 | @CA,CB) 所有 CYS,ARG 残基里的原子，但是不包括 1-10 号残基的原子，和所有名称为 CA ， CB 的原子。 !@H= 不包括 H 原子，即包括所有重原子。 :5@4.5 距离 5 号残基在 4.5 埃范围内的所有原子 (:1-55:3.0) :WAT 距离 1-55 号残基在 3 埃范围内的所有的水分子（ WAT 是水分子的 segname ） :1-160!@H= 1-160 号残基中的所有重原子（即除去 H 原子）详见 Amber12 版的 manual ，附录 C 。完！; 个人分类: Amber|8090 次阅读|0 个评论

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