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Gamit安装 小白用户专享
YeKedong 2019-3-21 13:56
1.对于管理员 管理员设置 #sudopasswdroot 先输入当前用户的密码,再设置管理员密码两次 管理员登陆 #su 添加右键打开终端 #aptinstallnautilus-open-terminal 输入你设定的管理员密码 #gedit/etc/lightdm/lightdm.conf 向etc/lightdm/lightdm.conf文件中加入如下语句: greeter-session=unity-greete user-sesssion=ubuntu autologin-user=root greeter-show-manual-login=true allow-guest=false 继续执行如下命令为了修复重启后弹窗错误: #gedit/root/.profile 向/root/.profile中最后一行语句换成下面语句,并重启电脑(在终端上输入:reboot)使其生效: tty-smesgn||true 注:如果此方法不成功,可参考文件中管理源权限文档 2.对于gamit安装 安装运行所需软件包 #aptinstallgfortran #aptinstalllibx11-dev #aptinstalltcsh #aptinstallgmt #aptinstallncftp 安装完依赖包后,将gamit10.6.1在windows系统下解压后,复制到/opt文件下: #cd/opt/gamit10.61 #ls 将你在打开终端的文件内全部的文件显示出来 #./install_software 注:如果遇到选择,一直都选择y。 安装Gamit过程中,会出现退出安装的情况,这是正常现象,需要我们手动修改参数: #gedit/opt/gamit10.61/libraries/Makefile.config 向/opt/gamit10.61/libraries/Makefile.config中将查找(Ctrl+F)前面一句语句,将其改为同行后面语句,并保存: $X11LIBPATH/usr/lib/x11改为$X11LIBPATH/usr/lib/ $X11INCPATH/usr/include/x11改为$X11INCPATH/usr/include/ 注:有人使用另外一种方法解决这个问题,详情看(解决问题)文档 $MAXSIT80改为$MAXSIT80处理的最大测站数 $MAXSAT20改为$MAXSAT32处理的最大卫星数 $MAXATM13改为$MAXATM25处理的最大采样间隔 $MAXEPC2880改为$MAXEPC8640处理的最大历元 $OS_IDLinux00014186改为$OS_IDLinux00014406更改linux的版本号 注:你可以输入终端命令:#nuame-a,查看你的电脑版本,只需要比你电脑版本4位数字大就可以。 注:有些版本的gamit发布时,linux的版本在网上还没有公布。保存后,需要再次输入安装命令; 遇到选择,仍选择y(一直Enter)。 #./install_software 向.bashrc文件中加入如下语句: exportPATH=$PATH:/opt/gamit10.61/com:/opt/gamit10.61/gamit/bin:/opt/gamit10.61/kf/bin exportHELP_DIR=/opt/gamit10.61/help/ exportGMT5HOME=/opt/GMT-5.4.5 exportPATH=${GMT5HOME}/bin:$PATH exportLD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${GMT5HOME}/lib64 注:这个是隐藏文件,需使用Ctrl+H。 安装完Gamit后,需要进一步确任是否安装成功: #doy DOY:Convertsvariousdateformats …………… 若输出为DOY:Convertsvariousdateformats…………则表示安装Gamit成功,否则无法重新安装。 不过一般不会出现这种情况。 3.对于GMT安装 详细教程:https://docs.gmt-china.org/latest/install/linux/ 4.对于gftp安装 #aptinstallgftp 5.对于其他文件的复制 你需要把以下文件复制到gg/tables中 1.otl_FES2004.grid基于全球格网海洋潮汐参数 2.vmf1grd.2018基于全球模型的大气映射函数参数
个人分类: gamit|2700 次阅读|0 个评论
Unbuntu12.04下GAMIT10.40安装说明
热度 2 surveying 2013-1-20 12:35
安装步骤: 1 首先就是Gamit软件——gamit.tar.gz的准备,大概64M; 2 将下载的gamit.tar.gz复制到 opt/gamit10.40/下面,这里需要建立文件夹10.40,sudo mkdir gamit10.40; 3 安装Cshell。sudo apt-get install csh; 4 安装gfortran。sudo apt-get install gfortran; 5 安装libx11-dev库支持。sudo apt-get install libx11-dev; 6 安装Gamit软件, 进入gamit目录,首先还是要解压的,sudo tar –xvf gamit.tar.gz;然后需要给安装文件 install_software文件可执行权限,命令为chmod +x install_software,然后在该目录下面输入./install_software进行安装。 8 系统提示相关:(在root权限下) GAMIT and GLOBK to be installed into /opt/gamit10.40 If you need help with command line options type CTL_C now and type install_software -help on the command line The compressed tarfiles will be removed after extraction of the directories, but except for that, the script may be stopped and rerun safely from any point. Tarfiles to be uncompressed: com.10.40.tar.gz etopo5.grd.10.0.tar.gz example.10.40.tar.gz gamit.10.40.tar.gz help.10.40.tar.gz kf.10.40.tar.gz libraries.10.40.tar.gz maps.10.1.tar.gz tables.10.40.tar.gz Continue ? (y/n) “ 输入字母 y”,开始解压缩安装文件 ... tables/nutabl.2009 tables/nutabl.2008 Do you want to apply incremental updates: incremental_updates.090928.tar.gz Continue ? (y/n) “ 输入字母 y”,开始解压缩安装文件, .. applying incremental updates: .. adding /opt/gamit10.40/com to your search path to continue installation To execute GAMIT and GLOBK you will need to set your login path to include /opt/gamit10.40/com /opt/gamit10.40/gamit/bin /opt/gamit10.40/kf/bin You will also need the alias or link gg ?? /opt/gamit10.40 Your Operating System type is: Linux Your default awk version is: /usr/bin/awk These are the default paths to X11 found in Makefile.config X11LIBPATH: /usr/lib/X11 X11INCPATH: /usr/include/X11 Searching your system for X11 installation Found these paths to X11 libs and includes on your system X11LIBPATH: /usr/lib X11INCPATH: /usr/include/X11 Are these correct for your system? Continue? (y/n) 此时先不要继续安装,进入/opt/gamit10.40/libraries/目录,修改Makefile.config中的一组参数,原文中的 MAXSIT 60 MAXSAT 32 MAXATM 13 MAXEPC 2880 将MAXATM改为25。回到终端, “ 输入字母 y”,提示 GAMIT dimensions in /libraries/Makefile.config are set to maxsit = 60 maxepc = 2880 maxatm = 25 maxsat = 32 Are these defaults found in Makefile.config correct? If NOT edit the Makefile.config now before choosing to contine Continue ? (y/n) “ 输入字母 y”,开始安装。期间会出现如下问题: Running unimake to create Makefile for comlib System name: Linux jeydragon-VirtualBox 3.0.0-13-generic #22-Ubuntu SMP Wed Nov 2 13:25:36 UTC 2011 i686 i686 i386 GNU/Linux System release number translated to 3203 OSID Linux 3203 not found in Makefile.config - remove Makefile and STOP Failure in make_gamit -- install_software terminated 解决方法:修改opt/gamit10.40/libraries下的Makefile.config文件夹,找到 # ----- for Linux from 0.0.1 to 3.0.0 -- # OS_ID Linux 0001 3000 将其修改为: # ----- for Linux from 0.0.1 to 3.0.0 -- # OS_ID Linux 0001 3203 问题就得到解决了。 9 安装最后会提示 ++++++++++++++++++ GLOBK installed ++++++++++++++++++ Create the gg link in your home directory to the version of gamit/globk you just installed ? (y/n) “ 输入字母 y”,回车,显示 Making required ~/gg link to newly installed software ln ?s ?f /opt/gamit10.40 ~/gg Don't forget to set your : path to include /opt/gamit10.40/gamit/bin and /opt/gamit10.40/kf/bin : HELP_DIR environment variable in you shell profile (in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /opt/gamit10.40/help/) : INSTITUTE evnironment variable in your shell profile (in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work) where_i_work is a 3 character identifier for your solutions 10 至此,软件已经安装成功。但要始软件能够正常使用,还要修改主文件夹下的 .bshrc”文件.打开终端,进入主文件夹(home),输入 gedit .bshrc,此时会进入.bshrc的文档,复制下面的内容到文档中: export PATH=$PATH:/home/xinsui/GNSS_SOFT/gamit10.40/gamit/bin:/home/xinsui/GNSS_SOFT/gamit10.40/kf/bin:/home/xinsui/GNSS_SOFT/gamit10.40/com:/home/xinsui/GNSS_SOFT/gamit10.40/gamit/com export HELP_DIR=/home/xinsui/GNSS_SOFT/gamit10.40/help/ export INSTITUTE='SOG' 11 验证是否成功,doy命令,如提示: DOY: Converts various date formats DOY: Converts various date formats. ...... 表明安装与配置成功。
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ubuntu12.04 LTS 安装GAMIT/GLOBK
zhangyong1361 2012-12-31 20:48
ubuntu12.04LTS 系统下安装gamit,主要是编译器和安装配置文件的不一样。其他的可以参考本博客中的《ubuntu10.04LTS 安装GAMIT/GLOBK步骤(Bash环境配)本文亲自总结》一文。以下均在root运行 1、选取编译器 ubuntu12.04LTS版默认编译器为4.6版本,不建议使用,建议使用4.2或者4.4版本,因为4.2版本较老,使用apt-get 已经不能安装,需要手动去网上下载相关软件及其依赖软件,比较麻烦,不推荐。4.4版本使用apt-get 命令依然存在,输入 apt-get install gcc-4.4 apt-get install gfortran-4.4 便会安装了4.4的最新版 4.4.7版。 现在系统中并存了4.4与4.6版本,需要配置默认的gcc及gfortran编译器(4.6的编译器没有安装,如需安装使用 apt-get install gfortran 来安装) 2、配置编译器 update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.4 44 update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.6 46 update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.4 40 update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.6 46(如果安装了) update-alternatives --config gcc 根据提示,选择4.4版本的编译器 update-alternatives --config gfortran 根据提示,选择4.4版本的编译器 配置后输入 gcc --version 及 gfortran --version 查看配置的版本 3 、makefile.config文件配置 修改如下,或者使用更新包(说明更新了3.0系统的)中 libraries\makefile.config,替换安装包中libraries\makefile.config # ----- for Linux from 0.0.1 to 3.0.0 -- # OS_ID Linux 0001 3462 或者使用更新包(说明更新了3.0系统的)中 libraries\makefile.config,替换安装包中libraries\makefile.config 配置完后其他安装步骤如《ubuntu10.04LTS 安装GAMIT/GLOBK步骤(Bash环境配)本文亲自总结》所述。 如有问题可联系本人 E-mail:zhangyong1361@163.com 张勇 2012-12-31
个人分类: GAMIT/GLOBK|4039 次阅读|0 个评论
ubuntu10.04 LTS 安装GAMIT/GLOBK步骤(Bash环境配)本文亲自总结
zhangyong1361 2012-12-31 20:11
ubuntu10.04 LTS 安装GAMIT/GLOBK步骤(Bash环境配)本文亲自总结
GAMIT/GLOBK软件(以下简称GAMIT)的由来与应用,在这里就不用多介绍了。相信准备GAMIT的各位对该软件应该具有一定的了解了。下面言归正传,叙述在ubuntu10.04LTS版上安装GAMIT的步骤,为什么采用10.04LTS版本,因为该版本对于GAMIT来说比较合适,特别说明,以下均在root用户下安装。 1、编译器问题 GAMIT软件推荐使用4.2以上的gcc及gfortran编译器(4.3除外,据相关资料介绍,该版本编译器有问题,会导致GAMIT编译失败,另外用4.6版本的编译器时,需要修改GAMIT的源码参数, 繁琐故不推荐),在这里作者推荐使用4.2或者4.4版本的编译器。Ubuntu10.04LTS版,默认编译器版本的4.4.3,但是没有安装gfortran编译器,所以要自己安装gfortran编译器。在终端中输入 : apt-get install gfortran 便会自动安装该系统版本的最新版gfortran,如果想使用4.2版本的gcc及gforrtan编译器,参考相关治疗下载安装4.2编译器,并配置默认编译器版本为4.2版。 2、libx11-dev软件包安装 libx11-dev是X11(X Window)的客户库(X11 client- side library)。该软件包包含了全部的X11应用编程接口(API)基本函数。其中,libX11.a和Xlib.h是 GAMIT/GLOBK所必须依赖的两个库文件,主要是为Globk的提供图形库支持。Ubuntu的默认配置不包含该软件包, 故需要用户自己安装,在终端中输入: apt-get install libx11-dev 便会自动下载安装libx11-dev软件及其相关附件。 3、SHELL安装 GAMIT软件的相关命令是在csh或tcsh下运行的,而Ubuntu默认的是bash,故要下载csh及tcsh,有相关安装说明中降到需要把系统的默认SHELL改为csh或者tcsh,但是本人认为那样并不是完美的,在系统默认的bash下也可以运行GAMIT的软件(前提是安装了csh tcsh且在bash中加入GAMIT途径,增加途径这个后面在叙述),而且bash默认支持上下键命令回滚、文件类型分色区分等,csh及tcsh要进行相关繁琐的手动配置才能实现上述功能,且对于新手一时难以配置成功,故建议直接采用bash,不用修改系统的SHELL模式。在这里只要安装csh tcsh即可。输入如下命令安装csh、tcsh。 apt-get install csh apt-get install tcsh 安装完即可。 4、FTP软件安装 GAMIT软件有自动从FTP服务器下载数据的功能,此功能需要FTP软件的支持,GAMIT软件支持NCFTP和WGET两种FTP软件,Ubuntu自带了WGET,但没有预装NCFTP。如果你想使用NCFTP(如在sh_get_rinex命令中增加选项 -ftp_prog ncftp ), 则需要安装ncftp软件,在终端中输入: apt-get install ncftp 自动安装完即可,无需任何配置。 5、awk tail ls gzip gunzip等软件 这类软件ubuntu默认已经安装了,就不用管他了。如果在日后充分熟悉了GAMIT及Ubuntu系统后,可以查看这些软件的用处及不同版本的异同。对于初学者可忽略此处。 6、GMT及NETCDF软件安装 GAMIT软件计算完后可以调用相应的命令进行绘图,该绘图命令是基于GMT和NETCDF实现的。GMT及NETCDF软件的安装方式有两种:第一种,是自己下载GMT 及NETCDF软件自己进行编译配置,这个比较繁琐不利于初学者,此处不推荐,等日后熟悉了可以参考相关资料安装。第二种,是利用apt-get命令进行安装,在终端中输入: apt-get install gmt 便会自动下载安装gmt及netcdf,此处安装的精简版的,但已经满足GAMIT的需要。 以上6大步骤是安装GAMIT软件之前的系统配置,安装代码如下(安装顺序随意) apt-get install gfortran apt-get install csh apt-get install tcsh apt-get install libx11-dev apt-get install ncftp apt-get install gmt 下面就是正式安装GAMIT软件。 7、正式安装GAMIT/GLOBK软件 在OPT目录下新建名为 gamit 的目录,(目录名可以根据自己习惯定),将按转包解压后里面的文件全部复制到所建的文件夹下。在终端中 用 cd 命令进入gamit目录。输入 chmod +x install_software 跟GAMIT安装脚本赋予可执行权限,然后输入 ./install_software 便会自动安装,然后根据提示,基本就一路NEXT了,GAMIT安装中其实是一路 'y' 加回车。 如果gamit目录下有升级包,安装过程中会提示是否应用更新包,如 Do you want to apply incremental updates: incremental_updates.080812.tar.Z incremental_updates.080919.tar.Z incremental_updates.081022.tar.Z Continue ? (y/n) 一路 'y'即可。安装到最后,会提示 ++++++++++++++++++ GLOBK installed ++++++++++++++++++ Create the gg link in your home directory to the version of gamit/globk you just installed ? (y/n) 意思是安装成功,是否在主文件夹下生成gg链接,此处输入 y ,因为gamit运行时是从主文件夹下gg链接进入gamit软件的tables目录中链接文件的。输入y后,会提示 Don't forget to set your : path to include /opt/gamit/gamit/bin and /opt/gamit/kf/bin : HELP_DIR environment variable in you shell profile (in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /opt/gamit/help/) : INSTITUTE evnironment variable in your shell profile (in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work) where_i_work is a 3 character identifier for your solutions 此处的意思是,需要再shell配置文件中把GAMIT的可执行文件目录添加进系统途径中,这样才能在终端中调用。显示的内容是让配置csh或者tcsh,但本文建议配置bash,原因上面叙述了。 8、GAMIT软件配置 其他安装说明建议建议在主文件夹下配置.bashrc文件(说明在ubuntu系统下.开头的文件是隐藏文件,用Ctrl+H键来显示隐藏文件),该文件是针对当前用户的SHELL生效的,如果用户在root下安装了gamit,但是想在其他用户下(如一般在管理员用户下运行)则还需要再相应的用户下再次配置该用户的.bashrc文件,故本人建议配置/etc/bash.bashrc文件,该文件对于任何用户都有效,无需重复配置,配置一次就对所有用户生效。 打开bash.bashrc文件在其最后面添加如下:(说明,如果配置.bashrc文件也是在其下面添加如下代码,下面是截的图,贴源码时,网页会自动解析代码,显示错误) 配置完后,在root用户下的安装与配置便完成了,在其他用户下还要稍微配置下后面叙述。 9、 GAMIT 测试 在终端中输入 doy 显示相关doy命令的提示便说明安装成功,测试安装的gamit是否正常运行,可以参考gamit安装目录下example下的README文件进行实验,或者计算自己的项目文件。 10、其他用户下配置 退出root用户,进入自己使用的用户,进入该用户的主文件夹,建立gg链接到gamit的安装目录,在终端中进入主文件夹,输入: sudo ln -s /opt/gamit gg (注意现在是非root下,运行和权限相关的命令需要添加sudo) 将gamit链接到主文件夹下的gg链接,(为什么要这样做,上文说了,gamit链接文件是从gg中进入的,root下在安装过程中提示你,已经生成了,但是其他用户需要自己链接)。链接完后,会发现gg文件夹上有一把锁,说明该用户对其无使用权限,需要对gamit安装的文件进行权限解除,进入到/opt 下,输入 sudo chmod 777 gamit 对gamit主目录进行解锁,另外还有对其所有的文件进行解锁,进入gamit目录,输入 sudo chmod 777 * -R 对所有的gamit进行解锁,解锁完成后,会发现gg文件夹上的锁没了,说明解锁成功。此时在终端中输入 doy 显示提示便说明成功,如果不解锁,会提示权限问题。 以上步骤为本人安装gamit的步骤(为了彻底搞清楚GAMIT的安装与为什么这样配置安装环境,及相关影响,本人安装GAMIT数十次,重装不同ubuntu系统达十几次),使用时有问题可以联系本人 E-mail: zhangyong1361@163.com 张勇 2012-12-31
个人分类: GAMIT/GLOBK|6007 次阅读|0 个评论

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