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图书馆常用开源软件
热度 1 weiqsh 2013-1-16 10:32
分类 名称 开发环境 主要功能 图书馆系统管理软件 Koha 任意 OS 、 Perl 、 M ySQL 世界上第一个开源图书馆集成系统 , 包括采购、编目、 OPAC 、流通、成员管理等模块 , 支持 MARC 和 Z39. 50 编目标准 , 可以对网络相关项目进行编目 , 支持分馆管理。 OpenBiblio 任意 OS 、 PH P 、 M ySQL 目前包括 OPAC 、编目、流通、成员管理功能 , 支持 Z39. 50 Emilda L inux /W indow s 、 PH P 、 M ySQL 一款完全集成的图书馆系统 , 包括 OPAC 、流通、管理、 Z39. 50 功能 , 并且具有 100% 的 MARC 兼容性。 数字图图书馆软件 DSpace 类 U n ix OS 、 Apach e 、 Java 、 PostgreSQL / Oracle 一个专门的数字仓储管理系统 , 它管理和发布由数字文件或 数字流 ( B itstream s) 组成的数字条目 ( Item ), 并且允许创建、索引和搜索相关的元数据以便定位和存取该条目。 Greenstone 绿宝石 任意 OS 、 Java 、 Perl 、 C + + 一组有关数字图书馆建设的开源软件 , 它提供了在网络或者 CD 中组织和发布信息的一种新方式。支持全文检索和字段检索、索引、定制格式、元数据抽取、 Z39. 50 客户端。 Fedora 任意 OS 、 CORBA 、 Java 、 MySQL /O racle 基于 SOA 框架 , 能够对数字对象进行存储、分发和管理的仓储软件。 CORBA 和 Java 技术开发， 2002.10 发布 Alpha 1 版 内容管理软件 Drupal 任意 OS 、 Apache/ IIS 、 PH P 、 MySQL / PostgreSQL 一个内容管理平台。包括内容管理系统、 B log 、共同写作环境、讨论区、电子报、相簿、文件的上传与下载等功能。 Wordpress 任意 OS 、 Apache/ PH P 、 MySQL / 是一种使用 PHP 语言开发的博客平台，用户可以在支持 PHP 和 MySQL 数据库的服务器上架设自己的网志。 Joomla! 任意 OS 、 Apache 、 PH P 、 M ySQL 内容管理系统 , 是一个网站智能建站系统 , 包括资源管理、媒体 ( 图片、档案 ) 上传管理、内容显示排程、 RSS 、 SEF 、访客统计、投票 , 对注册用户提供文件审核等功能。 新一代开源 OPAC 系统 Scriblio 任意 OS 、 Apache/ PH P 、 MySQL / 基于博客软件 WordPress 的开源 OPAC ，原名 WPOPAC ，曾获开源软件的 2006 梅隆信息协作奖 SOPAC 任意 OS 、 Apache/ IIS 、 PH P 、 MySQL / PostgreSQL 基于著名的 2.0 建站（ CMS ）开源软件 Drupal ， SOPAC 的这个版本才是真正具有模块化、可移植代码的开源应用，采用 GPL （第三版） 授权。 Vufind 维拉诺瓦大学 任意 OS 、 Apache/ PH P 、 MySQL / 图书馆资源门户系统，主要提供图书馆资源的检索和浏览功能，可以自由选择模块。 1 Koha Koha ，是第一个开放源代码的图书馆自动化系统，产生于 1999 。 Koha 最初设计的时候就是以占用最小的硬件资源为目标。它运行于 Linux 操作系统，并配以 Apache 网络服务器，使用最流行的 MySQL 开源数据库管理系统，所有程序的代码都是用 Perl 来编写的。一些编程的志愿者一直都在努力的拓展 Koha 的功能，其中包括基本功能其它方面的功能。还有很多人正在努力将其本地化，现在已经有了很多语言的版本， 包括台湾的繁体中文版，大陆还没有简体中文版。 2 DSpace DSpace （数字空间）系统是由美国麻省理工学院图书馆（ MIT Libraries ）和美国惠普公司实验室（ Hewlett-Packard Labs ）合作经过两年多的努力并于 2002 年 10 月开始投入使用的，以内容管理发布为设计目标，遵循 BSD 协议的开放源代码数字存储系统。该系统可以收 集、存储、索引、保存和重新发布任何数字格式、层次结构的永久标识符研究数据。 上海大学图书馆采用 SXNA 构建了新闻聚合系统 , 中国科学院国家科学图书馆兰州分馆采用 Dspace 构建了甘青特有少数民族数字资源保存与服务系统。其他使用 Dspace 系统进行二次开发的图书馆及相关机构还包括 : 北航大学、中国西部环境及生态数据中心、中国国家图书馆、厦门大学、浙江大学、香港城市大学、香港科技大学图书馆、香港大学等。 3 Greenstone Greenstone( 也叫“绿宝石” ) 是由新西兰 Waikato 大学的新西兰数字图书馆工程 (New Zealand DigitalLibrary Project) 开发，并与联合国教科文组织 (UN ． ESCO) 以及人类资讯非政府组织 (Human Info NGO) 一起合作发行。 Greenstone 遵循 GNU General PublicLicense 协议许可【 6 】，是一个面向全球、基于 Unicode 编码支持多语言的开源软件。目前通用版本是 2 ． 60 ，采用 C++ 和 Ped 技术实现，最新版本 3 ． 0 采用 JAVA 技术实现，增强了系统的功能。 Greenstone 提供了一种新的信息组织并通过因特网利用的方式。信息收藏由大量的文件 ( 由几千到几百万 ) 和一个针对这些文件的统一界面组成。 Greenstone 可以管理多个数字化的收藏，每个收藏的结构取决于对应的配置文件。已预置的收藏结构包括从报纸到技术文件、从教育性的期刊到口述历史、从视觉艺术到视频、从 M1DI 流行音乐到民族的民间歌曲。 Greenstone 系统是一套用于创建、管理及发布数字图书馆馆藏的软件包，提供了一种组织信息并在因特网或 CD — ROM 上发布它的新方法。 Greenstone 数字图书馆软件包的主要目的是为了帮助用户，特别是在大学、图书馆以及其它公共服务机构里的用户来创建数字图书馆，鼓励信息的分享和公共使用。 4 Fedora Fedora(the Flexible Extensible Dig Object andRepository Architecture) 数字对象仓储管理系统是在 AndrewW ． Mellon 基金会的资助下，由Ⅵ nia 和 Cornel 大学联合开发，遵循 Mozilla 协议许可，采用 CORBA 和 Java 技术实现的开源软件。该系统自 2OO2 年 lO 月发布 Alpha 1 版以来，经历了 9 个版本的升级。 2OO5 年 1 月发布了 2 ． 0 版，来自美国和欧洲的 2o 多家大学、机构和联盟作为正式用户部署和使用 Fedora ， 1500 多个组织机构对该系统进行了下载、安装和测试。 Fedora 系统采用 ME3S 作为存储数字对象的编码标准，目前该系统已通过了容纳 100 万 个对象的性能测试。 Fedora 系统由两个实体组成： (1)Fedora 数字对象； (2)Fedora 仓储。 Fedora 数字对象是 Fedora 体系结构的核心，它提供了一个集成内容 ( 包括数据和元数据 ) 和行为 ( 对内容的操作 ) 的框架，其中内容和行为本身都可以分布在网络的不同节点上，通过一个 URI 引用。 Fedora 仓储提供了存储管理和访问数字对象的接口，可作为功能完整的学术机构仓储库和基于 Web 实现互操作的数字图书馆平台。 5 Wordpress WordPress 是一种使用 PHP 语言开发的博客平台，用户可以在支持 PHP 和 MySQL 数据库的服务器上架设自己的网志。也可以把 WordPress 当作一个 内容管理系统 （ CMS ）来使用。 WordPress 是一个免费的开源项目，在 GNU 通用公共许可证 下授权发布。目前最新版本为 2011 年 7 月 13 日发布的 3.2.1 版。 WordPress 被认为是 Michel Valdrighi 所开发的网志平台 b2/cafelog 的正式继承者。“ WordPress ”这个名字出自 Christine Selleck 的主意，他是主要开发者 Matt Mullenweg 的朋友。 6 Scriblio 系统 Scriblio 系统是在 2006 年美国马萨诸塞州普利茅斯州立大学信息技术工程师 Casey Bisson 开发的 WPopac 的升级，以开源博客软件 Wordpress 为核心，主要集成 Scriblio 、 Bsuite 、 Scriblio Catalog Importer 、 Scriblio MARC File Connector …… 等系列插件构成的一个集外部数据导入、 MARC 数据收割、搜索引擎检索、日志方式发布的开源新一代 OPAC 系统。同时提供 Amazon APIs 、豆瓣等第三方数据接口 , 附加检索词提示、检索结果分面浏览、标签云显示、 RSS 数据推送、读者评论等 WEB2.0 元素。据统计：目前 基于 Scriblio 构建 OPAC 系统的图书馆有：美国新罕布什尔州的库克记忆图书与美国新罕布什尔州的 Beyond Brown Paper 、 波斯顿大学神学院的传教历史资料库 、 香港科技大学的图书馆、奥地利维也纳医科大学图书馆。 从 2006 年开始的 WPopc 开始，该开源系统就靠工程师 Casey Bisson 个人开发、维护。通过技术网站 http://scriblio.net/ 提供 Scriblio 主要插件、主题、试用情况等技术路线和信息服务；同时在 Google 论坛 http://groups.google.com/group/scriblio 发布相关使用情况说明， Scrilio 从最初的支持 Wordpress2.7 到 2.9.2 一直有图书馆在调试、研究。从 2010 年 4 月工程师 Casey Bisson 离开马萨诸塞州普利茅斯州立大学后，尽管他在 Google 论坛上申明他会一直研发 Sciblio 这个开源系统，但上述网站目前基本停止更新内容。 普利茅斯州立大学的 Lamson 图书馆 目前已改用商业软件 Worldcat.
个人分类: 特色库建设|9741 次阅读|2 个评论
[转载]开源软件生成的数学论文被开放期刊接受
naturelib 2012-10-23 22:02
来源： http://www.oschina.net/news/34020/mathgen 一篇用软件随机生成的数学论文《 Independent, Negative, Canonically Turing Arrows of Equations and Problems in Applied Formal PDE 》(PDF)被开放获取数学期刊《 Advances in Pure Mathematics 》接受。论文是用软件 Mathgen 生成的，只需要输入作者名字，它就能帮助你生成一篇TeX格式语句优美语法正确但内容胡说八道的论文。北达科他州大学数学教授Marcie Rathke于8月3日递交了论文，8月12日期刊编辑就通知她论文已在审稿人人工审议后 接受 。十多年前，物理学家索卡（Alan Sokal）写了一篇胡扯的社会学论文被《Social Text》杂志接受 并出版了 。 Mathgen 的详细介绍： 请点这里 Advances in Pure Mathematics 　是美国科研出版社SCIRP下属杂志 参见： http://thatsmathematics.com/blog/archives/102
个人分类: 出版|1799 次阅读|0 个评论
德国癌症研究中心医学信息学团队希望加强在MITK软件开发上的合作
Helmholtz 2012-7-13 10:50
德国癌症研究中心医学信息学团队希望加强在MITK软件开发上的合作 德国癌症研究中心DKFZ，是德国亥姆霍兹国家研究中心联合会18个成员单位之一： http://www.dkfz.de/en/dkfz/index.html 。 DKFZ共有员工2500人，其中1000人为科学家。主要从事癌症机理的研究，包括查找癌症风险因子、癌症预防以及治疗手段、手术控制等等。DKFZ也在与同为亥姆霍兹联合会的达姆斯达特重粒子加速器中心GSI合作，联合开展重粒子治疗肿瘤的设备以及手段和疗效研究。 德国癌症研究中心的医学图像与生物信息学团队，有五十人之多，是世界上从事医学影像3D再建、手术导航领域的顶尖的研究团队之一。除政府渠道的课题之外，也收到包括西门子、德国电信等机构的企业经费。 今年8月底及9月初，团队负责人P. Meinzer教授将携软件开发平台的负责人Nolden先生来京访问交流，他们除有意对几家医院介绍肿瘤病理容积变化监控、肝脏手术导航等软件外，也希望跟中方从事MITK开源软件开发团队建立学术交流与合作关系：www.mitk.org. 希望中方有意交流信息开展合作、同时也有相当实力的MITK开源软件开发团队跟亥姆霍兹联合会北京代表处进行联系，以确认学术交流计划与日程。 亥姆霍兹联合会北京代表处地址： 北京朝阳区东三环北路8号、亮马河大厦2-1723 010-659907865； info@helmholtz.cn
个人分类: 2012亥姆霍兹科技新闻|4806 次阅读|0 个评论
明确科学博客大赛【参赛主题】
热度 3 outcrop 2012-4-19 09:11
昨晚仔细看了下科学博客大赛的细则，发现休博一周可能亏了；为了写好接下来的博文，做到以参赛促进知识的总结，决定明确一下自己参赛的主题。 想来想去，觉得可写的主题不少，不过还是决定选一个目前比较冷的主题；暂时确定为： 开放源代码工具在科研与生活中的应用 。 这是一个实用性比较强的主题，初步考虑下面的具体内容： 展现开源文化与理念 。一直觉得开源软件与工具很适合科研人员使用与研究，开放源代码使得软件用起来很自由，科研工作者也有可能有能力去使用、改良这些软件。相关专业的，在开源软件的基础上做进一步的研究，也是很多的。这部分打算聊聊开源的历史、文化、相关协议等内容。 展现开源工具在科研与生活中的应用 。对于计算机技术爱好者以外的老师和同学来说，接触开源软件的机会较少。所以这部分就打算介绍一些我安装使用过，并认为不错的科研、生活相关开源软件，对这些软件做一个简要的描述与链接。 因此这次我参赛的主题关键字是： 开源、科研、应用 。 欢迎更多没有报名的朋友参赛，请点击下面链接报名即可： http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spacedo=teamview=joinfromuid=1750mark=blog 邀请您参赛，我有积分，哈哈~~拜托点击报名参赛： 重在参与，友谊第一！ 接下来，规划下参赛博文的内容与结构。 =============================关于博主============================= 博主的主要兴趣是：知识管理；相关兴趣有：语义网、机电及DIY、哲学与心理、信息安全、科幻等。 我的常用博客在科学网 （访问可点链接，下同）； 新浪微博是@outcrop ，欢迎互粉；建了一个超级QQ群：17662971，希望能闲聊无白丁，欢迎加入；自己打理着一个 机电工程师 小网站，欢迎来玩。无宗教信仰，提倡动物保护。最近在科学网关注“ 科学网大学 ”，欢迎加入 科学网大学群组 讨论、尝试。
个人分类: 开放源代码工具|3270 次阅读|10 个评论
[转载]ROI_PAC学习笔记 1_2_3
xiaoxinghe 2012-3-24 20:51
//************* ROI_PAC学习笔记(一) 总论******** ROI_PAC的全称是Repeat Orbit Interferometry Package. 由美国的JPL和Caltech开发. 软件运行于Linux平台, SGI或SUN平台. 是一个开源软件. 可以在openchannelfoundation的网站上申请下载. 相对于动辄数万元的INSAR商业软件而言, 免费的ROI_PAC还是比较有吸引力的. 对于研究而言, 更重要的还在于它的开源. 软件的使用者可以根据自己的需要改编, 或是在其基础上添加新功能. 这就提高了我们在INSAR软件实验上的较率. 虽然ROI_PAC的规模不是很大, 但要想使用它也非得先认真学习一番不可. 本人也是刚开始学习这个软件. 现在博客这样方便就不妨写上来, 如果有同人也有兴趣研究之, 那么一同学习讨论则是最好不过的了. 这个学习笔记的参考资料是由Buckley在2000年的博士论文改编的软件文档和ROI_PAC3.0. 整个软件的总体流程是由Perl脚本控制的. 各专门的功能模块则是用Fortran或C编写的. 处理步骤与模块的对应如下. 处理步骤 模块 流程控制 process.pl SAR原始数据整理 make_raw.pl SAR成像 roi SAR图像配准 ampcor 干涉图生成 resamp_roi 确定基线 baseest 干涉图去平 cecpxcc, rilooks 确定相关性 Makecc; icu 干涉图滤波 icu 相位解缠与绝对相位确定 Icu; baseline 确定形变 diffnsim 从解缠相位确定地形 inverse3d process.pl是总的流程控制脚本. 它控制着从原始数据一直到生成形变图的全过程. //*********** ROI_PAC学习笔记(二)----Perl基础 ****** ROI_PAC是用Perl脚本控制的。笔者以为，了解一个软件应该从顶层入手，一开始先了解大体，然后再逐渐进入细部，而PERL恰恰就是ROI_PAC的最顶层的控制语言。因此在开始之前应该先学一点PERL，以便阅读源码。所谓“工欲善其事，必先利其器”也。 一、变量 有四种变量：标量，数组，哈希变量，句柄。 标量就是整形或浮点数和字符串，这一点类似C的int float double外加一个字符串类型。变量不用声明就可以使用，但是不声明的变量就是全局变量。局部变量在变量前加上my修饰。还有，标量要用$开头。例：$a = 1; $b = 1.2; my $c = 22;$s="sdfjls"; 数组也称列表。创建：@array=(1,2,3);访问元素：$array ;要注意的是，数组变量用@开头，元素则是用$开头。如果把数组直接赋 值给标量，那么标量实际得到的是数据长度。PERL的数组是变长数组，可以随便访问元素，比如$array =1;这是可以的，数组被自动扩大 了，下标为4－99的元素为空值。 哈希变量就是哈希表。可以用字符串索引元素，开头用%。创建：%hash=('ab'=1,'cd'=2);访 问：$hash{'ab'};注意访问时用的是花括号（{}）。使用时可以随时以赋值的形式插入新元素，如$hash{'ef'}=3;删除元素则只能用 delete($hash{'ef'}); 句柄有点像C里的文件指针，但它肯定不是，只是用着有点像。比如以读方式（另有覆盖和追加两种写方式，分别在文件名前加和）打开 一个方件：open(fhd,"test.txt");fhd就是一个文件句柄。然后：$line=fhd;这样就把文件里的第一行读 到$line里了，很简洁吧，注意，一定不能少。STDOUT是屏幕输出的句柄，print STDOUT "dfjlsf";就是把字符串输出到屏幕上，一般STDOUT就略掉了，如果是输出到文件那就一定要有文件的句柄了。close(fhd);则是关闭了 句柄。 二、运算符 常用的加减乘除、逻辑与C的用法一样，也有自增自减运算符。另外比C多了一个乘方符，**。2的立方可以写作2**3; 三、函数 函数定义 sub function1 { $arg1 = shift; $arg2 = $_ ; #statements 　$arg1; } 函数调用 $ret = function1(arg1,arg2); 函数定义没有参数列表。传入的参数存在数组@_里（这个东西比较诡异，不过别慌，Perl里面诡异的系统变量还多着呢。）可以用上面例子里的shift取 出其中的第一个参数并将其从@_中删除，其实这是一个简写，完整的写法是shift(@_);由于@_是系统的特殊变量（数组），在函数的默认参数就是 它。顺便提一下，$_也是一个默认函数参数（标量）。你如果直接写print;那么输出的就是$_里的内容。 返回值与C也有不同。PERL不必须写return。编译器以函数的最后一个表达式值为返回值。如果要提前返回，用return也可以。如果像例子中那样写，返回值就是$arg1。 下面再介绍两个常用的函数吧。 pirnt handle list;handle就是输出的句柄，LIST就是一个列表，包括要输出的内容。比如print STDOUT ($a,1,'sdf',"\n");LIST里面用逗句分隔。STDOUT可以省略。另外，双引号里的变量是可以自动代入的，而单引号则不行。例如：$a="XXX"; $qq="HHH$a";$q='HHH$a';那么最终$qq里的值为HHHXXX而$q的值为HHH$a。 map(expr,LIST) 这个函数可以对数组的每一个元素按expr做操作，然后把结果返回。 Perl有很多很多函数，学也学不完。最好的办法就是到perl.org上下载一套文档，可以检索的，用的时候一查就OK了。 四、控制结构 Perl的控制结构与C没太大差别，就不细说了。for, while, if-else都有。不同的地方说一下。if elsif else，注意条件分支的第二个的写法是elsif。跳出循环用last，相当于C里的break。执行下一个循环是next，相当于C里的continue。控制结构的语句块不管是几句，都要用花括号括起来，即使只有一句也要括起来。 //****** ROI_PAC学习笔记(三)----Perl实用 ***** 　仅仅知道了变量、运算符和函数还是不够的。下面总结一下，库与模块、引用和正则表达式。Perl的功能很强大，细节很多，这里所能写下也就只能是一个快速的参考，更全面的功能还得查手册。 一、库与模块 1　命名空间 　　这功能是应面向对象的编程对要求而提出的。Perl里面的写法与C++有些像。访问space1中的function1可以写作space1::function1();还有另一种用法。见下面的例子： package space1 function1(); 这样，在第一行声明了空间后就可以直接访问空问里的成员了。 2　require require是一个关键字。功能上类似C里面的预编译命令#include。比如，require 'header.pl';就相当于把header.pl这个文件里的程序全都插入到主程序的这个位置上。然后按顺序执行，就像是把两个程序拼接起来一样。 require命令参数可以是完全路径，也可以是不完全的。编译器会自动用@INC系统变量里存的目录来搜索文件。另外，require的使用是灵活的， 可以放在程序的任何位置，参数也可以在运行时确定。 3　use use也是一个关键字。功能是用来引用模块的，用法与require有些相似。use modulename; 这样就把modulename所指的模块加入了。不同的在于模块的定义方式。例如，有一个模块的文件名为example.pm，注意后缀为pm。文件内的 形式如下： package example; sub function1 { #...................... } 可见，模块里有一个命名空间。空间的名字与模块文件名要一致。在主程序里，调用模块函数时也须加上名字空间，如example::function1(); 总是要写上命名空间看上去比较冗长，有没有简化的方法呢？Perl里从来就缺少简化的方法。把example.pm改一下，就可以了，见下例。 package example; require Exporter; @ISA=qw(Exporter); @EXPORT=qw(function1); #EXPORT这个数组里存储着可以在主程序里直接调用的函数名 sub function1 { #...................... } 这样，在主程序就可以用function1();来调用模块函数了。 二、引用 Perl里的取地址符是反斜线\，相当于C里的。若要对一个标量取地址，可以写为 $pt = \$var; 数组：$pt = \@arr; 哈希变量：$pt = \%hash; 地址可直接存储于一个标量里。 Perl的解地址符为$, @或%，具体用哪一个要视所指向地址的类型而定。$$pt就是把$pt指向地址中数据作为标量来取值。@$pt则是作为数组来处理。%$pt就是作为哈希 变量处理。如果通过地址来访问数组或哈希元素，有如下写法。数组：$$pt ; 哈希：$$pt{"a"}; 三、正则表达式 Perl的正则表达式有非常强大的字符串处理能力。学Perl就不能不学正则表达式。尽管要写出精妙的正则表达式需要很多练习，但就读代码和非专门做字符串处理的编程而言，学一点基本的入门知识就可以开始动手实践了，高妙的技巧可以边用边学。 1　=~绑定运算符（Binding Operator) 初次看到这个符号都会以为它与赋值好像有什么关系，实际上没有关系。这是一个二元运算符，左操作数是字符串，右操作数是模式（正则表达式）。比如，$str=~/abc/;，这句的意思就是在$str里匹配abc，找到返回1，找不到返回0。 2　m//匹配模式 $str=~m/abc/;就表示在$str里找abc，如果找到了，就返回1；没找到返回0。 3　s///替换模式 $str=~s/abc/def/; 这句表示把$str里第一个出现的abc换成def。 4　tr///转换模式 $str=~tr/ / ;　这句表示把$str里所有小写字母换成大写的。 5　split函数 它可以把一个字符串按指定的分隔模式（正则表达式）分成一个数组。比如，$str="ab cd ef"; @arr=split(/ /, $str);这样$str就被以空格为分隔符切成三段，存入数组中。 6　正则表达式规范 上面只是运算符的使用，现在简单提一下正则表达式。正则表达式是由一组通配符和运算符组成的。具体都有什么符号，分别是什么意思还是查文档吧。这里就不赘述了。
个人分类: ROI_PAC|0 个评论
为什么化学信息学和药物设计的优秀开源软件很少?
热度 3 rasin 2012-1-28 23:44
南开大学乔园园老师的文章《化学信息学与药物发现研究的开放性》（计算机与应用化学，2006，23：1283）和《化学信息学和生物信息学开放性比较》（化学进展,2007，19：624）对比了生物信息学和化学信息学的开放性，讨论了其成因，建议开展开源软件的使用和开发。 我也对于这种现象的成因谈谈自己的看法，造成化学信息学和药物设计软件开源较少的原因有3点： 1、历史条件：化学信息学软件出现较早，虽然没有文献溯源，估计对化学信息的计算机处理应在60年代之前，CA登记号索引系统最早是1965年开始引入的。当时应该是线性编码的时代，在思想上没有开源的概念；在条件上，当时各个机构的计算机硬件和软件系统相差较大（甚至两个系统间没有统一的编程语言），不具备开源发布的条件；当时也没有方便的网络作为发布渠道，所以即便开源，可能的影响和用户数量也很少。所以，此时化学信息学软件处于列国混战时代，各自为政。 2、学科对象：生物信息学的研究对象主要是DNA、RNA、蛋白质序列以及序列间的关系，数据类型和结构简单，采用纯文本以及简单的图论方法即可处理。（当然复杂的生物学问题，需要更多数据的引入）。而化学信息学的研究对象是化学信息，包含分子结构、动态变化、电子布居、能量、图谱、文献等等，数据类型和关系复杂。这一点从两者的数据文件类型即可看出，生物信息学的序列文件种类较为有限，而表示化学分子结构的文件格式可能有数百种之多，各种格式文件其包含的信息内容不尽相同，格式间转换可能会引起信息的丢失。 3、商业利益：化学信息学和药物设计软件的用户主要是各制药公司，因此，化学软件公司的利润有市场保证。相对来说，生物学科产业化要落后于化学工业，生物信息学研究目前以学术单位为主，本身即是软件的开发者也是使用者，市场没有成熟。不过现在这种情况正在发生变化，随着各类新兴公司的加入，药物发现软件的许可价格正逐年下降；而不少生物信息学商业软件投入市场，价格不菲。 如果说多年前，从事理论研究的一个困难是高昂的计算机硬件和软件许可，那么现在真的是理论研究的黄金时刻。计算机软硬件价格都在下降，EMBL-EBI、PubChem、BindingDB等活性数据更是免费获取。关键是能否有好的想法、思路，对这些数据进行分析处理。
个人分类: 科研随笔|8139 次阅读|6 个评论
[转载]【转】什么是开源软件
热度 1 z295474566 2011-12-9 10:23
【转】什么是开源软件 2011-06-12 17:25 什么是开源软件 开源软件，英文表示是open source software，简称为OSS，直接的字面意思是公开源代码的软件。软件既然连源代码都公开，因此开源软件具备可以免费使用和公布源代码的主要特征。 1997春天，自由软件社团的一些领导者聚集到加利福尼亚州。这个社团包括EricRaymond，TimO’Rerlly，VA Research的总裁Larry Augustin等人，他们所关心的是一种寻找方式，来向以前躲避自由软件思想的人们推广这种思想。他们担心，自由软件基金会的反商业信条会让人们对自由 软件敬而远之。 在Eric Raymond的坚持下，这群人同意他们所缺乏的是市场营销活动，这个活动的目的是赢得思想，而不仅仅是市场份额。最后讨论的结果产生了一个新的术语来描 述他们所推进的软件：Open Source(开烦扰软件)。他们制定了一系列的指导原则，用来描述哪些软件可以有资格被称为开源软件。 Bruce Perens 为制定开源软件的定义做了很多基础性的工作。GNU工程的正式目标之一就是创造一个自由可用的操作系统，以作为平台来运行GNU软件。从软件引导 （softwera boottstrapping）的传统观点来看，Linux已经成为那个平台，L inux是在GNU工具的帮助下创造出来的。Perens曾经是Debian工程的领导者，它所管理的Linux发行版本，只包括那些符合GNU精神的软 件。Perens已经在“Debian社会契约”（Debian Social Contract）中明确地阐明了这一立场。开源软件的定义是“Debian社会契约”的直接产物，因此开源软件是与GNU的精神一脉相承的。 与GPL相比，开源软件的定义允许更大授权自由。特别是当软件中混合了专有软件和开源软件时，开源软件的定义允许在它们的基础上生成更大的混合。 结果是，开源软件许可证能令人信服地允许使用和再分开开源软件，而不必考虑补偿或者信用问题。举例来讲，你可以得到伟大的Netscape浏览器的源代 码，并且把它作为连同另一个软件（可能是专有软件）一起发布出去，而用不着去通知网景（Netscape）公司。网景为什么会希望如此呢？原因很多，最引 人注目的是，这样做可以为他们的客户端代码赢得更大的市场份额。这些代码与他们的商业软件一起工作得的非常好。从这个角度来说，奉送源代码是建立平台的一 个很好的方式。这也是网景的人不使用GPL的原因之一。 这在社团中可不是小事一桩。1998年下半年，曾经有一场重要的争论对Linux威胁极大，几乎Linux社团破裂。裂痕是因出现了两个软件系统 GNOME和KDE而引发的，它们两者都试图建立一个面向对象的桌面界面。一方面，KDE利用了Troll Technology公司的Qt库，其中的一部分属于专有代码，但是很稳定、很成熟。另一方面，GNOME决定使用GTK+库，尽管它不如Qt成熟，但是 它是完全自由的库。 过去，Troll Technology不得不在使用GPL和维持他们的专有软件立场之间进行选择。GNOME和KDE的裂痕本来会持续下去。然而，在开源软件出现后，虽然 Troll仍然控制他们想要的技术，但是Troll可以为希望Qt符合开源软件定义的人改变他们的许可证。Linux社团两个重要部分的裂痕看来要弥合 了。 开源软件的意义 　　在AMD追赶英特尔的漫漫长途中，一句广为流传的话是这样说的：“AMD的存在，不仅深受AMD客户的拥护，也是英特尔用户的福气，因为它打压了英特 尔的高价垄断。”同样，开源软件相对于商业软件也是同样的道理，尤其是对那些具有垄断性质的软件来说，开源软件更显其深远意义。 　　君不见在IBM、Sun等公司推动OpenOffice系统成为业界标准的进逼下，顽固如微软者也不得不把MS Office拿出来充公。显然，随着开源软件的流行，商业软件不仅被压缩了发展空间，同时也促使软件商们不断地降低软件价格，给消费者带来了显而易见的利 益。 　　身兼开放源代码应用基金会(OSAF)总裁和主席以及Mozilla基金会主席的Kapor先生就表示，这两个基金会并不是要创建新的杀手程序，而是 要利用开源软件的模式削弱微软在网络浏览器和电子邮件软件领域的垄断地位。 　　事实上，对一些发展中国家，或者说那些软件业欠发达国家来说，开源软件还为他们制造了后发优势，提供了追赶和超越发达国家软件业的机会。毕竟，对于像 中国这样的发展中国家，软件业的发展严重滞后，完全依靠国内的资金和人才要想赶超像美国这样的软件大国，几乎是没有机会的，充其量只能是一种理想。但是， 如果能在基于开源软件的基础上加大投入的话，这种理想就有了实现的可能。 　　 当然，不得不提的是，业界也有人怀疑，开源软件是否会扼杀国内软件人士的努力。就像AMD前段时间向我们提供X86技术一样，有人担心会使国人失去研究龙 芯的兴致。还有人认为，像MS Office这样的软件如果都开源的话，那么微软们就不可能再投入大量的资金进行开发和升级，从而也会间接地阻碍软件业的发展。这些言论有一定道理，但开 源的意义就是为了挖掘新的产业模式，这种探索精神正是我们世代所鼓励的。8月3日上午，以火狐(Firefox)浏览器闻名于世的Mozilla基金会， 宣布成立一家子公司Mozilla Corporation，以便投入可创造收益的商业活动。作为一家著名的开源软件组织，Mozilla的行为招致大量质疑。人们之所以有这样的反应，就是 因为认定开源软件出现的初衷就是免费和开放源代码，Mozilla的行为看起来无疑是违背了二大法条之一的免费。 　　但是，开源软件的免费说至少就目前看来，可能是人们的一种误解。让我们简单地扫描一下当前开源软件的运营模式：第一种，软件完全免费，后续服务收费。 像当前的Red Hat Linux就是使用这样的模式。但是，这种模式并不是每一家开源企业都能使用的，也只有像Red Hat这样的行业领先者才有这样的资本。第二种，软件免费，没有售后服务，在软件市场成熟后，靠出售专利谋生。这种方式的代表是Foxmail。第三种， 应用服务提供模式。在这种模式下，软件和服务都是免费，企业按时间交纳使用费。最主要的运营模式也就是这几种，其他种类的模式其实都是这几种模式的演化和 变种。从中我们可以看出，开源软件本身的确是免费的，但开发者最初的意图其实是为了通过后续服务或出售专利等方式获利。从这个层面来说，天下的确没有免费 的误餐。 　　当然，不排除一些真正的免费的开源软件，不过这只能是一些小型的软件。这些软件不需要集中太多人的就能开发出来，后续也不需要太多人的来维护和升级。 而对一些大型软件诸如操作系统等，当前不可能成为免费的开源软件。因此说，如果开源软件找不到自己的赢利模式的话，就很难生存下去，更别提发展了。上海中 标软件有限公司常务副总经理秦勇就表示，“在中国国内Linux市场上，虽然现在起得很快，但是整个市场容量、整个市场还不够大，还不足以养活号称国内有 9家企业的庞大的Linux家族。”这句话背后的潜台词，很显然企业还是要靠Linux赢利的。 　　在笔者看来，开源软件的意义就在意源代码的开源，免费只能说是它的一种说法，并不代表实质性意义。因此说，开源软件企业要想生存和发展下去，肯定得寻 找自己的赢利模式。然而，就目前来说，能通过开源软件赢利的太少了，即使像Red Hat这样的业界巨头，2004年才实现2亿美金的营业额，别的企业业绩如何可想而知。 　　事实上，当前无论是国际还是国内的开源软件组织和企业都是少之又少，原因何在，就是因为这些组织和企业没有找到可行的赢利模式，从而没有足够的资金支 持企业持续发展下去。 赢利模式是开源软件发展的根本 　　8月3日上午，以火狐(Firefox)浏览器闻名于世的Mozilla基金会，宣布成立一家子公司Mozilla Corporation，以便投入可创造收益的商业活动。作为一家著名的开源软件组织，Mozilla的行为招致大量质疑。人们之所以有这样的反应，就是 因为认定开源软件出现的初衷就是免费和开放源代码，Mozilla的行为看起来无疑是违背了二大法条之一的免费。 　　但是，开源软件的免费说至少就目前看来，可能是人们的一种误解。让我们简单地扫描一下当前开源软件的运营模式：第一种，软件完全免费，后续服务收费。 像当前的Red Hat Linux就是使用这样的模式。但是，这种模式并不是每一家开源企业都能使用的，也只有像Red Hat这样的行业领先者才有这样的资本。第二种，软件免费，没有售后服务，在软件市场成熟后，靠出售专利谋生。这种方式的代表是Foxmail。第三种， 应用服务提供模式。在这种模式下，软件和服务都是免费，企业按时间交纳使用费。最主要的运营模式也就是这几种，其他种类的模式其实都是这几种模式的演化和 变种。从中我们可以看出，开源软件本身的确是免费的，但开发者最初的意图其实是为了通过后续服务或出售专利等方式获利。从这个层面来说，天下的确没有免费 的误餐。 　　当然，不排除一些真正的免费的开源软件，不过这只能是一些小型的软件。这些软件不需要集中太多人的就能开发出来，后续也不需要太多人的来维护和升级。 而对一些大型软件诸如操作系统等，当前不可能成为免费的开源软件。因此说，如果开源软件找不到自己的赢利模式的话，就很难生存下去，更别提发展了。上海中 标软件有限公司常务副总经理秦勇就表示，“在中国国内Linux市场上，虽然现在起得很快，但是整个市场容量、整个市场还不够大，还不足以养活号称国内有 9家企业的庞大的Linux家族。”这句话背后的潜台词，很显然企业还是要靠Linux赢利的。 　　在笔者看来，开源软件的意义就在意源代码的开源，免费只能说是它的一种说法，并不代表实质性意义。因此说，开源软件企业要想生存和发展下去，肯定得寻 找自己的赢利模式。然而，就目前来说，能通过开源软件赢利的太少了，即使像Red Hat这样的业界巨头，2004年才实现2亿美金的营业额，别的企业业绩如何可想而知。 　　事实上，当前无论是国际还是国内的开源软件组织和企业都是少之又少，原因何在，就是因为这些组织和企业没有找到可行的赢利模式，从而没有足够的资金支 持企业持续发展下去。 高级人才是开源软件发展的瓶颈 　　就像本文开篇时说的那样，国内外开源软件业都存在缺乏高级人才的问题。当前，开源软件业的一致观点就是：人才数量不缺，缺的是质量。实际上这句话更准 确地表示应该是：人数不缺，缺的是人才。据业内人士分析，开源软件目前能够想到的赢利模式都是为企业服务的。但是，目前的开源企业总体上规模很小，由几个 人到几十人公司都有，然而，大型企业对这样的小企业，包括几百人的软件企业，都会持不信任的态度。Novell中国区市场与渠道总监罗威就表示，在两年 前，Novell之所以收购SUSE，一方面当然是业务发展的需要，另一方面其实也有扩大规模的动机。当前，Novell公司在全球已有数千人。 Novell通过这种扩张，就是想把非常好的技术放到坚实的企业平台上，两者结合，探索出新的，为企业级支撑提供好的方法的盈利的比较好的道路。 　　然而，开源软件虽然发展几乎与商业软件同步，甚至可以说更早，但其真正以产业的形式问世，不过几十年时间。在这么短的时间里，又受限于规模的制约，不 可能培养大批的开源软件人才，而缺乏开源软件人才又进一步制约着开源软件的发展，这就形成了开源软件当前面临的恶性循环。同时，由于开源软件本身的免费， 对于刚起步的企业来说，就存在资金的瓶颈，在没有投资者注资的情况下，企业就很难持续提供高薪给企业员工，这实际上也是制约开源软件发展的重要原因。毕 竟，高级管理人才是从普通员工培养而来的，没有大批的后备队伍，高级管理人才从何而来啊？ 　　就目前来说，虽然开源软件的高级管理人才工资很高，但这只不过是极少数的人，对普通员工来说，工资其实并不高。所以说，从行业的角度分析，开源软件缺 的可能不是人才，而是资金。大丈夫何患无妻，开源软件业有钱了又何患无人呢。 2007-08-03 15:20 作者： 来源：eNet硅谷动力 http://bbs.360.cn/3232114/2068506.html
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[转载][讨论] 开源软件与 知识产权 保护
dongzg101 2011-10-29 04:05
开源软件与知识产权保护 oyjq 注册会员 注册会员 , 积分 86, 距离下一级还需 114 积分 楼主 发表于 6天前 | 只看该作者 | 倒序浏览 | 打印 多选投票 : ( 最多可选 3 项 ) , 投票后结果可见, 共有 48 人参与投票 1. 开源软件是版权的延伸 2. 开源软件可能会侵犯专利 3. 开源软件是对目前商业软件过度保护的纠正 4. 开源软件可能存在侵权代码故可能侵犯其它软件的版权 提交 (此为公开投票，其他人可看到你的投票项目)
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感谢中科大的开源软件镜像
热度 1 outcrop 2011-8-4 17:59
访问速度很快，感谢并欣赏中科大对开源的无私支持！ 网址 ： http://mirrors.ustc.edu.cn/
个人分类: 计算机应用技术|5596 次阅读|4 个评论
完全在Linux系统下做科研工作
热度 4 blownsand 2011-7-17 12:59
我工作用的计算机上只安装了Linux操作系统，自带的开源软件完全能够满足科研需要，现把常用的罗列如下： 1)数值计算：实验数据的处理和理论模型的验证都离不开数值计算。熟练掌握 Fortran 就足够了，但编程过程略显复杂。偶尔也用一下 Octave 。至于编辑器嘛，有经典的Vi和Emacs，小巧灵活的Gedit, Kate和KWrite, 甚至Notepad也挺好的。 2)图像处理：画数据图和示意图当然用 Metapost 啦！稍微复杂一点儿的可以用 Xfig ，输出成metapost文件再做精确修改。一般的图像处理有 GIMP 呢！ 3)文字处理：写科技论文的首选工具是 LaTeX ，谁不想让自己的研究结果以漂亮的方式展现在同行面前呢！ Kile 是LaTeX专用编辑器之一。很多一流期刊都提供 LaTeX格式文件，作者只需拿过来直接填内容而不必在写论文时分心考虑如何排版。Open Office可以写doc文件。不过，只接受doc文件的刊物一般是不必考虑投稿的，呵呵！
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我们的OpenWSN软件获中国开源软件竞赛2010金奖
热度 2 softstone 2011-6-8 09:04
我们的OpenWSN软件获中国开源软件竞赛2010金奖
5月讯，我们设计开发的“ OpenWSN传感器网络基础软件平台 ”获得“ 2010第四届中国开源软件竞赛 ”金奖。感谢过去各位学生和朋友们的参与与支持，感谢这次的获奖，这是对我们过去多年的坚持以及工作水平的肯定，也极大增强了我们的信心，不论以后的路多么困难，不论在发展过程中还有多少险阻，不论是否能拿到更多funding，我们都会把这件事继续推动下去（至少再干4年，等它十岁的时候...趁着我现在还不算老~v~），最起码让它成为中国范围内最好的传感网操作系统和基础平台，支撑起一些关键传感网和物联网系统的运行。 该平台今后的发展目标和定位： - 精炼核心功能 ，使之成为一个更加成熟的可支撑传感器网络实际运行的微操作系统，并继续保持开源； - 定位在非标应用， 相对于目前可被标准涵盖的一些领域，非标领域还有大量的空间。况且，许多标准的提出只是厂家圈地的需要，如ZigBee中的一些分支标准，市场并未成熟标准确已先出，这是国外的一种策略，但最终结果如何尚待观察； - 提高品质 ，主要集中在 可靠性 、 低功耗 、 服务质量 和 易用性 上，以满足核心关键业务领域要求为目标，为控制领域实现无线自动化、为物联网发展提供基础软硬件支持； - 支持更多硬件平台 （来自不同单位），为传感器网络WSN/物联网IoT/计算物理系统CPS研究提供 支持平台 ； 我不敢说我们可以完全代替欧美的Contiki、TinyOS等系统，但至少我们已经在这个领域做了一点点基础性的工作，希冀在不远的未来能为许多人更上层的工作提供支持。 附： - OpenWSN Project, http://openwsn.googlecode.com (谢谢huangfuqiang提醒，现补上项目网址） - 开源软件竞赛和带学生的体会， openwsn_experience(201106).pdf Link: 中国开源软件竞赛， http://www.cosoft.org.cn/site/?action-category-catid-62 转同济新闻网： 电信学子软件作品获“中国开源软件竞赛”金奖 2010.05 　　由中国软件行业协会下属共创软件分会（共创软件联盟）主办，以“挖掘人才、推动创新”为主题的“2010第四届中国开源软件竞赛”结果近日正式公布。由我校电信学院控制系张伟老师负责设计指导，学生姜日东、许辅真、陆伟辉、贺亚西、颜仕星、厉鹏飞、孙强、史淼晶和李欣参与创作的参赛作品“开源传感器网络平台OpenWSN”软件，以第1名的成绩获得大赛唯一一个金奖。 　　此次获金奖的OpenWSN软件作品，开发创作历时6年。该软件包括传感器网络操作系统内核、硬件驱动、大量服务组件（含网络通信协议）和例程，可用于实现多个无线传感器结点的自组织联网和通信，并可广泛用于智能感知网及相关领域的教学研究、非标准性近距离无线通信应用、无线自动化等领域。该软件目前已在电信学院相关课程的教学实践和课程设计中投入使用。 　　本次比赛共设金奖1名、银奖3名、铜奖5名以及优秀创新项目奖25名。获得奖牌的项目，将直接被推荐进入“2010年中日韩开源软件竞赛”的总决赛；还将被推荐参加在韩国举行的第九届东北亚开源软件论坛，并与日韩政府、企业、开发者进行交流。同时，还将由主办方负责在中日韩开源软件论坛中进行展示，直接纳入主办方的优秀创新项目库，并优先推荐合作。 　　开源传感器网络平台OpenWSN的获奖，是我校智能感知网方向建设的成果之一。作为一个仍在演化中的开源项目，OpenWSN将进一步提高质量，并以满足核心关键应用需求为目标，为智能感知网研究和实现物联网世界提供基础平台支持。 转载：同济新闻， http://news.tongji.edu.cn/show.aspx?id=32161cid=10 或 电信学院新闻， http://see.tongji.edu.cn/Model1024.asp?id=2226
个人分类: 工程技术|8446 次阅读|4 个评论
[转载]支持数字图书馆的开源软件
entropy 2011-6-3 12:37
http://cne.csu.edu.cn/news/1024.htm 支持数字图书馆的开源软件 2009年5月31日 远程动态 号 【 打印 】 【点击次数：3334】 　　数字图书馆关注开放源码软件的原因多种多样。很多人认为开源软件成本低廉是主要原因，因为开源软件的获取相当于是免费的，而且没有昂贵的升级费用；也有一些人认为开源软件的灵活性和可扩充性是一个重要因素，因为与商用系统的缓慢演化、扩展性弱相比，使用开源软件可以让数字图书馆“定制”符合自己需要的系统。 　　对数字图书馆来说，应用开源可能会是一件稍微比较艰难的事情，因为图书馆的技术人员比较缺失。不过，已经有一些学校对此展开了应用。那么哪些开源软件可以帮助图书馆构建良好的系统？ 　　这里是中国科学院文献情报中心对数字图书馆可以使用的开源软件按照功能所做的一个列表，或许可以给您一个参考。 　　门户类开源软件 　　门户(Portal)在数字图书馆中的功能是整合信息资源，将各类分布资源和服务按照相互关系进行有机组织并提供呈现服务，使用户可以定制自己的门户界面，选择、组织和查看其认为有用的信息。真正意义上的门户软件应当是支持JSR 168、WSRP等接口标准的WEB应用框架软件。在数字图书馆建设中，一些资源建设类软件，也经常被归入门户。 　　表1给出了在图书馆中常用的门户类开放源码软件。其中uPorta和Jetspeed是高校机构门户中应用得较为广泛的门户软 件，GridSphere是网格和e-Sciences领域被应用得较为广泛的门户软件。以上三个软件都支持Portlet技术。 iVai、MyLibrary和SPT是目前图书馆中进行资源建设和组织的门户软件，当然他们都不支持Portlet。 　　机构仓储类开源软件 　　机构仓储软件正在成为数字图书馆领域的重要资源存储和组织模式和数字图书馆服务模式，同时由于机构仓储遵循一定的技术标准规划，机构仓储系统又可以被认为一套技术框架体系，在资源和服务的集成揭示中能够起到重要作用。 如表2。 　　目前数字图书馆中正在应用的机构仓储大多数是开源软件，其中DSpace、Fedora、EPrint的出现应当说从质的方面推动了开放源码在数字图书馆中的开发和应用，而CDS Invenio是一个越来越被人看好的软件。 　　内容管理类开源软件 　　内容管理类软件实现对数字内容的管理和发布。内容管理类种类多样，很多名为"Digital Library"的系统也属于内容管理软件的范畴。 　　在数字图书馆研究和建设中，主要应用的内容管理软件如表3所示。其中Green Stone，Keystone Digital Library是对文献资源进行管理的系统，而Virtual Data Center是对科研数据(特别是社科数据)进行管理的数字图书馆。其他Plone，Lenya，Nuke则是较为通用 的系统，这类软件中，除以上三个之外，还有很多如Drupal，Xoops，Typo3，eZpublish等也都常在 数字图书馆领域应用。 　　知识技术类开源软件 　　越来越多的图书馆员认识到，数字图书馆的服务不能仅仅停留在文献的检索和传递之上。为了提高数字图书馆的信息处理能力，很多原来属于自然语言处理、 人工智能领域的研究领域也被数字图书馆研究人员所关注，文本分析、知识抽取、知识发现、数据挖掘、知识建模、可视化技术等都成为了当前数字图书馆研究的一 个重要前沿，很多这些领域的优秀开放源码软件也得到了数字图书馆界的关注。表4列出的是这些领域的开源软件，其中GATE包括了许多语言分析工具，能够在非结构化文本中抽取出关键的信息，实现非结构文本向结构化数据的转变；Protégé是目前广泛使用的Ontology建设工具； WEKA和YALE则是两个优秀的机器学习软件，可以通过多种算法实现数据挖掘；Graphviz能够实现结构化信息的可视化呈现；Sesame则是一个重要的语义Web工具，可以存储RDF数据，并进行语义推理。 　　其他重要的开源软件 　　除了以上几种类型的开放源码软件之外，还有一些重要的开放源码软件，在数字图书馆的研究和建设过程起着重要的作用，如表5。 　　其中SRB可以被看成是一种数据网格管理系统(DGMS)，能够将多种存储媒体组合成为一个逻辑媒体，进而实现统一的管理，它在当前的数字资源的 长期保存系统中起着重要的作用。LOCKSS是当前数字保存系统中较早进入实际上应用，并且正在吸收更多图书馆和出版社加入的系统。 Shebboleth是Internet2的研究成果，是一个在很多数字图书馆系统(如CDL加州数字图书馆)内都被广泛应用的软件，并且有越来越多的数据库产商也开始支持Shebboleth。Koha是开放源码的图书馆集成管理系统，除了它之处，还有phpMyLibrary、 OpenBiblio等。 　　通过以上各种类型数字图书馆开放源码软件的分析，我们可以清楚地看到，在数字图书馆研究和建设的各个领域(如存储检索、收割聚合、开放链接、集成门户、知识技术、可视化、单点登录、内容管理、机构仓储、学术交流等)，都存在着相应的开放源码软件。 　　我国数字图书馆的建设，应当充分地开发和利用这些已经存在的优秀开放源码软件，提高建设的层次和起点。 　　(本文由中国科学院文献情报中心张智雄提供) 　　来源：《中国教育网络》2009年5月刊
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Tortoise SVN管理本地代码
热度 1 zjlcas 2011-5-30 03:51
Tortoise SVN管理本地代码 张金龙 jinlongzhang01@gmail.com 什么是Tortoise SVN? TortoiseSVN是一个windows下的文档版本管理的开源软件。用户每次对自己编写的代码进行修改，都会记录在SVN的数据库中。Tortoise SVN能够在设定好的文件夹上添加相应的“对号”，“问号”等标识，标识当前代码的编辑状态，特别是有没有在数据库中保存。 对于代码的修改，用户可以添加相应的标注。对于每一次修改，数据库都有详细的记录，从而保证所编写的文档可以回到作者保存过的任何一个版本。 这种版本控制策略在软件开发中是极为重要的，当然，在R程序包的开发中也十分重要。 用Tortoise SVN管理本地R代码的大体过程如下： 1 下载和安装Tortoise SVN软件，各项均选择默认即可，网址如下 http://tortoisesvn.net/downloads.html 2 在本地硬盘上创建一个新目录，作为数据库的保存文件夹。例如 D:/packages/phylotools 3 右键点击phylotools文件夹，Tortoise SVNCreate a repository here.完成后，打开phylotools文件夹，我们会发现其中新增了一些文件和文件夹。这是版本数据库相应的文件，我们暂且不管。 4 在本地硬盘上创建一个新文件夹，例如在C:/developing/. 点击鼠标右键，选择SVN Checkout。我们看到，developing文件夹下出现了一个phylotools空文件夹，该文件夹上有一个绿色的对号。我们发现，该文件夹是空的，绿色的对号表示，文件夹下的内容已经与数据库中的版本相同了。 5 在该文件夹下创建新文件，或者将之前编写好的代码拷贝到C:/developing/phylotools文件夹下。此时发现每个文件上都被加上了蓝色的问号，这表明这些文件还没有和数据库链接起来。此时我们回到上级目录，C:\packages, 右键点击phylotools文件夹，点击SVN Commit这样，该文件夹下的文件就全部导入数据，并且关联起来了。 6 之后对其中任何代码的修改，均可以提供Comments，并且隔一段时间进行保存。 这样以后恢复到以前的版本，就容易多了。而不用隔一段时间备份一下新文件。因为SVN已经帮你把修改信息全部存到数据库里了。
个人分类: 科研笔记|9706 次阅读|1 个评论
高校信息化之开源软件与软件开源
热度 1 bindiya 2011-4-9 20:26
昨天高等教育学会教育信息化分会课题中期检查会议在杭州召开 , 会议还专门讨论了高校开源软件联盟是否建立以及如何建立的问题。 高校能联合起来建立开源软件是一件非常有必要有意义的事。在 2009 年调研美国几大顶级高校的信息化推进机制时，其中有一条就是关于开源软件应用的问题，其实国外大学应用开源软件非常普遍，他们不但是开源软件的应用者更是生产者。如 l uPortal l 美国高校协会主持，截止 2005 年已有 100 所高校使用 l CAS(Central Authentication System) l 已有 50 多所高校使用 l Sakai l 美国 2004 年，印第安那、密西根、斯坦福、麻省理工等大学联合开发，超过 100 所大学使用 l DSpace(university-based Repository) l 美国 2002 年， MIT 与 HP 合作开发， 150 家用户单位 l OSP(Open Source Portfolio) l 2003 年明尼苏达大学创建， 2004 年与 Sakai 合作 在国内教育行业开源软件的应用也是很普遍的，与会的几个高校都有很丰富的应用经验。但是在非 211 、 985 高校的应用情况就参差不齐了，主要原因与国外一样：（ 1 ）开源软件的应用需要技术人才，学校信息化人才的技术力量决定了其是否能成功应用，如在选型、部署甚至二次开发阶段，而这一点是很多高校的薄弱环节。（ 2 ）开源软件应用后的运行维护成本还是比较大的，而一般学校的领导普遍认为开源就是免费的，因此运维经费难以到位，容易随着技术人员的跳槽相当于服务就终止。 建立高校开源软件联盟是一个好主意，至少在以下三方面能发挥作用：（ 1 ）建立以强带弱的信息化普及模式，也就是信息化领先的高校可以将成功的推进模式传授给较弱的高校，即便不是面上的也至少可以从点上进行带动，比如网站建设；（ 2 ）国家层面的信息化平台集约建设。千万不要小看这个，如果不进行有序引导，很多信息化实施公司可以会认为断了他们财路的，其实是不会的。（ 3 ）高校信息化的技术力量更强。对比国内外信息化队伍，不管是从业人数还是技术力量，那差距不是一般地大。有了联盟平台，将全国从事高校信息化的技术人才汇聚在一起，又有相互交流切磋的媒介，技能自然能与日俱增。 当然，要将联盟运行好也并非易事，奉献、热情、文化、经费、模式都是很重要的，期待学会的不断推动。
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开放式知识联盟V1.0+气球人救星！
iwesun 2009-2-28 16:16
开放式知识联盟V1.0 　　共产主义是个理想，人类是不能放弃的。 　　老马是个晕蛋，眼里只有馒头，不提它也罢！ 　　真正的共产主义是信息共享，知识共享！ 　　美国佬才是共产主义的先驱，自由软件、开源软件美国佬都带了个好头! 　　老马是奴隶社会的先驱，他搞信息奴隶社会，可别搞错！ 　　 1.人类只有表述权，并无原创权 　　 人类的知识体系，从根本上讲都是在剽窃，人类一直都是在剽窃病毒，病毒在剽窃上帝。 　　 因此，人类建立的全部知识，都不是人类所原创的，人类只有表述权，并无原创权。 2.公众才是知识需求的本体 　　 人类的知识通过剽窃病毒，间接剽窃上帝，别表述出来，到底用来干什么？真正的知识的需求的本体到底是谁？ 　　你科学家把自己玩死，没有任何人在乎！随便玩！ 　　 公众才是知识需求的本体，不是面向公众的知识，毫无疑义！ 　　 公众对知识的需求，只有两部分，程序和数据， 至于这个程序是谁编的，数据是谁采集的，公众并不关心，就像打电话，并不关心电话的路由，只要能通就行。 　　注意：有人研究科学史，科学史是什么？也是一种数据采集，公众对这个数据是关心的，但不关心采集的人。 　　 有人喜欢吵架，无所谓，科学家关起门来，随便吵， 你说这东东是你原创，他说是他原创，无所谓的事情，实在不行就决斗，最后，走出来一个大骗子，号称世界上的全部知识，都是他一人原创的，有什么关系么？大家给你鼓掌，也不过是，觉得此人挺逗！ 　　 老婆，快看，又有只猴子，从动物园里跑出来了！ 　　（吴孟达捂着嘴说，为何是又呢？） 3.随便剽窃 　　 为了实现人类的远大理想，最最首要的任务就是消除信息壁垒！ 　　 消除信息壁垒的唯一手段，就是随便剽窃！ 　　根据1和2，人类只有表述权，并无原创权，所谓的原创，就是在恰当的时间，恰当的空间，恰当的方式，表达出来。 　　 这样的表达，对于系统而言，是周期性的时钟脉冲。 就像一个人，每天早上起来，都需要刷牙一样，有的人比较懒，就需要有个智能程序，不断地提醒，今天，你刷牙了没有？ 　　所谓的原创者，就在干这事情。 　　 这样的事儿，很伟大么？其实很无聊，不过弱智的人，也只能干干这个。 　　 不让剽窃，只有一种，就是把嘴巴缝上，别再放屁！ 　　大家都在表述，俺根本不关心，是No.1机器人，还是No.2机器人，在为我服务，别一天到晚的和我说，No.123说，No.456说， 哪个机器人这么烦，俺就叫它下岗，没啥好客气的。 　　俺家的机器人，随便剽窃，俺只关心，剽窃来的东西，是不是合俺胃口，至于感恩的事，统统归于一个人。 　　 感谢上帝，给俺配发的机器人，还算好用！ 4.没有引用，没有参考 　　 引用和参考，这东东纯属垃圾，即浪费时间，最最讨厌的是，影响思路。 　　 一篇伟大的诗歌，里面全是什么角标，见XXX文献XXX页，肯定完蛋！ 　　 一气哈成的作品，才可能是伟大的作品，一个角标都不允许出现！ 　　这一点， 刘晓东 和俺都能做到， 李卫 也可以， 二傻 也是搞不过角标，去搞仙术了。 5.公众评价 　　 根本的评价是公众，是使用者，不是同行机器人，同行机器人永远是榆木疙瘩，能开窍，就不当机器人了。 　　机器人如何说，根本不用理会。机器人只能按程序打分，打分程序也经常会死机，死机了，还要动用暴力机构，搞清洗。 　　 机器人死机的时候，主人一定记住，要按下 Ctrl+Alt+Del ，或者直接开关机，从新启动一下。 6表述权替代所有权 　　 根源上用表述权替代所有权，任何人在任何时间，任何空间，随便说。 　　 你对于别人而言，永远等同于机器人。 　　 别人对于你而言，同样永远等同于机器人。 　　预定成员：me，二傻，小平，xcfcn，发发，杨玲，刘晓东，李卫。 　　＋想尔兄弟 　　＋刘玉萍小姐，噢不，是刘玉平先生 　　＋ 王春艳 同学 　　 ＋OOO3612同学，气球人救星！ 俺们庄严宣誓： 　　 为共产主义理想奋斗终身！ PS: 　　这个联盟是严肃认真的，希望能象自由软件和开源软件一样，做个事业，不断完善，对于市场和商业而言，起到相互依存，相互补充的作用。 　　在人彻底成为标准件，丧失独立人格之前，共产主义，没那么可怕，不是洪水猛兽。微软不会因为Linux垮掉的，当然也得逼着微软放弃垄断，不断更高更强，还得不断降价，才有活路！ 　　还有人有啥建议，尽管提！ 　　 上帝他老哥： 人类建立的全部知识，都不是人类所原创的，人类只有表述权，并无原创权。 　　我认为这是句正经话而非疯话!坚决顶!!!!! 　　回复： 都是在剽窃你弟弟，你当然清楚。 　　老曹也加入阿？ 　　 光恒老师： 人类的知识体系，从根本上讲都是在剽窃，人类一直都是在剽窃病毒，病毒在剽窃上帝。因此，人类建立的全部知识，都不是人类所原创的，人类只有表述权，并无原创权。 　　我觉得这话语的语式有点耳熟。想了想，原来亚辉的唯信息论，是唯物的。我说对了吗？ 　　回复： 唯信息论为什么要唯？ 　　你说世界上没有任何的东西可以唯，一个好东西，你一绝对化，就错了。 　　这句话你要不要唯？这句话都不唯的话，就是彻底的闭嘴，不用说话了。 　　运动和变化，唯心和唯物，是同一个东西，才两个空间的投影，为什么要做这样的投影？就是为了知，你不投影，就没办法知。 　　这个唯字是去不掉的，一去掉，就把嘴缝起来了。 　　至于是不是感觉上帝=唯物，真理在各家，大家随便说，只要你一说，就逃不掉俺的唯信息。其根本原因，是知的本性确定性。 　　关于剽窃和创造，俺会两说，你会看到，俺说艺术的时候，就会用创造，为啥？神经分裂？其实没有，因为只要说，就可以随便说。 　　 二傻： OK! 这个联盟也许真的可以作出永动机... 　　另: 别老套用政治名词,容易误解! 　　Communism 应该是: Commom 和 Communication 的结合? 故其本意确实是信息共享! 　　回复： 俺应该可以当你师傅的师傅了，连半吊子样本都不懂,只好如此了。 亚辉兄这个联盟到底是什么意思，和其它联盟有什么不同？比如结拜兄弟有什么不同？ 　　 想尔兄弟： 这个联盟的宗旨不是太明白，是不是就是引用别人的话语、思想、理论不用注明出处？ 　　难道还包括现实中的东西， 共产了？ 　　回复： 自由软件、开源软件都有详细的章程，有组织，有人员，有产品，是个具体的实际的体制形式。 　　这些都是很成熟的体系，可以借鉴，搞软件的都知道的，力量很强大的。 　　 想尔兄弟： 那你的意思是只是软件开发方面？还是科学、思想的开发？ 　　还是全部的现实社会方面？ 　　 如果是指科学知识，思想方面，那么源代码是指什么呢？ 　　回复： （ 想尔兄弟在这个问题上有点笨了，显然他不太关注知识产权）全社会方面的任何知识和信息。 　　源代码就是任何媒介形式的信息，就是要求作者放弃版权、著作权，按联盟的章程管理，实现信息共享。 　　 想尔兄弟： 我是在想，软件不仅是专利权的问题，不仅是复制的问题，还有个源代码问题，也就是说，你可以复制（当然是违法的），但你不能从基础上用它（也就是源代码，），打比方就是，你可以买零件组装电脑，但你不能学到怎么升级电脑，那才是真正的底层信息，是思想，是精神，是软件。 　　而书的盗版就不一样，书，小说，本没有什么源程序，你看了就行了，所以盗版就可以一样的效果了。 　　那么，开源其实是更深层次的东西，打个比方，就是人类的诚信问题。真的诚信了，就信息共享了。 　　诚信了，那么你的能力就是你提问题的能力了，而现在还要有鉴别对错信息的能力。 　　回复： 而书的盗版就不一样，书，小说，本没有什么源程序，你看了就行了，所以盗版就可以一样的效果了。 　　这是你没在搞科学，更不是学术圈的，你不懂， 科学家的名利思想和信息权欲，远远超过资本家对资本的贪婪几万倍，是人类历史上最最恐怖和贪婪的蛀虫。 　　 这已经严重阻碍可科学探索和发现的创作过程，研究一个问题，不是一个人能完成的，你取得一点进展，他取得了一点进展，但为了优先权和名利，你骗我，我骗你，大家都不说真话，都在使劲搞鬼。 　　搞科学研究，和编写一个大型软件一样，消除信息隔阂，会起到决定性的推动作用。 　　 想尔兄弟： 他们不靠这个过活，一般是业余的。 　　这倒是一个突破口，社会可能只能从物质极大丰富的基础上才能跳到更高的不以物质为基础的世界上去。 　　就像现在网民，上网都是不收益的，花钱就不说了，其实已经免费提供 了大量信息和知识，社会也正在向信息共享发展，挡也挡不住，问题还在于人的存在状态的多层次性。 　　你这样说我就明白了，呵呵。 　　 就是科研小组呗。 　　任何组织都一样，有共同的信仰才稳固，在共同的信仰中，其实已经没有个人意识了，而以什么按劳分配，什么按需分配什么的，都不行，根本没有分配，只有给予。 　　现在社会的组织作用不强了，用葛优的话说，人心散了，队伍不好带了。 　　组织的集结号有时候是根本没打算吹的。 　　信仰是建立在看见的基础上的，不是听说的基础上的，听说的基础上只是盲信，有时候是有破坏性的，真的能看到信息共享的必然性，和它的存在基础才能真信仰。 　　诚信也是建立在信仰上的，不是道德上的，也同样是建立在I see的基础上的。 　　真不知道从哪里入手，不过也不用知道 ，因为又不是我那只手。 　　不过快了，我想应该从科学的基础理论上，从宗教的生命自我感悟上，两方面入手，技术（科学技术）不能进步太快，为什么克隆人还不实行，不是不能实行，也不是不应该实行，而是在等科学基础理论和生命的自我认识的发展，不然的话，是找死，死都不知道是怎么死的！！ 　　 上帝他老哥： 还好，只是剽窃我弟弟，没有强奸就行。 　　 刘玉平同学： 自然界的规律和真理是客观存在的，人类不过表述而已，还不时胡说八道 　　咱也友情客串一下，给个荣誉成员，行不？ 　　咱十六年前都说过了： 　　为共产主义奋斗终身！ 　　回复： 来者不拒，加入剽窃的大军！ 　　 想尔兄弟： 真的来者不拒？！！ 　　那我也能加入？我也是共产主义战士啊！ 　　不过你这联盟到底是干啥？ 　　人家的共产主义从发展经济，解决人民物质需求入手，你这共产主义从哪入手啊？ 　　回复： 那是，有这个理想的人，都是在讲奉献，有啥拒绝的理由呢？ 　　你这共产主义从哪入手啊？ 　　1。先写个章程吧 　　2。搞个网站 　　3。搞项目，谁提出个项目，有兴趣的人共同完成，快乐共享，成果共享。 　　自由软件，开源软件就是这么搞的。 　　说白了，类似论坛，但论坛太松散，一般出不了什么成果，自由软件，开源软件，是有管理的，出的成果，是举世瞩目的。 　　 想尔兄弟： 人家专业的可能不干，凭啥跟你们共享，你们地干啥的？ 　　你不是说，搞自由软件大都是业余的吗，不靠这个过活，人家专业可不跟着瞎掺乎。 　　不过，真的强烈支持亚辉兄真挌的搞点东西，人生苦短啊，一个人真是孤单，到处忽悠也真是没劲。 　　真想找到组织啊，只要有组织在，革命就一定能成功。 　　起草个章程先，提交大会审批 　　回复： 你真是不在圈内，不了解情况。 　　 其实每个人都有两部分，一部分是专业，一部分是业余，甚至业余的兴趣和时间还可能大于专业的。 　　 免费软件，你以为都是街边的网吧里的人搞的，其实很多都是专业人士加入搞的，现在更有甚者，专业的商业公司都加入进来了。 　　 肖重发 同学： 信息版共产主义居然要跟我们的化学版共产主义斗啊？！ 　　我是xcfcn，不是xcfxn。 　　回复： 你支持不支持么?支持了，在修正你的符号，不支持，这个还得暂时挂着。 　　 王春艳 同学： 弱弱的问一句：女生可以加入吗？ 　　回复： 来者不拒么，共产主义剽窃大军，不分男女。 　　 ooo3621 同学： 　　 哈哈，不错。 　　想起当年毕老的名言： 　　 一个人 　　剽窃他人是必需的， 　　但是， 　　剽窃自己是可怜的。 　　 让我们高举： 　　流畅的，不打折扣的、不区分权威与民科的、不为剽窃而剽窃的剽窃大旗 　　奋勇前进！
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