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节节麦基因组和中国春基因组宏观共线性分析: mashengwei 2018-4-20 09:00; 4/ 18 本期作者：Neal 节节麦基因组和中国春基因组宏观共线性分析前面我们曾经分析过两个节节麦基因组之间的共线性, 两个节节麦基因组的一致性怎么样？。今天我们在说一说节节麦基因组和中国春基因组之间的宏观共线性。方法都是一样的。下图dotplot展示了两个基因组之间具有良好的宏观共线性，然而节节麦的4号染色体和中国春的4A染色体之间长短臂互换了。这也预示着中国春基因组4A和4D/4B之间也存在这种关系。我们进一步将第四部分同源群拎出来看。除了我们前面说的，还存在着倒位现象。众所周知，中国春5AL和4AL有易位，这里也能看到，如下图。除了上面比较出名的，还有一个4AL和7BS之间的易位，这里也能看到。在中国春TGACv1那篇文章里能够检测到的易位这里几乎都能检测到。我们不再一一细说了，让我们等着文章正式发表吧。除了这个呢，我们也发现一些倒位，如下图的3和3D。除了这些呢，还应该比较注意的是着丝粒的倒位，比如下图的6和6D（这个还需要确认下，是不是发生在着丝粒区域）。好了，今天我们的分析就到这。大家感兴趣的可以看看大麦，短柄草和水稻与小麦基因组之间的共线性关系，看看是否符合前人的研究。欢迎关注 “ 小麦研究联盟 ”，了解小麦新进展投稿、转载、合作以及信息分布等请联系： wheatgenome; 4548 次阅读|0 个评论

Nature在线发表了小麦D基因组供体——粗山羊草的基因组: mashengwei 2017-11-16 18:07; 昨天Nature在线发表了小麦D基因组供体——粗山羊草的基因组研究论文，第一作者是美国加州大学戴维斯分校罗明成教授，美国农业部农业研究组织顾永强，约翰霍普金斯大学医学院Daniela Puiu, 乔治亚大学Wang Hao和亥姆霍兹慕尼黑研究中心的Sven O.Twardziok，通讯作者是 Steven L. Salzberg, Katrien M. Devos和Jan Dvořák，特别是该团队的leader Jan Dvořák，对这个项目付出了很大的心血。昨天Nature在线发表了小麦D基因组供体——粗山羊草的基因组研究论文，第一作者是美国加州大学戴维斯分校罗明成教授，美国农业部农业研究组织顾永强，约翰霍普金斯大学医学院Daniela Puiu, 乔治亚大学Wang Hao和亥姆霍兹慕尼黑研究中心的Sven O.Twardziok。国内的中国农大也参与了该研究。详细的作者名单如下图所示。节节麦是六倍体小麦D基因组的二倍体祖先，与二粒小麦( 野生二粒小麦基因组在science发布 )杂交经染色体加倍之后形成具有42个(28+14)染色体的异源多倍体。作为小麦的二级基因源，节节麦是一个重要的遗传资源。本文基因组组装至染色体水平主要结合了3个来源的数据，BAC序列，全基因组重测序序列以及BioNano单分子光学图谱技术，其实还有用到PacBio技术以及遗传图谱。最终大概95.2%的序列被组装为7条染色体。 Aegilops基因组有7条染色体，这些染色体是由12条祖先染色体通过非整倍体减少进化而来。在草类家族中非整倍体减少的主要形式是嵌套的染色体插入，染色体通常通过其末端插入另一染色体的着丝粒相邻区域。节节麦的1D,2D,4D和7D染色体就是通过5D染色体可能起源于与水稻9号染色体以及12号染色体对应的祖先染色体短臂的端对端融合，随后涉及5DL的Os9部分和4DS的Os3部分的相互易位。基因组的84%是转座子序列。其中，最多的是长末端重复反转录转座子(LTR-RTs),占到了65.9%。Gypsy and CACTA 分别是最丰富的RNA和DNA转座子超家族。发现的1113个新的TE家族中，大多数的拷贝数较少; 而新的短散在核重复序列（通常被称为SINE）家族在这方面却是例外。文中还研究了这些TE在染色体上的分布规律，Gypsy和一些未分类的LTR-RTs的分布密度从染色体端粒向着丝粒增加，而Copia和CACTA超家族的密度以及外显子的密度，都是在相反的方向上增加，即端粒密度大，着丝粒密度小。我们对LTR-RT插入时间的测定表明TE在约100万年出现扩增高峰。对基因组上的编码基因进行注释共获得83117个基因，其中包括39622个高可信度的基因以及43495个低可信度的基因，38775个HCC基因可被放到染色体上，但这些基因中只有5050个是单拷贝基因。BUSCO的1440个单拷贝基因中，1408个（97.8%）可在注释的基因中找到。与短柄草，水稻，大麦，高粱以及拟南芥的基因相比，总体来说，节节麦的基因，外显子和转录本最长，而外显子数目却少于它们。接下来是对小麦族特异基因以及抗病基因进行了分析。接下来对基因在染色体上的分布规律以及与重组率之间的关系进行了研究。基因密度与重组率成正相关，端粒基因密度和重组率都很高，而着丝粒附近基因密度和重组率又都很低。实际上，端粒区域基因密度的增加主要是由于岛间(inter-insular)距离缩短造成的。 SSR的在染色体上的密度也与重组率成正相关。最后是与其他植物基因组的贡献性分析，这里就不在细说了。文中有很多详细的数据分析，有时间最好读读原文。后面我们会重点说说数据的下载和使用。欢迎关注“ 小麦生信联盟 ”,了解小麦最新研究进展; 个人分类: 文献推荐|7611 次阅读|0 个评论

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