致敬David Allis教授——杰出的表观遗传学家 在《 重磅 — 致敬神级科学家 David Sabatini 》一文中，我提到了 “ 谈到能量代谢就不得不提 David M. Sabatini ，这就好比表观遗传学领域言必称 C. David Allis ” 。这篇文章接下来就主要回顾 C. David Allis 教授平实而又辉煌的学术经历。 话说 David Allis （现年 64 岁）出身经历也不是那么显赫，自然出自非 “ 常春藤盟校 ” 。 Allis 1973 年本科毕业于美国辛辛那提大学（ University of Cincinnati ），本科期间受益于 Keller 和 Bharier 两位教授，并被领入科学殿堂。本科期间的研究成果发表在 Journal of bacteriology 杂志上（ Bharier, M., Allis, D . (1974). Purification and characterization ofaxial filaments from Treponema phagedenis biotype reiterii (the Reitertreponeme). Journalof bacteriology , 120(3), 1434-1442. ）， 当时似乎流行老板挂前面，学生挂后面？ Allis 1978 年在印第安纳大学（ Indiana University ）（ PS: 虽说 James D. Watson 也是在这拿的 PhD ，但毕竟当时是冲着噬菌体研究权威 Edward·Luria 去的， Luria 于 1969 年获诺奖，比 Watson 获奖晚了 7 年 ）拿到博士学位，博士期间他迷上了发育生物学，开始研究果蝇的发育，师从美国科学院院士 Anthony P. Mahowald ，此期间的研究成果我今天查了才知道（ Mahowald,A. P., Allis, C. D ., Caulton, J. H.(1981). Rapid appearance of multivesicular bodies in the cortex of Drosophilaeggs at ovulation. Developmental biology , 86(2), 505-509. ），若按国内现在的标准，那是学位都拿不到，因为非一作。 Allis 博士毕业后来到罗切斯特大学（ University of Rochester ）跟随 Martin Gorovsky 开始研究与染色质相关的课题，但是当时染色质研究算是冷门。 Allis 后来回忆这段经历认为这段时间对他日后的职业生涯产生了重要影响，在此期间他受到了良好的科研训练，并且影响着他的 laboratory philosophy （ PS: Martin Gorovsky 长期 focus 在 Linker Histone 的功能研究上，现在还在 Rochester 科研一线 。 代表性的论文： 1.Shen,X., Yu, L., Weir, J. W., Gorovsky, M. A .(1995). Linker histories are not essential and affect chromatin condensation invivo. Cell ,82(1), 47-56. ； 2.Shen, X., Gorovsky,M. A . (1996). Linker histone H1 regulates specific gene expression butnot global transcription in vivo. Cell , 86(3), 475-483. 注：北大本科毕业的 XuetongShen 为这两篇 Cell 的一作，沈 1996 年在此拿到博士学位，后去了另一位大牛 Carl Wu 那里做博后完成 CNS 大满贯，现在 University of Texas MD AndersonCancer Center 做 Associate Professor ） . 博后（ 1978-1981 ）期间有一篇一作的代表性文章： Allis, C.D .,Glover, C. V., Bowen, J. K., Gorovsky, M. A. (1980). Histone variantsspecific to the transcriptionally active, amitotically dividing macronucleus ofthe unicellular eucaryote, Tetrahymena thermophila. Cell , 20(3), 609-617 . ，我想 Allis 在组蛋白的转录调控方面的研究正是开始于此时。 Allis 做完博后， 1981 年来到了位于德州休斯顿的贝勒医学院（ Baylor College ofMedicine ）做 assistant professor ，在此期间他受到两次重大打击，好在当时贝勒的 Salih Wakil （ 1990 年当选美国科学院院士）给了他很多鼓励 。 Allis 在此时也并不认为自己是 “second-class scientist” 。随后差不多十年时间， Allis 逐渐获得了 full professor 的职位。从 1990 年到 2003 年， Allis 曾先后在 Syracuse University ， University of Rochester 和 University of Virginia HealthSystem 任教授。 2003 年后被洛克菲勒大学（ Rockefeller University ）挖过去直到现在（ PS ： Rockefeller 很会挑人，一般都是挖那种取得了差不多诺奖级别成就的科学家过去 ^_^ 。 Allis 教授曾获得 “ 汤森路透引文桂冠 “ 奖，被很多业内人士认为有可能在未来获得诺贝尔奖 , 饶毅老师曾在博客中介绍值得或诺奖的工作一文中提到 Allis 。 ）。 1980-1995 年的工作总的来说没有后来的意义重大，故略去不表， 偷个懒 ^_^ 。 Allis教授与博后进行讨论 上过《表观遗传学》这门课或者目前正从事这个领域研究的人应该知道 1996 年是 “ 表观遗传学 ” 发展史上里程碑式的一年，这一年关于组蛋白乙酰转移酶的研究成果的报道令人眼花缭乱，详见下述参考文献 1-8 。 1、 Brownell,J. E., Zhou, J., Ranalli, T., Kobayashi, R., Edmondson, D. G., Roth, S. Y., Allis, C. D. (1996). Tetrahymena histoneacetyltransferase A: a homolog to yeast Gcn5p linking histone acetylation togene activation. Cell ,84(6), 843-851. 2、 Kuo, M.H., Brownell, J. E., Sobel, R. E., Ranalli, T. A., Cook, R. G., Edmondson, D.G., ... Allis, C. D. (1996).Transcription-linked acetylation by Gcn5p of histones H3 and H4 at specificlysines. Nature 383,269 - 272 3、 Mizzen,C. A., Yang, X. J., Kokubo, T., Brownell, J. E., Bannister, A. J., Owen-Hughes,T., ... Allis, C. D . (1996). The TAF II250 subunit of TFIID has histone acetyltransferase activity. Cell ,87(7), 1261-1270. 4、 Madireddi,M. T., Coyne, R. S., Smothers, J. F., Mickey, K. M., Yao, M. C., Allis,C. D. (1996). Pdd1p, a novel chromodomain-containing protein, linksheterochromatin assembly and DNA elimination in Tetrahymena. Cell ,87(1), 75-84. 5、 Ogryzko,V. V., Schiltz, R. L., Russanova, V., Howard, B. H., Nakatani, Y. (1996).The transcriptional coactivators p300 and CBP are histone acetyltransferases. Cell ,87(5), 953-959. 6、 Bannister,A. J., Kouzarides, T. (1996). The CBP co-activator is a histoneacetyltransferase. Nature 384, 641 - 643 7、 Yang, X.J., Ogryzko, V. V., Nishikawa, J. I., Howard, B. H., Nakatani, Y. (1996).A p300/CBP-associated factor that competes with the adenoviral oncoprotein E1A. Nature 382, 319 - 324 8、 Taunton,J., Hassig, C. A., Schreiber, S. L. (1996). A mammalian histonedeacetylase related to the yeast transcriptional regulator Rpd3p. Science ,272(5260), 408-411. 在这一轮激烈的竞争中， David Allis 实验是最先在 Cell 上发文鉴定到了四膜虫中的组蛋白乙酰转移酶（酵母中 GCN5 的同源蛋白），并且确认了组蛋白乙酰化与基因转录激活的相关性（ Brownell,J. E., Zhou, J., Ranalli, T., Kobayashi, R., Edmondson, D. G., Roth, S. Y., Allis, C. D. (1996). Tetrahymena histoneacetyltransferase A: a homolog to yeast Gcn5p linking histone acetylation togene activation. Cell ,84(6), 843-851. ）。事实上，在 1995 年， Allis Group就 在 PNAS （ Brownell, J. E., Allis, C. D . (1995). An activity gel assaydetects a single, catalytically active histone acetyltransferase subunit inTetrahymena macronuclei. Proceedings of theNational Academy of Sciences , 92 (14), 6364-6368. ）上报道，他们在四膜虫中鉴定了一个具有乙酰转移酶活性的蛋白亚基 p55 ， 1996 年的 Cell paper 进一步测序克隆鉴定 p55 是与酵母 GCN5P 同源的蛋白。话说这段发现史也是可圈可点了，按照 Allis 的意思， “Identifying HAT came about througha stroke of luck” 。此前有报道称表明，组蛋白乙酰化就与转录激活是正相关，这一方面 NIH 的 Alan P Wolffe 做出了杰出的贡献，可惜天妒英才， 2001 年 Wolffe 教授 “ diedat the age of 41 on 26th May 2001 in a road accident in Rio de Janeiro ” ，享年 41 岁，这绝对是表观领域的一大损失，详细讣告见： Hager, G. (2001). Alan Wolffe (1959–2001). Cell , 105(7), 849-850. /( ㄒ o ㄒ )/~~ 。回到 Allis 的工作，具 Allis 后来回忆，这一重大发现极具讽刺性，因为四膜虫中的这个 HAT 具有超高的酶活活性，很方便做体外酶活实验， Allis 也认为这是由一定的幸运成分在里面，如果是在人的细胞中纯化出的蛋白就未必会有如此结果了，但是机会都是留给有准备的人不是 O(∩_∩)O 。一旦打开了宝库，里面的宝藏就会迅速的被发现，一个个应接不暇，从此 N 多人开始进入这个领域寻宝，此时不禁要说 chromatin 2.0 时代来临了，宛如一轮明月照亮了晦暗的 “ 基因的转录调控 ” 领域。 PS: 因为在《表观遗传学》课程上，我被指定讲了上述 8 篇文献中的第 5 篇，所以当时做了一点小小功课，或许文献上还有遗漏由于时间关系，本次先介绍到这，以后再得闲可以补后面的故事。本文部分内容参见： 2006-PNAS- Profile of C. David Allis 。 Alan Wolffe Wolffe 教授关于组蛋白与转录相关的研究详见下列文献： 1、 Wolffe,A. P. (1994). Transcription: in tune with the histones. Cell , 77(1), 13-16. 2、 Lee, D.Y., Hayes, J. J., Pruss, D., Wolffe, A. P. (1993). A positive role forhistone acetylation in transcription factor access to nucleosomal DNA. Cell ,72(1), 73-84. 3、 Wolffe,A. P. (1994). Nucleosome positioning and modification: chromatin structuresthat potentiate transcription. Trends in biochemical sciences , 19(6), 240-244. 下面介绍 David Allis 教授今年 5 月的第一次中国行： 第一站：清华大学， 2015 年 5 月 18 报告题目 ： Beyond the Double Helix: Why YourDNA Isn't Enough? 本次报告由清华大学清北生命科学联合中心李海涛教授主持。 注：以下内容来自清华大学新闻网 5 月 18 日下午 , 美国国家科学院、美国艺术与科学院院士查尔斯 • 戴维 • 阿利斯教授（ Charles David Allis ）做客清华海外名师讲堂，以《超越双螺旋》为题，向 500 余位校内外听众生动地展现了表观遗传学的魅力。报告会由清华大学医学院李海涛教授主持。 阿利斯教授首先从人类基因组计划切入，明确了表观遗传学概念。人类基因组含有 30 亿个碱基对， 2-3 万个基因，这些基因的序列决定了人类疾病和衰老等重要的生命过程。因此科学家们制定了人类基因组计划，试图通过测定人类基因组的序列信息，进而以基因替代疗法进行疾病的治疗。然而，基因并不是唯一的决定性因素，同一基因组可以分化形成不同类型的细胞，同样具备转化为癌细胞的潜力，这些过程都会受到表观遗传的严格调控。 随后阿利斯教授从历史层面上系统介绍了组蛋白修饰中的三类关键因子：书写器（ Writer ）、擦除器（ Eraser ）和阅读器（ Reader ）。这三类因子分别可以实现组蛋白各种修饰的添加、去除和识别，调控基因的转录，并在癌症的发生发展中发挥重要作用。因此表观遗传因子抑制剂的开发已经成为疾病治疗的一个重要策略，目前已有一些药物研究取得了突破性的进展。其次，阿利斯教授着重介绍了组蛋白变体 H3.3 对染色质结构状态的动态调控，在组蛋白分子伴侣 HirA 介导 H3.3 掺入的情况下，染色质处于活性状态；而当组蛋白分子伴侣 Daxx 存在的情况下，染色质处于抑制状态。 Daxx-H3.3/H4 的复合物结构清楚的揭示组蛋白中仅一个氨基酸的差别就会导致后续截然不同的分子途径。 此外，阿利斯教授提出了 “ 癌症组蛋白 ” （ onco-histone ）的概念。在儿童脑瘤中存在组蛋白 H3 上赖氨酸 27 位的突变（ K27M ），这一突变极大程度上抑制了胞内 H3K27 三甲基化的产生，诱发染色质状态的异常，进而导致疾病的发生。最后，从遗传角度阿利斯教授提出，父辈或祖辈所受到的表观遗传调控同样会遗传给子代。阿利斯教授综合探讨了表观遗传学的各个分支，并以时代杂志的一期封面《为什么 DNA 并不能决定你的命运》结束了精彩的演讲。报告结束后，阿利斯教授与在座师生进行了真诚热烈的互动交流，同时也对大家在领域内的许多疑问进行了细致解答。阿利斯教授严谨的研究态度和幽默风趣的演讲给师生们留下了深刻的印象。 美国洛克菲勒大学阿利斯教授是在表观遗传领域里享有崇高声誉的科学家。现为美国国家科学院、美国艺术与科学学院院士，美国洛克菲勒大学染色质生物学及表观遗传学实验室主任。曾获 2003 Massry 奖， 2004 生物医学 Wiley 奖， 2007 年加拿大盖尔德纳国际奖， 2008 ASBMB-Merck 奖， 2011 基础医学杰出工作 Lewis S. Rosenstiel Award ， 2012 年汤姆森路透社引文桂冠奖， 2014 年日本奖， 2014 年法国科学院 Charles-Leopold-Meyer 奖，和 2015 年生命科学突破奖等多项国际大奖。 阿利斯教授作为现代表观遗传学奠基人之一，在上世纪 70 年代末期就开始专注于组蛋白与染色质生物学研究。 1996 年，阿利斯教授在 Cell 杂志发表文章，首次揭示组蛋白乙酰基转移酶是一类重要转录共激活物。这一突破性发现首次证实细胞核核小体上的组蛋白不仅仅是用作染色质的骨架，组蛋白修饰还能够调节基因活性，这一突破性的发现标志着表观遗传学的兴起。阿利斯教授后续还开展了一系列高水平研究工作，系统探索了包括甲基化、磷酸化、泛素化在内的各种组蛋白修饰以及组蛋白变体对基因表达调控、染色质结构乃至癌症等疾病发生的影响。他还发展了有广泛影响力的 “ 组蛋白密码 ” 假说，认为纷繁多样的组蛋白修饰携带了一层超越 DNA 序列的表观遗传信息，协同调控着基因组遗传信息的解读。另外，阿利斯教授还为表观遗传学领域培养了诸多优秀的学者，并且主编了首部表观遗传学经典教科书《 Epigenetics 》。 第二站：中国医学科学院北京协和医学院， 2015 年 5 月 20 日 报告题目 ：表观遗传修饰的多样性及其对人类肿瘤的影响 注：以下内容来自协和医学院官网 2015 年 5 月 20 日上午，美国国家科学院、美国艺术与科学学院院士 Charles David Allis 教授应邀做客中国医学科学院 “ 协和大师讲堂 ” ，在小礼堂做了一场题为 “ 表观遗传修饰的多样性及其对人类肿瘤的影响 ” 的大师报告，曹雪涛院长主持了报告。 曹雪涛院长首先向师生们简单介绍了 Allis 教授的研究经历。 Allis 教授目前任教于美国洛克菲勒大学，是表观遗传领域里享有崇高声誉的科学家，曾获加拿大生物医学总督奖、汤姆森路透社引文桂冠奖、日本奖、生命科学突破奖等多项国际大奖 , 在核小体组蛋白修饰对基因表达的调控作用上做出了一系列原创性工作，由此促使了表观遗传学这一全新生命科学研究领域的诞生和兴起。 Allis 教授在报告中向大家介绍了近年来所从事的研究工作。首先，他提出了细胞核核小体上的组蛋白不仅仅是作为染色质的骨架，更重要的是组蛋白修饰可以调节基因的活性；其次， Allis 教授重点阐述了研究小组在组蛋白变体 H3.3 赖氨酸突变对肿瘤发生的影响方面做出的工作，指出赖氨酸向甲硫氨酸的突变在人类肿瘤尤其是儿童肿瘤的发生中扮演重要角色，同时也为肿瘤治疗提供了新的可能；最后， Allis 教授强调组蛋白的每一个氨基酸都是非常重要的，特别是经过修饰的赖氨酸应当引起广泛关注。 Allis 教授的精彩报告博得了现场师生的热烈掌声。报告结束后， Allis 教授还与大家进行互动交流，解答了师生们在科研中遇到的疑问，使同学们深受启迪，更加坚定了大家在未来的科研道路上攻坚克难、开拓创新的信念。 第三站：同济大学， 2015 年 5 月 23 日 报告题目 ： Varyingthe Terrain of Epigenetic Landscapes: Implications for Human Cancer Allis 教授第三站来上海并且是在同济大学，而同济此次特别主办了 “ 同济大学表观遗传学报告会 ” 。 Allis 教授自然在当天是第一个也是唯一一个作 60 分钟特邀报告的讲演者，本次报告由同济大学孙方霖教授主持，主持人应该是比较兴奋，也准备很长的介绍稿，这大概是我听过的最长的介绍。 Allis 教授满头银发，但是精神矍铄，气场十足，给我们这些学生春风化雨般感受。一个小时的报告，大家很仔细的聆听了，而我也用相机记录了 Allis 教授的每一张 Slide ，貌似这样很不礼貌吧，因为都是 unpublish 的 data 。 讲完后粉丝云集
基因决定论：那条不会打猎的宠物小狗 1953 年，当华生和克里克在著名科学杂志《自然》上发表他们的文章“核酸的分子结构”时，人类历史进程也随之发生了重大转变。他们使用 X 射线晶体学技术，发现 DNA 分子是某种线性长链，由四种称为核苷酸碱基的不同分子组块构成，它们是：腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶，分别缩写为 A 、 T 、 G 和 C 。他们还发现，一对 DNA 链组装成双股螺旋结构。最重要的是，他们发现 A 、 T 、 G 和 C 四种碱基在 DNA 分子链上的顺序代表了某种用来合成身体蛋白质分子的密码。 因此，基因就代表了一段特定长度的 DNA 分子密码，它所包含的核苷酸碱基序列可以用来合成特定的蛋白质。而各种蛋白质分子则是构成细胞的物质组块，因而是造成有机体的生理与行为特征的原因。 根据 DNA 编码机制的本质，弗朗西斯·克里克提出了一个概念性假设，它被称为分子生物学的中心法则 (central dogma) 。这个中心法则，也被称为 DNA 首要性，它定义了生物系统中的讯息流动。 DNA 的 ATGC 四种碱基序列代表了某种讯息——表达为基因——它编码着某种蛋白质的结构。细胞会给基因做一个相当于复印件的复制品，这复制品所用的材料是另一类称为核糖核酸 (RNA) 的核酸。 这种 RNA 复制品才是机体在使用基因密码合成蛋白质的物理过程中实际上使用的分子。因此， DNA 中所含的讯息首先要转录 (transcribe) 到 RNA 中，然后， RNA 中的讯息再翻译 (translate) 到蛋白质分子中。克里克的中心法则，把绝大多数生物系统中的讯息流动描绘成了单向图景：从 DNA 到 RNA 再到蛋白质。 由于用来决定我们的特性的蛋白质结构，其最初原型是在 DNA 中编码的，因而这种分子被考虑为我们的生物学特征的首要决定者。这样，中心法则在字面上就可以翻译成， DNA 是导致我们人生状态的首要原因。根据华生与克里克所说，人生的奥秘可以最终还原为起于细胞核的分子连锁反应，该反应的启动是由特定 DNA 基因的开或关决定的。这个结论代表了生物学还原论的缩影——生命发源于物质的基因。 中心法则成为了现代科学中最重要的基本原则之一，它显著地影响了其后 50 年以来的遗传学研究方向。有关自己置身于某种物质的牛顿式世界之中的信仰让生物学家们确信，生命及其机制显然是物质相互作用的结果，就像那个关于运动的古老故事，在上了发条的手表内部那些相互咬合的齿轮一样。因此，甚至早在华生和克里克出生之前，科学就已经得出结论说，是一套物理分子控制了生命。唯一剩下的问题是，“究竟是那些分子？”当华生和克里克报告了他们的 DNA 结果时，其裁决就像是一次超级大灌篮： DNA 分子控制了生命。 科学家们不加质疑地把中心法则的结论接受下来作为真理，因为他们早就在预期这样的结果了。令人惊奇的是，生物学家们立即采纳了克里克的假说，尽管它的合理性从来也没有被检验过。而且，有件事是即有趣又十分重要的，那就是克里克把他的 DNA → RNA→ 蛋白质分子讯息通路假说称为法则 (dogma) 。根据定义， 法则 一词代表着某种“基于宗教说服而非基于科学事实的信仰”。 通过采纳了一种未加验证的法则，并把它作为了生物医学的根本基础，科学唯物论就正式地而且具有讽刺意味地滑进了宗教的范畴！现代科学究竟是代表了科学呢还是宗教呢，这个问题的答案就将取决于 DNA 是否真的控制了生命。在我们走进世界上每一个宾馆房间，把抽屉里的《吉迪恩氏圣经》都换成一本遗传学著作之前，让我们先深入考察这个关于 DNA 首要性的问题。这真的是真相吗？ 克里克的中心法则的一条关键推论是，遗传讯息只能按照一个方向流动，从 DNA 到蛋白质—— DNA → RNA → 蛋白质——而永远不会走相反的方向；根据克里克所说，这就意味着蛋白质无法影响 DNA 密码的结构与活动。这里边的麻烦是：能够体验生命的身体是由蛋白质构成的；由于蛋白质无法把关于生命之体验的信息送回给 DNA ，因此环境讯息无法改变遗传命运。这就意味着，遗传讯息是与环境脱节的。 中心法则所阐释的讯息流动方向把基因决定论的观念具体化了，这个观念已经影响了这颗行星上生活的每个人的人生。 基因决定论所信仰的是，基因控制了我们所有的特性——物理的、行为的和情绪的特性。这就是为什么我们会去寻找在家族中流传的特性的原因，也是为什么科学会不停地搜寻负责控制这个或那个特定特征的基因的原因。简单地说，这个信仰说的是，我们的命运被锁定在我们的基因之中；而由于我们无法改变自己的基因，我们真的就是，如他们所说的，我们自己遗传的牺牲品。 然而，随着时间的推移，新的科学发现悄然削弱了这一信仰的可靠性。 在 1960 年代晚期，威斯康辛大学遗传学家霍华德·泰明当时正在研究肿瘤病毒如何劫持受感染细胞的基因编码控制权。他所研究的病毒中的遗传分子只有 RNA 。因此，当泰明发表他的研究，提出 RNA 中所含的讯息可能反向流动，改变宿主细胞的 DNA 编码时，他被科学界宣布为异端分子而遭到放逐。在这件事上，这一异端标签的宗教性涵义是某种很恰当的修饰语：他由于挑战了法则 而获罪。 在当时，没有人做好了准备来迎接泰明的发现所代表的那种深远的意义；但我们后来逐渐认识到，那些据说导致了艾滋病的各种 HIV 病毒所利用的正是同样的 RNA 基因遗传机制。泰明最终分享了 1975 年的诺贝尔生理学奖，其获奖原因是发现了 逆转录酶 ，也就是能够把 RNA 中所含讯息复制到 DNA 编码中的那种酶。 泰明的工作实际上打碎了克里克中心法则的脊骨，因为它证明遗传讯息是双向流动的： DNA 把讯息传给 RNA ，而 RNA 也能把讯息送回给 DNA 。泰明工作的意义在于，通过反向过程，遗传改变是可以通过设计或者环境影响实现的，而不是像以往人们所认定的那样，只能通过意外的突变产生。 到了 1990 年，中心法则和遗传决定论的另一条基本教义也被破解了。根据杜克大学生物学家 H ·弗雷德里克·尼基浩特的报告，基因并不是“自我浮现的”，它也不能“打开或关闭自己”。尼基浩特的文章强调，基因仅仅只是一些蓝图，而那种关于蓝图居然会拥有某种自我开关的品质的概念完全是荒谬的。想象一下你正站在某位建筑师的办公室里，看着眼前的一张蓝图，并且问，“那张蓝图会不会打开或者关闭自己？”更恰当的问题其实是：“那份 DNA 蓝图有没有谁来读过？” 这是因为，基因们不会自己读自己，这就意味着他们不能激活其自身的表达，从而就不是自我浮现或者自我实现的。下一个问题就变成，“是谁负责来读某个基因？”用尼基浩特的话说：“当有机体需要某个基因产物时，是来自其环境的某种信号，而不是该基因自身的某种浮现特性，激活了该基因的表达。”简单地说， 环境信号控制基因活动 。 正如我们已经看到的，生物医学科学正在哲学上接受超遗传学控制 (epigenetic control ，即旧译表观遗传学——译者注 ) 这门全新科学的改造。前缀 epi- 意味着“在某物之上”，因此这门新的科学从字面上说意味着从某种在基因之上的作用产生的控制。换句话说，超遗传学所描述的是，基因活动与细胞表达是如何最终由 来自 外界影响场的信息，而不是 被 内部物质 DNA 所控制的。 基因并不控制其自身的活动，而遗传讯息也并不像中心法则所说的那样，只按照单方向流动，这个麻烦的真相早在 20 多年之前就已经确立了。然而，尽管汤锅里已经有了这颗老鼠屎，但各种基础科学教材、媒体、特别是制药企业，仍然继续拒绝任何远离中心法则观念的运动。他们就这样继续保持着普通外行人的观念，即基因控制了他们的人生。很显然，如果我们继续用宗教性的“法则食品”来喂养它的话，即使一条已经死掉的法则也能继续让它活着 。 尽管科学已经证明，基因决定论教条是不能成立的，但主流媒体仍然继续关注于各种基因控制了我们的人生这一概念。每天，新闻文章都宣称又有某种基因被发现能控制这个特性或者那个特性。焦虑的人们则排着队等候用最新的、最好的基因芯片技术来读出他们个人的基因组，企图借此一瞥他们自己的命运。基因决定论的观念是如此地与占据优势的主导基本范式相共鸣，以至于即使无可辩驳的科学证据也无法动摇它的位置。 Dogma 一词，同时含有法则、教条、信条之义。在各个相似词汇中，具有最浓重的宗教色彩——译者注。 Dogma( 法则、教条 ) 一词与 dog( 狗 ) 谐音，此处作者意指各种法则教条都是信仰者们即使死掉也不愿放弃的宠物小狗——译者注。
会议结束后还有一些人在围着 Craig Venter 交谈。我看过他刚发的文章，对他们重组细胞中细胞质的作用有一些想法，想和他交流交流，便走了过去。最后只剩下我们两个人，他邀我坐下。我和他提出了我的问题，在他给出外交性回答之后又提了一个相关的问题：如果把合成的细菌基因组植入亲缘关系更远的生物细胞质中，重组的细胞是否还能存活。我的推断是否，他的回答证实了我的想法。我们聊了有一会儿，这时 James Watson 走过来说要去酒吧， Craig 邀请我一起去。我们三人到了冷泉港实验室自己的小酒吧， Craig 主动为我们买了一道酒，然后三人继续聊天。不断有人到酒吧来，在那里我还遇到一位意大利来的搞细胞核研究的老者，但他滴酒不沾。 会议组织者告诉我们他们刚刚在校区立了达尔文的一尊像，让我们一定去看看。做为搞生物演化研究的我，当然有兴趣去瞟一眼。和他们打过招呼之后，便一个人走了出去。沿着水边漫步，真是心旷神怡。终于见到了达尔文的塑像，比真人高大一些，但好象没有什么特色－但可能很真实。我想这是他们为一年前纪念达尔文《物种起源》发表 150 周年会议而立的，很遗憾没能参加那次会议，因为会议的主题－从分子生物学各角度研究生物演化机制－正是我的研究兴趣，并且从网上相关材料来看那是一场很好的会议。 天上开始落雨，我沿水边走回来，但过了酒吧又向前走了一段，去看 Barbara McClintock 曾经工作过现在以她命名的一栋建筑。那里很安静，房子的风格好象和其它的不太一样，有些典雅。这时雨越下越大，风也很厉害，虽然我有雨伞，但衣服开始湿了。所幸正式的 reception 就在附近，我便朝那走。小吃还在外面，靠顶上一个塑料篷勉强遮着。大部分人在房间里，但有一些人进进出出。塑料篷和房檐之间有个空隙，房顶的积水从缝隙里灌下来，服务人员撑在那里的两把雨伞已破烂不堪，进出的人上衣马上就湿透了。我的伞比较大，并且完整结实，我就马上把伞给了他们，情况一下子好了不少。我在外面尝了一点小吃之后，也钻到了屋里去。 房里空间不是很大，人挤得满满的。我去拿了一杯酒，一转身，看到 Stephen Henikoff 就在旁边。 Henikoff 是我很喜欢的一个科学家，他的研究很广，但他在生物信息学、比较基因组学、和表观遗传学领域都做出了重要贡献，而这三者都是我的研究兴趣所在。自我介绍之后，我和他聊了几句。但离酒台最近的地方是人最拥挤、声音最嘈杂的地方，讲话有些吃力，我便和他握手再见，去找一个更宽松的地方。迎面看到研究拟南芥表观遗传学和转座子的“大牛”之一，也是 Barbara McClintock 在冷泉港继承人的 Rob Martienssen 。我对他的研究很感兴趣，以前也见过他，便和他打了一个招呼。然后看到上午做过报告的 Spencer Wells ，和他聊了一阵他上午的报告；接着看到下午做过报告的 Peter Neufeld 律师，又和他聊了很多。 不多久，会议组织者招呼我们去用晚餐－不，是赴晚宴。真的没有想到，他们竟然准备了高规格的全套晚餐：巨大的龙虾、主餐、和饭后蛋糕等。大部分人主餐快结束的时候，一位八十岁左右的老者（可能是 Sydney Brenner ，也是诺贝尔奖获得者）出来致词。一般来讲，晚宴致词的主要目的是为了娱乐大家，从这点来讲，他的工作绝对出色。他讲述了冷泉港实验室一些人物－尤其是 James Watson 等老先生们之间交往的逸闻趣事，兼有奚弄和自嘲，引来阵阵大笑。这样学术不凡、有极强幽默感、且有胸怀自我 调侃 的学者实在不多！ 他的故事讲完之后，我认识了与会的另外两个中国人，其中一个就是冷泉港在亚太地区会议的负责人。另外还认识了冷泉港会议等活动的负责人，当我们正讲话时，另外一个女子插话进来，半开玩笑半认真地说“哇，你今天上午的问题让我们出了一身汗！”我不好意思地对她说“ Sorry, I did not mean to do so ”。 - 我只不过是在进行正常的学术交流啊，对学术交流来讲有什么说什么应该最好。 时间已经不早了，我需要赶回纽约市去，便与他们道别。但是冷泉港实验室去附近火车站的 shuttle 好像已经没有了。我正想找人问询的时候，一辆小车停在我身边。开车人问我去哪里，我告诉他去附近的火车站，然后他说他带我去。热心人哪！坐在车上，我们聊起来，他说他是冷泉港实验室董事会成员之一。然后我们聊到 James Watson －和他的 wife ，他告诉我他就是他们两个人的介绍人！这让我难以置信，我更没想到的是，这是 Watson 唯一的一次婚姻－虽然他们两个年龄看起来相差很大！ 世界真的很小！我和 James Watson 怎么就有这么（我）不解之缘呢？从我的邻居，到他的 wife, 到他本人，最后在我离开的时候还要我碰到他们的“媒人”！我从没想到和他会有这么多直接或间接的 personal interactions －我更关心的当然是他的学术观点。但世界的运行明显不受我支配，到现在我还没想通那些事情是怎么样凑到一起的。 But overall, good meeting, good dinner, and good party, what else could you have asked for? ( 附注 - 有关本文第一部分：自那次会议后的一年多时间里，欣喜地看到在 Nature 和 Science 等杂志上发表的关于表观遗传改变和癌症关系的文章显著增加。虽然这些杂志都有编辑参加这类高层会议，我不敢妄称这和我的那个问题有何关系。但我很高兴终于有更多人关注这一本该更早有更多关注的研究方向，并已开始被接纳为主流学术观点。冒着一定的学术和钞票风险： I bet 10:1 on this, i.e., on the importance of epigenetic changes to diseases like cancer。我不介意他人和我在这一研究方向上的竞争，更欢迎合作。) 中秋快乐！
中国自古就有云 龙生龙，凤生凤 ，也有云 近朱者赤，近墨者黑 ，也有 孟母三迁 的感人故事。 今天的生物科学与技术的发展也在解释或验证着这些说法。父母播下的是 霸王级 龙种 还是 跳蚤级龙种 ，我们选择 不了，但成年后会不会成为 跳蚤 这可能与后天的抚养和教育相关，因为 龙种 与 跳蚤 高墙之间的开关可能就在与你自身某些基因的甲基化相关，这有点像中国武侠小说里说的通向高超武艺的经脉之门。众多的经脉之门或许就是生物个体多样性的基础。 Nature News （ 2010 年 9 月 14 ）介绍了 Lizzie Buchen 有关表观遗传学与后天培养的问题讨论。 Neuroscience: In their nurture Can epigenetics underlie the enduring effects of a mother's love? Lizzie Buchen investigates the criticisms of a landmark study and the controversial field to which it gave birth. http://www.nature.com/news/2010/100908/full/467146a.html rats raised by attentive mothers were, as adults, able to deal with stress better than rats raised by more negligent mothers.
干细胞的往日情怀 iPS still sings the way we were 细胞有记忆吗？ 作为一个完整的生物个体，记忆是其应对周围环境、维持生存的所必要的基本功能。对高等生物而言，记忆学习的基础。那么作为生物体基本构成单元的细胞是否也有记忆呢？答案是肯定的，但是，此记忆非彼记忆也。对于复杂的多细胞生物或高等生物而言，记忆常由特化的专门组织或器官来完成，如神经系统，其过程极其复杂，不是这里要讨论的。细胞的记忆则是由自己独立完成，它主要通过给基因挂上各种形式的记忆标签来实现的，这些标签又被称为表观遗传学信息。 我们知道，对于有性生殖的多细胞生物，机体的每一个不同的细胞都是来源于一个共同的祖先 - 受精卵，受精卵经过分裂和分化，形成各种组织细胞，最终组合成一个完整的个体。受精后 3-5 天形成的胚胎（又称囊胚）囊内的每一个细胞都可以单独发育成一个完整的个体，这就叫发育的全能型，或分化的全能型。能分化形成新的组织细胞类型的细胞，就是干细胞。当然，能够自我更新也是称之为干细胞一个必要的条件。干细胞是生命的原始种子细胞，在体内可以形成为各种组织细胞甚至器官和完整的生命体，因此具有潜在巨大的生物医学价值。 经过漫长和复杂分化历程形成的各种组织细胞的命运最终被定格：或是肌肉细胞、或是皮肤细胞等，细胞牢牢地记住了自己的分化经历，并终生严格维持自己最后的身份，而这些记忆是以表观遗传学信息形式储存。命运似乎不能任意改变的，这就是人们一直认为的分化过程是不可逆（而在植物，分化过程是可逆的，因此可以将植物任何部位的组织切下一块形成完整的植株）。这一观念直到 1997 年克隆羊多莉诞生才被彻底扭转。克隆多莉羊的技术被称为核移植技术，就是从供体羊（多莉的父亲或母亲）的身体取出单个体细胞，将细胞核吸出，移植到去除细胞核的卵子，让体细胞的细胞核载在卵子的细胞浆中逐渐忘掉分化过程所形成的成长记忆，将记忆回零以便重新开始，又叫重新编程。鉴于细胞核移植还涉及卵子的来源和使用，也一定程度存在伦理因素的制约。 于此同时，科学家们开始尝试用分子生物学方法直接对体细胞进行重新编程，使其回归到胚胎干细胞的状态。这在一开始被看做是不可能实现的任务（ impossible mission ），日本的山中伸弥实验室是最早啃这块硬骨头的人。 ２００７年，日本的山中伸弥实验室和随后美国 Thomson 实验室分别宣布通过组合特定四种控制细胞增殖和分化的基因人为表达实现将体细胞 ( 普通皮肤细胞 ) 成功地转化为干细胞的方法，被称为诱导多功能干细胞，又名 iPS (Induced pluripotent stem cell) 细胞。 iPS 技术绕开了胚胎干细胞研究一直面临的伦理和法律等诸多障碍，因此在医疗领域的应用前景非常广阔，于是 iPS 研究一时风起云涌，成为生物医学研究的最前沿热点，诱导技术在不断发展和成熟，先有基因转染，到后来的蛋白因子鸡尾酒，再后来又有华裔科学家丁盛的化学小分子组合技术等等。 仅管各个实验都声称有通过各种方法诱导获得的干细胞和胚胎干细胞完全一样，但是人们仍然会心存疑虑：体细胞的原有记忆是否真正被完全抹去，可以完全重新开始？因为残存的记忆会引导或干扰干细胞的分化行为，恰如一个有着长久偷窃行为记忆的人可能不自觉地会对别人的口袋感兴趣；而一个有着毒品成瘾记忆的人可能在绝望或沮丧时可能更容易想到毒品。在 7 月 19 日 Nature 和其姊妹期刊 Nature Biochenology 分别发表了来自美国多个不同实验室的研究结果，证实了这个担忧并非杞人忧天。 首先，由哈佛的学和约翰霍普金斯大学的两个著名实验室合作，比较了早期 iPS 和体细胞核移植获得的干细胞在表观遗传标记上的变化，如 DNA 上的甲基化，结果发现，早期的 iPS 细胞仍然残存一定数量的甲基化，说明 iPS 憨部分保留着原有的记忆，而这些表观遗传学记忆必定影响细胞的分化过程中的行为。 另外发表在 Nature Biochenology 的是由多大六个实验室的合作研究的结果。该研究比较了不同组织来源的体细胞在经过标准的诱导方法获得 iPS 后在分子水平和分化行为上的差异。细胞的特征和功能取决于其多种基因的表达状态（表达或不表达，或表达水平），而这些基因的表达状态就是细胞的基因表达谱，相当于细胞的脸谱，基因芯片技术是描述细胞脸谱的一个主要技术。该研究发现：不同来源的细胞制成的 iPS 基因表达谱差异很大，说明这些细胞还都保存着过去的记忆。将这些不同细胞来源的 iPS 在培养瓶内进行诱导分化实验，结果发现， iPS 倾向于分化成它们原有的、或谱系接近的细胞类型，例如，从造血细胞来源的细胞诱导形成的 iPS 在培养瓶内很容易就可以诱导分化成造血来源的细胞，但很难形成神经系统的细胞。也就是说这些残存的记忆更容易引导这些细胞想到或回到过去的往日情怀（ The Way We Were ）。 iPS 的往日情怀是阻碍其多向分化的障碍，这两篇报道着也实让我们虚惊了一场。所幸的是，这种记忆也并非多么顽固。时间可以淡化或抹去记忆：如果把 iPS 在培养瓶中再继续培养几星期，或者几个月，那么他们原来的记忆印迹就将逐渐消失，恰如芭芭拉 . 史翠珊所唱歌词中期望的：让时间重写记忆，让一切重新开始。 iPS 的前景依然是光明的，虽然还有很长路要走，而干细胞向实际应用可能还有更长的路要走。期待着这么一天，成熟的干细胞技术的能帮助那些饱受病痛折磨的人们驱走梦魇，重新开始。 文章链接 http://www.nature.com/nature/journal/vnfv/ncurrent/full/nature09342.html （ http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/abs/nbt.1667.html ） The Way we were memories light the corners of my mind misty water color memories of the way we were scattered pictures of the smiles we left behind smiles we gave to one another fore the way we were can't it be that it was all so simple then or has time rewritten every line and if we had the chance to do it all again tell me would we, could we memories maybe beautiful and yet what's too painful to remember we simply choose to forget so it's the laughter, we will remember whenever we remember the way we were
表观遗传学已成为后基因组时代的一个重要研究方向。 表观遗传学研究包括染色质重塑、DNA甲基化、X染色体失活，非编码RNA调控4个方面，任何一方面的异常都将影响染色质结构和基因表达，导致复杂综合征、多因素疾病以及癌症。和DNA的改变所不同的是，许多表观遗传的改变是可逆的，这就为疾病的治疗提供了乐观的前景。 表观遗传学研究的热点： 1 DNA methylation, histon modification (甲基化、乙酰化等)、核小体定位、小RNA之间的相互关系，也包括这些因素与染色质的高级结构之间的关系。谁是谁因，谁是谁的果？一般讲DNA methylation与compact chromatin struture 有关，组蛋白乙酰化与疏松的染色质相关。最近的研究表明DNA甲基化更易发生在核小体DNA上(nature 2010)。种种现象，到底这些因素的关系如何。 2 染色质结构与基因表达之间的关系究竟如何，有报道用组蛋白修饰的水平预测基因表达(好像也是在nature)，那么调节染色质结构的基因的转录如何被染色质结构调节？什么是第一个信号等等。 3 染色质结构的动态改变规律是什么？细胞如何实现细胞特异的核小体定位？Cell的报道说，拟南芥包含H2AZ的启动子区核小体会感知温度的变化而启动特殊基因，那么在动物动物中核小体的基因调节作用会如何？ 4 染色质的高级结构是什么？ --by lhdld 组蛋白修饰怎样遗传 都知道甲基化怎样遗传和去除，而组蛋白修饰是怎样遗传的？它是怎样随环境变化的？在个体发育中是否出现像甲基化这种擦除再修饰？ -- by qizhi502 组蛋白修饰的遗传依 赖于复制后新旧组蛋白如何分布,有全保留和半保留的模型.如果是全保留,新的组蛋白核小体应该以邻近的旧组蛋白为模板.半保留中,新旧组蛋白在同一核小体 中.但是,所有这些都是推测,已有的证据多支持全保留模型. 组蛋白修饰有一些是很稳定的如H3K9ME3,H4K20ME3,这些维持异染色质的 修饰不容易变化.而调节基因表达的如H3K4, H3K36容易变化.激素应该算一种外界刺激吧,一些激素受体会与组蛋白甲基化酶相互作用,从而使修饰发生变化.至于其它环境因素,研究可能还不多.神经 生物学家认为记忆也和表观修饰有关,但研究还不够深入. 对于组蛋白八聚体如 何复制的研究可以回溯到30几年前。 DNA复制时，组蛋白八聚体也会随之加倍。人们非常关注两个问题：1，旧的组蛋白怎样分布在两条复制 的DNA上？2，旧的组蛋白复合体在复制过后还会保持完整吗？ 如果旧的还是完整的在一起，就遵从我和th-chen战友在上面提到全保留模型 1，Weintraub, H. Cell. 1976 Nov;9(3):419-22. Seale, R. L. Cell. 1976 Nov;9(3):423-9 这两个工作用cycloheximide抑制组蛋白合成，micrococcal消化复制后的 chromatin(同位素标记），发现消化过的产物中只有整个的核小体，而没有半个的核小体。说明旧的组蛋白可能是不分开的。他们的缺点就是体系中没有 新的组蛋白合成 2， Seale, R. L. (1978) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 75, 27172721 Cusick, M. F., DePamphilis, M. L., and Wassarman, P. M. (1984) J. Mol. Biol. 178, 249271 Krude, T., and Knippers, R. (1991) Mol. Cell. Biol. 11, 62576267 Randall, S. K., and Kelly, T. J. (1992) J. Biol. Chem. 267, 1425914265 这几个工作利用的是 体外复制系统。得到的结果与上述体内结果一致。他们的问题同样是体系内没有新的组蛋白可供复制后的组装。 3， Crmisi, C., Chestier, A., and Yaniv, M. (1978) Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 42, 409416 Sogo, J. M., Stahl, H., Koller, T., and Knippers, R. (1986) J. Mol. Biol. 189, 189204 Crmisi, C以polyoma virus minichromosome 为研究对象。polyoma virus minichromosome 成环状，有约21个核小体。puromycin处理抑制蛋白合成，但DNA复制还可以完成。他们发现复制过的polyoma virus minichromosome 只有约11个核小体，而且没有发现半个的核小体。Sogo, J. M用SV40 minichromosome也得到相似的结论。 以上三方面的研究均支持全保留模型，只是还都有各自的漏洞 还有一些 研究通过研究组蛋白H3/H4 tetramer（四聚体）的稳定性从侧面验证全保留模型 4，H3/H4 tetramer在体外条件下非常稳定 Baxevanis, A. D., Godfrey, J. E., and Moudrianakis, E. N. (1991) Biochemistry 30, 88178823 Karantza, V., Freire, E., and Moudrianakis, E. N. (1996) Biochemistry 35, 20372046 Banks, D. D., and Gloss, L. M. (2003) Biochemistry 42, 68276839 Baxevanis, A. D发现，在各种pH及离子强度下H3/H4 tetramer均比 dimer稳定。另外，在近似体内的pH和离子强度条件下，dimer和 tetramer的平衡趋向于tetramer,即tetramer占主要部分。 当然，tetramer在一定条件下也会分成两个dimer。 Karantza, V和Banks, D. D.的研究中，温度升高及盐酸胍等变性剂可以把tetramer分开。 5，更重要的是 H3/H4 tetramer体内也是稳定的 Prior, C. P., Cantor, C. R., Johnson, E. M., and Allfrey, V. G. (1980) Cell 20, 597608 Jackson, V. (1990) Biochemistry 29, 719731 Jackson, V. (1999) Methods 17, 125139 Yamasu, K., and Senshu, T. (1990) J. Biochem. (Tokyo) 107, 1520 Prior 利用Physarum这种生物，它可以吸收接触其表面的外源蛋白，并用于自身细胞结构的构建。他们用蓝色荧光染料pyrene标记H3的cystein 110.当两分子的pyrene靠近时发绿光。即H3/H4 tetramer发绿光。当标记好的H3被吸收入细胞内时，最初观察到的是蓝光在细胞质中，随后入核。大部分的蓝光在核内同时变为绿光，而且，复制5次后 仍然可见绿光，蓝光不再出现。这说明几轮复制之后旧的组蛋白H3,H4复合物是在一起的。 Jackson, V和Yamasu, K利用重同位素标记加密度梯度离心的方法验证上述结论，这个实验也是在教科书中见到过的。 目前，还没有强力的证据支持H3/H4 dimer 存在并同 DNA结合的证据。但有文章表明在组装到chromatin之前，H3/H4 dimer 与asf1形成三聚体。 Tagami, H., Ray-Gallet, D., Almouzni, G., and Nakatani, Y. (2004) Cell 116, 5161 组蛋白八聚体会解离 成一分子H3/H4 tetramer，与两分子H2A/H2B dimer。 DNA复制时，H3/H4 tetramer 可能不与DNA分开，而H2A/H2B dimer失去了DNA的保护，会很容易从chromatin上掉下来。新的H2A/H2B dimer装入也是随机的。这样看来组蛋白八聚体肯定不是全保留了。但这一事实也可以理解。因为已知大部分的组蛋白修饰都在H3 和H4上，这样也可以保证需要被继承的修饰有模板可循。 -- by maoshan 全保留只涉及 H3/H4 tetramer，据我了解，核小体复制过程中，单个组蛋白八聚体会解离成一分子H3/H4 tetramer，与两分子H2A/H2B dimer，而新旧H2A/H2B dimer的组装是随机的。也就是说新形成的组蛋白八聚体并不一定全保留，因为新的H2A/H2B dimer可能与旧的H3/H4 tetramer组装，旧的H2A/H2B dimer也可能与新的H3/H4 tetramer组装。 --by th_chen 做ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）几个月，时间不长，但深刻体会细节决定成败，把自己认为值得注意的细节总结如下： 1、cell counting：尽量做到准确，会影响input结果。 2、cross link：甲醛的终浓度是1%，这个基本所有的protocol上都会强调。 3、resuspend cells with SDS:一定要选用小的tip头，在液面下吹打，否则很容易产生气泡，后面的sonication就麻烦了。 4、sonication：ChIP 中最重要的一部分，合适的条件要自己摸索，可以一次尝试不同次数的sonication，然后建议采用EZ-ChIP上推荐的方法看看 sonication的效果如何。 5、加入salmon sperm DNA/Protein A or G之前要先混匀，因为salmon sperm DNA是很粘稠的物质，若不混匀，后面你会发现beads的量不一样，自然也会影响实验的结果。 6、wash 的时候前面几个步骤可以不用洗的太干净，但最后一个要尽量吸干净，必要时可用gel loading tips吸。 7、含beads的 samples离心时，有的protocol上推荐是1000rpm，45秒，但可以根据情况调整，但要注意转速不能太快防止beads破碎。（当然如果 采用的是magnetic的beads就不存在这个问题） 8、reverse crosslink可以是654个小时，也可以overnight。 9、reverse crosslink后的在进行下面步骤之前建议先离心，把蒸发到离心管盖子上的部分离下来。 10、每次行real time PCR之前都要把sample离心保证取样的准确。 11、1~10ul的枪取3ul以上才比较准确，所以考虑好自己PCR反应体系的配置。 另外补充： 1、一个ChIP一般需要3~4天的时间，其中有几个步骤是可以停下来的： （1）细 胞收集：用含蛋白酶抑制剂的PBS洗涤离心，去上清的细胞收集液可置-80冻存； （2）用SDS重悬细胞后可置-80冻存； （3）sonication 结束，离心后的上清置新的离心管后可-80冻存； （4）reverse cross-link后的标本可-80冻存。 2、 agarose beads 的wash过程中以及后面的DNA提取过程中乙醇的wash，可以用细胞室的那种吸引器，接上200ul的tip头吸，这样会节省很多时间（每个实验室情 况可能不一样）。 3、DNA提取后建议用水溶解DNA，因为TE buffer里的EDTA可能会影响PCR反应体系中的Mg2+。 4、 溶解DNA的水量可以根据PCR反应体系的要求适当调整。 --by salina 参考资料：（来自丁香园，需注册登录才能查看） 强烈建议版主单开一个 表观遗传学 版块 （表观）遗传学/转化医学 表观组学(epigenomics)的实验技术交流 表观遗传学问题二组蛋白修饰怎样遗传？ 2009 年亚洲生物高峰论坛表观遗传学与干细胞研究的科学前沿 ChIP实验中的细节
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