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生命是可以测量的——那些已发表动植物基因组
热度 31 xudabin98 2013-9-13 21:42
已发表基因组文章的物种汇总资料2013.09-06.xls 在分子生物学领域的“圈内人”，如果还不了解全基因组测序的飞速发展，用娃娃的话说，那真是一个“奥特曼”了。高通量测序技术出现掀开了生命科学研究的新篇章，促进了许多研究方向的的复苏和蓬勃发展，同时也涌现了一些交叉学科。 2011 年德国爆发急性肠出血性流行病疫情——极大困扰着英国剑桥市新生儿护理病房的医护人员。来自 Sanger 研究院的研究人员从多个患者身上取样，并采用 Illumina MiSeq 进行全 基因组测序 。通过生物信息学分析得知，在疫情爆发过程中发生了一系列小规模突变，流行病学家据此绘制出一个进化树，追踪疫情逐步靠近可疑的源头。文章作者 Julian Parkhill 表示：“基因测序提供了明晰的线索，这是其他方法难以做到的。”文章发表在流行病学顶级杂志 The Lancet Infectious Diseases 。 2012 年发表在 science 杂志旗下 Science Translational Medicine 另外一篇文章也同样表明了全基因组测序技术在流行病学中重要作用。位于马里兰州贝塞斯达市医疗中心出现了严重的血液传染病事件，在此次事件中，共有 17 名病人感染了血液传染病，并造成 6 人死亡。来自美国 NIH 人类基因组研究所的研究人员从病人体内和医院一些设备上采集了细菌样本，并对不同菌株的基因组进行测序。通过对突变菌株进行聚类分析，将病人分组，再结合病例住院的记录（入院时间、所在病房等）画出了最可能的传播路线。 全 基因组测序 提供的详尽细节让传染病学家们真正地理解了疾病传播途径，详尽的追踪技术将带来更加完善的公共健康领域内的传染病学研究。所以流行病学家更有可能找到事件发生的真正原因，而非最简单的原因。这两件事让我们真实的看到了全 基因组测序 在流行病学的重要作用。 事实上，媲美曼哈顿和登月计划的“人类基因组计划”所带来的巨大作用正在逐渐显现，高通量测序技术走向个性化医疗已是大势所趋。全基因组测序使得生命可以测量，人们可以更加方便快捷的了解生命的奥秘。 目前已发表基因组序列的物种如下，对于进一步解析其生命活动提供了极大帮助。 植物基因组 中文名 发表时间 刊物 IF 基因组大小 主要研究单位 拟南芥 2000.12 Nature 34.48 125Mb 欧美科学家共同完成 水稻 2002.04 Science 29.747 466Mb 中科院遗传所等 水稻 2002.04 Science 29.747 467Mb Torrey Mesa Research Institute 杨树 2006.09 Science 29.747 480Mb 美国橡树岭国家实验室等 葡萄 2007.09 Nature 34.48 490Mb 法国 Genoscope 国家基因测序中心等 衣藻 2007.01 Science 29.747 130 Mb 美国加利福尼亚大学等 小立碗藓 2008.01 Science 29.747 480Mb 德国弗莱堡大学等 番木瓜 2008.04 Nature 34.48 370Mb 美国夏威夷农业研究中心等 三角褐指藻 2008.11 Nature 34.48 27.4Mb 法国国家科学研究院等 高粱 2009.01 Nature 34.48 730Mb 美国乔治亚大学等 玉米 2009.11 Science 29.747 2300Mb 美国爱荷华州立大学等 黄瓜 2009.11 Nature Genetics 34.284 350Mb 中国农科院蔬菜花卉研究所等 大豆 2010.01 Nature 34.48 1100Mb 美国HudsonAlpha基因组测序中心等 二穗短柄草 2010.02 Nature 34.48 260Mb 国际短柄草研究协会（ IBI ） 褐藻 2010.06 Nature 34.48 196Mb 巴黎匹兹堡大学医学中心等 团藻 2010.07 Science 29.747 138Mb 美国能源部联合基因组研究所等 蓖麻 2010.08 Nature Biotechnology 29.495 350Mb 美国 JCV 等 小球藻 2010.09 Plant Cell 9.293 46Mb 法国埃克斯马赛大学等 苹果 2010.09 Nature Genetics 34.284 742Mb 意大利农业研究所等 森林草莓 2010.12 Nature Genetics 34.284 240Mb 美国北德克萨斯大学等 可可树 2010.12 Nature Genetics 34.284 430-Mb 法国 CIRAD 等 野生大豆 2010.12 PNAS 9.432 915.4 Mb 韩国首尔国立大学等 褐潮藻类 2011.02 PNAS 9.432 57Mb 美国纽约州立大学石溪分校等 麻风树 2010.12 DNA Res. 3.525 410Mb 日本千叶县上总 DNA 研究所等 卷柏 2011.05 Science 29.747 212Mb 美国普度大学等 枣椰树 2011.05 Nature biotechnology 29.495 685Mb 卡塔尔威尔康奈尔医学院等 琴叶拟南芥 2011.05 Nature Genetics 34.284 206.7 Mb 美国南加州大学 马铃薯 2011.07 Nature 34.48 844Mb BGI 、中国农科院蔬菜花会所等 条叶蓝芥 2011.08 Nature Genetics 34.284 140Mb 伊利诺伊大学等 白菜 2011.08 Nature Genetics 34.284 485Mb 中国农科院蔬菜花会所等 印度大麻 2011.10 Genome biology 6.89 534Mb National Research Council of Canada, 木豆 2011.11 Nature biotechnology 29.495 833Mb 国际半干旱地区热带作物研究所等 蒺藜苜蓿 2011.11 Nature 34.48 500Mb 美国明尼苏达大学等 蓝载藻（灰胞藻门） 2012.02 Science 29.747 70Mb 美国罗格斯大学等 粟（谷子） 2012.05 Nature biotechnology 29.495 423 Mb BGI和张家口市农业科学院等 番茄 2012.05 Nature 34.48 760Mb 美国康奈尔大学等 甜瓜 2012.07 PNAS 9.432 375Mb 西班牙的九个研究中心 香蕉 2012.07 Nature 34.48 523Mb 法国 CIRAD 等 棉花 2012.08 Nature Genetics 34.284 775Mb 农科院，北大，华大基因 大麦 2012.10 Nature 34.48 5.1Gb 国际大麦基因组协作组织 梨 2012.11 Genome Research 13.608 527Mb 南京农业大学等 西瓜 2012.11 Nature Genetics 34.284 425Mb 北京农林科学研究院等 甜橙 2012.11 Nature Genetics 34.284 367Mb 华中农业大学等 小麦 2012.11 Nature 34.48 17Gb 利物浦大学等 梅花 2012.12 Nature Communication 7.396 280Mb 北京林业大学等 鹰嘴豆 2013.1 Nature Biotechnology 29.425 738Mb 印度 ICRISAT 毛竹 2013.2 Nature Genetics 34.284 2.075G 中国林业科学研究院林业研究所 角叉菜 2013.2 PNAS 9.681 105Mb 国国家科学研究中心等 小麦A基因组 2013.3 Nature 34.48 4.94Gb 中国科学院遗传与发育生物学研究所等 小麦D基因组 2013.3 Nature 34.48 4.36Gb 中国农科院作物科学研究所等 桃树 2013.3 Nature Genetics 34.284 265Mb 国际桃基因组计划协作组 短花药野生稻 2013.3 Nature Communication 7.396 261Mb 中科院遗传与发育生物学研究所等 莲 2013.5.10 Genome biology 9.04 929Mb 武汉植物园 枣椰树 2013.8.6 Nature Communications 10.015 605.4Mb 中科院北京基因组研究所 ​ ​ ​ ​ ​ ​ 动物基因组 　 　 　 　 　 中文名 发表时间 刊物 刊物 基因组大小 主要研究者及国家 秀丽隐杆线虫 1998.12 Science 29.747 97Mb The C. elegans Sequencing Consortium 果蝇 2000.03 Science 29.747 120Mb Celera Genomics等 冈比亚按蚊 2002.10 Science 29.747 280Mb 美国塞雷拉基因组公司等 小家鼠 2002.12 Nature 34.48 2.5 Gb Mouse Genome Sequencing Consortium 红鳍东方豚 2002.12 Science 29.747 380Mb 新加坡分子与细胞生物学研究院等 玻璃海鞘 2002.12 Science 29.747 150Mb 美国能源部JGI等 线虫 2003.11 PLoS Biology 13.501 104Mb 美国冷泉港等 褐家鼠 2004.04 Nature 34.48 2.75 Gb 美国得克萨斯州贝勒医学院等 黑斑鲀 2004.10 Nature 34.48 340Mb 法国、西班牙、美国 家蚕 2004.12 Science 29.747 428.7 Mb 西南大学等 鸡 2004.12 Nature 34.48 1.06Gb 中国华大基因等 克氏锥虫 2005.07 Science 29.747 67Mb 美国罗克维尔市基因组研究院等 黑猩猩 2005.09 Nature 34.48 2.7Gb 美国哈佛-麻省理工的博德研究所等 狗 2005.12 Nature 34.48 2.5 Gb 美国哈佛-麻省理工的博德研究所等 意蜂 2006.10 Nature 34.48 236Mb 人类基因组测序中心等 海胆 2006.11 Science 29.747 1Gb 人类基因组测序中心等 姥鲨 2007.04 Plos Biology 13.501 0.91Gb 新加坡分子与细胞生物学研究院等 猕猴 2007.04 Science 29.747 2.87Gb 人类基因组测序中心等 短尾负鼠 2007.05 Nature 34.48 3.4Gb 美国哈佛-麻省理工的博德研究所等 青鳉鱼 2007.06 Nature 34.48 700Mb 日本东京大学等 伊蚊 2007.06 Science 29.747 1376Mb 美国MCD基因组研究院等 马来线虫 2007.07 Science 29.747 90Mb 美国匹兹堡大学等 海葵 2007.07 Science 29.747 357Mb 美国JGI能源部等 猫 2007.11 Genome Research 11.2 2.7Gb 马里兰州国立癌症研究所等 赤拟谷盗 2008.04 Nature 34.48 204Mb 人类基因组测序中心等 鸭嘴兽 2008.05 Nature 34.48 1.84Gb 美国华盛顿大学等 文昌鱼 2008.06 Nature 34.48 520Mb 美国JGI能源中心等 丝盘虫 2008.08 Nature 34.48 104Mb 美国加利福尼亚大学等 南方根瘤线虫 2008.08 Nature Biotechnology 29.495 86Mb I法国国家农业研究所等 古猛犸象 2008.11 Nature 34.48 4.7Gb 美国宾夕法尼亚州立大学等 牛 2009.04 Science 29.747 2.87 Gb 人类基因组测序中心等 曼氏血吸虫 2009.07 Nature 34.48 360Mb Sanger研究院等 日本血吸虫 2009.07 Nature 34.48 397Mb 中国国家人类基因组中心等 马 2009.11 Science 29.747 2.7Gb 美国博德研究所等 熊猫 2010.01 Nature 34.48 2.25Gb 深圳华大基因研究院 金小蜂 2010.01 Science 29.747 295Mb 美国罗切斯特大学等 豌豆蚜虫 2010.02 PLoS Biol. 13.501 517Mb 国际蚜虫基因组协会 水螅 2010.03 Nature 34.48 1.05Gb 美国 JGI 能源部等 非洲爪蟾 2010.04 Science 29.747 1.7 Gb 美国JGI能源部等 珍珠鸟 2010.04 Nature 34.48 1.2Gb 美国华盛顿大学等 人类体虱 2010.07 PNAS 9.432 110Mb 美国伊利诺斯大学等 海绵 2010.08 Nature 34.48 190Mb 美国加利福尼亚大学等 蚂蚁 2010.08 Science 29.747 C. floridanus240 Mbb; H. saltator330 Mbb 纽约大学等 火鸡 2010.09 PLoS Biology 13.501 1.1 Gbb 美国动物家禽科学部等 库蚊 2010.10 Nature 34.48 540Mb 美国加州大学河滨分校等 异体住囊虫 2010.11 Science 29.747 148Mb 法国CEA等 红毛猩猩 2011.01 Nature 34.48 3.09Gb 美国华盛顿大学基因组中心等 阿根廷蚁 2011.01 PNAS 9.432 250.8Mb 美国旧金山大学等 红色收割蚁 2011.01 PNAS 9.432 250–284 Mb 美国里士满厄尔汉学院等 火蚁 2011.01 PNAS 9.432 484.2Mb 瑞士洛桑大学等 水蚤 2011.02 Science 29.747 200Mb 美国印第安纳大学等 大头切叶蚁 2011.02 PLoS Genetics 9.532 300Mb 美国威斯康星-麦迪逊大学等 旋毛虫 2011.02 Nature Genetics 34.284 64Mb 美国华盛顿大学医学院等 袋獾 2011.06 PNAS 9.432 3.3Gb 澳大利亚罗伊癌症研究中心等 顶切叶蚁 2011.06 Genome Research 11.2 313Mb 哥本哈根大学等 鹿角珊瑚 2011.07 Nature 34.48 420Mb 日本冲绳县科学与技术研究所等 缅甸蟒 2011.07 Genome Biology 6.89 1.4Gb 科罗拉多大学医学院等 大西洋鳕鱼 2011.08 Nature 34.48 830Mb 挪威奥斯陆大学等 澳大利亚袋鼠 2011.08 Genome Biology 6.89 2.9Gb 澳大利亚袋鼠基因组研究中心等 绿蜥蜴 2011.09 Nature 34.48 1.78Gb 美国哈佛 - 麻省理工的博德研究所等 裸鼹鼠 2011.10 Nature 34.48 2.6Gb 韩国梨花女子大学等 食蟹猴和中国恒河猴 2011.10 Nature Biotechnology 29.495 2.85Gb 中山大学、 BGI 等 猪蛔虫 2011.10 Nature 34.48 272Mb BGI，墨尔本大学等 二斑叶螨 ( 棉红蜘蛛 ) 2011.11 Nature 34.48 90Mb 西安大略大学等 帝王蝶 2011.11 Cell 31.152 273Mb 马萨诸塞大学医学院、等 指猴 ( 夜狐猴 ) 2011.12 Genome Biology and Evolution 2.674 3Gb 芝加哥大学、维尔康奈尔医学院 埃及血吸虫 2012.01 Nature Genetics 34.284 385Mb BGI、墨尔本大学等 鳄鱼 2012.01 Genome Biology 6.89 2.5Gb 加利福尼亚大学、佛罗里达大学等 大猩猩 2012.03 Nature 34.48 3.04Gb 英国韦尔科姆基金会桑格研究所等 马氏珠母贝 2012.04 DNAresearch 3.525 1.15Gb 日本冲绳县科学与技术研究所等 诗神袖蝶 2012.05 Nature 34.48 269Mb 伦敦大学学院、剑桥大学等 倭黑猩猩 2012.06 Nature 34.48 3Gb 德国马克斯 • 普朗克人类进化研究所等 牦牛 2012.07 Nature genetics 34.48 2.6Gb 华大基因 牡蛎 2012.09 Nature 34.48 559Mb 中国科学院海洋所等 双峰骆驼 2012.11 Nature Communication 7.396 2.38Gb 内蒙古大学等 猪 2012.11 Nature 34.48 2.6Gb 国际家猪基因组测序协作组 中央狐蝠 2012.12 Science 31.201 2Gb 深圳华大基因研究院等 大卫鼠耳蝠 2012.12 Science 31.201 2Gb 深圳华大基因研究院等 山羊 2012.12 Nature Biotechnology 29.425 2.66Gb 昆明动物所等 海洋蠕虫 2012.12 Nature 34.48 324Mb 莱斯大学等 淡水水蛭 2012.12 Nature 34.48 228Mb 莱斯大学等 青螺 2012.12 Nature 34.48 348Mb 莱斯大学等 小菜蛾 2013.1 Nature Genetics 34.284 339.4Mb 福建农林大学等 家鸽 2013.1 Science 31.201 1.3Gb 犹他大学等 中国树鼩 2013.2 Nature Communication 7.396 3.2Gb(2.86G bassembled) 中科院昆明动物所等 海七鳃鳗 2013.2 Nature Genetics 34.284 816Mb 美国海洋生物学实验室等 非洲眼丝虫 2013.3 Nature Genetics 34.284 91.4Mb 美国国立卫生研究院等 游隼/猎隼 2013.3 Nature Genetics 34.284 1.2Gb 英国卡迪夫大学等 西部锦龟 2013.3 Genome Biology 9.04 2.59Gb 美国加州大学等 绦虫 2013.3 Nature 34.48 115Mb-141Mb Sanger 研究院等 腔棘鱼 2013.4 Nature 34.48 2.18Gb 美国 Benaroya 研究所等 剑尾鱼 2013.3.31 Nature Genetics 34.284 669Mb 华盛顿大学医学院等 斑马鱼 41381 Nature 34.48 1.412Gb 英国桑格研究院 中华鳖和绿海龟 2013.4.28 Nature Genetics 34.284 2.21Gb/2.24Gb 深圳华大基因研究院 藏羚羊 2013.5 Nature Communication 7.396 2.75Gb 青海大学等 鸭 2013.6.09 Nature Genetics 34.284 1.1GB 中国农业大学等 蚊子 2013.6.12 Nucleic Acids Research 8.278 201Mb 美国加州大学尔湾分校等 地山雀 2013.7.1 Nature Communication 10.015 1.086Gb 中科院动物研究所、诺禾致源 黑线仓鼠 2013.7.21 Nature Biotechnology 32.438 2.7G 深圳华大基因研究院 扬子鳄 2013.8.06 Cell research 10.526 2.3G 浙江大学等 蛭形轮虫 2013.8.22 Nature 38.597 244Mb 美国那慕尔大学等 资料整理由北京诺禾致源生物信息科技有限公司惠远远提供，致谢！
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