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晶体电子显微镜技术开发者逝世
zhpd55 2018-11-27 20:50
晶体电子显微镜技术开发者逝世 诸平 据《华盛顿邮报》( The Washington Post )报道,晶体电子显微镜技术开发者——阿龙·克卢格爵士(Sir Aaron Klug,1926年8月11日-2018年11月20日) 2018年11月20日 逝世,享年92岁。 阿龙·克卢格 是一名出生于立陶宛的英国化学家和生物物理学家。1982年获得诺贝尔化学奖。1995-2000年担任英国皇家学会会长。 阿龙·克卢格 1926年生于立陶宛。幼年时被带到南非,后入英国国籍。在开普敦取得结晶学方面的硕士学位。1962年进入英国剑桥医药研究委员会所属的分子试验室工作,1978年任该委员会结构研究部主任;同年,荣获美国芝加哥大学和纽约哥伦比亚大学授予的荣誉博士学位,1980年又获瑞典斯德哥尔摩大学荣誉博士学位。30多年以来,他一直致力于生物大分子结构的研究。早在20世纪60年代初,他就开始了对若干种病毒的化学结构的研究,获得了关于病毒粒子是如何从它本身的核酸和蛋白质分子的混合体中形成的详细情况图,弄清了大分子是怎样形成为功能复杂的聚合体的。在研究过程中,克卢格首先创出了一些新方法,例如,他创造了对显微照相进行x射线衍射的方法。运用这一方法,他成功地分析了烟草花叶病毒的构成。70年代初,他从研究单一结构的病毒转移到研究动物细胞中的一些结构。较近一段时间里,他及其研究小组又进一步研究色质(即核酸蛋白质的复合物)的结构。由于染色质是一个大分子聚集体,其体积太大,甚至用克卢格方法都无法直接对它进行结构测定。克卢格及其合作者成功地把染色质分成小到足以用x射线衍射和电子显微镜加以研究的若干片断。根据片断获得的结构信息构成了一个染色体的整个模型。他的这一研究成果,为解决细胞分化和控制功能问题提供了线索。从长远的观点来看,这一研究对解开癌症之谜将是具有重要意义的。1982年,他荣获诺贝尔化学奖金。1995-2000年,他担任英国皇家学会会长(来自百度百科)。更多信息可以参考相关报道: Aaron Klug, Developer of Crystallographic Electron Microscopy, Dies The chemist and biophysicist won a Nobel prize for the development of a technique to probe the structures of nucleotide-protein complexes. Nov 26, 2018 ASHLEY P. TAYLOR FLICKR, INTERNET BOOK ARCHIVE IMAGES A aron Klug, who won the Nobel Prize in Chemistry in 1982 for developing the technique of crystallographic electron microscopy and determining the structures of nucleic acid–protein complexes, died last Tuesday (November 20) at age 92, The Washington Post reports. His funeral is today (November 26), according to an obituary by the Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology , where Klug spent much of his career. “Aaron Klug was a towering giant of 20th century molecular biology who made fundamental contributions to the development of methods to decipher and thus understand complex biological structures,” Venki Ramakrishnan, president of Britain’s Royal Society, says in a statement . Klug was born in Zelvas, Lithuania, in 1926 but his family, fleeing anti-semitism, moved to South Africa when he was two years old. In 1945, he received his undergraduate degree from the University of Witwatersrand in Johannesburg, where he studied physics, chemistry, and biology, according to The Guardian . In 1948, Klug married dancer and choreographer Liebe Bobrow. Klug went on to receive a master’s degree from the University of Cape Town, where he studied with X-ray crystallographer Reginald James and “developed a strong interest, broadly speaking, in the structure of matter, and how it was organised,” as he wrote in his Nobel biography . With a recommendation from James, Klug headed to the UK, where he received a PhD in solid state physics at the University of Cambridge in 1952. Denied a visa to the US, where he was about to take a job, as The Guardian reports, he ended up working with X-ray crystallographer Rosalind Franklin at Birkbeck College, University of London, on the structure of tobacco mosaic virus. This was his introduction to the problem of visualizing nucleoprotein complexes. These structures are too big for X-ray crystallography but too small for light microscopy, The Guardian reports. Electron microscopy could view such assemblies but, at the time, the resulting images were 2-D only. Klug’s innovation, developed in the 1960s at the Medical Research Council (MRC) Laboratory of Molecular Biology, was to translate 2-D electron micrographs taken from several angles into 3-D structures, a process called crystallographic electron microscopy. Like X-ray crystallography, crystallographic electron microscopy relies on shooting sub-atomic particles through a molecule of interest and deducing that molecule’s structure from the way the particles are diffracted. Unlike the older technique, crystallographic electron microscopy uses electrons, not X-rays, and can work on proteins that have not been crystallized, as Klug told The Scientist in 2004. “Aaron always said that curiosity was the most important quality for a scientist and that one had to live in interesting times,” neuroscientist Michel Goedert, who worked with Klug on the structure of the tau protein and its involvement in Alzheimer’s disease, says in the MRC tribute. Klug also worked on the structures of transfer RNAs and zinc fingers, proteins that coordinate zinc ions and often bind nucleic acids. From 1986 to 1996, Klug served as director of the Laboratory of Molecular Biology. During that time, he negotiated with the MRC and the Wellcome Trust to open the Sanger Centre, now the Sanger Institute, where the genome of the nematode C. elegans was first sequenced (in collaboration with Washington University School of Medicine in St. Louis, Missouri) and where one-third of the International Human Genome Project was completed, according to The Guardian . He was knighted in 1988. From 1995 to 2000, he was president of the Royal Society. Klug is survived by his wife and son Adam. His other son David died in 2000.
个人分类: 新观察|5111 次阅读|0 个评论
瑞士光源(SLS)蛋白质晶体线站负责人Wang Meitian教授来访
热度 1 IPBCS 2016-2-12 16:08
瑞士光源( SLS)蛋白质晶体线站负责人WangMeitian教授来访—展示Native-SAD phasing技术 作者:崔胜 寒假将至,崔胜课题组有幸邀请来自瑞士保罗谢尔研究所-瑞士光源(PaulScherrer Institute – Swiss Light Source)的蛋白质晶体学X射线衍射实验线站的负责人Wang Meitian教授进行学术交流活动。Meitian为我们详细讲述了X射线晶体学新方法Native-SAD的原理和应用,让我们受益匪浅。 众所周知,“相”问题(phase problem)是困扰X射线晶体学研究核心问题。X射线晶体衍射技术解析生物分子结构的原理基于X射线“波”的本质。利用傅里叶转换(fourier transformation)可以将生物大分子晶体衍射产生的“倒空间(reciprocal space )”转换成“实空间(real space)”的电子云密度图,从而实现蛋白质原子的建立。然而,现有的X射线探测器技术可以测量X射线光强度却不能获得相的信息,因此致傅里叶转换计算无法进行。人们发明了各种方法获取相的信息。目前,比较常用的方法包括了基于重原子的异常散射的SAD/MAD-phasing和基于同源结构的分子置换(molecular replacement)。进行SAD/MAD-phasing需要制备含有重原子的蛋白质晶体衍生物。这个过程往往需要耗费巨大的工作量和不可预计的时间。基于同源结构的分子置换需要找到与被解析结构高度相似的分子模型,然而这种方法对于全新结构、全新构象的解析是无能为力的。 利用蛋白质中天然存在原子的异常散射获得相的信息显然是解决相问题的理想方法(Native-SAD)。生物大分子中广泛存在硫,磷等元素,分别来自蛋白质中的半胱氨酸,甲硫氨酸和核酸中构成骨架的磷酸基团。这些原子等均可提供异常散射信号。利用较低能量同步辐射光源(1.7-2.0 Å )能够测量硫或磷元素异常散射信号。由于这一波长范围并不是硫或磷的吸收峰值,这些原子能提供的的异常散射信号非常微弱( Z20)。正是基于这种原因,截止到2014年以前,PDB数据库中仅有91个通过Native-SAD完成的晶体结构,而基于其他重元素SAD-phasing解析的结构已达到了7163个。 2014年以来,Native-SAD技术发生了革命性的改进。许多的晶体结构通过Native-SAD获得解析,许多长期困扰研究者难以解析的晶体结构却意想不到的通过Native-SAD迎刃而解。Native-SAD成功应用归功于一系列技术的瓶颈的突破。首先,同步辐射实验线站针对Native-SAD数据收集的特点和需求进行了特殊仪器设备的研发。例如,普通同步辐射线站配备单轴角度仪(Goniometer)。在衍射实验中晶体仅能在围绕phi轴旋转。多轴旋转的晶体数据收集策略有利于测量衍射盲点并提高数据的完整度,因此对于收集弱异常散射数据非常有利。但多轴角度仪通常在小型实验室光源中使用(kappa goniometer),却很少出现在同步辐射线站。经过多年的努力,Meitian教授在SLS的X06DA线站成功研发并安装了高精度多轴角度仪,命名为“PRIGo”。PRIGo能够精确定位晶体,在不同chi角连续收集衍射数据,获得高冗余度数据。Meitian教授通过大量的X射线衍射实验发现多轴数据收集与单轴数据收集相比有显著降低系统误差的优势,为Native-SAD phasing提供了极大的便利条件。使用X06DA的PRIGo多轴衍射数据收集装置进行Native-SAD phasing,Meitian教授在1年多的时间里完成11个晶体结构的解析,其中既包括了分子量最大为260kDa多聚蛋白复合物晶体结构,又包括了衍射分辨率为3.0 Å 的低分辨率晶体结构。其次, X射线探测器(Xray detector)技术为弱异常散射数据收集提供了第二个有利条件。在SLS研发的PILATUS(Dectris)探测器属于新一代像素阵列探测器。与传统的CCD探测器比较,像素阵列探测器具有零读出、零暗电流噪音,快速读出时间和高动态范围等物理特性优势。这些优势使fine phi-slicing的衍射数据收集策略成为可能。实验证明,这种数据收集方式不但可以提高衍射数据的质量,而且可以优化弱异常散射的信号强度。 近年来Native-SAD技术不断成熟并得到广泛应用。这是晶体制备方法优化,实验线站设备升级和数据收集方法改进等因素共同作用的结果。与上世纪80年代第一个Native-SAD成功案例相比,现在进行Native-SAD phasing的“门槛”已经大大降低。Meitian教授给大家提出了一般原则,即如果蛋白质中每50氨基酸中含有1个半胱氨酸或甲硫氨酸,蛋白质晶体衍射分辨率最低在3 Å 左右都可以尝试 Native-SAD phasing。如果用这个“门槛”来衡量保存在PDB数据库中所有的晶体结构,至少90%的晶体适合Native-SAD phasing。 换一句话来讲:按照以往的经验,人们在获得蛋白晶体的时候会首先尝试重原子衍生晶体的制备以获得相问题的解决。而现在,Native-SAD技术使人们可以直接选择天然晶体定相,便可迅速获得晶体结构的解析。
个人分类: 学术活动|6424 次阅读|2 个评论
崔胜研究小组最新研究结果揭示丙型肝炎病毒种属特性决定因素
IPBCS 2015-7-9 10:35
崔胜研究小组最新研究动态( 2015.7) “揭示丙型肝炎病毒种属特异性决定因素” 北京协和医学院病原生物学研究所崔胜研究小组与杨威课题组最新研究结果 揭示 HCV种属特异性决定因素 。研究结果于近日在 FASEBJournal 在线发表( http://www.fasebj.org/content/early/2015/06/26/fj.15-272880.abstract ) 摘要 CD81是HCV入侵的必须受体之一,通过与HCV-E2包膜蛋白结合介导病毒入侵。北京协和医学院病原生物研究所的崔胜和杨威课题组通过合作发现不支持HCV感染物种的CD81胞外区中188和196位氨基酸之间存在特定的分子内相互作用(氢键或盐键),而这一结构特征在人类CD81中并不存在。晶体结构学和生物物理学研究表明,CD81的188-196氨基酸的分子内相互作用束缚了CD81胞外区固有的构象动态变化,而这种构象动态变化是与E2结合的决定因素之一。突变实验证明:一方面,在人类CD81中引入188-196氨基酸之间氢键或盐键可提高CD81胞外区的构象稳定性,削弱与E2的结合能力,降低HCVpp的入侵效率和HCVcc的感染效率。另一方面,在小鼠和非洲青猴CD81中仅引入F186残基既无法拯救其与E2的结合,又无法获得HCV的入侵和感染能力;只有破坏其原有的188-196氨基酸间相互作用,释放其固有的构象动态变化才能有效提高与E2的结合能力,获得HCVpp的入侵和HCVcc感染的能力。这些研究结果为阐明HCV高度严格的种属特异性机制提供了线索,为选择支持HCV感染的小动物模型提供了关键依据。 丙型肝炎病毒( HCV)是慢性肝病和肝癌的重要诱因之一。跟据世界卫生组织统计全球约有1.7亿HCV感染者。虽然一批新型抗HCV药物表现出理想的治疗效果。然而,仅仅依靠药物难以实现传染病疫情的控制。在一方面,抗病毒药物的长期使用不可避免诱导耐药株的出现。在另一方面,传染病的预防手段始终是根除疾病的关键。因此,HCV疫苗的研发亟待突破。 自 HCV的分离和鉴定以来三十余年的时间里,疫苗的研发进展始终滞后。这由于人们对高度复杂的HCV入侵机制尚未完全了解;疫苗研发工作缺乏小动物模型。HCV的入侵和复制严格依赖一系列宿主细胞受体。至今已发现HCV至少利用四种宿主受体入侵宿主细胞,其中包括cluster of differentiation 81 (CD81) ,scavenger receptor class B member 1, Claudin-1 和Occludin等。HCV的受体中CD81和Occludin均属于人类特异性受体。正是基于这些原因,HCV感染具有高度严格的种属特异性。 CD81蛋白是HCV入侵早期不可缺少的受体,属于典型的四次跨膜蛋白家族,由~236个氨基酸组成。CD81的功能区域包括高度保守的4个横穿细胞膜的α螺旋和与之相连的3个细胞内环及2个细胞外环。较大的细胞外环定义为“大胞外环”(CD81-LEL),相对较小的胞外环定义为“小胞外环”(CD81-SEL)。CD81-LEL和CD81-SEL共同形成CD81胞外区(ectodomain),介导了与多种蛋白因子的相互作用。CD81-LEL是人们了解最多,也是最重要的区域。正是这个区域直接介导了HCV入侵。HCV的包膜蛋白E2(HCV-E2)直接与CD81-LEL相互作用,二者结合的亲和力可达到纳摩尔(nanomolar)水平。 由上可知,揭示 CD81与HCV-E2蛋白相互作用的机理是理解HCV种属特异性的关键科学问题。尽管人类CD81-LEL和HCV-E2和核心结构域高分辨率晶体结构的分别获得解析,二者的相互作用的结构基础仍然不明。主要难点在于介导CD81和HCV-E2相互作用的区域均属于构象可变区。例如,在核磁共振结构生物学研究工作中,CD81-LEL中的D-helix并未维持晶体结构中发现的α螺旋结构,而是表现出动态变化的无序结构。HCV-E2和核心结构域的晶体结构中未能观察到与CD81-LEL相互作用的区段,暗示了这段区域的构象不稳定性。这些发现提示了CD81-LEL与E2的相互作用遵循了Fold-upon-Binding的原则,即二者的结合需要较大的蛋白质构象变化。 为了揭示 CD81和HCV-E2相互作用的分子基础,崔胜研究小组首先解析了两个不支持HCV入侵的小鼠和非洲青猴的CD81-LEL(mCD81-LEL和agmCD81-LEL)的晶体结构,然后与人类CD81-LEL(hCD81-LEL)进行比对。晶体学结构表明,mCD81-LEL和agmCD81-LEL与hCD81-LEL的全局结构基本相同。经过深入分析,我们进而发现不支持HCV感染的CD81-LEL结构中存在一个特有的分子内相互作用,即在188和196位氨基酸之间形成了分子内氢键或盐碱。而这一结构特征在hCD81-LEL中是不存在的。在hCD81-LEL中, 188和196位氨基酸 均为带负电的谷氨酸和天冬氨酸,二者由于静电排斥无法形成相互作用。这一结构特征的差异恰恰影响了与HCV-E2蛋白结合的D-helix的构象变化。结构分析表明,188和196位氨基酸之间的相互作用力可将构象灵活的D-helix与相对稳定的E-helix链接起来,从而束缚了D-helix固有的构象变化。为证明这一假说,我们采用圆二色光谱分析了CD81-LEL在溶液中的构象稳定性。的确,mCD81-LEL和agmCD81-LEL在溶液中均表现出较hCD81-LEL更高的构象稳定性。当通过点突变在hCD81中引入188和196位氨基酸之间氢键或盐键,我们能够明显观察突变导致的CD81-LEL构象稳定性提升。为了寻找188和196氨基酸之间的相互作用是否与CD81介导的HCV入侵有关,我们通过与杨威课题组合作制备了一系列CD81-LEL的突变体,测量了突变体与HCV-E2蛋白的结合能力。结果显示:当在hCD81-LEL的188和196氨基酸之间引入氢键或盐键,可以不同程度的削弱CD81-LEL与HCV-E2之间的结合能力。以往的研究证明位于D-helix的F186氨基酸残基是hCD81与HCV-E2之间结合的决定因素,我们的结果进一步证明,仅依靠F186不足以支持HCV-E2的结合,D-helix的固有构象变化为另一个决定因素。为进一步证明这一理论,我们制备了一系列不支持HCV入侵的mCD81-LEL和agmCD81-LEL的突变体。我们发现仅仅引入F186突变无法拯救 mCD81-LEL或agmCD81-LEL与HCV-E2的结合能力 ;只有破坏mCD81-LEL和agmCD81-LEL原有的 188-196分子内氢键或盐键 才能有效的拯救与HCV-E2的结合能力。最后,我们在细胞水平上研究了CD81中188和196氨基酸之间的相互作用是否能够影响HCV入侵和感染。通过与杨威课题组合作,我们发现:在一方面,在hCD81中引入188-196分子内氢键或盐键时能够有效降低“HCV假病毒颗粒(HCVpp)”的入侵效率和“细胞培养感染性HCV病毒颗粒(HCVcc)”的感染效率。同样,但在不支持HCV感染的mCD81和agmCD81中引入F186无法拯救HCVpp的入侵或HCVcc的感染,只有同时破坏mCD81和agmCD81中原有的188-196分子内氢键或盐键的时候才能有效的拯救HCVpp的入侵效率和HCVcc的感染效率。 综上所述,我们的研究发现了一个全新的 HCV入侵种属特异性决定因素。CD81蛋白中氨基酸残基F186虽然是HCV入侵的必要条件之一但并不是充分条件;CD81-LEL的D-helix固有的构象动态变化是支持HCV入侵的另一个必要条件。D-helix的动态构象变化直接受到CD81中188-196分子内相互作用的控制;当存在 188-196分子内相互作用时 ,D-helix的动态构象变化受到束缚,因而不利于与HCV-E2的结合以及HCV的入侵。相反,当破坏188-196分子内相互作用时,D-helix恢复原有的构象动态变化,因而有利于与HCV-E2的结合,支持HCV的入侵。 我们发现的 HCV入侵种属特异性决定因素与以往的研究结果高度相符。例如,能支持HCV感染的黑猩猩和树鼩的CD81均不但具有F186残基,而且具有带负电的 188谷氨酸和196天冬氨酸 (不支持188-196氨基酸分子内相互作用)。相反,来自不支持HCV入侵物种的CD81序列中,要么缺少F186残基,要么存在188-196氨基酸分子内氢键或盐键。因此,我们的发现可以作为选择HCV感染小动物模型的依据。例如,大鼠(Rattus norvegicus)的CD81中虽然不具有F186残基,但具有带负电的188谷氨酸和196谷氨酸,无法形成相互作用。从这一点上考虑,大鼠CD81比非洲青猴和小鼠的CD81更接近人类CD81的性质,更易于改造成HCV感染的动物模型。
个人分类: 病毒入侵机制|3141 次阅读|0 个评论
“文革”狂潮中的基础研究:胰岛素晶体结构测定
热度 1 animalfarmer 2014-11-15 12:41
熊卫民 人们通常认为,“文革”是科学的沙漠。其实这并不尽然,因为大部分科研机构并未撤销,而不少科研人员在“闹革命”之同时,也并没有完全放弃业务工作。甚至,有些难以直接联系实际的基础研究也因种种机缘巧合而得以在“文革”期间开展,胰岛素晶体结构测定研究即为其中之一。 这项课题是在“文革”前夕提出的。 人工合成胰岛素的成功令世界对中国刮目相看。为了延续辉煌,国家科委立即组织科学家酝酿这项研究的后续项目。就在 1966 年 4 月举行的人工合成胰岛素工作的鉴定会上,晶体学家、北京大学的唐有祺教授提出了测定胰岛素晶体结构(后获代号“ 691 ”)的设想。 对基础薄弱的中国来说,这个设想可谓相当宏大。胰岛素是一种生物大分子,包含的原子数以百计,测定它们在空间中的位置谈何容易?就当时最成功的多对同晶型置换法而言,其工作流程大致分为以下四个步骤:( 1 )培养出足够大的、较多数量的晶体; ( 2 )向晶体中引入重原子,制备出与母体晶体同晶型的待测晶体的重原子衍生物 ;( 3 )用 X 射线照射样品,取得 X 射线衍射数据,再根据母体晶体和衍生物晶体在衍射强度上的差异来推算相应的衍射相位;( 4 )建立胰岛素立体模型并使其逐步精确化。 这四个 步骤都相当艰难,后面三步尤其繁复。所以,这方面成功的例 子很少 ,一旦突破,往往能得到国际科学界的关注。在 1965 年之前 ,已经 至少出现过 3 项相关的诺贝尔奖,每项工作都耗费了科学家相当长的时间,例如: 1964 年,英国的霍奇金教授因测定胆固醇、维生素 D 、青霉素、维生素 B 12 等重要物质的结构而获得诺贝尔化学奖,这些工作花了她和她的学生 20 多年的时间。 虽然研究条件还比较差,但这个倡议还是马上得到了国家科委领导和部分科学工作者的热情响应。他们决心上马这个项目。 1966 年 5 月,北京大学化学系、中国科学院物理所等 11 个协作单位的 100 多人在北京大学召开誓师大会,“ 691 ”工作正式启动,唐有祺被任命为学术负责人。旋即,“文革”爆发,此工作被迫暂时停止,唐有祺被作为“美国特务”隔离审查。 1967 年之后,一些想了很多办法却未能如愿开展业务工作的科研人员挖掘出了毛泽东以前讲过的两句话——“人工合成蛋白质好”、“关于生命起源要研究一下”,并利用江青对人工合成胰岛素项目的表扬,称“ 691 ”工作是以人工合成生命的途径对“生命起源”进行探索,是对毛主席“最高指示”的贯彻,从而得到了以“中央文革小组”为代表的那些热衷于“抓革命”的人的支持。而周恩来等领导更是支持上马一些研究工作。聂荣臻副总理尤其积极,因为他还要筹备拟于 1968 年夏天举行的第二届北京科学讨论会——中国应当在那个会议上报告一些新的重大成果。上述诸多因素的契合,促使他们召开了一系列选题会议。 1967 年5月, “ 691 ”工作 正式恢复 。参加者包括北京大学化学系、生物系等单位的 30 多位教师和中国科学院物理所、生物物理所、生化所、有机所、计算技术所、福州物质结构研究所等单位的约 40 名研究人员。他们因陋就简,分头开展研究。 工作的时候他们特别强调政治,大约有 接近一半的时间被耗费在政治活动上。即便如此,外界的领导和“革命群众”还批评他们,说他们不抓“革命”。 尤其不利的是,当时正处于派性斗争的高峰期,北京大学的参与者之间一度出现过严重的对抗:先是“你来,我就不来”;后来,干脆一方把另一方赶出实验室和宿舍。 在极端困难的情况下,李根培、李崇熙、林政炯等骨干仍然坚持研究工作,他们培养出了大量猪胰岛素晶体,并制备和筛选出了两种适用的重原子衍生物样品——乙基氯化汞 - 胰岛素和醋酸铅 - 胰岛素,从而初步解决了结构测定工作的关键和瓶颈问题。 1968 年 7 月之后,北京大学和中国科学院开始进行“清理阶级队伍”运动,李根培、范海福等研究骨干被“清理”出研究队伍,工作变得愈加难以开展。就在研究队伍濒临解体的紧要关头,他们收到了周恩来、江青等人通过曲折的渠道发来的口头指示,说要“为胰岛素开绿灯,没条件要给条件,要人给人,要物给物,一定要落实”。 为了落实“无产阶级司令部”的指示,更好地开展工作,以胜过国外的竞争对手, 1969 年 1 月,在中国科学院革命委员会的安排下,各单位的相关人员被集中到政治风浪相对较小的物理所,组建为“ 691 ”连队。他们根据各自的特长,打乱原有的单位,对研究工作进行了重新分工。此时,在设备供应方面也发生了两件令人振奋的事:第一,物理所进口的线性衍射仪(“文革”前订的货)可以良好运行了;第二,在有关领导的指示下,国防科委主要用于卫星研究的最先进的计算机—— 109 丙机,开始对“ 691 ”连队开放,每星期里都有几段晚上的时间可供他们使用。“ 691 ”连队的“战士”们利用这些良好的条件,通力合作,日夜奋战,终于在 1970 年国庆前夕,完成了猪胰岛素晶体粗分辨率(4埃)的分析工作 , 确定了胰岛素分子的轮廓和组成胰岛素两条肽链的走向。接着,又于 1971 年 6 月,独立完成了中等分辨率 ( 2.5 埃) 的猪胰岛素晶体结构测定工作 。 1973 年 8 月,他们接着完成了更为精细和清晰的高分辨率( 1.8 埃)的分析工作。 霍奇金教授对“691”连队的工作评价很高 。虽然她的研究小组在 1969 年即完成了 猪胰岛素晶体中等分辨率 ( 2.8 埃) 的结构测定工作 ,并正在进行高分辨率( 1.5 埃)的工作, 1975 年时,她仍在 Nature (《自然》) 杂志上发表文章评论说,“北京图谱目前是(也许永远是)胰岛素最精确的图谱”。
个人分类: 科苑往事|2574 次阅读|1 个评论
专访:印度化学家、国际晶体学联合会主席Desiraju教授
WileyChina 2014-1-13 14:34
来自印度理工学院的 Gautam Radhakrishna Desiraju 教授 ,主要研究晶体工程和弱氢键结构,Desiraju教授是发表文章被引次数最高的印度化学家之一。 近日,他接受了Wiley的专访,聊到了使自己受到启发的科学家、对未来的期望、以及印度的化学研究与教育。他还谈到了2014年国际晶体学年的计划。 Gautam Radhakrishna Desiraju 于 1972 年在印度孟买大学( Bombay University )获得学士学位,四年后在美国伊利诺伊大学( University of Illinois )获得博士学位, 1976 年至 1978 年在柯达公司担任研究员, 1978 年回到印度,在印度理工学院担任了一年的助理研究员,之后于 1979 年成为了印度海德拉巴大学( Universityof Hyderabad )的讲师,并在 1990 年成为教授。他在 2009 年加入了印度理工学院。 Desiraju 教授现在担任国际晶体学联合会( International Union of Crystallography, IUCr ) 主席,并同时担任期刊 Angewandte Chemie、Journalof the American Chemical Society 和 Chemical Communications 的编委会成员。 以下是专访全文,欢迎阅读: --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- What excites you mostabout chemistry today? 关于当今的化学研究,最让您觉得激动人心的是什么? Chemistry is still a unitary subject with a small number ofguiding principles, but the application of these principles makes for a richvariety of applications. Chemistry appeals both to academic researchers as wellas to industry, no other subject does this quite as well. I do not agree thatit is a “mature” subject with all its essential questions answered. What are your hopesfor the future? 您对未来有什么样的希望? My hope for the future is that chemists will respect natureand nature’s laws. A typical example of our folly has been the appearance ofall sorts of “modern” lifestyle diseases, which we have promptly attempted tocure with sophisticated and “special” drugs. All this confusion, even whilemalaria and tuberculosis take their victims in the millions. Which trends wouldyou like to see disappear? 您希望哪些趋势在未来不复存在? We have too many fads that take up too much time and effort.Chemists – and scientists in general – have become impresarios and businessmanagers. I don’t want to use the word “confidence tricksters”; we haven’tquite got there as yet. I wish chemists would spend more time in their labs,more time with their students and post-docs, more time reading the papers ofothers, more time writing reviews and full papers, and spend less time poringover h-indices and journal impact factors, less time on junkets to distantlocations for seemingly scientific conferences, and less time in writing grantapplications. They should manage with small, compact research groups on small,compact research budgets, and know how and when to just stop. A scientist should stop when one is more of a hindrance thana help to the overall cause of science. A scientist should stop when one isspending more public money than he or she is giving back overall to the societythat is financing the venture. There must be more accountability. I wish thatwe arrive at a balance in evaluating and rewarding youngsters and olderscientists, without exaggerating either group. My fear is that we will continueto do all these “awesome” things in the name of doing science. Who has inspired youmost in chemistry and during your career? 在化学研究和学术生涯中,谁给了您最大的启发? Very great chemists of yesteryear, especially those of thelate 19th and early 20th century have really inspired me. They did science outof love and conviction, they contributed in a glorious way and their ideas haveinfluenced us forever. They are my heroes. Tell us a bit aboutyour career path, please. 跟我们聊聊您的学术生涯吧。 My career path has been highly unusual. For a start, I didmy Ph.D. in the US and returned to India in 1978 in search of a job. MostIndian students in the 1970s did the reverse. They took a masters or doctoratein India and then fled to the US. My American training at the University ofIllinois has been an abiding strength throughout. For example, I had no doubtthat I would not accept, even as I attempted my tentative steps in the world ofchemistry, the highly feudal and paternalistic model for science that prevailedin India. It still lingers on, albeit flabby and inefficient. The very factthat I have gained international recognition even while working in and againstthis oligarchic set-up, reiterates that one can follow one’s convictions iftaught the truth. I dared to follow my dreams and this led to a new subject,crystal engineering. I have been very fortunate in that two ideas I tried tobuild up on, namely the concept of the weak hydrogen bond, and the concept ofthe supramolecular synthon, led to broad support and success. What does theInternational Year of Crystallography (IYCr) mean to you? 2014年国际晶体学年对您意味着什么? IYCr will enable the crystallographic community to spreadthe broader message that science brings communities and countries together.Less-endowed countries in Africa, Asia, and Latin America can be brought intothe scientific mainstream. It will reaffirm that crystallography is a subjectwith a vivid past and a bright future. I am perhaps the first President of theInternational Union of Crystallography to have received my primary training asa chemist rather than a crystallographer. I took a Ph.D. in organic chemistry.This speaks a lot for crystallography; it is a subject with porous borders. What activities isthe International Union of Crystallography planning for the International Yearof Crystallography? 国际晶体学联合会对2014年国际晶体学年有什么规划? Crystallography is too big and widespread a subject for theIUCr to manage alone during the IYCr. We have left national level activities toour national organizations, to academic and industrial institutions, and toindividuals. IUCr will coordinate international events. An Opening Ceremony hasbeen planned at the UNESCO, Paris, on 20th and 21st January, 2014 where aninternational panorama of crystallography will be presented. We are conducting at least 15 to 20 open laboratories inless endowed regions of the world where students will have hands on experiencewith crystallographic equipment and will be organizing three summit meetingsthat aim to bring together scientists and science administrators from countriesthat have been divided by geography, history, religion, politics, andeconomics. A meeting in Karachi, Pakistan, attempts to bring togetherstructural chemists from China, India, and Pakistan. A meeting in Campinas,Brazil, will bring together macromolecular crystallographers in Latin Americaand a meeting in Bloemfontein, South Africa, will attempt to bring togetherscientists interested in powder diffraction—a subject that is of great interestin Africa because of the mining industry there. How can we besteducate society about the role of chemistry in today’s world? 您觉得怎样才能更好地向社会传达“化学”的作用? We need to go back to school level education. There are noshort cuts. Chemistry, like other areas of science, affects society in waysthat are both good and bad. The “bad” face of chemistry is more well-known thanthe “good” face. Chemists need to talk more enthusiastically about theirsubject. Many lay people might have heard about Newton, Einstein, Crick, andWatson. How many have heard about Dalton, Haber, and Pauling? We chemists havenot done a good job in educating society about the role of chemistry in theworld. What is the currentstatus of chemistry research and education in India? 现在印度的化学研究和教育情况如何? There is not much to write home about. A country of oursize, talent, and resources could have achieved much more in the last four orfive decades. We have been crippled by a feudal administration cum researchset-up, a pseudo-socialistic model of governance, and a lack of adherence tostrict standards and accountability, basically an old boys’ network with a lotof technical incompetence thrown in. There is little interaction betweenacademia and industry, or between chemistry on the one hand and chemical engineering,biology, and physics on the other. Domination of the research and educationscene by a handful of aging individuals has led to stagnation in recent years. On the brighter side, the opening up of educational avenuesin regions of the country that had traditionally been deprived of theseadvantages in the past, through initiatives of the Department of Science andTechnology (DST), has led to an expansion of the base of the educationalpyramid. This can have only good consequences because an increase in the numberof educated students must by definition, weaken the feudal apparatus that hascontrolled science in India for many years. What do you do inyour spare time? 你业余时间都做些什么? The classical music of South India has been of abidinginterest, its nuances echoing the work, whether I practice it or attendconcerts. I enjoy books on history and geopolitical strategy. The life of aworking scientist is demanding and I attempt the best possible balance. What else would youlike readers to know about you, your experiences, and your country? 还有什么想告诉读者的吗?经验或者关于印度? Each individual is different and I have had the good fortuneof a fine education and a loving family. I am proud to have been born and thenchosen to have lived and worked in India.
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年末撤稿大盘点:Acta Cryst. E撤稿信息200条(修改稿)
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年末撤稿大盘点:Acta Cryst. E撤稿信息200条(修改稿) 诸平 2013年即将结束,负面新闻接二连三,兰迪·谢克曼在《卫报》发表文章,除了呼吁抵制顶尖期刊的博眼球式的用稿原则之外,也对中国的科研“贿赂”(我们称其为科研激励)政策进行了指名道姓的抨击,也有人认为,看来中国的“贿赂”已经扰乱了国际学术界的正常秩序。前不久又有国外记者经过数月的调查,撰文揭露中国的论文黑市 交易内幕。这些的确是我们应该考虑的问题,面对铺天盖地的论文代理广告,面对SCI数论与平均被引频次的发展的不平衡形象,面对中国形象在国际大环境中的影响严重受损的局面,我们不应该思考我们的现行相关评价体系的科学性、合理性吗?改革开放30余年,需要继续深化;引入SCI评价同样30余年难道依然需要继续沿用,没有改革与完善的必要吗?一直受国人青睐的 Acta Cryst. E终于在2013年有了一些新变化,发表论文的数量明显下降, 这种局面的出现,除了我们的觉醒之外,造假来带的严查也是一个重要影响因素。看看我们2001年以来在 Acta Cryst. E 发表的1.6万多篇论文中,有多少已经撤稿。下图是CHINA年发表论文的变化,图后附上200条撤稿信息(不一定全部是与CHINA有关,但是我们是重灾区)。 图1 2001年以来CHINA作者在 Acta Cryst. E 发表情况 部分高校的撤稿详见: 撤稿论文作者来自山东轻院、通化师院、东北师大、吉林师大等 ; 山东理工、聊城大学、河南大学、潍坊学院的部分撤稿情况 更多阅读(可以链接到相关文献) 井冈山大学处理钟华和刘涛学术造假行为 井冈山大学校领导回应学校 70 篇论文被撤事件 国际期刊一次性撤销中国科学家 70 篇论文 井冈山大学教师论文造假事件调查:另一名黑龙江大学学者 5 年发文 279 篇 井冈山大学论文造假始末 井冈山大学教师论文造假事件调查 科学网曹聪博客相关博文 《晶体学报》再度回应井冈山大学讲师造假事件 《柳叶刀》社论:中国需对学术造假采取行动:应以井冈山大学事件为契机,重建相关伦理标准,健全处罚程序 , 《柳叶刀》社论原文(英文) 以下是 Acta Cryst. E 发布的撤稿信息200条: IUCr Editorial Office (2012). Retraction of articles. Acta Cryst. E 68 , e10-e11. IUCr Editorial Office (2012). Retraction of articles. Acta Cryst. E 68 , e14-e15. S. A. Awan , M. N. Tahir , I. K. Muhammad , S. Ahmad M. I. Tariq (2012). cyclo -Tetrakis( 2 -3-sulfidopropyl- 3 C 1 , S : S )tetrakis . Retraction. Acta Cryst. E 68 , e13. IUCr Editorial Office (2011). Retraction of articles. Acta Cryst. E 67 , e14. IUCr Editorial Office (2011). Retraction of articles. Acta Cryst. E 67 , e16. S.-W. Jin , B.-X. Chen , Y.-S. Ge , H.-B. Yin Y.-P. Fang (2011). Oxonium picrate. Acta Cryst. E 67 , o1694. S. A. Awan , M. N. Tahir , I. K. Muhammad , S. Ahmad M. I. Tariq (2011). cyclo -Tetrakis( 2 -3-sulfidopropyl- 3 C 1 , S : S )tetrakis . Acta Cryst. E 67 , m576-m577. IUCr Editorial Office (2010). Retraction of articles. Acta Cryst. E 66 , e21-e22. T. Liu , Y.-X. Wang , Z.-W. Wang , Z.-P. Xie J. Y. Zhu (2010). Retraction of articles by T. Liu et al. . Acta Cryst. E 66 , e13-e14. H. Zhong , S.-H. Duan , Y.-P. Hong , M.-L. Li , Y.-Q. Liu , C.-J. Luo , Q.-Y. 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Bis " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> 3 N , N ', N '']manganese(III) perchlorate monohydrate. Acta Cryst. E 64 , m332. H. Zhong , X.-M. Yang , Q.-Y. Luo Y.-P. Xu (2008). catena -Poly " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> 2 N , N ')praseodymium(III)]-di- -phenoxyacetato- 4 O : O '- " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> 2 N , N ')praseodymium(III)]-di- -phenoxyacetato- 4 O : O '-di- -phenoxyacetato- 3 O , O ': O ; 3 O : O , O ']. Acta Cryst. E 64 , m317-m318. L. Hao X. Liu (2008). catena -Poly " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> 2 N , N ')copper(II)]- -5-nitroisophthalato- 3 O 1 , O 1' : O 3 ]. Acta Cryst. E 64 , m1500. Y. Liu , Q. He , X. Zhang , Z. Xue C. Lv (2008). catena -Poly - -5-nitroisophthalato]. Acta Cryst. E 64 , m1605-m1606. Y. Liu , Q. He , X. Zhang , Z. Xue C. Lv (2008). Bis bis manganese(II). Acta Cryst. 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Liu , X. Zhang , Z. Xue , Q. He Y. Zhang (2008). Bis(pentane-2,4-dionato- 2 O , O ')bis " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> N 2 ]manganese(II). Acta Cryst. E 64 , m1077. T. Liu J. Y. Zhu (2008). catena -Poly " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> O )(1,10-phenanthroline- 2 N , N ')manganese(II)]- -nitrato- 2 O : O ']. Acta Cryst. E 64 , m28. L. Hao , C. Mu B. Kong (2008). Diazidobis(2,2'-biimidazole)iron(II). Acta Cryst. E 64 , m956. J.-L. Lu , D.-S. Zhang , L. Li B.-P. Liu (2007). 1,4-Dihydro-3,6-dipyrazin-2-yl-1,2,4,5-tetrazine-benzene-1,3-dicarboxylic acid (1/1). Retraction. Acta Cryst. E 63 , e21. Y.-X. Gao , L.-B. Wang Y.-L. Niu (2007). Tetraaquabis(4,4'-bipyridine)manganese(II) pyridine-2,6-dicarboxylate tetrahydrate. Acta Cryst. E 63 , m2283. Z. Li , S. Wang , Q. Zhang X. Yu (2007). catena -Poly - -pyridine-2,6-dicarboxylato] tetrahydrate]. Acta Cryst. E 63 , m2438-m2439. H. Zhong , X.-M. 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Poly " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/mu_rmgif.gif" /> 4 -carbonyldibenzene-3,3',4,4'-tetracarboxylato)tetrakis(1,10-phenanthroline)dicadmium(II)] dihydrate]. Acta Cryst. E 63 , m1844. H. Zhong , X.-M. Yang , Q.-Y. Luo Y.-P. Xu (2007). (1,10-Phenanthroline- 2 N , N ')tris(phenoxyacetato)- O ; O ; O , O '-neodymium(III). Acta Cryst. E 63 , m2019. T. Liu Z.-P. Xie (2007). Tetrakis(pyrazine- N )bis(thiocyanato- N )zinc(II). Acta Cryst. E 63 , m1908. H. Zhong , X.-M. Yang , Q.-Y. Luo Y.-P. Xu (2007). (1,10-Phenanthroline)tris(phenoxyacetato)cerium(III). Acta Cryst. E 63 , m1885-m1886. L.-J. Hao T.-L. Yu (2007). catena -Poly " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/kappa_rmgif.gif" /> 3 O , N , O ')gadolinium(III)]- -pyridine-2,6-dicarboxylato- 4 N , O , O ': O ''] tetrahydrate]. Acta Cryst. E 63 , m1967. L.-J. Hao T.-L. Yu (2007). Poly - 3 -pyridine-3,4-dicarboxylato] monohydrate]. Acta Cryst. E 63 , m1926. Y.-X. Gao , L.-B. Wang Y.-L. Niu (2007). 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Tris(quinolin-8-olato- 2 N , O )cobalt(III) glyoxal hemisolvate monohydrate. Acta Cryst. E 62 , m3557-m3559. H. Zhong , X.-R. Zeng Q.-Y. Luo (2006). cis -Dichlorobis(1,10-phenanthroline)cobalt(II). Acta Cryst. E 62 , m3330-m3332. X.-Y. Qiu (2006). Bis(2-formylphenolato)cobalt(II). Acta Cryst. E 62 , m1190-m1191. Y.-G. Li H.-J. Chen (2006). Bis(2-formylphenolato- 2 O , O ')nickel(II). Acta Cryst. E 62 , m1038-m1039. Q. Chen (2006). Bis(4-bromo-2-formylphenolato- 2 O , O ')zinc(II). Acta Cryst. E 62 , m56-m57. J.-T. Liu , S.-D. Fan D.-Q. Li (2006). Tetraaqua(1,10-phenanthroline- 2 N , N ')copper(II) naphthalene-1,5-disulfonate dihydrate. Acta Cryst. E 62 , m2165-m2166. Q. Wang X.-N. Fang (2006). Bis(2-formylphenolato- 2 O , O ')manganese(II). Acta Cryst. E 62 , m1492-m1493. J.-T. Liu S.-D. Fan (2006). Tetraaqua(1,10-phenanthroline- 2 N , N ')nickel(II) naphthalene-1,5-disulfonate dihydrate. Acta Cryst. E 62 , m2507-m2508. H. Zhong , X.-R. Zeng , Y.-Q. Liu Q.-Y. Luo (2006). Aquachlorobis(1,10-phenanthroline)cobalt(II) chloride thiourea solvate. Acta Cryst. E 62 , m2925-m2927. J.-L. Lu , D.-S. Zhang , L. Li B.-P. Liu (2006). 1,4-Dihydro-3,6-dipyrazin-2-yl-1,2,4,5-tetrazine-benzene-1,3-dicarboxylic acid (1/1). Acta Cryst. E 62 , o4855-o4857. Z.-Y. Xiong L.-J. Liu (2005). Bis(salicylaldehydo)zinc(II). Acta Cryst. E 61 , m863-m864. Y.-X. Sun G.-Z. Gao (2005). Bis(4-bromo-2-formylphenolato- 2 O,O ')copper(II). Acta Cryst. E 61 , m354-m355. G. Chen , B. Zhao , M. Sun W. Qi (2005). zinc(II). Acta Cryst. E 61 , m1869-m1870. Y. Liu , J. Dou , D. Wang , G. Ma D. Li (2005). Poly " border="0" src="http://scripts.iucr.org/logos/entities/mu_rmgif.gif" /> 3 -malonato- -pyrazine-dinickel(II)]. Acta Cryst. E 61 , m1834-m1836. P. Zhang (2004). trans -Bis{1- -2-naphtholato}copper(II) dichloride dihydrate. Acta Cryst. E 60 , m1808-m1810. Y.-X. Sun Y. Nie (2004). Ammonium 2,6-dicarboxy-4-nitrophenolate. Acta Cryst. E 60 , o1742-o1744.
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原子积木图:晶体学要从娃娃抓起!
热度 12 大毛忽洞 2013-10-28 20:19
原子积木图:晶体学要从娃娃抓起! 原子是什么颜色? 谁也知道。 你可以把它标记为红色,也可以把它标记为蓝色。 当然了,你也可以把它标记为 A ,也可以把它标记为 B 。 例如,镁晶体是由 Mg 原子组成的,所有的 Mg 原子都是一样的。 成千上万成千上万的 Mg 原子,在空间按照规则排列为晶体,就是这个样子。我们从不同的角度来观察,看到的是不同的样子(队形)。理想的 Mg 晶体是无穷大,没有边际。 晶体学学家研究原子是如何堆垛成晶体的过程,就像幼稚园的孩子玩积木一样。 这些图是用晶体学软件画的,这一块 Mg 晶体,有很多很多 Mg 原子组成的。 为了分析 Mg 原子的排列规则,我们也来搞强拆,从外围拆迁 Mg 原子。 原子被拆迁的越来越少。 为了我们便于盯住同一层的原子,我们给它涂上不同的颜色。 在这 6 层里,各种颜色的原子,它们的空间位置都是等价的。每个原子的邻居分布都是一样的。无论从哪个方向看,没有哪个 Mg 原子在空间占据上有什么特殊性。需要强调的是,位于边界上的原子,它们本来拥有和内部原子同样多的邻居,而且分布规律和内部原子的邻居分布规律是一样的。被我们拆迁之后,它们就被暴露在边界上了。 我们继续拆迁,现在剩下 4 层了,旋转着看看。 继续拆迁,现在只剩下 17 个原子,排列队形如同。 从第 4 层开始,如果我们拆迁黑色的原子,那么,剩下的 17 个原子就是两面是绿色,中间是红色的。 因此,从空间分布看,所有的原子,谁也不比谁具有空间分布优势。 换句话说,黑色层的原子、红色层的原子、绿色层的原子,它们都是等价的。 如果把那些颜色改为字母 A 和 B 标记,那么,在 A 上的原子和在 B 上的原子是完全等价的。 你们看出差别来了吗? 谁也不能用三维结构表示出不同(颜色)层原子在空间分布有什么的不同。 需要强调是,投影图是靠不住的。 投影图就是上面晶体转动时,我们看到的样子。 从不同的方向看,看到的却是不一样的排列。 国际空间群表就是一种三维的表示。
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我爱黄昆,我爱冯端,我更爱真知:和南大学者讨论晶体学问题
热度 8 大毛忽洞 2013-10-28 08:05
我爱黄昆,我爱冯端,我更爱真知:和南大学者讨论晶体学问题 首先,我要感谢您,黄秀清先生! 你就像是一个学术“红娘”,为我和冯端先生搭起了友谊的桥梁,以便我们讨论一个晶体学问题,即冯端《金属物理学》中的一个错误。 你如同一个传递情报的天使,把我的“挑战书”(博客文章结论)送到了冯端先生的手里。我也感到非常的高兴和自豪,冯端先生高风亮节,接受了我的挑战,这才像大家风范! 黄秀清先生,我只知道你是科学网博主,我们是博友。 我不知道你的真实身份,我也不知道你是不是南京大学的。但是,冯端先生已经参加了讨论,你也代表他发了言。因此,我的题目中的“ 和南大学者讨论晶体学问题”,就没有什么不妥了,因为冯端先生是南大的,这就足够了。 我也没有去百度你的信息,我也不会去百度你的信息。因为这和讨论学术问题没有多大关系。 你可不能半途而废,在讨论中途悄悄退场。因为学术道义要求你要继续工作下去,或把接力棒传递给南大其他的人,务必要使我们的讨论圆满结束。 本来冯端先生的《金属物理学》中就一个小错误。但是,我猜测,由于你谎报“军情”,导致冯端先生一错再错,而且还把黄昆先生也拉扯进来。 我想,这样的后果都是你一手造成的。 在你向冯端先生汇报的时候,你可能只提到说:冯先生,山东有个小子叫李世春,他挑战您的书,接着你们找出一本《金属物理学》。你告诉冯端先生:李世春说你这句话( 但周围原子配列情况不完全相同 )是错误的。 于是你们找到了更权威的书,黄昆先生的《固体物理学》,正好在第 9 页找到了支持冯端先生论点的证据。然后,你就把黄昆先生《固体物理学》第 9 页复制下来,当成权威的证据,写到了博文里,发表了: 《 冯端先生的书错了吗? 》(黄秀清) 本来是冯端先生《金属物理学》有一个小错误,由于功课做得不好,你却把黄昆先生的《固体物理学》也拉下了水。 从一个晶体学问题看:学术地解决“王闻争论案”难于上青天 如果你能把我的博客文章 原子堆垛:改正冯端《金属物理学》的1个错误 (李世春)打印出来,交给冯端先生过目,可能冯端先生的思路就变了,不是去找黄昆先生的《固体物理学》,而是去查找其他著作。 如果黄昆先生的《固体物理学》中的表述是正确的话,当我看到你文章《 冯端先生的书错了吗? 》之后,我会立刻发表声明承认我大毛忽洞错了。问题是,你的证据不但没有驳倒我,相反,你的证据使我变得更加自信,因为我更容易反驳你了。冯端先生观点和黄昆先生观点对比如下: 冯端先生: 这两种原子的配位数虽然是相同的,但周围原子配列情况不完全相同。 黄昆先生: A 层中的原子和 B 层中的原子是不等价的,这是因为它们的几何处境不相同。 如果黄昆先生的表述是正确的话,这是反驳我的最有力的证据。 非常不幸的是,《国际空间群表》( 2005 年版)证明,黄昆先生的话是错误的。 毫无疑问,从晶体学的角度看,黄昆先生的表述更接近现代《 国际空间群表 》的表述方法。 1890 年,俄国数学(和晶体学)家首先从理论上推导出了230空间群; 1891 年德国数学(和晶体学)家关于230空间群,完成了同样的推导; 1894 年英国数学(和晶体学)家关于230空间群,也完成了同样的推导。 100 多年来,全世界的晶体学家们对空间群及其数据进行了无数次的改进和完善,仅1983年到2005年这22年中,就又完成了6次的修订。 那些留言的网友说,南大的凝聚态物理学在中国排名第一,被称为老大,坐第一把交椅。 如此强大的学术阵容,难道就找不出一个真正懂晶体学的人,站出来和我心平气和地讨论,拿出既和《国际空间群表》不矛盾,又能驳倒我的科学证据。 黄秀清先生拜访冯端先生后,对我的观点反驳如下: 【以上为魔方李博文的部分截 图,“周围原子配列情况不完全相同”,这不过是固体物理学业已公认、并得到实践认可的科学结论,并不是冯先生的独创。随便翻翻,任何一本固体物理教科书 (不管中文还是英文)的前几页,都可以找到与冯先生《金属物理学》几乎一模一样的描述,请看黄昆先生的经典大作,《固体物理学》的第 9 页:】 (可点击) (以上是原文原话。请注意:称呼我魔方李,或者是大毛忽洞,这都是无所谓的事情,本来我自己称呼我是大毛忽洞学者,现在流行学术番号,所以我自己也弄了一个 ^_^ ) 我对黄秀清先生的结论点评如下(红色为黄秀清原话): ( 1 ) 冯端先生的书里有,黄昆先生的书里有。就下结论说: 固体物理学业已公认、并得到实践认可的科学结论,并不是冯先生的独创。 什么叫公认?那个实践认可了冯端先生的观点?请 黄秀清先生举例说明! 谁公认了冯端先生的观点? ( 2 ) 任何一本固体物理教科书 (不管中文还是英文)的前几页,都可以找到与冯先生《金属物理学》几乎一模一样的描述。 这和冯端先生的观点是否正确,有什么关系吗? ( 3 ) 我从来也没有说过那个错误是冯端先生首创的。我只是指出冯端先生的《金属物理学》有一个错误。 至于这个错误是冯端先生独创的,还是以讹传讹的,这是另外一个问题。 我的观点是:冯端先生的那个表述是错误的。 你需要有证据证明那个表述是正确的,仅此而已。 我的证据是: ( 1 )冯端先生的表述和《国际空间群表》中表述正好相反; ( 2 )我有晶体学数据可以证明,冯端先生的表述是错误的。 如果你坚持认为《国际空间群表》错了,那么,我还可以用晶体学数据库的晶体学数据来检验,证明冯端先生的表述是错误的。 冯端先生所表述的是晶体中原子之间的空间关系,是一种客观存在。 无论是放在固体物理学中表述,还是放在金属物理学中表述,还是放在材料科学中表述,还是放在材料化学中表述,都是一样的。 附录:我的证据 我的权威证据:(我还有晶体学数据,适当时候贴出来) 原版《国际空间群表》( 1983 年初版, 2003 年第五版, 2005 年修订版) International Tables forCrystallography ( First Edition 1983, Fifth Edition 2002, CorrectedReprint 2005 , THE INTERNATIONAL UNION OFCRYSTALLOGRAPHY ) 来自冯端先生《金属物理学》第一卷 P6 。 我的论点是:【但周围原子配列情况不完全相同】是错的,应该是【周围原子配列情况完全相同】。 黄秀清( 一个科学 “ 叛徒 ” 的世界 ),他声称是从黄昆先生《固体物理学》(出版年代不详)复制的。 黄秀清说: “周围原子配列情况不完全相同”,这不过是固体物理学业已公认、并得到实践认可的科学结论,并不是冯先生的独创。随便翻翻,任何一本固体物理教科书(不管中文还是英文)的前几页,都可以找到与冯先生《金属物理学》几乎一模一样的描述,请看黄昆先生的经典大作,《固体物理学》的第9页。 李世春(大毛忽洞)说:黄秀清说的不是事实,证据如下。 最权威的国际空间群表表明:A层原子和B层原子是完全等价的,因为他们的几何处境(对称性)是完全相同的。 证据如下: 以上截图来自《国际空间群表》,黄昆先生所列出的 Be 、 Mg 、 Zn 等晶体,其空间群就是 194 号空间群,对应的点群为 D6h 。 需要强调的是,画红线那行数据,是描述 hcp 晶体( Be 、 Mg 、 Zn )中原子的占位和原子坐标。 请注意,在 hcp 的晶胞中,有两个原子,他们的对称性(几何处境)是完全相同的,都是 6m2 ( 6 有上划线)。一个原子在 A 层,另一个原子在 B 层。 再强调一次, A 层原子和 B 层原子是完全等价的,因为它们的几何处境(空间对称性)都是 6m2 ( 6 有上划线)。 白纸黑字, 黄秀清所说的结论是完全错误的。
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晶体学入门(一)干冰是简单立方还是面心立方?
热度 23 Synthon 2013-2-17 01:54
晶体学入门(一)干冰是简单立方还是面心立方?
看到镜先生居然又开始以外行身份讨论晶体学了,俺作为前内行不得不出来说两句。Synthon不才,当年高中时候由吴国庆先生带入了晶体学的大门,记得吴先生当年还在《大学化学》上发表过一篇文章,题目就叫做《混乱的晶系》,讲的就是晶体学定义不清的问题。后来Synthon研究生时候,又在一个晶体学实验室学习过两年。Synthon自以为驽钝,不能像师兄们那样解晶体如同做菜一样信手拈来(当然Synthon做菜也很差),于是改行做催化至今。但是这么多年晶体学的学习,发现吴先生说的没错,对晶体学的错误理解实在是太多了,所以咱们先从最基础的东西开始。 先来个disclaimer:本文暂时跟镜先生的言论无关,主要讲点儿晶体学基本概念。 晶体学最基础的东西叫做晶胞,晶胞就是最小的能重复的平行六面体单位。晶胞是由等同点构成的,等同点,顾名思义,就是他们都是等同的。等同点和晶胞都是从原子分子排列中抽象出来的。我们先来看个简单点儿的,这里是黄金的结构: 我们可以看到,这是一个立方体,每一个顶点和每一个面心都有金原子。那么显而易见,每一个顶点上的原子互为等同点,每一个面心上的原子也互为等同点,那么顶点的原子和面心的原子是否互为等同点呢?如果我们把一个顶点处的三边定义成xyz三个坐标轴的话,那么任何一个顶点的原子,如果沿x轴走半条边的长度,再沿y轴走半条边的长度,那么它就会跟面心的原子重合。如果面心的原子,沿x轴走半条边的长度,再沿y轴走半条边的长度,它又会跟顶点的原子重合。所以说顶点的原子和面心的原子互为等同点,也就是说,上图就是金晶体的晶胞,每个球都是一个等同点,所以金晶体是面心立方晶体。 那么我们再来看氯化钠,如下图所示: 可以看到,每个顶点和面心都是氯,每条边的中心都是钠。我们上面已经说过了,所有的氯都是等同点,同理也可以发现,所有的钠都是等同点,而很显然,氯和钠是两种不同的原子,不是等同的。所以在氯化钠晶体里面,是相邻的一个氯和一个钠抽象成一个等同点。那么如果我们在几何空间里把等同点的位置放在氯和钠的中点的话(其实也可以放在氯的位置,或者钠的位置,只要保证对所有的等同点位置选取的方式一样即可),可以看出氯化钠也是面心立方晶体。 下面再看二氧化碳(干冰)晶体,这个是初学者和外行很容易犯的错误。结构如下: 这是一个分子晶体,看起来也是面心立方。每个顶点和每个面心都有CO2分子。那么在这个结构里面,等同点是怎样的呢?是每个CO2分子么?我们继续沿用上面的方法,让每个顶点的二氧化碳分子,沿x轴走半条边的长度,再沿y轴走半条边的长度,那么是否与面心的分子重合呢?我们可以看到,碳原子和碳原子是重合了,但是氧原子和氧原子没有重合,因为碳氧键伸展的方向不一致。所以说,在这里顶点和面心不是等同点。如果我们再仔细的看一下这个立体图,就会发现,其实是相邻的每四个二氧化碳分子可以抽象成一个等同点,而二氧化碳晶体的结构,其实是简单立方而不是面心立方。 这是初学晶体的人很容易犯的一个错误,如果继续学习,自然可以纠错。但是在读研究生的时候我发现,很多化学工作者是没有认真学习过晶体学的,只是大概了解一下,就大量的在自己的科研里面开始用了。上述干冰的错误,在我们实验室的例会上时有发生。所以我写了本文,希望对一些对晶体学感兴趣的朋友们有些帮助。 当然,本文待续,后面还有很多(又是一个挖坑不填的。。。)
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Wiley优秀晶体学论文推荐(2010-2012年)
WileyChina 2013-2-5 10:59
我们向您推荐 2010 年至 2012 年发表在 Wiley 晶体学期刊 ACTACRYSTALLOGRAPHICASECTIOND 和 JOURNALOFAPPLIEDCRYSTALLOGRAPHY 上的优秀论文: 一、 ACTACRYSTALLOGRAPHICASECTIOND 1. PHENIX:acomprehensivePython-basedsystemformacromolecularstructuresolution 作者: Adams,PaulD.;Afonine,PavelV.;Bunkoczi,Gabor;Chen,VincentB.;Davis,IanW.;Echols,Nathaniel;Headd,JeffreyJ.;Hung,Li-Wei;Kapral,GaryJ.;Grosse-Kunstleve,RalfW.;McCoy,AirlieJ.;Moriarty,NigelW.;Oeffner,Robert;Read,RandyJ.;Richardson,DavidC.;Richardson,JaneS.;Terwilliger,ThomasC.;Zwart,PeterH. ISI 被引频次: 1,374 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0907444909052925/abstract 摘要: MacromolecularX-raycrystallographyisroutinelyappliedtounderstandbiologicalprocessesatamolecularlevel.However,significanttimeandeffortarestillrequiredtosolveandcompletemanyofthesestructuresbecauseoftheneedformanualinterpretationofcomplexnumericaldatausingmanysoftwarepackagesandtherepeateduseofinteractivethree-dimensionalgraphics.PHENIXhasbeendevelopedtoprovideacomprehensivesystemformacromolecularcrystallographicstructuresolutionwithanemphasisontheautomationofallprocedures.Thishasreliedonthedevelopmentofalgorithmsthatminimizeoreliminatesubjectiveinput,thedevelopmentofalgorithmsthatautomateproceduresthataretraditionallyperformedbyhandand,finally,thedevelopmentofaframeworkthatallowsatightintegrationbetweenthealgorithms. 2. FeaturesanddevelopmentofCoot 作者: Emsley,P.;Lohkamp,B.;Scott,W.G.;Cowtan,K. ISI 被引频次: 1, 090 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0907444910007493/abstract 摘要: Cootisamolecular-graphicsapplicationformodelbuildingandvalidationofbiologicalmacromolecules.Theprogramdisplayselectron-densitymapsandatomicmodelsandallowsmodelmanipulationssuchasidealization,real-spacerefinement,manualrotation/translation,rigid-bodyfitting,ligandsearch,solvation,mutations,rotamersandRamachandranidealization.Furthermore,toolsareprovidedformodelvalidationaswellasinterfacestoexternalprogramsforrefinement,validationandgraphics.Thesoftwareisdesignedtobeeasytolearnfornoviceusers,whichisachievedbyensuringthattoolsforcommontasksare`discoverable'throughfamiliaruser-interfaceelements(menusandtoolbars)orbyintuitivebehaviour(mousecontrols).Recentdevelopmentshavefocusedonprovidingtoolsforexpertusers,withcustomisablekeybindings,extensionsandanextensivescriptinginterface.Thesoftwareisunderrapiddevelopment,buthasalreadyachievedverywidespreadusewithinthecrystallographiccommunity.Thecurrentstateofthesoftwareispresented,withadescriptionofthefacilitiesavailableandofsomeoftheunderlyingmethodsemployed. 3. XDS 作者: Kabsch,Wolfgang ISI 被引频次: 811 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0907444909047337/abstract 摘要: TheusageandcontrolofrecentmodificationsoftheprogrampackageXDSfortheprocessingofrotationimagesaredescribedinthecontextofpreviousversions.Newfeaturesincludeautomaticdeterminationofspotsizeandreflectingrangeandrecognitionandassignmentofcrystalsymmetry.Moreover,thelimitationsofearlierpackageversionsonthenumberofcorrection/scalingfactorsandtherepresentationofpixelcontentshavebeenremoved.Largeprogrampartshavebeenrestructuredforparallelprocessingsothatthequalityandcompletenessofcollecteddatacanbeassessedsoonaftermeasurement. 4. MolProbity:all-atomstructurevalidationformacromolecularcrystallography 作者: Chen,VincentB.;Arendall,W.Bryan,III;Headd,JeffreyJ.;,DanielA.;Immormino,RobertM.;Kapral,GaryJ.;Murray,LauraW.;Richardson,JaneS.;Richardson,DavidC. ISI 被引频次: 767 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0907444909042073/abstract 摘要: MolProbityisastructure-validationwebservicethatprovidesbroad-spectrumsolidlybasedevaluationofmodelqualityatboththeglobalandlocallevelsforbothproteinsandnucleicacids.Itreliesheavilyonthepowerandsensitivityprovidedbyoptimizedhydrogenplacementandall-atomcontactanalysis,complementedbyupdatedversionsofcovalent-geometryandtorsion-anglecriteria.SomeofthelocalcorrectionscanbeperformedautomaticallyinMolProbityandallofthediagnosticsarepresentedinchartandgraphicalformsthathelpguidemanualrebuilding.X-raycrystallographyprovidesawealthofbiologicallyimportantmoleculardataintheformofatomicthree-dimensionalstructuresofproteins,nucleicacidsandincreasinglylargecomplexesinmultipleformsandstates.Advancesinautomation,ineverythingfromcrystallizationtodatacollectiontophasingtomodelbuildingtorefinement,havemadesolvingastructureusingcrystallographyeasierthanever.However,despitetheseimprovements,localerrorsthatcanaffectbiologicalinterpretationarewidespreadatlowresolutionandevenhigh-resolutionstructuresnearlyallcontainatleastafewlocalerrorssuchasRamachandranoutliers,flippedbranchedproteinsidechainsandincorrectsugarpuckers.Itiscriticalbothforthecrystallographerandfortheenduserthatthereareeasyandreliablemethodstodiagnoseandcorrectthesesortsoferrorsinstructures.MolProbityistheauthors'contributiontohelpingsolvethisproblemandthisarticlereviewsitsgeneralcapabilities,reportsonrecentenhancementsandusage,andpresentsevidencethattheresultingimprovementsarenowbeneficiallyaffectingtheglobaldatabase. 5. OverviewoftheCCP4suiteandcurrentdevelopments 作者: Winn,MartynD.;Ballard,CharlesC.;Cowtan,KevinD.;Dodson,EleanorJ.;Emsley,Paul;Evans,PhilR.;Keegan,RonanM.;Krissinel,EugeneB.;Leslie,AndrewG.W.;McCoy,Airlie;McNicholas,StuartJ.;Murshudov,GaribN.;Pannu,NavrajS.;Potterton,ElizabethA.;Powell,HaroldR.;Read,RandyJ.;Vagin,Alexei;Wilson,KeithS. ISI 被引频次: 638 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0907444910045749/abstract 摘要: TheCCP4(CollaborativeComputationalProject,Number4)softwaresuiteisacollectionofprogramsandassociateddataandsoftwarelibrarieswhichcanbeusedformacromolecularstructuredeterminationbyX-raycrystallography.Thesuiteisdesignedtobeflexible,allowingusersanumberofmethodsofachievingtheiraims.Theprogramsarefromawidevarietyofsourcesbutareconnectedbyacommoninfrastructureprovidedbystandardfileformats,dataobjectsandgraphicalinterfaces.StructuresolutionbymacromolecularcrystallographyisbecomingincreasinglyautomatedandtheCCP4suiteincludesseveralautomationpipelines.AftergivingabriefdescriptionoftheevolutionofCCP4overthelast30years,anoverviewofthecurrentsuiteisgiven.Whiledetaileddescriptionsaregivenintheaccompanyingarticles,hereitisshownhowtheindividualprogramscontributetoacompletesoftwarepackage. 二、 JOURNALOFAPPLIEDCRYSTALLOGRAPHY 1. publCIF:softwareforediting,validatingandformattingcrystallographicinformationfiles 作者: Westrip,SimonP. ISI 被引频次: 1,157 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0021889810022120/abstract 摘要: publCIFisanapplicationdesignedforcreating,editingandvalidatingcrystallographicinformationfiles(CIFs)thatareusedinjournalpublication.Itvalidatessyntaxanddictionary-defineddataattributesthroughinternalroutines,andalsoprovidesawebinterfacetothecheckCIFserviceoftheInternationalUnionofCrystallography(IUCr),whichprovidesafullcrystallographicanalysisofthestructuraldata.ThegraphicalinterfaceallowsuserstoedittheCIFeitherinits`raw'ASCIIform(usingatexteditorwithcontext-sensitivedatavalidationandinputfacilities)orasaformattedrepresentationofastructurereport(usingaword-processingenvironment),aswellasviaanumberofconveniencetools(e.g.spreadsheetrepresentationsofloopeddata).Beyondfileanddatavalidation,publCIFprovidesaccesstoresourcestofacilitatepreparationofastructurereport(e.g.databasesofauthordetails,experimentaldata,standardreferencesetc.,eitherdistributedwiththeprogramorcollectedduringitsuse),alongwithtoolsforreferenceparsing,spellchecking,structurevisualizationandimagemanagement.publCIFwascommissionedbytheIUCr,bothasfreesoftwareforauthorsandasatoolforin-housejournalproduction;thetoolforauthorsisdescribedhere.BinarydistributionsforLinux,MacOSandWindowsoperatingsystemsareavailable. 2. VESTA3forthree-dimensionalvisualizationofcrystal,volumetricandmorphologydata 作者: Momma,Koichi;Izumi,Fujio ISI 被引频次: 95 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0021889811038970/abstract 摘要: VESTAisathree-dimensionalvisualizationsystemforcrystallographicstudiesandelectronicstatecalculations.Ithasbeenupgradedtothelatestversion,VESTA 3,implementingnewfeaturesincludingdrawingtheexternalmorphologyofcrystals;superimposingmultiplestructuralmodels,volumetricdataandcrystalfaces;calculationofelectronandnucleardensitiesfromstructureparameters;calculationofPattersonfunctionsfromstructureparametersorvolumetricdata;integrationofelectronandnucleardensitiesbyVoronoitessellation;visualizationofisosurfaceswithmultiplelevels;determinationofthebestplaneforselectedatoms;anextendedbond-searchalgorithmtoenablemoresophisticatedsearchesincomplexmoleculesandcage-likestructures;undoandredoingraphicaluserinterfaceoperations;andsignificantperformanceimprovementsinrenderingisosurfacesandcalculatingslices. 3. Fityk:ageneral-purposepeakfittingprogram 作者: Wojdyr,Marcin ISI 被引频次: 76 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0021889810030499/abstract 摘要: Fitykisportable,open-sourcesoftwarefornonlinearcurvefittinganddataanalysis.Itspecializesinfittingasumofbell-shapedfunctionstoexperimentaldata.Inparticular,itenablesPawleyrefinementofpowderdiffractiondataandsize–strainanalysis. 4. xia2:anexpertsystemformacromolecularcrystallographydatareduction 作者: Winter,G. ISI 被引频次: 61 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0021889809045701/abstract 摘要: Anexpertsystemformacromolecularcrystallographydatareductionispresented,whichbuildsonexistingsoftwaretoautomatethecompletedatareductionprocessfromimagestomergedstructurefactoramplitudes.Thiscanautomaticallyidentifymulti-wedge,multi-passandmultiwavelengthdatasetsandincludesexplicitprocedurestotestforcrystallographicspecialcases.Withthepushtowardshigh-thoughputcrystallographyatsynchrotronbeamlinesandautomationofstructuresolution,theabilitytoreducedatawithnouserinputfillsanimportantgapinthepipeline. 5. CRYSTALSenhancements:dealingwithhydrogenatomsinrefinement 作者: Cooper,RichardI.; Thompson,AmberL.;Watkin,DavidJ. ISI 被引频次: 53 原文地址: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1107/S0021889810025598/abstract 摘要: BecausetheyscatterX-raysweakly,Hatomsareoftenabusedorneglectedduringstructurerefinement.ThereasonswhytheHatomsshouldbeincludedintherefinementandsomeoftheconsequencesofmistreatmentarediscussedalongwithselectedrealexamplesdemonstratingsomeofthefeaturesforhydrogentreatmentthatcanbefoundinthesoftwaresuiteCRYSTALS.
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《现代晶体学》(第1卷&第2卷)吴自勤、孙霞、高琛译
ustcpress 2012-3-13 16:12
《现代晶体学》(第1卷&第2卷)吴自勤、孙霞、高琛译
中国物理学会2011年度“值得推荐新书” 第1卷 出版日期:2011年7月 出版社:中国科学技术大学出版社 书号(ISBN):978-7-312-02782-6 定价:60.00元 当当网购书链接: http://product.dangdang.com/product.aspx?product_id=22475670 第2卷 出版日期:2011年7月 出版社:中国科学技术大学出版社 书号(ISBN):978-7-312-02787-1 定价:60.00元 当当网购书链接: http://product.dangdang.com/product.aspx?product_id=22501978 编辑邮箱: edit@ustc.edu.cn (欢迎来索要目录、样章的PDF) 【 内容简介 】《现代晶体学》共 4 卷,分别为:第 1 卷 “ 晶体学基础:对称性和结构晶体学方法 ” ,第 2 卷 “ 晶体的结构 ” ,第 3 卷 “ 晶体生长 ” ,第 4 卷 “ 晶体的物理性质 ” ,是由前苏联科学院院士、前苏联科学院晶体学研究所所长、著名晶体学家 B·K· 伐因斯坦主编的晶体学经典著作。该书俄文版于 20 世纪 70 年代末和 80 年代初出版, 80 年代由 Springer 出版社作为固态科学丛书中的 4 种出版了英文版,后来作者又根据晶体学的发展不断对其进行修订和再版。该书是晶体学领域的经典著作,系统、全面地介绍了晶体学各分支的基本原理和前沿进展,对从事晶体学研究的科研人员有重要的价值。 卷 1 主要由物质晶态的一般特征、晶体对称性和晶体结构研究方法 3 部分组成,着重介绍了晶体学基本概念、物质晶态特征、晶体对称性理论、晶体多面体外形几何理论以及晶体原子结构实验研究方法等。本书可供固体物理、材料科学、金属学、矿物学、化学等专业的大学生、研究生作为教材或教学参考书,并可供有关科技人员参考。 卷 2 主要内容包括:晶体结构的形成原理,系统介绍了化学键、晶体化学半径系和晶体结构的几何规则;晶体结构的主要类型,系统介绍了无机晶体、有机晶体、聚合物、液晶和生物大分子的结构;晶体的能带结构;实际晶体的结构,主要介绍晶体缺陷,包括点缺陷、位错、层错、亚晶界、孪晶等。本书可供固体物理、材料科学、金属学、矿物学、化学等专业的大学生、研究生作为教材或教学参考书,并可供有关科技人员参考。 【 第一译者简介 】 吴自勤教授是中国科学技术大学基础物理中心(现天文学系)教授,曾任中国科学院结构分析中心开放实验室主任,《物理》杂志第三、第四两届编委会主编。吴自勤教授在材料科学与凝聚态物理方向上,特别是在电子显微学的多个领域进行了数十年持续不断的探索研究,取得了多项有价值的成果。吴自勤教授出版了《薄膜生长》、《微分析物理及应用》、《分形原理及其应用》三部专著,翻译出版了《现代晶体学》第 1 卷和第 2 卷。吴教授还是中国电子显微镜学会的积极组织者。
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与一个24岁的小伙儿说说X射线晶体学的“学问”
热度 6 liwei999 2011-9-13 09:02
与一个24岁的小伙儿说说X射线晶体学的“学问”。 作者: mirror (*) 日期: 09/12/2011 10:55:42 因为这位小伙儿与施老师是同行,因此比镜某来,他对其专业的 “蛋白质晶体学” 要理解得更深,镜某就是个“没文化真可怕”的人。 与24岁的小伙儿论“蛋白质晶体学”,镜某很担心被人认为是“欺负人”。因为刚读硕士的学生,对他所要学的学问通常不可能有什么深刻的理解。也正因为如此,才敢说“最高级的生命活动形式只有在结构生物学的水平上才能阐释它们的本质”这类不着四六的话。 把一些“高等”的名词堆砌在一起,并不是学术的常规做法,倒很像是自欺欺人的常套手段。这句话应该是这样来表达: 最高级的生命活动形式只有通过在结构生物学(分子、原子)的水平上理解,才能从根本上把握生命活动机制、规律 。 虽然不能要求一个学生对自己所学学问的定位有什么 深刻的理解 ,但是要求 正确地理解 自己所学学问并非什么特殊的要求。“(8).由结构确定蛋白功能”的提法简直就是太牛B了。若能做到这一步,根本就不需要瑞典的什么委员会的评议,依镜某“浅浮”的见识就可以判定给个炸药奖了。这句话显然应该这样说:(8).找出结构中与蛋白功能相关的部位,以及伴随着功能作用时发生的相关原子(官能团)的位置变化。 道理也很简单:在人们决定“(1).蛋白质克隆、表达、纯 化”的时候,这个蛋白质的功能就是 已知 的了(通过别的手段)。只是尚不知道蛋白质的功能与其分子结构、或者说分子中的某个官能基的相关而已。结构生物学的研究人员们还不至于“闲”到有闲功夫去探索什么 功能未知的蛋白质结构 。 很佩服小伙子敢于对着镜子说“没文化真可怕”。与老一辈蛋白质结构分析的人不同,新生代的人们对蛋白质的结构分析并没有深刻的理解。因为他们没有经历过 结构分析技术手段的建设阶段 。小布拉格对食盐的 X射线晶体学 与做蛋白质结构分析的 X射线晶体学 虽说使用了相同的“术语”,但是,两群人所做关心的事情有着根本的不同。只有做材料(研究)的人才是“名符其实”的X射线 晶体学 ,而做蛋白质结构分析的人们,不过是借用一个 X射线晶体学 的“名”,达到理解 蛋白质分子结构 的“实”。他们的最终目的与实体的“晶体学”根本就没有关系。对做蛋白质结构分析的人来说,大型的蛋白质晶体不过是为了提高信号强度的技术手段,晶体学的知识也不过是用来解析实验数据的一个方法。 同步辐射技术的进步,用几微米量级的蛋白质晶体也可以得到良好的衍射数据;计算机性能的发达,使得数据处理的速度大为提高,可以比较容易地得到蛋白质分子的电子密度图了。遗憾的是,这样的技术进步却带来了从业人员“智力”的低下。这个现象与马克思对机器文明进化过程中劳动阶级“异化”的分析也有着惊人的相似。 ---------- 就“是”论事儿,就“事儿”论是,就“事儿”论“事儿”。
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晶体学里的黄金法则
大毛忽洞 2011-1-27 11:43
晶体学里的黄金法则
晶体学里的黄金法则 自然界的花朵的花瓣,可以用 Fibonacci 数来描述。 同样,几种不同的原子堆垛成复杂的晶体时, 原子排列的周期也可以用 Fibonacci 数来描述。 参考阅读: 华罗庚, 0.618 ,五次对称性 立方体和五次对称性: 0.618 刀法 论文晶体学=¥,自然界的晶体学=美 先看几种黄金数的表达: 以上为 200 位的黄金数,简称为 1.618 。 著名的 Fibonacci 数: 1 , 1 , 2 , 3 , 5 , 8 , 13 , 21 , 34 , 55 , 89 , 144 , 233 ,…… 以上数列,每一个都是前 2 个数字之和 。两个连着的数之比值,近似等于 1.618 ,数字越大,越接近。数字任意趋大时,可任意接近于 1.618 。 1.618 可以有多种表达式,如分数式和平方根式。 …… = 1.6180339887498948482045868343656 如果 A 表示一种点阵,原子排列周期为 a ; Tj 表示另外一种点阵, T0 的原子排列为 a/2 ; T1 的原子排列周期为 a ; T2 的原子排列周期为 3/4a ; T3 的原子排列周期为 5/6a ; T∞ 的原子排列周期为 1.618 …… /2 。 请注意: 1 , 2 , 3/2 , 5/3 等系数都来自 1.618 的分数式近似表示。 T 点阵从与 A 点阵合拍,逐渐走向和 A 点阵完全不合拍。 T 点阵靠的是黄金步伐!
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mirror - 是否有些本末倒置了呢?
liwei999 2010-7-27 08:33
是否有些本末倒置了呢? (1247 bytes) Posted by: mirror Date: July 25, 2010 05:45PM 评论一下毛头小伙对《蛋白质晶体学》的理解( )。 长大晶体、好晶体才是门艺术,而长晶体基本上就是个农活儿。长蛋白晶体还到不了绝技的程度,因为能否长成晶体乃是个不确定的东西。作为修辞,蛋白质结晶过程仍然是一门艺术的说法不通。比如说:雪花的结晶过程那是天然,并不是人为的艺术。如果说艺术,让蛋白质结晶才是。 (8).由结构确定蛋白功能是个相当自大的说法。显然,蛋白质晶体学能做到的不过是(8).由结构说明蛋白功能,这里所指的蛋白功能早在(1).蛋白质克隆、表达、纯化之前就已经为人们知道了。不然的话就不会有人去想获得那个蛋白的分子结构。 最高级的生命活动形式只有在结构生物学的水平上才能阐释它们的本质是个需要探讨的话题。比如说有这样的事例:电子三极管的放大机能与半导体材料的晶体结构并没有很大的关系。甚至可以说P型半导体与N型的在晶体结构上都没有什么区别。电子学里重要的事情是要理解电子(离子)在物质(晶体)中的运动形态、状态,这才是所谓的本质。而作为载体的物质都是要被舍像的。 光合作用等都必须依靠蛋白质来实现的说法可以成立,但是在理解上并不是说只有知道了叶绿素的结构才能够理解光合作用的机理。应该说这是两个相对独立的研究领域。好比说城里人的生活都必须依靠乡下人的劳动来实现,这样主张并没有错误,但是也没有什么重大意义。 就是论事儿,就事儿论是,就事儿论事儿。 http://www.starlakeporch.net/bbs/read.php?1,64849,64849#msg-64849
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科学问题:井冈山大学如何重上井冈山
大毛忽洞 2010-3-28 10:08
科学问题:井冈山大学如何重上井冈山 毛泽东诗词云:久有凌云志,重上井冈山。 井冈山大学一点凌云志也没有。 为什么如此说呢? 花钱买了 X 射线衍射仪,可能还买了一些晶体学计算软件,教授们(助理教授,副教授,教授)写了成百篇的晶体文章,可能发表时还交纳了版面费。 几百人次的科研队伍,上百篇的文章,怎么被外国的一两个科学家就打得落花流水呢? 如果朱毛在九泉之下知道这件事,肯定会骂你们: 此处引用毛主席语录一段 (毛泽东骂北大:北大水浅) 朱毛让全世界都知道中国有个井冈山! 可你们 人家(老外)说你造假,你就承认造假,为什么你井冈山大学不成立个小组,亲自验算一下,看看你们成百篇的文章假在什么地方?错在什么地方? 万一老外弄错了呢? 如果真的是老外弄错了,客观上就成了你们和老外里通外国迫害我们的年轻科学家,这要是让九泉之下的朱毛知道,非枪毙你们不可! 上一次是 70 多篇,这一次是 30 多篇! 文章被撤销,如果是交纳了版面费,要想办法把钱要回来啊!如果你要不回来,是不是让外交部出面啊,不退钱退成水也行啊,可以捐到旱区啊! 在科学上,科学家出错是常有的事。 你们为什么相信你们能错 100 多次,而检验你们文章的老外一次也不会错呢? 老外说你们的文章把原子放错了? 那原子放在什么地方才是对的? 井冈山大学啊, 你们有枪有炮(衍射仪和计算软件), 还有人(各种教授), 怎么连一枪也不放就举手投降了呢? 附录:井冈山大学的 30 多篇文章又被撤销 http://journals.iucr.org/e/issues/2010/04/00/me0409/index.html Acta Crystallographica Section E Structure Reports Retraction of articles This article reports the retraction of 39 articles published in Acta Crystallographica Section E between 2004 and 2009.After thorough investigation (see Harrison et al., 2010), 39 additional articles are retracted as a result of problems with the data sets or incorrect atom assignments. Full details of all the articles are given in Table 1. (俺登录不了 Acta Cryst 期刊,数据来自新语丝)
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从中国晶体论文看世界论文被引排行榜
大毛忽洞 2010-2-1 10:41
从中国晶体论文看世界论文被引排行榜 汤森路透科技信息集团近日推出近十年论文发表方面的国家和地区排名,然后再从这种排名中拿出被引用次数最多的文章,以国家或地区排名次序列举。排行第 1 的是美国科学家的 1 篇临床医学论文,被引用 8083 次。 排在第 2 、第 3 、第 7 和第 8 的,都和晶体学有关。 第 2 名,被引用 5421 次, 德国科学家 发表在 《 晶体学 报 A 》, 2007 年发表,该文章可以免费开放获取。 第 3 名,被引用 4235 次,英格兰科学家发表在 《 晶体学 报 B 》, 2002 年发表。 第 7 名,被引用 4300 次, 意大利科学家 发表在 《应用 结晶学 杂志》, 1999 年发表。 第 8 名,被引用 6803 次, 荷兰科学家 发表在 《应用 结晶学 杂志》, 2002 年发表,该文章可以免费开放获取。 英格兰科学家 的文章是介绍 剑桥的晶体结构数据库 ,其他 3 篇都是介绍求解晶体结构的计算机软件。 德国科学家 的文章介绍 德国科学家研发的软件 SHELX ; 意大利科学家 的文章介绍 意大利科学家研发的软件 SIR97 ; 荷兰科学家 的文章介绍 荷兰科学家研发的软件 PLATON 。 中国晶体科研论文发表量占全球近 1/3 。 由此似乎可以推断,中国科学家对以上 4 篇文章的被引用次数有约 1/3 的贡献。 贡献引用次数是一种什么贡献,俺不知道。 中国科学家都聪明透顶,小算盘一打,就知道炒菜晶体发表文章最合算,研发软件和数据库却是费力不讨好的事情。 一年发表 50 篇以上的晶体文章(不是晶体学文章,是晶体文章),可以名利双收。 大家都认为老外很傻! 德国科学家研发和试用 SHELX 用了 30 年的时间,从 1976 年到 1986 年,走过了 10 年的试用期。目前的 SHELX 已经很成熟了,如果是写晶体文章,仍然可以免费使用 SHELX ,如果是公司企业使用 SHELX ,需要支付 US$2499 (含技术支持费)。 英国剑桥的晶体学数据库建于 1960s ,到 2010 年已经收集 50 万个晶体结构数据(小分子晶体)。 英国剑桥有个 Cambridge Crystallographic Data Centre ( CCDC ),搞了个数据库叫 Cambridge Structural Database (CSD) 。目前 CCDC 有 50 个全职员工,除开发数据库外, CCDC 还研发相关的软件,同时还搞市场调研( customer support and marketing ),由此可见, CSD 和相关软件收费服务是早晚的事情。 剑桥坚持搞 CSD 有 50 年了, 50 年只赔钱不下蛋。虽然剑桥大学也换了几届校领导了,为什么没有一个大脑进水的,下令让 CSD 下马! 由此可见,建设一流大学的第一个措施就是如何避免校领导大脑进水,这是最最重要的事情。 搞基础研究,最忌讳的就是鼠目寸光。 基础研究不是不能赚钱,而是需要很长的等待周期,在各行各业都改行搞房地产(利润大,见效快)文化氛围下,谁能等 50 年啊! 等到人家用基础研究赚钱的时候,我们只有悄悄地哭了,或者是继续瞎忽悠。因为最难追赶的就是基础研究,晶体学的今天就是一个例子。 买了人家的衍射仪,买了(或者下载)了人家的计算机软件,一年发表 50 篇(或者上百篇)晶体文章,还要上报纸吹牛,还要申报这个士那个士,岂有科学此理! 中国学术界真想要在世界晶体学领域占有一席之地,至少还需要 30 年的时间。 请那些善于吹牛的新闻媒体,要吹中国的晶体学领域,还是等 30 年之后再吹吧! 附录(来自科学网): 引用次数前 20 国家最高被引单篇论文公布 中国最高被引论文为香港科学家非典相关研究,被引 976 次 汤森路透科技信息集团近日推出近十年论文发表方面的国家和地区排名( 近十年论文发表前20 名国家地区最新排名出炉 ),统计时间段为 1999 年 1 月至 2009 年 8 月 31 日。在此基础上,汇总了论文总引用次数排名前 20 国家和地区在此期间的最高被引单篇论文。每篇论文的所有作者均在本国进行科研。其中,中国的最高被引论文为香港科学家所著,涉及冠状病毒导致非典型肺炎的研究。 2 , 德国(近十年论文总引用次数 9406841 ) 论文: A short history of SHELX 被引次数: 5421 领域:化学 发表期刊: 《 晶体学 报 A 》( ACTA CRYSTALLOGR A ) 3 , 英格兰(近十年论文总引用次数 9399334 ) 论文: THE CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASE: A QUARTER OF A MILLION CRYSTAL STRUCTURES AND RISING 被引次数: 4235 领域:化学 发表期刊:《 晶体学 报 B 》( Acta crystallographica section b-structural science ) 7 ,意大利(近十年论文总引用数 4417871 ) 论文: SIR97: A NEW TOOL FOR CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT 被引次数: 4300 领域:化学 发表期刊:《应用 结晶学 杂志》( J APPL CRYST ) 8 ,荷兰(近十年论文总引用数 3419657 ) 论文: SINGLE-CRYSTAL STRUCTURE VALIDATION WITH THE PROGRAM PLATON 被引次数: 6803 领域:化学 发表期刊:《应用 结晶学 杂志》( J APPL CRYST ) 1 , 美国(近十年论文总引用次数 44669056 ) 论文: MECHANISMS OF DISEASE - ATHEROSCLEROSIS - AN INFLAMMATORY DISEASE 被引次数: 8083 领域:临床医学 发表期刊:《新英格兰医学杂志》( N ENGL J MED ) 4 , 日本(近十年论文总引用次数 7602742 ) 论文: SUPERCONDUCTIVITY AT 39 K IN MAGNESIUM DIBORIDE 被引次数: 2636 领域:物理学 发表期刊:《自然》( NATURE ) 5 ,法国(近十年论文总引用次数 6304141 ) 论文: A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood 被引次数: 2110 领域:环境 / 生态学 发表期刊《系统生物学》( Systematic Biology ) 6 ,加拿大(近十年论文总引用数 5233211 ) 论文: EFFECTS OF AN ANGIOTENSIN-CONVERTING-ENZYME INHIBITOR, RAMIPRIL, ON CARDIOVASCULAR EVENTS IN HIGH-RISK PATIENTS 被引次数: 3171 领域:临床医学 发表期刊:《新英格兰医学杂志》( N ENGL J MED ) 9 ,中国(近十年论文总引用数 3404466 ) 论文: CORONAVIRUS AS A POSSIBLE CAUSE OF SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME 被引次数: 976 领域:临床医学 发表期刊:《柳叶刀》( LANCET ) 10 ,澳大利亚(近十年论文总引用数 3067686 ) 论文: 1999 World Health Organization-International Society of Hypertension Guidelines for the Management of Hypertension 被引次数: 1549 领域:临床医学 发表期刊:《高血压期刊》( J HYPERTENSION ) http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2010/1/227595.shtm
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低级造假凸显青年人缺乏基本科学常识
大毛忽洞 2010-1-15 07:00
低级造假凸显青年人缺乏基本科学常识 井冈山大学的几个青年人,对晶体学缺乏基本的常识,并且由此导致了彻底的失败。 井冈山大学的晶体学案例告诉青年人:要重视基础知识。 如果连造假的人都重视基础知识,这难道不是一件好事吗? 发表在 Acta Crystallographica Section E 上的文章(晶体学数据),都要求给出原子坐标数据。 是否造假的证据,就包含在这些原子坐标数据里。 就像周老虎的造假证据就包含在虎照里是一样的。 搞生物学的人或者是搞医学的人造假,一般都不留“活口”。 什么意思呢? 单凭从文章里的数据,根本无法判断他们在实验室里是否造假。例如,那个细胞是从老鼠 A 取下来的,还是从老鼠 B 取下来,除了当事人之外,谁也不知道。就像黄禹锡的那个卵子是他们实验室培养出来的,还是从女人身上取下来的,除了他们团队谁也不知道。 井冈山大学的青年人,他们造假后还在文章里留下了证据。这些证据表明他们在学术上还很幼稚,缺乏基本的晶体学常识。 晶体的原子坐标数据,包含了晶体的所有结构信息。但是人们检验这些信息的时候,一般都是考察最简单的项目。例如,最短的原子间距(键),组成最短键的原子,等等。 如果晶体中两个原子之间的距离很小,小于参键原子的半径,这肯定是错误的(不可能存在的晶体)。 如果晶体中最短的键是由两个正离子(或负离子)组成的,这也是不可能的。 如果这样类似的错误存在于多篇文章中,那么结论只有一个:文章的数据是造出来的,而且造这些数据的时候什么科学原理也没有考虑。 在晶体里,原子坐标数据都是互相关联的。 要改就得全部改,如果只修改(非优化操作)几个原子的坐标,肯定会出错。 如果要修改全部原子的坐标数据,就等于重新组装了一块晶体。 最难的还在于根据新的原子坐标数据确定新晶体的对称性。 如果是根据基本原理来造数据的话,这比生长单晶做衍射实验的工作量还要大。 井冈山大学草草地把两位当事人处理掉,是不是“杀人灭口”不得而知。 上海抓住一个杀了几个警察的犯人,也没有当场枪毙,而是通过正常的司法程序来办事的。 一个大学倒是毫不讲理,怎么也得给当事人一个公开学术辩护的机会吧! 万一老外的程序有毛病,岂不既冤枉了好人,又崇洋媚外。 下面的段落来自: 《自然》评论:中国科研,发表还是灭亡 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2010/1/227193.shtm 这份期刊的编辑说,在测试一款用来标识潜在错误和罕见化学结构(比如,原子间不正常的距离)的软件时,这些论文露出了马脚。这款软件确认了大量在化学上根本说不过去的晶体结构。在进一步的核实表明,编辑说,论文的作者仅仅置换了现存化合物已知结构中一两个原子的位置,就把它们作为新的结构提交了。现在无法联络到钟华和刘涛来听取他们的申诉。
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论文晶体学=¥,自然界的晶体学=美
大毛忽洞 2010-1-10 04:18
论文晶体学=¥,自然界的晶体学=美 毫无疑问,晶体(学)是出现在中国人论文里最频繁的词汇了。 井冈山大学的几个年轻人,把自然科学的晶体学演义成具有中国特色的 论文晶体学 ,没有功劳,也有苦劳;没有苦劳,也有白劳。 论文晶体学(定义):为了发表论文而从事的一种似是而非的晶体学研究。 为什么要发表论文?动机=¥? 花费上百万,买一台衍射仪, 好的商业软件也需要钱买, 炒菜出各种晶体样品,也需要钱, 忙忙碌碌地发表那么多的论文,图个啥? 烦不烦阿? 好了,大家都知道论文晶体学是个啥了。 论文晶体学是劳民伤财的晶体学, 论文晶体学是烦人的晶体学。 本文讨论点自然界的晶体学。 自然界的晶体学就是一种美学, 晶体之美只有用数学才能完全地表达出来。 晶体可以被雕琢(或自然解理)出各种各样的外形, 数学上把它们叫做多面体( Polyhedra )。 如果(让想象力)进入到晶体空间, 站在一些特殊的位置上看周围的原子, 这些一层一层的原子, 也组成了各种各样的多面体。 要描述这些丰富多彩的多面体, 需要简单而巧妙的数学。 凡是沿着巧妙的道路,找到的真理都是很简单的。 科学研究的快感不在于发表, 更不在于大规模的发表。 科学研究的快感在于: 在巧妙的迷宫里寻找简单的出口。 多面体的顶点,对应晶体中的原子; 多面体的棱,对应晶体中的键; 多面体的面,对应几条键围成的图形。 多面体的点线面关系, 就是晶体里原子、键和键(围成)面的关系。 柏拉图多面体( Platonic Polyhedra ), ( Tetrahedron, cube, octahedron, icosahedron, dodecahedron ) http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=276284 伯拉图(公元前 428 )和他的学生是最早研究多面体的人。 刘辉(公元 220 )割圆得到了多边形, 但是,刘辉也割过多面体。 把数和形联系起来(或者说创造了这种条件), 也是很早以前的事了。 Fibonacci numbers : 1 , 1 , 2 , 3 , 5 , 8 , 13 , 21 , 34 , 55 ,…… 上面的数列, 每个都是前面 2 个的和。 据说公元前 200 年,印度人( Pingala )就开始摆弄 Fibonacci numbers 。 非常巧的是, 55/34 = 1.618 ≈( sqr(5)+1 ) /2 (黄金分割数), 晶体里局部的五次对称性就需要这个数来巧妙地描述。 立方体和五次对称性: 0.618 刀法 核对大师: Pauling 的 Al12Mo 结构 晶体学的核心是对称性。 自然界表达对称性的奥妙, 完全可以用在晶体学, 这就是自然界的晶体学。 下面的图片来自网站(感谢作者的劳动): http://britton.disted.camosun.bc.ca/fibslide/jbfibslide.htm Fibonacci numbers : 1 , 1 , 2 , 3 , 5 , 8 , 13 , 21 , 34 , 55 ,…… 花瓣的数目也是这样: 一个花瓣的花 2 个花瓣的花 3 个花瓣的花 5 个花瓣的花 8 个花瓣的花 13 个花瓣的花 21 个花瓣的花 这个图可以从小到大画,也可以从大到小画,注意边的关系是 1:1.6180
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SCI晶体学杂志影响因子排序(2009-01-15)
zhpd55 2009-3-3 17:46
Journals Ranked by Impact: Crystallography Rank 2007 Impact Factor Impact 2003-07 Impact 1981-2007 1 Cryst. Growth Design J. Appl. Crystallogr. Adv. Liquid Crystals (4.05) (8.45) (42.30) 2 J. Appl. Crystallogr. Acta Crystallograph. D Acta Crystallograph. A (3.63) (5.90)(34.10) 3 Crystengcomm Crystengcomm J. Appl. Crystallogr. (3.47) (5.16) (24.96) 4 Acta Crystallograph. D Cryst. Growth Design J. Mol. Graph. Model. (2.62) (5.15) (22.67) 5 Acta Crystallograph. A Acta Crystallograph. A Acta Crystallograph. B (2.39) (4.14) (18.62) 6 Acta Crystallograph. B Acta Crystallograph. B Acta Crystallograph. D (2.16) (3.86) (16.70) 7 Photonics/- Nanostruct. J. Mol. Graph. Model. Liquid Crystals (2.00) (3.50) (11.11) 8 J. Crystal Growth Polyhedron Polyhedron (1.95) (3.42) (10.41) 9 J. Mol. Graph. Model. J. Crystal Growth Inclusion Phen. Mol. (1.93) (3.38) (10.07) 10 Polyhedron Zeit. KristallographieJ. Crystal Growth (1.76) (3.00) (9.97) The above table compares the citation impact of journals in a given field as measured over three different time spans. The left-hand column ranks journals based on their 2007 impact factor, as enumerated in the current edition of Journal Citation Reports. The 2007 impact factor is calculated by taking the number of all current citations to source items published in a journal over the previous two years and dividing by the number of articles published in the journal during the same period--in other words, a ratio between citations and recent citable items published. The rankings in the next two columns show impact over longer time spans, based on figures from Journal Performance Indicators. In these columns, total citations to a journal's published papers are divided by the total number of papers that the journal published, producing a citations-per-paper impact score over a five-year period (middle column) and a 27-year period (right-hand column). SOURCE: Journal Citation Reports and Journal Performance Indicators. 详见: http://sciencewatch.com/dr/sci/09/feb15-09_2/
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