一个主编的心路历程 西双版纳的海拔低，氧气比昆明充足，我一到版纳睡眠就特别好。一天中午我在办公室打瞌睡的时候接到了编辑部林娜娜打来的电话。电话中她用激动的声音对我说：“周老师“plant Diversity”被SCI收录了”，我的瞌睡还没有完醒过来，一时间没有理解这个事情的意义，只是下意识地问了一声，真的，假的？谁告诉你的？她说是宁笔告诉她的。宁笔是科睿唯安的业务总监，对于期刊如何提升国际影响力,给过我们不少的建议，他的消息不会有假。这一下我的瞌睡醒了，连忙问：“有什么材料证明吗”？一会儿她给我发一个科睿唯安(Clarivate Analytics)旗下的网页Master Journal List的链接，在这个网页中输入Plant Diversity的期刊名，点击下方的“Coverage”，可以看到：Science Citation Index Expanded的字样。这说明，Plant Diversity已经被SCIE收录了。这个时候电话又响了，这次是孙航所长打来的，他问我Plant Diversity是不是进SCI了？我回答说，我反复查了几遍应该是进去了吧。后来这个消息也被宁笔的博文所证实 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=408109do=blogid=1164509 。 图1. 《云南植物研究》创刊号 图2. 更名后《植物分类与资源学报》的封面 Plant Diversity的前身是《云南植物研究》（图1），创刊于1979年，第一任主编是吴征镒院士，这个期刊曾经发表过许多植物学领域的高被引论文，在植物学领域有过很好的声誉，我的第一篇研究论文就是发表在这个期刊上的。2011年《云南植物研究》更名为：《植物分类与资源学报》（图2），李德铢研究员任更名后的主编。更名的学报是一本中英文混排的期刊，准备向英文刊过渡。 2015年的3月，我接到昆明植物所孙航所长打来的电话，说《植物分类与资源学报》打算改为全英文的期刊，希望我来做主编。我接到这个电话第一个答复是NO。那一年我59岁，刚卸任西双版纳热带植物园的副主任，不想再有更多的压力和负担。另外，我虽然少才寡艺，但也总还有几件自己的小事情想做一做。孙航所长又进行了劝说，在劝说中，我的使命感又莫名其妙地油然而生，稀里糊涂答应了这个差事。 接手主编以后，我这才发现自己是接了一个烫手的山芋。做了一辈子的科研，大大小小发了200多篇论文，也给不少期刊审过稿，但是做主编却是大姑娘做轿子头一会。我决定先从了解情况入手，我访问了植物学科（Plant Science）全球200个SCI期刊的主页，通过这个访问我才发现在植物学领域中，仅4 个是中国人办的期刊（大陆3个，台湾1个），这个和中国植物学研究水平和地位是极不相称的。在调查中我也发现，有很多植物学领域的SCI期刊水平并不高，同时还发现中国学者几乎在所有植物学的SCI的期刊都有论文发表，有些期刊比如Phytotax,中国学者的文章占了一半以上,说中国学者在支撑着这个期刊一点都不为过。从这些情况看，中国的植物学研究的确可以有更多的SCI期刊。通过调研我给Plant Diversity的定位是植物学领域的综合期刊，争取在三年内影响因子达到1。 在确定了期刊的定位之后，我做的另一件事情是给期刊找一个“婆家”。现在的期刊大多是在一些大型出版集团如Spring, Elsevier等大型出版集团的旗下。 如果期刊不加入这些出版集团，就得自己发行，这样期刊的文章进不了ScienceDirect这样的数据库，被同行读到的可能性就非常低；而加盟这些大型的出版集团，就像一个大型的超市，期刊加入到他们的旗下，文章才能进入这个超市货架上，被更多的同行所关注。一开始，我们联系了Spring, Elsevier和Wiley这些出版界的巨头，但是人家要么上根本就不搭理我们，要么把我们推荐给他们的子公司甚至子子公司。我也想过找国内的出版集团，但Science Bulletin也是在Elsevier的旗下。这个时候科爱（KeAi）找到了我们，这是科学出版社和Elsevier合资的公司，他们旗下能够享有Elsevier旗下期刊的大部分待遇，比如同一个采编系统以及所有文章都能进入ScienceDirect,我最看重的就是后面这一条。 一个期刊的水平很大程度上是由主编和编辑的学术水平所决定的，主编和编辑的学术水平和品味决定了稿件的命运和质量。我们决定组织一个国际化的编辑部，并充分发挥编辑的作用。我们采用了让编辑发挥最大作用的审稿流程，稿件先由主编分配给编辑，编辑寻找审稿人并根据审稿人的意见和自己的学术判断做出决定，再返回编辑部，由主编做审定。每篇文章都标注了责任编辑，以示责任。同时，我们还请了一位英文编辑,由他对接受的稿子进行言语润色和编辑。 新刊新气象，我想新刊从版面到封面都要有一个新面貌。在加入科爱以后，我们可以在Elsevier系统中选找一个版面即可。科爱也可以为我们免费设计封面。但我知道昆明植物所有不少才华横溢的年轻人，我决定在所里公开征集新刊的设计方案，并请大家对设计方案进行投票，我再根据投票的情况选定最终的方案。现在我们用这个封面设计出自牛洋博士之手，这个设计既保留了原来刊的一些元素，又展现了新的面貌（图3）。 有了漂亮封面和版式，接下来就该准备漂亮的稿子了。一个英文刊如果不是SCI的期刊，征稿就是一件非常困难的事情，而且第一期为还得有几篇像样的文章，力求一鸣惊人。可是这种一鸣惊人的文章上哪去找？没有办法，我只有硬着头皮向我的国际同行求援，发出了若干邮件结果，收到了若干个正面的答复，但是在截止日期的时候，仅收到了3篇稿子。我又在原来中文稿中挑了两篇请作者翻译成英文，我们的另一个主编，Sergei自己贡献了一篇文章，这样Plant Diversity在2016年2月按时发表了。在改版后第一期的editorial中我写到：“Now, with the foundation of the all-English Plant Diversity, the journal is entering a new and invigorating global phase, which will serve to disseminate its research findings to a broader, international community of plant scientists. An important step to providing Chinese plant scientists more exposure to the international scientific community would be publication of doctoral theses as English manuscripts“。 第一期发表以后，为我自己赢得了四处出击寻找稿源的时间。在国内一个成功的期刊后面都有一个强大研究团队在支撑，通常这个研究团队就是这个期刊的主办单位。我在昆明所利用各种机会做报告，宣传Plant Diversity，走访昆明植物所的科研人员，给所有的编委和我认识的国内外同行写邮件，请大家为Plant Diversity撰稿。一个不是SCI的英文刊真的是举步维艰，人家把文章写成英文的，就是想发个SCI文章，在毕业或是职称晋升的时候能派上用场，这我都非常理解。 我常在约稿时对大家说不要把你Science Nature的文章投给我，我只要你1，2分的文章。我自己研究组每年也发表10篇左右的研究论文，我也不能让学生把他们的文章都投给Plant Diversity。为了支持Plant Diversity的发展，昆明植物所出台相应的向Plant Diversity投稿的鼓励政策，如在职称晋升和研究生毕业时，Plant Diversity视为SCI论文等等。第一年苦苦支撑，年底盘点一下，第一年Plant Diversity一共收到104篇稿子，发表了42篇，其中四分之一共11篇发表的稿子来自美国，英国，加拿大等国家，我们的全部文章进入了ScienceDirect数据库，这些论文总共被下载了11026次，下载的读者被来自于81个国家或地区。我们的拒稿率居然有60%左右。第一年6期期刊都顺利发表，也算站稳了脚跟。这些数据特别是下载量和国外作者的数据大大出乎我的意料，这说明英文刊有着更广泛的读者和需求，有那么的国际同行参与到期刊的各项工作中，期刊的国际化也算是初见成效吧。 第一年站稳脚跟后，我们通过组织专辑和更加有针对性的约稿，加上研究所政策的效应初步显现，稿源的情况有也少许好转。如今这个年代是酒好也怕巷子深，更何况我们的酒还不算好啊。我们还通过微信公众号推送每期的内容，利用邮件向同行精准推荐Plant Diversity发表的文章，利用国际植物学大会和中国植物学大会等各种机会宣传和推广Plant Diversity。通过这些举措Plant Diversity逐步被同行所知晓。去年底研究所对期刊主编进行中期考评的时候，我借此机会也盘点了一下Plant Diversity相关数据，在这里也大家分享一下：截止2018年11月份，Plant Diversity收到来稿321篇，发表了其中的133篇（拒稿率为41.43%），这些论文总共下载次数达到15万次，并被SCI期刊引用了135次（google scholar为345次）其中中国，美国和德国是三个主要的引文国家。引用我们文章的期刊有20多个，这些期刊分布在10多个学科中。根据最新的数据和SCI关于影响因子的计算方法，Plant Diversity的影响因子应该为1.3左右。当然，这些数据和一些国内一些牛刊相比是微不足道的，但是我们也在进步，虽然这个进步比较的缓慢。 自从接手Plant Diversity以后，按时出刊，稳步提升期刊的质量和水平就成了我最大的心事，常常为此食不甘味。但是看着每一期刊物的发表，心里又有一种说不出的成就感。每当新刊出版的时候，我都会拿上一本还在散发着油墨味的期刊，关上办公室的门，把期刊从封面到封底都看上一遍。很多文章我熟悉他们从征稿，投稿，审稿，修改和最终定稿的每个环节。有些文章经过作者和审稿人的共同努力，得到了很大的提升，我会默默地为作者感到高兴，默默地感谢审稿人的付出。近年来我们国家科学研究的水平有了很大的提高，然而主要依靠国外仪器设备做实验，主要把研究成果发表在国外的期刊这种“两头在外”的现象依然突出。国际上的SCI期刊数以万计，产自中国的不过几百种，这和我国的科学研究水平是极不相称的。如果我能够为打造一个发表英文研究成果的平台尽一点绵薄之力，要比我发表几篇SCI论文重要得多。 Plant Diversity被SCI收录也算是上了一个新台阶，希望国内同行能给Plant Diversity投稿和为Plant Diversity审稿。我们会一如既往地服务好所有的作者和审稿人，我衷心希望，通过大家的共同努力，Plant Diversity再上一个新台阶。 图3. Plant Diversity的封面 图4. Plant Diversity的封面
Alpha rarefaction curve主要用于检测测序量是否充足。这里用到的方法是逐步扩大随机抽样的样本容量，如果样本容量扩大了但曲线再无变化（准确来讲，变化非常微小）时，则认为测序量已充足，再增加测序量，样本的 alpha 多样性指标也不会有太多的变化，即样本 alpha 多样性指标达到稳定。 PD_whole_tree ， chao1 ， observed_otus 指标变化趋势相近，这一组反应的是样本中物种的丰度，均表现为前期增长快，后期增长慢，但是会随着样本容量的扩大而一直增加，因为样本容量增加时每个样本中 OTU 数会不断增加。 shannon ， simpson 指标变化趋势相近，这一组反应的是样本中物种的多样性，均表现为前期快速改变，在某个点过后进入平台区。 Figure1. rarefaction curve 图片取自 QIIME 默认的抽样方法是从第 10 个 OUT 代表序列开始，到第 38895 个 OUT 代表序列截止，其间抽样 10 次，每次增加 3888 条序列。因为每个样本总体中物种的序列是随机分布的，而且样本容量是从小到大逐步增加，所以在解读结果时一定要清楚以下几点： 1. 有可能样本总体中靠前的序列 shannon 指数和 simpson 指数均高于平均值，那么在图上会出现先下降再到平台区的曲线。 2. 各样本中 OTU 数不同，而随机抽样时有可能有些样品的总量达不到 38895 ，因此在网页结果的表格中会有 nan （即 Not a Number ）表示缺损，同时反映在图上是每个样品的曲线终点并不同一 x 轴位置。 3. 用样本总体算出来的多样性指数和这种抽样算出来的曲线终点位置有出入，只是位置接近，并不相等，这很正常。 rarefaction 曲线的意义是反应一种变化情况，其终点位置仅供参考。因为有些样本 OUT 代表序列多于 38895 ，有些少于 38895 ，而如果用所有序列计算得到的只是最后的一个值。 Comparison of the Oral Microbiomes of Canines and Their Owners Using Next-Generation Sequencing
A diversity index is a quantitative measure that reflects how many different types (such as species)there are in a dataset , and simultaneously takes into account how evenly the basic entities (such as individuals) are distributed among those types. The value of a diversity index increases both when the number of types increases and when evenness increases. For a given number of types, the value of a diversity index is maximized when all types are equally abundant. ( https://en.wikipedia.org/wiki/Diversity_index ) (多样性指数是一个定量的描述，主要关注菌的种类以及菌的含量分布) 多样性指数有3类，分别是alpha、beta和gamma指数，3个指数之间的关系如下： The term alpha diversity(α-diversity) was introduced by R. H. Whittaker together with the terms beta diversity (β-diversity) and gamma diversity (γ-diversity). Whittaker's idea was that the total species diversity in a landscape (gamma diversity) is determined by two different things , the mean species diversity in sites or habitats at a more local scale (alpha diversity) and the differentiation among those habitats (beta diversity). ( https://en.wikipedia.org/wiki/Alpha_diversity ) 针对alpha diversity， 是用于测量 群落内生物种类数量以及生物种类间相对丰度的一种测量 。 它反映了群落内物种间通过竞争资源或利用同种生境而产生的共存结果，可分为 物种丰富度指数、物种均匀度指数 、 物种多样性指数 三类。( http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101m9sb.html 、 http://www.coloss.org/beebook/I/gut-symbionts/2/2/4 ) 群落中所含物种的多少， 用 丰富度指 数 ( c ommunity richness ) 来刻画， 它反映了一定空间范围内生物的丰富程度。 最古老、最简单的方式是以一定样地中的物种数来表示 。 另外应用广泛的还有 Margalef 、 Menhnick 丰富度指数等，这些指数分别可以用物种数目与样方面积的大小或个体总数的不同数学关系来测度。 使用丰富度指数需要注 意的是，不同的植物群落，丰富度指数的适用情况 不同，要选择相对稳定的指数。另外丰富度指数的大小受样地面积的影响较大，而且忽略了富集种和稀疏种对于群落多样性贡献的不同。在宏基因组的研究中，community richness的代表指数有sobs、chao、ace、jack、bootstrap等。 均匀度指数( co mmunity evenness ) 是 用来刻画群落中各个种的相对密度，有 Pielou、 Sheldon 、 Hill 、 Heip 、 Alatalo等 均匀度指数等，这些指数与丰富度指数呈正相关。 在宏基因组的研究中，community evenness的代表指数有simpsoneven、shannoneven、heip、smithwilson等。 物种多样性指数 ( c ommunity diversity ) 是将物种多样性和种的丰度结合起来的函数，最常用的有 Shannon - Wienner 、 Simpson 、 Hill 多样性指数以及种间相遇概率（ PIE ）等。其中 Simpson 指数反映的是优势种在群落中的地位和作用，亦称为生态优势度，它与其他多样性指数均呈负相关。多样性指数越高，生态优势度越小，而均匀度指数越高。 在宏基因组的研究中，community diversity 的代表指数有bergerparker、shannon、npshannon、simpson、invsimpson、coverage、qstat等。 sobs的计算为The sobs calculator returns the number ofobserved OTUs for an OTU definition. Chao的计算公式为： shannon index的计算公式为： Simpson index的计算公式为：
Formula as follow: where D m is McIntosh diversity index,N is the total number of individuals in the plant population, N i is the number of individuals of the i th species. R function as follow: #A R function for calculating the mcIntosh diversity index mcIntosh-function(x,MARGIN = 1){ x - drop(as.matrix(x)) if (length(dim(x)) 1) { total - apply(x, MARGIN, sum) Dm-(total-(rowSums(x^2))^0.5)/(total-total^0.5) } else { Dm - (sum(x)-(sum(x^2))^0.5)/(sum(x)-sum(x)^0.5)} return(Dm) } Example: library(vegan) data(BCI) mcIntosh(BCI) mcIntosh.txt
Pathogens and insect herbivores drive rainforest plant diversity and composition http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature12911.html ? Tropical forests are important reservoirs of biodiversity1, but the processes that maintain this diversity remain poorly understood2. The Janzen–Connell hypothesis3, 4 suggests that specialized natural enemies such as insect herbivores and fungal pathogens maintain high diversity by elevating mortality when plant species occur at high density (negative density dependence; NDD). NDD has been detected widely in tropical forests5, 6, 7, 8, 9, but the prediction that NDD caused by insects and pathogens has a community-wide role in maintaining tropical plant diversity remains untested. We show experimentally that changes in plant diversity and species composition are caused by fungal pathogens and insect herbivores. Effective plant species richness increased across the seed-to-seedling transition, corresponding to large changes in species composition5. Treating seeds and young seedlings with fungicides significantly reduced the diversity of the seedling assemblage, consistent with the Janzen–Connell hypothesis. Although suppressing insect herbivores using insecticides did not alter species diversity, it greatly increased seedling recruitment and caused a marked shift in seedling species composition. Overall, seedling recruitment was significantly reduced at high conspecific seed densities and this NDD was greatest for the species that were most abundant as seeds. Suppressing fungi reduced the negative effects of density on recruitment, confirming that the diversity-enhancing effect of fungi is mediated by NDD. Our study provides an overall test of the Janzen–Connell hypothesis and demonstrates the crucial role that insects and pathogens have both in structuring tropical plant communities and in maintaining their remarkable diversity. Plant mating system transitions drive the macroevolution of defense strategies http://www.pnas.org/content/early/2013/02/15/1213867110.abstract Understanding the factors that shape macroevolutionary patterns in functional traits is a central goal of evolutionary biology.lternative strategies of sexual reproduction (inbreeding vs. outcrossing) have divergent effects on population genetic structure and could thereby broadly influence trait evolution. However, the broader evolutionary consequences of mating system transitions remain poorly understood, with the exception of traits related to reproduction itself (e.g., pollination). Across a phylogeny of 56 wild species of Solanaceae (nightshades), we show here that the repeated, unidirectional transition from ancestral self-incompatibility (obligate outcrossing) to self-compatibility (increased inbreeding) leads to the evolution of an inducible (vs. constitutive) trategy of plant resistance to herbivores. We demonstrate that inducible and constitutive defense strategies represent evolutionary alternatives and that the magnitude of the resulting macroevolutionary tradeoff is dependent on the mating system. Loss of self-incompatibility is also associated with the evolution of increased specificity in induced plant resistance. We conclude that the evolution of sexual reproductive variation may have profound effects on plant–herbivore interactions, suggesting a new hypothesis for the evolution of two primary strategies of plant defense. The plants will be stronger (more adaptative) after fighting against diverese stress.
Herbivores and nutrients control grassland plant diversity via light limitation http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature13144.html Human alterations to nutrient cycles 1 , 2 and herbivore communities 3 , 4 , 5 , 6 , 7 are affecting global biodiversity dramatically 2 . Ecological theory predicts these changes should be strongly counteractive: nutrient addition drives plant species loss through intensified competition for light, whereas herbivores prevent competitive exclusion by increasing ground-level light, particularly in productive systems 8 , 9 . Here we use experimental data spanning a globally relevant range of conditions to test the hypothesis that herbaceous plant species losses caused by eutrophication may be offset by increased light availability due to herbivory. This experiment, replicated in 40 grasslands on 6 continents, demonstrates that nutrients and herbivores can serve as counteracting forces to control local plant diversity through light limitation, independent of site productivity, soil nitrogen, herbivore type and climate. Nutrient addition consistently reduced local diversity through light limitation, and herbivory rescued diversity at sites where it alleviated light limitation. Thus, species loss from anthropogenic eutrophication can be ameliorated in grasslands where herbivory increases ground-level light. There is saying in Chinese, “木秀于林风必摧之”， this is true for grass in the case of herbivore present. In English, there is another proverb, “A squeaky wheel gets the oil.” This is the effect of nutrients.The herbivores and nutrients are two types of selection pressures. In the society of human, the phenomenon is also true.
Maintenance of tree phylogenetic diversity in a highly fragmented rain forest.pdf Maintenance of tree phylogenetic diversity in a highly fragmented rain forest 蚊子虽小也有二两肉。 斑块甭管多大，都有同样的phylogenetic diversity. 所以说，在保护上是同等意义的。
我的SCI文章及引用情况: http://www.researcherid.com/rid/B-2810-2008 Hu D M, Dai X H, Guo D Y, Hyde K D, Zhang K Q. 2008. The diversity of coprophilous fungi from Dahuadian and Zhongdian grasslands, Yunnan, China. Cryptogamie Mycologie, 29(4): 355-364. Abstract The coprophilous fungi on cattle dung ( Bos taurus ) were investigated at Dahuadian and Zhongdian grasslands, in Yunnan Province, China. Fifty dung samples from Dahuadian and 50 from Zhongdian were collected and examined for fungi. A total of 61 species were recorded in this study (47 species from Dahuadian and 27 from Zhongdian) including 15 new records for mainland China. Species occurrence, species frequency, species richness, Shannon-Weiner index (H'), species evenness (E) and Srensen's index of similarity (S') from the two grasslands were calculated. The fungal diversity from Dahuadian (altitude: 2940 meters) was higher than that from Zhongdian (altitude: 3300 meters). The proportion of ascomycetes (70%) to basidiomycetes (19%) from Zhongdian was much larger than the proportion of ascomycetes (54%) to basidiomycetes (15%) from Dahuadian. The reason for differences in fungal communities are discussed. Ascomycetes / Basidiomycetes / Coprophilous fungi / Fungal community / Fungal diversity / Hyphomycetes / Zygomycetes http://www.cryptogamie.com/pagint_en/recherche/affich_art.php?cid=292
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