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Illumina测序总结: zxy5139 2017-6-10 17:12; 关于Illuminate测序过程一直不明白，这是自己总结的关于Illumina测序的知识，花了好几天的时间，总算理清了。我觉得应该不存在问题。网上搜集的资料鲜有对Illuminate测序过程讲解较清楚的文档，本着知识共享的理念，这里分享自己整理的文档（见附件），希望起到抛砖引玉的作用。我整理的文档比较容易懂，但是测序过程各种各样的引物，而且每个引物的叫法没有统一标准，容易混乱，要真想弄清楚，还是要花些时间（我的文档有些引物的名字是按照我的理解命名的，确保文档从前到后理解方便，只有知道测序原理，才能知道引物来干什么）。该文档着重讲解 RNA测序 DNA直接测序区分链（链特异性 strand specific）测序不区分链（非链特异性 nonstrand specific）测序单端测序（single end sequencing，SE sequencing）双端测序（pair end sequencing, PE sequencing） Index等内容，并给出了一套测序的引物。不同测序过程不同，引物碱基组成不一样，但是模式一样。搞懂引物做什么和引物的碱基组成对明白测序过程很重要（这里面涉及很多关于序列的知识反向互补反向互补等）。这些引物包括如下 TruSeq Universal Adapter TruSeq Indexed Adapter PCR Primer 1.0 PCR Primer 2.0 flow cell 锚定 TruSeq Universal Adapter flow cell 锚定 TruSeq Indexed Adapter Read 2 Sequencing Primer Multiplexing Index Read Sequencing Primer Read 1 Sequencing Primer Illumina测序.rar; 6559 次阅读|0 个评论

细菌链特异性RNA-Seq分析: zoubinbin100 2014-3-17 13:44; 链特异性RNA-Seq比传统的RNA-Seq能提供更多的信息，对于链特异性RNA-Seq分析应该有其独特的方法，下面就细菌的链特异性RNA-Seq分析做一个调研。 2009年PLOS Genetic 上就发表了一篇《A Strand-Specific RNA–Seq Analysis of the Transcriptome of the Typhoid Bacillus Salmonella Typhi 》，文章上面的分析方法是 Wellcome Trust Sanger Institute, ( http://www.sanger.ac.uk/Projects/Pathogens/Transcriptome/ )发开pipeline，流程见图1. 图 1. Sanger Institute 链特异性方法。 2013的有一篇文章《Directional RNA-seq reveals highly complex condition-dependent transcriptomes inE. coliK12 through accurate full-length transcripts assembling》提到另一种方法：TruHMM。; 个人分类: RNA-seq|1424 次阅读|0 个评论

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