科学网 › 标签 › 静电势

标签: 静电势

相关帖子	版块	作者	回复/查看	最后发表

没有相关内容

相关日志

计算表面静电势_APBS工具: 热度 1 duwenyi 2017-12-14 20:59; 以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ First release：2017-12-14 Last update: 2018-03-17 APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具，目前在多个软件中均有APBS的插件，如VMD、PyMOL等，但是笔者都使用过这些工具，发现Chimera软件的APBS工具是最方便的，效果图如下所示，适合于初学者，下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下，希望对学习APBS的初学者有所帮助。 1、下载安装Chimera软件，这是下载地址，笔者用的是1.11.2版本，Windows7平台 2、打开对应的结构，如下图所示，点击Tools——Structure Editing——AddH，为蛋白质结构进行加氢处理，这步也可以通过 PDB2PQR网站进行加氢处理 3、为蛋白质结构加电荷，点击Tool——Structure Edit——Add Charge，可以选择应用的蛋白质氨基酸的力场，点击OK即可， 4、进行APBS计算，点击Tool——Surface/Binding Analysis——APBS，设置输出路径以及文件名，点击OK，开始计算，根据体系大小的不同，计算时间不等，该体系在笔记本上计算了约20分钟 5、计算完成之后，会弹出如下的对话框，同时需要点击Actions——Surface——show，显示出surface模式，在图中对话框中的Color Surface中选择MSMS main surface of test，再点击color按钮，即可将计算得到的.dx文件应用到surface； 6、对得到的图进行修饰：点击color后得到的表面静电势图区分可能并不明显，如下图所示，需要手动调节色彩范围，默认的是红色为-10，白色为0，蓝色为+10 点击对话框中的Options，可以选择色彩的个数，本例中选择5个，并手动调节静电势数值对应的颜色，如下图所示，就可以做出漂亮的表面静电势图了。做完之后别忘记保存哦，点击File——Save Image，选择路径，即可保存漂亮的图片，还可以修改图片长和宽的分辨率（Image width/height）。如果觉得黑色背景不好看，可以手动调整背景为白色，操作步骤为Presets——Add Custom Preset，在category中选择background，再将background color改为白色即可。最后，如果你对分子模拟、量子化学感兴趣，或者对文章有什么问题，欢迎加入我们的交流群： qq群 580744615; 个人分类: 软件学习|10008 次阅读|1 个评论

怎么分析计算分子静电势表面---σ-hole: autodataming 2014-9-1 11:04; 背景：σ-hole存在于卤素原子X的头部，R-X，x本身带负电，但是其头部由于电子的缺少，会有一个正电荷区域。描述σ-hole包括Vmax，d以及ω，φ。首先 setp1 通过gauss优化分子结构，计算频率。（要不要再关键词中指定电荷？？？）得到chk文件。formchk xxx.chk,得到fchk文件 step2 利用multiwfn软件，分析分子静电势表面把软件和fchk文件放在同一个文件夹下面，这样更方便，不需要输入路径双击打开Multiwfn。根据提示，然后输入chk文件的名字，根据提示，选择12Quantitative analysis of molecular surface 根据提示，选择0 start analysis now！或者自定义参数后再分析电子密度参数默认是0.001；grid的大小默认是0.25等如果不需要计算ω，可以在pymol中计算其他3个参数，选择0 view molecular structure,surface minima and maxima计算Vmax 我们发现Vmax=-26.438513 然后点击图形界面上的return 回到命令行界面然后选择2export surface extrema as pdb file 得到了surfanalysis.pdb文件。里面是静电势极大点和极小点，分别用C原子和O原子表示。然后选择5 export molecule as pfb file 把分子保存为pdb格式起个名字。然后在pymol中打开这两个文件，就可以测量角度和距离了d以及φ。如果你要计算ω 可能需要用到VMD软件，支持电荷的读取，对于我选择的这个体系，由于卤素头部不存在正电荷区域，所以不在这个博文中演示ω的计算。我在下面的博文中会找一个一个卤素头部带正电荷的分子，进行演示。; 个人分类: DrugDesign|13348 次阅读|0 个评论

更多...

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

标签: 静电势

相关帖子

相关日志

关闭安全验证