标签: 提取序列

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提取指定位置的序列 extract fasta sequence by their position: 热度 1 shengweima 2014-11-9 17:12; 我们要获得100个基因的启动子序列（ATG上游2k），我知道了这些基因atg的位置。我习惯举例子来说明问题，小麦3B染色体序列我们已经有了，fasta格式，格式如下： 3B CAACCAGAAAATTCTTTGGTAGGCATGAAGGTCTCTGTCACTTGTTCGCCGTTGCTTCAA ATAATAAAGATCAATTATGCTGATTTTGTTGGGCCTAATACAAACTTGATTTACAAAATA AATAACATGTAGAAAACAAACCTTGATTGCAATTATAATTTTTTCCTTAAGGTATACATT GGTGGGAGAAGAAGTCCAACCAGTCATTTTCTCAATGTGATCCAATCAACTTAGCAACAA TAACGATCCTTGGTTTGACATAATTAATTCCACCACAAGGTTGGTGATGCACCCAACTTC TGAGCATTGGTGACCTAAACGCACAAGGAGGTTTGCTAGTAAAAACTAAGGAGAGTGCAC GGTGCAGTTATGATTAAGATCAATAGTGGTAGTTCAGTTTTAACTTTTTGCAATCACAGA GTCTTCTATTCATCCCGTTGCCTCCTATTACAACAATTTCTTCTATCTTTTGTTCCTCTT GCATGCTCTACATATTTATACCTAAGTTCAACTATCTCATGAAATACTAAGATGGTGTTG 假如我要获得这条序列的第3-10个碱基，和第11－20个碱基要提取的序列及位置信息放在1.txt 3B 3 10 3B 11 20 脚本 fastalocation.py python fastalocation.py 3B.fasta 1.txt 1.fa fastalocation.py; 9510 次阅读|1 个评论

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