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文献总结:具有社区结构的复杂网络构造模型
sjx19871109 2013-4-3 19:30
近几年,随着社交网络的兴起,社区结构(Community Structure)对复杂网络传播动力学的影响研究逐渐受到人们的关注。而相关研究往往离不开社区网络模型的构建,下面按时间顺序给出已有的几种构造模型,为便于引用,每种模型采用其作者姓名的大写首字母组成。 1 、 LM 模型 (作者: Chun-Guang Li , Philip K. Maini ) 构造方法: ( 1 )初始化 M 个社区,每个社区包含 m0 个节点,由这 m0 个节点组成完全图,在任意两个社区之间连接一条边(边的端点通过随机选取产生)。 ( 2 )每一步随机选择一个社区,向该社区添加一个节点,然后由该节点引入 m(1=m=m0) 条边,连接到社区内部其他节点,同时以概率 α 引入 n ( 1=n=m )条边 -1 个社区,其中,连接遵循 “ 度值优先 ” 的规则,即与社区内部某个节点相连的概率与该节点在社区内的度值成正比,所谓社区内的度值是指与该节点相连的社区内部边(边的两个节点属于同一个社区)数目。与其他社区的某个节点相连的概率正比与该节点连接的跨社区边(边的两个节点属于不同社区)数。 特点: ( 1 )生成的网络为无标度网络,度分布的幂指数为 3 。 ( 2 )可以得到网络社区结构的 Modularity 值的解析表达式。 2 、 LH 模型 (作者: Zong-Hua Liu , Bambi Hu ) 构造方法: ( 1 )初始化网络包含 N0 个节点,随机分为 m 个社区,每个社区节点数为 ni ,保证 n 1 +n 2 +...+n m =N 0 ,初始网络中不包含边。 ( 2 )对每一个社区,以概率 p 连接社区内部任意两个节点,从而得到 ni(ni-1)p/2 条社区内部边。 ( 3 )对于任意两个社区 i 和社区 j ,以概率 q 连接这两个社区之间的任意两个节点,从而得到 ni*nj*q 条跨社区边。 特点: ( 1 )令参数 σ=p/q ,通过调节 sigma ,就能控制网络的社区结构强度,当 σ=1 时,网络为随机网络,当 σ1 时(如 100 ),网络将具有明显的社区结构特点。这样,通过参数 σ 可以控制网络在随机网络和社区网络之间过度。 3 、 ZZCYW 模型 (作者: Tao Zhou, Ming Zhao, Guan-RongChen, Gang Yan, Bing-Hong Wang ) 构造方法: ( 1 )初始化 n 个社区,每个社区 m0 个节点,这 m0 个节点组成完全图,不同社区之间没有边。 ( 2 )每一步,向每个社区中添加一个节点(即每步总共添加 n 个节点),由每个节点引入 m 条边到社区内部, m' 条边到社区外部,与具体某个节点的连接遵循“度值优先”准则,即与该节点的度值成正比。 特点: ( 1 )生成的网络为无标度网络,度分布的幂指数为 3 。 ( 2 )将 C=m'/m 定义为社区强度, C 越大,社区强度越小,通过控制 C ,就能够控制网络的社区结构强度。 4 、 YFRW 模型 (作者: Gang Yan, Zhong-Qian Fu, Jie Ren,Wen-Xu Wang ) 构造方法: ( 1 )初始化一个包含 m0*c 个节点的完全图,分为 c 个社区,每个社区 m0 个节点,构成网络的社区核。 ( 2 )每次随机选择一个社区,向该社区添加一个节点,由该节点引入 m ( mm0 )条边,将这 m 条边中的 n 条连接到社区内其他节点,将剩下的 m-n 条边连接到其他 c-1 个社区,连接方式遵循“度值优先”准则。 特点: ( 1 )生成的网络为无标度网络,节点度分布的幂指数为 3 ( 2 ) 可以得到网络社区结构 Modularity 值的解析表达式。 ( 3 )与 LM 模型不同之处在于,网络初始结构不同。 5 、 CGZZ 模型 (作者: Xiang-Wei Chu, Ji-Hong Guan,Zhong-Zhi Zhang, Shui-Geng Zhang ) 构造方法: ( 1 )初始化 M 个社区,每个社区包含 m0 个节点,每个社区都是完全图,在任意两个社区之间连接一条边,边的端点通过随机选取产生。 ( 2 )每一步,随机选取一个社区,向该社区增加一个节点,同时由该节点引入 m 条边( mm0 )连接到相同的社区,与社区内某个节点的连接遵循 “ 度值优先 ” 准则,即与其度值成正比;同时,由该节点引入 n 条边,每条边以概率 q 连接到剩下的 M-1 个社区,具体做法时:首先以概率 q 生成一条边,然后随机从 M-1 个外部社区中选取一个社区,再按照 “ 度值优先 ” 准则连接到该社区内的某个节点。 特点: ( 1 )生成的网络为无标度网络,节点度分布的幂指数为 3 。 ( 2 )生成的网络为带权网络。 ( 3 ) 可以得到网络社区结构 Modularity 值的解析表达式 。 ( 4 )与 LM 模型不同之处在于,每次新加入的节点引入跨社区边的方式不一样, LM 模型中,将节点的度分为社区内部度值和社区外部度值,而这里则不分。 6 、 MJ 模型 (作者: Marcel Salathé, James H. Jones ) 构造方法: ( 1 )初始化 50 个小世界网络(即 50 个社区),每个社区包含 40 个节点,每个小世界网络采用 WS 模型生成(每个节点都有 8 个邻居),向整个网络中添加 2000 条边,保证每条边都是跨社区边,且两个节点之间最多只有一条边,这样,就得到一个包含 2000 个节点, 10000 条边的网络。 ( 2 )随机重连:随机选择一条跨社区边,将其一个端点 i 固定,另一个端点 j 重连到节点 j' ,其中 i 和 j' 属于同一个社区,且保证 i 和 j' 之间最多只有一条边,网络不会因为重连而具有多于 1 个的连通分量(即整个网络图仍然是连通的),这样,就将一条跨社区边变成了一条社区内部边。通过控制重连的变数,就能控制网络的社区结构强度。 特点: ( 1 )构造的网络具有小世界网络特点。 ( 2 )可以得到网络社区结构 Modularity 值的解析表达式,且 Modularity 值在 0.76 到 1 之间波动。 Li C, Maini P K. An evolving network model with communitystructure . Journal of Physics A: Mathematical and General, 2005, 38(45):9741. Liu Z, Hu B. Epidemic spreading in community networks . EPL(Europhysics Letters), 2005, 72(2): 315. ZhouT, Zhao M, Chen G, et al. Phase synchronization on scale-free networks withcommunity structure . Physics letters A, 2007, 368(6): 431-434. YanG, Fu Z Q, Ren J, et al. Collective synchronization induced by epidemicdynamics on complex networks with communities . Physical Review E, 2007,75(1): 016108. ChuX, Guan J, Zhang Z, et al. Epidemic spreading in weighted scale-free networkswith community structure . Journal of Statistical Mechanics: Theory andExperiment, 2009, 2009(07): P07043. Salathé M, Jones J H. Dynamics and control of diseases in networkswith community structure . PLoS Computational Biology, 2010, 6(4): e1000736.
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无标度模块网络上含有多个陷阱的随机游走
热度 1 Fudanzhangzz 2011-12-14 16:25
中文摘要 : 大量的实证研究表明,众多真实网络同时拥有无标度和模块结构两个重要性质,因此,研究这两个重要性质对于网络上各种各样动态过程的影响显得非常重要。本文研究了一类模块化无标度网络上两个含有多个陷阱的随机游走问题。首先,推导给出了一般网络上多个陷阱问题平均首达时间的一个普适公式,这里的平均首达时间指粒子从任意非陷阱节点出发首次被陷阱点吸收的期望时间。虽然所得公式的计算复杂度很高,但通过该公式计算出的结果是精确的,而且公式的计算方法与过程与陷阱点的数目及位置无关。接着,解析计算了所研究的两个随机游走问题的平均首达时间,并得到了解析结果,且所得解析结果与通过此前导出的普适公式得到的数值结果完全一致。在所考虑的两个随机游走问题中,平均首达时间都是节点数的幂律函数,但是它们的指数并不一样。这一结果表明,陷阱的数目和位置对于平均首达时间的度量大小起着十分关键的作用。文章结尾论证了两种情形下平均首达时间度量大小不同的根本原因在于网络的模块性和无标度性。这一工作有助于加深理解带有模块结构的无标度网络上的扩散问题,同时可以促进复杂随机网络上含有多个陷阱的随机游走问题的进一步深入研究。 相关结果已在《 Physical Review E 》上发表。 文章的发表 PDF 版本: Random walks in modular scale-free networks with multiple traps.pdf
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复杂网络社区结构划分方法
热度 1 郭崇慧 2009-4-30 08:38
随着对网络性质的物理意义和数学特性的深入研究,人们发现许多实际网络都具有一个共同性质,即社区结构。也就是说,整个网络是由若干个社区或组构成的。每个社区内部的结点间的连接相对非常紧密,但是各个社区之间的连接相对来说却比较稀疏 。揭示网络的社区结构,对于深入了解网络结构与分析网络特性是很重要的。如社会网络中的社区代表根据兴趣和背景而形成的真实的社会团体;引文网络中的社区代表针对同一主题的相关论文;万维网中的社区就是讨论相关主题的若干网站 ;而生物化学网络或者电子电路中的网络社区可以是某一类功能单元 。发现这些网络中的社区有助于我们更加有效的理解和开发这些网络。 在复杂网络社区结构划分的研究中,社区结构划分算法所要划分的网络大致可分为两类,一类是比较常见的网络,即仅包含正联系的网络(网络中边的权值为正实数);另一类是符号社会网络,即网络中既包含正向联系的边,也包含负向联系的边。因此划分网络中社区结构的算法相应分为两大类,而对于第一类网络又提出了许多不同的社区结构划分算法,划分第一类网络社区的传统算法可分为两大类,第一类是基于图论的算法,比如K-L算法 、谱平分法 、随机游走算法 和派系过滤算法 等;第二类是层次聚类算法,比如基于相似度度量的凝聚算法 和基于边介数度量的分裂算法 等。最近几年从其他不同的角度又提出了许多划分第一类网络社区结构的算法,大致可划分如下:基于电阻网络性质的算法 、基于信息论的算法 、基于PCA的算法 和最大化模块度 的算法 等。对于符号网络,Doreian和Mrvar提出了一种利用局部搜索划分符号网络社区结构的算法 ,且Bo Yang等提出一种基于代理的启发式划分符号网络社区结构的算法(FEC) 。 尽管复杂网络的社区发现问题得到了大量的研究,但还存在一些尚未解决的基本问题,如社区概念虽然大量使用,但却缺少严格的数学定义;大多数社区发现算法虽然性能优越,但所需计算量却很大。这说明复杂网络中社区发现的研究还需要付出大量的努力。 关于复杂网络社区发现问题更加系统深入的最新进展情况请看2009长篇综述文章 Community Detection in graphs by Santo Fortunato (arXiv:0906.0612) 参考文献 Girvan M, Newman M E J. Community structure in social and biological networks . PNAS, 2001, 99(12): 7821-7826. Newman M E J. Fast algorithm for detecting community structure in networks . Physical Review E, 2004, 69(6): 066133. Fell D A, Wagner A. The small world of metabolism . Nature(Biotechnology, 2000, (18): 1121-1122. Pool l, Kochen M. Contacts and Influence . Social Networks, 1978, (1): 1-48. Milgram S. The small world problem . Psychology Today, 1967, (2): 60-67. Kernighan B W, Lin S. An efficient heuristic procedure for portioning graphs . Bell System Technical Journal, 1970, 49: 291-307. Fiedler M. Algebraic connectivity of graphs . Czechoslovak Mathematical Journal, 1973, 23(98): 298-305. Pothen A, Simon H, Liou K P. Partitioning sparse matrices with eigenvectors of graphs . SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications. 1990, 11(3): 430-452. P. Pons and M. Latapy. Computing Communities in Large Networks Using Random Walks . Computer and Information Sciences. 2005,284-293. G. Palla, I. Derenyi, I. Farkas et al. Uncovering the Overlapping Community Structure of Complex Networks in Nature and Society . Nature,2005 435(7043): 814-818. G. Palla, I. Farkas, P. Pollner, I. Derenyi et al. Directed network modules . Phys. New. J, 2007,186. Tyler J, Wilkinson D, Huberman B. Email as spectroscopy: Automated discovery of community structure within organizations . International Conference on Communities and Technologies, 2003, 81-96. F. Radicchi, C. Castellano, F. Cecconi et al. Defining and identifying communities in networks . Eur. Phys. J. B, 2004, 101: 2658-2663. Wu F, Huberman B A. Find communities in linear time: A physics approach . Euro. Phys. J B, 2003, 38: 331-338. Rosvall M, Bergstrom C T. An information-theoretic framework for resolving community structure in complex networks . PNAS, 2007, 104(18): 7327-7331. Chonghui Guo, Liang Zhang. An Analysis Method Based on PCA for the Community Structure in Complex Networks . Operations Research and Management Science, 2008, 17(6), 144-149. Newman M E J, Girvan M. Finding and evaluating community structure in networks . Physical Review E, 2004, 69 (2): 026113. Clauset A, Newman M E J, Moore C. Finding community structure in very large networks . Phys. Rev. E, 2004,70: 066111. Duch J, Arenas A. Community detection in complex networks using extreme optimization . Physical Review E,2005,72: 027104. R. Guimer and L. A. N. Amaral, Functional cartography of complex metabolic networks . Nature, 2005, 433: 895-900. A. Medus, G. Acua, and C. O. Dorso. Detection of community structures in networks via global optimization . Physica A, 2005, 358: 593-604. J. Reichardt and S. Bornholdt. Statistical Mechanics of Community Detection . Phys. Rev. E, 2006, 74: 016110. Newman M E J. Finding community structure in networks using the eigenvectors of matrices . Physical Review E, 2006, 74(3): 036104. P. Doreian and A. Mrvar. A Partitioning Approach to Structural Balance . Social Networks, 1996, 18(2): 149-168. Bo Yang, William K. Cheung, and Jiming Liu. Community Mining from Signed Social Networks . IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering. 2007, 19(10): 1333-1348.
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