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如何在经典力场中引入cation-pi相互作用: richor 2018-7-18 15:42; 一维情况： prl paper ： http://www.sinap.cas.cn/xwzx/kydt/201511/P020151113421903466316.pdf 其中， Na+: ε=29.5 kcal/mol （管内，真空）， α =1.1 ， z m =8.6 Å ， λ=1.6 Å -1 水合条件下， ε=18.6 kcal/mol （管内）， ε=14.2 kcal/mol （管口） tclBC configure parameters in NAMD: tclBCon tclBCScript{sourcecation-pi.tcl} tclBCArgs{18.6} 其中 #cation-pi.tcl setzmax8.6 setlambda1.6 setPi3.14159265 proccalcforces{stepuniqueeps}{ globalzmaxlambdaPi while{ }{ if{ 22.9|| 23.0}{ dropatom continue } setz 2] setf addforce addenergy } } 二维情况： ( 其实也是一维情况 ) ε=-16.4 kcal/mol ， z m =3.8 Å 。 code: seteps16.4 setrm3.8 setrm4 setrm8 proccalcforces{stepunique}{ globalepsrm4rm8 while{ }{ setm if{$m22.9||$m23.0}{ dropatom continue } setz 2] setz4 setz8 setf addforce addenergy } } 三维情况：按同样的思路，是可以做的啊。 polarizable force field 去刻画 cation-pi 有困难。 2009Jacs ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19886661 这里给的静电的方法，原则上也可以用于不 binding 的情况。 2018 年，最新，这里计算了 TEA 与苯环之间的 cation-pi ，是溶液中，三维的。 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcb.7b11983 早期 amber 力场的建立者 Kollman 就考虑过这个问题： https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja00119a037 http://europepmc.org/articles/PMC2850561 这篇2007年的文章发现了真实蛋白含 Trp 色氨酸与 Cu(I) 的 cation-pi 相互作用。 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja208662z 这篇2011年的文章对该相互作用进行了进一步量化计算。; 个人分类: 分子模拟|3 次阅读|0 个评论

模拟小窝（SimulationWorld）网络课堂介绍: WTianSD 2016-11-30 15:12; 1. . 模拟小窝在网易云课堂推出系列分子动力学模拟的课程，包含基本理论、模拟软件、数据分析软件的介绍(目前包含分子模拟入门知识，LAMMPS软件，GROMACS软件，VMD软件)等等。课堂是一线科研人员精心制作的计算模拟技术入门和提升课程。课程系列以引导如何自学为目标，解决学什么、怎么学的问题；课程以授“渔”为宗旨。入门课程旨在缩短新手的入门时间，降低入门的门槛，实现新人尽快掌握模拟所需要的基本知识和基本技能课题地址： http://study.163.com/u/simuly 另外课程部分内容可以在优酷模拟小窝自频道观看： http://i.youku.com/i/UMjg3MDcwODM1Mg== 2. SimulationWorld微信公众号（扫描关注）：共享分子模拟的技巧，分享模拟经验和相关知识技能，打造国内利用分子模拟进行科学研究的交流平台；构建学习型互联网+社区，助力中国科学技术发展。; 个人分类: 模拟技术|7321 次阅读|0 个评论

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