科学网 › 标签 › 柔性对接

标签: 柔性对接

相关帖子	版块	作者	回复/查看	最后发表

没有相关内容

相关日志

用AutoDock进行分子对接教程——柔性对接: duwenyi 2018-1-31 11:29; 以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ Autodock 分子对接教程 First release：2017-01-31 Last update: 2018-01-31 Autodock 是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是 http://autodock.scripps.edu/ ，目前最新的版本是 AutoDock 4.2.6 ，包括 AutoDock 和 AutoGrid 两个模块， AutoDock 软件包下载地址为 http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/ ，包括 Linux 、 Mac OS 和 Windows 版本以及源代码。 AutoDockTools 是 AutoDock 对接的可视化程序，最新版本为 MGLTools1.5.6 ，下载地址为 http://mgltools.scripps.edu/downloads 。前面的文章和大家分享了 Autodock半柔性对接的方法，这篇文章为大家分享一下Autodock柔性对接（蛋白质的部分氨基酸设为柔性，对接的配体为柔性）的方法。本文没有像之前的半柔性对接教程那样详细，初学者如有看不懂的地方，请查看 Autodock半柔性对接中的步骤。本教程采用蛋白酶 1YT9 的晶体结构作为分子对接的受体，结构中的配体 IOS 作为对接的配体分子。 1 、从蛋白质数据库中下载晶体结构，用分子查看软件将配体 IOS 的结构提取出来 (pymol，viewerpro，Discovery Studio等软件均可) ，并用其他工具进行加氢，电荷，质子化状态确认，最后保存成为 lig.pdb 作为分子对接的配体结构； 2 、将晶体结构 1YT9 删掉配体 IOS 和多余的水分子，保存成为 protease.pdb ，作为分子对接的受体结构； 3、确定需要设定柔性的氨基酸（主要是在结合口袋附近的氨基酸，用很多软件都可以确定），本教程以pymol为例。用pymol打开1yt9.pdb文件，依次点击A ——preset——ligand sites——cartoon，可以看到与配体有相互作用的氨基酸，再点击其中氨基酸即可看到该氨基酸的序号，本文采用A链的D25、D30和B链的D25、D30四个氨基酸作为柔性氨基酸。 4 、用 AutoDockTools 打开 lig.pdb ，点击 Ligand——Input——Choose ，如下图所示，选择 ligand 作为 AutoDock4 对接的分子，点击后，软件会提示结构中有 41 个非极性氢原子， 18 个芳香碳原子， 18 个可旋转建等信息，点击确定即可； 5、选择Output输出为lig.pdbqt文件； 6、打开protease.pdb文件，先Input——Choose Micromolecule，选择protease。再展开左侧的三角形符号，分别选择前面确定的柔性氨基酸（ A链的D25、D30和B链的D 25、D30 ），然后点击Flexible Residues——Choose Torsions in Currently Selected Residues，将上面四个氨基酸设为柔性，点击 Flexible Residues——Output——Save Flexible PDBQT，另存为protease_flexible.pdbqt，另外Save rigid PDBQT，另存为protease_rigid.pdbqt； 7、选择 Grid——Macromolecule——Open ，点击选择protease_rigid.pdbqt; 8、设定grid box，输出为protease_rigid.gpf文件, 注意在Windows下保存时需要添加后缀名gpf; 9、点击 Docking——Macromolecule——Set RigidFilename ，选择protease_rigid .pdbqt 文件，再选择protease_flexible.pdbqt文件设置为flexible residue filename；最后输出为protease_lig.dpf，可以修改dpf文件中运行对接的次数；上述步骤参考 http://blog.sciencenet.cn/blog-3373966-1090704.html 最后，在Windows的cmd窗口下运行以下命令即可： 1、autogrid4.exe –p protein_ligand.gpf–l protein_ligand.glg 2、 autodock4.exe –p protein_ligand.dpf–l protein_ligand.dlg 柔性对接计算量比半柔性对接大很多，因此计算的时间也会长很多。另外，并不是每个对接计算都适合柔性对接，具体的柔性接需要根据蛋白质的实验数据和晶体结构数据来确定，初学者切忌盲目对接合理的计算结果建立在合理的软件操作之上最后，如果你对分子模拟、量子化学感兴趣，或者对文章有什么问题，欢迎加入我们的交流群： qq群 580744615; 个人分类: 软件学习|14906 次阅读|0 个评论

更多...

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

标签: 柔性对接

相关帖子

相关日志

关闭安全验证