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Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷: duwenyi 2018-3-17 20:06; 以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 First release：2018-03-17 Last update: 2018-07-22 原子电荷，顾名思义就是位于原子中心点的电荷，是对体系中电荷分布最为简单的描述。原子电荷可以帮助化学研究者们考察分子的性质，预测反应位点等。另外，原子电荷对于计算化学工作者来讲也非常重要，如计算分子描述符建立虚拟筛选模型，在分子动力学模拟中考察静电相互作用等等。既然原子电荷对于计算化学和非计算化学工作者来讲都很重要，那么有哪些原子电荷呢？这个可以参考sobereva老师的文章《原子电荷计算方法的对比》，其中am1-bcc和resp电荷计算方法在很多计算方法中有一定的优势，但是读者切不可盲目，应根据自己研究的实际情况来选择原子电荷计算方法，否则得不偿失。下面将为大家简述一下RESP电荷计算方法：是对化学体系中电荷分布最简单、最直观的描述方式之一 . 它有很多重要意义 , 比如帮助化学工作者研究 1、构建分子的结构文件，并存为.mol2文件 2、采用gaussian优化结构关键词如下： #pHF/6-31G*SCFPop=MKiop(6/33=2)iop(6/42=6)iop(6/50=1)opt 并在坐标的末尾输入两行，分别是“ligand_ini.gesp”和“ligand.gesp”，保存为ligand.gjf文件用Gaussian计算ligand.gjf文件，g09 ligand.gjf ，计算完成后得到ligand.out文件（不同分子耗时不同） 3、采用amber拟合resp电荷 antechamber-iligand.out-figout-oligand_resp.mol2-fomol2-pfy-cresp 计算完成后得到ligand_resp.mol2文件中即包含了所有原子的resp电荷。如果后续要做分子动力学，则需要将该ligand_resp.mol2文件转换为小分子的力场文件，计算过程如下： antechamber-iligand_resp.mol2-fimol2-oligand_resp.prep-foprepi parmchk-iligand_resp.prep-fprepi-oligand_resp.frcmod 最后，如果你对分子模拟、量子化学感兴趣，或者对文章有什么问题，欢迎加入我们的交流群： qq群 580744615; 个人分类: 技术交流|7119 次阅读|0 个评论

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