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怎样快速而准确地阅读科学论文（4）——结果(1): 热度 4 wucm1979 2018-7-12 12:28; 怎样快速而准确地阅读科学论文（4）——结果阅读(1) 吴崇明中国医学科学院药用植物研究所 chomingwu@163.com 接上文。阅读论文最核心的是阅读和理解论文提供的实验结果。这基本上没有什么技巧可讲，只要读懂了英文含义和实验内容，实验结果部分也就搞清楚了。除了对于初学者，时长会由于分不清结果的主次，眉毛胡子一把抓而忘记了看清整片森林之外，对于高年级学生和有些研究经验的人而言，论文的结果部分或许是很容易理解的。但是需要指出，理解了并不代表是读懂了，我们阅读论文的目的并不仅仅是看热闹，仅仅是为了浏览别人都做了哪些工作、得到了哪些结果而已，更重要的是，要理解作者进行研究的方法学和叙述故事的逻辑。学生学习是仰望老师，同行学习是与对方对坐辩论，而高手学习是站在高处进行俯视评判并向远方前瞻。这固然有个人经验和能力的差异，但无论是学生、同行还是高手，都应该具备思辨的思想，从思辨地角度看待问题，就让自己跳出了故事讲述人划定的范围，从圈子外面纵观全局，依靠自己的判断进行阅读，而不是被作者牵着鼻子走。讲思辨，首先要理解论文结果部分是用来做什么的。总体上讲，论文的结果部分是整篇论文的实际基础。作者需要用实验结果推导和支撑自己的主要论点。审稿人需要通过对实验结果进行判读，评价作者的证据是否充分、推导是否合理、结论是否正确、严谨和可信。而读者一方面要充当审阅人的角色，通过结果判读作者的结论是否可信，结果是否可以被自己所采纳；另一方面也充当学习者的角色，领会作者设计实验和讲述故事的独到之处，借鉴其解决问题的方法和技巧；同时还可能是作者工作的竞争者，发现论文设计的疏漏和可供挖掘之处，从而赶在作者前面完成并发表自己在相同问题领域的新发现。该如何做到思辨？不同的人有不同的理解和回答。在这里我只介绍我个人的一些粗浅理解。我想，首先我们要学会从全局着眼进行阅读。新学者阅读总是会纠结于全文的细节，非要逐段地读懂每一句话、每一个词语、每一个细节，否则就不敢继续往后阅读，生怕自己错过了什么重要的信息。结果阅读速度很慢，读得很累，但是读完之后却根本不知道作者到底在讲一个怎样的故事。因此，我建议初学者养成分步阅读的习惯。先通读结果部分的每一个子标题的含义，理解每个子结果的内部逻辑联系，从而掌握作者的结果呈现顺序和意图，抓住作者的写作和思考逻辑。给一个论文范例。 2018 年 6 月 26 日， PNAS 上发表了北京大学研究团队的一篇论文，题目是《 Chemoproteomics Reveals Baicalin Activates Hepatic CPT1 to Ameliorate Diet-induced Obesity and Hepatic Steatosis 》，讲述了利用定量化学蛋白质组学方法鉴定天然产物 Baicalin 降脂减肥的体内作用靶点的故事。这是我非常推崇的一篇研究报道，采用了大量的研究手段，提供了非常详实的研究数据，讲述了一个非常完整的药理学故事。各位有兴趣，可以下载该全文进行研读，相信一定会有不少收获。我先前曾写了一篇博文，讲述自己的阅读感受，有兴趣的话，可以参考阅读。《如何发现药物分子的体内作用靶点？化学定量蛋白质组学来帮忙》 http://blog.sciencenet.cn/blog-3384137-1118746.html 由于该论文采用的实验手段多样，实验结果丰富，每一个小实验结论都用多个不同角度的数据进行论证，所以逐字逐句阅读会是一个很痛苦和 boring 的过程。我们先阅读结果部分的小标题： 1. Baicalin Can Lower the Lipid Accumulation in High-Fat–Treated Cells. （ Baicalin 能够在细胞内降脂） 2. Target Profiling of Baicalin by SILAC-ABPP. （利用 SILAC-ABPP 技术寻找 Baicalin 的靶标谱） 3. Baicalin Targets Key Enzymes in Fatty Acid Oxidation. （ Baicalin 靶向脂肪酸氧化关键酶） 4. Direct Activation of CPT1A by Baicalin. （ Baicalin 直接激动 CPT1A ） 5. Structural Model for the CPT1A Activation by Baicalin. （ Baicalin 激动 CPT1A 的结构模式） 6. Baicalin Ameliorates DIO and Associated Metabolic Disorders in Mice. （ Baicalin 体内缓解代谢疾病） 7. CPT1A Activation Is Critical for the Antiobesity Effect of Baicalin. （激活 CPT1A 是 Baicalin 发挥减肥作用的关键机制）第一部分，讲述了 Baicalin 在细胞内具有降脂活性。这是药效研究，不用看具体数据也知道，作者会用多种不同的表征指标证明 Baicalin 在细胞内具有降脂活性。结合论文题目我们知道，这是论文的引子，下一步将利用化学蛋白质组学方法寻找其降脂的体内靶点。第二部分，利用 SILAC-ABPP 技术寻找 Baicalin 的靶标谱。这里 SILAC-ABPP 技术我们不清楚其意义是什么，但可以断定一定是标题的化学蛋白质组学。从小标题的字面可以看出，作者将在这部分讲述 SILAC-ABPP 技术的操作流程。第三部分， Baicalin 靶向脂肪酸氧化关键酶。这一定是 SILAC-ABPP 技术所得的结果，即发现 Baicalin 能够靶向一系列脂肪酸氧化关键酶。第四部分， Baicalin 直接激动 CPT1A 。已知 CPT1A 是脂肪酸氧化的一个关键限速酶，可以想见，在第三部分中，作者在考察完一系列脂肪酸氧化关键酶之后，最后聚焦在了 CPT1A 上。此部分就进一步研究 Baicalin 激动 CPT1A 的各种动力学参数。第五部分， Baicalin 激动 CPT1A 的结构模式。从标题可以知道，作者在此部分要研究 Baicalin 与 CPT1A 的具体氨基酸结合位点是哪些，以及 Baicalin 结合导致 CPT1A 的结构发生怎样的变化。第六部分， Baicalin 体内缓解代谢疾病。到此部分，作者将研究从体外细胞学转向了体内动物水平。和第一部分一样，这是为揭示 Baicalin 体内作用机制做的铺垫性研究。第七部分，激活 CPT1A 是 Baicalin 发挥减肥作用的关键机制。此部分，揭示了 Baicalin 降脂的体内作用机制。快速扫读论文结果部分的各个小标题，可以获得作者的研究过程和故事讲述逻辑。即先在细胞水平发现 Baicalin 的体内作用靶点，然后在动物体内进行验证，从而揭示 Baicalin 发挥降脂功效的药理作用机制。在细胞水平，作者先确认 Baicalin 的药效，然后采用 SILAC-ABPP 技术寻找 Baicalin 的直接结合蛋白，并从中遴选出最关键的结合蛋白—— CPT1A ，进一步剖析 Baicalin 激动 CPT1A 的具体分子方式。然后，将细胞学上的发现，在动物体内进行验证，证明 Baicalin 具有减肥功能，并且激活 CPT1A 是 Baicalin 发挥减肥作用的关键机制。从而完整地阐述了发现 Baicalin 体内结合靶点，并在体内外证明 Baicalin 发挥减肥作用的关键机制。这样，通过小标题阅读，我们就从整体上认识了作者的研究历程和写作逻辑，对整个故事的梗概有了大体认识。下一步，我们将进行每个部分的详细阅读，并在深度理解的基础上，对论文的结果进行评判。限于篇幅，将在后面分两个小文分别对上述两个阅读阶段进行阐释。; 13744 次阅读|5 个评论

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