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[转载]大数据分析: 华南海鲜市场不是新冠病毒发源地,11月下旬或已人传人
JKelp 2020-2-23 12:23
中新社昆明2月22日电 据中国科学院西双版纳热带植物园官方网站消息,该园联合华南农业大学和北京脑科中心,收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新冠病毒样本基因组数据(截至2月12日), 通过全基因组数据解析发现: 武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。 中国科学院西双版纳热带植物园官网截图 93个样本包含58种单倍型,演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是祖先单倍型,也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。 研究人员称,与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2,H8-H12,而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见,华南海鲜市场的新冠病毒是从其它地方传入,再在市场发生快速传播并蔓延。 另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。 此外,研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现,分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。 研究还显示,新冠病毒在2月12日前发生过2次明显种群扩张: 一次是2019年12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月下旬已开始人际传播,随后在华南海鲜市场加快; 另一次种群扩张发生在1月6日。 值得一提的是,为细分来源,研究人员将58种单倍型分成五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源,重庆和台湾的病毒有两个来源。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国,患者感染源至少有两个,尤其是美国包括了五个来源。特别值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,同时是澳大利亚、法国和美国以及中国台湾患者的传染源。 研究还表明,新冠病毒基因组没有发生重组事件。 中新社截图 相关阅读 :岩藻多糖,提取自葛洪《肘后备急方》收录的昆布,肘后备急方启迪屠呦呦提取青蒿素有效抗疟疾。 岩藻多糖的多种显著功效( 免疫力、抗病毒 、 协同VC抗氧化 、 胃肠调理、微生态 、 护肾 ),都与抗新冠病毒相关,值得关注 http://blog.sciencenet.cn/blog-2319157-1218661.html
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[转载]最早上报疫情的她 怎样发现这种不一样的肺炎
热度 1 zhgatcl 2020-2-2 15:47
最早上报疫情的她 怎样发现这种不一样的肺炎 原载 http://news.163.com/20/0202/09/F4CCIVU40001899O.html 2020-02-02 09:28:21 来源: 长江日报 张继先 在隔离病房查房 长江日报记者陈卓 摄 长江日报-长江网2月2日讯(记者田巧萍)她很忙,接受采访的时间一拖再拖,只是叫记者“等通知”。 1月30日中午12时9分,她说:“你可以来了。”记者放下炒了一半的菜,骑上摩拜赶到她所在的湖北省中西医结合医院(湖北省新华医院),等了十分钟,她从病房出来。 张继先,湖北省中西医结合医院呼吸与重症医学科主任,54岁,个头不足1.6米,话语轻柔,一双疲惫的眼睛透出和善。然而,就是这位温和的女医生,一个月前最早发现这场疫情苗头,并和院方一起坚持上报。 从早上忙碌到下午两点半,张继先才吃上中饭。长江日报记者陈卓 摄 7个相似病人4个来自华南海鲜市场 她判断“这肯定有问题” 2019年12月26日上午 ,医院附近小区的一对老两口因发烧、咳嗽看病,当时两人是自己走到医院来看病的,拍出来的胸部CT片,却呈现出与其他病毒性肺炎完全不同的改变。张继先让老两口叫来他们的儿子做检查,儿子没有任何症状,但CT一照,肺上也有那种表现了。 这一天,还来了一位华南海鲜市场的商户,一样的发烧、咳嗽,一样的肺部表现。“一般来说,一家人来看病,只会有一个病人,不会三人同时得一样的病,除非是传染病。”张继先给这些病人做了甲流、乙流、合胞病毒、腺病毒、鼻病毒、衣原体、支原体等与流感相关的检查,病人全部呈阴性,从而排除了流感。 张继先头脑中的疑团越来越大, 12月27日 ,她把这四个人的情况向业务院长夏文广、医院院感办和医务部作了汇报,医院立即上报给江汉区疾控中心。 12月28日、29日两天,门诊又陆陆续续收治了3位同样来自华南海鲜市场的病人,这一下就有7个一样的病人了。 张继先和同事正在商量工作。长江日报记者陈卓 摄 “这是我们从来没有见到过的病,同样来自华南海鲜市场的有4个病人了,这肯定有问题。”张继先判断,7个病人,症状和肺部表现一致,只是轻重有区别。张继先敏锐地意识到情况不对,立即又向医院进行了报告,并建议医院召开多部门会诊。 12月29日 下午1时,分管副院长夏文广召集了呼吸科、院感办、心血管、ICU、放射、药学、临床检验、感染、医务部的十名专家,大家对这7个病例进行了逐一讨论,影像学特殊,全身症状明显,实验室检查肌酶、肝酶都有变化,专家们一致认为,这种情况确实不正常,要引起高度重视。追问到还有两例类似病史患者,到同济医院、协和医院去治疗,留下来的地址也是华南海鲜市场后,夏文广副院长立即决定: 直接向省、市卫健委疾控处报告。 12月29日是星期天,省、市卫健委疾控处接到报告后快速反应,指示武汉市疾控中心、金银潭医院和江汉区疾控中心前往医院,开始流行病学调查。 傍晚,武汉市传染病定点收治医院——武汉市金银潭医院业务副院长黄朝林和ICU主任吴文娟来到湖北省中西医结合医院,逐一查看了这7个病人,接走了6位病人,其中轻症三位、重症三位,那一家三口的儿子坚决不去金银潭医院,留在张继先这里继续治疗,今年元月7日病愈出院。 张继先接受采访时坚定地说,疫情发现越早越有利于控制。“我们现在感觉自己做对了!” 2月1日,记者多方求证,各方信源均证实是省中西医结合医院最早上报疫情,并评价给政府及早监测疫情争取了时间。 敏锐和防护意识 来自于“非典”时期的锻炼 在收治那一家三口住院时,张继先在呼吸科病房隔出一块与其他区域相对独立的地方,建立了有9张病床的隔离病房。 湖北省中西医结合医院是离华南海鲜市场最近的两家三级医院之一。那6个病人被金银潭医院接走后,张继先的呼吸科门诊又陆陆续续收治了类似的病人。到元旦时,这9张隔离病床不够用了。 从发现那一家三口起,张继先就要求所有的呼吸科医护人员戴口罩。医院给他们科室批了N95专业防护口罩,“我们只有进入那个区域才戴N95,其他区域还是一般医用口罩。”张继先说。 与此同时,张继先嘱咐科室人员在网上订购了30套细帆布的白色工作服,12月31日那天,这批被她视为隔离服的工作服寄到了科室。 张继先正在穿戴防护服和眼镜,准备进入病房。长江日报记者陈卓 摄 自购的工作服被大家穿到了医生白大褂和护士服的里面。“不管怎么说,我们多穿一层,对自己防护就好一点。”张继先说。 这一套厚帆布的“防护服”一直到元月22日,钟南山院士明确新型冠状病毒感染的肺炎能够人传人,才完成它的使命。这一天,医院给他们配备了三级防护服。 元旦期间,湖北省中西医结合医院呼吸科的门诊量开始激增,由原来一天100人左右,增加到230人左右,收的像7个人那样的病人越来越多。张继先他们去给其他呼吸道慢性病住院病人做工作,让他们尽快出院,有的病人不愿意出院,医护人员就找各种理由劝说。 医院处处小心,因陋就简地把防护做到可能做到的极致。从最初收治那一批病人到现在,张继先所在的科室做到了无一例医护人员感染,无病人交叉感染。 张继先说,对传染病的防护意识生根于“非典”。2003年抗击“非典”时,时年37岁的她是江汉区专家组的成员,每天的任务就是下到各个医院排查疑似者。 “我从那个时候就有感觉了,什么叫公共事件,什么叫群体事件。”张继先说,医生看病,要问病人的住址、职业,这一下来了四个华南海鲜市场的,怎么会没有问题?“这就是‘非典’时期锻炼出来的思维。” 一位持续发烧的老者被家属架着来医院就诊,张继先马上让一名护士上去搀扶着去发热门诊 病人太多,医护人员太苦 “这次把一生的眼泪流光了” 原定采访张继先的时间是1月29日中午,记者出发时,接到医院党委书记邱海芳的电话:“您现在别来了,张继先主任在病房大哭!” 1月30日,记者当面问起张继先悲伤的原因,她说:“病人太多了,我们的医护人员太苦了!” 1月26日,湖北省中西医结合医院成为第三批定点医院,收治病人由医院统一安排。病人太多了,必须按轻重缓急来统筹。 有的病人病情发展太快,手段用尽,还是走了,张继先大哭;有时防护服快没有了,口罩快用完了,张继先大哭……张继先说,这个传染病,从来没有见过;这么多的病人涌向医院,从来没有见过。 “我这次把一生的眼泪流光了!”这一个月来,睡眠严重不足,体力严重透支,她竭尽了全力。 痛哭一场,她又一头扎进病房,那里是容不得她一丝马虎的战场。 采访中谈到逝去的生命和被感染的同事,张继先数次落泪。 长江日报记者陈卓 摄
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