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表面手性二维分子自组装结构的形成与调控 | 《国家科学评论》
sciencepress 2015-8-11 16:19
前手性及非手性分子在表面形成手性组装结构的示意图 手性(chirality)一词源于希腊语词干“手”,用于描述类似于人的左右手的对称特征。手性是宇宙间的普遍现象之一,大至星系旋臂、大气气旋,小到矿物晶体、有机分子,都和手性现象有关。手性在生命活动中也起着极为重要的作用,如作为生命活动重要物质基础的生物大分子包括蛋白质、多糖、核酸和酶等几乎全是手性的。 具体到二维层次上,如果一个物体不能通过平面内的平移和旋转操作与其镜像重合,我们就称其具有二维手性。相对于三维体系中的手性现象,发生在表面上的二维手性现象具有许多独特特征,如许多非手性分子在表面吸附时可表现出手性甚至形成手性组装结构。研究表面二维手性现象,不仅对多相手性催化、手性物质的分离与拆分、化学传感器等领域具有指导意义,在探索生命物质中的手性起源问题等方面均也非常重要。 最近,由中国科学院化学研究所 陈婷 博士、 王栋 研究员和 万立骏 院士共同撰写的综述文章“ 表界面手性二维分子自组装结构的形成与调控 ”在 《国家科学评论》 2015年第2期发表。这篇综述性论文简述了手性在表面的表现形式及其研究方法,阐述了固有手性分子在表面的吸附组装,重点介绍了非手性分子表面吸附组装过程中手性的产生和传递,以及分子结构、客体分子(手性或非手性)、组装微环境等对表面分子手性组装的调控作用,并分析了表面手性研究面临的关键问题,展望了表面手性研究的未来发展趋势。 万立骏院士和王栋研究员课题组在表面手性的形成、表面手性纳米结构的构筑与调控等方面展开了深入研究。例如,他们利用扫描隧道显微技术实现了对吸附在表面上的手性分子绝对构型的鉴别,观察到外消旋体在表面的二维结晶拆分,研究了非手性分子在固体表面的手性吸附组装,设计构筑了多种基于非手性分子的表面手性纳米结构,实现了对特定手性纳米结构的调控。他们还提出利用简单手性共吸附分子对表面组装过程的手性特征的控制策略,发现了固/液界面基于非手性分子的手性非线性放大现象,获得了具有整体单一手性的表面二维多孔网格结构,并从分子层次上阐述了非手性分子组装过程中手性的产生及其长程传递和放大过程。
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基于手性对狭义相对论与量子力学公式的数学推导和统一
HeYujian 2015-3-24 10:37
摘要 :根据经典牛顿力学,本文从手性运动角度推出了狭义相对论重要公式,同时从光子的手性运动角度导出了普朗克常数和相关量子力学公式,协调统一了相对论与量子力学的冲突与矛盾。 关键词 :手性,时空,相对论,量子力学,推导,统一 经典 牛顿力学 、相对论 和 量子 力学是物理学的三大 理论体系 ,但 它们 之间却存在内在的不相容性,主要表现在牛顿力学与相对论的时 空 与能量 是 连续且确定 的, 而 量子力学 的时 空 与能量是非连续(量子化)且不确定的 (非定域)。爱因斯坦于1946年曾指出:“迄今为止 想把量子论和相对论融合起来的一切努力都遇到了抵制”, 这仍是目前物理学的基本难题之一 。本文通过手性概念调和与统一了这些冲突与矛盾。 一 . 手性时空的数学描述与狭义相对论的推导 地球在时空上的右手螺旋自转与公转形成“地球轨道手性力场”,其在水平与垂直方向均有运动分矢量。学术界对经典 Michelson-Morley 的以太漂移实验( M-M 实验)的传统解释只考虑了地球相对于太阳的水平方向的运动。如果客观地同时考虑地球的水平与垂直方向运动, 1887 年的 M-M 实验的光 干涉条纹移动数目重新计算后的 理论值( 0.012 )接近于零但非零,与实验结果 (0.01) 相吻合 。这意味着 M-M 实验至少没有证明光速是恒定的,更没有证明牛顿力学 / 伽俐略理论是有问题的。 众所周知,光速恒定是爱因斯坦狭义相对论的基石之一。光速不恒定时,爱因斯坦狭义相对论如何办?广义相对论如何办? 本工作表明, M-M 实验事实上不支持光速是恒定的观点;而在光速可变的条件下,低速运行的参照系中狭义和广义相对论仍可近似成立,这给相对论找到了出路。 一)、左、右螺旋运动和手性时空的描述 轴矢量和极化矢量平行得到右手螺旋,反平行得到左手螺旋。不对称时空 ,由无穷多个对称点形成,可形成左或右手螺旋手性时空(点模型)(如图 1 )。 更详细内容,请下载: 基于手性对相对论与量子力学的统一.pdf 注:此文被收集在《中国化学会第六届全国分子手性学术研讨会论文集》,2014年11月6-9日(武汉,华中科大):P7-14。
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混沌狄拉克费米子系统中的手性(量子)疤痕
热度 2 xuhy07 2013-2-24 10:06
最近(2013.02.05),物理评论快报(Physical Review Letters)上发表了我们关于相对论性量子混沌的研究结果—— 混沌狄拉克费米子系统中的手性 (量子) 疤痕 。 这篇文章的发表算是对一份缓慢地进行了2年的工作(2010.12—2012.12)的一个阶段性的交代。工作的顺利完成,要感谢我周围所有人,特别感谢我的导师 黄亮教授 和亚利桑那州立大学(Arizona State University)的 来颖诚教授 以及阿伯丁大学的(University of Aberdeen) Celso Grebogi 教授,还有一直鼓励、支持我的家人——因为他们我安心学习。。。作为我研究生阶段的一次重要的科研经历,这对我后续的学习可能有格外的影响。故写此博文,当作纪念! ======================================== 附 Chiral Scars in Chaotic Dirac Fermion Systems.pdf Supplemental_Material.pdf 欢迎大家访问我们的研究小组 兰州大学物理学院计算物理与复杂系统研究所 ( http://icpcs.lzu.edu.cn/ )
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“手性”的起源
热度 2 simonstone 2013-2-2 11:48
手性起源无疑是化学和生物学共同的世纪难题之一,有人甚至认为这将是一个比宇宙起源中的对称性破缺更加难解的问题。但其实“手性”一词的起源同样曲折神奇,从一个侧面揭示了立体化学的发展历程,不妨简单回顾一二。 “手性”英文作 chirality ,词源上来自于希腊文词干“ kheir ”,意思是“手”。这个词最早是由大名鼎鼎的开尔文勋爵引入科学领域的,用以描述不能同自身镜像完全重合的空间结构。今天我们普遍使用“手性”一词描述那些可以具有天然旋光性的分子、晶体或者其它化学结构,“手性”的定义仍然遵从“不能同自身镜像完全重合”这一描述。 说到“手性”,就不能不把它同立体化学中其它两个相似名词进行比较:“不对称性”和“旋光性”。从严格意义上说,“不对称性”这种说法并不成立。我们知道分子根据其空间结构不同可以归属于各种分子点群,不同点群的阶数不同体现了对称性的高低;但即使是最低阶的 C 1 点群,由于具有 C 1 对称轴,仍然可以说具有一定的对称性。而我们常常认为的那些“不对称分子”,其实都有可能具有某些高阶对称性,也不仅仅只有 C 1 点群的分子才可能是不对称分子。下文还将继续说明它和“手性”之间的关系。“旋光性”则是一个实验性质,取决于实验条件、溶液浓度甚至是时间,与作为结构性质的“手性”有着明显不同。分子不具有旋光性,不代表没有手性;反过来,具有手性的分子也需要在适当的条件下才能表现出旋光性。 但是人们认识“手性”的历史,却是同刚才讨论的过程恰好相反的:首先是“旋光性”,然后是“不对称性”,最后才是“手性”。 1815 年,法国科学家比奥( J. Biot, 1774 -1862 )首先发现了某些有机物的水溶液能够使圆偏振光的偏振方向发生旋转,成为最早明确发现旋光现象的人。 1848 年是立体化学史上具有里程碑式意义的一年,法国科学家巴斯德( L. Pasteur, 1822-1895 )成功地从显微镜下拆分了外消旋酒石酸铵钠盐的两种晶体,从而把分子旋光性同化学结构联系到了一起,揭示了旋光性的产生具有结构上的根源。 巴斯德把分子旋光性同晶体的空间不对称性联系在一起,并且认为这种旋光性是由于分子结构或晶体排列中存在一些“不对称的螺旋结构”或者“不对称的四面体结构”导致的。在这种思维方式的指导下, 1874 年,范霍夫( J. H. Vant Hoff, 1852-1911 )和勒贝尔( J. A. LeBel )提出了碳原子的四面体结构学说,建立了立体化学。在他们的体系中,连接了四个不同基团的碳原子具有不对称性,因此是产生旋光性的根源。碳原子的空间结构这一革命性概念在当时解决立体化学问题中发挥了巨大作用。 但是随着研究的深入,人们逐渐发现所谓的“不对称性”和“旋光性”之间的关系并不是严格的对应关系。最初化学家们认可的不对称分子是指不含对称面和对称中心的分子,但有一些不含有对称面和对称中心、但具有 I 4 或者更高阶映轴的分子,按照定义应当是不对称分子,却是没有旋光性的。而具有旋光性的一些分子,例如酒石酸,同时又具有 C 2 对称轴,把它们归入“不对称分子”似乎也并不合理。为了解决这类问题,人们又提出了不对称( asymmetry )、非对称( dissymmetry )和对称( symmetry )这一系列概念,可是问题被这些概念变得更加复杂了。 就在化学家们在立体化学问题上大打笔墨官司的时候,“手性”一词已经由开尔文勋爵在 1884 年的一次讲座中提出来了。开尔文勋爵给出了我们今天通用的“手性”的定义,并且深刻地预见到这一几何学特性将在物质结构的描述中具有重大作用。但是直到 1904 年出版他的文集时,这次讲稿才公诸于世,而开尔文勋爵本人 1907 年的逝世又使得这一概念再次埋没。直到上个世纪五十年代,人们才逐渐认识到,决定分子旋光性的根本因素正是分子能否同自身的镜像重叠,之前对于分子对称性的讨论完全可以通过引入“手性”这一概念加以解决。英国化学家怀特( L. Whyte, 1896-1972 )在《自然》杂志上发表两篇通讯,大力提倡“手性”一词的使用。 于是到了 1966 年,有机化学家英格尔德( C. K. Ingold, 1893-1970 ,因在有机反应机理领域的开创性研究而著名)等在德国《应用化学(国际英文版)》上发表了一篇划时代的论文,详细阐述了分子旋光性的来源,提出了手性绝对构型的 R/S 标记法。他们的工作迅速被 IUPAC 采纳为国际命名标准。此后,有机化学和立体化学领域的主要教科书都开始采用“手性”代替之前的“不对称性”。经历了一个半世纪的“手性”发现和定名过程至此才划上了句号。 虽然“手性”一词为化学家们接受了,但围绕着手性的科学争议一直没有结束。人们至今还不能彻底解释清楚从分子结构上的“不能与镜像重合”如何导致宏观尺度上的旋光性,也不能很好地定量预测未知手性分子的旋光性能。甚至有些人还把“手性”上升到哲学层次进行讨论。围绕着“手性”,还有很多科学话题等待你我去探究。 1 、 Pedro Cintas, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 4016-4024 2 、尹玉英,大学化学, 1997 , 7(6) , 12-17 (原发表于2012年3月《清风化语》B刊上)
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经典迈克尔逊-莫雷(Michelson-Morley)实验的重新理论计算
热度 3 HeYujian 2011-10-23 10:04
经典迈克尔逊-莫雷(Michelson-Morley)实验的重新理论计算
博主按:一个月前(9月23日),国际媒体报道了欧洲学者们关于中微子超光速的实验,学术界与非学术界从不同的兴趣点和角度均很关注—至少我就如此。本人认为要搞清光速是否可变和是否可超光速,还需回到1887年的Michelson-Morley实验是否真的支持光速不变这个假说上来。 2011年9月14日我投了一稿(用“地球轨道手性”重新解释Michelson-Morley实验)到将于11月10-14日在浙江大学举行的“中国化学会第四届全国分子手性学术研讨会”。此文从手性角度对经典Michelson-Morley实验进行了计算修正与新解释,讨论了光速是否可变等重大基本科学问题。本着百花齐放百家争鸣特别是抛砖引玉的想法,将其放于此,供各位学术大侠从学术层面进行批评指正与讨论。因转入时格式原因,本博文中某些公式特别是特殊符号可能有乱码问题,请以PDF格式附件为准: EOC与光速效应-2011-9-14.pdf 。 “地球轨道手性”产生至今仍较少人关注的天然不对称(手性)力场,自上世纪90年代以来我自得其乐地研究它,发现它是迷人的处女地,有许多新鲜有趣且重要的东西可挖掘。它在物理、化学与生物学方面的某些可能重要效应与角色请见本博客博文: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=111310do=blogid=51398 。 用“地球轨道手性”重新解释经典 Michelson-Morley 实验 何裕建 1,* 戚生初 2 ( 1 中国科学院研究生院化学与化学工程学院,北京 100049 ) ( 2 北京大学化学与分子工程学院,北京 100871 ) 摘 要 :地球在时空上的右手螺旋自转与公转形成“地球轨道手性”,其在水平与垂直方向均有运动分矢量。本文引入这一客观事实对经典 Michelson-Morley 以太漂移实验进行了新解释,可合理说明: 1 )为什么实验结果 (0.01) 与理论预言 (0.4) 相差如此之大; 2 )为什么实验结果接近于零但非零; 3 )为什么实验结果还有日、年 / 季节性的变化等问题。 关键词: 迈克尔逊-莫雷( Michelson-Morley) 实验,新解释,光速,“地球轨道手性” 一、背景介绍 美国实验物理学家 A.A.Michelson ( 1852 -1931 )以精密测量光的速度和“以太”漂移实验而闻名于世, 1907 年获诺贝尔物理奖。他 于 1887 年与 E.W.Morley 合作 进行了 科学史上最著名的实验之一, Michelson-Morley(M-M) “ 以太”漂移 实验 。 该实验旨在利用光来测量地球相对于固定不动的“以太”的漂移运动。实验结果 (0.01) 与理论值 (0.4) 很不相符 。考虑到实验误差,被认为是“零”结果。 这“零”结果给绝对静止的 “ 以太 ” 观点致命的打击。这也似乎意味着自然界不存在绝对的惯性参照系,光在任何惯性参照系中、在同一惯性参照系的任何方向上的传播速度不受“以太”影响,即都相等。这动摇了经典物理学的基础。以此“零”结果为主要基础,爱因斯坦之后提出了光速不变原理和相对论。 M-M 实验是将 Michelson 干涉仪固定在地上,且使其两臂长度相等,均为 L 。设想“以太”相对太阳固定,则干涉仪将以地球绕太阳系公转的速度 v = 30 km/s 通过“以太”运动。设地球相对“以太”速度方向为自左向右,光源 S 发出的光经半反射膜镜 M 分成两相干光束,分别到 M 1 和 M 2 反射后又回到 M ,如果两路光回到 M 的时间发生变化,应该能观察到干涉条纹的移动,最后到达 T 处发生干涉 ( 图 1) 。 图 1. Michelson-Morley 实验示意图 由于 “ 以太 ” 的存在,使得光波在 “ 以太 ” 中的传播速度发生变化。当光束 2 以平行于 “ 以太 ” 风的方向运动,逆着 “ 以太 ” 风方向传播的光速为 C – v ,而顺着 “ 以太 ” 风方向的光速则为 C + v ,故光从 M 发射到 M 1 再回到 M 原点的往返时间为: ( 1 ) 式中 v 为地球公转相对于 “ 以太 ” 的运动产生的 “ 以太 ” 风速。当光线 1 以垂直于 “ 以太 ” 风方向往返运动,注意到由于 “ 以太 ” 风速 v 的影响,使光的实际传播方向发生变化,此时,如果仍然要求光能够垂直于镜面入射与反射,则要求发射光线方向与光的实际传播方向夹角为 a = arcsin(v/c) ,光线往返 M 与 M 2 的等效速率为 n ^ =(C 2 –v 2 ) 1/2 (图 1 )。所以光束往返于 M 与 M 2 的时间为: ( 2 ) 显然有 t 1 ¹ t 2 。两束光到达测试镜 T 的时间差为 : ( 3 ) 如果将整个装置转动 90 ° ,可得 D t' = - D t 。设转动过程中干涉条纹移动数目为 D N ,则: D N = 光程差 / 波长 = C ( D t - D t')/ l = C (2 Lv 2 /C 3 )/ l = 2 Lv 2 /( l C 2 ) ( 4 ) 在 1887 年 M-M 实验中,干涉仪的臂长 L = 11 m , v 为地球绕太阳的公转速度 30 km /s ,波长 l = 5.5 10 -7 m , C 为光速 3 10 8 m /s 。这样,式( 4 )中 D N = 0.4 ,即应该有 0.4 条光条纹移动。但意外的是,实验发现至多只有 0.01 条的移动 。考虑到实验误差,它被称为“零”结果。 在式 (4) 中,如果 D N = 0 ,因 L 、 l 和 C 不为 0 ,则只能是“以太”风的 v 取 0 才可成立。此结果可引申为地球的公转不产生“以太”风,或光的运动不受“以太”影响,或根本不存在“以太”,或 C 根本不受任何因素影响—即爱因斯坦的光速不变原理的假说,等等。 从 1904 至 1926 年,美国物理学家 D.Miller 与 Morley 等人合作,又多次重复了 M-M 实验,都得到了接近于零但并不为零的结果 。并且,令人吃惊的是,多个学者的实验表明,其 D N 且随时间有日(昼夜)和年 / 季节性的变化 。最近一些学者的工作进一步支持此现象 。 M-M 实验之后至今,其结果不断被许多学者重新验证、置疑或提出新解释。归纳起来的主要问题是: 1 )为什么理论预言与实验结果相差如此之大? 2 ) M-M 实验是零结果还是接近于零的非零结果? 3 )如何解释 M-M 实验的结果有日、年 / 季节性的变化? 4 )接近于零但非零的结果,能证明“以太”不存在、光速不变吗? 二、用“地球轨道手性”概念重新解释 M-M 实验 Michelson Morley 在 1887 年的论文中明确提出,考虑的仅是地球的公转运动,如果结合知之不多但效应可能不大的其它运动, M-M 实验的理论结果必须被修正 。现已明了,地球 在时空中的水平与垂直方向均有运动分矢量, 不仅围绕太阳公转 (~30 km/s) 也有自转,而且也伴随太阳有一个线性运动 (~20 km/s) ,导致地球在时空上的运动事实上是一个不对称右手超螺旋形式的轨迹(图 2 ),即“地球轨道手性” 。无疑,不仅地球的公转会影响 M-M 实验的结果,地球在太阳系中的其它运动也应会产生影响。 图 2. “地球轨道手性”运动: (a) 地球手性自旋运动, (b) 地球手性公转运动 1 )考虑地球伴随太阳在空间上的地球的线性运动 (v' = 20 km/s) (图 2 ),它与地球公转 (30 km/s) 相似,也应产生一个“以太”风效应。 为方便理解,本文以 M-M 实验在地球赤道上春分日的 12 点为例进行计算 ( 图 2-a 中的 * 点 ) ,且图 1 中的光线 1' 和 2 分别为垂直与水平方向。当光束 1' 以垂直方向通过 “ 以太 ” 风运动时,逆着 “ 以太 ” 风方向传播的光速应为 n ^ – v' ,而顺着 “ 以太 ” 风方向的光速则应为 n ^ + v' ,故光从 M 到 M 2 再回到 M 的往返时间应为: t 2 ' = L/( n ^ + v') + L/( n ^ - v') ( 这里 n ^ = (C 2 - v 2 ) 1/2 , v' = 20 km/s) (5) 两束光到达测试镜 T 的时间差应为: D t' = t 1 - t 2 ' = – ≈ L(v 2 -2v' 2 )/C 3 (6) 如果将整个装置转动 90 ° ,可得 D t'' = - D t' 。设转动过程中干涉条纹移动数目为 D N': D N' = 光程差 / 波长 = C / l = 2 L(v 2 -2v ' 2 )/( l C 2 ) (7) 将实验数据 L 、 l 、 v 、 v' 和 C 的值代入,得 D N' = 0.04 。它接近于零但非零,这是传统理论值 (0.4) 的 1/10 ,明显更接近 M-M 实验结果 (0.01) 。 考虑在地球的不同点和时间的 M-M 实验,理论结果会有不同的校正值,但均会明显低于传统的理论值 (0.4) 而更接近于实际结果。由式( 7 ),当 D N' ≠ 0 ,则说明 v 2 -2v ' 2 ≠ 0 ,也表明 v 和 v' 不同时为 0 ,即光的运动速度与地球在空间的相对运动速度与方向有关! 2) 当考虑到“地球轨道手性”伴随太阳在空间上的日、年 / 季节性的周期 ,在式( 7 )中, v 和 v ' 在水平和垂直“以太”风方向的分量将随地球的 日、年 / 季节性的周期运动发生对应变化。这意味着 D N' 随时间时刻在变,不能简单重复。因此,式 (7) 中干涉条纹移动数目 D N' 自然也会对应表现出节律性,从而可合理解释已报道的 M-M 实验接近于零但非零同时具有周期性的结果 。此外有趣的是,通过主动对时空引入不对称(手性)概念,可以较自然地得到类似于时空收缩与扭曲等结果或推论。相关详细的推导和计算另文报道。 三、结论 综上所述,在考虑了“地球轨道手性”的 水平与垂直方向的运动分矢量 后, M-M 实验可得到更合理的新解释: 1 )传统解释 因只考虑了地球水平方向的公转( v )而忽略了地球垂直方向的运动( v' ),导致其理论值 (0.4) 与实验结果 (0.01) 相差很大; 2 )校正后, M-M 实验的理论值之一为 0.04 ,是接近于 0 而不为 0 的结果,与实验结果 (0.01) 接近; 3 )由于地球运动的 v 和 v' 在水平与垂直方向的分量随日、年 / 季周期性变化, M-M 实验结果对应有日、年与季节性的周期性; 4 ) M-M 实验近零但非零的结果是合理可信的,光的运动速度与地球的相对运动速度( v 、 v' )和方向(水平、垂直)有关。 _________ 致谢 :中国科学院(研究生院)院长基金、美国李氏基金会基金和国家自然科学基金的支持。 * 联系人: Tel: 010-88256141, Fax: 010-88256092, Email : heyujian@gucas.ac.cn 主要参考文献 http://wwww.xuexi.biz/wuli/baike/20090722-4325.htm. A. Michelson, and E. Morley, "On the Relative Motion of the Earth and the Luminiferous Ether", American Journal of Science, Third Series, 1887, 34, 333. ( Michelson-Morley 1887年论文.pdf ) D. Miller, "The Ether-Drift Experiment and the Determination of the Absolute Motion of the Earth", Reviews of Modern Physics, 1933, 5, 203.( Miller 1933论文.pdf ) A. Michelson, F. Pease, and F. Pearson, "Repetition of the Michelson-Morley Experiment", Nature, 1929, 123, 88. A. Michelson, F. Pease, and F. Pearson: "Measurement of the Velocity of Light in a Partial Vacuum", Astrophysical J., 1935, 82, 26. R. Kennedy and E. Thorndike, "Experimental Establishment of the Relativity of Time", Phys. Rev., 1932, 42, 400,. M. Allais, "The experiments of Dayton C. Miller (1925-1926) and the theory of relativity", 21st Century, 1998, 11(1), 26-33. ( M Allais 1998论文.doc ) H. A. M ú nera, D. Hern á ndez-Deckers, G. Arenas, and E. Alfonso, "Observation during 2004 of periodic fringe-shifts in an adialeiptometric stationary Michelson-Morley experiment", Electromagnetic Phenomena, 2006, 6(1), 70-92. Y.J. He, Z.F.Dai, L.X.Zeng, C.J.Li, F.Qi, S.C.Qi, "Earth’s Orbital Chirality and its possible role in biomolecular evolution", NeuroQuantology, 2008, 6(2):119-125. The Re-explanation of Michelson-Morley Experiment Using " Earth’s Orbital Chirality" Yujian He 1,* , Shengchu Qi 2 ( 1,* College of Chemistry and Chemical Engineering, Graduate University of the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, Email: heyujian@gucas.ac.cn,Tel: 010-88256141) ( 2 Department of Chemistry and Molecular Engineering, Peking University, Beijing 100871) The famous Michelson-Morley Experiment was re-explained considering the “ Earth’s Orbital Chirality” to solve the following problems: 1) why there is such a big difference between the expected and experimental fringes, 2) why the fringe is near 0 but not 0, 3) why there are periodic fringes depending on the circadian and annual rhythms, and so on. Keywords : Michelson-Morley Experiment, Re-explanation, Velocity of light, Earth’s Orbital Chirality
个人分类: 学术园地|13993 次阅读|15 个评论
治疗爱滋病的药物分子 nevirapine 真的具有手性吗?
chemicalbond 2010-12-17 11:40
Nevirapine 是用于治疗爱滋病的药物,它是一个 HIV1 reverse transcriptase的抑制剂。 近日,几个印度人声称从天然产物中找到了这个分子,而且是纯手性的【1】。那篇文章由于缺乏足够的数据引起一个博客和大量读者的质疑【2-3】。(是的,在这一点上,它和前些日子 《科学》杂志的砷基生命文章 有点相似) 科学网上的化学人士也不少,那么你们看看下面它的二维结构:说说看,它哪来的手性啊? 我昨天查了一下剑桥小分子晶体结构数据库(CSD),下载了所有找到的结构,再进行分子叠合(superposition)。有意思,确实存在两个不同的结构,而且有一个晶体里面就同时存在两个结构【4】。下面是那两个结构放在一起的效果,看来真是有手性了。这应该是由于分子内的空间障碍(张力)使得3个共轭的环没有在同一个平面,两种不同的pucking导致2个不同的结构。 问题是两个结构的能量差别是多少(估计会很小),两者之间相互转换的过渡态能量又有多高。如果那个能垒不大的话,两个结构之间就可能互相转换,就谈不上手性了。这就需要做些高精度的能量计算了,谁有时间和兴趣可以试试,至少可以发篇JACS的通讯吧。不过,发表文章的时候别忘了引用一起我的博客,呵呵。 另外,我查了一下它在PDB数据库的结构。虽然蛋白会有些细微的差别,比如一两个mutations,而小分子的结构叠合之后几乎完全相同。感兴趣的分子模拟者可以试试CSD中的另外一个结构是否可以对接到蛋白的 活性中心 。有意思的是,这么一个有名的药物分子竟然和蛋白之间几乎没有任何极性相互作用。难道分子中的那些极性原子只是为了溶解度和其它物理性质?很明显,对于这个体系,分子形状和蛋白活性中心空腔的匹配是非常的重要 。【更正,nevirapine 和 HIV1 reverse transcriptase 结合时,并不是作用在酶的活性中心,而是距离大概10A的一个allostericsite。不过,nevirapine结合上去之后,改变了那个酶的活性中心结构,使得它失去了活性:病毒的RNA到DNA的转换通道就被截断了。】 参考资料 【1】 Tetrahedron , 2011, 67(2), 452-454 【2】 http://pipeline.corante.com/archives/2010/12/15/chiral_what_chiral_how.php 【3】 http://pipeline.corante.com/archives/2010/12/15/what_a_paper_doesnt_have_in_it.php 【4】 Crystal Growth Design, 2007, 7 (10), pp 20162023
个人分类: 科普与新知|4014 次阅读|0 个评论
我的宝贝(4):几只左手性的蜗牛
antiscience 2010-12-5 14:49
左手性蜗牛,购于北京、河北、湖南、福建等地。原产于中国南方和印尼等地。下面几种中,有的一只5元,而有的一只达800元。我收藏这些,只是觉得好玩。 图A:三个不同的种。均是 Amphidromus 属的,另有一只2008年才命名的 Amphidromus rottiensis B:上一图中三只蜗牛的另一面。 C:中国产的两只左手性蜗牛。 D:上一图中蜗牛的另一面。
个人分类: 生活点滴|4867 次阅读|4 个评论
我的宝贝 (3):反旋盔螺
antiscience 2010-12-4 17:52
我的一只反旋盔螺( Busycon contrarium ),也称左旋香螺。购于佛罗里达。照片A收入《天涯芳草》的一个附录中。 注:背景文字用来表明此照片没有造假,另外也能知道其相对大小。 A: 保留有口盖(厣)的反旋盔螺。 B: 下面的一只是大法螺。两只螺的手性正好相反。
个人分类: 生活点滴|4291 次阅读|2 个评论
DNA在核小体上的手性你注意了吗
热度 2 anny424 2010-9-19 11:02
刘华杰老师曾发现一些植物分类学书籍上植物的手绘图手性出现过错误,本来右旋的画成左旋,或是左旋画成右旋。 最近发现在核小体手性上也有类似的手性问题出现,例如这篇文章Nature Reviews Genetics 11, 476-486 | doi:10.1038/nrg2795,插图中的DNA都画成了右旋在组蛋白上。 再看看下面的图,doi:10.1038/nrg2522 Approximately 147 bp of DNA coils 1.65 times around the histone octamer in a left-handed toroid 2 . 2. Luger, K., Mader, A. W., Richmond, R. K., Sargent, D. F. Richmond, T. J. Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 resolution. Nature 389, 251260 (1997). 看出区别了吗? 自己动手,拿根绳子,按右旋方向扭转,直到绳子自己缩到两根缠在一起,看看这两根是不是左旋啦! 话说DNA有右旋的也有左旋的(Z-DNA),核小体是否也有右旋的呢? R ight-Handed Nucleosome: Myth or Reality? doi:10.1016/j.cell.2009.12.014 In their recent paper in Cell , Furuyama and Henikoff, 2009 (doi:10.1016/j.cell.2009.04.049) report that nucleosomes in centromeres may be right-handed, that is, they wrap DNA in a right-handed manner and induce positive supercoils. This raises intriguing new questions, such as how centromeric histone variants may be assembled into right-handed particles, and why chromatin would retain negative supercoiling in chromosome arms but positive supercoiling in centromeres. We wish to comment on these new findings in the context of topological insights that we have gained from recent in vitro experiments with centromeric nucleosomes and single chromatin fibers submitted to torsional constraints and from 3D modeling of chromatin dynamics. We will also discuss alternative compositions of centromeric nucleosome particles and suggest potential mechanisms by which local positive supercoiling may be established.
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Wiley出版的《手性》发文统计与投稿指南
wanyuehua 2010-3-1 05:55
万跃华 2010年3月1日 Chirality 《手性》美国 ISSN:0899-0042,1989年创刊,月刊, SCI 收录期刊, Wiley-Blackwell出版社(WILEY-LISS, DIV JOHN WILEY SONS INC, 111 RIVER ST, HOBOKEN, USA, NJ, 07030)出版,入选 Web of Science的Science Citation Index 和Science Citation Index Expanded,目前在SCI数据库可以检索到该期刊1989年的第1卷到2010年的第22卷第2期共2222篇论文。 该刊 SCI 2004 年影响因子 1.976 、 2005 年影响因子 2.072 、 2006 年影响因子 2.165 、 2007 年影响因子 2.436 、 2008 年影响因子2.212 , 2008 年 5 年期影响因子 2.232 。 SCI收录该刊的2222篇文章包括学术论文1685篇、会议论文372篇、评论73篇、社论38篇、更正22篇、通讯6篇等。 2222 篇文章的主要国家分布:美国536篇,日本283篇,意大利244篇,德国192篇,法国150篇, 中国 144 篇(其中台湾地区 22 篇), 英国127篇,匈牙利86篇,瑞典84篇,瑞士82篇,波兰70篇,加拿大54篇,奥地利45篇,西班牙43篇,巴西40篇等. 中国学者在该期刊发表论文的主要单位有中国科学院(CHINESE ACAD SCI)27篇,浙江大学(ZHEJIANG UNIV)13篇,兰州大学(LANZHOU UNIV)12篇,中国农业大学(CHINA AGR UNIV)10篇,浙江工业大学(ZHEJIANG UNIV TECHNOL)7篇,深圳大学(SUZHOU UNIV)6篇,中国医学科学院(CHINESE ACAD MED SCI)、第四军医大学(FOURTH MIL MED UNIV)、香港理工大学(HONG KONG POLYTECH UNIV)各5篇等。 中国学者在《手性》期刊上发文122篇(不包括台湾地区)文章共被引用625次,其中2006年被引用58次、2007年被引用81次、2008年被引用114次,2009年被引用182次,2010年被引用31次,平均引用5.12次(该刊的平均引用11.31次), H指数为13(有13篇文章每篇最少被引用13次)。其中在该刊被引用最多的是厦门大学(Xiamen Univ)发表在2000年第12卷5-6期383-388页的论文New chiral catalysts for reduction of ketones被引37次 。 《手性》从创刊至今的2222篇文章共被引用25136次,其中2006年被引用2194次、2007年被引用2000次、2008年被引用2548次,2009年被引用2582次,2010年被引用492次,平均引用11.31次, H指数为53(有53篇文章每篇最少被引用53次)。 统计该刊1995-2010年1724篇文章的参考文献发现,1724篇文章共引用了31763篇参考文献,其中下面刊物被该刊引用最多Journal of the American Chemical Society (2,142) 篇、Journal of Organic Chemistry (1,242) 篇、Tetrahedron Letters (1,185)篇、Tetrahedron Asymmetry (933) 篇、Journal of Chromatography A (914) 篇、Chirality (890)篇、Tetrahedron (710)篇、Angewandte Chemie International Edition (389)篇、Analytical Chemistry (315)篇、Journal of Medicinal Chemistry (307) 篇、Chemical Communications (302) 篇、Organic Letters (299) 篇、Nature (257) 篇、Chemical Reviews (253) 篇、Journal of Chromatography (246) 篇、Journal of Chemical Physics (227) 篇。 该刊在SCI 数据库被引最多的10 篇论文: 1.标题: EVALUATION OF THE MACROCYCLIC ANTIBIOTIC VANCOMYCIN AS A CHIRAL SELECTOR FOR CAPILLARY ELECTROPHORESIS 作者: ARMSTRONG DW, RUNDLETT KL, CHEN JR 来源出版物: CHIRALITY 卷: 6 期: 6 页: 496-509 出版年: 1994 被引频次: 236 2.标题: COVALENTLY BONDED TEICOPLANIN CHIRAL STATIONARY-PHASE FOR HPLC ENANTIOSEPARATIONS 作者: ARMSTRONG DW, LIU YB, EKBORGOTT KH 来源出版物: CHIRALITY 卷: 7 期: 6 页: 474-497 出版年: 1995 被引频次: 220 3.标题: THE FDA PERSPECTIVE ON THE DEVELOPMENT OF STEREOISOMERS 作者: DECAMP WH 来源出版物: CHIRALITY 卷: 1 期: 1 页: 2-6 出版年: 1989 被引频次: 210 4.标题: Absolute configuration determination of chiral molecules in the solution state using vibrational circular dichroism 作者: Freedman TB, Cao XL, Dukor RK, et al. 来源出版物: CHIRALITY 卷: 15 期: 9 页: 743-758 出版年: NOV 2003 被引频次: 148 5.标题: Determination of the structure of chiral molecules using ab initio vibrational circular dichroism spectroscopy 作者: Stephens PJ, Davlin FJ 会议信息: 7th International Conference on Circular Dichroism (CD 99), AUG 22-25, 1999 MIERKI, POLAND 来源出版物: CHIRALITY 卷: 12 期: 4 页: 172-179 出版年: 2000 被引频次: 142 6.标题: Molecular imprinting technology: Challenges and prospects for the future 作者: Ramstrom O, Ansell RJ 来源出版物: CHIRALITY 卷: 10 期: 3 页: 195-209 出版年: 1998 被引频次: 138 7.标题: STEREOSELECTIVE HYDROLYSIS OF TRIGLYCERIDES BY ANIMAL AND MICROBIAL LIPASES 作者: ROGALSKA E, CUDREY C, FERRATO F, et al. 来源出版物: CHIRALITY 卷: 5 期: 1 页: 24-30 出版年: 1993 被引频次: 132 8.标题: Chiral ionic liquids: Synthesis and applications 作者: Ding J, Armstrong DW 来源出版物: CHIRALITY 卷: 17 期: 5 页: 281-292 出版年: MAY 15 2005 被引频次: 124 9.标题: Chiral reagents for the determination of enantiomeric excess and absolute configuration using NMR spectroscopy 作者: Wenzel TJ, Wilcox JD 来源出版物: CHIRALITY 卷: 15 期: 3 页: 256-270 出版年: MAR 2003 被引频次: 118 10.标题: Optical rotation: Recent advances in determining the absolute configuration 作者: Polavarapu PL 来源出版物: CHIRALITY 卷: 14 期: 10 页: 768-781 出版年: NOV 2002 被引频次: 116 该刊主要刊载分子不对称性及其在生物或化学过程中的作用方面的论述,侧重手性分子的药理、生物与化学特性方面的研究。 Chirality 《手性》投稿指南: 网址: http://www3.interscience.wiley.com/journal/37532/home 编委会: http://www3.interscience.wiley.com/journal/37532/home/EditorialBoard.html 作者指南: http://www3.interscience.wiley.com/journal/37532/home/ForAuthors.html 在线投稿: http://mc.manuscriptcentral.com/chir
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地方性知识与博物学
antiscience 2009-12-22 20:33
本文出处:刘华杰,植物的茎向左转还是向右转?漫话地方性知识与博物学,见:《首都科学讲堂:名家讲科普》(4),周立军主编,中国出版集团、中国对外翻译出版公司, 2009 年 11 月,第 143-170 页。 纸质版与下面的内容略有差别,请以质纸版为准。 附件为PDF全文,图片只留下两张。请不要在别的网站转贴。 点击可下载如下PDF文件: (1) 博物学 (2) 稍不同的另一版本
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紫藤属检索表中的左与右
antiscience 2009-11-16 09:01
中国植物志中并没有清晰定义何为左何为右,在豆科紫藤属检索表中的左与右的含义,其实与数理科学的含义正好相反。一开始我以为科学界对于左右的定义是一样的,因此上了当。 下图取自《中国植物志》:
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左旋香螺
热度 1 antiscience 2009-6-20 07:16
左旋香螺( Busycon constrairium ),腹足纲-骨螺超科-香螺科动物,购于美国。口盖保存完整。英文称Lightning Whelk。栖息地为近海砂底。 你见过左手性的贝壳吗?左手性的贝壳非常少,多数人可能从来没有见过左手性的螺。对称破缺的原因似乎还不大清楚,哈佛大学古尔德研究过这个问题,但也没有给出令人满意的回答。
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GMT+8, 2024-5-18 10:57

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