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如何用 liquidtext 高效阅读分析文献？: wshuyi 2020-5-27 21:57; 题图：Photo by Alina Grubnyak on Unsplash 读文献，最忌讳的就是线性阅读。要想把文献读出层次，构建成网络，从而提升理解和吸收效率，你就需要一款合适的工具了。我之前写过一篇《如何高效读论文？》，很受读者欢迎。回顾一下，在那篇文章中，我们提到过，要想提高论文阅读的效率，一定要避免线性阅读的传统方法。你要学会抓住重点，不断探索自己是否愿意读，以及衡量文章的质量。当然，如果文章价值很高，却实在读不懂，我在另一篇文章里，也给你提供了应对的方法。相信你从那儿以后，也尝试了利用 Peter W. Carr 教授提供的这种思路，阅读论文更加灵活。但是你也会体会到理论和实践中的差距。如果工具不给力，总还是觉得有些麻烦和挫折感的。例如说如果你喜欢电子阅读的方式，在平板电脑或者笔记本上面读文献、做笔记，你会发现目前市面上大部分的阅读工具，还依然都是线性的。这种线性无关乎浏览。毕竟只要有翻页功能，你跳过去阅读都没问题。关键问题，在于链接。如果你不能把前后文里面的重点有效链接起来，那么其实你很难「跳」得动，「跳」得勤，「跳」得远。因为你这一跳动，上下文就全都丢了。好不容易形成的心流体验，好不容易碰触的思想火花，就因为「跳」不回去，中断了，熄灭了。有人因此不得不退化到纸笔模式。所有论文都打印出来，然后用各种颜色的水笔甚至是便利贴来进行标注。有必要的时候拿出剪刀把论文大卸八块，然后再贴起来…… 这样虽然灵活性好了许多，似乎也能够很好地联系关键点和上下文。可问题是，你积累的东西越多，后面重新整理成电子版的成本就越高。当然，如果你能做到毫不拖延，每次都可以把一堆浆糊粘好的材料条分缕析加以录入整理……我只能表达对你强劲执行力的钦佩了。一般人，会拖延，然后干脆放弃整理。那你所有记的东西都白费了。后面难以有效检索调用，甚至会不知道扔在了哪里。所以，我不建议普通人，尤其是懒人（例如我自己），去做这种高难度挑战。你还是尝试一下现代化的阅读和笔记工具吧，效果会好一些。好的工具，可以让你在非线性阅读的同时，帮助你勾连各种要点，并且完整保管好上下文，让你在调用的时候如鱼得水，整理的时候游刃有余吗。有这样的好工具吗？当然有。我今天给你介绍的这款应用，叫做 LiquidText。它曾经获得过苹果应用商店的编辑选择奖，以及被评为年度最具创新 iPad 应用。你可能会好奇，在文献阅读和笔记应用领域，有这么多的产品，早已是一片红海了。什么功能没有被开发出来过？怎么还会给新来者一个足够的容身之地呢？为了解答你的这些疑问，我专门为你录制了一期视频教程，用实际的例子，给你介绍 LiquidText 的使用方式和突出特色。顺便，我还提到了如何把它和 Roam Research 等工具相结合，从而更好地应用「第二大脑」，帮你进行高效思考和卡片式网络链接。当然，和咱们前面介绍过的「文献回顾工具篇」联系起来，你从「文献阅读」到「分析整合」，再到「整理输出」的链条，就算是完全打通了。视频地址在这里。欢迎你看后把感受和问题写在留言区，咱们一起交流讨论。喜欢别忘了点赞，并及时写下你的感受与评论。也欢迎你转发给亲朋好友，让他们也加入咱们的讨论中来。别忘了关注我的专栏“玉树芝兰”，以免错过更多的更新推送。延伸阅读你可能也会对以下话题感兴趣。点击链接就可以查看。如何快速写作论文初稿？如何用卡片法写论文？如何高效实践卡片式写作？如何用人工智能帮你找论文？如何选研究题目？; 4274 次阅读|0 个评论

水稻β-三酮类除草剂广谱抗性基因: zhoutianshun 2019-10-14 20:01; 水稻 β- 三酮类除草剂广谱抗性基因的鉴定名称： A rice gene that confers broad-spectrum resistance to β-triketone herbicides 期刊： Science 作者及其第一单位： Hideo Maeda, et al, Yuzuru Tozawa ( 日本国家农业与食品研究所 ) DOI ： 10.1126/science.aax0379 为保证作物的正常产量，生产上通常会利用除草剂控制杂草的产生。但长期除草剂的应用会促使杂草出现抗药性，因此除草剂和除草剂抗性基因的综合利用对于作物育种具有重要的意义。 β- 三酮类除草剂（ b-Triketone herbicides , bTHs ）通过抑制 4- 羟基苯丙酮酸双加氧酶（ 4-hydroxy-phenylpyruvate dioxygenase , HPPD) 活性，从而达到控制杂草的目的。双环磺草酮 (bTH benzobicyclon, BBC) 是 β- 三酮类除草剂的一种，在水田杂草控制中应用广泛。研究表明，一些高产的水稻品种对 BBC 敏感，因此在利用 BBC 控制水稻杂草时，容易造成水稻的死亡。 (A) BBC 及其水解产物 BBC-OH 的结构 (B) BBC 处理对 Koshihikari, Momiroman 和 Habataki 的影响 (C) BBC 的浓度梯度对 Koshihikari (HIS1) and Momiroman (his1) 的影响研究者利用 Tachisugata ( 抗 BBC) 和 Momiroman (BBC 敏感 ) 杂交产生的 BC1F2 进行初定位，并进一步利用 Habataki (BBC 敏感型，籼稻 ) 和 Koshihikari ( 抗 BBC ，粳稻 ) 不断回交产生的染色体片段置换系进行高分辨率的定位。发现 BBC 的敏感性由一对隐形基因控制，且定位到 2 号染色体约 116.4Kb 的区间，其中包含 11 个候选基因，该基因的野生型命名为 HIS1 (HPPD 抑制剂敏感型 1) 。 Os02g0280700 编码 351 个氨基酸的 Fe （ II ） /2- 酮戊二酸依赖型加氧酶蛋白，序列分析发现 BBC 敏感型品种的第Ⅳ外显子缺失 28bp ，造成无义突变。 BBC 处理时， Os02g0280700 Tos17 突变体 NG6511 和 NF8046 表现为白化表型。杂合突变体的自交后代的 BBC 敏感性和抗性与基因型完全连锁。此外，突变体对磺草酮和甲基磺草酮也很敏感。表明 Os02g0280700 是 BBC 和其他 bTHs 除草剂的抗性基因。 (D) HIS1 的克隆 (E) BBC 的浓度梯度对日本晴 (NB, HIS1) 和纯合突变体 NG6511 and NF8046 的影响 (F) 四个 bTHs 的结构 (G) bTHs 对 Nipponbare, NG6511 (NG) 和 NF8046 (NF) 的影响。水稻品种育种史表明 HIS1 的等位基因 his1 （ 28bp 缺失）来源于 Peta （籼稻），且主要存在与现代籼稻品种，而大多数的粳稻品种主要是 HIS1 基因。水稻中有 6 个 HIS1-like 基因 (HSL), 且高度保守。 5 个 HSL(1/2/4/5/6) 位于 Chr6 以基因簇的方式存在。进化分析表明，植物中的 HSL 基因可能拥有相同的功能。 HIS1 及其相关蛋白进化分析表达模式分析表明 HIS1 及 HSL 基因在不同的时期和组织表达模式不同， HIS1 在幼苗的叶中显著表达，而 OsHSL1 在整个生育期的叶中高表达，而在根中低表达。在his1 基因型水稻 (Yamadawara)和拟南芥中过表达HIS1，增强BBC和其他bTHs除草剂(SLT,MST,TMT和TFT)抗性，而过表达OsHSL1仅增强TFT除草剂抗性。表明HIS1和OsHSL1促进水稻的TFT抗性。转基因株系的除草剂抗性测试 Yamadawara （ BBC 敏感型）中的 BBC-OH 研究表明， BBC-OH 被根吸收然后转运到叶组织中，而转 HIS1 的 Yamadawara 植株叶中未检测到 BBC-OH 。表明 HIS1 可能是植物 BBC-OH 降解酶。水稻 BBC-OH 含量检测超高液相色谱 (HPLC) 和 HPPD 活性检测表明在 Fe 2+ 和 2OG 存在时 HIS1 催化 BBC-OH 代谢， BBC-OH 有 HPPD 抑制能力，而 BBC-OH 代谢物没有 HPPD 抑制能力。液相色谱 - 电喷雾质谱（ LC-ESI-MS ）结果表明 HIS1 催化的代谢产物分子量比 BBC-OH 大 16 ，表明结合了一个氧原子。 HPLC and LC-ESI-MS 分析表明 HIS1 可以使 3- 乙酰化 -BOD （ BBC-OH 结构类似物）换变为羟基衍生物。 NMR 检测发现 C8 位置具有一个羟基，成为 8OH-3-acetyl-BOD ，且 BBC-OH 存在至少两种异构体。因此 HIS1 作为 Fe(II)/2OG 依赖型加氧酶在相应的位置羟基化 BBC-OH 。且 HIS1 可以通过同样的方式催化 TFT,SLT 和 MST 的羟基化。 HIS1 催化的酶反应的鉴定问题： 1、植物中是否存在其他类型的除草剂抗性基因？若有，如何鉴定？ 2、植物是如何感知除草剂并做出反应的？ 3、杂草中抗除草剂的作用机制是否与作物一样？可以通过其差异性开发生物农药或降低杂草的抗药性？; 个人分类: 论文阅读日记|4343 次阅读|0 个评论

开题答辩前的总结: Shoen 2017-11-26 22:46; 自己以前太笨啊，所以努力去做个稍微好一点的人吧 ———————— 因为自我探索过多，以自己为尺度总发觉进步很大，坐井观天严重 1.你以为自己做的PPT很好了，跟真正的模板比起来，一文不值，连字号都是错的；你根本不知道外界世界什么样子，就开始做自我定位，这是很蠢的 2.你以为12篇参考文献足够了，实际需要30+ 3.做大纲和关键词绝对不是真正的研究，读原理的应用也不会找到原理的差别，往深处挖掘，而不是一直沿着原理之后的内容找，那样越找越乱，你应该知道这点的 ———————— 这些毛病不是一天两天了，现在能改，也是大有可为的 1.能够找模板，而不是自己创造模板，让我觉得自己进步很大 2.能够在纠结的时候，给老师寻求建议，让我觉得自己进步很大；只要自己觉得纠结，肯定是什么地方理解错误，找靠谱的人寻求建议 3.能够找老师提意见，并且发现自己怎么想都想不全，让我觉得自己进步很大 ———————— 这些思维对于我来说是新的，弥足珍贵 1.能够想到有些工作是可以并行并且相互促进的，比如听仪器的英文宣传片 2.能够有效掌控住当下番茄的目标，做到不偏离目标 3.在两个任务之间，能够进行系统思考，做出更好的选择 ———————— 我犯过的几个错误 1.刚开始是批量阅读过多，没有真正读懂原理 2.开始读原理之后，没有读懂就停下来读仪器评价找优缺点了 3.看了太多的重复的，关于产品和产品评价的论文，在当时以为所有原理都在典型产品里边，没有看到仪器设计的变革历程 4.还是产品评论论文阅读过多，这样是不能找到原理差别的，所以至今我也不知道原理差别在哪里；综述里边，别人的话只是一个引导，他说了某种原理的源头在哪里，知道了这句话并不代表你就明白了这个原理，你要找到他并且读完 ———————————— 如果有下回，我决定这样做开题报告 1.从仪器评价论文的参考文献开始找，不断在参考文献之间进行跳转，先找到仪器原理的根源，对各种论文进行原理分类，把几篇重要的原理方案用最慢的速度认真读完，按照时间线及仪器进化线整理出来； 2.少读一些仪器评价的论文，多看些原理方案的论文；我会坚信，只要找终究能够找得到，而不是自以为是地以为没有这些论文； 3.经常做对比，做联系，提出好问题并且解决好问题，刨根问底又不偏离目标； 4.经常去老师那里寻求建议，做工作计划并且求助老师做计划点评，及时反馈及更正自己的进程，不要偷懒，不要把复盘结果当成自己的进步，不要把方法进步当成科研的进步 5.总结的时候，不用提纲，也不用关键词，而是用句子严谨具体的表达出来直到没有任何可刨根问底的地方，不怕浪费时间，这是值得的事情；多手写，多做练习；同时在XMind中用关键词快速找到原文及建立某种原理的关键词库 —————————————— 相信自己的已有方法和思维能力，提出合理问题，用最快的方法解决掉，快速前进; 个人分类: 论文阅读心得|2722 次阅读|0 个评论

读十遍不如做一遍: 热度 7 jiangjiping 2015-4-23 00:08; 读十遍不如做一遍蒋继平 2015 年 4 月 22 日最近科学网上有两篇博文讨论研究生要不要读文献的话题。一位博主倡导每个研究生要读千篇论文，而另一位博主认为这是不现实的，也是不应该的。当然，他们各有自己的道理，所以，他们的文章都被加精置顶，引来不少的点击量和评论。实事求是地说，我没有阅读这两篇博文，只是看了一下标题。从我自己的专业生涯来说，我觉得文献要读，但是，动手比读论文要重要十倍以上。所以，我花在做实验的时间比读文献多出至少十倍以上。我的经验和感觉是：读十遍不如亲自动手做一遍。为了使我的说法有充实的证据，先让我来说近来发生在我实验室的一些事。我的实验室经常进行一些生物试验，酶标反应是其中之一。有一点生化实验经验的读者一定知道，酶标反应需要使用许多试剂。这些试剂的用量不一样，需要用不同的吸量管（ Pipette ）。我身边的三位同事和我一起进行这样的试验。他们中一个是刚获得硕士学位的副育种家（ Associate Breeder ）。她是在职研究生，也就是一边在我们公司上班，一边在一所大学读硕士。她来与我做酶标反应的试验前，我让她反复阅读有关资料，并且让她在我身边看我先做一遍。事实上，这些程序都列得很清楚，只要照着步骤做就行了。可是，当我让她单独第一次一个人做一个测试，结果出来是一塌糊涂，实验彻底失败。那是一个检测蕃茄烟草花叶病毒（ TMV ）的酶标试验。我们一共需要检测 94 个样本，所以，我们用一个试验盒。这样的试验盒是标准的 96 个容孔 (8 x 12) 。因而， 94 个样本和两个正负对照正好适合 96 个容孔。因为每个容孔需要加入 100 微升试剂， 96 个容孔一共需要 9.6 毫升，所以，我们事前配置了十毫升试剂。令我感到非常吃惊的是，她用一个 8 管道（ Multichannel ）的吸量管，定量在 100 微升的状态下，竟然在吸了 6 次，填装完 48 个容孔后，就将 10 毫升试剂吸完。原来她根本不知道如何正确使用这种吸量管。我说她不知道如何使用这种吸量管，不是指她不懂其中的原理和知识，我已经在前几次的亲身示范中反复强调了使用这种工具的要领和知识，也让她看了相关材料。她真正缺乏的是经验，是如何掌控手感的尺度。她用力过猛，将原来应该停留在第一档次的吸力变成了排放试剂时的第二档次的推力。所以，吸了两倍的量。当她发现问题后，知道亲自动手的重要性，第二次做的时候，非常小心，因而，彻底地改变了实验的结果。当她获得成功的结果后，非常激动地对我说，仅凭文献的知识是做不好试验的。“ Doing it and reading the paper is completely different thing ”。她有点感慨地对我说。在实验室的另外两位同事也很有同感。这是因为他们几乎与她一样，也有这样的亲身经历。在做某个科学实验时，适量的阅读一些文献是应该的，也是必须的。但是，对于一个在应用科学领域工作的科技人员来说，在确立了研究方向和具体的课题后，应该把主要精力和时间花在试验上，而不是阅读其他人的论文。适量的阅读可以帮助你增加一些知识，同时及时跟踪本专业的最新进展。但是，花太多的时间阅读，是一种浪费，尤其是目前垃圾论文漫天飞的情况下更是如此！; 个人分类: 故事感想|5045 次阅读|13 个评论

[阅读随笔]Multi-Block LBP: wangdongice 2012-9-14 16:25; --写给自己的思维整理笔记 LBP（Local Pattern Recognition）局部二元模式是一种简单的纹理提取算子，最初被用于纹理分割和人脸识别上，它能够描述比较细微的纹理模式或结构信息。但是传统的LBP是基于像素的，在一些粗级别特征的应用上（比如人脸检测）的效果上不好，主要是容易受到噪声的干扰和无法捕捉到不同尺度的结构信息。受到Harr-like 矩形特征的启发，Stan Z. Li （李子青教授）的Group提出了 Multi-Block LBP 特征，并且将这一特征应用在了人脸识别上，在cascade adaboost的框架下取得了比Haar-like 特征和传统LBP特征更好的检测效果，并且计算相对较快。传统的Harr-like特征在计算矩阵区域亮度平均值的差异，相当于对应比较粗级别的一阶及二阶梯度特征。该特征具有简单，计算快（可以利用积分图像来进行大规模运算的加速），对于噪声具有一定的鲁棒性等特点。（摘自文献 ) Multi-Block LBP特征其实就是将传统的LBP操作延伸到矩形特征上来，使LBP操作能够捕捉不同尺度的结构信息，而且也能够利用积分图像来进行加速计算。（摘自文献 ) 相对于Harr-like特征来说，Multi-Block LBP特征包含了更多的结构模式。（摘自文献 )可以用上图（b)看出，一次LBP编码可以包含多个方向粗级别的梯度信息。但是，Multi-Block LBP特征比较奇葩的是它的特征是一个二值（0,1)串,是非度量的（也就是说不能由简单的阈值或回归桩来区分），作者就根据这一特点设计了一个最小二乘拟合弱分类器（称为多分枝树的分类器）。其实有点类似于朴素贝叶斯的结果。心得：对不同算法理解到位就可以进行合理组合，设计出新的而且还比较有效的算法； T .Ojala，《 MultiresolutionGray-ScaleandRotationInvariantTextureClassificationwithLocalBinaryPatterns》，IEEE-TPAMI Lun Zhang, Rufeng Chu, Shiming Xiang, Shengcai Liao, and Stan Z. Li，《Face Detection Based on Multi-Block LBP Representation》《A novel distribution-based feature for rapid object detection》; 个人分类: 学习笔记|7627 次阅读|0 个评论

[转载]在阅读文献中提高升华自己: yczhou 2010-4-26 10:13; 1、首先要明白自己现阶段的主要科研目标是什么，打算做或正在做哪个相关领域的科研项目，这个要稍微具体点，因为这是自己阅读文献的前提。只有有了这个具体的目标，阅读文献才会有一个大致方向，不然收效不大，因为茫茫书海，没有一个大致的具体的研读文献的方向，就跟大海里迷失了自己一样，很难走到彼岸！ 2、其次把与自己研究的领域的文献都搜集出来，放在一起，下载不到的文献可以到小木虫的文献求助中得到，那里一般很快都可以得到应助的。如果能够文献管理工具把某个方面的文献做成一个卡片库，那就更方便了。我一般用 endnote 文献管理软件，把相同领域或研究方向的文献的信息输进该软件中进行统一管理，非常方便！ 3、尽量多读外文文献！国内的文献质量一般都很低，可能与中国人发表文章是为了谋生计有关，许多发表的东西的真实性都有待考察，但是国外的文献大部分都是很严谨的，或许与他们做学问的态度有关吧。当然，如果刚开始接触某个领域，那么先通过阅读中文文献熟悉该领域，了解一些该领域所研究的大致内容和一些专业名词之类的，然后再阅读外文文献，你就会觉得很轻松！ 4、做好笔记，写好心得！不要相信自己的记性，好记性不如烂笔头。如果一篇文献你不做标记，不写点自己的心得，那么用不了多久，你再打开该文献，因为该献上也是很干净的，因为你没有留下任何标记，你可能会忘得很干净，到时候不得不重新再从头阅读，浪费了大量的时间。如果你再第一次阅读的时候，稍微花点间，把重点句子标记起来，把文章的大致内容和自己的想法写出来，那么下次再看到这篇文章，只需重点的看一下自己标记的句子和写得心得体会，马上就会了解文章的大致内容，节省了时间，提高了效率！ 5、建议用 Foxread 软件阅读pdf文献，因为该软件有编辑功能，而且你可以根据自己的喜好用各种线条对文章中的句子做标记，非常方便。 6、阅读文献时，先阅读摘要、引言的最后部分、结论，因为这几部分都是作者大致介绍自己研究的内容，以及自己文章的特色，在最后结论部分有些也是和摘要中的字句是重合的。这几部分一般都比较短，花的时间也很短，但可以对整篇文章有一个清晰的轮廓，为自己进一步读正文打下基础，哪些应该重点读，哪些应该了解，自己心中有数！然后读参考文献，顺藤摸瓜，找出该领域相关的重点文献，有助于自己系统的，集中的阅读文献，加深印象，迸出火花！ 7、读完一篇文献后，要写一个小总结.把该篇文章的主要内容、难点、创新点等用简短的话描述出来，然后把文章中采用的实验方法、手段以及最后的得到的结果也分析一下，用自己的话总结，最后把自己的想法，以及值得自己借鉴地方，存在的问题总结出来，那么这篇文章才算真正意义上的读懂了。做这些工作有很大的好处，一是提升自己的总结概括和写作能力，在经过一段时间的锻炼后，你就会不知不觉得到提高，另外一个好处是积累，有了这些文字性积累，以后你自己写文章，写论文就会很方便的，不用临时抱佛脚，那时候是很难挤出什么东西出来的。 8、准备一个小文档，把一些经常遇到的经典的英语写作句型记录下来，日积月累，那么你的英文写作能力就会提高，到时候不至于无从下手，写得全是汉语式英语。这个必须要长期积累，没有积累根本没有提高，所以自己一定要坚持不懈，细水长流，终成大海！ 9、碰到非常难的文献，或者与自己领域很相关，但是暂时又难以读懂的文献，那么首先是不要害怕，读不懂没有关系，只要你把大致内容了解一下，知道文章中写了什么，采用了什么方法就可以了，然后等到自己的知识不断的积累和拓展，过上一段时间后，自己再去阅读以前不懂的文章，那么效果就会是完全两样。 10、最后，强调一点，阅读文献是一个长期的过程，需要一个良好的心态，千万不要浮躁，如果自己很浮躁，不能潜下心来，三天打渔，两天晒网，不会收到很好的效果。必须坚持下来，广泛阅读，持之以恒才会有效果的，能力和水平是在潜移默化中提高和升华的！; 个人分类: 论文撰写|1976 次阅读|1 个评论

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