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[转载]C++中各大有名的科学计算库: appleyf 2011-10-24 09:17; C++中各大有名的科学计算库【转帖】 2011-01-13 15:14 在 C ++中，库的地位是非常高的。 C ++之父 Bjarne Stroustrup先生多次表示了设计库来扩充功能要好过设计更多的语法的言论。现实中， C ++的库门类繁多，解决的问题也是极其广泛，库从轻量级到重量级的都有。不少都是让人眼界大开，亦或是望而生叹的思维杰作。由于库的数量非常庞大，而且限于笔者水平，其中很多并不了解。所以文中所提的一些库都是比较著名的大型库。 C ++各大有名库的介绍——科学计算１、Blitz++ 参考网站： http://www.oonumerics.org/blitz Blitz++ 是一个高效率的数值计算函数库，它的设计目的是希望建立一套既具像 C ++ 一样方便，同时又比Fortran速度更快的数值计算环境。通常，用 C ++所写出的数值程序，比 Fortran慢20%左右，因此Blitz++正是要改掉这个缺点。方法是利用 C ++的template 技术，程序执行甚至可以比Fortran更快。 Blitz++目前仍在发展中，对于常见的SVD，FFTs，QMRES等常见的线性代数方法并不提供，不过使用者可以很容易地利用 Blitz++所提供的函数来构建。２、POOMA 参考网站： http://www.codesourcery.com/pooma/pooma POOMA是一个免费的高性能的 C ++库，用于处理并行式科学计算。POOMA的面向对象设计方便了快速的程序开发，对并行机器进行了优化以达到最高的效率，方便在工业和研究环境中使用。３、 MTL 参考网站： http://www.osl.iu.edu/research/ mtl Matrix Template Library ( MTL ) 是一个高性能的泛型组件库，提供了各种格式矩阵的大量线性代数方面的功能。在某些应用使用高性能编译器的情况下，比如Intel的编译器，从产生的汇编代码可以看出其与手写几乎没有两样的效能。４、CGAL 参考网站： www.cgal.org Computational Geometry Algorithms Library 的目的是把在计算几何方面的大部分重要的解决方案和方法以 C ++库的形式提供给工业和学术界的用户。 Intel Math Kernel Library 1.基本线形代数运算(BLAS) 向量与向量、向量与矩阵、矩阵与矩阵的运算 2.稀疏线形代数运算 3.快速傅立叶变换(单精度/双精度)(fftw) 4.LAPACK(求解线形方程组、最小方差、特征值、Sylvester方程等) 5.向量数学库(VML) 6.向量统计学库(VSL) 7.高级离散傅立叶变换 IMSL 软件名称 IMSL C Numerical Library (不兼容vc6 编译器) 程序设计语言 C , Forton, C #, Java 资源网址 http://www.vni.com/ 功能概述分为统计库和数学库两部分. 数学库包含应用数学和特殊函数.IMSL 程序库 – 已成为数值分析解决方案的工业标准。 IMSL 程序库提供最完整与最值得信赖的函数库。 IMSL 数值程序库提供目前世界上最广泛被使用的 IMSL 算法，有超过 370 验证过、最正确与 thread-safe 的数学与统计程序。 IMSL FORTRAN 程序库提供新一代以 FORTRAN 90 为程序库基础的程序，能展现出最佳化的演算法能力应用于多处理器与其它高效能运算系统。 LAPACK UserGuide: http://www.netlib.org/lapack/lug/lapack_lug.html lapack 软件名称 Linear Algebra Package 程序设计语言 Fortran 77 资源网址 http://www.netlib.org/lapack 功能概述线性代数计算子程序包 clapack 软件名称 Linear Algebra Package for C 程序设计语言 c/c++ 资源网址 http://www.netlib.org/clapack/ 功能概述 c版的线性代数计算子程序包如何在Visual Studio 2008中安装CLAPACK http://www.deuxmille.org/archives/1486 lapack++ 软件名称 Linear Algebra Package in c ++ 程序设计语言 c ++ 资源网址 http://math.nist.gov/lapack++/ 功能概述 c ++版的线性代数计算子程序包 BLAS 软件名称 Basic Linear Algebra Subroutines 程序设计语言 Fortran 77 主要开发者 Kagstrom B. ，Ling P. ，Van Loan C . 资源网址 http://www.netlib.org/blas 功能概述 Blas是执行向量和矩阵运算的子程序集合。 uBLAS BLAS in C ++ with expression templates. 表达式模版形式的 C ++ 中的BLAS ， gsl 软件名称 GNU Scientific Library (linux) 程序设计语言 C , C ++ compable 资源网址 http://www.gnu.org/software/gsl/ 功能概述范围广泛, 包括数值分析的常见内容 Blitz++ 软件名称　Blitz++ (不兼容vc6编译器) 资源网址 http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=63961 功能概述　The current versions provide dense arrays and vectors, random number generators, and small vectors and matrices.是一个高效率的数值计算函数库，它的设计目的是希望建立一套既具像 C ++ 一样方便，同时又比 Fortran 速度更快的数值计算环境。通常，用 C ++ 所写出的数值程序，比 Fortran 慢 20% 左右，因此Blitz++ 正是要改掉这个缺点。方法是利用 C ++ 的 template 技术，程序执行甚至可以比 Fortran 更快。 MTL 软件名称　Matrix Template Library (兼容vc6编译器) 资源网址 http://www.osl.iu.edu/research/ mtl / 功能概述　The Matrix Template Library ( MTL ) is a high-performance generic component library that provides comprehensive linear algebra functionality for a wide variety of matrix formats. MTL 专注于线性代数相关的计算任务，如各种形式矩阵的生成(对角，共轭，稀疏，对称等)，相关的计算，变换，以及与一维向量的运算。 Armadillo Armadillo is a C++ linear algebra library (matrix maths) aiming towards a good balance between speed and ease of use. Integer, floating point and complex numbers are supported, as well as a subset of trigonometric and statistics functions. Various matrix decompositions are provided through optional integration with LAPACK and ATLAS libraries. 资源网址 http://arma.sourceforge.net/ ATLAS The ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) project is an ongoing research effort focusing on applying empirical techniques in order to provide portable performance. At present, it provides C and Fortran77 interfaces to a portably efficient BLAS implementation, as well as a few routines from LAPACK . 资源网址 http://math-atlas.sourceforge.net/ http://www.deuxmille.org/archives/1477; 个人分类: 科研笔记|0 个评论

[转载]广东实验中学美国分校 -- 牛皮吹大了: benyang22 2011-10-20 11:09; 最近，广东实验中学就美国分校一事向校友道歉。道歉信在这里。广东实验中学是一所名校。如今，她不仅以教育质量著名，还以吹牛皮著名。 ================= 校长的牛皮：中广网北京4月6日消息美国加州教育部部长将于5月来广州，访问广东省实验中学并收集关于建立“省实”美国分校的意见。这是广东省实验中学校长郑炽钦4日接受中新社专访时披露的信息。目前，“省实”美国分校筹备工作正按计划推进。　　“建新校不为赚钱，社会效应才是我们的追求。” 郑炽钦表示，5月份还将为施瓦辛格和加州教育部部长颁发学校顾问证书，希望美国分校能走出诺贝尔奖得主。　　据介绍，“省实”美国分校坐落于加州河滨市，毗邻当地三所大学，占地300多亩，目前已吸纳50多名教职员工，学校第一年将面向全球计划招生两个年级学生共180到220人，中国学生占10个名额。　　郑炽钦表示，希望三年内能实现招生1200人的计划。这一招生计划在美国算是较大规模。而学校招收国际学生的学费将比当地私立学校便宜20%。　　郑炽钦坦言，现在最担心的是美国学生是否愿意来学校读书的问题，毕竟这是学校的主要生源。但他们通过对当地六所中小学学生进行随机调查发现，八成学生知道“省实”在美国创办实体学校一事。据透露，校方将会在美国加大宣传力度。　　目前，该校已筹集总额达280多万美元的奖学金。在课程设置上，中国文化课程占15%。校方表示这是为了培养国际化人才的需要，并以此加强两国教育之间的交往。接下来，美国分校学生还将不定期来到广州校本部进行互换交流。　　同时，该校也与美国南加州大学、加州理工大学等当地知名学府合作培养师资力量，这些高校曾走出多位诺贝尔奖得主。此外，也在中山大学、广东外语外贸大学培养学科老师，承担传播中国文化和教授数理化两项任务。中美师资队伍建设的比例大概为1比4。　　郑炽钦表示，希望培养出来的学生能说双语，并能进入全美前50位大学，未来能走出一位诺贝尔奖得主。目前学校还与当地6所中学组成盟友。　　如今，广东省实验中学在海外建分校可谓孤军奋战，由于没有先例可借鉴，“省实”在美国所遇到的困难都是不可预见性的。但郑炽钦认为：“人家之所以从那么多中学中挑中‘省实’，就是看重两者有着许多共同点。” 他还提到，从事教育工作需要智慧，办法总比困难多。　　“省实”在美国建立分校一事在国内教育界传开后，有不少中国中学校长前来取经并跃跃欲试。郑炽钦认为，如今中国中学走出国门的时机已具备。; 个人分类: 多彩社会|4571 次阅读|0 个评论

从女童遭碾事件看中国消防的边缘化: 热度 19 fpe 2011-10-19 00:47; 从女童遭碾事件看中国消防的边缘化最近有人留言问我如何看 “女童遭碾事件”，因为在药家鑫事件中的言论，我的道德观似乎引人注意，所以让我来评价道德。我的视角比较独特（因此有人攻击我的洋化倾向，我也无法反驳，毕竟我学的是美国消防），而我是痛恨伪善道德，强调职业道德的人，这里我又看到了制度问题和职业道德问题，也许又会引起争议，这里随便说说，对争议内容，恕不一一回覆。假如看到“女童遭碾事件”，我的第一反应是 Call 119 （美国凡事都仰赖 911 ，因为这是他们交税的主要理由）。为什么我不上去救助呢？因为救人是专业。虽然医生更懂得救人，但 10 个医生中有 9 个未学过急救，还有 1 个很少锻炼急救技术，因此我们需要更专业的急救人员，美国主要集中在消防部门。从急救技术的操作性来说，消防队员比医生更懂得急救技术。汶川地震中，因为救人技术不当而牺牲或截肢的人，数不胜数。上海商学院大火中，有人指导女学生跳楼，他救人了么？这样做，是道德么？因此，西方社会主要仰赖专业的救助，主要靠消防。消防出动是公民税金支付的，相当于免费。急救之后怎么办？那是保险公司和医院的事，与公共基金和公共消防无关。在动车事件的应急处理中，温州市公安局特警支队长大放光彩，我就注意到国内的消防工作被边缘化了，是可有可无的“鸡肋”。国内的消防属于国防，消防队员是现役军人，工作是临时性的，到时候就转业。美国的消防是按照一辆消防车，一辆登高车和一辆救护车来组织消防队伍的，而我国分开了，消防部门管救火，特勤部门管救灾抢险，私立医院管救护，政府的功能如此分割，显然对于整体的社会安全不利。我国舆论拼命鼓吹现役制消防的好处，而现役制消防的危害，最早在宋代的苏东坡就察觉了，我们都不当一回事。除了古罗马帝国的 Vigile 和宋代的军巡铺，现役制消防从来不是世界各国的主流制度，必然会带来道德上的危机。现役制消防最大的问题在于，技术和经验的继承性不足。人们没有动力去科普，我为什么要科普安全，让我的继任者得到好处呢？所以，我们的社会缺乏急救常识和专业的态度。不是每一个人都可以任意出手救人的，每一个人都都轻易看待救人工作，所以被“救死”的冤魂数不胜数。以人为本，每一个人都是宝贵的，需要用专业的态度来看待救人，而不是靠一时的道德和热情来救人。我国的民众舆论被轻易地煽动，这是我们消防制度的不足。非职业的消防制度，无法深入校园，深入宣传专业救人的态度和理念。人人都以为自己可以救人，所以火场伤亡大，有些人是不该死的，他们对自己的逃生能力认识不足。由于我们的消防制度远离社会（不是地税，而是国税支持的，因此不需要为当地的治安负责。绝大多数人没有意识到，因为我们没有上过《公民常识课》，不知道其中的差别），所以无法贯彻比较专业的救人态度和理念。遇到抢险救灾的内容，外行靠人海战术去救灾（救灾损失，并入火场损失了，当英雄处理了，所以我们看不到），忽视日常的技术积累和经验传承。我们把救灾工作分开分散，导致救灾工作缺乏统一指导（谁都可以在火场说话，所以救灾效果很差）。一句话，没有人意识到救人救灾的专业性、经济性、实效性和制度性，所以舆论对道德问题有很大的批判，这是对救灾问题的误解，是对未来救灾工作的错误认识。总之，在“ 女童遭碾事件”中，我看到的不是路人的道德问题，而是救灾工作的常态化、制度化和专业化的问题。过去我们靠道德维持社会稳定，现在到处都谈以人为本，再拿（以集体为本的）道德来糊弄一下舆论就不行了，我们需要职业道德和专业态度来对待救人问题，哪怕对象是一个儿童、乞丐、病人，都需要得到有尊严的对待。不能给人一份尊严，凭什么来维持社会的稳定呢？所以，从女童遭碾事件中，我也看到了中国消防工作的边缘化问题。是否关心消防的制度建设，是未来社会保持稳定的关键。有道是，儿童需救当尊严，紧急救人靠专业，道德从来是幌子，社会稳定靠制度。; 个人分类: 消防时评|5357 次阅读|31 个评论

[转载]我喜欢呼吸更甚于工作。——杜尚: jinkai719 2011-10-18 20:05; “我喜欢呼吸更甚于工作。”——杜尚马塞尔·杜尚（法语：Marcel Duchamp，1887年7月28日－1968年10月2日）二十世纪实验艺术的先验，被誉为“ 现代艺术的守护神”。是一位法国艺术家，1955年成为美国公民，在绘画、雕塑、电影领域内都有建树，对于第二次世界大战前的西方艺术有着重要的影响，达达主义及超现实主义的代表人物之一。杜尚是现成品艺术的创始人之一，他认为“艺术正在被拿来作为一种符号的形式，如果你愿意这么认为的话，不可以再把它降低到装饰的功能上去。”杜尚的反传统艺术以及对传统美学挑战的思想，在他的现成品艺术作品中得到了充分的体现。这些作品不仅开阔了艺术实践者的视野，拓宽了艺术题材的范围，而且有益于避免美学品位的偏狭、美学标准的僵化，实现艺术作为人类精神的慰藉与拯救功能。 1917年，杜尚拿了一个小便池，取名《泉》，送美国独立艺术家展，被拒绝。但这个小便池日后成了世界上最有名的小便池。它是杜尚的一个玩笑，但同时也是对现代艺术所坚持的所谓真理，或一些自以为是的所谓认真的东西或规则的一个嘲讽。艺术并不等于崇高，艺术并没有什么了不起的。它在颠覆艺术的传统观念，在模糊艺术的界限。他最终带给现代或后现代艺术的精髓是：艺术应该是自由的，你可以为艺术，也可以不为艺术，关键是人应该是自由的。他是一个坏规矩的人。所谓现成品艺术，就是艺术家任意拿来一种或多种物品，这些物品是人类社会生产出来的各种生活用品、工业品等等，然后艺术家将此物品直接或者简单加工后赋予自己的情感和意义，此物品的原来属性就被新赋予的属性所取代，这些物品就变成了拥有艺术家个人特殊属性和情感的艺术品了。我们把这件艺术品从创作到观众欣赏的整个过程称之为现成品艺术，把艺术家所使用的物品称为现成品。 1915-1923，名为：《大玻璃》。又名：《甚至，新娘被她的单身汉们剥光了衣服》。杜尚出生于一个和美而有文化教养的中产家庭，他保持一生的文雅气质和绅士风度就源自他的家庭。父亲是一位公证人，一位通情达理、心平气和的长辈，从不干涉子女的决定，并在经济上给予帮助。杜尚在兄妹六人中排行第三，他们当中有四位后来成了艺术家。两个哥哥雅克·维雍和杜尚·雏雍分别是画家和雕塑家，妹妹苏珊·杜尚和他是画家。受外祖父–一位技巧精湛的版画家和两位哥哥的影响，十几岁的杜尚也曾画过些油画风景，还去巴黎的朱利安艺术学院学过十来个月，但基本上都没使他提起过什么特殊的兴趣。还是为了逃避兵役，他才临时抱佛脚地通过了作为“艺术工作者”的身份考试，于1906年离开军队到了巴黎。那正是各种现代艺术流派如火如荼的年代，他的两个哥哥也积极投身其中，并与许多现代艺术家们过从甚密，杜尚自然轻易进入了他们的圈子。在1906年到1912年的短短六年里，他把印象派、野兽派和立体主义等各样风格都尝试了一遍，并成为巴黎先锋派艺术家沙龙的成员，有资格参加每年一度的全国展览会，也有画廊经销他的画。在1912年出现的最早介绍立体主义的书中，杜尚名列其中。他的成功顺利而迅速，照此走下去，成为某种领袖或至少成为代表画家应该是没问题的。 25岁的杜尚画了《下楼梯的裸女》（NudeDescendingaStaircase）。这张画参加了1913年的美国纽约军械库画展，使杜尚一举成名。这张画足够的标新立异，并也为杜尚引来不少的绘画订单。但这张几乎也是杜尚画的最后一张尚能纳入绘画语言的画。杜尚对于那些订单说：“不，谢谢，我更喜欢自由。”杜尚在美国主要以教法语为生，有时倒卖一些艺术品，或打打零工，一切都是糊糊口而已。居无定所。但杜尚很满足。他的出现改变了西方现代艺术的进程.可以说,西方现代艺术,尤其是第二次世界大战之后的西方艺术,主要是沿着杜尚的思想轨迹行进的.因此,了解杜尚是了解西方现代艺术的关键。二十世纪实验艺术的先验，被誉为“现代艺术的守护神”，达达主义及超现实主义的代表人物之一。杜尚的艺术探寻的是非理性和自由，塞尚的艺术追求的是理性与秩序。它们是一枚硬币的两个面，共同组成了一个完整的相反相成的现代主义。　　杜尚是西方理性主义逻辑发展中的一个例外。他的影响深远而持久，而且他所达到的新境界至今无一人能够真正继承。今天人们大多能欣赏和津津乐道的是他的那些出新的艺术作品，但对于他最出色的思想，即超越艺术局限，走入自由境界尚理解不足。　　在美国，参加达达主义的基本都是流亡艺术家。杜尚在美国完成的第一件跨时代作品：《一把雪铲》。从商店买来直接送到了展览。美国人问：“这是啥意义？”。杜尚答：“没有意义”。美国人说：“不成，一定得有意义”。杜尚就在上面写了一行字：“胳膊折断之前”。美国人还傻呢：“这是啥意思呀？”杜尚说：“铲雪的时候会折断胳膊。” 如果说达达的破坏是有限的、一时的、情绪化的，是摧毁一切的战争中不满情绪的彻底发泄，那么杜尚的坚正的叛逆和嘲讽一切则是深入骨髓的。达达的想入非非和大闹天宫越来越显示出急功近利的渴望，他们说是破坏，实在建立，用阿尔普的话说：“我们把达达看成是十字军，最终是为了把创造的领地再夺回来。”达达只是在特定的时期或气氛里，触及了杜尚的反对一切既定模式的精神层次。当战争结束，一切四平八稳了之后，就都各就各位了，竟然都有去做神父和医生的。　　在杜尚眼里，达达也不过是所有运动中的一个而已，和所有叫嚣反传统的形形色色的现代流派一样，从破坏到守成再到排他和僵死，从解放人到束缚人。这些运动用以标榜自己卓尔不群的宣言都是些美丽的幌子，当集团中的一些人从中得到了想得到的，就可以轻易改弦易辙了。他们过分把艺术当回事儿了，而且不能不说是存心把艺术打扮得多么与众不同，然后在里边大做自己的文章。与他们本质不同的是，杜尚是非功利的，不搞运动，不建派系，把艺术看作只不过是人生的一部分内容，他的否定一切是为了呈现一种自由的人生境界。他可以花8年甚至20年完成一件作品，他可以花20年去下棋，他可以让自己30多年默默无闻，就因为他对自己、对人类、对世界没有任何功利的期许，活得非常流畅婉转、圆融自如。　　相当多的流派都认为自己跟杜尚有关，就像美国画家德库宁说的：“杜尚一个人发了一场运动–这是一个真正的现代运动，其中暗示了一切，每个艺术家都可以从他那里得到灵感。”达达几乎是最早一个奉杜尚为精神领袖，并给以极高尊敬的流派，但实际上杜尚一直与它及之后的一切运动若即若离，并不是它们当中任何一个的真正意义上的参与者。因为不仅达达容不下杜尚，之后的任何一个流派或运动都没能跳出杜尚早已看透的套路，杜尚至今没有被超越。 “一个人的生活不必负担太重，做太多的事，要有妻子，孩子，房子，车子。幸运的是我认识到这一点的时候相当早，这使我得以很长时间地过着单身生活。这样，我的生活比之于娶妻生子的通常人的生活轻松多了。从根本上说，这是我生活的主要原则。所以我可以说我过得很幸福，我没生过什么大病，没有忧郁症，没有神经衰弱。还有，我没有感到非要做出点什么来不可的压力。我从来都没有感到过类似要求：早上画素描，中午或晚上画草图等等……我是生而无憾的。” 　　杜尚早年的古典绘画作品 1912年初，杜尚用一个月的时间画成了《下楼的裸女》，试图在立体主义中进行运动感的尝试，并送交由立体主义艺术家把持的一年一度的巴黎独立沙龙展，但被借口涉嫌未来主义而遭拒绝。这件事成为杜尚艺途的转折点。派系的争斗暴露出的人类本性的偏狭和龌龊令杜尚大失所望，他从中看到了人类难以摆脱的利欲熏心的本性，他从此不再相信人为的标榜，不再相信艺术是一方净土。艺术实在是跟人类生活的其他事情一样，都只不过是人类可资利用的工具而已，但异常可鄙的是，明明普通的艺术却硬被人套上一个美丽、圣洁而不易企及的光环。杜尚从此与所有的名义断绝关系。他不久即做了巴黎一个图书馆的馆员，帮人借书、还书，不再去做艺术家，也不再与艺术和艺术家们有所接触。这是杜尚的最后一个作品，1944-1968，一直秘密的做了20多年。名为：《给予1，瀑布，2，照明的煤气》（Given:1.TheWaterfall,2.TheIlluminationGas）。　杜尚与未来派是在互不影响的前提下共同关注到“运动”这一课题的，但目的不同。未来派是想表现运动美，杜尚则想借此摆脱美，用枯索的颜色、密集的线条表现毫无美感的画面，《火车上忧郁的年轻人》、《新娘》、《被快速飞旋的裸体包围的国王和王后》等都是如此，同样，杜尚的引机器入画也不是为了表现其美感的，而是为了让画面变得呆滞无美感的，这在1911年为他哥哥的厨房绘制的《咖啡磨2号》中即可看出，它甚至有些像机械制图，没光影、没笔触，更谈不上什么关涉艺术的意境。杜尚花了8年（1915-1923）时间绘制完成的《大玻璃–新娘甚至被光棍们剥光了衣服》，堪称这类机械制图式的抽象画的极致，这件代表作的创作使他更像一个科学家，在无数次试图将颜色固定在大玻璃上的尝试后，他找到了一种用铅线作边线，然后在边线框内填上颜色，最后再镀铅膜的方法。同样，它没有笔触，没有激情，是不是画“画”，人们不可能明白它的含义，与之配套的是他在1934年将他的创作笔记一片片散放在盒子里的作品《绿盒子》。从这一行为中，他想说明的是：艺术服务于思想，而不仅仅是人们通常认为的那样服务于视觉。后现代艺术之父：杜尚的启发在涉及西方后现代艺术的话题时，不能不提到法国画家杜尚（MarceI Du-champ）调池被人们描述成西方后现代艺术之父，理解他的艺术和生活，对理解西方后现代艺术的诸多奇妙现象大有帮助，但理解杜尚是个难题）因为他的作品与生活都与常人相去太远；难以合理解释。　　虽然杜尚的艺术实践止于1930年代。而且在1968年去世，但他旱期的短暂艺术活动却在后来产生了持续的影响力。1913年他完成了第一件现成品艺术《自行车轮》表达对传统作品中注重结构的轻视。并暗示艺术创作中最重要的因素是观念而非制作技巧。《巧克力研磨机八号》差不多是杜尚最后一件架上作品，是对学院派油画的嘲弄。1915年后杜尚定居纽约， 1917年完成《泉》是一只小便器；另一件作品是L.II.O.O.Q,（1919），是给印刷品《蒙娜丽莎》添上小胡子。杜尚最重要的作品是《大玻璃》又名《新娘被她的汉子剥得精光》，该作品从1915年开始制作，至1923年仍未完成。192O年后，杜尚对光学和电影的兴趣与日俱增，川年代后他又将兴趣转到国际象棋上。　　杜尚最重要的贡献是“现成品”艺术。虽然从世俗的角度看，把现成的工业产品或是其他物品摆到美术展览会上是荒诞不经的，但事实上这却改变了人类对艺术乃至对世界的整个看法，人们开始质疑传统价值观念和艺术创作模式的必要性，至少。在西方后现代艺术中，“现成品”的影响无处不在，并从以下几个方面给人们以启发：　　（1）形式与美都不重要。自古以来，艺术家以创造美的形式为天职，并赋予此类工作以崇高的地位和价值。但杜尚认为美并不存在，艺术和创造艺术的人也没什么特别崇高的地方，他告诉人们，普通物品与艺术品没什么区别，果艺术是美的；那普通物品也是美的，如果普通物品不美，那艺术也好不到哪儿去，所谓艺术的审美价值只不过是人们的成见而已。他把那个“小便池”送进展览会，对打破这个成见起了很大作用。　　（2）环境和时间比作品更重要，变现成品为艺术品的决定因素是环境和时间。与作品本身无关。这说明，在一定条件下。任何东西乃至行为都可以是艺术；也可以反过来说，当条件改变时，任何东西乃至行为都可以不是艺术，按中国话说，就是此亦一是非，彼亦一是非，由于环境和时间永远在流动扣变化中，所以文艺复兴的经典“蒙娜丽莎”到了20世纪，就可以被画上小胡于，成为笑料；囱行车轮和凳子放进美术馆里，就等于结构主义的雕塑。　　（3）引艺术回到自发和天然的状态，人类最初的艺术活动是自发和天然的，无须专门训练，更没有艺术家和非艺术家之别。但后来就有了分工，艺术成了一项专门的工作，也因此有了专门的关于艺术的标准。显然，这种分工和标准是以往制度的产物。有碍于健全的人性发展。如果在社会条件改变的情况下，仍然把这些已有的标准当成至高无上的法则要人们遵守，就太不合理，“现成品艺术”就是完全不把已有的艺术标准乃至文化尺度放在眼里，以一种看似搞笑而实际上相当深刻的思想，嘲笑了人类在文化领域的拘谨和匠气，从而呼唤一个新的富有自由创造精神的时代的到来。（4）叫取消技术的限制，人们久已习惯将艺术创作看成是一种专门的技术操作这程，所以才有美术学院和专业画家，“现成品”艺术却与作者的个人技术无关，它只需要一种选择的眼光，而选择是一种思考过程，与物质产品的制作技术毫无关系。杜尚在这里告诉人们，艺术的价值在于思想。有思想，任何物质产品都可以成为艺术品。这种将艺术等同于思想的做法，客观上取消了传统意义上的艺术学科，暗含了艺术与艺术史即将终结的理论判断。　　美国画家德库宁（De Koonig）说：“杜尚一个人发起了一场运动一一这是一个真正的现代运动，其中暗示了一切：每个艺术家都可以从他那里得到灵感”，以似乎是随手拈出的“现成品”，轻松地扭转了西方艺术发展的方向，是杜尚留给后人的先驱者形象。杜尚之后，反对一切既定的艺术模式和评判标准，以毫无挂碍的自由精神为艺术创作目标，成了西方艺术界的共识。; 2648 次阅读|0 个评论

[转载]刘淇：提高文化自觉增强文化自信: whyhoo 2011-10-16 19:13; 胡锦涛总书记在“七一”讲话中，对推动文化大发展大繁荣作了重要论述。深入学习贯彻胡锦涛总书记重要讲话精神，我们要在首都建设具有重大国际影响力的国家文化中心和中国特色社会主义先进文化之都的实践中，切实提高文化自觉，切实增强文化自信，更加奋发有为地推动首都文化大发展大繁荣，为建设和发展社会主义先进文化做出更大贡献。　　一　　文化自觉，主要是指我们在文化上的觉悟和觉醒，以及对文化的地位作用、发展规律和建设使命的深刻认识和准确把握。面对当今文化越来越成为综合国力竞争重要因素的新形势，面对首都人民群众对文化的新需求、新期待，应从以下三个方面切实提高文化自觉。　　一是在深刻认识文化对首都经济社会发展的地位作用上要有高度自觉。文化是国家发展和民族振兴的强大力量。坚持发展面向现代化、面向世界、面向未来的，民族的科学的大众的社会主义文化，推动社会主义先进文化深入人心，是中国共产党人在新的历史时期对社会主义先进文化的科学定位。中华民族之所以五千年生生不息，就是源于中华文化的强大凝聚力。没有先进文化的指引，就不会有新民主主义革命、社会主义革命和改革开放的伟大成果。发展社会主义先进文化在首都经济社会发展中有着极其特殊的地位和作用。在新的发展阶段，我们必须更加重视文化的作用，把文化建设作为首都现代化建设的重要组成部分，作为加强首都软实力建设、打牢团结奋斗的共同思想基础的重要任务，作为加快转变经济发展方式、实现首都科学发展的强大动力，更加自觉地加强文化软实力建设，推动文化的大发展大繁荣。　　二是在准确把握首都文化建设发展的内在规律上要有高度自觉。推动社会主义先进文化建设，必须深刻认识文化发展的特点和规律。文化的发展必须紧贴时代的发展，适应人民群众的要求，与人民群众的工作生活紧密结合，让人民群众喜爱；必须在继承中创新，继承是基础，创新是关键，通过创新增强文化发展的生机和活力；必须由全社会共同推动，通过引导人民群众，树立正确的世界观、价值观，形成全社会的文化共识。我们要牢牢把握发展社会主义先进文化的特点和规律，找准推动首都文化发展的着力点和切入点，推动首都文化的大发展大繁荣。　　三是在积极承担推动首都文化大发展大繁荣的历史责任上要有高度自觉。北京作为首都，是全国的文化中心，既有深厚的历史文化积淀，又集聚了丰富的各类文化资源。推动文化的大发展大繁荣，把北京建设成为具有国际影响力的文化中心城市，是中央对北京的重要要求，也是北京人民肩负的重要历史责任。我们必须以首善的标准，更加自觉地承担起推动先进文化发展的重任，更加自觉地承担起传承中华民族优秀文化的重任，更加自觉地承担起满足人民群众更高的精神文化需求的重任，更加自觉地承担起为提高国家文化软实力服务的重任。　　二　　文化自信是我们对自身文化价值的充分肯定和对自身文化发展的坚定信心。　　在新的发展阶段，增强文化自信，一要坚定发展社会主义先进文化的信心。中华文化是人类文明的重要组成部分。其倡导的和谐、大同、天人合一、厚德载物、自强不息、辩证思维等都是人类社会最重要的价值观。对这些最宝贵的精神财富，必须要继承和弘扬。以社会主义核心价值体系为主要内容的社会主义先进文化，反映了时代特征，顺应了人民的期待，符合历史发展的规律，必须要坚持和发展。我们必须进一步坚定发展社会主义先进文化的信念和追求，积极利用首都文化资源密集的优势，采取多种形式，大力宣传和弘扬优秀传统文化和社会主义先进文化，以源远流长、博大精深的中华文化，增强民族自尊心、自信心、自豪感，弘扬以爱国主义为核心的民族精神和以改革创新为核心的时代精神，激励广大人民群众更加奋发有为地推动首都科学发展。　　二要积极推动文化创新，广泛吸收借鉴一切外来的优秀文化。要以更加开放包容的胸怀、以辩证取舍的科学态度，坚持“以我为主、为我所用”的方针，广泛吸纳、融汇一切外来优秀文化成果，既要坚守自己的优秀文化，又要加强交流、交融，吸收借鉴外来优秀文化；既要正确对待自己的文化，又要正确对待别人的文化，不断加大改革开放的力度，努力在同外来文化的互动交流中，丰富和发展社会主义先进文化。　　三要不断开创首都文化大发展大繁荣的新局面。增强文化自信最重要的是要抓住机遇，推动文化大发展，再创文化的新辉煌。要牢记使命，认真履行职责，从世界发展的大势，国家现代化建设的需求，人民群众的迫切期待出发，切实加强首都全国文化中心的建设，深化改革，大胆创新，全力推进文化创意产业发展，健全公共文化服务体系，努力为全国的文化发展做出表率，更好地为国家的文化建设服务。　　三　　提高文化自觉，增强文化自信，推动首都文化大发展大繁荣，必须把握好以下三个原则：　　一是坚持以社会主义核心价值体系为统领。加强社会主义核心价值体系建设，是我们党在思想文化建设上的一个重大理论创新，是发展社会主义先进文化的重大战略任务。为了推动社会主义核心价值体系建设，我们在全市范围内开展了提炼、培育北京精神的工作。北京精神是中华民族精神的组成部分，是北京独具特色的文化结晶，是工作、生活在北京的广大人民群众长期创造、传承、实践的思想财富，是凝聚、团结、激励首都市民开创美好前景的精神动力。提炼培育北京精神，既是北京在打造具有国际影响力的文化中心城市过程中的文化自觉和理性抉择，又是北京在新的历史发展时期践行、宣传社会主义核心价值体系的创新之举和生动实践。我们要以此为契机，在全市范围内推动社会主义核心价值体系建设，不断夯实全市人民共同奋斗的思想基础，建设共有精神家园。　　二是坚持以满足人民群众文化需求为目标。首都文化建设要始终强化文化惠民意识。“十一五”时期，北京市文化事业取得了长足进步，公共文化服务体系不断完善，历史文化遗产的保护和利用力度不断加大，文化精品大量涌现。在新的发展阶段，要按照体现公益性、基本性、均等性、便利性的要求，进一步健全和完善公共文化服务体系，努力实现公共文化服务的均等化。要制定和实施文化精品战略，不断提高文化发展的质量和水平，在更高层次上满足首都市民的精神文化需求。要充分尊重人民群众的主体地位，激发全市群众参与文化活动的热情，实现发展为了人民、发展依靠人民、发展成果由人民共享。　　三是坚持以文化创新为动力。首都文化建设必须进一步解放思想、更新观念，坚持首都文化创新战略。首都文化改革创新已经取得突破性进展，但仍然面临严峻挑战。我们要继续发扬敢于担当、敢于碰硬、敢于创新的精神，进一步推动文化领域的理论创新、体制创新、机制创新、服务创新、管理创新，不断增强首都文化的吸引力、凝聚力；进一步做大做强一批有国际影响力的首都文化创意产业，实施重大项目带动战略，推动产业整体升级，打造具有强大承载力、竞争力的“文化航母”，提升首都文化国际影响力；进一步推动科技和文化的融合，加快形成科技创新与文化创新“双轮驱动”的发展模式；进一步统筹央属和市属、国有和民营、京内和京外、国内和国外各方面文化资源，形成首都文化发展新格局。　　党的十七届六中全会胜利召开，为国家和首都文化发展注入了新的强劲动力。我们要深入学习贯彻全会精神，以高度的文化自觉和文化自信，进一步研究和把握首都文化改革发展的特点和规律，振奋精神，扎实工作，为推动文化大发展大繁荣做出新的更大贡献。　　(转载自10月15日《人民日报》); 777 次阅读|0 个评论

[转载]世界上最美、最纯、最生动的四首爱情诗——真爱的四重境界: alick1 2011-10-14 22:25; 　从这里我们可以解读出爱情的四层真意，我希望更多人珍藏这四首诗，我渴望我们每个人对真爱仍然是有信仰的第一个境界：《世界上最远的距离》泰戈尔　　世界上最远的距离，不是生与死的距离，而是我站在你面前，你不知道我爱你；　　世界上最远的距离，不是我站在你面前，你不知道我爱你，而是爱到痴迷却不能说我爱你；　　世界上最远的距离，不是我不能说我爱你，而是想你痛彻心脾，却只能深埋心底；　　世界上最远的距离，不是我不能说我想你，而是彼此相爱，却不能够在一起；　　世界上最远的距离，不是彼此相爱却不能够在一起，而是明知道真爱无敌却装作毫不在意；　　世界上最远的距离，不是树与树的距离，而是同根生长的树枝，却无法在风中相依；　　世界上最远的距离，不是树枝无法相依，而是相互了望的星星，却没有交汇的轨迹；　　世界上最远的距离，不是星星之间的轨迹，而是纵然轨迹交汇，却在转瞬间无处寻觅；　　世界上最远的距离，不是瞬间便无处寻觅，而是尚未相遇，便注定无法相聚；　　世界上最远的距离，是鱼与飞鸟的距离，一个在天，一个却深潜海底；　　亲爱的，如今，你就在我身边，我们却不能在阳光下相爱。第二个境界：《致橡树》舒婷　　我如果爱你── 　　绝不像攀援的凌霄花　　借你的高枝来炫耀自己　　我如果爱你── 　　绝不学痴情的鸟儿　　为绿荫重复单调的歌曲　　也不止像泉源　　长年送来清凉的慰藉　　也不止像险峰　　增加你的高度，衬托你的威仪　　甚至日光　　甚至春雨　　不，这些都还不够！　　我必须是你近旁的一株木棉　　作为树的形象和你站在一起　　根，紧握在地下　　叶，相触在云里　　每一阵风过　　我们都互相致意　　但没有人　　听懂我们的言语　　你有你的铜枝铁干　　像刀、像剑　　也像戟　　我有我红硕的花朵　　像沉重的叹息　　又像英勇的火炬　　我们分担寒潮、风雷、霹雳　　我们共享雾霭、流岚、虹霓　　仿佛永远分离　　却又终身相依　　这才是伟大的爱情　　爱── 　　不仅爱你伟岸的身躯　　也爱你坚持的位置，足下的土地　　第三个境界：《见与不见》仓央嘉措活佛　　你见，或者不见我　　我就在那里　　不悲不喜　　你念，或者不念我　　情就在那里　　不来不去　　你爱，或者不爱我　　爱就在那里　　不增不减　　你跟，或者不跟我　　我的手就在你手里　　不舍不弃　　来我的怀里　　或者　　让我住进你的心里　　默然相爱　　寂静欢喜第四个境界：《当你老了》叶芝　　当你老了，头发白了，睡思昏沉　　炉火旁打盹，请取下这部诗歌　　慢慢读，回想你过去眼神的柔和　　回想它们昔日浓重的阴影　　多少人爱你青春欢畅的时辰　　爱慕你的美丽，假意和真心　　只有一个人爱你朝圣者的灵魂　　爱你衰老了的脸上痛苦的皱纹　　垂下头来，在红火闪耀的炉子旁　　凄然地轻轻诉说那爱情的消逝　　在头顶上的山上它缓缓地踱着步子　　在一群星星中间隐藏着脸庞来源： http://bbs.werdoc.com/read.php?tid=48141 图片来源： http://blog.zol.com.cn/904/article_903825.html; 个人分类: 人生真谛|1 次阅读|0 个评论

[转载]写在墙上的话: xiaoqiangw 2011-10-12 17:32; 拥有奶酪就拥有幸福。奶酪对你越重要，你就越想抓住它。如果你不改变，你就会被淘汰。如果无所畏惧，你会怎样做呢？经常闻一闻你的奶酪，你就会知道，它是什么时候开始变质的。朝新的方向前进，你会发现新的奶酪。当你超越了自己的恐惧时，你就会感到轻松自在。在发现奶酪之前，想象你正在享受奶酪，这会帮你找到新的奶酪。越早放弃旧的奶酪，你就会越早发现新的奶酪。在迷宫中搜寻比在没有奶酪的地方更安全。改变了自己的信念，也就改变了自己的行为。尽早注意细小的变化，这将有助于你适应即将来临的更大的变化。随着奶酪的变化而变化，并享受变化。; 1564 次阅读|0 个评论

小果蝇又贡献出了一个诺贝尔奖-Toll-like receptor 2011: 热度 1 dukejclai 2011-10-3 21:18; 1.1933年，摩尔根从果蝇白眼突变染色体的基因之谜，获诺贝尔生理学及医学奖。 The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1933 was awarded to Thomas H. Morgan "for his discoveries concerning the role played by the chromosome in heredity" . 2.1946年，摩尔根的学生米勒，证明了X射线能使果蝇的突变率提高150倍，同时，辐射也会引起染色体畸变，获诺贝尔奖和“果蝇的突变大师”称号。 The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1946 was awarded to Hermann J. Muller "for the discovery of the production of mutations by means of X-ray irradiation" . 3.1995年，美国生物学家刘易斯和发育遗传学家维绍斯以及德国发育遗传学家尼斯莱因、福尔哈德一起分享了当年的诺贝尔生理学和医学奖。他们发现了果蝇中的特定基因，并且表明了果蝇基因在染色体上与人类的相似之处。 The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1995 was awarded jointly to Edward B. Lewis, Christiane Nüsslein-Volhard and Eric F. Wieschaus "for their discoveries concerning the genetic control of early embryonic development" . 4.2004年，美国科学家理查德·阿克塞尔和琳达·巴克发现了果蝇在嗅觉功能上有个特定的大脑区域，获得当年的诺贝尔生理学和医学奖。 The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2004 was awarded jointly to Richard Axel and Linda B. Buck "for their discoveries of odorant receptors and the organization of the olfactory system" 5.2011年诺贝尔生理学或医学奖揭晓，美国、法国三位科学家因在免疫学方面的发现获奖。其中一半的奖金归于 Bruce A. Beutler 和 Jules A. Hoffmann ，获奖理由是“先天免疫激活方面的发现”； The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2011 was divided, one half jointly to Bruce A. Beutler and Jules A. Hoffmann "for their discoveries concerning the activation of innate immunity" http://www-ibmc.u-strasbg.fr/ridi/profil.php?equipe_id=10lang=en; 6887 次阅读|1 个评论

[转载]2011 AMBER Tutorial: momoqianxing 2011-10-1 17:26; 2011 AMBER Tutorial with Biotin and Streptavidin http://ringo.ams.sunysb.edu/index.php/2011_AMBER_Tutorial_with_Biotin_and_Streptavidin#Visualization: For additional Rizzo Lab tutorials see AMBER Tutorials . In this tutorial, we will learn how to run a molecular dynamics simulation of a protein-ligand complex. We will then post-process that simulation by calculating structural fluctuations (with RMSD) and free energies of binding (MM-GBSA). Contents 1 Biotin Notes 2 Streptavidin Notes 3 What is AMBER? 3.1 AMBER Notes 4 Unix tips 5 Structure Preparation 6 TLEAP 6.1 Visualization: 7 Minimization and equilibration 7.1 sander input parameters 7.2 Sander Flags 7.3 Check results 8 ptraj - Analyzing Your Data 8.1 Making xmgrace plots 8.1.1 Hydrogen bond distance 9 MMGBSA 9.1 Data extraction and calculation Biotin Notes Biotin is also called vitamin H. And it takes part in multiple processes inside the cell. It's a B-complex vitamin (coenzyme) that's involved in gluconeogenesis, citric acid cycle, and various carboxylation reactions. Streptavidin Notes Download PDB Here and view it's details Here . Streptavidin has an incredibly strong affinity for biotin; the dissociation constant for the streptavidin-biotin complex is on the order of femtomolar. .... .... What is AMBER? Amber - A ssisted M odel B uilding with E nergy R efinement - is a suite of about 50 programs that can be used to simulate, study and analyze macromolecular systems such as proteins dissolved in water at physiological conditions. Amber10, the current version (Amber11 soon to be released) of Amber, is extremely advanced, powerful and fast. PMEMD, particle mesh Ewald MD (boundary condition treatment / parallelized code) can churn out 314 ps/day of data for the system dihydrofolate reductase (159 residue protein) in TIP3P water (23,558 total atoms). However, because PMEMD lacks the ability to restrain the atoms we need properly, we will be using SANDER to perform most of our simulations. AMBER Notes The Amber 10 Manual is the primary resource when trying to learn what variables and keywords mean and what they do. Using Adobe Acrobat to view the file, you can simply search the document for keywords, which saves much time. Keywords for preparatory programs: LEaP : creates or modifies systems in Amber. It consists of the functions of prep, link, edit, and parm. ANTECHAMBER : the main Antechamber suite program that helps prepare input files for nucleic acids and proteins for LEaP. Keywords for simulating programs: SANDER : according to the Amber 10 manual, it is 'a basic energy minimizer and molecular dynamics program. This program relaxes the structure by iteratively moving the atoms down the energy gradient until a sufficiently low average gradient is obtained. The molecular dynamics portion generates configurations of the system by integrating Newtonian equations of motion. MD will sample more configurational space than minimization, and will allow the structure to cross over small potential energy barriers. Configurations may be saved at regular intervals during the simulation for later analysis, and basic free energy calculations using thermodynamic integration may be performed. More elaborate conformational searching and modeling MD studies can also be carried out using the SANDER module. This allows a variety of constraints to be added to the basic force field, and has been designed especially for the types of calculations involved in NMR structure refinement'. PMEMD : verison of SANDER that allows parallel scaling and optimized speed. There is a mailing list you could sign-up for, as an additional resource. Unix tips This is specific to our cluster (seawulf) and desktop (mathlab) environments. See Activating your Seawulf Account for details of sw short cut. Download Files from SeaWulf to Herbie: ssh compute.mathlab.sunysb.edu Login in to Herbie mkdir sw_dir make a directory "sw_dir" for which to download files and be organized cd to sw_dir so when you scp files or directories back to Herbie, it copies them to a specific directory - "sw_dir" cd sw_dir scp -r sw:/location_of_files_or_directory/ . Safely Copy, Recursively, /location_of_files_or_directory/ run.sander.MPI.csh include these lines before mpirun command to know which nodes mpi is running on echo "Queue is giving this nodes:" cat \$PBS_NODEFILE echo "MPI is running on:" mpirun -n 8 hostname Structure Preparation To begin with, create the directories in seawulf you will work in, using the commands here: mkdir AMBER_Tutorial cd AMBER_Tutorial cd ~rizzo/AMBER_Tutorial/000.AMBERFILES . mkdir 001.CHIMERA.MOL.PREP mkdir 002.TLEAP mkdir 003.SANDER mkdir 004.ptraj Copy the commands above to your terminal and hit enter one at a time. Our next step will be to process a pdb file into receptor, ligand, and complex so that we have will separate files which will eventually be used to setup a molecular dynamics simulation. Open Chimera, choose File - Fetch by ID, then type in "1df8". Now you will see your protein and ligand in Chimera. 1. It is a dimer, but you need only a monomer. Click Select - chain - B, you would see chain B is highlighted. Then click Action - Atoms/Bonds - delete. Now only a receptor, a ligand and several water molecules are left. 2. Now you need to separate the ligand and receptor. First, Select - residue - HOH, then delete it. File - Save PDB, save this pdb as "1df8.rec.lig.pdb", then Select - residue - BTN, delete it. Save PDB as "1df8.rec.noh.pdb." Second, open the 1df8.rec.lig.pdb, select the receptor and delete it (Tips: you can invert your selection.) Then Tools - structure editing - Add H, press OK. Then Tools - structure editing - Add Charge, press OK (use any charge model at this point). Then Select AM1-BCC charge model and hit OK. This will assign to your ligand the AM1-BCC charge model. File - Save mol2, save it as "1df8.lig.chimera.mol2". Open up 1df8.lig.chimera.mol2 with your favorite text editor (i.e vim). Manually change atom names to be unique. The simplest way is to append a number after each atom label. Save the new file as 1df8.lig.mol2. This has to be done because tleap only uses the first 3 characters as the name and each atom in a given residue must be unique. 1df8.lig.chimera.mol2: 1 C11 32.5640 18.1390 14.0710 C.2 1 BTN1 0.9079 2 O11 33.4260 17.4630 13.4730 O.co2 1 BTN1 -0.8596 3 O12 32.5320 19.3920 13.9660 O.co2 1 BTN1 -0.8472 4 C10 31.5990 17.4500 14.9620 C.3 1 BTN1 -0.1966 5 C9 31.2260 16.0460 14.5600 C.3 1 BTN1 -0.0459 6 C8 30.5160 16.0360 13.2000 C.3 1 BTN1 -0.0920 7 C7 30.0160 14.6260 12.8220 C.3 1 BTN1 -0.0683 8 C2 29.2080 14.5510 11.5450 C.3 1 BTN1 -0.0028 9 S1 27.5110 15.2280 11.7030 S.3 1 BTN1 -0.2811 10 C6 27.1670 14.6500 10.0230 C.3 1 BTN1 -0.0520 11 C5 27.7360 13.2480 9.9740 C.3 1 BTN1 0.0662 12 N1 26.8850 12.1810 10.4970 N.pl3 1 BTN1 -0.4731 1df8.lig.mol2 1 C1 32.5640 18.1390 14.0710 C.2 1 BTN1 0.9079 2 O2 33.4260 17.4630 13.4730 O.co2 1 BTN1 -0.8596 3 O3 32.5320 19.3920 13.9660 O.co2 1 BTN1 -0.8472 4 C4 31.5990 17.4500 14.9620 C.3 1 BTN1 -0.1966 5 C5 31.2260 16.0460 14.5600 C.3 1 BTN1 -0.0459 6 C6 30.5160 16.0360 13.2000 C.3 1 BTN1 -0.0920 7 C7 30.0160 14.6260 12.8220 C.3 1 BTN1 -0.0683 8 C8 29.2080 14.5510 11.5450 C.3 1 BTN1 -0.0028 9 S9 27.5110 15.2280 11.7030 S.3 1 BTN1 -0.2811 10 C10 27.1670 14.6500 10.0230 C.3 1 BTN1 -0.0520 11 C11 27.7360 13.2480 9.9740 C.3 1 BTN1 0.0662 12 N12 26.8850 12.1810 10.4970 N.pl3 1 BTN1 -0.4731 3. At this point we will copy over the contents of AMBER_Tutorial to the Seawulf cluster to run antechamber, tleap, and sander programs. Note that to copy files you must be on a portal to seawulf (i.e. silver, herbie or ringo). If user is on a MATHLAB machine then files are accessible from herbie (also called compute). Therefore login to herbie and copy the files over using: scp -r AMBER_Tutorial sw: This copies the entire folder AMBER_Tutorial (and subfolders) from herbie to your top directory on seawulf Note that these commands only apply to the AMS536 class at Stony Brook (or Rizzo lab rotation students) and is specific for our computer setups. Users outside the University, on other systems, will need to use use slightly different commands TLEAP Class please add in a Tleap section here. Class I've gotten a section started please improve this section. Thanks. describe our protocol and give example input files. Note: The following sections should be done on while you are on the Seawulf cluster. Go to the 002.TLEAP directory cd ~/AMBER_Tutorial/002.TLEAP Next we will use vi to make three input files which will be used by TLEAP to create parameter/topology files and initial coordinate files for (1) the ligand, (2) the receptor, and (3) the complex. Lets make file #1. Use vi and make a file called "tleap.lig.in". Cut and paste the following into the file and save it. set default PBradii mbondi2 source leaprc.ff99SB loadoff ions.lib loadamberparams ions.frcmod source leaprc.gaff loadamberparams gaff.dat.rizzo loadamberparams 1df8.lig.ante.frcmod loadamberprep 1df8.lig.ante.prep lig = loadpdb 1df8.lig.ante.pdb saveamberparm lig 1df8.lig.gas.leap.prm7 1df8.lig.gas.leap.rst7 solvateBox lig TIP3PBOX 10.0 saveamberparm lig 1df8.lig.wat.leap.prm7 1df8.lig.wat.leap.rst7 charge lig quit Repeat this process for file#2 called "tleap.rec.in" set default PBradii mbondi2 source leaprc.ff99SB loadoff ions.lib loadamberparams ions.frcmod REC = loadpdb ../001.CHIMERA.MOL.PREP/1df8.rec.noh.pdb saveamberparm REC 1df8.rec.gas.leap.prm7 1df8.rec.gas.leap.rst7 solvateBox REC TIP3PBOX 10.0 saveamberparm REC 1df8.rec.wat.leap.prm7 1df8.rec.wat.leap.rst7 charge REC quit Do the same for a file#3 called "tleap.com.in" set default PBradii mbondi2 source leaprc.ff99SB loadoff ions.lib loadamberparams ions.frcmod source leaprc.gaff loadamberparams gaff.dat.rizzo REC = loadpdb ../001.CHIMERA.MOL.PREP/1df8.rec.noh.pdb loadamberparams 1df8.lig.ante.frcmod loadamberprep 1df8.lig.ante.prep LIG = loadpdb 1df8.lig.ante.pdb COM = combine {REC LIG} saveamberparm COM 1df8.com.gas.leap.prm7 1df8.com.gas.leap.rst7 solvateBox COM TIP3PBOX 10.0 saveamberparm COM 1df8.com.wat.leap.prm7 1df8.com.wat.leap.rst7 charge COM quit Now we will make a csh script (also called a shell script) which is used to setup all necessary files used for molecular dynamics calculations. Note that many commands in so-called shell scripts can be performed manually on the command line but we use scripts to makes the process easier. Note that the csh script will use the three files we mmade above. make a file called "run.TLEAP.csh" and cut and paste the following into the file and save it. #! /bin/tcsh set workdir = "~/AMBER_Tutorial/002.TLEAP" cd $workdir rm 1df8.* ANTECHAMBER* *.out ATOMTYPE.INF leap.log NEWPDB.PDB PREP.INF cp ../000.AMBERFILES/* . antechamber -i ../001.CHIMERA.MOL.PREP/1df8.lig.mol2 -fi mol2 -o 1df8.lig.ante.pdb -fo pdb antechamber -i ../001.CHIMERA.MOL.PREP/1df8.lig.mol2 -fi mol2 -o 1df8.lig.ante.prep -fo prepi parmchk -i 1df8.lig.ante.prep -f prepi -o 1df8.lig.ante.frcmod tleap -s -f tleap.lig.in tleap.lig.out tleap -s -f tleap.rec.in tleap.rec.out tleap -s -f tleap.com.in tleap.com.out ambpdb -p 1df8.com.gas.leap.prm7 -tit "pdb" 1df8.com.gas.leap.rst7 1df8.com.gas.leap.pdb exit Make sure that the three programs you want to run are accessible by your environment by using the "which" command: which antechamber which tleap If the programs are not found please let your TA know. To run this script you will issue the following command: csh run.TLEAP.csh It is essential that you fully understand the various commands performed when you execute the above shell script. For example, making directories, copying files, running executables, etc. The primary purpose of the script is to assign force field parameters to each of the three species. For example, antechamber is run first to create a pdb and then a prepi file, which contains the internal coordinates of the ligand. Then parmchk is run to create a frcmod file, which contains additional parameters not in GAFF and needed by tleap. Look at your input and output files for ALL tleap calculations with your favorite text editor (eg. vim) to be sure you understand what is being done. Note that for the receptor processing four residues (22, 27, 40, and 57) have two possible conformers, when tleap builds your parameter/topology and coordinate files only the first occurrence of each residue is retained. See section below and leap output. To insure that TLEAP ran correctly and generated all necessary files issue the following: ls You should have all of the following files: 1df8.com.gas.leap.prm7 1df8.rec.gas.leap.rst7 ions.lib 1df8.com.gas.leap.rst7 1df8.rec.wat.leap.prm7 leap.log 1df8.com.wat.leap.prm7 1df8.rec.wat.leap.rst7 NEWPDB.PDB 1df8.com.wat.leap.rst7 ANTECHAMBER_AC.AC parm.e16.dat 1df8.lig.ante.frcmod ANTECHAMBER_AC.AC0 PREP.INF 1df8.lig.ante.pdb ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC run.TLEAP.csh 1df8.lig.ante.prep ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 tleap.com.in 1df8.lig.gas.leap.prm7 ANTECHAMBER_PREP.AC tleap.com.out 1df8.lig.gas.leap.rst7 ANTECHAMBER_PREP.AC0 tleap.lig.in 1df8.lig.wat.leap.prm7 ATOMTYPE.INF tleap.lig.out 1df8.lig.wat.leap.rst7 gaff.dat.rizzo tleap.rec.in 1df8.rec.gas.leap.prm7 ions.frcmod tleap.rec.out Visualization: On Herbie, copy the prmtop and rst files from seawulf to Herbie: cd ~/AMBERTutorial/002.TLEAP/ scp sw:~/AMBERTutorial/002.TLEAP/\*.rst7 . scp sw:~/AMBERTutorial/002.TLEAP/\*.prm7 . Note that we had to escaping the "*" with "\*". This is because the "*" has a function which stands for wild card on the current machine (herbie). The "\*" is the escaping the function and is just the passing the character the the other machine (seawulf). run VMD on your desktop. Main window File-New Molecule load prm7 solvated complex then load rst7 solvated complex LETS INSERT SOME FIGURES HERE. Minimization and equilibration In order to adjust our structures to the force field and remove any model building artifacts, we first perform a several-step equilibration protocol. Several iterations of minimization and molecular dynamics will be preformed with decreasing restraints. The first step: Relaxing the experimental or silico structure Write the following to file 01mi.in: 01mi.in: equilibration cntrl imin = 1, maxcyc = 1000, ntmin = 2, ntx = 1, ntc = 1, ntf = 1, ntb = 1, ntp = 0, ntwx = 1000, ntwe = 0, ntpr = 1000, scee = 1.2, cut = 8.0, ntr = 1, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt=5.0, / lets try and run a minimization 1. request a processor (on a node) to run your jobs on from the queue (i.e. log onto a node interactively). qsub -I -l nodes=1:ppn=1 2. next you will run a serial version of sander on the processor by performing the following command on the command line. sander -O -i 01mi.in -o 01mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 -ref ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 \ -x 01mi.trj -inf 01mi.info -r 01mi.rst 3. exit the node. 4. Now lets submit this same job remotely by doing the following: Write the tcsh file test1.qsub.csh #! /bin/tcsh #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=720:00:00 #PBS -o zzz.qsub.out #PBS -e zzz.qsub.err #PBS -V set workdir = "~/AMBER_Tutorial/003.SANDER" cd ${workdir} cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq sander -O -i 01mi.in -o 01mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 -ref ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 \ -x 01mi.trj -inf 01mi.info -r 01mi.rst exit Make this file executable by doing the following: chmod +x test1.qsub.csh Now submit the job to the queue qsub test1.qsub.csh 5. Now lets run perellel sander: Write the tcsh file test2.qsub.csh #! /bin/tcsh #PBS -l nodes=2:ppn=2 #PBS -l walltime=720:00:00 #PBS -o zzz.qsub.out #PBS -e zzz.qsub.err #PBS -V set workdir = "~/AMBER_Tutorial/003.SANDER" cd ${workdir} cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq mpirun -n 4 sander.MPI -O -i 01mi.in -o 01mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 -ref ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 \ -x 01mi.trj -inf 01mi.info -r 01mi.rst7 exit Make this file executable by doing the following: chmod +x test2.qsub.csh Now submit the job to the queue qsub test2.qsub.csh Write the following to file 10md.in: 10md.in: production (500000 = 1ns) cntrl imin = 0, ntx = 5, irest = 1, nstlim = 500000, temp0 = 298.15, tempi = 298.15, ig = 71287, ntc = 2, ntf = 1, ntt = 1, dt = 0.002, ntb = 2, ntp = 1, tautp = 1.0, taup = 1.0, ntwx = 500, ntwe = 0, ntwr = 500, ntpr = 500, scee = 1.2, cut = 8.0, iwrap = 1, ntr = 1, nscm = 100, restraintmask = ':1-118@CA,C,N', restraint_wt = 0.1, / The following are our exacted equilibration and production protocols. equilibration: 01mi.in: maxcyc = 1000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 5.0, 02md.in: ntx = 1, irest = 0, nstlim = 50000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 5.0, dt = 0.001, 03mi.in: maxcyc = 1000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 2.0, 04mi.in: maxcyc = 1000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 0.1, 05mi.in: maxcyc = 1000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 0.05, 06md.in: ntx = 1, irest = 0, nstlim = 50000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 1.0, dt = 0.001, ntwx = 1000, ntwr = 1000, ntpr = 1000, 07md.in: nstlim = 50000, restraintmask = ':1-119 !@H=', restraint_wt = 0.5, dt = 0.001, ntwx = 1000, ntwr = 1000, ntpr = 1000, 08md.in: nstlim = 50000, restraintmask = ':1-118@CA,C,N', restraint_wt = 0.1, dt = 0.001, ntwx = 1000, ntwr = 1000, ntpr = 1000, 09md.in: nstlim = 50000, restraintmask = ':1-118@CA,C,N', restraint_wt = 0.1, dt = 0.001, ntwx = 1000, ntwr = 1000, ntpr = 1000, production: 10md.in: nstlim = 500000, restraintmask = ':1-118@CA,C,N', restraint_wt = 0.1, dt = 0.002, 11md.in: nstlim = 500000, restraintmask = ':1-118@CA,C,N', restraint_wt = 0.1, dt = 0.002, Note that the other parameters not specified should be the same as those in the above two files for minimization and molecular dynamics, respectively. copy and modify 01mi.in for the minimization inputs and 10md.in for the Molecular Dynamics inputs. Now, lets run the equilibration and production. Write the tcsh file equil.produc.qsub.csh #! /bin/tcsh #PBS -l nodes=4:ppn=2 #PBS -l walltime=720:00:00 #PBS -o zzz.qsub.out #PBS -e zzz.qsub.err #PBS -V set workdir = "~/AMBER_Tutorial/003.SANDER" cd ${workdir} cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 01mi.in -o 01mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 -ref ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.rst7 \ -x 01mi.trj -inf 01mi.info -r 01mi.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 02md.in -o 02md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 01mi.rst7 -ref 01mi.rst7 -x 02md.trj -inf 02md.info -r 02md.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 03mi.in -o 03mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 02md.rst7 -ref 02md.rst7 -x 03mi.trj -inf 03mi.info -r 03mi.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 04mi.in -o 04mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 03mi.rst7 -ref 03mi.rst7 -x 04mi.trj -inf 04mi.info -r 04mi.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 05mi.in -o 05mi.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 04mi.rst7 -ref 04mi.rst7 -x 05mi.trj -inf 05mi.info -r 05mi.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 06md.in -o 06md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 05mi.rst7 -ref 05mi.rst7 -x 06md.trj -inf 06md.info -r 06md.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 07md.in -o 07md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 06md.rst7 -ref 05mi.rst7 -x 07md.trj -inf 07md.info -r 07md.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 08md.in -o 08md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 07md.rst7 -ref 05mi.rst7 -x 08md.trj -inf 08md.info -r 08md.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 09md.in -o 09md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 08md.rst7 -ref 05mi.rst7 -x 09md.trj -inf 09md.info -r 09md.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 10md.in -o 10md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 09md.rst7 -ref 05mi.rst7 -x 10md.trj -inf 10md.info -r 10md.rst7 mpirun -n 8 sander.MPI -O -i 11md.in -o 11md.out -p ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 \ -c 10md.rst7 -ref 05mi.rst7 -x 11md.trj -inf 11md.info -r 11md.rst7 exit Make this file executable by doing the following: chmod +x equil.produc.qsub.csh Now submit the job to the queue qsub equil.produc.qsub.csh To see that you have successfully submitted your job and monitor its progress uses the following: qstat or qstat -u username sander input parameters cntrl - Tells SANDER that what follows are control variables. imin=1 - Perform Minimization maxcyc=1000 - Perform 1000 Minimization Steps ntmin=2 - Steepest Descent Method of Minimization ntx=1 - Initial Coordinates Lack Velocity - it's a restart file (See VMD) ntc=1 - "SHAKE" Posititional Restraints OFF (Default) ntf=1 - Calculate All types of Forces (bonds, angles, dihedrals, non-bonded) ntb=1 - Constant Volume Boundary Periodicity ntp=0 - No Pressure Regulation ntwx=1000 - Print Coordinates Frequency ntwe=0 - Print Energy to "mden" Frequency ntpr=1000 - Print Readable Energy Information to "mdout" and "mdinfo" scee' - 1-4 Coulombic Forces are Divided (Default=1.2) cut=8.0 - Coulombic Force Cutoff distance in Angstroms restraintmask = ':1-119 !@H=', - restraint the residues matching the mask':1-119 !@H='. Here, we're restraining residues 1 through 119 and everything that isn't hydrogen. Essentially, onlt Hydrogen atoms move free of restraint. restraint_wt=5.0 is the Force Constant assigned to the restrained atoms. Each atom "sits" in a potential-energy well characterized by a "5.0" kcal/mol wall. / is used to the machine to stop the job when it's done. Sander Flags A Production simulation is the final simulation to be performed. Once the structure is built (See tLeap section), minimized and equilibrated (See Minimization and equilibration section) and only essential restraints retained, production dynamics produce the data used to answer the scientific question at hand. The previous steps were just preparatory. The important instructions are the 18th and 19th lines - mpirun. mpirun - Instructs SeaWulf (SW) to use an mpi regime. -n - Denotes number of processors (Here 8) sander.MPI - Is the actual MPI code to be run. This is the heart of the whole course. The text after this and on this line will be instructions for sander. -O Overwrite previous output files with the new ones (to be produced by this job). This is useful in that if you have to run this script more than once, then something must have gone wrong. Thus, this will simply overwrite the files that are erroneous anyways. Don't use this if you really know what your doing and have a reasonable reason for doing so. -i Points sander to the input file (10md.in then 11md.in). -o Instructs sander to write the output file (10md.out then 11md.out), which contains the energies written by sander during dynamics. The various variables within the input file will determine the nature of the output: How frequently are the energies printed? How detailed is the information? What types of energies are being printed? -p Points sander to the topology (aka p arameter file). See Amber10 manual if you don't know what this is. -c Points sander to the coordinates (corresponding to the topology file from above) for which you want the production dynamics to begin from. In this case, we're starting with the final (snapshot - single frame) frame from the previous (equilibration) run, 9md.rst. The .rst at the end of a file means "restart". "restart" files are single frames. They can contain subtle information in addition to simply the number of atoms in the file (first line) and the x, y and z coordinates for each atom (which is why you need the topology file to give those x,y,z's meaning - what atom has what coordinates) so check the Amber10 manual if you're curious. -ref Specifies for sander which file you would like the restraints (if not using restraints, then -ref is not used) to be centered on. The reference is a snapshot-set of coordinates which you have carefully chosen to represent the "ideal" structure you would like the dynamics (sander) to use as a "reference"; using the restrain_wt option in the input file, you're telling sander how much like the reference structure you want your dynamical system to be. The restraint_wt option acts like a spring, where harmonically the reference coordinates and coordinates of the dynamical system are "psuedo-connected." Thus, it is imperative that the reference structure be realistic (say the coordinates of the crystal structure) and be the same system (i.e. same number of atoms). -x Instructs sander to print the trajectory (position of each atom along with its velocity) every ntwx steps. This is the "Big" file. When your simulation is complete, zip the trajectories: gzip 10md.trj gzip 11md.trj The trajectories are, in my opinion, the most important component of a MD experiment. So, read the Amber10 Manual. You could notice that ptraj uses the trajectory files to perform the bulk of the data analysis like RMSD, H-bonding evolution, radius of gyration, pi-stacking, etc., etc. -info Gives the results of the interactions between the supercomputer and sander: How did the calculation proceed? Did everything work properly? Did the simulation run to completion? This flag can be useful in debugging failed jobs....hk... -r Instructs sander to write a restart file. The frequency this is done is specified is ntwr in the 10md.in / 11md.in files. Usually ntwr=500 . A restart file will be written at the end of the simulation - the final snapshot of the simulation will be the restart file if and when the simulation has run successfully to completion. During the simulation, however, this file is continuously re-written as a fail-safe - say the supercomputer crashes during your 10ns simulation, which has been running for 3 weeks. Well, the restart file is printed every ntwr steps so you could, as the name of the flag implies, simply restart the simulation (with minor modification to the input file and above runsander.csh script) from the last snapshot before the crash. Check results When your simulations have finished, you ought to check the stability and realism of results. Use the script E_asis to analyze the the mdout files. This ought to also be used to check the validity and stability of your production runs. Download E_asis onto your local machine (the one you're using right now). Once saved onto local machine, transfer it to you working directory on Herbie, Seawulf, etc. Follow usual protocols to do this. This script will extract the energy, temperature, pressure and volume (and averages thereof) from the mdout file. To execute, do the following (it may be a good idea to make a separate directory just for this analysis, as many files are created): chmod +x E_asis ./E_asis Filename.out Filenames, as per this tutorial ought to be 01min, 02md, 03md, etc. To analyze the whole equilibration experiment (i.e. 01min to 09md), the following may work. Please check the results to be sure it worked properly. There are various ways to coordinate the analysis of these output files.. ./E_asis *.out ptraj - Analyzing Your Data We will use ptraj, a program that is distributed with AMBER Tools, for our analysis. It is simple to do the same analysis with VMD, and you may wish to do so and include it in the tutorial. You will want to create a directory called 004.PTRAJ mkdir 004.PTRAJ Then go the directory you just created cd 004.PTRAJ In that directory, you will need to create the following input file called ptraj.1.in containing the following lines: trajin ../003.SANDER/10md.trj 1 1000 1 trajin ../003.SANDER/11md.trj 1 1000 1 trajout 1df8.trj.strip nobox strip:WAT This will concatenate your two 1ns trajectories together, strip off the waters, and output it as a new file called 1df8.trj.strip. To execute, in the command line write: ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 ptraj.1.in ptraj.1.log Note: Because we are piping the ptraj output in the .log file, always check this file afterwards to ensure everything when smoothly. If something isn.t found, check your paths, and if something wasn.t executed correctly, check your commands. Now create a new file called ptraj.2.in containing the following lines: trajin 1df8.trj.strip 1 2000 1 trajout 1df8.com.trj.stripfit reference ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.rst7 rms reference out 1df8.rmsd.CA.txt:1-118@CA To execute, in the command line write: ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.2.in ptraj.2.log This will align your trajectory using the positions of the receptor.s alpha carbons, and output a file containing the rmsd of the alpha carbons, and new trajectory fit aligned using those atoms. . If you open the text file, you will see two columns of data, the frame in the first column and the rmsd in the second. You can use any graphing software to create a plot of the rmsd of the alpha carbons. This should be very stable, because we restrained these in our simulation (see 10md.in and 11md.in). For our final rmsd analysis, create a file called ptraj.3.in containing: trajin 1df8.com.trj.stripfit 1 2000 1 reference ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.rst7 rms reference out 1df8.lig.rmsd.txt:119@C*,N*,O*,S* nofit To execute: ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.3.in ptraj.3.log This will create a txt file containing the rmsd of the ligand to the original crystal structure (as represented by our reference, 1df8.com.gas.leap.rst7). Again, graph it, and look for deviations in the rmsd. Visualize the trajectory using vmd (loading in the stripfit trajectory as an AMBER coordinate file using the 1df8.com.gas.leap.prm7 file would be the most expeditious route) and identify what the major changes are. You may wish to do further analysis about distances between certain atoms or the presence of hydrogen bonds using VMD or ptraj (see link below). Finally, we will want to perform MMGBSA analysis on our trajectories. To do this, we will need a trajectory with our complex and no waters (which we created above called 1df8.com.trj.stripfit), and will want to create two more trajectories containing just the receptor and just the ligand. To do so, we.ll need two more ptraj inputs: ptraj.4.in containing: trajin 1df8.com.trj.stripfit 1 2000 1 trajout 1df8.rec.trj.stripfit strip:119 and ptraj.5.in containing: trajin 1df8.com.trj.stripfit 1 2000 1 trajout 1df8.lig.trj.stripfit strip:1-118 To execute, type in the following commands: ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.4.in ptraj.4.log ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.5.in ptraj.5.log Also, you can write a csh file to go through the procedure above. Make a file analy.1.csh in your AMBER_tutorial directory as follows: #! /bin/tcsh mkdir 004.PTRAJ cd ./004.PTRAJ cat EOF ptraj.1.in trajin ../003.SANDER/10md.trj 1 1000 1 trajin ../003.SANDER/11md.trj 1 1000 1 trajout 1df8.trj.strip nobox strip:WAT EOF ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.wat.leap.prm7 ptraj.1.in ptraj.1.log cat EOF ptraj.2.in trajin 1df8.trj.strip trajout 1df8.com.trj.stripfit reference ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.rst7 rms reference out 1df8.rmsd.CA.txt:1-118@CA EOF ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.2.in ptraj.2.log cat EOF ptraj.3.in trajin 1df8.com.trj.stripfit reference ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.rst7 rms reference out 1df8.lig.rmsd.txt:119@C*,N*,O*,S* nofit EOF ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.3.in ptraj.3.log cat EOF ptraj.4.in trajin 1df8.com.trj.stripfit trajout 1df8.rec.trj.stripfit strip:119 EOF cat EOF ptraj.5.in trajin 1df8.com.trj.stripfit trajout 1df8.lig.trj.stripfit strip:1-118 EOF ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.4.in ptraj.4.log ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 ptraj.5.in ptraj.5.log cd .. Then use "csh" command to execute the file analy.1.in in your AMBER_tutorial directory. Making xmgrace plots Write out a tcsh script to run xmgrace foreach distance (28OH_119O14 12OG_119O14) cat EOF $distance.grace.in READ NXY "$distance.out" s0 legend "$distance" title "Hbond Distance" xaxis label "time (ps)" yaxis label "Hbond distance (angstroms)" PRINT TO "$distance.eps" DEVICE "EPS" OP "level2" PRINT EOF xmgrace -batch $distance.grace.in -nosafe -hardcopy end This will generate two eps plots for the hydrogen bond distances. Hydrogen bond distance Before using ptraj to measure the H-bond distance, it's better to know which atoms we want to put in the ptraj script. VMD can automatically draws these H-bonds. First, select the ligand and residues around the ligand. Second, change the Drawing Method to HBonds . After we know the atom name, we use distance command to measure the distance between two atoms. Here is the sample script ptraj ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 EOF trajin ../004.PTRAJ/1df8.com.trj.stripfit distance 34N_119O2:34@N:119@O2 out 34N_119O2.out distance 73OG_119O3:73@OG:119@O3 out 73OG_119O3.out distance 12OG_119O14:12@OG:119@O14 out 12OG_119O14.out distance 28OH_119O14:28@OH:119@O14 out 28OH_119O14.out EOF Plot the result. Here is the sample. It will be a good way to compare the H-bond distance with the binding free energy from MM-GBSA. MMGBSA Move up one directory and create the following directory: mkdir 005.MMGBSA In this new directory, you will want to create this final file called “gb.rescore.in” containing: Single point GB energy calc cntrl ntf = 1, ntb = 0, ntc = 2, idecomp= 0, igb = 5, saltcon= 0.00, gbsa = 2, surften= 1.0, offset = 0.09, extdiel= 78.5, cut = 99999.0, nsnb = 99999, scnb = 2.0, scee = 1.2, imin = 5, maxcyc = 1, ncyc = 0, / You will then want to create a csh script that contains the following lines of command (called run.sander.rescore.csh) #! /bin/tcsh #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -l walltime=24:00:00 #PBS -o zzz.qsub.out #PBS -e zzz.qsub.err #PBS -V set workdir = “${HOME}/AMBER_Tutorial/005.MMGBSA” cd ${workdir} sander -O -i gb.rescore.in \ -o gb.rescore.out.com \ -p ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.rst7 \ -y ../004.PTRAJ/1df8.com.trj.stripfit \ -r restrt.com \ -ref ../002.TLEAP/1df8.com.gas.leap.rst7 \ -x mdcrd.com \ -inf mdinfo.com sander -O -i gb.rescore.in \ -o gb.rescore.out.lig \ -p ../002.TLEAP/1df8.lig.gas.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.lig.gas.leap.rst7 \ -y ../004.PTRAJ/1df8.lig.trj.stripfit \ -r restrt.lig \ -ref ../002.TLEAP/1df8.lig.gas.leap.rst7 \ -x mdcrd.lig \ -inf mdinfo.lig sander -O -i gb.rescore.in \ -o gb.rescore.out.rec \ -p ../002.TLEAP/1df8.rec.gas.leap.prm7 \ -c ../002.TLEAP/1df8.rec.gas.leap.rst7 \ -y ../004.PTRAJ/1df8.rec.trj.stripfit \ -r restrt.rec \ -ref ../002.TLEAP/1df8.rec.gas.leap.rst7 \ -x mdcrd.rec \ -inf mdinfo.rec exit Then you should qsub this script: chmod +x run.sander.rescore.csh qsub run.sander.rescore.csh After this job has run, you will obtain your output files: gb.rescore.out.com, gb.rescore.out.lig, and gb.rescore.out.rec. In these files, the single point energy calculation results will be written out for each individual frame. It can be found in the results section and should look like this: FINAL RESULTS NSTEP ENERGY RMS GMAX NAME NUMBER 1 7.9662E+03 1.9504E+01 1.3272E+02 C 3403 BOND = 836.7674 ANGLE = 2343.1208 DIHED = 2917.9356 VDWAALS = -2299.0570 EEL = -19265.6215 EGB = -3539.4050 1-4 VDW = 1071.1234 1-4 EEL = 11631.2887 RESTRAINT = 0.0000 ESURF = 14270.0746 minimization completed, ENE= 0.79662270E+04 RMS= 0.195036E+02 minimizing coord set # 2 You will need to obtain the necessary results and perform simple calculations on them. First, to easily obtain the results (without doing a LOT of copying or deleting) is to use the grep command. Note, if you are familiar with python or perl, it would be simplest to write a little program to read in these files and obtain these values. For the following set of commands, you’ll need to do this for com, lig, and rec. In the command line, type grep VDWAALS gb.rescore.out.com vdw.com.txt grep ESURF gb.rescore.out.com surf.com.txt You can take these text files, import them into excel, and do the rest of your modifications there. Remember that to obtain the Gvdw term, you need to take the SASA (which is ESURF) and input into equation 1: ΔGnonpolar = SASA*0.00542 + 0.92 Also, the mmgbsa of a given system can be determined by equation 2: ΔGmmgbsa = ΔGvdw + ΔGcoul + ΔGpolar + ΔGnonpolar From the output file: VDWAALS = ΔGvdw EELS = ΔGcoul EGB = ΔGpolar You can then easily calculate the ΔΔGbind by using equation 3: ΔΔGbind = ΔGmmgbsa,complex – (ΔGmmgbsa,lig + ΔGmmgbsa,rec) You will want to careful when doing your analysis that the results from frame 1 for the receptor and ligand are subtracted from the results from frame 1 for your complex. By doing this in excel, you should have 2000 frames for each, and the values should cleanly line up. Finally, you will want to plot your ΔΔGbind and examine if you see corresponding changes in the ligand position and the ΔΔGbind. Also, you should determine the mean and standard deviation for your ΔΔGbind. Please remember, you are required to post your analysis and the process by which you obtained your results on the wiki. If you use different programs or a different approach or do any further analysis, please share with your peers. When posting, be clear, and concise but thorough. Change "run.sander.rescore.csh" into an executable chmod +x run.sander.rescore.csh Submit the run.sander.rescore.csh to the queue qsub run.sander.rescore.csh Monitor your job qstat -u YourUserName Data extraction and calculation When your restoring calculation finishes, you have the following three output files: "gb.rescore.out.com", "gb.rescore.out.lig", and "gb.rescore.out.rec". Use the following script, entitled get.mmgbsa.bash, to extract data and calculate MMGBSA energy for each snap shot. #! /bin/bash # by Haoquan echo com lig rec namelist LIST=`cat namelist` for i in $LIST; do grep VDWAALS gb.rescore.out.$i | awk '{print $3}' $i.vdw grep VDWAALS gb.rescore.out.$i | awk '{print $9}' $i.polar grep VDWAALS gb.rescore.out.$i | awk '{print $6}' $i.coul grep ESURF gb.rescore.out.$i | awk '{print $3 * 0.00542 + 0.92}' $i.surf paste -d " " $i.vdw $i.polar $i.surf $i.coul | awk '{print $1 + $2 + $3 + $4}' data.$i rm $i.* done paste -d " " data.com data.lig data.rec | awk '{print $1 - $2 - $3}' data.all for ((j=1; j=`wc -l data.all | awk '{print $1}'`; j+=1)) do echo $j , time done paste -d " " time data.all MMGBSA_vs_time rm namelist time data.* Run this script: bash get.mmgbsa.bash Now you have the final data sheet: MMGBSA_vs_time. Copy them to excel or Origin and separate two columns by comma.; 个人分类: 分子模拟|7300 次阅读|0 个评论

[转载]Gromacs运行参数: momoqianxing 2011-9-30 20:35; Gromacs运行参数 http://wiki.klniu.com/wiki/Gromacs%E8%BF%90%E8%A1%8C%E5%8F%82%E6%95%B0#Free_energy_calculations 目录 1 Preprocessing 2 Run control 3 Langevin dynamics 4 Energy minimization 5 Shell Molecular Dynamics 6 Test particle insertion 7 Output control 8 Neighbor searching 9 Electrostatics 10 VdW 11 Tables 12 Ewald 13 Temperature coupling 14 Pressure coupling 15 Simulated annealing 16 Velocity generation 17 Bonds 18 Energy group exclusions 19 Walls 20 COM pulling 21 NMR refinement 22 Free energy calculations 23 Non-equilibrium MD 24 Electric fields 25 Mixed quantum/classical molecular dynamics 26 Implicit solvent 27 User defined thingies Preprocessing include = …; 指定拓扑结构目录 define = ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES; 位置限制restraints -DFLEXIBLE; 柔性水代替刚性水 Run control integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法） md; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分 steep; 最陡下降法，用于能量最小化 cg ；共轭梯度法; 用于能量最小化（需双精度，且先需做steep） tinit = ; 模拟开始时刻(仅用于md、sd、bd） dt = ; 积分步长(仅用于md、sd、bd) nsteps = ; 积分或能量最小化步数(-1为无穷大) init_step =; 起始步 comm_mode = ; 质心运动控制 Linear; 限制质心平移 Angular; 限制质心平移及绕心转动 No ；无限制 nstcomm = ; 质心移动频率（默认为10步） comm_grps = ; 组质心设定，默认为整个体系 Langevin dynamics Energy minimization emtol = ; 能量最小化收敛值，默认为10.0 KJ mol-1 nm-1，用于steep emstep = ; 初始步长，默认为0.01 nm，用于steep nstcgsteep = ; 共轭梯度法能量最小化步数，默认1000步 Shell Molecular Dynamics Test particle insertion Output control nstxout = ; 坐标保存到轨迹文件的频率，默认100步 nstvout = ; 速度保存到轨迹文件的频率，默认100步 nstfout = ；力保存到轨迹文件的频率，默认0步 nstlog = ；log文件更新频率，默认100步 nstcalcenergy = ；能量计算频率 0 ；从不计算 -1；默认，与nstlist更新频率一致，双截断为公倍数 nstenergy = ；能量保存到轨迹文件的频率，默认100步，必须是nstcalcenergy的倍数 nstxtcout = ；坐标保存到xtc轨迹文件的频率，默认100步 xtc_precision = ；xtc轨迹文件精度，默认1000 xtc_grps = ；保存到xtc轨迹文件的组，nstxtcout需大于0 energygrps = ；保存能量的组（组的名称） Neighbor searching nstlist = ；邻近列表更新频率，默认10步 ns_type = ；邻近列表搜索方法 grid ；网格搜索 simple ；简单搜索 pbc = ；周期性边界条件Periodic boundary conditions xyz ；使用周期性边界条件Periodic boundary conditions no ；没有周期性边界条件 xy; 尽在xy方向使用周期性边界条件 periodic_molecules = no ；分子是有限的 yes ；分子是无限的，使用周期性边界条件 rlist = ; 短程邻近列表截断，默认1 (nm) rlistlong = ；长程邻近列表截断，默认-1(nm)，需配合双程截断 Electrostatics coulombtype = PME; 库伦计算方式 particle mesh ewald rcoulomb = ；短程库伦截断，默认0.9(nm) VdW VdWtype = ；范德华力计算方式 Cut-off ； rvdw = ；短程范德华力截断，默认1 nm DispCorr = ；色散校正 no ；不修正 EnerPres ；使用长程色散校正能量和压力 Ener ；使用长程色散校正能量 Tables Ewald fourierspacing = ； FFT傅里叶变换格点间距，默认0.12nm，与PME同时使用 fourier_nx (0); fourier_ny (0); fourier_nz: (0) ？？？？ pme_order = ；PME插值，默认4表示3次插值，并行式可使用6//8/10，同时减少格点间距 Temperature coupling tcoupl = ；指定热耦合方法 no ；不使用 berendsen nose-hoover v-rescale nsttcouple = ；热耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致 tc_grps = ；热耦合组 tau_t = ；热耦合时间常数，ps，-1，表示不耦合，个数对应组 ref_t = ；参考温度——恒温值，个数对应组 Pressure coupling pcoupl = ；指定压力耦合方式 no ；不耦合，即固定盒子大小 berendsen Parrinello-Rahman pcoupltype = ； isotropic ；盒子各向同性 semiisotropic ； x/y 方向同性，z向不同性，需2值分别对应x/y和z，一般用于膜模拟 anisotropic ；各向异性 surface-tension ； xy平面张力耦合 nstpcouple = ；压力耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致，速度积分时设为1 tau_p = ；压力耦合时间常数，默认1 ps compressibility = ；水可压缩性，1 bar300 K时为4.5e-5 bar-1 ref_p = ；参考压力——恒压值，一般为1 bar refcoord_scaling = ；？？？？？坐标限制尺寸？？ no ；坐标限制不被修改，默认值 all com Simulated annealing annealing = ；指定每个温度组别的退火算法 no ；不进行模拟退火，仅耦合参考温度值 single ；单序模拟退火，若模拟时间长于升温的最后时间，则之后是耦合温度 periodic ；从最初的温度开始，到最后的温度，在整个模拟时间里面反复进行 annealing_npoints = ；退火参考/控制点数，与温度组别值相等，0表示不使用退火 annealing_time = ；每个温度组别退火时间，若使用周期性退火，则在最后一个值再开始退火，ps，个数与annealing_npoints的值一致 annealing_temp = ；退火温度组别，个数与annealing_npoints的值一致 Velocity generation gen_vel = ；速度生成 no ；不生成速度。输入文件没有速度，则为0 yes ；根据麦克斯韦速度分布函数生成速度，只对md有意义 gen_temp = ；体系温度，用于麦克斯韦速度分布 gen_seed = ；初始速度初始随机数，-1表示为进程的ID数 Bonds constraints = ；键约束 none ；没有约束，除了特意指明的外 hbonds ；氢键约束 all-bonds ；所有键约束 h-angles ；所有氢键键长和键角约束 all-angles ；所有键长键角约束 constraint_algorithm = ；约束算法 LINCS ；不能用于角度约束 SHAKE ；比LINCS慢且不稳定；不能用于能量最小化 continuation = ； no ；初始构象应用约束，并复位，第一次md yes ；初始构象不约束，不复位，用于精确地继续计算或重计算 shake_tol = ；默认0.0001， SHAKE相对容忍度 lincs_order = ；约束耦合矩阵阶次，用于LINCS精度，默认4 lincs_iter = ；迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1 lincs_warnangle = ；键最大旋转角度，默认30° morse = ； no ；键为谐波势能 yes ；键为morse势能 Energy group exclusions energygrp_excl = ；排除一对组之间的非键相互作用，在能量计算等方面应用 Walls COM pulling pull = ； no ；没有质心拉伸，一般不写，因为会产生警告 umbrella ；伞形势能拉伸质心 constraint ； ………….待续 NMR refinement disre = ； no ；没有距离限制 simple ； ……………待续 Free energy calculations free_energy = ； no ；仅适用拓扑A yes ； lambda插值，在拓扑A（lambda=0）和拓扑B（lambda=1）之间插入lambda值……………待续 Non-equilibrium MD Electric fields Mixed quantum/classical molecular dynamics Implicit solvent User defined thingies 查 • 论 • 编 Gromacs Gromacs程序 editconf · g_densmap · g_energy · genbox · genconf · genion · grompp · mdrun · pdb2gmx · tpbconv Gromacs文件类型 itp · mdp · pdb · tpr Gromacs实践 Gromacs模拟基本流程 · 实验室用Gromacs模拟基本流程1 · Gromacs MD Flowchart 力场 Gromos43a2力场其他 Gromacs运行参数; 个人分类: 分子模拟|5778 次阅读|0 个评论

包治百病的“药物”出现了吗？（下）: 热度 2 Puriney 2011-9-30 16:46; 为了不想让这些文章拖太久，虽然也没什么人有兴趣看。但是本着完整性，心中寂寞的我还是在厦门旅游的最后一晚赶紧把这最后的下阕给补出来。这个系列分为三部分，第一部分分享的是一种治疗各类病毒的万能药物、第二部分分享的是一种治疗各类甲型流感（甲流）的万能抗体。按照治疗的路线，这里讲到高速发展的学科——合成生物学的一篇治疗应用代表作——人工改造的大肠杆菌来杀死绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)。生化危机？生化福音？ 2011年8月，合成生物学界的又一个应用领域方面的成功研究——通过改造大肠杆菌，来实现杀灭绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)。网络上有此消息传开之后（尤其是在weibo），网友们的留言着实是非常有戏剧性：“这难道是生化危机么？搞不好哪天就生化危机了！” 坦白说，看见此消息，我不禁想起同事开的玩笑，如此说来的话，那么MIT的下水道里应该有着世界上最犀利的合成生命、有着最致命的大肠杆菌。发荧光、多重抗体抗性、超·生存力！（因为MIT负责主办iGEM比赛）本文就是伪·科学地分享这项实验具体的原理。而我想说的是：此研究远远没有你想的那么犀利！不要太高估科学家们的实力。原理具体原理一张图就能解释清楚。能够实现这个治疗，核心就在于绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa，即右上角黑色柱状)群落生长时，会发生 “种内斗争” 现象。也就是窝里反窝里斗。彼此之间会释放一种物质叫做绿脓素（pyocin，即图中绿色颗粒)，来实现对彼此生长的抑制。自然状况的大肠杆菌，本来是不会合成表达绿脓素的。但是经过改造的大肠杆菌，就可以合成出绿脓素。从而起到加油添醋火上浇油的效果，绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)种内斗争就异常猛烈，就悲剧地全挂掉了。以实现治疗功能。所以可以明显发现，这里改造的大肠杆菌不是神马万能治疗菌，也不是合成了神马强效抗生素，因此一些“生化危机”的言论着实是自己吓唬自己的无厘头想象和幻想。当然，争议还是广泛存在的。虽然因为绿脓素是针对绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa) 的种内斗争的产物，所以理论上大肠杆菌表达的绿脓素只会针对绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)菌群。可是究竟会有神马潜在的其他菌落也会受绿脓素排挤呢？我们不得而知。潜在的风险存在，但不是那么严重。意义意义就是这项研究突破了传统的抗生素治疗。而抗生素治疗也是常规人们熟知的治疗。也难怪人们看到此研究时会不禁担心这大肠杆菌是不是合成了神马抗生素呀之类的。这种通过利用种内关系的做法，确实挺好玩也挺有用的。谁让绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)它们被科学家们抓住把柄了呢。设计既然是合成生物学，也许你会觉得这个玩意很简单（虽然实际上也确实很简单），但是里面的故事却不仅仅如此。此研究是一个非常经典的合成生物学设计（所以我才说简单）。无外乎分为三部分，如图所示：蓝色区域代表的信号探测装置；绿色区域代表的表达绿脓素以行驶杀伤效果效应装置；黄色区域代表的自杀装置。蓝色区域的信号装置的目的是探测绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)的存在。我们不希望转进去的大肠杆菌无端端自己就合成了绿脓素，这个就是开关。当存在绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)时，每个菌都会表达某种分子（即咖啡色颗粒）。分子存在越多越广泛，那么表示该菌落越大。当分子浓度到一定水平时，超过信号探测装置的阈值，那么被改造的大肠杆菌就被启动了。下游的绿色区域绿脓素就开始表达，进行杀伤效果。毕竟这是人自主设计的大肠杆菌，对于患者而言，是一种引入的外源物。我们不希望杀死了绿脓假单胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)之后大肠杆菌疯了，开始猛长。所以最后在黄色区域是自杀装置，在一次表达完了绿脓素之后就立刻会流程化地表达细胞裂解分子行使自杀功能。所以改造的大肠杆菌是一次性用的。用了一次、表达了一次，就会自杀。安全性是有保障的。网络上说转基因危险、合成生命危险、不安全，那80%都只是看过了各种电影读物而已，哪里不安全哪里有危险，发表言论的舆论者全然不知。无奈懂科学的没有话语权、有话语权的却不懂科学；懂得营救”生命奇迹“的人不是领导，是领导的却只会吹水”这是生命奇迹“。你信不信呢？反正我是信了。关于利用种内关系的研究，其实本科生也可以做。在2010年iGEM上，东京工业大学就做了一个赋予大肠杆菌人性的有趣研究（更多参考：戏说SB那点破事）。因为暂时不是本人电脑，所以很多信息不能马上整出来，之后再补上。至于这篇，经典设计早已烂熟于心，所以很快就post上来了 p.s. 厦大是全中国内地最美的大学，没有之一。 p.p.s 武大虽美，但是其大山大湖的大武汉之美，着实不适合我。真后悔当初第一志愿填的武大、而把厦大抛弃了。【1】Engineering microbes to sense and eradicatePseudomonas aeruginosa, a human pathogen Molecular Systems Biology 7 Article number: 521 doi:10.1038/msb.2011.55 Published online: 16 August 2011 http://www.nature.com/msb/journal/v7/n1/full/msb201155.html; 2942 次阅读|2 个评论

JMS-Guide to Scientific Editor in ScholarOne Manuscript: waterlilyqd 2011-9-22 15:58; Scientific Editor (SE) in JMSconducts initial review on a newly submitted manuscript based on their professional knowledge. This ppt is to guidethe SEshow to login and manage their account in JMS's ScholarOne Manuscript Center, and how to conduct manuscript scoring. 科学编辑审稿指南.pdf; 个人分类: JMS信息|4457 次阅读|0 个评论

JMS-Manuscript initial review by Scientific Editors: waterlilyqd 2011-9-19 23:53; All manuscripts submitted to JMS will first be subjected to plagiarism checking, then sent to Scientific Editors (SE) for initial review. The purpose of this procedure is to primarily select better manuscripts, shorten manuscript processing time and reduce the latermanuscript handling amount. SEs will spend relatively much less time than reviewers ineliminating poor quality manuscripts. SE will make comments based on the plagiarism checking result and their professional judgements to decide whether a manuscript is Rejected , or needs Revision (only major revision), or to sendfor peer-review . SE will click the listedreasonsor to write out clearly other reasonswhen they make comments. Reject □ 1. Previously published □ 2. Total similarity index above 50% by plagiarism checker □ 3. Similarity index with one single literature being above 20% by plagiarism checker □ 4. Well written but better suited for another journal □ 5. Major language problems: readers can’t understand what the authors want to express □ 6. Too poorly written, phrased, or presented □ 7. Important tables, figures (pictures) and data are copied from other literature or the authors’ own published papers □ 8. Old knowledge with no new or useful material □ 9. Fundamentally weak hypothesis □ 10 ． Reasonable text, but images are of very poor quality, are inappropriate, or are incorrectly interpreted □ 11. Too many methodological errors □ 12. Hypothesis adequate, but poor study design, methodology, or statistics □ 13. L acking in logic, initial premise not logically supported by methods and results □ 14. Sample population too small or biased to justify results and conclusion □ 15. Lack of important results to evaluate its contribution. □ 16 Lack of correlation between purpose and results □ 17 ． Other reasons (please clearly write out) Revision □ 1. Failure to follow JMS author guidelines □ 2. The ideas are good, the results are enough,but poor image and/or table quality; □ 3. Novel ideas, high quality images, clear tables, but language expression needs to be greatly improved; □ 4. Novel ideas, high quality images, clear tables, but the whole text is poorly organized □ 5. Novel idea and /or significant contribution, but technical quality (a few experiments may be needed) and/or presentation needs major revision; □ 6. Novel idea and /or significant contribution, but literature is not sufficiently reviewed in the INTRODUCTION part. Send for peer-review; 个人分类: JMS信息|3919 次阅读|0 个评论

[转载]做企业是赢在细节输在格局: supdesign 2011-9-15 11:36; 马云：做企业是赢在细节输在格局作者：|出处：中国企业家网 | 2011-09-15 09:41:06 |阅读： 825 次 “格”是人格，“局”是胸怀，细节好的人格局一般都差，格局好的人从来不重细节，两个都干好，那叫太有才　　2011年9月10日，在第八届网商大会上，阿里巴巴集团董事局主席马云发表了主题演讲。阿里巴巴董事局主席兼首席执行官马云(资料图) 　　“格”是人格，“局”是胸怀，细节好的人格局一般都差，格局好的人从来不重细节，两个都干好，那叫太有才　　2011年9月10日，在第八届网商大会上，阿里巴巴集团董事局主席马云发表了主题演讲。马云表示，对企业家而言，注重细节与兼具胸怀是将企业做好的关键。他指出，细节能成就一个人或一家企业，但如果没有包容的胸怀，细节对成功则不再具备推动力。　　以下为马云演讲摘要。　　马云：　　今年是阿里巴巴十二周年，我从来没想过会这么难，这么痛，这么苦，我真没想到。我其实已经有预感，12年是一个本命年，本命年一定麻烦多，但我没想到麻烦有这么多。　　这几天是多事之秋，雅虎的CEO也下台了，人家说是我害的，其实跟我一点关系都没有。我不是不想说，但是人家现在这种状态，说什么都是给人家惹麻烦。对别人有太大影响的事，最好别讲，十年以后我会把很多事情和大家分享。　　与其抱怨，不如建设　　我们崇尚的是建设性的破坏，而不是破坏性的建设，抱怨是没有用的　　刚才很多人讲，埋怨、抱怨是没有用的。我发现社会上的埋怨、抱怨特别多，我也不说人家不好，但我觉得我们崇尚的是建设性的破坏，而不是破坏性的建设。什么是破坏性的建设？我们年轻人永远觉得，这做得不对，那做得不对，历朝历代来，都是希望拿一个新概念去推翻一个旧概念。推翻了帝制，我们以为就可以共和了；推翻了旧文化，我们以为就可以完成新文化了；推翻了旧社会，我们就觉得进入了新社会。　　其实任何新的东西，(都是)需要千锤百炼，对社会上很多不好的事，我们其实真没有时间去抱怨，我们一直在改变。我讲过一个例子，关于新商业文明。两百多年以前，美国的华盛顿、杰斐逊带领一帮人说，这块土地上面，我们将建立民主自由(国度)，人人将会平等。很多相信这句话的人去了那里。　　今天在互联网上，在商界，我们很多东西看不惯，我们也没法改变，但是我们可以建设性的建议和鼓励，在这块土地上，我们崇尚开放，我们崇尚分享、责任和全球化，(使)所有相信这个理念的人成为新的移民。今天你在地球上任何一片土地上说我想成立一个国家已经不可能，但在互联网虚拟世界里面，你可以共同创建一种新的文明世纪，新的商业氛围，这是阿里巴巴想做的。　　让别人担心是最大的快乐　　我没有办法改变百度，却可以改变淘宝。其实，最大的快乐就是让别人担心　　在座的网商们，我们是无畏的，但是现在的大公司害怕，阿里巴巴也一样，在担心，下一步我们到底该干嘛。其实，最大的快乐就是让别人担心。　　除了银监会，银行还怕过谁？但有了支付宝，他们开始担心了，支付宝让他们睡不着觉。这几年来，很多银行纷纷降低自己的费用，让老百姓能够体验的更好，我不敢说支付宝有很大的功劳，但是还是有点功劳的。　　今年的互联网大会上，有人问我为什么做搜索引擎，我说就是为了让百度睡不着觉。百度睡不着觉了，中国互联网的用户就睡不着觉了。淘宝也一样，淘宝睡不着觉了，在座的网商就睡不着觉了，很多的用户就睡不着觉了。我没有办法改变百度，却可以改变淘宝。　　把淘宝一拆为四，这是很难的决定，因为我不这么做，我们会自以为是。也有人说，马云早干了八年，要是今年再干，我肯定把你干趴下。好，我把它(淘宝)拆四，你试试看，你干过我，很好；干不过我，十年以后，我每家公司再拆成四家给你看看。　　我们进入无线互联网，其实就是想让移动、联通也睡不着觉。我们对挣多少钱兴趣其实不大，但是，让那些坐在那个位子上不作为的人不舒服，却是我们很想干的事。我们对抢民营企业饭碗毫无兴趣，但是我们对抢国营企业饭碗兴趣极大。这不是我有多大的能力，也不是在坐的各位有多大的能力，而是互联网的力量，是每个人的力量，我们有极其正面的力量去完善这个社会，而不是破坏性的建设。　　我就是觉得抱怨没有用，难道你推翻了中移动，就能建一个新移动？你在旁边建一个更便宜更好的，客户来了，你就赢了。不是去推翻，不是去破坏，更不是去埋怨。埋怨的人，是只会写文章的人。　　乔布斯到中国一定死　　每个国家的土地，诞生的东西是不一样的。不学会欣赏自己，我们就很难超越别人　　(我记得)好像是《人民日报》的记者说，中国为什么不能出现乔布斯。乔布斯到中国一定死了，每个国家的土地，诞生的东西是不一样的。近两百年，美国的资本主义的发展，在那样肥沃的土地上，长出那样的树种，长出那样的企业，很正常。在中国改革开放三十年中长出这样的树，我们也很难得。　　不学会欣赏自己，我们就很难超越别人。我没敢说我们到美国一定会赢，但是我们在中国不输。我认为，乔布斯即便是全世界最有名的CEO之一，他到中国也未必会赢，我们不能这么去看问题。你说是黄山上的那棵迎客松伟大，还是一棵无比大的树伟大？每个地方都有自己的独特，我相信再过50年，再过80年，我相信我们会让世界看到更多的大树，更多有意思的东西。　　我们正在改变这个世界，我们正在影响这个世界，因为我们毫无畏惧，我们只想改变自己。其实改变世界很累，改变世界只有结果，我们一出来就想推翻这改变那，其实你什么都改变不了，最重要的是改变自己。只有你改变了，这世界才会改变。　　学会和对手相处　　会战者不怒，会打架的人是不会生气的，生气的人一定不会打架　　我们永远要知道，在生态体系里，打败我们的，不是别人，是我们顽固的思想。不是对手灭了你，而是你自己灭了自己。要回归自己，不管你今天的企业多大，永远要知道你是谁，你凭什么你要什么你放弃什么，这些问题想不清楚是不行的。　　在商场中，不是打败对手你就算赢了，因为对手太多了。这块土地要有生物多样性，我们必须让各类网商、各类竞争者在上面生长。竞争是让我完善，让我成长。我特喜欢竞争，一听见“竞争”我浑身快乐。竞争比的是什么？比的是如何比对手更加快乐的完善自己，如何让对手越来越恼火，越来越不爽。会战者不怒，会打架的人是不会生气的，生气的人一定不会打架。　　学会和对手相处，才是最最厉害的。狮子去吃羊，绝不是因为我恨羊，而是我不得不吃。打败对手，绝不是因为有多么强大，而是对手顽固自封的思想，不愿意完善自己，使他失去了未来。所以我觉得，只有共赢，只有跟对手一起玩，活得好的才算赢。没有狮子，羚羊们也活不久，所以你不要去恨对手。　　赢在细节，输在格局　　在见孙正义前，我在硅谷至少被拒绝了40次　　刘国梁、邓亚萍这些人打球，球网上加一个很小的缝，发3个球就能穿过去，我估计我发一万次都穿不过去，那是细节上的苦练。有人说你真牛，6分钟说服了孙正义。首先告诉大家，其实是他说服了我。但在见孙正义前，我在硅谷至少被拒绝了40次。　　所谓赢在细节，就好比所有人看一个人踢腿真漂亮，其实你根本不知道他每天早上踢两万下。格局，“格”是人格，“局”是胸怀，细节好的人格局一般都差，格局好的人从来不重细节，两个都干好，那叫太有才！　　人们永远生活在昨天，好像觉得失去的是最美好的。昨天已经过去，不要留恋昨天，也不要帮大国企、大的企业留恋他们的昨天。做企业是赢在细节，输在格局。做任何事都一样。(记录、整理：刘娇); 1883 次阅读|0 个评论

社交网络已经完结[转载]: halcon 2011-7-24 19:17; 投资公司Elevation Partners合伙人、Facebook投资人罗杰·迈克奈米(Roger McNamee)近期接受采访，谈到了当前影响科技行业的最重要趋势。他认为，当前科技行业的一切都在改变。　　以下为迈克奈米的谈话要点：　　- 随着科技行业进入“后PC”时代，微软正面临困境。　　- 新的HTML5技术将使媒体和广告行业发生革命。　　- 社交网络已经“完结”。未来社交仅仅只是一种功能，因此创业者不应再考虑社交网络企业。　　- 未来3年内，微软在互联网设备市场的份额将从95%下降至不到50%。　　- Windows已不再能为企业提供可观的投资回报，因此企业将向其他产品和服务投资，这将带来巨大的机会。　　- 谷歌已获得成功，但同时也是这一成功的受害者。谷歌搜索引擎已经被搜索引擎优化活动污染，而Match.com和Realtor.com等“非搜索”服务解决了搜索的问题。这表明了谷歌的失败。这些非搜索服务已占到搜索的50% 。　　- HTML5将改变一切。迈克奈米表示：“通过HTML5技术，广告是应用，Twitter消息也是应用，所有一切都是应用。”他指出，这一领域目前还是空白，因此创造性最重要。　　- 迈克奈米表示，他的乐队已经推出一个完全基于HTML5技术的网站。用户可以在iPhone上收看所有节目。这种做法成本很低，并且将改变市场。　　- 通过HTML5，网站不需要再专门投放广告。亚马逊可以将网上商店的一部分作为一条广告。因此当用户阅读一则书评时，就可以直接通过该页面购买图书。　　- 由于HTML5可以使网站更丰富、更具互动性，因此用户参与网站活动将从以分钟计算变为以秒计算。　　- 因此，网站可以有多家赞助商，并让用户在其中选择喜好的赞助商，而该赞助商将参与用户在该网站上的全部体验。迈克奈米表示：“目前，通过同一个广告位置来创造和满足所有需求只能通过广告片，但未来也将在网络上实现。”这将对电视广告产生巨大冲击。　　- 自IBM发明PC以来，iPad是最重要的设备。　　- 苹果今年将会售出1亿台互联网设备，占PC市场的2/3。如果考虑其他非PC互联网设备，那么这一市场的价值已经高于PC市场。　　- iPad是HTML5的“车轮”。iPad应用向人们展示了，在开发更好的HTML5体验中，还需要做些什么。　　- 苹果是一列无法停下的列车。在平板电脑市场，苹果没有竞争对手，而市场份额最终将与iPod在MP3播放器市场类似。苹果类似于60年代的IBM。　　- 目前很多人拥有不止一个计算设备，这意味着云计算非常重要，因为用户希望在所有设备上获取自己的所有内容。这也意味着传统PC正逐渐死亡，因为传统PC将所有内容存储在一台设备中，而不是可以同步至各种设备的云计算系统中。　　- 在云计算存储系统方面，谷歌、微软、Facebook和苹果都未能提供正确的移动体验。　　- Facebook认为，自己是增强版Twitter。　　- 目前Facebook Connect是免费的，最终Facebook将对此收费。因为Facebook Connect使其他网站可以利用Facebook的社交圈，这也是Facebook未来的一种盈利方式。　　- 创业者不应当再推出社交平台，因为最大的社交平台已经面市。再出现成功的社交企业已经不太可能。目前由风险投资支持的、排名后500的社交网络公司都已经毫无价值。　　- 这也将带来机遇。所有人都在关注社交发布，因此HTML5内容制作方面存在巨大的机遇。　　- 苹果每台iPhone的毛利率已经高于大部分Android手机的毛营收。　　- 电视是最后一个受到保护的媒体业务，但未来也将受到冲击。一旦电视计算机化，那么将可以获得比尼尔森更准确的收视率数据。所有人都知道，一旦获得准确的收视率数据，那么广告价格将会大幅下降，因为实际收视率可能并没有尼尔森数据显示的那么好。(邱越); 2432 次阅读|0 个评论

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