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[转载]宏观生态规律如何应用于描述微生物群落的多样性和变化: niuneat 2020-9-28 11:35; 宏观生态学中研究最多的模式是物种分度分布(SAD)，它被定义为具有给定丰度的物种的比例。研究中虽然对SAD进行了高度的研究和表征，但往往忽略了三个不同而独立的变异源对其的影响:采样噪声、个体物种丰度的波动和物种间丰度的变化。最近，发表在《Nature Communications》的一篇文章使用来自许多不同环境的微生物群落的纵向和横截面数据从宏观生态学的角度研究微生物群落中物种的存在、丰度和多样性的模式。确定了三条普遍的，基本的宏观生态规律，这些规律定量地表征了单个物种在空间和时间上的丰度变化，以及不同物种之间典型丰度的差异。这三条宏观生态规律适用于整个微生物群落，也适用于横断面和剖面数据，因为它们足以在不拟合任何附加参数的情况下预测多样性的尺度和其他普遍研究的宏观生态模式，如SAD。利用这三条规律，人们可以预测物种的存在与否、群落的多样性和普遍研究的宏观生态模式。背景没有两个生态群落是相同的，因为物种组成和丰富度差异很大。环境波动、竞争、交叉喂养、环境改造、人口随机性、迁徙和许多其他生态力量在时间和空间上塑造着微生物群落。在数千种物种相互作用的群落中，要理清多种机制的作用是极其困难的。但最近的实验证明了几种推动体外多样性的生态机制的存在，并对其影响进行了量化。宏观生态学，即通过丰度、多样性和分布模式研究生态群落，是定量研究微生物群落的变异，并提供塑造微生物群落的机制的量化方法。方法数据集来自EBI宏基因组。只保留至少有50个样本的数据集，且这些样本的reads数大于10^4。为了研究(相对)丰度如何在群落和物种之间变化，需要消除采样噪声的影响，文章中通过建模抽样的方法进行。（由于方法均由数学公式推导得出，这里就不一一搬运了，有兴趣可以阅读原文，更为详细） SLM模型主要结果 1. 三个宏观生态学规律：丰度波动是伽马分布的；Taylor定律；平均丰度呈对数正态分布。丰度波动分布(AFD)，它被定义为物种丰度在群落之间的分布。这个数量受到抽样误差的强烈影响，特别是当一个物种因为波动而变得稀少的时候。对于最丰富的物种，这些抽样误差可以忽略不计。b图描述了物种丰度在群落间的分布。图例代表不同数据集。实心黑线为伽玛分布, 很好地描述了整个微生物群落中丰富物种的AFD。 Taylor 定律，描述物种丰度的均值和方差之间的关系。丰度波动的均值和方差足以表征物种丰度在群落间的完全分布。Taylor定律适用于描述群落的组成，如c图。其中，方差尺度与均值成平方关系，这意味着丰度波动的变异系数是恒定的。因此，每个物种只需要一个参数，即它们的平均丰度来描述物种丰度的波动。平均丰度分布(MAD)，描述了平均丰度是如何在物种间分布的。d图表示MAD呈对数正态分布。由于在有限数量的样本中，稀有物种可能永远不会被采样，因此实证的MAD显示出一个由抽样确定的较低的截止值。通过对无限次重复取平均值，会发现，在中性模型中，MAD则呈Delta分布。 Gamma AFD规律表示所有物种缺失的情况都应该归因于抽样误差这一结果。a图展示了丰度波动与物种缺失之间的关系，通过丰度的波动来预测物种的存在与否。b图通过比较不同数据集中物种的占有率(一个物种在群落中所占的比例)与伽玛分布相对丰度的独立抽样所预测的结果，来检验这一预测。 2. 其他宏观生态模式的预测。了解了这三个定律及其参数，并假设物种丰度波动是独立的，就可以为任意水平的抽样生成合成群落。通过比较它们的统计特性，将人造合成的群落与实证的群落进行对比。图中从a-d列举了四种宏观生态模式研究，结果表明这些宏观生态模式的预测与数据准确吻合。 a. 多样性(以物种数量衡量)与读取总reads数的比例 b.物种丰度分布（SAD）。 c.占有率分布。 d.物种丰度与占有率间的关系。不同颜色的图例代表不同数据集。(黑线)预测值是在不拟合任何附加参数的情况下 3. 宏观生态学规律适用于时态数据 a-c.基于纵向时态数据的群落中物种间丰度变化。结果表明这三条宏观生态规律也适用于纵向数据，而丰度的波动主要是由于时间的随机性。 4. 随机Logistic模型(SLM)再现了宏观生态规律研究人员认为SLM是用来描述物种种群动态的。SLM假设种群数量呈逻辑增长，增长速率随时间的变化而变化，其波动速度快于平均增长率(即，与增长率波动相关的时间尺度比种群动态的典型时间尺度短得多)。 d-f. 随机Logistic模型(SLM)分别再现了三大宏观生态规律。灰色的圆圈是通过SLM得到的结果，黑色十字架是采用SLM和抽样得到的结果。 g.横轴描述了前一天的丰度的平均分位数，纵轴描述了当天的丰度的平均分位数。灰色实线表示在没有时间条件下的预期结果。 i.与g图类似，只是纵轴计算的是丰度的平均分位数的方差值。 h.j. SLM正确的预测了g和i图中展示的非平稳属性。结论宏观生态学的三个规律分别为丰度波动是伽马分布的；Taylor定律；平均丰度呈对数正态分布。SLM既描述了横截面数据中的平稳模式，又描述了时态(纵向)数据中的丰度动态。该模型指出，环境波动是微生物群落中物种存在和丰度变化的主要来源。Taylor定律和对数正态分布不是SLM能预测到的，但它们掣肘了SLM的参数化。微生物群落中SAD的对数正态分布只是明显的，并且是MAD对数正态分布的结果。在多个空间、时间和分类学尺度上对这些规律进行表征，将有助于理清和量化造成我们星球令人惊叹的(微生物)生物多样性的生态力。 TIPs: 文章利用数学建模方面的知识验证了宏观生态学的三条规律，在验证的过程中点出环境波动是影响微生物群落中物种存在和丰度变化的主要来源。改文章扩宽了分析思维，在做宏观生态学研究时，不能只从物种丰度的变化得出整个群落的物种变化，在空间和时间上也要做分析。如果要直接使用文章中提出的三大规律做宏观生态学研究，目前主要问题是能否重现它的模型。本文转载自谷禾健康; 1781 次阅读|0 个评论

[转载]rJava环境变量设置报错解决trick: zhangdong 2015-4-19 19:02; trick: 在载入rJava之前加上： if ( Sys.getenv ( JAVA_HOME )!= ) Sys.setenv ( JAVA_HOME = ) 然后再写： library ( rJava ) 据说可以fix绝大多数的bug source: http://stackoverflow.com/questions/7019912/using-the-rjava-package-on-win7-64-bit-with-r; 1094 次阅读|0 个评论

linux下安装与配置jdk（补充）: itso310 2014-4-25 18:26; 1、完成以下链接的各个步骤 http://blog.sciencenet.cn/blog-111906-786786.html 2、补充部分 sudo update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/develop/jdk/bin/java 300 sudo update-alternatives --install /usr/bin/javac javac /usr/lib/develop/jdk/bin/javac 300 sudo update-alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/lib/develop/jdk/bin/jar 300 sudo update-alternatives --install /usr/bin/javah javah /usr/lib/develop/jdk/bin/javah 300 3、补充部分说明补充部分是本人在R中安装与java有关的包（如rJava、RMySQL等）时，出现了与java配置有关的错误提示，大概错误是no such file or directory:/usr/bin/java，此时按补充部分完成配置后一切正常。所以读者若遇不到类似错误可以不进行补充部分的操作。; 个人分类: java|2221 次阅读|0 个评论

linux下安装并配置jdk: itso310 2014-4-20 16:15; 1、下载jdk 官网下载：jdk-7u55-linux-i586.tar.gz 2、解压 tar -zxvf jdk-7u55-linux-i586.tar.gz 3、重命名 mv jdk-7u55-linux-i586 jdk 4、移动到/usr/develop文件夹下 mkdir /usr/develop mv jdk /usr/develop 5、配置环境变量 sudo gedit /etc/profile 在打开的profile文件中最下面加入下面内容，然后保存退出。 JAVA_HOME=/usr/develop/jdk CLASSPATH=$JAVA_HOME/lib PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin export CLASSPATH export PATH 退出后输入：source /etc/profile更新环境变量 6、验证环境变量（1）java -version 输出下面信息： java version 1.7.0_55 Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_55-b13) Java HotSpot(TM) Server VM (build 24.55-b03, mixed mode) （2）echo $PATH /usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/usr/develop/java/bin:/usr/develop/java/lib:/usr/develop/jdk/bin:/usr/develop/jdk/lib:/usr/develop/jdk/bin:/usr/develop/jdk/lib:/usr/develop/jdk/bin 如果有/usr/develop/jdk/bin就成功了（3）echo $CLASSPATH .:/usr/develop/jdk/lib （4）echo $JAVA_HOME /usr/develop/jdk 7、完成; 个人分类: hadoop|3095 次阅读|0 个评论

Java JDK 8 的安装以及环境变量的配置(Linux and Windows): bigdataage 2014-3-24 20:56; Java JDK 8 的安装以及环境变量的配置(Linux and Windows) JDK(Java Development Kit)包括了Java语言的编译器，可以在这里下载： http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html 打开网页后，先点击“Accept License Agreement”。根据操作系统选择相应的版本。 Java JDK 8 在 Windows 8.1下的安装以及环境变量的配置在 Windows 中，双击安装就是。 Win8.1下JDK8环境变量的配置：依次单击计算机（Computer），选择属性（Properties）,选择高级系统设置（Advanced systems settings）, 选择环境变量（Environment Variables）. 新建3个环境变量（PATH，CLASSPATH, JAVA_HOME），若有则不用新建。给3个环境变量增加相应的值（由Java所在的路径决定，根据具体情况修改），例如： PATH D:\Program Files\Java\jdk1.8.0\bin; D:\Program Files\Java\jdk1.8.0\jre\bin CLASSPATH D:\Program Files\Java\jdk1.8.0\lib; D:\Program Files\Java\jdk1.8.0\lib\tools.jar JAVA_HOME D:\Program Files\Java\jdk1.8.0 不同路径之间用分号隔开。若添加正确，注销或重启计算机以后，在PowerShell或cmd中输入: java -version javac -version 都会显示相应的版本信息。 Java JDK 8 在 Linux 下的安装以及环境变量的配置 1 下载，根据 Linux系统的位数选择，这里以后缀为 .tar.gz 的为例， .rpm 的直接安装就是。 2 解压。 3 把解压后的文件夹放到/usr/local 下面。（这个随便，任意目录下都可以） 4 在主目录下找到隐藏文件.profile , 若没有.profile，则去找文件 .bash_profile （注意文件名以点号开头，因为是隐藏文件）。 5 在文件.profile 或 .bash_profile 中添加环境变量，在文件的最末尾加上以下4行(需根据具体情况修改，由JAVA所在目录决定)： export JAVA_HOME = /usr/local/jdk1.8.0 export JRE_HOME = ${JAVA_HOME}/jre export CLASSPATH = .: ${JAVA_HOME} /lib:${JRE_HOME}/lib export PATH = ${JAVA_HOME} /bin:$PATH 若添加正确，注销或重启计算机以后，在Bash Shell中输入： java -version javac -version 都会显示版本信息。一定要符合自己的操作系统的位数(128bit, 64bit or 32 bit), 否者会出错！！！！; 25211 次阅读|0 个评论

shell 脚本使用自定义环境变量: liujd 2013-11-24 20:56; 自定义环境变量方法： 1，var=xxx 2，export var=xxx 前者在shell脚本中不能引用到: $var为空后者可以在shell脚本中引用到; 个人分类: linux|1604 次阅读|0 个评论

在linux随时随地使用MGL当中的脚本: autodataming 2013-9-27 16:52; 首先把pythonsh添加到环境变量中，在.bashrc中加入 PATH=$PATH:/home/dddc/mg/bin 把脚本添加到环境变量中， PATH=$PATH:/home/dddc/mgl/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24 最后就是要用到的脚本的第一句话改成 #！/usr/bin/env pythonsh; 个人分类: DrugDesign|2630 次阅读|0 个评论

Java JDK7 的安装以及环境变量的配置(Linux and Windows): bigdataage 2012-12-8 18:48; Java JDK 7 的安装以及环境变量的配置(Linux and Windows) （第4次修改, Final Version）本文新地址： https://ctlife.github.io/2016/10/23/Java-JDK8-Install-Settings.html JDK(Java Development Kit)包括了Java语言的编译器，可以在这里下载： http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk7-downloads-1880260.html 打开网页后，先点击“Accept License Agreement”。根据操作系统选择相应的版本。 Java JDK7 在 Windows 8.1 update下的安装以及环境变量的配置在 Windows 中，双击安装就是。 Win8.1 update 下JDK7环境变量的配置：依次单击计算机（Computer），选择属性（Properties）,选择高级系统设置（Advanced systems settings）, 选择环境变量（Environment Variables）. 新建3个环境变量（PATH，CLASSPATH, JAVA_HOME），若有则不用新建。给3个环境变量增加相应的值（由Java所在的路径决定，根据具体情况修改），例如： PATH D:\Program Files\Java\jdk1.7.0_10\bin; D:\Program Files\Java\jdk1.7.0_10\jre\bin CLASSPATH D:\Program Files\Java\jdk1.7.0_10\lib; D:\Program Files\Java\jdk1.7.0_10\lib\tools.jar JAVA_HOME D:\Program Files\Java\jdk1.7.0_10 不同路径之间用分号隔开。若添加正确，注销或重启计算机以后，在PowerShell或cmd中输入java -version和javac -version会显示版本信息。 Java JDK7 在 Linux 下的安装以及环境变量的配置 1 下载，根据 Linux系统的位数选择，这里以后缀为 .tar.gz 的为例， .rpm 的直接安装就是。 2 解压。 3 把解压后的文件夹放到/usr/local 下面。（这个随便，任意目录下都可以） 4 在主目录下找到隐藏文件.profile , 若没有.profile，则去找文件 .bash_profile （注意文件名以点号开头，因为是隐藏文件）。 5 在文件.profile 或 .bash_profile 中添加环境变量，在文件的最末尾加上以下4行(需根据具体情况修改，由JAVA所在目录决定)： export JAVA_HOME = /usr/local/jdk1.7.0_10 export JRE_HOME = ${JAVA_HOME}/jre export CLASSPATH = .: ${JAVA_HOME} /lib:${JRE_HOME}/lib export PATH = ${JAVA_HOME} /bin:$PATH 若添加正确，注销或重启计算机以后，在Bash Shell中输入： java -version javac -version 都会显示版本信息。本文新地址： https://ctlife.github.io/2016/10/23/Java-JDK8-Install-Settings.html 一定要符合自己的操作系统的位数(128bit, 64bit or 32 bit), 否者会出错！！！！; 12462 次阅读|0 个评论

[转载]Linux下如何修改环境变量: linxubo 2012-9-18 10:32; 转自：百度知道按变量的生存周期来划分，Linux变量可分为两类，它们的修改方法如下：（1）永久的：需要修改配置文件，变量永久生效。常见的配置文件包括：（1-1）/etc/profile：对所有用户生效；此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行；并从/etc/profile.d目录的配置文件中搜集shell的设置例如：编辑/etc/profile文件，添加CLASSPATH变量 # vi /etc/profile 添加一行： export CLASSPATH=./JAVA_HOME/lib;$JAVA_HOME/jre/lib 修改后需要执行重新登录才能生效，也可以执行命令source /etc/profile来生效（1-2）/etc/bashrc：对所有用户生效；为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bash shell被打开时,该文件被读取编辑方法如上，不再赘述（1-3）~/.bash_profile：仅会对当前用户有效；每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执行一次例如：编辑guok用户目录(/home/guok)下的.bash_profile $ vi /home/guok/.bash.profile 添加如下内容： export CLASSPATH=./JAVA_HOME/lib;$JAVA_HOME/jre/lib 修改后需要执行重新登录才能生效，也可以执行命令source /etc/profile来生效（1-4）~/.bashrc：仅会对当前用户有效；该文件包含专用于你的bash shell的bash信息,当登录时以及每次打开新的shell时,该该文件被读取编辑方法如上，不再赘述另外，~/.bashrc等中设定的变量(局部)只能继承/etc/profile中的变量,他们是"父子"关系综述，对上述文件修改，添加你需要的变量，在启动一个shell（终端，terminal）时，你所定义的变量均会生效的。（2）临时的：使用export命令声明即可，变量只在当前的shell(BASH)或其子shell(BASH)下是有效的,在关闭shell后失效，再打开新shell时就没有这个变量，需要使用的话还需要重新定义在shell的命令行下直接使用定义变量环境变量的查看（1）使用echo命令查看单个环境变量。例如： echo $PATH （2）使用env查看所有环境变量。例如： env （3）使用set查看所有本地定义的环境变量。例如： set 另外，unset可以删除指定的环境变量。常用的环境变量 PATH 决定了shell将到哪些目录中寻找命令或程序 HOME 当前用户主目录 HISTSIZE　历史记录数 LOGNAME 当前用户的登录名 HOSTNAME　指主机的名称 SHELL 当前用户Shell类型 LANGUGE 　语言相关的环境变量，多语言可以修改此环境变量 MAIL　当前用户的邮件存放目录 PS1　基本提示符，对于root用户是#，对于普通用户是$ 简化版在登录情况下，一般shell会先读取/etc/profile，再读取.bash_profile。如果是在非登录情况下，shell只会去读取.bashrc。修改 /etc/profile，对所有用户都有效；如果只想修改root用户的环境变量，可以修改/root/.bash_profile或/root/.bashrc；同样的，如果只想修改用户1的环境变量，可以修改/home/用户1/.bash_profile或/home/用户1/.bashrc; 6335 次阅读|0 个评论

JDK环境变量配置之我见: chengdong166 2012-6-2 19:41; 本文将重点介绍JDK安装成功后环境变量的设置问题。关于JDK环境变量的配置，需要设置JAVA_HOME、Path和CLASSPATH三个变量（变量名称不区分大小写），注意：全文以JDK安装在C盘根目录（C:\Java）为例进行讲解。首先，在系统变量中新建 JAVA_HOME : 例如：JAVA_HOME = C:\Java\jdk1.6.0_16 其次，在系统变量 Path 中的首位置加入 %JAVA_HOME%\bin 例如：Path = %JAVA_HOME%\bin; F:\Program Files\UltraEdit\ 最后，设置系统变量 CLASSPATH 。例如：CLASSPATH = .; %JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar; 其中： (1) JAVA_HOME 指明JDK的安装路径，此路径下包含java命令（除操作系统命令外的其它命令，比如Java编译命令javac、class文件运行命令java等）的bin目录、java运行环境jre和java类库lib目录，设置此变量，可方便TOMCAT、Eclipse的运行。 (2) Path 在不同路径下搜索指定路径（此例中为C:\Java\jdk1.6.0_16\bin目录）下的java命令。例如：源文件位于D盘exe目录下，则输入如下指令由上图可见，在D:\exe路径下，系统搜索到JDK bin目录下的javac命令并编译生成了字节码文件。 (3) ClASSPATH 指明类资源(.class)位置搜索路径，即在该目录下搜索可执行的应用程序。例如CLASSPATH设置为CLASSPATH = .; D:\exe，则指定路径为D:\exe；系统将优先搜索当前目录C盘根目录，然后再搜索指定目录D:\exe下的.class文件。例如上图所示，在C盘路径下运行Hello.class，则系统首先在当前目录（.;必须有，表示当前目录，上例当前目录为C盘），若不存在该文件，则在指定路径D:\exe下搜索，然后执行。假如Hello.class文件位于C盘跟目录下，执行java后，成功输出结果“Hello World”；若在D:\exe目录下执行java命令，则异常！由此可以看出，系统在不同的目录下找到特定目录下的类，然后运行。; 个人分类: Java学习|2296 次阅读|0 个评论

在Linux系统中安装Gaussian程序: NanoZhang 2012-3-3 17:28; 计算机是64位的AMD处理器，系统是64位的openSUSE，准备安装64位的Gaussian 03。EM64T是Intel的64位技术，AMD的64位技术是AMD64，它们统称为x86-64。我手头有g03e01-em64t.tar.gz，试图找“g03e01-amd64.tar.gz”却没有找到，于是只好装em64t了，后来证明一切正常，说明它们兼容。我在Linux系统中建有user1、user2等用户，目录分别为/home/user1、/home/user2等。 1. 把g03e01-em64t.tar.gz上传至/home目录下，执行“tar -zxvf g03e01-em64t.tar.gz”解压。产生/home/g03目录。 2. 建立文件夹/home/tmp做为Gaussian 03计算的scratch文件夹。 3. 设置环境变量。编辑/root/.bashrc文件，在其末尾添加如下内容：　export g03root=/home 　export GAUSS_SCRDIR=/home/tmp 　source $g03root/g03/bsd/g03.profile 安装完成，可以用root用户登录做计算了。不过user1、user2等用户登录后却不能做计算，因为各个用户目录间没有相互操作的权限，现在我就使用chmod和chgrp赋予他们权限。 4. 执行“chgrp -R users g03”和“chgrp -R users tmp”，让/home/g03、/home/tmp也加入users组。 5. 执行“chmod -R 750 g03”和“chmod -R 770 tmp”，750即rwxr-x---，770即rwxrwx---，使得同组可操作。 6. 把/root目录下的.bashrc文件拷贝到每个用户目录下，这样各个用户登录时就会自动加载环境变量。大功告成！从现在开始使用Linux下的Gaussian了，不再菜鸟！; 14902 次阅读|0 个评论

多节点并行环境变量设置及文件存放位置要求: liujd 2012-1-17 20:31; 1，程序所涉及到的bin和lib以及其他的运行需要的相关文件必须存放在所有节点都能共享的目录上 2，程序需要的数据同样要放在所有节点能够共享的目录上 3，此用户的所有节点的环境变量必须都能指向到需要的库及bin等文件。因此此用户的每个节点上.bashrc执行时需要指向需要的目录路径，每个节点上的.bashrc文件相同，都指向要把环境变量添加到需要的位置。对于一个程序运行，需要大量的环境变量设定时，可以采用间接的方法实现，让所有用户都能共享到：（1）在公共的目录上建立一个环境变量添加的sh文件，文件的内容如下： gcc_HOME=/data-SAS/soft/gcc-4.6.2/gcc-4.6.2 export PATH=${gcc_HOME}/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=${gcc_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH=${gcc_HOME}/lib64:$LD_LIBRARY_PATH export MANPATH=${gcc_HOME}/share/man:$MANPATH （2）在需要这个程序运行的用户目录下的.bashrc文件中添加一句话： source /data-SAS/soft/gcc-4.6.2/gcc4.6.2.sh 这样这个用户一旦登录系统，那么他将自动添加环境变量，这样就可以直接运行这个程序了。 4，当有多个版本的软件供选择时（1）为每个版本的软件建立一个添加环境变量的sh文件（2）用户修改.bashrc文件中source对象即可。; 个人分类: linux|1405 次阅读|0 个评论

linux环境变量的设置: zhangslvip 2011-12-8 09:46; 总结了网友们的资料，终于明白了环境变量是什么个意思，在linux系统下，如果你下载并安装了应用程序，很有可能在键入它的名称时出现“command not found”的提示内容。如果每次都到安装目标文件夹内，找到可执行文件来进行操作就太繁琐了。这涉及到环境变量PATH的设置问题，而PATH的设置也是在linux下定制环境变量的一个组成部分。 Linux是多个用户的操作系统。当每个用户登录系统后，都会有一个专用的运行环境。用户可以对自己的运行环境进行定制，其方法就是修改相应的系统环境变量。环境变量包含了一个或者多个应用程序所将使用到的信息。对于Linux初级用户来说，往往感觉有些变量难以操作，无法控制。然而我们可以通过使用环境变量，就可以很容易的修改一个涉及到多个应用程序的配置信息了。; 2698 次阅读|0 个评论

系统变量和用户变量区别: cwhm 2009-8-13 20:43; 在安装软件时，经常会提示要更新环境变量，装有限元软件比如abaqus还需要手动配置这些变量，因此有必要了解这些变量是什么意思，有什么用？环境变量分为系统环境变量和用户环境变量。右键点击我的电脑属性—高级—环境变量系统环境变量，对所有用户起作用，而用户环境变量只对当前用户起作用。例如你要用java，那么你把java的bin目录加入到path变量下面，那么它就是系统环境变量，所用用户登陆，在命令行输入java都会有java的帮助信息出来。而如果你在某个用户的变量下面新建一个变量，那么它就只对这个用户有用，当你以其他用户登陆时这个变量就和不存在一样。这个问题在linux下面就相对好理解一些，系统变量都在/etc/profile文件里面，而用户的变量则在~/.bash_profile(如果用的是 bash的话)，每个用户的用户目录对其他用户不可见。假设有a,b,c三个用户，你在a的变量文件中写入语句在屏幕上述出a,在b的输出b，c的什么都不输出，系统文件输出sys,那么当你用a用户登陆时，输出a；用户b登陆输出b,用户c则输出sys. 补充：在windows下面用到少设置环境变量的时候很少，例如你想只用jdk而不想用jbuilder,那么你就得自己设置jdk的path，classpath等环境变量。在linux下，我说的的那些文件是系统自动生成的，我们可以手动更改他已达到我所说的效果。它们是在各自所属的用户登陆时自动运行的; 个人分类: 我思故我在|3454 次阅读|0 个评论

在windows/cygwin下tinyos的详细安装: zswm27 2009-7-20 14:44; 在windows下cygwin的详细安装(注明参考网上朋友之经验)：第一步:安装 Java SE 6 Update 10 RC 1.下载JAVA JDK SE 6 http://www.java.net/download/jdk6/6u10/promoted/b32/binaries/jdk-6u10-rc2-bin-b32-windows-i586-p-12_sep_2008.exe 2.安装(路径) 3.设置环境变量　　 (1) CLASSPATH - - - - - 　　变量名:CLASSPATH 　　变量值:.;c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_10\bin;c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_10\lib\tools.jar 　　 (2) Path 　　 - - - - - 　　变量名:Path 　　变量值:%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;C:\Program Files\ATI Technologies\ATI Control Panel;c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_10\bin;c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_10\jre\bin 　　 (3) JAVA_HOME 　　 - - - - - 　　变量名:JAVA_HOME 　　变量值:c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_10 第二步:安装Cygwin 1.从tinyos上下载Cygwin的兼容包 http://cone.informatik.uni-freiburg.de/people/aslam/cygwin-files.zip 2.使用winrar解压到　 3.运行c:\cygwin-installationfiles\setup.exe 　　 - - - - - - - - - 　 4.运行步骤三：安装编译器 1.安装 Atmel AVR Tools (1) 下载 * avr-binutils avr-binutils-2.17tinyos-3.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/avr-binutils-2.17tinyos-3.cygwin.i386.rpm * avr-gcc avr-gcc-4.1.2-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/avr-gcc-4.1.2-1.cygwin.i386.rpm * avr-libc avr-libc-1.4.7-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/avr-libc-1.4.7-1.cygwin.i386.rpm * avarice avarice-2.4-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/avarice-2.4-1.cygwin.i386.rpm * insight (avr-gdb) avr-insight-6.3-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/avr-insight-6.3-1.cygwin.i386.rpm * avrdude avrdude-tinyos-5.6cvs-1.cygwin.i386.rpm (问题：/bash/bin) http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/avrdude-tinyos-5.6cvs-1.cygwin.i386.rpm (2) 将这些.rpm文件下载到D:\TinyOS21_tools\AVR_Tools下　　(3) 运行　　(4) $ cd D:\TinyOS21_tools\ 　　(5) $ cd avr_tools 　　(6) rpm -ivh --ignoreos *.rpm 　　(7) 安装成功补充：在安装avrdude-tinyos-5.6cvs-1.cygwin.i386.rpm 出现/bash/bin不存在的问题解决：运行Cygwin的 - -...- ...-安装下的所有组件即可 2.安装 TI Msp430 ,Tools （注意 cygwin 更新问题） (1) 下载 * base msp430tools-base-0.1-20050607.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.0.0/tools/windows/msp430tools-base-0.1-20050607.cygwin.i386.rpm * python tools msp430tools-python-tools-1.0-1.cygwin.noarch.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.0.0/tools/windows/msp430tools-python-tools-1.0-1.cygwin.noarch.rpm * binutils msp430tools-binutils-2.16-20050607.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.0.0/tools/windows/msp430tools-binutils-2.16-20050607.cygwin.i386.rpm * gcc msp430tools-gcc-3.2.3-20050607.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.0.0/tools/windows/msp430tools-gcc-3.2.3-20050607.cygwin.i386.rpm * libc msp430tools-libc-20080808-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tools/windows/msp430tools-libc-20080808-1.cygwin.i386.rpm 　　(2) 将这些.rpm文件下载到D:\TinyOS21_tools\MSP430_Tools下　　(3) 运行　　(4) $ cd D:\TinyOS21_tools 　　(5) $ cd MSP430_Tools 　　(6) rpm -ivh --ignoreos *.rpm 　　(7) 安装成功步骤四: 安装TinyOS工具 1.NesC nesc-1.3.0a-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tinyos/windows/nesc-1.3.0-1.cygwin.i386.rpm 2.Deputy tinyos-deputy-1.1-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tinyos/windows/tinyos-deputy-1.1-1.cygwin.i386.rpm 3.tinyos-tools tinyos-tools-1.3.0-1.cygwin.i386.rpm http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tinyos/windows/tinyos-tools-1.3.0-1.cygwin.i386.rpm 4.将这些.rpm文件下载到D:\TinyOS21_tools\TinyOS_specific_Tools下　5.运行　6.$ cd D:\TinyOS21_tools 　7.$ cd TinyOS_specific_Tools 　8.rpm -ivh --ignoreos *.rpm 　9.安装成功步骤五: 安装TinyOS 2.X 1. TinyOS tinyos-2.1.0-1.cygwin.noarch.rpm 　　 http://www.tinyos.net/dist-2.1.0/tinyos/windows/tinyos-2.1.0-1.cygwin.noarch.rpm 　2. 将这些.rpm文件下载到D:\TinyOS21_tools\TinyOS下　3. 运行　4. $ cd D:\TinyOS21_tools 　5. $ cd TinyOS 　6. rpm -ivh --ignoreos *.rpm 　7. 安装成功步骤六: 设置环境变量　1.用UltraEdit创建C:\cygwin\etc\profile.d\tinyos.sh，输入以下内容：(使用UNIX换行符-LF保存)　　 # script for profile.d for bash shells, adjusted for each users # installation by substituting /opt for the actual tinyos tree # installation point.　 export TOSROOT=/opt/tinyos-2.x export TOSDIR=$TOSROOT/tos export CLASSPATH=C:\cygwin\opt\tinyos-2.x\support\sdk\java\tinyos.jar export CLASSPATH=$CLASSPATH;. export MAKERULES=$TOSROOT/support/make/Makerules # Extend path for java type java /dev/null 2/dev/null || PATH=`/usr/local/bin/locate-jre --java`:$PATH type javac /dev/null 2/dev/null || PATH=`/usr/local/bin/locate-jre --javac`:$PATH echo $PATH | grep -q /usr/local/bin || PATH=/usr/local/bin:$PATH 步骤七: 安装 Graphviz (版本1.1) 1.注意不能到 http://www.graphviz.org/Download..php 下载graphviz-2.12.exe 　2.应该下载 http://webs.cs.berkeley.edu/tos/dist-1.1.0/tools/windows/graphviz-1.10.exe 　3.在windows环境下,安装到D:\Program Files\ATT目录下　　步骤八: 环境测试 1.运行　2.$ tos-check-env 　3.最后出现一个WARNING:java 1.4 or java 1.5 的需求步骤九：运行Blink测试程序 1.进入目录：\cygwin\opt\tinyos-2.x\apps\Blink 2.编写文件：C:\cygwin\opt\tinyos-2.x\apps\Blink\Blink.py #! /usr/bin/python from TOSSIM import * import sys t=Tossim([]); t.addChannel(BlinkC,sys.stdout) t.getNode(1).bootAtTime(10000); for i in range (0,100): t.runNextEvent() 3. $ make micaz sim 4. $ python Blink.py 5.显示模拟结果注意：此安装是参考网上朋友们的经验，有的时候安装会出现错误，解决办法是将第五步提前至第三步执行。如果要将tinyos -2.x-contrib移植到cygwin,只需要将tinyos-2.x-contrib直接拷贝到tinyos-2.x所在的文件夹即可，详细会在有时间的时候和大家分享的。; 个人分类: 学习之路|16537 次阅读|1 个评论

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标签: 环境变量

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