How To Choose a Good Scientific Problem 研究生的读后感 作者:2010 年《自然辩证法概论》课程 XYZ 研究生 Uri Alon 教授的这篇《 How To Choose a Good Scientific Problem 》(如何选择好的科研题目 LIULI 案 20200908 :网上可便捷下载该文)的确给了我不小的启发。 初读这篇文章时是在《自然辩证法》的网络课堂上,当时对于文章的内容并没有太深刻的体会,所以对于作者论述的精彩和独到之处也没有 能够深入的品味。直到开始在实验室中担任一些科研任务,才猛然发现这篇 文章中句句是经典,字字是精要。 在经历了一段科研选题方面的小波折后, 重新拿起这篇文章,发现它的奥妙就在于它是作者所有经验和教训的结晶, 其在科研工作中的指导意义是十分巨大的。如果一个初涉科研领域的学生 能够对文中的论述有所体会,那么这将对他的科研生涯起到十分积极地作 用。以下是我认为文中最出彩的几句话,结合我自己的经历谈谈感受: “ It is important to remember that problems that are easy on paper are often hard in reality,and that problems that are hard on paper are nearly impossible in reality.” 要始终牢记纸面上看似容易的题目其实并不那么好做,纸面上看似复杂的题目那么就干脆没有可行性。 我认为这句话的经典之处在于其大胆和果断的判定。很多时候初学 者由于没有实践经验,在第一次选题的时候很容易贪大求全,以为看起来 越复杂的问题就越有科研价值,往往造成无法收场的局面。其实论文中涉 及的内容大多数只是相关研究的冰山一角,纸面上的文字不能以最客观的 方式反映课题的难度,很多技术细节在最终的出版物上都会被省略,越复 杂的课题省略的部分就越多,最终造成更本无法通过文献再现实验。所以, 如果一篇文献资料中涉及的内容过于复杂,那么最好不要将它作为科研指 导性的资料,读一读扩展一下视野即可。 “ A beginning graduate student needs a problem that is easy; positive feedback can thus be rapidly provided, bolstering confidence.” 对于初学者来说简单的起步问题能够更快地帮助他建立科研信心。 作者不愧为是经验丰富的科研人员兼导师,他知道对于一个初学者 来说,信心比科研成果本身更为重要,如果起步的科研问题能够有积极的 反馈,那么学生的科研兴趣就很容易得到激发。目前在很多教研室内,科 研是以项目为导向的,每一个学生接触到的科研课题大不相同,很多人根 本没有在开题之前对课题有充分的了解,更不用说对课题本身产生兴趣了。 在科研工作中,比对成果的渴望更大的动力就是科研兴趣,建立强烈的求 知欲是科研过程起步阶段的核心工作,所以一个简单的课题最适合用于激发学生的科研热情。 “ It takes time to find a good problem, and every week spent in choosing one can save months or years later on.” 在选题时多花时间往往能够为科研过程本身节约更多的时间。 磨刀不误砍柴工。在选择科研题目的时候,初学者最容易犯的错误 就是急功近利,没有足够的耐心细化选题中遇到的问题,这很容易导致科 研工作的虎头蛇尾。好的科研题目绝对不是拍脑袋想出来的,而是经过大 量的文献阅读和资料研究积累出来的,一般这个时间最短也需要两到三个 月。只有在充分了解本领域的发展方向和发展现状后,选择一个合适的课 题才成为可能。通过长期的积累还可以了解课题中其他科研人员曾经遇到 过的问题,对比自己的科研条件进行判断,看这些问题自己是否有可能遇 到或者遇到了又是否有可能通过已有的硬件的软件条件得到解决。在明确 了每一步的可行性之后,一个科学问题才是真正务实的。 “ In the midst of confusion, one senses a new problem in the materials at hand. Let’s call his new problem C. If C is more interesting and feasible than B, one can choose to go oward it.” 在科研过程中如果发现自己陷入了疑惑,那么不妨看看从现有的结果中是否可以提炼出一个新的科学问题,也许这个新的问题更有趣或更可行。 图中显示的是两种截然不同的科研发展道路,第一种我把它叫做僵硬 型,即从开始到结束都始终只盯着一个狭窄的科研方向,不管发生什么变 化都不改变最初的科研目标;第二种我把它叫做灵活型,即随着科研过程 的进行,在原有题目的基础上提炼新的题目,不断更正和完善自己的科研 目标。在开题的时候,很多学生都会怀有雄心壮志要达到预期的目标,但 是随着实验或理论分析的进行,一些原来没有预料到的问题纷纷出现,早 曾科研进度缓慢。这时候学生的心理会有很大的起伏,如果仍然只盯着原 来的题目不放不灵活改变,那么科研难度会进一步加大。此时不妨按照文 中所推荐的方法,衍生一个新的题目,顺着科研的进度改变原有的目标, 这样科研工总才会更加灵活。 (最后,非常感谢刘立老师推荐这篇优秀的文章)
本系列不仅仅是Science杂志问题的个人翻译,而是试图给出一个答案的可能线索...... 上接第8个问题: http://blog.sciencenet.cn/blog-318012-1038896.html 题记:生物学领域的问题,对于植物来说一个体细胞就可以最后发育为整株的植物,这到底是怎么发生的?有许多人因此提出了所谓的全息生物学的概念,然而这仅仅是给了一个概念,而并没有说明为什么。下面来看这个问题: 9. 单个体细胞怎样成为整株物? How Does a Single Somatic Cell Become A Whole Plant? 植物的生存和繁殖在枝体上存在很大的灵活性。植物的根可以向水源不断生长,其叶子也可以面向阳光不断伸展,但是整体上植物是不能移动的(这是植物区别于动物的特征),所以植物无法自由逃避掠食者对其枝体的伤害以及自由地寻找自己的同伴。正因为如此,作为一种补偿,许多植物都进化出强大的自我修复功能和自我繁殖策略。植物可以不用接触同伴而发展出各种各样的繁殖方式来进行生存繁衍。比如植物可通过它的一部分,例如根、茎、枝叶或瓣的自然向外生长来产生新的植株。而更为激进的植物竟然可以通过单个体细胞来产生新的个体。例如,大多数柑橘类植物可以通过未受精的配子周围的组织细胞产生新的个体,这是任何动物都没有的技能(如图1所示)。 图1:橙子树可以通过其单个体细胞产生新的植株个体。 再比如我们经常看到的一类叫落地生根的家养植物,它可以通过叶子边缘的体细胞逐渐发育为一个新的植株(如图2所示),这就像希腊智慧女神雅典娜从宙斯的头部生长出来一样。 图2:一类落地生根类植物通过叶子边缘的体细胞生长出植株。 在大约50年以前,科学家开始发现在实验室里可以通过诱导胡萝卜的体细胞就让其产生新的个体。随后,人们就开始利用这种被称为体细胞胚胎繁殖术成功繁殖出几十种种类的植物,包括咖啡、木兰、芒果以及玫瑰等。一个加拿大的公司甚至通过这种组织培养的方法种植出整个冷杉树的森林。但是像研究人员克隆动物一样,植物学家也对如何实际控制植物分化的过程知之甚少。对这些问题答案的寻找可能进一步阐明细胞在分化中如何固化自己的功能或为什么植物要设法保持细胞这种分化能力的灵活性。 其实科学家们并不知道植物的哪些细胞具有成为植物的胚胎细胞的能力。尽管早期的研究工作都假定植物的所有细胞都有成为胚胎细胞的灵活性,但近期的证据表明只有部分种类的细胞才可以分化为植物体的胚胎细胞。但是这些细胞分化前的组织结构和面貌依然是一个迷。科学家们利用植物胚胎培养的影像资料并没有发现明显可以标识出哪些细胞可以成长为胚胎的变化图案,而对特定基因表达进行图案染色的做法也不能给出确切的结果。 但研究人员已经发现有些分子参与到体细胞分化为胚胎细胞的一些线索。在实验室里,研究人员发现一种除草剂,2-4二氯苯氧基乙酸(是一种叫2-4D的除草剂),它可以促进细胞的伸长,让细胞形成新的细胞壁,并让其向植物胚胎细胞的方向分化。这种除草剂其实是一种人工合成的植物激素叫生长素,这种植物生长素可以用来控制植物对光、重力的生长反应以及植物果实的成熟过程。所以植物生长素可能对于植物自然的体细胞分化为胚胎细胞的过程起重要作用,比如对于那些通过叶子边缘顶端的细胞分化为整体植株的植物来说,这些地方往往有更高浓度的生长素存在。最近的研究工作还表明对拟南芥类植物某种基因的过度或欠表达也可以促进一些普通的叶细胞分化为植物的胚胎细胞。 对植物无性生殖的梳理有利于科学家们进一步理解植物为了保持生存的灵活性而保持了细胞的哪些分化能力,而这种细胞的分化能力又如何能被植物有效地加以控制(避免过度繁殖比如植物很少出现动物的癌症现象 )。发育生物学家们则热衷于这种细胞分化在植物和动物之间的比较研究,的确植物控制自己体细胞进行生殖的过程类似于动物细胞的克隆和动物肢体的再生过程。 当然在实际的层面上,科学家更喜欢将实验室发展的技术更多应用到需要通过授粉才能繁殖的农作物上,比如玉米。细胞分化胚胎的技术将更有利于加速新农作物的培育过程和新品种的杂交育种周期,而这才是农民和消费者都会感到高兴的事情。 –-GRETCHEN VOGEL
Cracraft(2002)提出了生物系统学面临的7个大的科学问题。他围绕物种概念(演化单元)、性状(演化信息)、系统发育历史(演化过程)和物种多样性与分布格局(演化结果),阐述了下列问题。 1. What is a species? 2. How many species are there? 3. What is the tree of life? 4. What has been the history of character transformation? 5. Where are earth's species distributed? 6. How have species distributions changed over time? 7. How is phylogenetic history predictive? 在大数据的时代,新技术不断涌现,生物系统学和其它快速发展的学科交叉势在必行。现在生物系统学面临什么样的挑战?生物系统学在未来的5-20年内将往何处发展?我们可以采取什么样的策略超前规划和响应?我们迫切需要思考这个领域新产生的大科学问题。 Cracraft, J., 2002. The seven great questions of systematic biology: anessential foundation for conservation and the sustainable use ofbiodiversity. Ann. Missouri Bot. Garden, 89, 303–304.
好久没有更新博客了,今天翻看以前的工作日记,发现了一段曾经写下的关于提炼科学问题的感想,发出来请大家指正: 在撰写自然科学申请书或类似的课题申报书的时候,要特别注意明确研究对象,以及针对这个研究对象有哪些科学问题要研究。这里一定要体现出 管理学科 的特点,那就是通过对现实生活的观察,总结出重大的现实问题,并从中提炼出待解决的关键科学问题,通过对这些关键科学问题的研究又能够回过头指导实践。这才符合国家自然科学基金管理学部所提倡的做“顶天立地”的科研的指导精神。 在提炼科学问题的时候,一定要符合几个特征: ( a )问题具有一定的普遍性; ( b )问题是新的,或是老问题在新形势下产生了新的变化; ( c )已有的技术方法均不能解决,要研究新的方法。 如果不符合( a ),那这个问题没有研究的意义,因为不具备指导性;如果不符合( b ),说明此问题都被研究过了,更没有研究的意义;如果不符合( c ),那即便这个问题是新的,但是用已有的方法就可以解决了,也用花大力气去研究了。所以说,以上几个特征缺一不可。 在符合这几个特征的基础上,还要特别注意:( 1 )体现创新思想!要让评委有耳目一新,精神为之一振的感觉;( 2 )最好能结合中国经济社会发展的需求,与中国的国情紧密结合(如果是很基础性的研究则不需要)。 以上就是曾经写下的感想。当时是匆匆写就,不够系统也不够完整。如今人也懒了,发博文竟只能吃这些老本了。
全球生物多样性保护的100个关键问题 One Hundred Questions of Importance to the Conservation of Global Biological Diversity 由21个国际组织、12个学术机构参加,从2291个与全球生物多样性保育相关的问题中遴选出了100个关键科学问题。这100个科学问题如果得到破解,将对全球生物多样性的保育行动规划和政策制定产生深远影响。任何从事生物多样性、生态学及宏观生物学领域的科技工作者都值得关注这一重要文献。 PS: 希望环境科学与生态修复研究所的研究生同学通读该文献,在相关研究中注意本文所反映出来的学科动态。 Abstract: We identified 100 scientific questions that, if answered, would have the greatest impact on conservation practice and policy. Representatives from 21 international organizations, regional sections and working groups of the Society for Conservation Biology, and 12 academics, from all continents except Antarctica, compiled 2291 questions of relevance to conservation of biological diversity worldwide. The questions were gathered from 761 individuals through workshops, email requests, and discussions. Voting by email to short-list questions, followed by a 2-day workshop, was used to derive the final list of 100 questions. Most of the final questions were derived through a process of modification and combination as the workshop progressed. The questions are divided into 12 sections: ecosystem functions and services, climate change, technological change, protected areas, ecosystem management and restoration, terrestrial ecosystems, marine ecosystems, freshwater ecosystems, species management, organizational systems and processes, societal context and change, and impacts of conservation interventions. We anticipate that these questions will help identify new directions for researchers and assist funders in directing funds. Keywords: biodiversity, conservation, horizon scanning, policy, priority setting, research agenda, research questions 100 QUESTIONS
2008 年 5 月 12 日 , 14 点 28 分 04 秒,中国四川省汶川县境内发生 8.0 级地震,地震波及的有感范围包括中国的四川、宁夏、甘肃、青海、陕西、山西、山东、河南、湖北、湖南、重庆、江苏、北京、上海、贵州、西藏等 16 个省、自治区、直辖市。据中华人民共和国民政部报告,截至 6 月 7 日 10 时,汶川地震已造成 69134 人遇难, 374061 人受伤,失踪 17681 人,累计受灾人数达 4616.2165 万人。全球著名灾难评估机构 AIR 环球公司表示,此次强烈地震所造成的经济损失,估计将超过 200 亿美元(据路透社 2008 年 6 月 15 日 报道)巨大的灾难,使得我们不能不队中国的地震预报研究作反思。 1990 年代后,中国科学界开始重视文章是否受到 SCI 检索,对中国学者的中文发表成果开始歧视,学术界弥漫着对中国人的研究成果不信任或者不屑一顾。这时, Geller 等( 1997 )《 Science 》发出的地震是不可预报的观点。中国人对地震预报失去了信心。 然而, Geller 等( 1997 )的观点并不能令人信服。认为地震不可预报的观点首要的是认为针对预报的观察是 notoriously intractable ,这当然是正确的。但是作者理论上的进一步论证, the Earth is in a state of self-organized criticality where any small earthquake has some probability of cascading into a large event 在这里 small 的意义并没有被定义,同样 large event 也没有被定义。进一步地他们写道: Whether any particular small earthquake grows into a large earthquake depends on a myriad of fine details of physical conditions throughout a large volume, not just in the immediate vicinity of the fault. This highly sensitive nonlinear dependence of earthquake rupture on unknown initial conditions severely limits predictability. The prediction of individual large earthquakes would require the unlikely capability of knowing all of these details with great accuracy. 这里有一个在非线性动力学结构中的扰动敏感性问题。关于这个问题我们先看最著名的扰动敏感性例子洛伦茨蝴蝶,即所谓动力系统在某些情况下对于初始条件非常敏感,微小的改变就足以使整个系统的演化完全不同,也就是在大气系统中蝴蝶煽一下翅膀就可能引起飓风。然而这样的蝴蝶实际上并不存在。发现蝴蝶效应的 The Lorenz equation 是一组二阶常微分方程。 这样一个描述大气环流的运动方程,实际上一个 2 维的流体并且受到来自底面的加热,这是一个十分简化的物理方程。这个简化忽视了微小程度的空气气团的温度差异和速度涨落,对参数采用了平均化。这个简化 - 平均化过程实际上把蝴蝶的扰动结果平均化了,这个气候系统是不允许存在真实的蝴蝶的。所以不存在蝴蝶煽一下翅膀就可能引起飓风的问题。飓风与蝴蝶在气候系统中完全是不同尺度层次的问题,实际上蝴蝶天体天天在煽动翅膀,世界上的飓风却是有限的,世界气候格局基本上稳定着,一个蝴蝶导致了气候反常,千千万万蝴蝶平均化挽救了气候系统。一个数学系统可能因为很小的扰动出现不可预测的未来,但是实际的物理系统并不存在这样的情况,至少他们受到能量守恒的限制。因此从自组织系统对初值的敏感性说明不了地震不可预测。因此导致地震发生的 samll 震动基本上应该是与最后的地震是一个层次的运动,这就是说地震前兆有可观察性。 Geller 等( 1997 )为了论证地震的不可预报性对中国 1975 年的海城地震预报作了质疑。质疑的理由是海城地震仍然死了人, 1328 deaths and 16,980 injured 。这不是一个充分的理由,预报了不等于消除了灾害,而是减灾。中国海城是一个人口密集区,按 《中华人民共和国人口统计资料汇编1949-1985》数据,1964年海城的人口:745766人,1982年为956511人,其间的1975年应该在850000人。在这样一个人口群体中,在7,3级地震时仅仅死亡1328人,说明预报的极大成功,减灾的极大成功。 Geller 等( 1997 )接着提出 1976 年的唐山地震未能预报出来。实际上唐山地震被专家和群众预报到了,由于有关领导人的错误,导致了没有来得及公布这个信息。唐山地震正好作为反例。 地震预报是艰难的,也许现在谈准确预报地震还为时过早。但是 Geller 等( 1997 )的论断缺少科学性。