生物学方法论是人们从事生物学科研的系统方法的理论 。迄今为止,生物学大致经历了三次重大的方法论的革命,它们分别是整体论、还原论和新的整体论。事实上,每一次科学范式的转换过程中,相对科学技术进步而言,人们往往更加重视其方法论的革命。这是因为方法论通常对一门学科如何进行具体实践乃至真正做到科学共同体的承认更具有关键意义。那么,生物学的方法论究竟如何推动生物学的范式转换?每一次的方法论革命解决了哪些问题?存在哪些不足?生物学的方法论最终要向何处去?本文尝试以生物学方法论革命为主题,对生物学整体论、还原论和新的整体论方法论的一系列相关问题进行哲学思考。 一、整体论 生物学第一个经典的整体论方法论革命兴起在十七世纪到十九世纪欧洲,也是使生物学成为一门科学的重要方法论。所谓的生物学整体论是在近代的科学水平基础上发展出的一种把生物从整体角度研究的方法论 ,并在生物学史上开创性地把神学的生物学和科学的生物学划分开来,这充分体现在瑞典人林奈的《自然系统》论著中。书中所提出的纲(class)、目(order)、属(genus)、种(species)的分类概念正是整体论生物学的首创。它标志着人类开始第一次自主地和系统地对动植物进行命名和分类。此时,上帝和诸神的作用已经开始被逐渐忽略。另一方面,整体论还特别为生物学发展出两条研究进路。一种是静态的,即把人和生物用简单、静止和机械的观点看成由各种零件构成的机器。此理论以牛顿的机械唯物主义为哲学依据,并以英国人哈维的血液循环学说为代表。另一种是动态的,即把生物看作是漫长进化链条中一环的整体论,以英国人达尔文《物种起源》为代表学说。此理论主要从物竞天择、适者生存的角度动态地研究生物的整体运动。此时,生物已不再是神创造的产物,而是自然进化的结果。在这里,创世说已经被彻底搁置在一边了。 整体论生物学方法论的兴起本质上是近代科学的方法论在生物学领域的体现。事实上,近代的科学方法论正是以整体的认识论为前提,以科学实验为依据,从而建立起来的一整套的科学研究方法体系。近代的数学、物理学、化学、哲学、社会科学、历史等基础学科也均遵循整体方法论自觉和不自觉的指导。整体论的科学方法论总的特征大致可以归纳为三重架构。首先,事物是整体性的。这是把事物作为整体研究的出发点。即所谓整体大于部分之和。其次,事物是运动性的。这反映出整体论对事物存在方式的基本判断。最后,作为整体的运动是符合因果律的。譬如牛顿第一定律所阐述的,事物在未受外力作用时将始终保持静止或匀速直线运动,直到外力的破坏为止。这为数学、逻辑和实证方法的应用提供了条件。具体到法国人拉美特里的人是机器的观点,我们可以看到这样的描述。人是一个机械的整体;这个人显然是活动的;而且人的活动具有因果性。比如,人要举起杠铃,就必须消耗一定的能量。另一方面,就达尔文的进化论而言,任何生物个体也被认为是一个整体。生物是运动的,包括进化类型的运动。而根据环境因的不同,生物可以进化出形态和种类的果的不同 。从这个层面来看,整体论的确代表近代科学充分地回答了关于生物的许多问题。 整体论的确立反映了近代生物学方法论对神学方法论的革命。神学的生物学方法论最终会被取代是由三个根源造成的。首先,神学方法论自身的缺陷,这是本次方法论革命发生的内在根源。简单地讲,系统的、精确的和能够被实证的生物学才是更容易被人们接受的。因此,当具备先进思想的方法论出现时,旧的方法论必然要被取代。其次,受十三世纪末至十六世纪出现的欧洲文艺复兴、宗教改革和启蒙运动兴起的文化背景所影响。资产阶级的崛起,神权和王权的衰落,以及人性的自我觉醒都使得人们对原有的整个神学体系开始进行极大的反思。这也构成了神学的生物学方法论遭到抛弃的原因之一。最后,生物的神学方法论本质上是一种极其主观和强势的方法论。譬如,当在解释人类的外形为什么与其他动物不同时,神学方法论会告诉我们,这是因为神依照自己的样子创造了人。这使得人们想到一句古希腊人色诺芬尼的名言,如果牛也有上帝的话,它必然也是有角的。这种讽刺体现了主观的、臆断的方法论相对客观的、逻辑的方法论的孱弱,从而反映出近代科学水平的整体论在生物学领域扮演了推翻神学方法论的角色的理由。十分明显,整体论的意义正体现在相对神学方法论的先进性上。不仅因为整体论符合近代科学的方法论和认识论,同时也因为整体论也符合近代科学进步的社会文化的需求,更因为整体论的客观和开放性。 然而考本究源,由于生物学的整体论是建立在近代科学理论基础之上的一种方法论,因而也就决定了其必然也只能是一种线性的、可积的和原始的方法论。例如,整体论认为正常的心跳应该是规律的。根据个体的体质差异,健康人的心跳每分钟应该在六十五次左右。而事实上,即便是同一个健康人,其心跳次数也不可能是规律的。不仅早晨、傍晚这样的生物钟因素会影响其心跳,冬天或夏天的温度因素以及饥饿和饱腹的新陈代谢状态等等因素也在影响着心跳的次数。这一反差体现了整体论中的机械唯物主义的特点。 不仅如此,显然还打着博物学烙印的整体论,与其说是对生物本身进行研究,不如说是大量关于生物的博物学知识的梳理和近代科学方法的简单移植。另一方面,对数学和物理学的生硬套用以及近代科学技术水平的限制,使得当时的生物学也只能采取整体论的方法论。不得不说,生物是一种整体的观点固然正确,但缺乏更加精细的科技手段的生物学无法更多地解释生物的功能和机制,更不用说探讨生命的本质问题了。这预示整体论势必被更加先进的力量所取代。 与此同时,我们发现整体论也并非经典科学范式中的方法论。首先,我们并不能在那个时代找到具有真正现代科学意义上的科学共同体。当时的一个从事生物学研究的群体可能同时是由博物学家、化学家、物理学家,甚至是政治家和有神论者所共同组成的。例如,我们熟知的遗传学创始人孟德尔本身即是一位牧师;而牛顿坚称宇宙的第一推动来自上帝。其次,整体论也并非是当时研究生物的学者们所共同遵循的方法论,比如细胞学说。因此,我们只能说这是一种巧合的呈主流的方法论。而真正意义的整体论观点的提出要推延至 20世纪30年代。 由此我们可以判定,当时的生物学是萌芽阶段的科学,当时的整体论也是一种被动的后知后觉的方法论。最后,此时的整体论也并非绝对意义上的整体论。因为此时染色体学说已经诞生,这已经是明显的还原论的雏形。唯一不能让整体论被取代的原因是此时的还原论还远远不能称之为一种成熟的方法论,或者说尚不能系统地指导生物学的实践。那么,究竟是什么使得还原论终于摆脱整体论的束缚,进而成为一种现代主流的生物学方法论的呢? 二、还原论 还原论是生物学历史第二个重要的方法论,其萌芽于十九世纪整体论阶段的细胞学说和遗传学说,兴盛于分子生物学和基因组学,作用一直绵延至今。当人们认识到整体论的生物学方法论并不能帮助人们进入到生物学的核心问题的时候,尤其是认识到过去的神学生物学方法论本身其实也带有某种整体论的影子以后,一般的本能反应是采取一个与整体论截然相反的理论。这就是把整体分解为部分,乃至分解到不能再分为止的方法进路 。我们称之为还原论的生物学方法论的革命。其根本宗旨是把生物的功能和机制还原为物理运动和化学反应并进行研究。 还原论对生物学的作用主要体现在三个重要领域之中。 (1)生物物理学。其作为物理学与生物学的交叉学科,主要是通过应用物理学的原理和方法来研究生物的结构、功能及其关系、生命活动的物理、化学过程和物质在生命活动过程中体现的物理特性等,从而阐明生物在特定的空间、时间内的物质、能量和信息的变化规律。(2)生物化学。一种采用化学的原理和方法对生命物质进行研究的学科。其工作主要是为了探索生物的化学成分、构造及生命功能中的化学反应。生物化学不仅涉及生物总体组成的化学,也对生物组织以及细胞的化学构成做精确解析。譬如,通过对重要的生物大分子(如蛋白质、核酸等)进行生物化学研究,从而阐述此类大分子的多重功能和生物结构的关系。(3)分子生物学。这是一门从分子水平来研究生物的各种现象的分支生命科学。分子生物学试图经由对生物大分子(核酸、蛋白质)的结构、功能和生物合成等方面的研究来阐明其内在的机制。其主要研究内容包括:光合作用、发育的分子机制、神经功能原理、癌的发生机制等。 以上现代生物学的成就中还原论的贡献居功至伟。因为如果我们不把生物还原到物理学、化学乃至分子水平,就无法发现其中所蕴含的诸多规律和现象,比如:遗传和变异。但是,与之前的整体论一样,采取这种方法论,与其说是生物学的科学共同体自发自觉所采取的策略,更不如说是整个科学界从物理学领域发端的还原论大潮的波及所致。其暗示生物学和生物学研究的客体 ——生物本身仍然缺乏某种最为本质的联系,而并非生物学界的主观价值或集体愿望所致。 如果我们再进一步研究这些成果,就不难得出这样的结论:还原论的生物学方法论主要回答的是诸如怎么样的问题。譬如,生物内物质的物理运动是怎么样的?生物内的化学反应是怎么样的?生物发育的分子机制是怎么样的?如果对这类问题反思,我们会意识到还原论的生物学方法论其实并没有更深入地回答为什么的问题。比如,为什么生物会有这样的光合作用?为什么生物的神经功能要这样运作?生物为什么会产生癌症?这就导致一个很明显的反差,还原论生物学方法论对机制问题谈的很多,但是原理问题却谈得很少。 退一步讲,当人们声称一个方法论比前一个方法论更加先进是因为它能回答和解决更多问题的时候,我们也要反思好的方法论是不是应该能够回答更复杂的原理层面的问题。因为机制问题是描述问题的表层特征,是可以通过大量的实验数据的搜集整理出来的。而原理才是解决科学研究的核心问题的关键,是功能机制背后的根本原因。这就好像神学方法论解释了上帝是如何造人的,比如,在一天的时间内,按照自己的形象造出来。但是,这种方法论并没有真正解释为什么神要用一天的时间造人的问题,也没有回答为什么神要按自己的形象来造人的问题。但我们发现神学方法论还是可以用神意不可测的理由挡住所有原理性的质疑。相对而言,整体论中的达尔文的进化论反而能够给出答案,这就是物竞天择和用进废退。至此,人们不禁会问,还原论是否仅仅体现了科技水平的进步,而在方法论的内核上却展示了某种倒退呢? 不得不承认,还原论的生物学方法论在解决认识论原理层面问题的时候是无力的,而且不能帮助我们提出任何科学哲学意义上的关于生命的结论。给人留下深刻印象的论著就是奥地利人薛定谔的《生命是什么》一书。此书试图用物理和化学来解释一切生命现象 。尽管这一基本思想极大地推动了20世纪分子生物学的发展,但是书中的很多观点,诸如基因属于一种非周期性的晶状体;突变是基因分子中的量子跃迁等等观点,本质就是我们今天看起来已经落后的还原论的一种体现。因为,如果生命用这种方法来还原,一直还原到分子、原子,甚至还原到量子,人们依然会问,这些微观粒子或者波动是生命本身吗?答案显然是否定的,或者至少是今天的科学界所难于普遍接受的。因此,这种研究方式注定是要犯一个公认的方向性错误。另一方面,我们发现这种缺陷所致的不利情况在还原论兴盛的物理学领域却并未受到丝毫影响。究其根本就是因为物理学本身的方法论非常重视原理层面的建设。有史以来,物理学从来就不回避诸如原子、分子是怎么来的,最终又会转化成什么的问题;宇宙的起源是什么,乃至会不会有多重宇宙这样的深入到物质本质的问题。对照来看,在还原论的生物学方法论中,生命的本质,乃至细胞的本质这样的基本原理的问题,却在生物学或者生命科学领域中经常地有意无意地被忽略了。这最终导致还原论的生物学方法论最终成为了无本之木,成为了为还原而进行方法研究的方法论。 三、新的整体论 20世纪30年代的美籍奥地利人贝塔朗菲创立的系统科学以及还原论所逐步显示出的诸多缺陷引发了第三次生物学方法论的革命即新的整体论的兴起。生物学的方法论研究至此再次回归到从整体的视角来看待生物的思路上来。所谓新的整体论就是今天系统生物学所采用的系统科学哲学的方法论。而系统生物学则是对生物系统组分的构成与关系、动态与发生进行研究,并以系统论和实验、计算方法整合为特征的最新一代的生物学。经过几十年的理论准备,系统生物学家已经初步奠定了关于建模、自组织和涌现等一系列基本生命问题的哲学基础 。我们之所以把今天系统生物学阶段的方法论称之为新的整体论和整体论的回归,是因为新的整体论的确与之前的整体论有很多重合的地方,但同时又具有时代的先进性。 新的整体论可以归结为以下三重架构。首先,事物是整体的而且是系统的和复杂的。其次,事物是运动性的而且是显示出自组织特性的。这反映出新的整体论对事物存在方式的崭新的基本判断。最后,整体的活动是具有因果性的但却是多线性的。那么,为什么新整体论可以成为超越还原论的新一代生物学方法论呢?进一步分析,我们发现新的整体论具有以下特点: 第一,和以前的整体论和还原论不同,系统生物学的新的整体论的方法论一开始就为我们提供了关于生物的原理性的定义,而之前的整体论和还原论的方法论却始终没有对究竟什么是生命和生物做出正面的回答。新整体论认为:首先,生物是一个系统。而系统是具有特定结构和功能的整体。其次,生物是一个复杂系统,即具有相当数量规模个体组成部分并复杂运动的系统。最后,生物是一个复杂的自组织系统,即具有自行演化功能的复杂系统。无论这种方法论的探索是否能够最终在未来经受长久的考验,新整体论的主张毕竟在解决原理问题层面符合了一个合格先进方法论的基本条件。 第二,新的整体论是整合了还原论的整体论,而不是单一的整体论。而之前的还原论则是一种完全背离了整体论的方法论。之所以系统生物学能够完全接纳还原论,是因为今天的系统生物学的科学共同体可以理解部分是整体的部分,而整体是部分的整体。既然生物是一种复杂的自组织系统,还原论的方法论在处理系统组成部分的关系和作用时当然可以发挥积极作用。 第三,新的整体论是在系统科学的多种理论、最新的生物学科技以及多重的研究进路的综合背景下的融合产物。首先,新整体论不仅包含了系统论、信息论和控制论老一代的系统科学方法论,而且涵盖了耗散结构理论、突变论和协同论新一代系统科学的方法论。其次,新整体论不仅继承了博物生物学、实验生物学的成果,还吸收了基因组学、蛋白组学和计算机模拟等最新科学技术。最后,新整体论不仅具有下而上的代谢和系统生理学的研究进路,而且还包括上而下的电生理学、动力学建模等学科的研究进路。至此,我们看到生物学发展到系统生物学阶段已经进入到方法论、科技手段和研究进路的极大丰富时期。而生物学新的整体论正是在这样一个背景下诞生的。 今天的系统生物学所运用的新的整体论主要应用于以下六个方面 :(1)对所研究对象整体的DNA、RNA、蛋白质和一切代谢产物做精确分析和测量,以明确系统的结构和所有组成部分以及相互关系。(2)对上述内容进行动态性的系统和精确的研究。(3)对上述内容进行计算机和数学的整合与模拟。(4)对生物系统的发育、病理、健康、肿瘤等现象做系统动态分析。(5)建立不同的系统模型来模拟生物系统。(6)运用发现和假说结合的手段,对模型和模型预设结果进行对照研究,最终达到目的和结果的统一,或者说达成认识论和方法论的相互印证。简而言之,新的整体论的生物学方法论已经在对认识论的贡献、对原有方法论的继承以及自身科学哲学的丰富完善和最新科技的吸收,乃至进路的选择方面都具备了新一代方法论的充分准备。新整体论较先前的两种方法论所做的最大程度的突破是从科学哲学理论上最终实现了整体大于部分之和的思想螺旋演变。这标志着整体论、还原论到新的整体论从线性到非线性、从可积到非可积、从原始到复杂的演进。我们发现,这一特点同时也符合唯物辩证法的事物否定之否定的发展规律。 但是,无论如何系统生物学毕竟仍处于发展中阶段,而一个学科由诞生、发展到真正成熟往往需要几十年甚至更长的时间。因此,我们必须要明确目前的系统生物学的新整体论的方法论仍存在哪些误区和问题,并放弃为之过早的乐观态度。事实上,系统生物学并非不存在发展的瓶颈,例如以下一些问题。系统生物学是功能和机制生物学而不是进化生物学吗?系统生物学往往是机械论的解释吗?我们究竟要如何才能很好地利用模型对分子机制进行解释呢?涌现的属性究竟是什么?以及我们始终决不能回避的生命究竟是什么的问题。这些问题不仅构成了系统生物学和新整体论生物学方法论研究的重要组成部分和探讨的主题,而且也对新的整体论的生物学方法论的有效性带来严重挑战。 另一方面,科学哲学的批判本能告诉我们还要小心新整体论的生物学方法论可能会带来潜在的其他问题,如认识论和方法论之间的关系问题。我们知道认识论的功能主要是研究知识的范围、前提和基础,以及研究知识需要的一般客观性。而作为认识世界和改造世界根本方法的方法论,其服务对象必然是认识论。但是,又称为知识论的认识论本身并不是真理。既然阶段性的认识论并非真理,那么其研究道路就必然是无限反复而又螺旋上升的。 这些讨论为我们继续研究生物学方法论提供了更高级的标准。首先,生物是一个复杂的自组织系统,是一个生物学阶段性的认识论。它并非生物学的终极认识。换句话说,我们现在把生物视为一种自组织的复杂系统离真理很可能还有很远的距离。因此,我们必须对目前的生物或生命的系统生物学认识论保持一定程度的警惕,否则,就可能对建模和实验产生延续性的问题。其次,新整体论的生物学方法论是为系统生物学的认识论服务的。它不仅会存在发展尚不成熟的问题,也同时必然会对认识论的积累和总结产生研究偏离的问题。即新整体论的方法论会对系统生物学的认识论带来错误的诱导。最后,我们还要警惕不能滑向英国人赫胥黎不可知论的观点,盲目认为除了感觉或现象之外,客观世界是无法被最终认识的,进而对生物学的研究发生信心的动摇。我们要坚持几百年来生物学的进展一定有其可取之处的判断,坚持科学进步过程中即便是负面案例也对一套理论的完善具有积极作用的判断。 毫无疑问,从科学哲学的角度而言,科学究竟是什么的问题一天不能解决 ,我们就仍不能坦言科学已经完全把生命本质的问题解释清楚了,尽管系统生物学的新整体论的方法论在过去的几十年间为我们提供了大量科学哲学的结论。我们有理由相信生命的本质或许就蕴含在系统生物学的发展过程之中。必须明确的是生物学的最终目标始终都是要解决生命的本质问题。我们看到由方法论划分的三个生物学阶段分别解决了三个主要问题。整体论阶段解决了生物宏观进化的问题;还原论阶段解决了生物微观的物质基础问题;新的整体论阶段解决了生物的组成部分的构成、运动和发展的问题。尽管我们暂时仍然不能找到什么是生命本质的这类元问题的答案,但是生物学毕竟不断在向这个目标靠近。事实上,在每一个生物学范式中,在其所属的生物学方法论中往往都能找到下一个范式和下一个方法论的影子,比如整体论为新的整体论提供了框架,而还原论则为新的整体论提供了微观的科学实验技术手段;而且三次革命的推进体现出不断递进的过程揭示了只有对认识论的原理层面产生效果的方法论才是更为先进的方法论,也才可能对生命的本质问题的探索产生深远影响。同时,我们还注意到系统生物学所采用的新整体论也正在发挥着与多个学科群的联系和互动功能。新的整体论不但对生物学,对整个科学体系,乃至社会科学体系都将可能具有不可限量的积极意义。 参考文献 李建会.生物学方法论 .杭州:浙江教育出版社,2007:5. Pigliucci , Massimo.Between holism and reductionism : a philosophical primer on emergence .Biological Journal of the Linnean Society , 2014 , 112(2) : 261-267. Charles Darwin.The Origin of Species .New edition.Hertfordshire : Wordsworth Editions Ltd , 1998. Fardet , A. , Rock , E.The search for a new paradigm to study micronutrient and phytochemical bioavailability : From reductionism to holism .Medical Hypotheses , 2014 , 82(2) : 181-186. Erwin Schrodinger.What is Life? : With Mind and Matter and Autobiographical Sketches .Cambridge University Press , 2012. 布杰德·F.C..系统生物学哲学基础 .孙之荣,译.北京:科学出版社,2008:157-158. 林标扬.系统生物学 .杭州:浙江大学出版社,2012:3.
(全文刊发于《自然辩证法研究》2012年第3期,全文转载于《人大复印(科学技术哲学)2012年第9期) 还原论对生态学研究的当代影响 李际 ( 中国科学院研究生院人文学院,北京 100049 ) 摘 要: 通过文献分析发现:国内外还原论与反还原论在当今生态学研究中的争鸣尚无定论。生态学研究中的还原论争鸣涉及了本体论、认识论和方法论三个层面,尤其是在某些理论中存在三个层面的还原论立场相悖的情况;生态学研究中的还原论思想存在强还原与弱还原、还原论与反还原论的争鸣;当前的研究成果大多主要针对其中一个层面或某个具体的科学问题,缺乏全面、系统、深入的研究且无论在生态学的具体研究还是在生态学哲学的具体研究中,经常表现出对于具体问题认识上的差异与错误诠释,存在“秘密的还原论”。 关键词 :还原论;生态学;生态学哲学;整体论;系统 根据《科学》(SCIENCE)的亚太主编斯通(Richard Stone)(2010)的报告,生物学是当代自然科学的热点学科之一,而生态学又是在全部生物科学论文数量中占有最多数量的子学科 。 图1 SCIENCE刊发的生物科学论文数量占全部论文数量的比重(斯通,2010) 图2 2008年度SCIENCE发表生物学论文数量的子学科分布(斯通,2010) 在被看作是反还原论学科的生态学的当前研究中,还原论也有重要的影响,布里甘迪特(2010)以理论还原为例,指出“最近…还原论引起了解释综合的哲学争论” ,“生态学经常被看作是真正的整体论科学,因为它处理有机体与环境的相互关系。但是整体论和还原论是极端相关的,并总是在组织的一些给定水平上有关系” ,P.139 。 1 文献检索情况 2011年1月6日,对中国知网的中文学术数据库进行检索,结果为:1、以“生态学”和“还原论”作为组合检索词,中文期刊数据库主题检索结果为33篇;2、以“生态”和“还原论”作为组合检索词,中文期刊数据库主题检索结果为74篇。2011年1月8日,对国际学术期刊全文数据库(WEB OF KNOWLEDGE)进行检索,结果为:以“ecology”和”reductionism”为组合检索词主题检索出86篇。同日,国际过刊全文数据库(JASTOR)检索结果为:以”ecology”+“reductionism”为组合检索词标题(title)检索出6篇;以”ecology”+“reductionism”为组合检索词摘要(abstract)检索出5篇。2011年1月9日,国家图书馆联机公共目录查询系统全库检索结果为:以生态”和“还原论”或以”ecology”和”reductionism”为组合检索词全字段检索结果为0; 以“还原论”为检索词检索中文及特藏数据库全字段结果为8部, 逐一查阅后,直接相关专著仅1部——“(美)斯蒂芬·罗思曼(Stephen Rothman)著,李创同,王策译.还原论的局限:来自活细胞的训诫 .上海:上海译文出版社, 2006”;以“reductionism”为检索词检索外文文献总库全字段结果为85部,逐一查阅后,直接相关专著仅4部,分别是:1、“ David R. Keller, Frank B. Golley. The Philosophy of Ecology FromScience to Synthesis.Athens: University of Georgia Press, 2000 ”(《从科学走向综合的生态学哲学》);2、“ Rick C. Looijen. Holism and Reductionism in Biology and Ecology: TheMutual Dependence of Higher and Lower Level Research Programmes. Dordrecht,Boston : Kluwer AcademicPublishers, 2000 ”(《生物学和生态学中的整体论与还原论:较高和较低水平的研究纲领的相互依赖性》);3、“ PaulHoyningen-Huene, Franz M. Wuketits. Reductionism and Systems Theory in The LifeSciences: Some Problems and Perspectives . Dordrecht, Boston : Kluwer AcademicPublishers, 1989 ”(《生命科学中的还原论和系统论:一些问题和观点》);4、“ International Association forCultural Freedom (Ford Foundation). Beyond reductionism: New Perspectives inthe Life Sciences, Alpbach symposium, 1968. London : Hutchinson Co.(Pub.) Ltd., 1969 ”(《超越还原论:生命科学新视野》)。从题名看,前两本是与本研究直接相关的英文专著。同日,在World Cat(http://www.worldcat.org)中文检索结果为0;以“ecology”和“reductionism”为组合检索词关键词检出43部,剔除重复记录和非直接相关著作后仅为2部,仍为“ The Philosophy of EcologyFrom Science to Synthesis ”、“ Holism and Reductionism in Biology and Ecology: The Mutual Dependenceof Higher and Lower Level Research Programmes ”。 2 还原论对生态学哲学影响的概貌与哲学分类 辛勃洛夫(Danil Simberloff)(1980)在受到关注 ,P.17 ,P.28 的《生态学的范式演替:从本质论到唯物论以及概率论》中 认为不确定性颠覆了传统生态学研究范式而主张树立概率论的新范式。这种范式认为生态系统的系统表现是由生境中的各个生物因素发生与发育的随机概率的组合所确定的。鉴于克莱蒙兹和唐斯利的理论已经被普遍认为是生态学中的反还原论的典范,以辛勃洛夫为代表的随机论的统计学研究范式就被相应的看作为还原论的代表。他的研究实则是对上世纪三十年代前后的一场关于还原论的生态学论战的延续与发展。在那场论战中,克莱蒙兹(Clements)的群落顶级理论与格里森(Gleason)的个体交往理论分别被看作是反还原论和还原论的典型代表。辛勃洛夫自认为发展出了第三条进路,但他的观点具有认识论上的理论还原(用数学统计学理论还原生态学理论)和方法论层面的还原(用统计方法还原生态学的生理学方法)。虽然辛勃洛夫把自己的概率论看作是不同于克莱蒙兹的本质论和格里森的唯物论的新思路,实则还是发展出了不同格里森的新的认识论与方法论层面的还原论思想。更深入的分析可看出,至少在本体论层面上,辛勃洛夫的思想同时具有还原论与反还原论。他把群落发育的生态过程看成是所有个体的生态过程的统计概率,具有反构成还原的反还原论特征;而把群落发育的生态过程的属性(如竞争或协作,适应或选择)看成单个个体的生态过程的属性加和又内涵了本体论的属性还原。同时,虽然克莱蒙兹把特定时空中的演替作为系统发育看待而具有本体论的反属性还原的倾向(即群落的属性不可还原为单一个体的属性,因而必须进行系统研究),但他在植物群落发育和个体发育之间建立了相似的关联(他把植物群落看成是“超级有机体”)。这反映了本体论上的构成还原(把植物群落看成与个体具有同构性)和认识论上的理论还原(把群落发育理论还原为个体发育理论)与方法论上的还原(采用个体发生学的研究方法)。 可见,尽管生态学被看作是具有后现代性与系统性色彩的学科,但在其中的各种概念和理论中潜藏的还原论思想并非一望即知,而是非常交织和复杂的。生态学研究中的还原论的上述特点在国外期刊(“Oikos”)(1988)对生态学研究中的还原论组织的专题研讨中体现的更加集中。 在1988年的53卷(第二期),Oikos以刊发了以生态学研究中的还原论为主题的5篇研究性论文。瑞德菲尔德( Garth W.Redfield )的“ Holism and Reductionism in Community Ecology ”(《群落生态学中的整体论和还原论》)调查了27位生态学家的看法,大部分受调查者在认识论和方法论上倾向还原论并承认还原论的影响有愈来愈大的趋势 。弗莱那根(Patrick W. Flanagan)的“ Holism and Reductionism inMicrobial Ecology ”(《微生物生态学中的整体论和还原论》)从自身对冻原微生物生态的研究指出生态系统中同时还原论与反还原论,并对特定尺度的生态研究中的还原论不自觉的进行了哲学区分——既把整个冻原微生物生态系统还原为低水平的具体的微生物种群和群落(即本体论层面的构成还原),又把所有微生物的呼吸现象看作系统的生命现象进行研究(即属性还原) 。小李迪克尔( William Z.Lidicker, Jr. )的、“ TheSynergistic Effects of Reductionist and Holistic Approaches in Animal Ecology ”(《动物生态学中还原论与整体论进路的协同效果》)根据自身生态学研究经验肯定了还原论的合理性,认为“最成功的生态学分析必须包括还原论…;它们是综合的”。他认为生态学还原论争议的原因分别是坚持还原论与反还原论二分、还原论已在对自然界理解方面取得巨大成功、普遍认为在健康发展的学科中不应存在两种进路并存情况。 威尔特(Richard G. Wiegert)的“ Holism and Reductionism inEcology: Hypotheses, Scale and Systems Models ”(《生态学中的整体论与还原论:假说、尺度和系统模型》)对27位生态学家调查后认为“在给定机制的应用范围中存在一些严峻的,但无疑是现实和可测量的约束条件”,“可能引发比初始的观察更为大的尺度(反还原论)或可能需要被观察系统的子系统(还原论)的研究”,主张对特定尺度内的特定生态现象采用合适的方法论 。威尔逊(David Sloan Wilson)的“ Holism and Reductionism inEvolutionary Ecology ”(《演化生态学中的整体论和还原论》)探讨了演化生态学中的还原论。他的观点可以概括为生态现象的不同组织水平之间是否存在本体论的构成还原(他称之为“机械整体论”);生态学研究在认识论层面除了提供描述性解释(他称之为“描述性整体论”)外,是否还能提供因果解释且具有理论的预测性;对高水平的生态现象的解释能否理论还原为认识论层面的低水平的生理-化学的功能解释(他称之为“形而上学的整体论”) 。 辛勃洛夫的研究较为全面、直接的反映了还原论在生态学哲学中的影响。瑞德菲尔德、小李迪克尔和弗莱那根看法并不一致。威尔特的研究成果实质上主张了温和还原论;威尔逊的理论研究将还原论在生态学研究中的焦点争鸣进行了哲学视野的转译,实际上指明了这种争鸣在本体论涉及到构成还原、在方法论上关涉理论还原的可能性以及不同的解释还原的可能性与合理性。从哲学角度看,上述研究直接或间接涉及到本体论、认识论和方法论,具体是本体论层面的构成还原和属性还原、认识论层面的理论还原(包括学科间的理论还原和学科内的解释还原与统一理论可能性)、方法论层面的还原方法。 3 还原论对生态学哲学的本体论研究的影响 3.1 对本体论中的构成还原研究的影响 对处于不同水平的生态对象之间是否在本体论层面上存在构成还原(即高水平的生态对象是否可以还原为低水平的生态组成部分)是存有争议的。 韩博平(1994)支持还原论的合理存在,认为“生态学研究中的整体论存在基本的困难,即在不需要反还原就能理解的场合没有必要引入反还原概念,反之,任何可能的还原论应用都意味着高层次组织行为都可以由较低层次的特性来解释” 。韩博平维护了本体论层面的还原论在生态学研究中的合理性,主张将高水平的生态现象可能存在低水平的构成还原。同时,他把属性还原(高水平的行为可由低水平的特性解释)纳入了本体论的还原论的问题域内。 吴畏(1997)不承认还原论,他回顾了美国国家科学委员会1990年提出的生态学定义,认为生态学是一门反还原的学科 。按照这一理解,生态系统的系统性决定了生态系统不能还原为较低水平的生态组成部分,比如群落或种群。 韩德信(2005)批判了还原论,认为本体论还原论是与主体性思维、主客二分的对象性思维和本质主义思维相联系的 。 顾磊,江晓霞,陈智华(2005)强调了景观(landscape)生态研究趋势是生态系统性与空间异质性 。按照他们的论述,可以推出生态的系统性不仅决定了景观内部不能进行向下的构成还原,空间异质性更是决定了在不同景观之间也不能直接进行比较,即每一个景观都是相对独立的系统。 石洪华,高猛,丁德文,李自珍(2007)用海洋生态动力学对反构成还原给予了科学辩护 。按照这一认识,因为营养物质循环是在这个海洋内展开的,海洋生态系统只能作为一个统一系统进行研究,而不能通过构成还原的进路简化为群落或种群研究的集合,突出了生态系统中非生物因素的作用,对反构成还原的给予了科学方面的辩护。 张薪(2008)回顾了上世纪生态学研究中的代表性模型,认为存在五代不同的模型,证明了生态学研究趋向研究最高水平的生态系统 ,P.9 ,即反对构成还原。按照张薪的认识,生态学研究不仅没有趋向于向下的构成还原,而是越来越趋向于更高水平的生态对象。 系统生态学奠基者尤金·奥多姆(Eugene P. Odum)(1992)提出了生态学中最基本的20个概念,第一个概念就是“生态系统是一个热力学开放的远离平衡态的系统” 。按照奥多姆的观点,可以认为生态进程是基于控制论的系统行为的演化过程,这种过程具有系统特征,自然不能还原为低水平的生态组成部分的生态进程,体现了反还原论的立场。 菲斯科(Daniel A. Fiscus)(2002)探究了系统生态学基本原理,认为“革新的系统生态学家试图把有机体看作是非常紧密集成的生态系统” 。他赋予不同水平的生态对象以同构性与同质性,因此生态系统与个体可能具有同一性。因此,他观点看上去是反还原论的,但实则是不自觉的为本体论的构成还原洞开了理论通道。 希萨斯和斯达默(Dimitrios Schizas, George Stamou)(2007)也讨论了系统生态学原理,明确指出系统生态学把物理粒子累积组成的物理结构和物质-能量交互变化看成生态系统的科学内涵是还原论观点。他们认为奥多姆的系统生态学把作为系统的、高水平的生态系统还原为低水平的能量的库存、通量和转换,并进而批判系统生态学并不是真正的反还原论的,而是“超还原论的”(hypereductionist)进路 。他们还把原因归结为认识论层面的物理与化学的学科间理论还原的影响。 韦恩斯(John A. Wiens)(1992)讨论了宏生态学(Macroecology)原理,认为生态学研究现状趋势是“已经从描述性和经常定性的学科向日益增长的定量、假说-演绎和经验学科变化”,并引发了“还原论黑洞的幽灵” 。 尼科尔森和麦金托什(MalcolmNicolson, Robert P. McIntosh, M. Nicholson)(2002)对生态学研究中的还原论进行述评。他赞同“生态系统研究的挑战是在关注复杂系统中的组成部分的解释结果(还原论观点)的渴望以及在理解一个功能完整的系统中的组成部分如何一起工作(反还原论观点)的渴望之间的平衡” 。他们认为格里森强调生物间随机交往的个体论是承认生物间存在交互关系,因而与克莱蒙兹、唐斯利(Tansley)等一般被认为是反还原论的生态学家观点一致。这种观点与一般把三人的理论进行二分的主流认识是相左的,他们的研究把生态学研究的本体论层面的还原论争鸣引向了更为深刻的水平。他们实则强调了生态对象之间的系统关系而支持了以控制论为科学理论基石的本体论的反还原论,更重要的是,他们的成果在传统看作是还原论和反还原论各自不同的理论间建立了正面的关联,体现了生态学中还原论争鸣的复杂。 3.2 对本体论中的属性还原的影响 本体论层面的属性还原研究也体现了百家争鸣局面。 张本祥,颜泽贤(2005)探讨了属性还原的可能性 。他们认为属性还原的讨论既涉及结构层面(空间)上,也可存在于演化层面(时间)上。研究新意在于提出即使在同一水平(系统层面)上的生态过程也会在时间上涉及生态的演化而出现新的属性。 吕勒和培曼(CraigLoehle, Joseph H. K. Pechmann )(1988)研究了系统生态学和演化论的关系。从文中论述可推论两者联系就是属性还原。按照他们的观点,生态系统的稳定性是生态系统的外部属性,这种外部属性是通过系统演化实现的,关键问题是稳定性是涌现的还是集合的属性 。 贝尔甘迪和布兰丁(Bergandi.D, Blandin. P.)(1998)对生态系统生态学和景观生态学中的还原论论战进行了述评,他们的观点与吕勒和培曼的观点恰好是截然相反的。他们以关于涌现的讨论为例,例举了支持和反对属性还原的两派观点。他们认为争论的焦点是是不是“涌现属性可还原为纯粹的额外或‘集合的’属性” ,并进而提出如果高水平的涌现属性的确存在,而又不能还原为低水平的属性,则这种涌现属性是否可以看成非内在的属性的问题。 路易(Rick C.Looijen)(2000)在对生态学中的还原论研究时,把生态学中的还原论分为强的还原论、强的反还原论和温和的还原论三种 ,温和的还原论者认为处于不同水平的群落和生态系统各自具有独特的属性。 菲斯科(2002)在探讨系统生态学原理时论及了属性还原。他认为生态系统只有三个属性:1、合成者-分解者的集成;2、可再生和循环的能量物质过程;3、持续繁殖和开放的演化。 可以推论菲斯科赞同属性还原。 4 还原论对生态学哲学的认识论研究的影响 4.1 对认识论中的学科间理论还原的影响 在学科间的理论还原争鸣中,韩博平(1994)对生态自平衡理论(即“内稳态”)发展简史论述,认为“随着控制论的发展,生理学已采用控制模型和信息论来描述有机体自平衡机制,这些成果对种群和群落生态学产生了巨大影响” 。 刘易斯(Louis J.)(1991)对当前植物生理学现状进行概述。他认为生物物理和化学对生理学进行了理论还原,生态学家在学习阶段就被赋予这些观念并在稍后自觉或不自觉的贯彻了这种哲学思想,还对本体论认识产生了反馈影响 。 贝尔甘迪和布兰丁(Bergandi. D, Blandin. P.)(1998)指出生态学中的还原论争鸣核心是物理和化学的法则是否可以解释生态现象 。 路易以克莱蒙兹的顶级理论作为分析的具体的科学理论,对生态学中的强理论还原进行了述评。他认为强理论还原把自我调节看作是高水平的生态对象(如,生态系统、群落)和低水平的生态对象(如生物个体)之间都共同都具有属性,而这种属性可用内稳态的理论进行解释,因而可对生态学理论进行生理学还原,即把群落水平的生态学理论还原为个体水平的生理学理论。 凯林顿(Emily Carrington)(2002)对一种蓝色贻贝(Mytilus Edulis)进行了生理生态学研究,认为生理生态学是“对有机体如何与物理环境交互作用以及如何在交互作用中影响他们的分布和丰度的研究…生理生态学依赖于有机体和环境的动量、热量和物质的转换” 。 都(Hessen, DO)(2004)分析了生态系统的理论还原。他认为存在两种研究传统:林德曼(Lindemann)开创的“自下而上的能量和物质通量的图景”的较早传统与“从顶部捕食者开始的‘瀑布’效应(自上而下),且直接的捕食者-猎物交互作用成为理解食物网中能量流和群落结构的中心工具”的新传统 。他不自觉的区分了理论还原的强弱。 巴拉邦和戈兰( Alexandru T.Balaban , Douglas J. Klein )(2006)研究了化学与生物学(自然也包括生态学)的关系,认为“化学是全部科学的中心并且被用于生物学,物理,医学和环境现象的研究” 。 4.2 对学科内的解释还原研究的影响 在学科内的解释还原争鸣中,葛永林(2008)介绍了奥多姆的能值理论的科学思想 ,可以看出能值理论采取了功能解释(how)的解释还原。 凯迪(1992)论证生态学研究中的综合(integration)解释的合理性。他认为因果(why)的解释还原和功能的解释还原都是可取的,不存在普遍的解释还原 ,体现了温和的还原论思想。 斯哈特、小顿宁和瓦萨(Robert K. Swihart, John B. Dunning Jr., Peter M. Waser)(2002)通过对生态学文献中术语的出现和消失周期统计,对描述性解释(what)、功能解释和因果解释的三种解释还原进路进行述评,主张更多采纳功能解释和因果解释 。 布里甘迪特( Ingo Brigandt )(2010)认为还原论和非反还原论都有一定的合理性,不应非此即彼的只采纳其中的某一种,而应该采取多元的解释进路。他的观点实质上是对还原论与反还原论的调和,体现了温和还原论的思路。 4.3 对学科内的统一理论/法则研究的影响 在学科内的统一理论是否可能的争鸣中,彭光华、孙振钧和吴文良(2007)明确指出生态学研究就是研究生态学的“明确法则和动力学原因” 。法则是对理论的归纳,是更为概括和抽象的认识,他们认为生态学存在明确的法则即暗示他们认为存在比理论更为归纳的理论认识基础,把生态学存在一般性理论的观念推向了更具有可证伪性的一般性法则的高度。 凯迪(Paul A.Keddy)(1987)比较了植物生态学的研究历史与趋势,认为有望“找到植物生态学研究中最重要的变量,并以此对生态过程提供一般性结论和可靠的预测” 。从凯迪的论述中可见,他认为植物生态学中存在一般性理论,即植物生态学的各种理论可以还原为多样性和生物量两个概念(凯迪在文中称之为“变量”),并最终还原以某个概念(按照凯迪的论述,这个概念既不是多样性,也不是生物量,但没具体指出这个概念是什么)为中心建立的理论。进一步的,因为这种理论是统一理论,因而可对于所有的生态过程进行有效的预测。 劳顿( John H.Lawton )(1999)研究了生态学中存在一般性法则的可能性。虽然他承认生态学研究中存在三个影响深远的基本法则,即热力学、化学计量学和自然选择的进化学说,但认为生态现象的丰富性导致研究对象的系统边界非常难以确定,乃至于地球上没有两个地方的物种和环境集(set)是完全相同的。他认为不同生态中的全部物种的种群丰富性是不同的,因此,绝不能轻易地认为群落生态学中的约定的(engagement)本地规则能适用于其他地方,并进而对于生态学中是否存在一般性法则提出了质疑。 5 还原论对生态学哲学的方法论研究的影响 威尔特(1988) 讨论了方法论的还原论与反还原论。他认为不存在抽象的好和坏的方法,不应对还原论是否适合作为生态学研究的方法论给予绝对的结论,而应对特定水平上的特定生态现象采用相对合适的方法论。他把比特定水平更低的生态系统的研究方法看作是自上而下的还原论,把比特定水平更高的生态系统的研究方法看作是自下而上的反还原论。由于生态系统是由多个特定水平构成的,对于整个生态系统的研究方法同时需采取还原和反还原的方法,因此,他提出了还原论/反还原论的“连续统”的观点”。 贝尔甘迪和布兰丁(1998)对西蒙的理论述评时指出他的观点具有方法论的还原论特征 。 斯多赫(DavidStorch)(2002)认为宏生态学在特定尺度上采用了统计学方法,并赞同宏生态学提出者之一的矛尔(Mauer)对传统生态学“假设最高的研究方法是还原到基本单位的生物学系统的进路已经有点天真” 的评价 。根据斯多赫的论述,可以认为他把以宏生态学为代表的统计学研究方法看作是反还原论的研究方法。 威姆赛特( William C. Wimsatt )(2006)研究了生态学的方法还原的合理性。一方面,因为还原方法可能把生态系统的系统边界简约化而导致忽略了边界外的系统关系,他认为方法论的还原并不是绝对适用的,因而赞同丹内特(Dennett)(1995)把还原论称之为“贪婪的还原论”的批判;另一方面,他引用西蒙(Simon)(1955,1996)的“有限的理性假说”,承认研究对象的复杂,因而方法论的还原具有一定合理性。 图三 威姆赛特绘制的生态系统研究的还原方法的局限性示意图 6 还原论对生态学哲学的综合研究的影响 凯勒与高勒的《从科学走向综合的生态学哲学》(2000)按照“生态中的实体与过程”、“群落、生态位、多样性和稳定性”、“理性主义与经验主义”、“还原论与整体论”以及“生态学和演化论”5个专题收集了从1880年开始的22篇重要的生态学哲学的研究性论文并进行了述评,认为还原论与反还原论的论战主要归结为认识论层面,指出是“本体论基础上的认识论问题:认识实体的条件是与实体的本质有关的”,但反对“在思想上接受认识论还原预设本体论还原(的想法)”的强还原论,更没有清晰定义还原论的内涵。 收录的贝尔甘迪(1995)的 “ ReductionistHolism:An Oxymoron or A philosophical Chimera of Eugene Odum’s Systems Ecology? ”( 《还原论的整体论:尤金·奥多姆的系统生态学是一个似是而非的或者哲学的幻想吗?》) 同时涉及了本体论、认识论和方法论。贝尔甘迪认为,一方面,主流生态学的研究范式的认识论基础是还原论的;另一方面,反还原论范式从事的研究还没有实现的理论和操作的统一。他指出,在科学领域,存在着对于上述两种范式的误解,并进而使得问题变得更加复杂。贝尔甘迪以奥多姆在系统生态学的奠基性著作《生态学基础》的三个版本(1953,1959,1971)中对于“生态学”和“生态系统”的定义的变迁为例,说明了系统生态学具有物理学理论还原和功能解释的特点,并把奥多姆的哲学立场定义为“秘密的还原论的”,认为奥多姆的反还原论观点是“本体论和认识论水平上的”,却在“方法论上提供了纯粹的还原论”,贝尔甘迪直接抨击奥多姆以反还原论的名义将系统生态学建立在“误解和错误诠释的”基础之上 。 贝尔甘迪的研究表明,虽然在哲学领域的研究中已对还原论的定义和内涵基本达成共识,在作为具体科学学科的生态学研究中的还原论思想却是杂糅而复杂的。 路易所著《生物学与生态学中的整体论和还原论:较高和较低水平的研究纲领的相互依赖性》(2000)的第二部分是他个人对于生态学哲学中的还原论与反还原论的独立研究。首先,他认为“还原论和整体论一样的复杂,是本体论的(唯物主义,机械论),是认识论的(理论还原的科学统一)和方法论的(因果分析,实验)” 。其次,他认为在本体论和认识论层面存在强反还原论、强还原论和温和论三种进路。他把“超级有机体”的所有属性概括为一个属性,即类似于维持有机体内稳态的生理机制,群落和生态系统按照不同的反馈机制的自我调节功能以及演替(具体时空中的群落发育)到稳定的终极阶段的顶级的趋势。强还原论者把群落和生态系统看成只是具有交互作用的物种的偶然集合,群落和生态系统的生态过程能用演化论的适应观点解释为全部的个体单独对环境条件的适应结果的总和,因而不承认“超级有机体”与内稳态属性。温和的进路是群落和生态系统是作为具有自身涌现属性(诸如多样性,生产力和一定的稳定性或弹性)而“真实的”实体。这可以用诸如竞争和捕食等物种间的交互作用而解释。再次,他强调反还原论和还原论是极端相关的,并总是在组织的一些给定水平上存在关系,因而明确表示至少在群落和生态系统水平上,生态学缺乏一般性法则和理论;最后,路易以“群落”、“生境”与“生态位”等基本生态学术语、种内增长抑制模型的逻辑斯蒂方程式、种间竞争的Lotka/Volterra模型和岛屿生态学理论为例,详细分析了生态学中的还原论与反还原论的科学争鸣。从路易的通篇论述中,可以看出他持有温和的姿态。 参考文献 〔1〕斯通.如何在SCIENCE上发表 .北京:中国科学院研究生院.2010年11月18日. 〔2〕 Brigandt , I. 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Reductionism’s Contemporary Influencein Study on Ecology LI Ji (HumanitySchool, Graduate University, China Academy of Science, Beijing 100049) Abstract : With meta-analysis, there’s no conclusion of arguments ofreductionism and anti-reductionism in filed of ecology studies worldwide, Theargument of reductionism in ecology includes ontology, epistemology andmethodology, especially in the status which three aspects appear in sometheory, with contradiction, together. The arguments of strong, weak andanti-reductionism exists in study on ecology. Contemporary studies fruits focuson one aspects or specific scientific puzzle, mainly, and lack of whole,systematic and deep study. Furthermore, demonstrate epistemological differenceand wrong interpretation, either in specific study on ecology or philosophy ofecology, usually, and ‘secret reductionism’ exists. Key words : Reductionism,ecology, philosophy of ecology, holism, system 作者简介:李际(1976-),男,上海人,中国科学院研究生院09级科学技术哲学专业博士生,研究方向:生态学哲学, liji19760501@gmail.com 。
什么是分子生物学 The definition of Molecular Biology 摘要:分子生物学的发展是对生命本源认识的结果; Asbury 和 Waddington 在六十年代对其定义有过争论,学术界基本认可前者。从还原论的角度出发,我认为后者为合理。希望以本文唤起对“基础”科学研究的关注。 什么是分子生物学?这似乎是一个不需要解释的问题,因为很多人声称自己是在做分子生物学。但如果真就一个定义来说,说清楚什么是 分子生物学 ,却并不简单。 1 分子生物学定义的争论。 以下是基维百科给出的分子生物学定义。分子生物学 是 对生物在 分子 层次上的研究。这是一门生物学和 化学 之间跨学科的研究,其研究领域涵盖了遗传学、生物化学和生物物理学等学科。分子生物学主要致力于对细胞中不同系统之间相互作用的理解,包括 DNA , RNA 和蛋白质生物合成之间的关系以及了解它们之间的相互作用是如何被调控的 Molecular biology is the branch of biology that deals with the nature of biological phenomena at the molecular level through the study of DNA and RNA , proteins , and other macromolecules involved in genetic information and cell function. This field overlaps with other areas of biology and chemistry , particularly genetics and biochemistry . Molecular biology chiefly concerns itself with understanding and the interactions between the various systems of a cell , including the interactions between the different types of DNA , RNA and protein biosynthesis as well as learning how these interactions are regulated. 在 1961 年 Nature 上两位学者对分子生物学对定义发起了一个不大不小的争议。 Waddington 希望 Astbury 把自己声称的对分子生物学改称为结构生物学。后者坚持自己的定义,并建议 Waddington 的应称为分子遗传学。 科学界似乎接纳了 Astbury 的定义。比如在填报自然科学基金申请书的时候,生物化学与分子生物学的下拉菜单下,更多的是生物大分子的三维结构。 我是做表观遗传调控的,自认为是做分子生物学研究的,不过我只能在细胞和遗传学里选择。 尽管 Astbury 的定义被接受,但是,分子生物学的定义还是模糊的。国内的分子生物学系一般称为生物化学与分子生物学系,学科也没有单独的分子生物学学科。国外很多大学一般也如此称呼,这反应了对“分子生物学”这一概念认识的模糊。国外的其他名称还有分子遗传学系,细胞与分子生物学系等等。 2 还原论的理论根源。 众所周知,分子生物学是还原论胜利的的一个典范。理解分子生物学有必要从认识还原论入手。 我觉得还原论处于一个被人误解的地位:被认为机械、片面而倍受嘲笑。实际上还原论是对事物“简单、统一”认识的根源。还原一词本意应该是“追溯”的意思。所谓“还原”是追寻事物根源的思维方式,是一元论的一种表现;所以,从某种意义上说,还原论包含了整体论。 对于分子生物学,实际上是对遗传现象的一种本源的追溯、探究。 因此,我认为 分子生物学的建立 应该是 DNA 双螺旋模型的建立到中心法则的提出(而并 不是 蛋白质三维结构的解析);在此之前,是分子 生物学的准备阶段 ,主要是指进化生物学、遗传学、细胞学以及生物化学的交叉研究。 DNA 双螺旋的建立,彻底解决了 DNA 作为遗传物质的一切障碍,这是对生命现象的一种“还原”一种“追溯”。 分子生物学的发展 则是之后对中心法则对修缮以及 DNA 操作技术指导下的中心法则的再现。这里面有逆转录,朊蛋白(尽管有争议);以及限制性内切酶对 DNA 的操作,并能在 E.Coli 中表达,以及 PCR 的出现。 分子生物学的未来 发展也会基于中心法则的发展,生命本源在生命过程中的作用研究的突破。 3 理论之追求。 对理论的追求越来越淡化,诺贝尔奖也倾向于应用型的研究。国家科技进步奖也高于自然科学奖。记得有位伟人这样说过:科学研究不要考虑它的应用。如同,亚里士多德,柏拉图,苏格拉底等人的高谈阔论一样。 一方面是理论研究的淡化,一方面是生命科学本身又有偏重于应用色彩,所以如同达尔文,孟德尔以及摩尔根等的“基础”研究越来越少了。如今,某位学者会声称他是研究某种疾病,而不会说我是研究分子生物学的。这样的发展,令我们看到分子生物“学”越来越沦为一个“技术”来理解而已。 什么是分子生物学?也许在你怎么来看。科学研究的本身就在于宽容的好奇,不过对科学本源的追求是不能忘却的。