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会议论文公式纠错:Tanimoto similarity 谷本系数的置信区间
zlyang 2019-7-16 17:17
会议论文 公式 纠错 :Tanimoto similarity 谷本系数的置信区间 关键词 Key words : Tanimoto similarity, validity, confidence interval, Pearson correlation coefficient, Fisher transformation 我们 2018 年的会议论文: 《An Explicit Analytical Estimation of the Validity of the Tanimoto Similarity by Confidence Intervals in Mathematical Statistics》,Source: Proceedings of the World Congress on Intelligent Control and Automation (WCICA), v 2018-July, p 979-984, January 30, 2019, Proceedings of the 2018 13th World Congress on Intelligent Control and Automation, WCICA 2018。 全文: https://ieeexplore.ieee.org/document/8630700 EI 检索号 Accession number: 20191006609698 Compact PCI(Compact Peripheral Component Interconnect)IDS 号 : BM2RI 遗憾的是,上周我们发现该会议论文里面公式 (8) 的录入,有+、-号错误。 正确的公式为: 特此 纠正。向您致歉! 该公式是对 Leo Egghe, Loet Leydesdorff 等人有关公式的具体使用。 该会议论文的程序等其它内容,尚未发现错误。只见公式 (8)有 录入有误。 感谢您指正该文里的任何错误! 参考文献: Leo Egghe. “New relations between similarity measures for vectors based on vector norms,” Journal of the American Society for Information Science Technology, vol. 60, no. 2, pp. 232–239, Feb. 2009. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/asi.20949 Leo Egghe, Loet Leydesdorff. “The relation between Pearson's correlation coefficient r, and Salton's cosine measure,” Journal of the American Society for Information Science Technology, vol. 60, no. 5, pp. 1027–1036, May. 2009. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/asi.21009 感谢您的指教! 感谢您指正以上任何错误! 感谢您提供更多的相关资料! EI 检索 Liu Reng-Xiang Confidence Interval 20191006609698.pdf
个人分类: 本科-研究生教学|4515 次阅读|3 个评论
[请教] Fisher z-transformation 的均值和方差是怎么求出来的?
热度 1 zlyang 2018-8-15 14:19
Fisher z-transformation 的 均值 和 方差 是怎么求出来的? Fisher z-transformation (Fisher transformation) 是“数理统计学”里求皮尔森相关系数 ρ (Pearson product-moment correlation coefficient) 在有限样本容量 n 下的点估计 r 置 信区间 (confidence interval) 的常用方法。 Fisher z-transformation 的 均值 (mathematical expectation)、 (在 Encyclopedia of Mathematics 里) (在 Wikipedia 里) 和 方差 (variance) 是怎么推导出来的? 哪里有权威的参考文献? 相关链接: Correlation (in statistics). A.V. Prokhorov (originator), Encyclopedia of Mathematics. URL: http://www.encyclopediaofmath.org/index.php?title=Correlation_(in_statistics)oldid=11629 Fisher transformation, From Wikipedia, the free encyclopedia https://en.wikipedia.org/wiki/Fisher_transformatio Pearson product-moment correlation coefficient, From Wikipedia, the free encyclopedia https://en.wikipedia.org/wiki/Pearson_correlation_coefficient 感谢您的指教! 感谢您指正以上任何错误! 感谢您提供更多的相关资料!
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Thermo Fisher签订其历史上第二大收购协议,押注医药生产外包
SciLondon 2017-5-17 15:19
5月15日,Thermo Fisher正式宣布,它将以72亿美元的价格收购Patheon NV - 一家荷兰的临床试验药物生产商。 据了解,这是自2006年Thermo Fisher成立后(Thermo Electron和Fisher Scientific的合并)第二大的收购案 - 最大的收购行动则是在2013年以136亿美元的天价收购Life Technologies。 在本次收购中,Thermo Fisher给出了35美金每股的价格,在Patheon周五的股价基础上溢价35%,共52亿美金。同时,Thermo Fisher还许下了20亿美金的净债务(net debt)。因此,Patheon最终的收购价格将是72亿美金。Thermo Fisher已经递交了持股申请,根据荷兰法律规定,Thermo Fisher能够确保持股80%以上。本次收购将于年底完成,将为Thermo Fisher整年股票收益增加30美金/每股。 两家公司早就建立了长期的合作关系-Thermo Fisher为Patheon供应生产试验药物所必须的原料。最新的收购将帮助Thermo Fisher在医药商务拓展、药物开发、药物生产、药物成分合成等快速增长的领域站稳脚跟。 随着药物制造商越来越多地试图从临床试验中节省成本,Patheon的药物制造能力将有助于赛默飞世尔公司抓住更大一部分药物合同开发和制造市场。 原文: Thermo Fisher收购Patheon , 未止科技 原创
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[求助] Fisher z 变换的方差为什么是1/(n-3)
zlyang 2017-3-18 19:28
Fisher z 变换的方差为什么是 1/( n -3) 在数理统计学里, 样本相关系数 r 的置信区间一般用Fisher z 变换来估计。 亦即皮尔森积矩相 关系数 ρ (Pearson product-moment correlation coefficient)在有限的样本容量 n 之下的置信区间(confidence interval)。 国内外教材里常用的 Fisher z 变换(Fisher z transformation)是 其均值(为什么用了 mathematical expectation ?) 其方差(variance) 是怎么求出来的? 在陈希孺院士的《 数理统计学简史》(长沙市:湖南教育出版社,2002)第198页没有找到。 相关链接: Correlation (in statistics). A.V. Prokhorov (originator), Encyclopedia of Mathematics. http://www.encyclopediaofmath.org/index.php?title=Correlation_(in_statistics)oldid=11629 Fisher transformation, From Wikipedia, the free encyclopedia https://en.wikipedia.org/wiki/Fisher_transformation Pearson correlation coefficient, From Wikipedia, the free encyclopedia https://en.wikipedia.org/wiki/Pearson_correlation_coefficient 感谢您的指教! 感谢您指正以上任何错误!
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Thermo Fisher悄悄下了一盘大棋:这能否颠覆整个抗体行业
热度 1 SciLondon 2016-9-8 18:17
( London-science.com 原创,网页转载请附带原文链接: http://www.london-science.com/archives/1536 ,微信转载请联系我们) 抗体市场革命 抗体行业的市场格局,在今年下半年经发生了巨大变化。 今年5月底,抗体巨头Santa Cruz Biotech涉嫌虐待动物,因而触犯美国动物保护法,惨遭350万美元巨额罚款。更严重的是,Santa Cruz被永久禁止生产和销售多克隆抗体-曾经叱咤风云的多抗玩家,现在彻底出局了(ScienceLondon曾对此进行了深度报道: 2016年第一个或将倒下的抗体巨头 )。这也就意味着,Abcam,CST,Santa Cruz三足鼎立的时代已经不复存在,整个抗体行业迎来了多年来的首次大地震(市场分析详见: 抗体双雄时代,看Abcam如何布局 )。 Santa Cruz占据了科研抗体市场19%的份额,而其主要营收是依靠多抗。Santa Cruz目前已经从网站撤下了所有多抗产品,仅存2万多种单抗。 而且不论是从营销策略还是市场定位都已经转向单抗。一家每年销售超亿美金级别的抗体巨头如今砍掉了将近90%的产品种类,这将意味着今年至少损失超过2/3以上的收入。而且目前在海外市场已经有不少大学等科研单位在官网通知不再从Santa Cruz购买抗体。 在目前西方的社会道德准则中,虐待动物和侵犯人权属于同级别严重的事件。所以这一系列连锁效应除了会导致销售额腰斩和市场份额锐减以外,同时Santa Cruz可能将陷入人才流失和大量裁员等困境。 Santa Cruz市场份额的流失很快将让科研抗体行业进入新的蓝海。从消费者的角度来看,既然Santa Cruz的多抗买不到了,为了能够重复实验,必然需要找到它的代替品。 因此,目前的市场格局将逐步由巨头垄断开始向分散化过渡,原市场中的中小型玩家的市场份额将会扩大(也就是Santa Cruz的替代者)。 根据小编的调查,自从Santa Cruz时间之后,众多抗体公司的Google付费搜索广告呈直线增长,SEO关键词也在不断扩张。当然,其它的巨头们也不会闲着,比如Abcam的官网首页就出现了这样的广告: 细心的用户会发现,目前如果在Google中搜索Santa Cruz相关的关键词,搜索结果已经被其它公司的广告占领了。 正所谓乱世出英雄,这次抗体行业震动,会让不少中小型公司得到前所未有的扩大市场份额的好机会,它们可能会迅速将一批急于寻找替代品的Santa Cruz用户收入囊中。 然而,就在市场陷入群雄割据时,另一个超级巨头Thermo Fisher却站了出来,向世界宣布了它在抗体行业的野心。 Nature上的重磅炸弹 Thermo Fisher采取了什么行动?它又将如何影响抗体行业的走向?这要从一篇论文说起。近日,Nature旗下的著名期刊《Nature Method》上刊登了一篇论文:《A proposal for validation of antibodies》。这篇论文再次强调了未经验证的抗体会引发质量问题,造成严重的经费浪费,并导致实验的不可重复。更重要的是, 该论文首次提出了一个系统化的、十分具体的抗体验证标准方案。 长期以来,抗体产品本身都存在着无法避免的质量隐患。每年,由于抗体质量造成的全球科研经费损失高达8亿美元,直接占到了整个科研抗体市场价值总量的三分之一以上。为了避免出现质量抗体问题,提高实验可重复性的最有效方法,恰恰是抗体验证(相关细节不再赘述,请见深度报告: 科研抗体的水有多深? )。因此,近年来,学术界越来越重视抗体验证,Nature杂志也不止一次刊登抗体验证相关的论文(今年6月的最新论文: 抗体验证,不容懈怠 )。越来越多的学者呼吁,不论是抗体供应商还是研究人员自身,都应该对抗体进行验证,促进行业的标准化和规范化。然而,到底该如何进行抗体验证?怎样的验证才是有效的?市面上一直缺乏统一的标准和规范化的流程,不论是公司还是研究人员,都是各干各的,到出现问题的时候,才发现原来大家的验证方式不统一,根本无法解决问题。 《Nature Method》上的这篇论文或许将改变上述状况,更有可能将抗体产品的规范化向前推进一大步。文章中提出了一个由”五大支柱“构成的抗体验证标准,指导用户和供应商应该如何进行抗体验证,从根本上确保抗体产品的有效性和可重复性: 1.基因策略: 在对照细胞或组织中,利用CRISPR/Cas或者RNAi对靶基因进行敲除(KO)或敲降(KD),然后测量相关的信号。 2.正交策略: 在多种样品中使用一种与抗体无关的定量方法(如MS),随后检查基于抗体的定量方法(如WB)与该非抗体方法之间的关联性。 3. 独立抗体策略: 使用两种或以上抗体(它们识别靶蛋白上不同的抗原决定簇)进行比较性或定量分析,以证实抗体的特异性。 4.表达标记蛋白: 对内源基因进行改造,添加一个亲和标签或荧光蛋白DNA序列。标签蛋白的信号可以与基于抗体方法的检测结果产生关联性。 5.免疫捕获和质谱分析: 偶联免疫捕获法,可以通过与一种靶蛋白特异性的抗体结合,从溶液中分离出靶蛋白。使用此方法后,再通过质谱分析鉴定出与这种抗体直接相互作用的蛋白,以及可能与靶蛋白形成复合物的蛋白。 该文章作者建议,不论是抗体用户还是供应商,至少使用一种上述方法来验证抗体产品。 文章的第一作者Uhlen称:“该文章的发表是向广泛性抗体验证标准迈出了重要的一步,从而能够极大地保证抗体的高质量,以及可重复性。” 这份指导性标准,无疑会在未来影响整个抗体行业的标准。 看到这里,你可能会有些糊涂了: 这篇文章固然能对抗体行业产生影响,但这跟Thermo Fisher有什么关系? 不要着急,我们从文章作者上开始找线索。不难发现,这篇文章的作者是国际抗体验证工作小组(International Working Group for Antibody Validation,IWGAV)。这是一个国际性的独立非盈利组织,由多个抗体研究和应用领域的大牛组成。而这个组织的目的,就是为了建立一套完整的抗体验证系统,为整个行业提供指导标准。而这个组织,恰恰是由Thermo Fisher赞助成立的!也就是说,这套系统的开发, 完全是通过Thermo Fisher提供的资金来进行的,这是Thermo Fisher攒的一个“局”。 从Thermo Fisher官方网站上我们可以发现,在2015年9月28日,Thermo Fisher发布新闻,宣布IWGAV正式成立,并在加拿大举行了第一次正式会议。Thermo Fisher的首席科学家称:”使用经过优化的抗体验证标准,将为抗体用户们提供信心:这意味着更可靠的抗体质量以及可重复的研究结果。新闻中表示, IWGAV将在2016年秋天完成这个指导方案的制定。 果然,今年9月5日,这个标准如期发布。同日,Thermo Fisher在官方网站上发布新闻,表达了对这项标准强烈拥护的决心。 从9月5日开始,Thermo Fisher将采取这五种方式,对自己的抗体产品线(Invitrogen)进行进一步验证,其中包括质谱,KO,抗体测序等等。Thermo Fisher将对通过严格检测的抗体进行重新包装,使用新的商标。 Thermo Fisher的生物科学部主席Peter Silvester称:我们相信这个标准能够帮助抗体用户克服现有的问题。这次抗体验证行动将按照IWGAV提供的标准执行,这表明了我们对于科学的责任,以及为广大用户提供高质量抗体的使命。” IWGAV的主席Uhlen也与Thermo Fisher惺惺相惜:“我非常高兴能看到抗体供应商在产品线中应用这些指导措施。” 既是教练又是运动员,Thermo Fisher这场棋下的很大。 而且它从一年之前开始策划,如今正好赶上Santa Cruz事件,可谓是占据天时地利。 在Nature期刊上发表的这篇文章,无异于投下了一颗重磅炸弹。要知道不仅IWGAV的成员名气很大,而且《Nature Methods》这份期刊的影响因子高达23(在2011年之前,大陆学者甚至从未在上面发表过一篇文章),这篇文章对抗体行业的影响力可想而知。 Thermo Fisher这次酝酿一年的计划,也是成功的给自己做足了广告。 这其实向广大抗体用户传递了一个信号:这是世界上最规范的抗体验证标准,我们Thermo Fisher已经执行了,你说我们抗体质量好不好?同时,这也是对传统抗体巨头们的一个挑战:这个抗体验证标准我们反正是照做了,你们做不做? Thermo Fisher此举措不仅能够影响抗体用户的消费理念,还对抗体行业的同行施加了压力,迫使他们在抗体验证工作上投入更多。如果Thermo Fisher能够在短期内完成大量产品的验证工作,必然将极大地提高它在抗体行业的地位,从而树立行业模范的形象。继Santa Cruz事件之后,Thermo Fisher也许将为抗体行业带来第二次冲击,从而使尚未稳定的产业格局再次发生变化。 如果说Santa Cruz主要影响了中低端抗体市场, 那么Thermo Fisher带来的冲击主要影响的是高端抗体市场。这些经过严格验证的抗体,售价肯定不会便宜,很多中小型公司很难与其竞争。Abcam、CST、Sigma等巨头则会成为它直接的竞争目标。 然而,Thermo Fisher的野心不仅是策划一场营销活动、促进销售这么简单。 巨头的野心 Thermo Fisher与Abcam等抗体供应商完全不在一个级别。作为行业领军人物,Abcam的市值仅在10亿美元级别,而Thermo Fisher的市值却高达600亿美元!另外,Thermo Fisher的业务范围及其广泛,从化工,仪器到抗体,无所不包。实际上,T hermo Fisher本身是不生产抗体的。在2014年,Thermo Fisher收购上市公司Life Technologies(2008年Invitrogen与Applied Biosystems合并诞生Life Technologies)后,才有了独立的抗体业务部门。 抗体的生产和研发,也是直接接手了Invitrogen原有的。这种财团性质的公司,与传统的生物技术公司盈利模式完全不同-不是依靠自有技术,而是依靠资本运作。最常见的手段就是并购,这也是在竞争中胜出的最强手段: 你的技术先进,市场份额大,我不跟你竞争,直接把你买下来。 这样一来,这个先进的技术连同市场份额都是我的了。从Thermo Fisher身上,我们可以看到无数并购的痕迹。从收购Life Technologies,到收购Affymetrix,再到上个月闹得沸沸扬扬的传闻:收购Illumina。Thermo Fisher的业务领域也在逐步扩张,大有”一统天下“的气势。 说白了,这种资本运作的终极目标就是垄断,侵占一个领域足够大的市场份额,从而操控这个领域的市场。 因此,依靠抗体销售赚的小钱,它是不会放在眼里的。 Thermo Fisher真正在意的是,利用抗体验证标准这个机会,实现从”玩家“到”规则制定者“的角色转变,通过“垄断”标准来掌控整个抗体行业。 如果抗体验证的标准能够被广泛认可,消费者为其愿意买单,那么Thermo Fisher的垄断地位也就唾手可得了。 另外, 也不排除Thermo Fisher收购其它抗体公司的可能性。 毕竟,CST, Abcam, Santa Cruz Biotech三家抗体巨头加起来的市值还不及它的一个零头。通过规范的制定,Thermo FIsher可以迫使其它公司妥协,进一步进行收购,从而彻底垄断抗体市场。只要Thermo Fisher算清楚这笔账,收购只是时间问题。 最后, 这对于抗体行业一贯的OEM模式也是一种挑战 。究竟有多少OEM厂商能够稳定供应符合规范的抗体产品呢?这会不会也将给OEM工厂带来冲击呢? 总结起来,Thermo Fisher会从以下几个方面影响抗体行业: 1.推广产品质量新标准,改变抗体用户的消费理念。 2.对高端抗体厂商施加竞争压力,迫使他们改变战略 3. 既是运动员,又是裁判员,对行业进行垄断 4. 新标准促进产业升级,OEM模式将被挑战 新标准推广的四大难题: 虽然Thermo Fisher雄心勃勃,行动迅速,但小编并不看好这项规范,也不认为Thermo Fisher能够借助该规范轻易改变行业。 1.价格和成本问题。 如果按照IWGAV的规范对抗体进行全面验证,验证成本恐怕会超过抗体生产成本。抗体验证的高成本最终还是会转嫁到用户身上。Abcam官网目前通过KO验证的500多种抗体均价超过400英镑/100ul。请问有多少科研用户可以负担的起如此高昂的价格? 2.批次问题。 假设Thermo Fisher能够通过技术或者管理手段控制成本,让售价变的可以让人接受。那么,即使一批抗体通过了验证,当重新更换动物开始新批次生产后,之前的验证结果就全部作废了,新的一轮验证又要开始。面对如此巨大的产品种类和批次数量,恐怕这种超级巨头也担负不起。所以这无法从根本上解决抗体质量问题。 3.公正性问题。 无论验证多么严格,这始终是公司自己执行的,难免有”自卖自夸“的嫌疑。消费和也无法对这些验证数据的真实性进行监督。 4.用户的产品购买标准问题。 虽然高质量的抗体看似一直是广大科研用户的诉求,但是这些年Santa Cruz的业务快速增长和超12万份的文献数量已经足够说明问题(Santa Cruz目前的文献数量远高于CST和Abcam)。科研用户很清楚的用手中的科研经费投了票,在高质量高价格和低质量低价格面前,很多用户选择了购买低质量低价格的抗体来碰运气。所以实际上科研用户本身的产品选择标准也客观导致了低质量抗体产品大量充斥市场的情况。 抗体验证数据是保证抗体可靠性的最有效手段,然而这并不是一件轻松的事。 一家公司和部分用户的力量使有限的,在共享经济时代,只有依靠同行携手合作,用户积极参与,才有可能真正解决抗体质量的根本问题。 科研用户需要了解的行业现实状况: 1. 抗体厂商不会因为个别用户的投诉而轻易放弃整个批次的产品。 2. 用户只有积极参与到反馈数据分享,建立科研行业的“大众点评”,才能够以第三方监督的机制促进行业改革。 3. 抗体质量和成本之间的客观矛盾其实也是客户科研经费预算有限和价格敏感所带来的问题。 抗体供应商需要了解的行业未来走向: 1. 随着互联网的发展和渗透,行业内的信息不对称问题终将被技术解决。 2. 近年来,越来越多的生物科技公司增加了对自家抗体质量把关的力度,那些疏于质量把控的公司很快会被淘汰。 3. 第三方抗体验证平台能够有效帮助抗体公司提高品牌信誉度以及可靠度。独立的第三方抗体验证报告会在未来成为抗体产品除了文献以外最重要的质量参考标准。 如何利用低成本来进行抗体验证?又如何最公正客观的呈现这些验证数据?ScienceLondon找到了一个解决方案-联合广大用户的力量,建立抗体行业的”大众点评“,以最低的成本,最大的数据量,为消费者提供抗体购买的参考。 抗体究竟好不好用?看看其他人怎么说! 这些参考资料会比文献更有时效性、信息更丰富,比广告更真实、更可靠。 每周ScienceLondon未止科技将在微信公众号和网站上推送第三方 抗体验证报告 (即来自抗体用户的使用反馈)。 原始数据经过了ScienceLondon的严格审核,最大程度上确保了它们的真实性,以及高质量。这些反馈数据将以直观,便捷的方式展示在广大用户面前:利用空闲时间,只需动动手指,不到一分钟便可以了解一种抗体产品的实际使用效果。这将直接为抗体用户省去网上查阅资料、咨询他人的时间。 提升行业标准,需要大家的共同努力。ScienceLondon未止科技欢迎广大抗体用户以及抗体供应商、经销商共同参与到“大众点评”的活动中来。 (这里不再探讨过多,如想进一步了解, 请点击这里 )
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Fisher's Transformation-费希尔变换
itso310 2015-10-25 16:31
问题:为什么对相关系数做Fisher变换? 变换方法:z = 0.5 * ln 原因:转换后的分布大致上是正态分布的。而且它的标准差再不受总体的相关系数的大小影响,而变成是样本数的一个简单函数 1/sqrt(N-3) , N 是样本的大小。 不做转换的话,相关系数的抽样分布是偏差的,不是正态的,而且相关系数越大,抽样分布的标准误就越大。这在验证 Ho: 总体相关系数=0 时,是非常不妙的一个事实。所以,要把相关转成 Fisher Z. 之后验证总体相关是否零就简单得多了。详细介绍:https://en.wikipedia.org/wiki/Fisher_transformation , |0 @0 m4 P A, }* R% a+ P 但是如果你要画出 confidence interval (比如正负一个标准差的估计),就要把计算出来的 Fisher Z + - SD ,再转成简单的 相关系数 r 了。 代码: mycorr - cor(Ecoli.expr)#基因相关系数 z - 0.5 * log((1 + mycorr) / (1 - mycorr))# Fisher转换
个人分类: 数学|4 次阅读|0 个评论
[请教] 我们的结果应该投哪个期刊?
热度 4 zlyang 2013-3-4 21:48
我们的结果应该投哪个期刊? 我们近年一共发现了 3 个 比当前国内外《数理统计学》教材中普遍使用的“ Fisher z 变换”更好的初等显式 函数 。 (1) 第一个 形式 特别简单,已经被《 Transactions of Tianjin University 》录用。这是EI核心期刊。 该函数的最大误差是“Fisher z 变换”的 70.7% ,累计误差为“Fisher z 变换”的 141% 。 该 Quadratic Radical Function 很简单,对改进某重要问题的计算机算法,有很好的作用。不排除将来进入《计算机算法设计与分析》之类书籍或教材的可能性。这个是不是有点 阿Q 了 ? (2) 第二个 形式略微复杂,已经被《 Communications in Statistics-Theory and Methods 》录用。目前是4区的SCI期刊。 该函数的最大误差是“Fisher z 变换”的 21.4% ,累计误差为“Fisher z 变换”的 8.90% 。 该 Sigmoid-like 函数首次胜过“Fisher z 变换”,不仅可以替换“Fisher z 变换”取得更好的精度,还对加深了解“Fisher z 变换”有重要的启发。 现在是 第三个 初等显式函数要投稿,不知道 投哪里 ?请您指教! 谢谢! 第三个函数 的最大误差约是“Fisher z 变换”的 18% ,累计误差约为“Fisher z 变换”的 4.7% 。 第三个函数的形式比第二个“应该”简单些。 除了我们的工作,Yun, Beong In 的 Approximation to the cumulative normal distribution using hyperbolic tangent based functions, Journal of the Korean Mathematical Society , 2009, 46(6): 1267-1276. 是近期的他人工作,里面有近几十年有 关工作的概述。这也是个4区的SCI期刊。 ————————— 相关背景 ————————— Sir Ronald Aylmer Fisher Photograph courtesy of Professor A W F Edwards by kind permission of Joan Fisher Box http://www.galtoninstitute.org.uk/Newsletters/GINL0306/university_of_cambridge_eugenics.htm 在《 大 英百科全书 , Encyclopaedia Britannica 》 http://www.britannica.com/EBchecked/topic/208658/Sir-Ronald-Aylmer-Fisher Sir Ronald Aylmer Fisher, byname R.A. Fisher (born February 17, 1890, London, England—died July 29, 1962, Adelaide, Australia), British statistician and geneticist who pioneered the application of statistical procedures to the design of scientific experiments. 在《 The MacTutor History of Mathematics archive 》 http://www-history.mcs.st-andrews.ac.uk/Biographies/Fisher.html Fisher z-transform 在《苏联数学百科全书》的当前网络版 词条“Correlation (in statistics)” http://www.encyclopediaofmath.org/index.php/Correlation_(in_statistics) If one usually uses the Fisher z-transform , with replaced byz according to the formula Even at relatively small values the distribution of is a good approximation to the normal distribution with mathematical expectation and variance . On this basis one can now define approximate confidence intervals for the true correlation coefficient . For the distribution of the sample correlation ratio and for tests of the linearity hypothesis for the regression, see . References H. Cramér, "Mathematical methods of statistics" , Princeton Univ. Press (1946) B.L. van der Waerden, "Mathematische Statistik" , Springer (1957) M.G. Kendall, A. Stuart, "The advanced theory of statistics" , 2. Inference andrelationship , Griffin (1979) S.A. Aivazyan, "Statistical research on dependence" , Moscow (1968) (In Russian) 相关链接: 《胜过 Fisher z 变换!(1)》 http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=107667do=blogid=603297 《胜过 Fisher z 变换!(2)》 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=107667do=blogid=657534
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胜过 Fisher z 变换!(2)
热度 3 zlyang 2013-1-29 10:57
胜过 Fisher z 变换!(2) 关键词 : 数理统计学,相关系数,置信区间,正态分布,累积分布函数,Fisher z transformation,初等函数,显式,高斯误差函数,非初等函数 我们发现了两个新的初等显式函数,在逼近标准正态分布累积分布函数时,误差小于著名的 Fisher z 变换。 Fisher z 变换(Fisher z-transform,Fisher z transformation,Fisher's z' transformation,Fisher's Z Transformation)在当前国内外数理统计学教材中普遍使用。Fisher在1915年提出该变换。 其中 最简单的函数 Quadratic Radical Function ,已经被我们学校的TTU( Transactions of Tianjin University)录 用。这个简单函数 对 某重要算法 的改进,具有明显的积极作用。 另外一个新函数,即 Sigmoid-like 函数,被《Communications in Statistics – Theory and Methods》录用。 尽管 Sigmoid-like 函数比 Quadratic Radical Function 的逼近效果好,但 Sigmoid-like 函数的计算复杂,在对 某重要算法 的改进,还不如 Quadratic Radical Function。尽管精度增大了,但时间变慢了。这在实时使用中是不利的。 寸有所长、尺有所短。 —————————————————————————————— 28-Jan-2013 Dear*****YANG: Ref:NewSigmoid-likeFunctionBetterThanFisherZTransformation Ourreferees have now considered your paper and have recommended publication in Communications in Statistics – Theory and Methods. We are pleased to accept your paper in its current form which will now be forwarded to the publisher for copy editing and typesetting. Youwillreceiveproofsforchecking,andinstructionsfortransferofcopyrightinduecourse. Thepublisheralsorequeststhatproofsarecheckedandreturnedwithin48hoursofreceipt. Thank you for your contribution to Communications in Statistics – Theory and Methods and we look forward to receiving further submissions from you. Sincerely, Prof.N.************ EditorinChief,CommunicationsinStatistics–TheoryandMethods comstat@mcmaster.ca —————————————————————————————— 不知道接下来会怎样?主要是版面费高不高?还有其它什么需要注意的事情? 请您指教!谢谢! 相关链接: 《胜过 Fisher z 变换!(1)》 http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=107667do=blogid=603297 毛西德格的瓷器密码:神马乖乖? http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-518968.html http://blog.tech110.net/?11851/viewspace-62350 《 Quadratic radical function 胜过 Fisher Z Transformation 后的困惑》 http://bbs.sciencenet.cn/blog-107667-588530.html
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[转载]几种
liujd 2012-9-22 13:50
※ olecularBiology Pseudogenes:NewlyDiscoveredPlayersinHumanCancer LauraPoliseno Sci.Signal.5(242),re5. Pseudogenescanhavemultiple,diversefunctions,affectingnotonlytheirparentalgenesbutalsounrelatedgenes. http://stke.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sigtrans;5/242/re5 ※ Nature and function of insulator protein binding sites in the Drosophila genome http://genome.cshlp.org/content/early/2012/09/19/gr.138156.112.abstract.html ※ fisher确切概率检验: http://www.docin.com/p-390446445.html
个人分类: 模式识别与机器学习|896 次阅读|0 个评论
胜过 Fisher z 变换!(1)
热度 5 zlyang 2012-8-17 22:40
胜过 Fisher z 变换!(1)
胜过 Fisher z 变换!(1) 关键词 : 数理统计学,相关系数,置信区间,正态分布,累积分布函数,Fisher z transformation,初等函数,显式,高斯误差函数,非初等函数 . 我们发现了两个新的初等显式函数,在逼近标准正态分布累积分布函数时,误差小于著名的 Fisher z 变换。 Fisher z 变换(Fisher z-transform,Fisher z transformation,Fisher's z' transformation,Fisher's Z Transformation)在当前国内外数理统计学教材中普遍使用。Fisher在1915年提出该变换。 其中的一个新函数 Quadratic Radical Function ,已经被我们学校的TTU( Transactions of Tianjin University)录 用。预期在2013年下半年刊出。 另外一个新函数还在争取发表的过程中。 TTU录用新函数逼近标准正态分布累积分布函数的误差如下图。其中红色细线为 Fisher z 变换的逼近误差,蓝色细线为我们的新函数。两者优化配合的误差为绿色点线。由于版权等科技规范的限制,这 里我们不能提供有关的量化细节,只能提供直观的定性对照。 Quadratic Radical Function 很简单,对改进某重要问题的计算机算法,有很好的作用 。 感谢TTU有关专家和领导! 感谢科学网 张天翼 、 武夷山 、 陈筝 、 王季陶 等老师的指点! 在《 Quadratic radical function 胜过 Fisher Z Transformation 后的困惑》 http://bbs.sciencenet.cn/blog-107667-588530.html ————————— 相关背景 ————————— Sir Ronald Aylmer Fisher Photograph courtesy of Professor A W F Edwards by kind permission of Joan Fisher Box http://www.galtoninstitute.org.uk/Newsletters/GINL0306/university_of_cambridge_eugenics.htm 在《 大 英百科全书 , Encyclopaedia Britannica 》 http://www.britannica.com/EBchecked/topic/208658/Sir-Ronald-Aylmer-Fisher Sir Ronald Aylmer Fisher, byname R.A. Fisher (born February 17, 1890, London, England—died July 29, 1962, Adelaide, Australia), British statistician and geneticist who pioneered the application of statistical procedures to the design of scientific experiments. 在《 The MacTutor History of Mathematics archive 》 http://www-history.mcs.st-andrews.ac.uk/Biographies/Fisher.html Fisher z-transform 在《苏联数学百科全书》的当前网络版 词条“Correlation (in statistics)” http://www.encyclopediaofmath.org/index.php/Correlation_(in_statistics) If one usually uses the Fisher z -transform, with replaced by z according to the formula Even at relatively small values the distribution of is a good approximation to the normal distribution with mathematical expectation and variance . On this basis one can now define approximate confidence intervals for the true correlation coefficient . For the distribution of the sample correlation ratio and for tests of the linearity hypothesis for the regression, see . References H. Cramér, Mathematical methods of statistics , Princeton Univ. Press (1946) B.L. van der Waerden, Mathematische Statistik , Springer (1957) M.G. Kendall, A. Stuart, The advanced theory of statistics , 2. Inference and relationship , Griffin (1979) S.A. Aivazyan, Statistical research on dependence , Moscow (1968) (In Russian) 相关链接: 《 Quadratic radical function 胜过 Fisher Z Transformation 后的困惑》 http://bbs.sciencenet.cn/blog-107667-588530.html 毛西德格的瓷器密码:神马乖乖? http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-518968.html http://blog.tech110.net/?11851/viewspace-62350 《胜过 Fisher z 变换!(2)》 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=107667do=blogid=657534 后记: Quadratic radical function better than fisher z transformation.Transactions of Tianjin University, October 2013, Volume 19, Issue 5, pp 381-384. http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12209-013-1978-8 # 2013 Quadratic radical function better than fisher z transformation s12209-013-1978-8.pdf
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二、多重判别——fisher线性判断
liujd 2012-8-11 17:24
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一、fisher线性判断——两类别样本多维样本降维到一维
liujd 2012-8-2 13:35
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[求教] Quadratic radical function 胜过 Fisher 大师后的困惑
热度 6 zlyang 2012-7-3 15:48
[求教] Quadratic radical function 胜过 Fisher 大师后的困惑
Quadratic radical function 胜过Fisher Z Transformation 后的困惑 中国人的新发现! 超过了Sir Ronald Aylmer Fisher,这可能是近97年来最好的数理统计学逼近结果之一。 1912年的 Sir Ronald Aylmer Fisher, 22岁 我们提出了一个 quadratic radical function,比目前国内外教材普遍使用的 Fisher Z Transformation (Fisher z-transform,Fisher z transformation,Fisher's z' transformation,Fisher's Z Transformation) 逼近标准正态分布累积分布函数的误差小了29%。投稿给我们学校的 《Transactions of Tianjin University》 后,收到的一个英文评审意见 Comments 如下: (1) The proposed quadratic radial function is rather elementary and may provide limited if any useful information in applications . Some pratical application of the proposed function should be provided. 但是我不懂 may provide limited if any useful information in applications 是神马意思。请大家给解释一下吧。很希望该文能够发表。 我们的 quadratic radical function,可是比大名鼎鼎的数理统计学老祖宗 Sir Ronald Aylmer Fisher (17 February 1890 – 29 July 1962) 在1915年提出的 Fisher Z Transformation 还好。 丑土豆 也可能超过 洋帅哥 , 土老帽 也可能胜过 洋大师 ! Si r Ronald Aylmer Fisher , 帅帅的洋大师。 http://www.npg.org.uk/collections/search/portraitLarge/mw98424/Sir-Ronald-Aylmer-Fisher 请您指出以上各种错误!谢谢您的指教! Sir Ronald Aylmer Fisher 在 T he MacTutor History of Mathematics archive http://www-history.mcs.st-and.ac.uk/Biographies/Fisher.html 2012-06-11《温家宝在两院院士大会上的讲话(全文)》 http://news.xinhuanet.com/politics/2012-07/02/c_112335725.htm 基础科学是科学技术应用的先导和源泉。今天的基础科学就是明天科学技术的应用。 http://news.xinhuanet.com/politics/2012-07/02/c_112335725_2.htm 真正的核心技术是买不来的,在关键领域,我们必须依靠自己解决问题。加强科技发展战略规划,对我们这样一个大国来说非常重要。要真正把“虚”的务透,这样才能明确方向,才能抓住重点把“实”的真正做实。 相关链接: 《 本人简介(真傻工作情况简介)》 http://blog.tech110.net/?uid-11851-action-viewspace-itemid-37878 是一个粗线条的部分介绍。 《 毛西德格的瓷器密码:神马乖乖?》 http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-518968.html http://blog.tech110.net/?11851/viewspace-62350 《胜过 Fisher z 变换!(1)》 http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=107667do=blogid=603297 《胜过 Fisher z 变换!(2)》 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=107667do=blogid=657534
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Fisher exact test
热度 1 anny424 2010-1-11 17:59
大样本 计数资料 --Karl Pearsons chi-square test 小样本 计数资料 --R.A. Fisher s exact test 四格表: Var.1 -------------- a b r1=a+b Var.2 c d r2=c+d -------------- c1=a+c c2=b+d n=c1+c2 阈值: 每一个matrix的格子的资料量在 5 以上就可以使用chi-square test,反之用 Fisher's exact test ; Fisher's exact test不需要假设资料满足什么分布。 When To Use Fishers Exact Test 統計方法應用---Fishers Exact Test 應數博黃士峰 Calling on Matlab the function Fisherextest
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