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相关日志

[转载]COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对（比ClustalW还强大的工具）
charles08 2012-5-10 08:53
COBALT 是一个蛋白的 多序列比对 工具，其实用法跟 ClustalW 是很像的。算法应该是不一样的。在我看来，COBALT是应该更加精确的。因为COBALT在多 序列 比对的同时，也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具，并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。最后比对的结果可以生成 系统进化树 。COBALT算是 NCBI 在线Blast功能的一个的延伸。 COBALT的用法与结果分析 在线COBALT的网址可以在 NCBI 在线Blast的主页能找到或是直接用下来的网址： www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/ 进入COBALT的界面如图1-A所示，跟Blast的界面是相似的，比较简单，也是用 Fasta 格式的序列，这里就不多讲了。在最下面”Advanced parameters”也可以设置比对的参数，一般来讲，默认的参数是保证结果质量和比对速度最优化的参数，乱改的话反而会使比对的性能下降。 图1-B所示是COBALT序列比对的结果，可以看出其中有条序列(XP_511495)跟其它序列的差别很大，使整个比对的结果多了好多Gap，并且打断了可能的蛋白结构域。由图1-C所知，XP_511495是一个预测的序列，这样的序列对序列比对是没有任何参考作用的，反而对比对的结果造成影响。 COBALT另一个好的功能就是可以把不好的序列去掉再重新比对，看图1C，把XP_511495前面的勾去掉，然后点击Re-align，这样多次的筛选与比对，才能达到精确的结果，看图1-D。 图 1. COBALT interface and multiple alignments. 从NCBI在线Blast结果运行COBALT 另外，也可以从在线Blast运行后的结果中再接着运行COBALT，这样子可以更容易地收集同源蛋白。例如以人的参考序列NP_000939为例做Blastp找bony fishes的同源蛋白，参数选择如下：Database = Reference proteins (refseq_protein); Organism = bony fishes; Entrez query = srcdb RefSeq known ; Expect threshold = 1e-6。运行的结果如图2-A所示。图中2-A 箭头所示，点击“Multiple alignment”就链接到COBALT接着做 多序列比对 。 生成系统进化树 Blast的结果跟COBALT的结果都是可以直接生成系统进化树的，如图2-B所示，点击“Phylogenetic tree”就能显示进化树。进化树结果如图2-C所示。 图 2. BLAST, COBALT results, and phylogenetic tree of growth hormone family members 重新找回COBALT运行的结果 COBALT运行的结果会生成一个Cobalt RID值，并且这个结果会在NCBI保存36个小时，如果在这段时间，你需要重新看回这个结果，你可以根据这个Cobalt RID找回COBALT运行的结果。保存的结果页面在COBALT页面最顶端的左边，点击”Recent Results”进入。 总结与COBALT接下来的改进方向 COBALT是一个新的蛋折分析工具，是对Blast的一个补充。COBALT接下来需要改进的是，可以重新设定和下载比对结果的格式。
个人分类: 科研资源|6492 次阅读|0 个评论
[转载]博克文摘10：中国户籍制度略史
laserdai 2012-5-10 05:24
我又联想到前几天争论的中国户籍制度。 据说目前全世界只有中华人民共和国、朝鲜和贝宁三个国家实行严格的户籍制度。 不错，户籍制度就是对农民专政，它剥夺了农民的基本权利，使农民成了二等公民。 其实，批判户籍制度的朋友还没有意识到另一涉及更广的问题：户籍制度影响的不单单是农民，任何一个中国人，都是不可以跨省市迁徙的，一个户口本就决定的你的命运。 可惜中国的事情往往不是那么简单的，简单的，只是我们自己的大脑。 只要稍微回顾一下历史，我们就知道中国最早对人口进行管理的记录从商代就开始了。甲骨文中，常常出现“登人”的字样，就是登记人口的意思。 至秦代变法之后，秦的户籍制度即规定“（献公)十年为户籍相伍”（《史记•秦始皇本纪》）。“相伍”,大约是按五家为“伍”编制户口册，“伍”也是当时户口编制的最基层单位。至此，户籍制度成为秦国作控制社会，加强专制统治的工具。 历朝历代，户籍记载各民户的人口和土地，凡稽查人口、征集兵丁、调派劳役、征收赋税皆以户籍为主要依据。这种统治手法一直延至明清。历代帝王对户籍都十分重视，把它作为统治、剥削、奴役人民，维护专制的重要工具。 当然，专制社会的户籍制度并不仅仅是一个登记名字的花名册，它实实在在地控制了人口的自然迁徙和流动，尤其是把农民束缚在土地上，以保障赋税和兵役的顺利进行。 秦汉魏晋时期实行乡里制。“乡间居民十里为一亭，亭有长；十亭一乡，乡有三老、啬夫和游徼。三老掌教化，啬夫职听讼、收赋税，游徼循禁贼盗。” “里有里魁，民有什伍，善恶以告”。北魏时实行三长制，“五家立一邻长，五邻立一里长，五里立一党长；长取乡人强谨者”。 为了防止脱籍，政府严禁自由迁徙，规定未经乡亭批准、结清赋税，不得迁徙更籍，违者受罚。这种“街道居委会”的基层组织无形中就有了控制农民迁徙自由的权力。 唐朝实行乡保制，五家为一保，四家为一邻，百户为一里，五百户为一乡。每里置正一人。里长的职责是掌“按比户口，课植农桑，检察非伪，催驱赋役。” 上海师范大学历史系的王育民先生曾对历朝历代的户籍制度作了多年研究。他认为，中国的户籍制度自唐朝开始完善，唐代的“貌阅”制度就是按其年龄、相貌对男丁逐一核对，规定“每岁一团貌”，连脸上的疤痕和记痣等都要记录在案。所以，户籍关系到社稷的兴亡，朝廷对于户籍的管理以及对这一制度的违反的惩罚也是异常严厉的。《唐律疏议•讼律》载：“同伍保内在家有犯，知而不纠者，死罪，徒一年；流罪，杖一百；徒罪，杖七十”。 到了元代，在登记鼠尾簿（户口）时，“凡丁口死亡，或成丁，或产业孳畜增添消乏，社长随即报官，于各户下令掌簿吏人即便标注”。并规定“邻佑、主首、社长互相保结，不实者罪之”。 朱元璋推行的“户帖制度”，则是今天户口本的原型。 洪武三年，明政府开始在全国推行“户帖”制度。《明太祖实录》卷58记载： 洪武三年十一月，明太祖命户部籍天下户口，每户给以户帖。于是户部制户籍、户帖，各书其户之乡贯、丁口、名、岁。合籍与帖，以字号编为勘合，识以部印，籍藏于部，帖给之民。仍令有司岁计其户口之登耗，类为籍册以进，著为令。 为保证户帖制度的顺利推行，订有严格的惩处条例：“令有司点闸比对，有不合者，发充军，官吏隐瞒者处斩。” 在推行“户帖”时，朱元璋更是利用大军“点户”和严刑酷法，以达到控制人口的目的。 明朝法律规定：“凡民户逃往邻境州县，躲避差役者，杖一百，发还原籍当差。其亲管里长，提调官吏鼓纵及邻境人户隐蔽在己者与罪。”洪武二十七年三月又颁布榜文：“今后里甲邻人、老人所管人户，务要见丁著业，互相觉察。有出外，要知本人下落，作何生理，干何事务。若是不知下落及日久不回，老人、邻人不行赴官首者，一体迁发充军。” 清朝的户籍成为保甲制，光绪《大清会典事例•户部》规定：州县城乡十户立一牌头，十牌立一甲头，十甲立一保长，户给印牌一张，备书姓名丁数，出则注明所往，入则稽其所来。来路不明者，就要捉去治罪。户有迁移，随时报明，换给门牌。 到了民国，“户籍”有“法”可依了，国民政府推行《户籍法》，1937年，又颁布《保甲条例》，在全国建立保甲组织，实行“联保连坐”制。即使台湾，自1945年一直沿用日治时期的户籍管理制度， 直到取消戒严之后，台湾的户籍才实现了户警分立，民众迁徙才有了真正的自由。 当然，国民党在大陆时代的保甲条例很长一段时间是一张废纸，但这并不说明国民党愿意给民众迁徙的自由，而是因为它自己连首都都一路从南京“迁徙”到了重庆，还有神马本领管住百姓不叫他们迁徙呢！？ 其实中国历史上民众最具迁徙自由的有两个时代，一是北洋军阀混战时代，军阀们打的不可开交，老百姓躲避战火四处逃窜；另一个是共产党三年“自然灾害”时期，不“自由迁徙”，就是死路一条了。 简单地回顾了一下历史，我们要思考的问题是：户籍制度是如何形成的？户籍制度和社会的经济发展与文化理念有什么联系？今天我们取消户籍制度背后真正的动力和原因是什么，通过取消户籍制度，我们又如何进一步的推动中国社会的进步和发展？ …… 具体来说，从户籍的取消，对于我们今天讨论的承认双重国籍有什么积极的意义和影响？既然一国国民可以在本国之内自由迁徙而和他人享有同样权利，那么移居他国之后“祖国”为啥就把这些人当抹布一样扔了呢？中国究竟应当实行双重国籍吗？ 骂娘是不管用的，愤青们，咱一起来学一点中国历史，理性地审视一下中国的现实不是更好？ 最后，我想请大家再认真思考一下： 今天，中国的许多地区严格的户口管理制度已经名存实亡，人民，主要是农村人口可以自由迁徙了，但是，当农村人口来到城市，尽管政府给他们提供了一定的生活和医疗保障，尽管他们的孩子也可以去民工子弟学校就读，可是，他们最大的无奈和痛苦来自哪里？那些“城里人”有几个把“外地人”、“乡下人”当人看的？那些“上等人”、“有钱人”有几个在人格上和精神上平等对待那些普通的“乡下人”清洁工，钟点工，保姆和服务员的？ 比起“户口制度”，这种无形的枷锁和桎梏来自何方？ 由悟空孙张贴 @ 2012-05-09
个人分类: 社会文化历史|2483 次阅读|0 个评论
PPT动画工具
xyzg198891 2012-5-9 19:19
（1）PowerPoint动画库扩展2.5 这是一款商业软件，目前的注册费是40元。（后续版本的价格会更高，但是已经注册的用户可以免费升级）该工具是PPT中动画功能的增强软件。欲了解更多信息，请访问作者的博客“0度跨越”（ http://pptaddins.blogbus.com/ ）。该博客的作者还开发了一款软件Extend More，包含多个PPT工具，看起来功能很强大。由于目前还处于开发阶段，所以没有实际使用过。 附件： PowerPoint动画库扩展2.5.rar （2)PPT2010动画补缺插件 PPT2010中缺失了PPT2003中的一些动画，虽然可以通过其他方法进行补救，但都不是太方便。使用VBA对普通用户也是不太靠谱的事情。鉴于此，有人制作了这个插件，虽然不是太完美，但是救急还是可以的。如果不想安装插件就直接从第二个PPT文件中用动画刷来复制PPT2010中隐藏的动画吧 。资料来源于锐普PPT论坛。 附件： PPT2010动画补缺.exe PowerPoint 2010隐藏的动画.pptx （3)PPT动画大师 PPT插件是指能够增强PPT功能的小软件或者单个文件，目前常见的格式有EXE、MSI、DLL、PPA和PPAM。各种插件的安装方法不一样，PPT动画大师是PPA格式的插件，安装方法请在锐普PPT论坛中搜索“PPT动画大师安装教程”。它是网友ye4241用VBE开发的，目前的版本是V1.1。相比于其他插件，这个小工具比较的复杂。加上教程又不是很完善，所以学习起来有一定的难度。不过只要在论坛里面多看看网友的讨论应该是不难掌握的。 附件： PPT动画大师V1_1.ppa (4)FastCross 一个PPT插件，在锐普论坛上看到的。功能有两条： 选择形状，快速生成精确的 X ，来实现稍微精确一点的定位。 选择两个形状，为第一个形状添加两个动画，路径和缩放到后一个形状的状态。 附件： FastCross.ppa （5）动画循环 做动画做多了你就会发现这个真的可以让你节约很多时间，而且多帧动画循环也可以轻而易举的实现了。Win7用户以管理员身份运行“注册.bat”进行安装。 附件： 动画循环2.0.rar （6）文本框分割和合并工具 如果你希望将一个文本框按行分割成多个文本框或者想将多个文本框合并成一个文本框，那么这个插件正是你要的。 附件： 文本框分割.ppam （7）图片切割 某些动画效果会要求将一张图片分割成多张小图片，这个时候你可以用PS中切片工具。但是如果你是PS盲那就只有另谋它法了。第一个附件是一个PPT插件，可以实现对图片的多种形式的切割。第二个附件是一个免安装的图片分割软件，主要是可以批量分割。资料来源于锐普PPT论坛。实际上，利用PPT本身就可以实现图片切割。具体方法请在锐普论坛里自己搜索。 附件： picCrop 2.1.rar 批量图片分割器.rar (8)形状转路径 如何让任意形状转变为路径呢？这个工具可以实现这一点。不过作者并没有进一步开发这个插件，所以功能不是很完善。 附件： 形状转路径.ppa
个人分类: PPT|10321 次阅读|0 个评论
[转载]Tags | blast, NCBIBlast的汇总，从入门到应用
charles08 2012-5-7 10:55
Tags | blast, NCBIBlast的汇总，从入门到应用 Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友，没玩过Blast，那好像是不大可能的。 Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门，但要真正学好，还是蛮复杂的。但是常用的，还是要了解一些的。 今天就来汇总一下，关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。 都是热门啊。 Blast入门 1，什么是Blast? BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具: http://liucheng.name/1008/ Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较...................... 2，NCBI 里用到的几种不同的Blast（核酸的） BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别： http://liucheng.name/1009/ 三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法............. 3，NCBI 里用到的几种不同的Blast（蛋白的） Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍： http://liucheng.name/1010/ Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对.............. 4，NCBI里的各个Blast库 NCBI在线blast数据库的简要说明： http://liucheng.name/476/ Blast下载 最新版的blast下载： http://liucheng.name/785/ 你可以直接通过登陆到NCBI的FTP直接下载。通过迅雷和快车等工具也是可以的。 本文详细出处参考： http://liucheng.name/1299/
个人分类: 科研资源|1894 次阅读|0 个评论
[转载]GO 分析工具
helloating1990 2012-5-4 21:51
GO分析的相关工具（转） GO委员会工具 AmiGO AmiGO 提供检索和浏览GO委员会提供的本体学(ontology)和注释(annotation)数据。用户可以通过检索蛋白获得相应的GO术语，可以检索GO术语得到相应的细节和相关的蛋白注释，AmiGO还提供了BLAST搜索引擎，比对有GO术语注释的基因和基因产物的序列。 OBO-Edit OBO-Edit是一个开源的、与平台无关的应用程序，用于显示和编辑OBO格式的本体文件.OBO-Edit是基于图的工具，强调本体的全部图结构，给生物学家提供了一个友好的接口。OBO-Edit是个很好的工具，关注于相对简单的门类的相互关系,有助于本体学的快速更新。 非GO委员会工具 用于搜索和浏览GO的工具：显示、浏览和搜索相应的本体和注释 ** CGAP GO Browser 提供浏览GO词汇，可以找人和小鼠基因对应的GO术语, 每隔几个月更新GO的数据。 ** COBrA 一个基于Java的本体编辑器，区别于其它编辑器在于其提供了两个本体间概念上的连接，以及提供了精细的分析和验证功能。除了支持GO和OBO格式之外，COBrA还能导入和导出本体为语义web(Semantic Web)格式如RDF、RDFS、OWL。 ** Comparative Toxicogenomics Database CTD是一个公用的数据库，加强了对环境中化学物质对人类健康的理解，整合了GO数据和GO浏览器。使得用户可以理解暴露在化学物质下相关靶标的生物功能、过程和细胞定位。 ** DynGO 是一个客户端-服务器模式的应用程序，提供了许多高级的功能，除了标准的浏览功能外，DynGO允许用户批量地检索一系列基因和基因产物的GO注释，以及语义检索一系列基因和基因产物所共有的相似GO注释，结果根据GO的等级显示为树状结构，支持许多动态显示的选项如对树节点排序或改变树的方向。对于GO管理者和经常使用GO的用户，DynGO提供了快速和方便的访问GO注释数据。DynGO广泛地应用到有GO术语注释的任意数据集。 ** EP GO Browser EP GO Browser是EBI的Expression Profiler中的一个组件(Expression Profiler是一个工具集，用于聚类、分析和可视化显示基因表达和其它基因组数据)，通过它，你可以搜索GO术语和识别基因相关的节点，以及相应的子节点。 ** Gene Class Expression Gene Class Expression允许使用GO数据库对SAGE数据进行功能注释。这个工具对每一个SAGE标签在GO数据库里进行搜索，对选定的GO类别和选定的等级进行关联。这个系统对于映射SAGE数据到GO结构上提供了用户友好的数据导肮和可视化。还对SAGE标签在每一个GO类别里的百分比提供了图形可视化以及置信区间和假设检验。 ** GeneInfoViz GeneInfoViz是一个基于web的工具，提供批量检索基因功能信息、可视化GO结构和构建基因相关网络。用户需要提供一个基因列表(格式可为LocusLink ID、UniGeneID、gene symbol、accession number)，结果返回功能基因组信息。基于对给定基因的GO注释，GeneInfoViz允许用户以GO的DAG结构显示这些基因，以及在选定的DAG水平上构建基因相关网络。 ** GeneOntology at RZPD RZPD提供了GO标识符和相关联的UniGene ClusterIDs、Genes(Name/Symbol)、Clones的检索，目前GO注释关联了人和小鼠的基因/克隆。 ** GenNav 检索GO术语和注释的基因产物，提供在GO DAG图中可视化显示GO术语。 ? ** GOblet GOblet服务器考虑了GO术语，执行序列(cDNA，蛋白)分析。如相似性搜索(BLAST),在使用已有的GO注释构建的不同物种的数据库的前提下，服务器展示了所有匹配的细节描述以及基于匹配到的GO术语构建GO概要树(summary tree) ** GoFish GoFish是在线的java程序，也可以下载到本地运行。允许用户使用GO属性构建任意的布尔检索，对符合条件的基因产物进行排列，GoFish也对每一个基因产物估算其符合布尔查询的概率 ** GONUTS GONUTS是基于wiki的GO术语和少量物种基因关联的浏览器，wiki接口允许用户创建和分享每一个GO术语用法的注解。 ** MGI GO Browser 通过MGI GO Browser可以搜索GO术语和显示所有小鼠基因注释到每一个术语或子术语。也可以浏览本体来观察术语之间的关系、术语定义、对于给定的术语和它的子术语所注释的小鼠基因数量。MGI GO Browser直接访问MGI数据库中的GO数据(每晚更新)。 ** Ontology Lookup Service OLS整合了公开的可用生物医学本体到单一的数据库。所有修正的本体是每天更新的。一个当前加载的本体列表可以在线获得，这个数据库能够通过检索获得单一术语的信息或使用AJAX浏览完整的本体。自动补齐提供一个用户友好的搜索机制。一个基于AJAX的本体显示器可以有效地浏览完整的本体或其子集。一个可编程接口可以通用使用SOAP来检索网络服务。服务由一个WSDL描述器描述，此文件可在线获得。一个简单的java客户端使用SOAP来连接网络服务，可以从SourceForge上下载到。所有的OLS源代码是公开的，使用Apache许可证发布。OLS提供了一个用户友好的单一入口指向公开可获得的本体(Open Biomedical Ontology格式)。 ** PANDORA 使用PANDORA可以搜索蛋白的任何非一致集(non-uniform sets)和检测共享独特生物属性的蛋白子集，以及这些集合的交集。PANDORA支持GO注释和额外的关键字(来自于UniProt Knowledgebase, InterPro, ENZYME,SCOP等等)。PANDORA被整合进ProtoNet system，从而允许测试上以万计的自动产生的蛋白家庭。PANDORA已经取代了由同一个团队开发的ProtoGO浏览器。 ** QuickGO at EBI QuickGO是一个GO浏览器，由EBI开发，是InterPro的一个组件，可以搜索GO术语来观察它的相关节点和定义，还可以映射到SWISS-PROT关键词、酶分类，转运分类数据库或者InterPro入口。GO数据每日更新。 ** TAIR Keyword Browser 搜索和浏览GO、TAIR解剖(Anatomy)、TAIR发育阶段术语(developmental stage terms)，允许显示术语的细节及其相关的术语。包括基因、文献、芯片实验和相应术语的或子术语的注释之间的关联。 ** Tk-GO 这个工具是对BDGP的GO::AppHandle库基本功能的一个GUI包装。GO术语在一个explorer-like浏览器里展示，程序可以通过修改perl脚本来配置。Tk-GO使用的GO数据库(默认直接连接BDGP的数据库)是用户可以修改的。 注释工具:使用GO对基因和基因产物注释的工具 ** g:Profiler g:Profiler是一个公用的web服务器，用于挖掘高通量基因组数据。g:Profiler有一个简单、用户友好的网页接口，对于获取GO、通路或转录结合因子在单个基因水平上的富集等具有强大的可视化功能。除了标准的多重检验校正(multiple testing corrections)外，引进了一个对复杂结构(如GO)进行多重检验的真实效果估算的改良方法。解释基因列表通过一个高效的算法由同一接口支持。其它实用的数据分析通过模块支持。整合进g:Profiler的模块有：g:Convert转换不同数据库的ID，g:Orth找寻不同物种的直向同源基因(orthologous genes)，g:Sorter搜索绝大部分的公用基因表达数据找寻共表达的数据。g:Profiler支持31个不同的物种，数据定期从数据源(如Ensembl数据库)更新。生物信息学社区希望g:Profiler能支持简单的文本输出。 ? ** GeneTools GeneTools收集了许多基于web的工具，从许多不同的资源里收集信息，提供可用的基因组分析，两个主要的工具连接到这一数据库是NMC注释数据库V2.0和eGOn V2.0。NMC注释数据库V2.0提供了来自于UniGene、EntrezGene、SwissProt和GO的信息。 ** GOanna 使用相似性搜索来找寻蛋白的注释，输入可以是一系列的ID或是一系列FASTA格式的序列。如有需要GOanna会检索序列，并对用户指定的数据库进行BLAST搜索。结果包含BLAST搜索到的相似性高的序列的GO注释和序列比对的结果。 ** GoAnnotator 此工具对从文献里提取的蛋白GO术语注释进行验证。 ** GOCat:Gene Ontology Categorizer? GOCat是一个自动的文本分类器，此工具归类任意的输入文本(几个词，一篇摘要，一系列的PubMed识别符等等)到GO分类。这个系统目标在于通过文本挖掘方法方便对基因和基因产物进行功能注释。对于每一个的预测类别，提供一个置信打分和一段抽取于输入文本的简短文本。 ** GoFigure 对未知的检索序列通过BLAST来识别其同源的注释，以此来预测其GO注释。DNA或蛋白质序列都允许提交，多重的检索可以通过提交包含FASTA格式的文件来完成。检索到的结果通过email返回给用户，结果显示为图或者是tab分割的文件。结果可以通过tar打包文件下载。 ** GoPubMed GoPubMed是一个网络服务器，允许用户结合GO探索PubMed搜索结果，GoPubMed提交用户的关键字到PubMed，检索摘要，检测摘要中的GO术语，显示与最初检索结果相关的GO子集，允许用户通过语义浏览和显示相应的文献和它们的GO注释。 ** GOtcha GOtcha提供了对于给定的检索序列相关GO术语的预测。每一个术语相对于引用搜索是分数独立(scored independently)和分数校准(scores calibrated)的，以便给出正确性的准确百分比可能性(to give an accurate percentage likelihood of correctness)。 ** HT-GO-FAT:High Throughput Gene Ontology Functional Annotation Toolkit HT-GO-FAT允许高通量映射未知或其它基因序列如ESTs、mRNA、蛋白数据到GO注释、EC numbers、KEGG通路。它使用序列相似性和结构域匹配。此工具使用自定义的校正数据库以及拥有诸如窗口局域网分布式BLAST(windows LAN distributed BLAST)，能够通过窗口局域网分布高通量的BLAST搜索。HT-GO-FAT还拥有高通量的BLAST输出观察器，以及能对匹配度高或人工校正的数据导出为许多的文件格式。数据能导出为AmiGO相关的文件，通路图会高亮显示用户数据集中的酶/基因。 ??? ** InGOt (商业软件) InGOt是Inpharmatica的新模块系统中的一个模块。这个系统用于蛋白注释，是一个应用GO到所有蛋白的一个商业系统。它提供一个无与伦比的资源来阐释蛋白功能：它的图形用户界面让你轻松地从各个链接中跳转，从汇总数据到分层语境(hierachical context)和文献/证据(literature/evidence)。InGOt拥有比公开资源更为丰富的序列和最广泛的GO关联资源。InGOt可以和其它模块整合，如Domain Professor用于蛋白结构域的细节注释和Blu-Chip用于即时和准确的探测蛋白赋值(protein assignments)。 ** InterProScan 蛋白结构域和功能位点数据库对于蛋白功能的预测是一个关键的资源。十年来，许多标识识别(signature-recognition)方法逐步形成来解决不同序列分析问题。产生不同和独立的数据库。由于强调不同的分析方法，这些资源有着各自不同的优点和缺点，各自有着不同的最优应用。从而，为了得到最好的结果，搜索策略必须完美地结合所有的资源。InterProScan是一个基于Perl的程序，它能够结合不同的蛋白标识识别方法到一个资源上。 ** JAFA:Joint Assembly of Functional Annotations JAFA接收蛋白序列，提交它到数个功能预测程序，并将预测结果聚集到一个单一的、易读的、基于GO术语的文件，用户可以点击各个服务器、AmiGO和QuickGO。JAFA还提供包含所有结果的XML文件下载。 ** Manatee Manatee是基于web的基因评估和基因组注释工具，Manatee能够存储和显示原核和真核基因组注释。Manatee界面允许生物学家快速识别基因以及对其进行高质量的功能赋值(诸如GO分类，使用搜索数据，paralogous家族和由自动分析所产生的注释)，Manatee能够下载和安装，运行于CGI网络服务器，比如Apache。 ** PubSearch PubSearch是基于web的文本管理工具，允许管理者搜索和注释基因到文献的关键字。它的后端有一个简单的mySQL数据库，PubSearch使用一系列Java伺服小程式和JSPs来完成检索、修改、增加基因、基因注释和文献信息。此工具可以从GMOD上下载到。 用于基因表达/芯片分析的工具 ** Avadis - gene expression analysis with GO browser (商业软件) Avadis是基因表达数据的数据分析和可视化工具，内置一个显示GO等层的浏览器，许多基因有共同的本体途径(common ontology paths)，对基因表达聚类可以通过GO语义进行聚类以识别功能标识(functional signatures) ** BiNGO 开源的java工具，在一个基因集合里确定那个GO类别是统计上过表达(over-represented)的。BinGO以Cytoscape的插件实现，Cytoscape是分子相互作用网络数据整合和可视化的软件平台。BinGO映射给定基因集的主要功能主题到GO等级上，并输出这一映射为Cytoscape图。 ** CLENCH:CLuster ENriCHment CLENCH允许拟南芥(A. Thaliana)研究者从TAIR上执行自动的GO注释检索并计算给定的基因集(相对于参考集)的GO术语富集。在计算富集之前，CLENCH允许把返回的注释映射到GO slim术语表(能够被用户编辑)和本地安装的GO上的任何粗糙水平， ** DAVID:Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery 基于web的工具，提供由高通量技术产生的基因组水平数据集(诸如表达谱和蛋白组平台)的注释和分析的整合解决方案。分析结果和图形显示保留动态链接到主要的数据库和外部数据仓库，从深度和广度上覆盖数据。DAVID为数据收集到生物意义的转变提供便利，加速了基因组水平数据的分析。 ** EASE EASE对于一个给定的基因列表概述主要的生物学主题。给定的基因列表来自于表达谱或其它的基因组水平实验，EASE能够快速计算相对于数据集里所有基因每一个统计上可能的过表达GO术语。 ** eGOn v2.0:explore Gene Ontology 基于web的工具，映射表达谱数据到GO结构上。多个的输入文件能够同时分析以比较两个或多个实验的注释基因的分布。 eGOn V2.0的核心特性： .可视化：基因注释以GO DAG可视化显示或以表格的形式显示，GO DAG的尺寸能够由用户自由定义。 .过滤：GO注释能够基于evidence codes进行过滤。 .包含用户定义的GO注释：事先加入到NMC注释数据库中。 .统计分析：多个基因列表能够同时分析以比较GO等级上注释基因的分布，统计测验设计成允许用户在两个基因列表之内或之间计算GO注释的不同(dissimilarities)。 .连接注释数据库：连接到NMC注释数据库，基因和蛋白的信息直接由GO DAG或导出的数据提供。 .导出：GO DAG信息、统计结果、基因和蛋白信息能够导出为Excel、text、XML格式。 ** ermineJ 分析表达数据中的基因集(用户定义或通过GO术语定义)的工具。这个软件设计为给只有很少或没有信息学背景的生物学家使用。为想使用ermineJ脚本的用户提供一个命令行接口。实现了多个不同的对基因集的打分方法，不是简单地集中于依赖过分表达(over-representaion)方法上。 ** FatiGO FatiGO对给定的基因集，以代表性的功能信息(低表达或过表达GO术语)对其赋值。通过多重检验纠正(multiple-testing correction)得到统计显著性。FatiGO被设计成在DNA芯片数据分析的上下文里进行功能注释，FatiGO链接到基因表达模式分析套件(Gene Expression Pattern Analysis Suite)里。FatiGO使用主要的基因组和蛋白组数据库(GeneBank, UniProt, Unigene, Ensembl,etc)的基因IDs。FatiGO适用于任何类型的大规模实验进行功能注释。 ** FIVA:Functional Information Viewer and Analyzer FIVA协助原核生物社区的研究者进行转录组分析时快速识别相关生物过程。此软件分析大量基因的功能谱并对影响的生物过程产生一个综合的概述 ** FuncAssociate FuncAssociate是一个基于web的工具，接受一个基因列表作为输入，并返回输入列表中过表达或低表达(over- or under-represented)的GO属性。经过多重假设检验后只有那些统计上具有显著性的过表达或低表达的属性才会被报道。目前有10个物种被支持。除了输入基因列表外，用户还可以指定a)这一列表是否被认为是排序还是乱序的。b)FuncAssociate所认为的总基因(the universe of genes)。c)单独报道过表达或低表达的属性，还是两者都报道。d)p-value cutoff值。 新版的FuncAssociate(还处于测试阶段)支持更广泛的基因命名方案，并使用更为频繁更新的GO相关文件(GO associations)，然而原来版本的一些特性诸如按LOD排序或查看基因属性表格的选项还没有实现。 ** FuncExpression FuncExpression是一个基于web的资源，对大规模的基因组数据进行功能解析。FuncExpression能对植物、动物和真菌的基因列表(从基因组和蛋白组实验中产生)进行功能比较。多个的基因列表能够被分类、比较和可视化显示。FuncExpression支持双通道整合(two way-integration)植物功能信息和基因表达数据，这使得后续的交叉验证(cross-validation)成为可能，交叉验证使用BarleyBase相关实验获得的植物芯片数据。 ** FunCluster:FunCluster, Functinal Profiling of Microarray Expression Data FunCluster是一个基因组数据分析工具，设计成对cDNA芯片实验产生的基因表达数据进行功能分析。除了自动对基因表达数据进行功能注释外，FunCluster通过特定设计的共棸类对涉及到的生物注释和基因表达数据进行功能分析，能够检测出共调控的生物过程(注释基因组主题所展示)。FuncCluster的功能分析依赖于GO和KEGG注释，并且只支持三个物种：人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculu)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。 ** FunNet:Functional Analysis of Transcriptional Networks FunNet设计为一个分析基因共表达网络(由芯片表达数据所构建)的整合工具，此工具的分析模块的实现涉及到两个抽像层：转录(如基因表达谱)和功能(如转录分析所显现的生物学主题)。依赖于GO和KEGG注释的功能分析技术，应用于从基因芯片表达数据中抽提一系列相关生物学主题。多重情况表达(multiple-instance representations)用来关联注释转录本和相关的生物学主题。一个原创(original)的非线性动态模型被用来量化相关基因组主题(genomic themes)上下文的接近度，这一量化基于在基因共表达网络(如在注释主题中捕获转录本的相似的表达谱)中基因组主题的增殖模型(patterns of propagation)。最后，一个非监督的多重情况光谱聚类过程(an unsupervised multiple-instance spectral clustering procedure)被用来探索共表达网络的模块结构，这是通过聚集共表达网络所显示出来的显著性相互关系的生物主题来实现的。提供了共表达网络的功能、转录表达、相关的转录和基因组主题的上下文详细信息。 FunNet提供了基于web的工具以及作为一个标准的R包。标准R实现能够运行在任何能运行R环境的操作系统(windows, Mac OS, 各种Linxu和Unix)上，能够从FunNet网站或者从CRAN的镜像站上下载到。两种实现的FunNet都是使用GPL2.0发布的。 ** G-SESAME G-SESAME包含了一系列工具，分别是： 1.衡量GO术语语义相似性的工具。 2.衡量基因功能相似性的工具。 3.基于GO术语注释信息聚类基因的工具。 ** GARBAN GARBAN是对cDNA芯片和蛋白质组技术产生的数据进行分析和快速功能注释的工具，GARBAN实现为生物信息学工具，以快速比较、分类和图形展示各种数据集(genes/ESTs或proteins)，目的在于为病理和药学研究中识别分子标记(molecular markers)提供便利。GARBAN链接到主要的基因组和蛋白质组数据库(Ensembl, GeneBank, UniProt Knowledgebase, InterPro,etc.)并遵循GO委员会的标准进行语义分类。代码是共享的: e-mail garban@ceit.es ** GENECODIS GENECODIS是一个基于web的对基因列表进行功能分析的工具，它整合了不同的信息资源来搜索最频繁的共存在基因集的注释，并通过统计显著性排列它们。注释分析来自于不同的数据库如GO,KEGG或SwissProt。 ** GeneMerge GeneMerge对于一个给定的基因集返回功能基因组信息，并提供此基因集里过表达的特定功能或分类的统计秩值(statistical rank scores)。展示了所有的GO类别和功能基因组数据。 ** GFINDer: Genome Function INtegrated Discoverer GFINDer是一个多重数据库系统(multi-database system)提供了大规模的用户分类的序列标识列表和基因组生物学信息以及列表中不同基因类别的特征生物学功能谱。GFINDer自动从不同的资源检索更新功能分类的注释信息，识别用户分类的基因列表中每个分类的富集类别。并计算每一个类别的统计显著性。而且，GFINDer能够根据挖掘的功能类别对基因进行功能分类并且对这些分类进行统计分析，使得能够更好地解释芯片实验结果。 ** GOALIE: Generalized Ontological Algorithmic Logical Invariants Extractor GOALIE是用来构建时间序列依赖富集的工具，需要ODBC连接到GO数据库。 ** GOArray GOArray是一个Perl程序，输入一系列基因注释为“感兴趣(of interest)”(GOI)或者不感兴趣，并确定相关的GO术语对于GOI是否过表达。一个置换检验(permutation test)是可选的，用来评估结果的可靠性。输出包括了多个可视化图和补充信息以及进一步的参考，还有对所使用的统计方法的概述。 ** GOdist GOdist是一个Matlab程序，用于分析Affymetrix芯片表达数据，实现了Kolmogorov-Smirnov(KS)连续统计方法。还引入一个两侧超几何分布(two-tailed hypergeometric distribution)使用Fisher exact检验实现了离散方法。GOdist能够检测出芯片基因相关的GO术语相对于不同总体的差别，总体可是是全局芯片总体、分析的GO术语的直接父节点或全局父节点。 ** GOHyperGAll 检验样本总体基因得到过表达的GO术语，R/BioC函数GOHyperGAll对所有的GO节点进行超几何分布检验计算并返回相应的P值，后续的过滤函数使用默认的或自定义的GO Slim类别执行GO Slim分析，使用此工具必须有基本的R和BioConductor知识。 ** GoMiner and MatchMiner High-Throughput GoMiner是一个工业级别的整合GO工具，用于解析多芯片实验。GOMiner是基于Java的程序包，对感兴趣的基因(如芯片实验里上调或下调基因)在GO的上下文里进行生物学解析。GoMiner提供定量和统计的输出文件和两个有用的可视化文件：(i)树状结构类似于AmiGO浏览器里所显示的(ii)一个压缩的，动态交互的DAG。GoMiner所展示的基因链接到主要的公开生物信息学资源。一个陪伴工具(companion)MatchMiner用于做前处理，为GoMiner或其它的GO工具的输入获取基因名称，提供了一个自动化脚本以便于安装本地化的数据库。 ** GOstat GOstat是一个易于使用的web工具，用于确定基因列表中过表达或低表达的GO类别的统计显著性。数据每月更新。 ** GoSurfer GoSurfer在分析基因集(来自于基因组范围的计算、芯片分析或其它相应的高端方法)时使用GO信息，GoSurfer包含了严格的统计检验，交互的图形和自动更新注释信息(基因标识符(UniGene,LocusLink)或Affymetrix探针集)。 ** GO Term Finder GO Term Finder对给定基因列表的基因产物的GO术语或其父节点作显著性的分析。Saccharomyces Genome Database 实现了一个基于web的GO Term Finder用于为出芽酵母基因产物搜索注释。一个通用的GO Term Finder由Standford Microarray Database创建，可以从CPAN下载到。这个代码被普林斯顿基因组研究组(Princeton genomics group)用于创建基于web的通用GO Term Finder，通过该web工具提供了分析GO站点上所公开的有GO注释的任何种属(包括人)的基因。 ** GOTM:Gene Ontology Tree Machine GOTM是一个基于web的工具，基于GO等级结构分析和显示感兴趣的基因集。这个工具提供了用户友好的数据导航和可视化。产生可扩展的树用于浏览GO等级结构，以HTML的形式生成固定的树用于对不同注释水平进行归档并生成柱状图，GOTM提供统计分析以显示GO类别和相对富集的基因数目以及暗示(suggest)了进一步研究的生物领域。富集的GO类别能够以子树或DAGs的形式展示。基因的子集能够检索GO术语或进行关键字搜索。每一个基因的细节信息能够直接从GeneKeyDB里检索到。 ** GOToolBox GOToolBox是一系列基于web的程序，允许从一个基因集(相对于被检索的参考基因集)识别统计上过表达或低表达的术语、基因集里对功能相关的基因进行聚类和检索基因集里共享的注释。GO注释能够限制在GO slim等级上或者是给定的GO术语水平上，而且术语可以使用evidence codes进行过滤。GO和基因关联文件每月更新。 ** L2L L2L是一个简单但功能强大的工具，用于发现芯片数据中隐藏的生物学显著性，通过易于使用的web界面，L2L挖掘GO术语显著富集的上调或下调的基因，L2L还将基因列表与数据库中上以千计的芯片实验作比较，以识别共有的基因调控模式。此工具可以下载到一个命令行的版本，可以自定义运行或者批量分析。 ** Machaon Clustering and Validation Environment Machaon Clustering and Validation Environment是一个聚类验证的工具，将样本或基因按相似的基因表达模式进行分类并评估聚类的质量。在基因表达数据分析中GO术语用于衡量基因间的相似性(生物学距离)以支持生物医学知识发现(biomedical knowledge discovery)。 ** MAPPFinder MAPPFinder是GenMAPP的辅助程序。这个程序允许用户检索任何存在的，相对于GO基因相关和GenMAPP芯片通路谱(MAPPs, microarray pathway profiles)的表达谱数据标准。分析产生的结果能够通过选择感兴趣的术语或MAPPs直接以GO等级或在GenMAPP中展示出来。 ** Onto-Compare Onto-Compare是一个基于web的工具，可以基于GO对商业芯片进行比较。Onto-Compare允许用户对每一个芯片做功能偏好性评估并确定对于某个特定生物学现象(由GO术语描述)最好的芯片。 ** Onto-Design Onto-Design允许用户设计定制芯片，通过选择一系列UniGene cluster IDs，这些IDs代表了一个给定的生物过程子集(使用GO术语描述)。 ** Onto-Express Onto-Express搜索公共数据库并返回一系列表格，包换相关表达谱、基因细胞发生定位(cytogenetic gene locations)、生物医学和分子功能、生物过程、细胞组分和翻译的蛋白的细胞功能。 ** Onto-Miner Onto-Miner允许用户通过clone ID, UniGene gene symbol, LocusLink ID, accession number等搜索不同的公开生物信息学数据库，允许使用基因列表进行批量检索。第三方开发者可以把这个站点作为资源，提供对于任意的基因列表的详细基因信息。 ?? * Onto-Translate Onto-Translate是基于web的工具，允许用户对下列ID进行快速转换：accessions IDs, Unigene cluster IDs 和Affymetrix probe IDs。Onto-Translate使用不同的数据库并降低任意基因列表的冗余，帮助识别相同的信息。 ** OntoGate OntoGate提供使用GO术语和与GO术语相关的外部数据库进入GenomeMatrix(GM)的入口，以找寻GM中不同物种的基因，这些基因能到映射到GO术语上。OntoGate包含了对相应注释基因的氨基酸序列进行BLAST搜索。 ** Ontologizer Ontologizer能够对一组或多组基因或基因产物产生相应 的GO注释，并根据每一个聚类的使用频率进行排列，以HTML或XML格式显示。如果提供了总体的数据集，程序会对每一个GO术语执行过表达的统计分析。产生“Dot"(GraphViz)文件对过表达的GO术语提供图形化概述。提供了每一个基因的详细列表。 ** Ontology Traverser Ontology Traverser是芯片基因列表富集工具，此工具为一些cDNA芯片和相对于芯片类型所使用的所有探针/克隆集列表提供了简单的上传格式，接收AffyIDs和NIAIDs。支持许多报告格式：flat html,flat tsv, xml和展示GO结构的动态可点击HTML。对每一个GO节点报告不同的统计/结果:列表fq, 芯片fq, fold change,? Fisher's exact test P值和基因的映射到的节点或子节点的标识。 ** Probe Explorer Probe Explorer是一个开放使用的基于web的生物信息学程序，显示芯片寡核苷酸探针和在基因组上下文中的转录本的关联，此软件很灵活，可以简单地作为基因组和转录组的浏览器。提供了15种后生动物(metazoa)和两种酵母提供基因组实体(genomic entities)(位点, 外显子, 转录本)的序列和对等物包括矢量图输出。序列比对工具用来建立Affymetrix芯片探针序列和转录组(人，小鼠，大鼠和酵母)之间的关联。提供使用任何的DNA或蛋白序列进行关键字搜索、用户搜索和在基因组上进行比对。 ** ProfCom: ProfCom, Profiling of Complex Functionality ProfCom是基于web的工具，用于对实验相关的基因列表进行功能解释。使得ProfCom成为独特工具的一个特征是除了GO术语外还可以使用复杂函数(complex function)进行富集分析。复杂函数由可用的GO术语的布尔组合构建。ProfCom对复杂函数作推断能够更加特异地比较单个的术语并更为准确地描述基因的功能。 ** SeqExpress SeqExpress是一个综合的分析和可视化软件包，用于基因表达实验。组合了特定开发的技术和通用的统计学方法，GO被用来对聚类的功能富集进行打分。这些结果能够在内嵌的浏览工具或通过通过网页进行浏览。SeqExpress还支持许多数据转换，投影(projection)，可视化显示，文件输入/输出，搜索，与R整合，和聚类等选项。 ** SerbGO SerbGO是基于web的工具，帮助研究者确定那一个基因芯片分析工具、GO语义分析工具适合他们的项目。SerbGO是一个双向(bidirectional)程序。用户能通过检索表单索要感兴趣的工具的特性，用户还能比较每一个工具所实现的特性。 ** SOURCE SOURCE编辑来自多个公开访问的数据库(包括UniGene, dbEST, UniProt Knowledgebase, GeneMap99, RHdb, GeneCards和LocusLink)的信息，SOURCE使用的GO术语与LocusLink相关。 ** Spotfire Gene Ontology Advantage Application (商业软件) Spotfire Gene Ontology Advantage Application整合GO注释和基因表达分析。研究者在DecisionSite里可视化地选择一个子集的基因，软件展示了基因的GO等级分布。类似地，在GO等级里选择任何的过程、功能或细胞定位可以在DecisionSite里可视化地显示其相应的基因。 ** STEM: Short Time-series Expression Miner STEM是一个Java程序，用于聚类、比较和可视化短时间序列的基因表达数据(少于或等于8个时间点)。STEM允许研究者识别显著性的时间表达谱和与这些表达谱相关的基因，并比较不同条件下这些基因的行为。STEM完整地整合了GO数据库，并支持对具有相同的时间表达谱的基因集做GO类别富集分析。STEM还支持对特定GO类别的基因行为进行简易的识别和可视化，识别在这些基因中那些时间表达谱被富集。 ** T-Profiler T-Profiler使用t检验对预定义的基因集的平均活性改变进行打分。基因集分别基于GO类别、ChIP-chip实验、上游与相应的转录因子结合模体匹配、在相同染色体上的定位进行定义。一个大折刀(jack-knife)过程使得计算比其它软件要更为稳健。T-Profiler使得对芯片数据进行解析以直观和严格统计成为可能，而不需要结合实验或者选择参数。 ** THEA:Tools for High-throughput Experiments Analysis THEA是一个整合的信息处理系统，用于分析后基因组数据。可以自动化进行数据(由通过选择的生物学信息包括GO进行分类)注释。用户可以对这些注释手动搜索和浏览，或根据统计标准(数据挖掘)产生有意义的概述。 其它工具 ** APID：Agile Protein Interaction Data Analyzer? APID是一个交互的生物信息学web工具，在一个统一的和比较性的主要平台，用于整合和分析，目前已知的信息是由特定的小规模或大规模的实验方法所展示的蛋白质相互作用。目前，此应用程序包含来自于5个主要数据库资源的信息，装入于单一服务器以探索4万个不同蛋白和接近于15万已证实的不同相互作用。网站包含搜索工具以检索和浏览数据，允许通过计算的参数选择相互作用对，这些参数衡量每一个特定的蛋白相互作用的可靠性。蛋白的参数是连通性、聚类系数、GO功能环境、GO环境富集;相互作用方式的数目、GO重叠(GO overlapping)、iPfam结构域-结构域相互作用。APID同样包含了一个图形互动的工具用来显示选择的子网或者整个网络以及对其导航。 ** Blast2GO B2G基于GO注释和功能分析进行相似性搜索。B2G对基因功能信息可能性提供直接的统计分析并在GO有向非循环图中高亮显示相应的功能特性。而且B2G包含了不同的统计图表概述了包括BLASTing、GO映射、注释和富集分析(Fisher's Exact Test)。所有的分析过程是可配置的以及支持在任何分析阶段进行数据的输入和输出。这一程序同样接受已存在的BLAST或注释文件并将它们加入到后续的分析中。这个工具还提供了非常合适的平台来进行非模式生物的高通量功能基因组研究。B2G是一个不依赖于物种、直观和互动的桌面程序，允许监示和理解整个注释和分析过程，分析过程支持附加的特性如GO Slim整合，考虑evidence code(EC)，批量模式或GO多水平饼图。 ** Db for Dummies! DBD是一个小数据库，导入GO Slim，它允许数据以树的形式显示。 ** Flash GViewer Fash GViewer是一定制的Flash电影能够轻易地被嵌入到网页以显示染色体上单独特性的位点。它试图提供特定特征集(如基因相关的特定GO术语等)的基因组位点的概述，而不是显示基因组的特性。特性能超链接到外部的网页以获得细节信息，使得GView能够作为一个导航工具。提供了大鼠、小鼠、人和线虫的基因组图谱(其它的基因组图谱也能够创建)。注释数据以静态的文本文件提供或者通过服务器端的脚本产生XML文件。 这个工具不是GO特异的，但是设计成可以显示GO注释数据。 ** FunSpec FunSpec是一个基于web的工具，对基因和蛋白集(如共调控基因、蛋白复合体、基因相互作用)基于已存在的注释包括GO术语进行统计评估。 ** FuSSiMeG:Functional Semantic Similarity Measure between Gene Products 能够通过比较基因注释中GO术语间的语义相似性来衡量基因产物间的功能相似性。还可以对任意GO术语进行语义相似性评估。 ** Generic GO Term Mapper Generic GO Term Mapper映射基因列表中的粒状GO注释(granular GO annotations)到更为广泛、更高水平的GO父节点术语(有时候索引到GO Slim术语上)，允许把基因归到更大的类别里。 ** Genes2Diseases Gene2Disease是一个映射到人类遗传疾病的候选基因的数据库。通过使用分析相关的表型特征和生化实体(chemical objects)、从生化实体到GO蛋白功能术语以及基于MEDLINE和RefSeq数据库产生了本数据库。能够用来显示特定遗传疾病相关的所有GO术语。 ** GO Slim Mapper GO Slim Mapper用来注释出芽酵母基因产物，使用SGD GO Slim集，映射特定的粒状GO术语(granular GO terms)到相应的更为通用的GO slim父节点术语上。 ** GO Terms Classification Counter GO Terms Classification Counter以一个包含GO术语IDs的格式化或非格式化文本文件作为输入，用户选择以下可供选择的类别如GO_slim、GOA、EGAD、MGI_GO_slim或GO-ROOT，程序执行计数，并返回结果于网页上(如果时间长的话，程序会给用户发送含有结果的链接)。结果包含了计数表格、百分比和一个饼图。 ** GOBU:Gene Ontology Browsing Utility GOBU是一个基于Java的程序，使用GO和用户定义的等级两大目录(catalogs)在一个可扩展的体系下整合生物学注释目录(biological annotation catalogs)。GOBU拥有以下的特性:(1)用户特定的等级数据作为输入数据，(2)用户定义描述不同注释的数据类型，(3)一个处理用户定义的数据类型的可扩展软件体系。 ** GOChase GOChase是一系列基于web的工具，用于检测和纠正基于GO注释的错误。 .GOChase-History解决所有GO IDs修改的历史。 .GOChase-Correct高亮显示整合的GO IDs和重定向到正确主术语并进一步到整合的二级ID。对于过时的GO术语，GOChase推荐使用最短距离的非丢弃父术语。这个功能被用于GO浏览器如AmiGO和QuickGO以修复失效的超链接。 .完整的数据库(如LocusLink)可以作为平文件载入到GOChase里，报导注释错误和GOChase的纠正。 .当给一个GO ID输入时，GOChase会给出所有主要数据库里被这一GO ID所注释的所有基因产物。 ** GOProfiler GOProfiler对AgBase中可用的GO注释提供一个概述。用户提供一个物种(分类学id)，GOProfiler显示此物种GO相关的数目和蛋白注释的数目。结果以evidence code列出，并提供了一个未被注释的蛋白列表。 ** GORetriever 用户提供一个蛋白ID列表，GORetriever在AgBase里搜索相应的GO注释，目前支持的ID类型是Uniprot ID、Uniprot Accession、GO ID。GORetriever产生蛋白和相应注释的列表以及一个没有GO注释的入口列表(list of entries)。没有GO注释的列表可以作为Goanna工具的输入以寻找相似序列(如果有注释的话会提供)。 ** GOSlimViewer GOSlimViewer对一个数据集提供高水平的GO类别概述。它设计成使用GORetriever的输出。你可以为GORetriever文件添加附加的注释(来自于GOanna或其它的资源).GOSlim Viewer目前只支持GOSlim集。 ** ProteInOn ProteInOn能够找寻相互作用的蛋白、找寻相应的GO术语并计算蛋白相似的功能语义并获取信息内容和计算每个GO术语的功能语义相似性。 ** TXTGate TXTGate基于web-service，结合选择的公开生物学资源的文献索引到一个灵活的文本挖掘系统以分析不同的基因集。通过裁剪词汇表(tailored vacabularies)、选择文本文件、LocusLink的MedLine摘要和索引SGD。子聚类(subcluster)和到各个外部资源的链接提供了对结果进行深度分析。 ** Wandora Wandora是一个基于Topic Maps(ISO 13250)的通用知识抽提、管理和发布环境。Wandora支持OBO平文件v1.2格式，能够对OBO文件(包括GO)和topic map进行相互转换。Wandora对于非常适合于显示OBO以及结合OBO、RDF和Topic Map资源进行知识整合(knowledge mashups)。 ** WEGO:Web Gene Ontology Annotation Plot WEGO是一个简单但有用的工具，用于绘制GO注释结果图。与其它的商业软件的图表创建不同，WEGO设计成处理GO的有向非循环图(directed acyclic graph, DAG)结构以便于为GO注释结果创建直方图。WEGO已经在许多的生物学研究项目中得到应用，包括水稻基因组项目和蚕基因组项目。它已经成为一个下游基因注释分析的有用工具，特别适合于执行比较基因组任务。 ** Whatizit Whatizit是一个web程序，重点突出在文档中所有感兴趣的东西。它的一个模块标识所有的GO术语和来自于UniProt蛋白跟基因的名称，并分别链接到GO和UniProt上。 为了您的安全，请只打开来源可靠的网址 打开网站 取消 来自: http://hi.baidu.com/createmiracle/blog/item/6f03bc19e1dcba61dbb4bd57.html
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[转载]工具理性与创意学问
guoweihehe 2012-5-4 19:34
工具理性与创意学问 ( 链接 http://www.infzm.com/content/74858) 作者： 李弘祺 真正有创意的学问只要纸和笔就可以了，而且只要你肯花时间，便可以读得懂 1979 年，我有次在斯坦福大学休假，不意触及几何平均与算术平均的问题，虽然大概知道是怎么一回事，但不能确定自己的了解无误，就去问我的一位数学家朋友，萧荫堂教授，他简单地确认我的了解还算正确，但是告诉我说，如果想进一步知道有关数学统计的问题，可以看某本波兰人写的书。萧荫堂教授随即就把那本书丢给了我。 我读了一大半天，经过一个多礼拜，连第二页都无法翻过去。整本书密密麻麻都是公式，所以只好掷笔三叹，承认隔行如隔山，回去跟萧荫堂教授讲，实在没有办法看得懂。他听了大笑，告诉我说，如果先看过另外一本书，那就看得懂了。于是我就跑去图书馆借那本书来看。果不其然，这本书仍然是天书，我只能仰天长叹，觉得自己天分何以这么有限。过了几天，我又去找萧荫堂教授说，实在看不懂。他又笑笑说，如果您看了一本统计学概论，而在那之前学过微积分，那么就看得懂了。我说这岂不是要花个两三年功夫，我才能真正知道“数学平均”的奥秘。他说看得懂那本波兰人写的数学统计的书，就有博士班学生的程度了，所以是要一些时间，但也不至于要那么多的功夫，大约一年多就够了。 这件事已经过了三十多年，我也一直不曾有计划或系统地读有关数学统计的东西。但是按照萧荫堂教授的说法，要看得懂数学的书，只需用一支笔、一块橡皮擦和一些纸，花一些时间，这就够了，没什么大不了的事。我觉得他的意思是更不需要什么仪器或工具。对他来说，这才是数学家的真正境界，简直就好像哲学家或艺术家一样。有些数学家用计算器来推算圆周率的数值，虽然可以推到小数点后的几百万位数，但在他看来，这不过是拿计算器这个工具反反复复的“机械”工作，完全没能达到创意的境界，不算是真正值得学的数学。 说起铅笔，说起仪器，这些都是工具。对什么是“工具”，我是一再地反复思考。显然，在萧荫堂教授看来，越不用工具，创造性才越是彰显；用了很多工具的，往往都只是替人家作注解。像爱因斯坦的理论，人家必须用复杂的天文工具来证实，但他可是在邮局做事时，用包装纸写出来的。如果用库恩（ Thomas Kuhn ）的话来说，爱因斯坦是创造典范的人，其他很多物理学家做的不过只是继续发展这个典范，是做“常态科学”（ normal science ）的事。后者便常常借用许多不同的工具，而不像前者只靠一支简单的笔。 借用大量工具来做学问的人，工具一旦被控制、被剥夺，他就如同丧失了自己，变成了“我不在，故我不思”了。不思了，当然失去创造力。 马克思批判资本主义社会，就是说在资本主义社会，人们被迫和他的工具疏离，因为工具被资本家控制了。这就是有名的“疏离”的观念，是马克思年轻时就发展出来的，是非常深刻的分析。能控制工人维生的工具的，最主要是国家或是大资本家。 无怪乎梭罗（ Thoreau ）反抗麻州政府的税制时，跑到波士顿城郊的瓦尔登湖，逃避缴税。他亲手造铅笔谋生，同时写作著名的《湖滨散记》。他依赖铅笔维生，带有充分的象征意义，对一个作家来说，铅笔是不可剥夺的重要工具。 人被迫和他的工具疏离，这是资本家控制“无产阶级”的方法。因为阶级的剥削，遂种下共产革命的种子。人很怕失去工具，不愿随便让人家控制工具。而资本家要控制人，他就必须先垄断他的工具。 数学家瞧不起工具性的研究，这是很值得重视的现象，这个现象或许不能从马克思的角度来论述， 但是现代科学仰赖工具的情况日益严重，像原子加速器，或是纳米的实验室，这些都只能仰赖资本家或国家（或学阀）的力量才能建造，缺乏这样的“工具”，许多实验无法进行，对学术和社会的影响非常巨大。 许多学科必须通过仪器或机器的使用来进行，因此谁控制了“工具”，谁就控制了该学科的内容和发展，这是不争的事实。 我常常在想，仰赖仪器或工具的学科，真是与艺术、哲学或数学这些充满创意的学术有天壤之别。上面说，只要一个人循序自修，阅读教材，他不只可以完全了解哲学或艺术作品，而且甚至于可以达到数学研究生的程度。但是他如果想要了解高温物理，或是一般的工程知识，那么就必须有使用各种设施及仪器的机会，没有这样的机会，就无法真正了解教科书的内容。这就使得这些学科充满了工具性。这两样看来不同的学术，其差别竟然是在于工具的取得与否，好似没有本质上的差异。 科技知识与人文知识的差别大概在 17 世纪以后被凸显出来。因为笛卡儿的影响，我们往往以为科技知识一般人读不懂，而人文艺术的知识则是一般人所可以读得懂的。其实读得懂或读不懂主要在于工具的掌握，而不在于学问的本质。 资本家、大学或国家控制求知的工具，美其名为高等的知识，是一般人所读不懂的，甚至于说不经过他们指定的老师或专家来教便学不会。许多知识就这么被垄断了。具有创意的学科，反而常常被认为不是专业知识，人人都可以自由发挥，而只要花点时间都读得懂。 当然，知识的累积不能不循序渐进，仰赖工具的使用与发展。但另一方面，正如我的朋友所说的，真正有创意的学问只要纸和笔就可以了，而且只要你肯花时间，便可以读得懂。我做中国教育史，随手拈来便可以提到像“解额”、“南北榜”、“省试”或“蒙求”这些名词。它们看似高深莫测，但是只要花一些时间也就看得懂。然而，历史的知识毕竟还是必须通过掌握基本数据才能得到初步的认识。另一方面，只要借用工具书，却又很容易看得懂它们。工具的掌握的确很重要。但工具本身当然不算“学问”。 由此看来，定义学术的本质不应该以工具的使用为标准。 一门好的学问应该是如何能在不受工具的限制之下，仍然发展合乎理性的思维，以让那些具有追求之心灵（ inquisitive mind ）的读书人容易了解，并且读起来有趣，一辈子都受益，不断地想再读它，而且会因年齿长大而了解益为深刻，这才是最有创意的学术。 也许可以这么说，天下的学问都是相同的，但必须对现有的成果尊重，并努力探索如何可以突破。只依赖垄断工具，不加思考地认为使用越复杂的工具的学问，才是真正高深的学术，这是资本家或政治机器控制人的创意和独立思考的托词。 探索伟大的自然和其中的奥秘，人一定要仰赖工具，并不断改善它的使用，但是人的最大挑战就在于避免工具的被控制或垄断。 德国社会学家马克斯·韦伯在反省这些课题时，认为科技知识仰赖的不外是“工具理性”。虽然他说的和我这里讲的并不完全相同，但韦伯的用语却很有趣，非常生动地替科技知识作了贴切的描绘。 （作者为历史学教授）
个人分类: 科学凹下去|2073 次阅读|0 个评论
《在交大哪有学术委员会的权力，她只不过是王书记的工具！
热度 4 cyj 2012-5-3 13:12
《在交大哪有学术委员会的权力，她只不过是王书记的工具！》 卢天健（在录音带第 57 分钟的时候）说道： “专家感到无能为力。我建意学校呢，让纪委，财务，包括冯全科，或谁谁，那么您和成立一个调查组 ， 但是我又在想，成立这样一个调查组，能起多大的作用，学校，如果不理，你也没办法。如果理，你是也是完全有可能，能够得的到一个你们希望看到的结果。” 作为学校的科技副校长，他居然这样的无奈失落和没有信心，是因为他已经在处理教育部一等奖的过程中，尝到王书记独断专行的滋味。他说道：“ 当时我是评论学术委员会程序主任，虞烈老师是学术委员会关键人，由他来协调，主打协调我们学术委员会的其他人，当时是 21 人。 （录音带第 10 分钟 50 秒） ，最终还是形成了一个两三条意见，认为李连生在教育部这个奖申报的过程当中有一些，我们认为不太符合规范，或者说不检点。最终形成了这个决议，上报教育部，把当年这个奖给撤消了。” 卢天健当然清楚，王书记并没有采纳学术委员会的意见，所以，后来能够很容易的把教育部一等奖又从教育部要回来给了李连生。 不然，李连生怎么会又要申报国家科技进步奖？ 卢天健尽管说了 “我不给李连生盖章子，如果他以自然人去申报，那我管不着。最后学校还是没有让李连生申报成。 ”这样的话，然而，他是十分的无可奈何，卢天健当然明白，那个教育部奖早就到了李连生手中。 因此说，王建华虽然说的头头是道 “学校又不是一个人说了算，我们有一整套…… 。”其实，学校的学术委员会，只不过是王建华书记的一个挡箭牌，拿来做幌子而已，历史告诉我们 ; 在西安交通大学，就是王建华一个人说了算！！ 陈永江 2012年5月3日
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辩证
热度 1 metanb 2012-4-23 06:56
不论是儒家经典还是马列主义，一旦用作青少年的思想灌输工具，它们就具有了反动性。
个人分类: 魔鬼辞典|1946 次阅读|1 个评论
工具
热度 1 metanb 2012-4-19 12:49
物理和数学都可以看作哲学的工具，而后者为前者提供看法。
个人分类: 魔鬼辞典|2793 次阅读|2 个评论
明确科学博客大赛【参赛主题】
热度 3 outcrop 2012-4-19 09:11
昨晚仔细看了下科学博客大赛的细则，发现休博一周可能亏了；为了写好接下来的博文，做到以参赛促进知识的总结，决定明确一下自己参赛的主题。 想来想去，觉得可写的主题不少，不过还是决定选一个目前比较冷的主题；暂时确定为： 开放源代码工具在科研与生活中的应用 。 这是一个实用性比较强的主题，初步考虑下面的具体内容： 展现开源文化与理念 。一直觉得开源软件与工具很适合科研人员使用与研究，开放源代码使得软件用起来很自由，科研工作者也有可能有能力去使用、改良这些软件。相关专业的，在开源软件的基础上做进一步的研究，也是很多的。这部分打算聊聊开源的历史、文化、相关协议等内容。 展现开源工具在科研与生活中的应用 。对于计算机技术爱好者以外的老师和同学来说，接触开源软件的机会较少。所以这部分就打算介绍一些我安装使用过，并认为不错的科研、生活相关开源软件，对这些软件做一个简要的描述与链接。 因此这次我参赛的主题关键字是： 开源、科研、应用 。 欢迎更多没有报名的朋友参赛，请点击下面链接报名即可： http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spacedo=teamview=joinfromuid=1750mark=blog 邀请您参赛，我有积分，哈哈~~拜托点击报名参赛： 重在参与，友谊第一！ 接下来，规划下参赛博文的内容与结构。 =============================关于博主============================= 博主的主要兴趣是：知识管理；相关兴趣有：语义网、机电及DIY、哲学与心理、信息安全、科幻等。 我的常用博客在科学网 （访问可点链接，下同）； 新浪微博是@outcrop ，欢迎互粉；建了一个超级QQ群：17662971，希望能闲聊无白丁，欢迎加入；自己打理着一个 机电工程师 小网站，欢迎来玩。无宗教信仰，提倡动物保护。最近在科学网关注“ 科学网大学 ”，欢迎加入 科学网大学群组 讨论、尝试。
个人分类: 开放源代码工具|3307 次阅读|10 个评论
ncbi上的格式转换工具
liujd 2012-4-7 23:49
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/converters
个人分类: 生物信息|1678 次阅读|0 个评论
科研协作与协作工具
热度 3 zhaodl 2012-4-7 10:15
科研协作与协作工具
当今社会，是一个协作的时代，单打独斗很难参与竞争。科学研究也是如此，没有协作，很难承接大的项目，为此国家层面上开始推动“协同创新”计划。昨天，在没有被邀请的情况下，参加了青年教师协会组织的“学科交叉座谈会”。七位能源动力学科的青年教师，介绍了自己的研究方向，并提出了需要其他学科配合的技术需求，一定程度上实现了不同学科之间的交流。 据此，我也发现了一个问题：在基于本学科拓展的过程中，所涉及到的相关学科，实际校内就有人做的比较好，而自己都不知道。针对能动学科来讲，传热、流动和燃烧是基础学科，但是在解决社会问题时，往往需要数学、化学和物理学，以及材料、医学甚至是社会科学的支撑。隔行如隔山，实际上是各行业的研究者之间的不了解、少交往是其中的重要原因。 如何能够使不同学科之间的研究者能够做到相互之间的交流日常化？我在5年前的教代会提案中提过“借助网络，搭建校内学科交流平台”，就是试图实现学校内部不同学科之间的“日常”交流。尽管是获得了“优秀提案奖”，但是并没有见到实质的推动效果。 为此，我再次思考起“科研协作”的途径和工具问题。所以想起来，多年来与钱博士一起研发的科研协作系统。前几天，钱博士短信通知我基于网络的科研协作系统3.0已经上线，反映良好。 我注册了一个帐号，上去使用了一下。我感觉，也值得祝贺一下，基本实现了我的设想！首先，是基于研究团队的：文献收集和整理、文献阅读和笔记、文献分享和交流，包括一定程度的团队内的讨论和负责人（管理员）对成员的业绩考核。如果再扩大一下，也可以邀请一些团队外成员的参与，或者是将自己团队的研究动态和信息，开放给公共平台的相关学科人员了解。 这样，基于同一个协作平台的用户，就可以实现“小团队”的紧密联系与公共平台上用户的可控制的适当交流。还可以根据自己关注的学科或团队，订阅其动态信息。这样就在不费神的情况下，将学科间的交流日常化。另外，还有一个基本功能“论文写作助手”——管理参考文献并自动插入文献列表。
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[转载]改革的要义
热度 2 maomaoyu 2012-4-1 09:16
以下转载的是在素颜格格网站上的一篇文章，希望不会被删掉，呵呵。 http://wenyu.wen.blog.163.com/blog/#m=0 一系列的政治动荡，随着“亮相主义”的实施表面趋于平静，但暗流涌动却是不争的事实。这股暗流并不在于背后的大换血，并不在于背后的新权力分配，而在于13亿迷茫的眼睛。而我就是十三亿之一。 专制体制下，无休止的权力斗争所造成的恶果最终都要民众来买单。人民成了一个随意被塑造的工具，时而可以被塑造为“主人”，时而可以被塑造成“超粉”，时而可以被塑造成“暴民”。但他们的社会地位始终没有改变。毕竟社会前进的动力是人，就算愚民也有觉醒的那一天。让他们觉醒的倒未必是什么思想、什么主义，往往只是一碗饭的问题。社会在发展，人的要求也会越来越高。而许多问题不及时解决，到最后就会形成总爆发。中国改开30年的弊端到如今已经无法继续雪藏，已经无法用一个手指和九个手指来说明了，因为这一个手指已经粗如儿臂了。所以纵观国内外局势，说中国到了最危险的时候毫不过分。 在这种情况下，如何能带领国人走出逆境，是摆在最高政府面前的首要任务。而要做得好得有几个客观结果来证明。首先中国要稳定，不能乱，不能在搞什么“轰轰烈烈”“文攻武卫”了。从这点说，“亮相主义”也有他的“可取性”，起码告诉民众你们很“和谐”。中国不能翻船，因为无论什么样的动荡，最后倒霉的都是老百姓，正所谓“兴，百姓苦，亡，百姓苦。”所以，能用改革解决的问题就不要用革命。而改革这一词语，已经在三十年来被演变成鸡肋。每次“狼来了”带给“羊”的都是更加深重的灾难。所谓这么多年的体制改革，不过是利益集团的就地分赃。而对于“羊”来说，依然没能改变被吃的命运。所以，如果这一次不能让改革的口号脚踏实地的“着陆”，准确的降落到“羊圈”里，那么“羊跳圈”迟早的事情。 据说改革的时间表路线图已经画好，而且目前在温州已经开始动作。但在我看来这些远远不够。在我看来，中国一切改革的要义在于政改，因为中国的一切问题的根本就是权力私有化的问题，无论封建社会还是社会主义社会还是现在的特色社会，实际上他们统治本质都没变，那就是“依权治国”。真正能治理一个国家的还是他的人民，而唯一的治国方法那就是“黜权治国”。如果不解决这个问题，所有的改革最终还是会演变成“坐地分赃”。即便给百姓几根骨头，那也是为“分赃大局”抛出的诱饵，解决不了最根本的问题。我没奢望一觉醒来，人手一票，三权分立，这对改革者来说太难，做不到。但是你可以做到的是官员公布财产，可以把裸官清除出权力空间。我没要求你做到马上把借出去的钱要回来，但你可以做到严惩卖国贼，可以做到公布一些真相。我没要求你一夜之间言论ZI由、开放报禁，但起码你可以做到不打压民众言论。整天公布制裁了造谣网站不是好办法，因为谣言空间是你们给的，民众所以信谣，是因为没有别的参考。言论都不敢放开，你跟我大谈特谈人民群众监督权力？广东省12家大地产商都是高干子弟，上海市10家大地产商，有9家为高干子弟为老板；15家工程建筑承包商，除2家属于国企外，13家都是高干子弟。江苏省有22家大地产商、15家工程建筑承包商，清一色由干部子女操控。这些人的父亲包括现职副省长、省人大副主任、前省委副书记、前省法院院长等。你敢不敢跟人民解释一下？让民众监督一下？ 我并不奢望一夜之间都成为有钱人，都有车有房。那样你们做不到，但你可以做到让他们有基本的生活保障，你的保障房可以建设了，而不是停留在口号上，而不是三年才完成进度的30%。你可以控制物价上涨，你可以让职工工资像公务员工资一样的上涨速度。你可以把国家教育预算费用真正用到位。 改革需要民众的觉醒与支持这句话说的很对，但问题在于我认为当前情况下，民众已经算是觉醒了。他们知道谁给他们好处他们就拥护谁，这不是最大的觉醒吗？因而你如果能真心的给他们好处，他们会不支持吗？西南人不在乎三少是阴谋家还是野心家，更不在乎他是白色恐怖还是文革余孽，更不会在乎他的如何贪赃枉法，他们只在乎谁给了他们的好处。这一点不值得你们借鉴吗？不要奢望老百姓有多高的思想政治觉悟，你先满足他们的基础需求再说。这才是改革的真正的要义。 所以，现在谈拥护谁还太早，民众的觉醒在于不会再听谁空喊了。如果不能真正给老百姓带来切实利益，你就算喊破喉咙也不过是演戏而已。听其言、观其行，这才是正道。而如果还是一如既往的雷声大雨点小，或者挂羊头卖狗肉，那么就不会有人在相信了。老百姓可以让子弹飞一会儿，但绝不会等到它脱靶落地了还无动于衷。而对于任何一个当权者来说，无论从时间到空间，都不许再打“穷胡”了，这一盘很大的“麻将”已经打了几十年了。如果你们还不胡，那百姓可真的要迫不及待的“点炮”了。 承认你们有阻力，但我更相信，只要你真的代表人民的利益，真的敢于担负起历史重任，人民就一定会支持你们。有了民众的支持，还有什么可怕的呢？
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思考题（九）利用日晷能否测定地理纬度？
qianlivan 2012-3-31 14:08
使用日晷能否测量地理纬度？除了日晷，还需要什么工具？
个人分类: 知识|4030 次阅读|0 个评论
史上最全学术论文网站聚合工具，没有你查不到的资源
热度 3 ChinaAbel 2012-3-27 00:25
郑重声明：本博文收集的软件仅限学术研究使用，请勿商用，否则后果自负！ 方便大家可以搜索到来自谷歌学术、万方数据、ilib2、知网、MBA智库、scirus、microsoft academic、HighWire等国内外学术网站的资料，让资料 的寻找更简单、快捷。 http://www.soba8.com/paper.htm （注：切换国家后，用相应语言搜索效果更好）如果不能使用请认真看教程，下载所需的插件。 论文文献资料搜索助手.rar 豆丁、百度文库免费下载器 还是一款不错的软件，可以免费下载豆丁、百度文库里要钱要积分的文章，使用这个下载后文件会转为PDF格式的文件。 latest.rar 转自 http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=4245104 或者使用下述方法来破解百度文库的文章下载限制： 首先，我们按照平常的习惯，找到自己要的文章，但有时候不能复制，题目总是可以的吧。我们把题目记住之后， 在搜索引擎的框框里输入： site :wenku.baidu.com +题目 【site命令是指在制定的网站里搜索，加号也是要的，如果嫌输入加号麻烦，可以用空格代替。】 如搜索android+论文，输入：site:wenku.baidu.com android+论文 （中间有空格） 搜索引擎都有网页网页快照，如百度有百度快照，谷歌有网页快照，我们点击快照进入网址. 打开网页快照或百度快照之后，我们就可以看到以网页形式显示的百度文库正文内容了。 最后，我们只需要将内容复制下来就可以，粘贴到WORD等文本编辑器里，就可以保存下来了。 百度快照：任意搜一个东西，每一条信息最后会有一项是--百度快照，就是它。 就这几步，就轻松的破解百度文库下载，简单又实用。 无论磁盘、U盘文件删除多久，重新找回不是梦。推荐一款永久免费、免安装软件： DiskGenius DG371Free_x86.zip 王伟华：最全面的文献检索知识讲座
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