1001 句焦点问题大批判 第68-73问 高德明 2016.4 高效焦点解决教练 1001问,可以这样问吗?不可以这样问吗? 看完这段问句分析,作为焦点大咖,你知道你与其他人有什么不同吗? 68. How can we know when to stop meeting like this? 我们如何能够知道不用再进行这样的会谈了? 69. In what area would you like to see the most improvement? 你最希望在哪个领域看到进步? 70. Suppose I were to make a recording of the present and one of a time in the future when you have reached your goal. What difference would I see that would allow me to say, this is the recording of the present and that is the recording of the future? 假设有人对你的生活进行了追踪录像,在未来的某一刻,你实现了你的目标。你认为我如何能够分辨出现在和未来两份录像的不同? 71. Suppose I were a fly on the wall in your home when the miracle had happened and your goal had been reached. What would I see you doing differently then? What else would be different? 假设我是你家墙上的一个飞虫,当奇迹发生你的目标实现时,我会看到你在做什么不同的事情呢?还有什么不同? 72. And how would others react to that? 其他人会如何回应这些不同? 73. Suppose you did have a goal. What might it be? 如果你有一个目标的话,它会是什么? 评分:第 68 、 73 句 4 分 这两个问句有可能被回答为一个否定型的目标,比如 “ 我不想再看到你 ” 。 问话太开放了,有利有弊。 我们是如何打开谈话的空间,同时又保持焦点的方向性的呢 ? 焦点的方向性谈话与漫谈有什么不同? (不可以当专家的,所以不说了,自己好好思考一下,你做的最棒的一次。) 评分:第 69 句 4 分 如果当事人说了一大堆目标,不妨这样聚焦一下。不过,这个目标可能还不是谈话的目标,还是差了一层,还要继续追求谈话的目标和这个领域目标的连接是什么? 这里有个问题需要大家思考:假如一个目标需要你一个月来完成,你一个月后完成了目标 A 。那么,你现在谈话的目标 B 和你一个月之后的目标 A ,他们有什么关系?如果有不同,是什么样的不同? 评分:第 70 、 71 、 72 句 8 分 核心词:看 上面的问句。我对 70 和 71 、 72 最想多说一些,因为这个是焦点与其他流派的区别所在。这个涉及到焦点解决的哲学理念,虽然有些人用维特根斯坦的方法给予了分析。我这里计划从佛教的理论给予划分。我们都知道,焦点解决中有佛教的成分在里面,但对于具体内容是什么都不是很清楚。这里不妨假设这个问句中的基础是佛教的理论(五法三自性),那么对焦点解决的侧重点阐释就高大上了。 当一个人的回答,是包括了内在感受,或者,一个人的说话内容,是以内在的感受为主要内容,比如, “ 我三天之后,会感受到我非常高兴开心了。 ” 或 “ 我的情绪非常好,我可以给自己的开心打十分了。 ” 这时,我认为,对于一个 SFBC 来讲,关键时候到了,你要是处理不好,我认为你需要更多的课程练习。 关键点是,我们要把内在感受,引导为外在可以观察到的行为和现象。因此, 70 和 71 的引导都是在详细的让当事人继续描述,你 “ 看到 ” 什么,别人可以看到什么。更直接的问法是,如果一只虫子,它听不懂你说什么,也不知道你想什么,这个在现场的虫子可以看到什么? 为什么我们的语言描述中, “ 描述我们看到的,比描述我们感觉到的 ” 更重要?对焦点解决更重要?对带来真正的目标和改变更重要? 维特根斯坦的理论认为,你说痛,其实和没有说一样。因为那个痛是不存在的。这个从佛教的角度来理解就非常轻松,不需要读生涩的哲学了。 对事物的内在感觉,佛教认为是虚妄的,它距离实相隔离了三层梦境。就是说它对于外在境界改变的力量是小的。虚妄的名言、事物的相(描述)、事物的缘起。这是到达实相的三步。内在的感受是最外层,描述是第二层,事物的缘起是直接改变的无常变化层。这相对于焦点语言中的 “ 内在感受、愿景描述、一小步的行动或行为变化。 ” 中间环节是愿景描述,自然可以带来一小步的描述。所以 SFBC 的重点放在了愿景描述上。 因此,对于把当事人的目标定为一个内在感觉的变化的教练,本人坚决给予差评。 那么,一小步的行动要不要落实?我的答案是要落实。有些教练认为,可以不谈一小步,因为只要他知道变化后的差别,一小步就自然会出现 ? 请问,这是我们猜测的,还是理论推导的,还是经验中得来的 ? 我们怎么知道他们知道了一小步了? 最新的 SFBC 教练们认为已经不需要谈一小步了。我个人认为,这是 SBFC 和 SFBT 的不同,这两个领域的客户的能动性上,确实存在差异。 假如你知道了 “ 把内在感受一定要展示为发生的外在描述 ” ,那么会给你的教练或咨询带来什么不同? 学习、练习、实践、反思、督导,是一个SF取向工作者的快速成长之路。 敬请期待下期分享。
人类的后基因组时代已经来临 时间:2012-09-10 来源:Nature 在人类有史以来最伟大的认识自身的世纪工程人类基因组计划完成后,我们进入到了人类的后基因组时代。在绝大多数人类基因组序列已知的情况下,我们面临的新任务是如何将这些人 在人类有史以来最伟大的认识自身的世纪工程——人类基因组计划完成后,我们进入到了人类的后基因组时代。在绝大多数人类基因组序列已知的情况下,我们面临的新任务是如何将这些人类基因组序列转变为人类认识自身的知识,以及如何对这些序列加以利用,从中寻找出可控开发的宝藏,使之能够造福人类的健康。 试点项目改变了生物学家们对于基因组的看法。例如,研究人员发现即便只有小部分的DNA生成编码蛋白的信使RNA,大部分的基因组还是被转录成了非编码的RNA分子,其中一些现在已知是基因表达的重要调控因子。尽管许多的遗传学家认为功能性的元件是物种间最为保守的,他们事实上发现许多重要的调控序列却进化迅速。在国家人类基因组研究所(NHGRI)提出第二轮邀请,要求有意愿的参与者将他们的工作延展至整个全基因组后不久,该联盟在2007年发表了它的研究结果。而恰恰当新一代测序仪正进入腾飞时启动了这一“放大”阶段,使得数据采集更快更廉价。“我认为我们生成了我们原来计划生成的5倍的数据,却没有造成成本的任何变化,”华盛顿大学ENCODE组负责人John Stamatoyannopoulos说。 32个研究组,包括超过440位科学家,集中于24个标准类型的实验。他们分离并测序了从基因组转录的RNA,鉴别了大约120个转录因子的DNA结合位点。他们绘制了被甲基化学基团覆盖的基因组区域(这通常表明区域中的基因是沉默的)。他们检验了组蛋白的化学修饰模式(它帮助将DNA包装成染色体,并向基因表达增强或抑制的区域发送信号)。尽管在大多数人类细胞中基因组是相同的,然而利用的机制却是不同的。因此,研究小组在多种细胞类型(至少147种)中完成了这些实验,生成了1648个实验,ENCODE报告在本周的《Nature》杂志上。 例如Stamatoyannopoulos和他的合作者们采用一种称作DnaseI的酶在125种细胞类型中绘制了调控区域。该酶对于紧抱组蛋白的DNA作用极小,但它能剪切与诸如转录因子等其他调控蛋白质结合的DNA。测序剪切的DNA揭示了在不同的细胞类型中这些蛋白质的结合位点。研究小组总共发现了290万个这样的位点。大约有三分之一发现于一种细胞类型中,只有3700种存在于所有细胞类型中,表明基因组调控在细胞间存在较大的差异。 真正的趣事出现是在将各种数据集叠加到一起时。例如观测组蛋白修饰的实验揭示了对应DnaseI敏感位点边缘的模式。然后,研究人员添加了显示转录因子确切的结合位点和时间的数据。广阔的沙漠地区现在被几十万促成基因调控的特征所填充。并且每种细胞类型均采用这些特征不同的组合和排列生成了它独特的生物学。这种多样性有助于解释相对较少的蛋白质编码基因如何提供了人类生长和运转所需的生物负责性。ENCODE远远超过“各部分的总和,”麻省理工学院计算基因组学家Manolis Kellis说。 整个项目释放的数据正帮助研究人员们去了解疾病遗传学。2005年,一些全基因组关联研究(GWAS)生成了基因组上数千个似乎与疾病风险相关的单碱基差异或变异。但几乎90%的这些变异都在蛋白质编码基因之外,而研究人员对于它们有可能引起或影响疾病的机制所获得的线索却甚少。 ENCODE构建的图谱揭示许多这些疾病关联区域包括了增强子或其他的功能性序列。所有细胞类型都是重要的。Kellis的研究小组观察了一些与系统性红斑狼疮密切相关的变异,在这一疾病中免疫系统会攻击身体的自身组织。研究人员注意到在GWAS中鉴别的变异往往是在免疫细胞系中处于活性状态的基因组调控区域,但在其他类型的细胞中则不一定。Kellis的博士后Lucas Ward构建了一个称作HaploReg的门户网站,使研究人员能够通过系统的方式以ENCODE数据作对照筛查GWAS中鉴别的变异。“感谢ENCODE,我们现在能够解析更复杂的疾病,”Kellis说。 1.Use of the Mercury Drop Electrode Method for Direct Evaluation of Minute Amounts of Lead in Urine .Nature 189, 57-58 doi:10.1038/189057a0 2.Finishing the euchromatic sequence of the human genome free .Nature 431, 931-945 doi:10.1038/nature03001 3.Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project .Nature 447, 799-816 doi:10.1038/nature05874 4.The accessible chromatin landscape of the human genome .Nature 489, 75-82 doi:10.1038/nature11232 5.An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints .Nature 489, 83-90 doi:10.1038/nature11212 6.Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data.Nature 489, 91-100 doi:10.1038/nature11245 7.Landscape of transcription in human cells .Nature 489, 101-108 doi:10.1038/nature11233 8.The long-range interaction landscape of gene promoters .Nature 489, 109-113 doi:10.1038/nature11279 http://www.labmed.cn/a/webbase/guowaijianyan/2012/0910/25834.html 本帖最后由 盾壳霉 于 2012-9-6 10:48 编辑 封面故事: ENCODE项目的6篇论文 ENCODE (英文“DNA元素的百科全书”缩写)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能元素。在其启动9年后的今天,该项目发表了30篇论文,其中6篇发表在本期Nature上。下面将分别对这6篇论文做简要介绍。 ENCODE: 人类DNA用户指南 An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.pdf An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.pdf (2.25 MB, 下载次数: 621) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 “DNA元素的百科全书”(ENCODE)项目系统标绘出了转录、转录因子关联性、染色质结构和组蛋白修饰等区域。在这篇综述性文章中,项目组向读者介绍了该项目本身、所获得的数据及对它们所做的综合分析。现在,80%的人类基因组都至少被赋予了一个生物化学功能。除了扩大我们对关于基因表达在整个基因组范围内怎样被调控的认识外,新发现的功能性元素也应能帮助解读“全基因组关联研究”结果,因为它们很多都相应于与人类疾病相关的位点。 ENCODE: 可及染色质的分布图 The accessible chromatin landscape of the human genome.pdf The accessible chromatin landscape of the human genome.pdf (3.12 MB, 下载次数: 392) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 这篇论文首次提供了125种不同细胞和组织类型中的超灵敏人类DNaseI点(调控性DNA的标记)的全面分布图。通过将这一信息与其他由ENCODE项目所获得的数据集结合在一起,研究人员在染色质可及性、转录、DNA甲基化和调控因子占用模式之间发现了新的关系。演化保守性分析显示了超灵敏DNaseI点内最近发现的功能约束的特征,尽管他们在多能细胞和永生化细胞中所做的分析在染色质可及性、增殖潜力和人类差异模式之间识别出一个出乎意料的联系。 ENCODE: 转录因子的足迹 An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints.pdf An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints.pdf (3.24 MB, 下载次数: 170) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 DNaseI 足迹分析(footprinting)检测受DNaseI保护而不发生解理的DNA序列,因为它们是被调控因子结合的。通过研究41种不同细胞和组织类型中的这些足迹,本文作者描述了为DNA结合蛋白保持了识别序列的数百万短序列元素。这项工作将人类顺式调控因子的数量几乎增加了一倍,提供了关于演化保守性的染色质状态和水平的线索。他们还介绍了与发育、分化和多能性的主要调控因子极相似的大量新型调控因子识别主题。 ENCODE: 人类调控网络的架构 Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data.pdf Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data.pdf (1.73 MB, 下载次数: 117) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 这篇论文介绍了ENCODE项目组试图用一组119个转录因子来研究人类转录调控网络的原理的工作。所获得的结果与其他基因组信息相结合,形成一个多层“元网络”,其中的不同层有截然不同的性质。这些发现将有助于今后对人类基因组信息进行解读和帮助了解人类生物学及疾病的基本原理。 ENCODE: 转录的全景画 Landscape of transcription in human cells.pdf Landscape of transcription in human cells.pdf (3.45 MB, 下载次数: 207) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 这些作者介绍了ENCODE项目试图提供关于在特定亚细胞腔室中或整个细胞中发现的原始RNA和被处理的RNA的一个完整目录的工作。他们发现,人类基因组有四分之三可以被转录,可以提供关于已知的和以前未注解的RNA的表达、定位、处理命运和修饰的范围及水平的大量信息。将这些观察结果综合在一起,说明当前的基因概念应当予以重新认识。 ENCODE: 基因启动子的远距离相互作用 The long-range interaction landscape of gene promoters.pdf The long-range interaction landscape of gene promoters.pdf (902.91 KB, 下载次数: 446) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 在ENCODE项目组的这篇论文中,作者利用“染色体构形捕获碳拷贝”(简称5C,因为该术语的5个英文单词的首字母都是C)来分析1%的人类基因组中功能元素与远端目标基因之间的三维关系。他们描述了启动子与远端点(包括与增强子、启动子及与CTCF相结合的点,以及它们的基因组分布和复杂相互作用)之间无数的远距离相互作用。因为只有约7%的环形相互作用是与最近的基因发生的,所以基因组内距离的接近性并不是远距离相互作用的一个简单预测因子。 RING-型E3连接酶的晶体结构 Structure of a RING E3 ligase and ubiquitin-loaded E2 primed for catalysis.pdf Structure of a RING E3 ligase and ubiquitin-loaded E2 primed for catalysis.pdf (2.56 MB, 下载次数: 104) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 蛋白在转录后被泛素及其同系物修饰,对于很多生理过程很重要。泛素被一个“泛素结合酶(E2)”从一个硫酯复合物转移到目标蛋白上,这个步骤是被一个“泛素连接酶(E3)”催化的。在这项研究中,Ronald Hay及其同事介绍了“结合到加载了泛素的E2上的一个RING-型E3连接酶”的晶体结构。该结构显示了泛素与E2的结合何以导致催化点发生变化,使其为被E3酶的催化做好准备。这里所提出的机制很有可能在其他泛素结合酶中也是被保留下来的。 寻找附近宇宙中的锂-7同位素 Observation of interstellar lithium in the low-metallicity Small Magellanic Cloud.pdf Observation of interstellar lithium in the low-metallicity Small Magellanic Cloud.pdf (293.62 KB, 下载次数: 32) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 原始宇宙中锂-7同位素的预测丰度是“银晕”恒星大气中实测丰度的四倍,但难以对银河系中的这一同位素进行追踪,因为它大部分可能已经燃烧掉了。这篇论文报告了在银河系以外一个附近星系“小麦哲伦云”的低金属空气中对星际锂的探测结果。这一星系中今天的锂-7丰度与有关“大爆炸”核合成的标准理论的预测结果几乎相同,尽管这些数据也可与非标准模型调和。 “旅行者”-1号在日鞘中的转动 No meridional plasma flow in the heliosheath transition region.pdf No meridional plasma flow in the heliosheath transition region.pdf (435.78 KB, 下载次数: 19) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 “旅行者”-1号和2-号宇宙飞船目前正深深处在日鞘中,这是“太阳圈”(亦称“太阳风层”)的最远层,那里的太阳风(从太阳喷射出的带电粒子流)仍然很明显,但已被星际气体的压力大大减速了。两艘飞船目前还都在发回数据,这篇论文报告了最近的探测结果。在保持稳定运行轨迹25年之后,“旅行者”-1号被周期性地转动了70o,以使其带电粒子探测器能够验证来自磁流体动力学模型的如下预测:日鞘中最初的“径向流”已经被向极向偏转,成为子午线流。目前已经完成了五次这样的转动,最后一次是在今年1月30日,实验的结果是令人吃惊的:子午线流的速度很低,几乎为零,说明“旅行者”-1号还没有接近“太阳驻点”(太阳风层顶),即太阳风的速度慢到完全停止下来的理论点。 延展性极强的水凝胶 Highly stretchable and tough hydrogels.pdf Highly stretchable and tough hydrogels.pdf (850.45 KB, 下载次数: 18) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 水凝胶用在组织工程中的支架物及用在药物输送中。它们比较差的机械性能迄今限制了其应用范围,但本期Nature上报告的一种坚固且延展性好的新型材料则有可能将水凝胶带进未知领域。该新体系是一种“双网络”胶体,其中一个网络形成离子交联,另一个网络形成共价交联。这些材料的断裂能非常高:即使在含有通常会促使水凝胶中断裂形成的缺陷时,它们也能延展到超过自身长度的17倍。这些材料之所以如此结实,要归功于共价网络的断裂桥接作用以及与之相伴的、通过第二个网络中离子交联的断开所发生的能量耗散。 碳从北极冰层的逸出 Activation of old carbon by erosion of coastal and subsea permafrost in Arctic Siberia.pdf Activation of old carbon by erosion of coastal and subsea permafrost in Arctic Siberia.pdf (1.24 MB, 下载次数: 26) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 北极永久冻土的融化可能会将大量碳释放到大气中,而且由于北极最近的变暖要比以前的预测高几度,所以确定永久冻土对于未来变暖的脆弱性很重要。在这项研究中,Örjan Gustafsson及其同事发现,来自出露的“古代冰复合物”(Ancient Ice Complex)沉积物及与之相关联的浅层海底永久冻土的碳的大量释放,支配着“东西伯利亚北极冰架”的沉积物碳预算。这项研究还表明,相当大数量的古老碳被从冰复合物永久冻土中激发出来,这种古老碳的大约三分之二以二氧化碳形式逃逸到了大气中,其余的被重新埋在了冰架沉积物中。 南极半岛变暖的一个长期记录 Recent Antarctic Peninsula warming relative to Holocene climate and ice-shelf history.pdf Recent Antarctic Peninsula warming relative to Holocene climate and ice-shelf history.pdf (1.04 MB, 下载次数: 13) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 过去20年南极半岛冰架的大量消融已成为气候变化的象征。尽管如此,此前对该地区过去气候的定量重建也只追溯到几个世纪前。这篇论文发表了关于南极半岛最北端“詹姆斯·罗斯岛”上全新世气温变化的一个基于重氢的长期记录。在全新世早期的温暖高峰之后,气温在距今大约2500年前一直是稳定的,之后便发生了骤然变冷。变暖开始于距今约600年前,在上个世纪变暖速度增加很快,但并未达到前所未有的程度。这一气候记录将最近的变暖放在了一个长期自然变化的背景中,说明未来变暖可能会使沿该半岛向南的冰架变得不稳定。 果蝇的“试错法”学习 Dopamine neurons modulate pheromone responses in Drosophila courtship learning.pdf Dopamine neurons modulate pheromone responses in Drosophila courtship learning.pdf (713.75 KB, 下载次数: 32) Nature 489 (7414) 发表日期:2012年9月6日 果蝇的求偶行为已成为确定复杂先天行为背后神经回路及分子机制的一个主要模型。年轻的雄性果蝇开始时会追逐附近的任何雌性,但很快便学会避开那些身上有雄性激素 “cis-vaccenyl acetate (cVA)”的雌性,因为这种气味表示这些雌性已不再是“处女”了。这项研究表明,这种学习并不是通过cVA与拒绝之间的主观联系而发生的经典巴甫洛夫条件反射,而是出于雄性果蝇对cVA的先天敏感性的增加,是由多巴胺能神经元的一个小回路控制的。这些结果为研究“感觉统合”和“精细决策”中所涉及的更复杂的学习规则铺平了道路。 ============= ENCODE:聚焦人基因组功能研究 时间:2012-09-10 10:52来源:生物谷 DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能性序列元件。它于2003年9月正式启动。来自英国、美国、西班牙、新加坡和日本的32个实验室中 DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能性序列元件。它于2003年9月正式启动。来自英国、美国、西班牙、新加坡和日本的32个实验室中442名科学家参与这个项目。9年后的今天,他们在 Nature (6篇)、 Genome Research (18篇)和 Genome Biology (6篇)期刊上发表了30篇论文。 1. 转录因子的足迹分析 对41种不同的细胞和组织类型进行基因组DNase I足迹分析(genomic DNase I footprinting),研究人员在DNA调节区内鉴定出4500万个转录因子结合事件,从而代表着这些转录因子与840万个不同的短DNA序列元件存在差异性地结合。他们还发现影响等位基因染色质状态的基因变异体集中分布在这些足迹之中,并且这些序列元件优先得到DNA甲基化的保护。他们鉴定出一个固定不变的50个碱基对长的足迹,并且这种足迹精确地确定着上千个人启动子内的转录起始位点。最后,他们描述了一个新的调节因子识别基序集合,其中这些基序在序列和功能上是高度保守的。参见原文( 10.1038/nature11212 ) 2. 人基因组DNA元件集成百科全书 ENCODE项目系统性地描绘出人基因组上的转录区域、转录因子结合、染色质结构和组蛋白修饰。根据这些数据,研究人员将生化功能分配到80%的人基因组,特别是在已得到很好研究的蛋白编码序列之外的区域。参见原文( 10.1038/nature11247 ) 3. 人细胞转录全景图 RNA是基因组编码的遗传信息的直接输出。细胞的大部分调节功能都集中在RNA的合成、加工和运输、修饰和翻译之中。研究人员证实,75%的人基因组能够发生转录,并且观察到几乎所有当前已标注的RNA和上千个之前未标注的RNA的表达范围与水平、定位、加工命运、调节区和修饰。总之,这些观察结果表明人们需要重新定义基因的概念。参见原文( 10.1038/nature11233 ) 4. 人基因组中可访问的染色质全景图 DNase I超敏感位点(DNase I hypersensitive sites, DHSs)是调节性DNA序列的标记物。研究人员通过对125个不同的细胞和组织类型进行全基因组谱分析而鉴定出大约290万个人DHSs,并且首次大范围地绘制出人DHSs图谱。参见原文( 10.1038/nature11232 ) 5. 人基因组调控网络结构 为了确定人转录调节网络的作用原理,研究人员在450多项基因组实验中研究了119个转录相关因子的结合信息。他们发现转录因子的组合性结合是高度环境特异性的:转录因子的不同组合结合在特异性的基因组位置上。他们对所有的转录因子进行组装而产生一个层次结构,并且将它与其他基因组信息整合在一起而形成一个严密而又庞大的调节性网络。参见原文( 10.1038/nature11245 ) 6. 基因启动子的远距离相互作用全景图 在ENCODE项目中,研究人员选择1%的基因组作为项目试点区域,并且利用染色体构象捕获碳拷贝(chromosome conformation capture carbon copy, 简称为5C)技术来综合性地分析了这个区域中转录起始位点和远端序列元件之间的相互作用。他们获得GM12878、K562和HeLa-S3细胞的5C图谱。在每个细胞系,他们发现启动子和远端序列元件之间存在1000多个远距离相互作用。参见原文( 10.1038/nature11279 ) 7. 果蝇和人的转录因子结合位点变异分析 研究人员将ENCODE项目产生的转录因子结合图谱、他们之前发布的数据以及其他的人和果蝇等基因系中基因组变异数据来源结合在一起,来研究转录因子结合位点(transcription factor binding sites, TFBSs)的变异性。他们引入一种TFBS变异性的衡量标准和依据不断出现的每个人的转录因子结合数据来证实TFBS突变,尤其是在进化保守性位点上发生的那些突变,能够被有效地缓解从而确保转录因子结合水平保持一致性。参见原文( 10.1186/gb-2012-13-9-r49 (责任编辑:风清扬) 8. 转录因子TCF7L2通过GATA3结合到基因组上 TCF7L2转录因子与很多人类疾病相关联,如II型 糖尿病 和癌症。研究人员利用高通量测序技术ChIP-seq在6个人细胞系中对TCF7L2进行分析。他们鉴定出11.6万个非冗余性TCF7L2结合位点,但是只有1864 个位点在这6个细胞系中是相同的。他们还证实被H3K4me1和H3K27Ac标记的很多基因组区域也被TCF7L2结合。对细胞类型特异性的TCF7L2结合位点进行 生物信息学 分析揭示富集多种转录因子,包括在HepG2细胞中富集HNF4alpha和FOXA2基序,而在MCF7细胞中富集GATA3基序。转录组测序(RNA-seq)分析提示着TCF7L2通过GATA3结合到基因组上从而抑制转录。参见原文( 10.1186/gb-2012-13-9-r52 ) 9. 构建定量模型研究染色质特征和基因表达水平之间关系 通过构建出一个新的研究染色质特征和基因表达水平之间关系的定量模型,研究人员不仅证实之前在多个细胞系的研究中发现的一般性关系,而且还对它们之间的关系提出一些新的建议。参见原文( 10.1186/gb-2012-13-9-r53 ) 10. GENCODE假基因资源 作为GENCODE标注人基因组的一部分,研究人员基于大规模的人工标注和计算机运算来第一次针对蛋白编码的基因进行全基因组假基因分配。他们将假基因标注和广泛性的ENCODE功能性基因组学信息整合在一起。特别的是,他们确定了每个假基因的表达水平、转录因子与RNA聚合酶II结合以及与之相关联的染色质标记。参见原文( 10.1186/gb-2012-13-9-r51 ) 11. 对人启动子的转录因子结合位点进行功能性分析 为了大规模地描述转录因子结合位点功能,研究人员预测了人启动子中的455个结合位点,并对它们进行突变。在四个不同的永生化人细胞系中,他们利用瞬时转染和荧光素酶报告检测在这些位点上对主要的转录因子CTCF, GABP, GATA2, E2F, STAT和YY1进行功能性的测试。在每个细胞系中,36%到49%的结合位点提高启动子活性,并且在这些细胞系中的任何一个当中,观察到这种提高启动子活性的功能的整体发生率为70%。参见原文( 10.1186/gb-2012-13-9-r50 ) 12. 基于转录相关因子的结合位点对人基因组区域进行分类 研究人员通过机器学习方法构建出统计学模型来捕获三种匹配类型的区域的基因组特征:活性结合或不活性结合的区域;极端高程度共同结合区域(high degree of co-binding, HOT)和极端低程度共同结合区域(low degree of co-binding, LOT);位于基因近端或远端的调节性组件。总之,这种区域在染色体位置、染色质特征、结合到它们之上的转录因子和细胞类型特异性上存在复杂的差异。参见原文( 10.1186/gb-2012-13-9-r48 ) 13. 利用RegulomeDB标注个人基因组中的功能性变异 研究人员开发出一种新的方法和数据库,即调节物组数据库(RegulomeDB),从而能够指导人们理解人基因组中调节性序列上发生的变异。调节物组数据库包括来自ENCODE和其他来源的高通量的实验数据,以及利用计算预测和人工标注来鉴定出潜在的调节性序列变异体。参见原文( 10.1101/gr.137323.112 ) 14. 制定ChIP-seq工作标准和指导准则 根据研究人员进行ChIP-seq实验的经历,ENCODE和modENCODE(model organism ENCODE, 模式生物ENCODE)为经常更新的ChIP-seq实验制定出一套工作标准和指导准则。参见原文( 10.1101/gr.136184.111 ) 15. 利用RT-PCR-seq和RNA-seq统计所有人基因组编码的基因元件 在ENCODE项目中,GENCODE旨在通过人工管理和计算方法来准确地标注人基因组中所有编码蛋白的基因、假基因和非编码性的转录座位。利用一种被称作RT-PCR-seq(即先进行RT-PCR扩增,然后进行高通量多重测序)的方法可以来预测外显子连接(exon–exon junction)。研究人员验证了73%的预测结果,从而证实了1168个新的基因,其中大多数是非编码性的。参见原文( 10.1101/gr.134478.111) (生物谷Bioon.com) http://www.labmed.cn/a/webbase/guowaijianyan/2012/0910/25852.html
从文献分析角度聚焦国际转化医学研究发展及现状 王敏 刘妮波 张燕舞 张玢 李阳 许培扬 中国医学科学院医学信息研究所,北京 100020 本文采用文献计量分析、共词分析、引文分析等方法,对 1900 年至今 Web of Science 收录的国际上发表的 5417 篇转化医学方面的文献进行分析,并采用信息分析可视化方法揭示其发展历程、学科研究热点及其学科结构,以期从文献分析角度把握国际转化医学发展历程、研究模式及其主要研究内容,为国内开展转化医学研究提供借鉴。 转化医学;文献计量;信息分析可视化;生物标志物;干细胞 Focusing on the Development and Current Status of International Translational Medicine by Bibliometric Analysis Wang Min; Liu Nibo; Zhang Yanwu; Zhang Bin; Li Yang; Xupeiyang Institute of Medical information, Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100020 This study conducts a bibliometric analysis of the field by collecting 5417 papers from Web of Science (WOS) for the period of 1900-2011.Based on bibliometric method, co-occurrence method, citation analysis and some method on information visualization, the paper presents the overview of the development process, research model, subject constructure and some main contents on translational medicine abroad, which may give a reference to translational medicine research in China. Translational medicine; Bibliometric analysis ; Information visualization; Biomarker; Stem Cell 本文系中国医学科学院医学信息研究所中央级公益性科研院所基本科研业务费专项“信息可视化在转化医学文献分析中的应用研究”(项目编号: 09R0217 )研究成果之一。 全文: 从文献分析角度聚焦国际转化医学发展及研究现状0614WM.doc
结石治疗中的空化效应 张宇宁 英国华威大学 英文版 体外激波碎石法是一种非侵入式的结石治疗方法。该方法采用体外产生的聚焦激波将结石击碎为粉末。这种技术于1980年由德国的公司发明,并在1983年实现商业化,随后成为治疗结石的一项常规技术。激波碎石的机理包含很多物理效应,包括应力破坏,空化效应和疲劳等。本文主要就其中的空化效应做简要介绍。激波碎石法的缺点和其他相关技术也将在文中介绍。 很多的研究都证实了激波碎石中空化效应的存在。一般来讲,空化能够促进结石分解为更小的碎块。在激波的作用下,生物体中将产生微米尺度的空泡并被激波的压力波部分强力压缩。然后微空泡急剧膨胀并产生球形的激波。这些激波对周围的空泡和附近的结石将产生重要影响。最后,结石表面附近的空泡发生溃灭并产生高速的微射流作用在结石表面,促进其分解为小碎块。 从左到右:典型的碎石激波的波形;结石治疗前;结石治疗后。图片来自 Crum et al. (2008, Fig.1). 高速摄影拍摄到的空化云溃灭过程。图片来自Pishchalnikov (2003, Fig.3) 需要指出的是,如果激波传送的频率过高,前面的激波产生的空泡来不及溶解掉。由于空化云具有显著的耗散效应,会将激波的能量耗散掉。因此在结石附近,激波的能量无法到达,从而影响治疗的效果。 不同激波传送频率对结石粉碎的影响。图片来自Crum et al. (2008, Fig.2c). 激波碎石法有如下缺点: 激波碎石法有副作用,能够引起出血,高血压,血栓等,而且有可能对肾造成长久的损伤。 治疗期间,如果结石的位置靠近骨骼等,由于激波引起的轻微的共振,病人会感觉不适及疼痛。 自从第一个商业化的碎石机投入市场以来,该技术在30年间并没有什么重大的改进。 对于比较大的结石,通过激波碎石产生的碎片依然很大,无法自然排出体外。 激波碎石法对于治疗肾结石效果较好,对于其他结石(如胆结石)的治疗的效果不显著。 现在,激波碎石法在欧美等国家的应用正逐渐萎缩。取而代之的有很多新技术,比如肾盂镜激光碎石术。该技术是一种微创技术,将一根很细的柔性的微镜通过尿道,膀胱等插入到肾中。肾内部的影像可以实时的输出到显示屏上。锁定结石位置后,发射激光,用其产生的高能量迅速将结石粉碎,并可将碎片收集起来。该技术可用于直径高达20毫米的肾结石。 肾盂镜激光碎石术 Source 其他正在研发的碎石技术还包括采用聚焦的超声波产生的空化效应碎石(详见我的 博文 )。该技术主要应用空化云在声场下强大的破坏力将结石粉碎成细小的粉末,然后让其自然排出体外。 主要参考文献 Crum et al. (2008). Cavitation and Therapeutic Ultrasound, Proceedings of WIMRC Cavitation Forum 2008, University of Warwick, UK, pp.10-14. Leighton, T.G. andCleveland, R.O. (2009).Lithotripsy,Proc. IMechE Part H: J. Engineering in Medicine,vol. 224,317-342. Matsumoto, Y. (2006). Therapeutic application of acoustic cavitation, Proceedings of WIMRC Cavitation Forum 2006, University of Warwick, UK, Chap.3, pp.27-35. Pishchalnikov (2003).Cavitation Bubble Cluster Activity in the Breakage of KidneyStones by Lithotripter Shock Waves,J Endourol.September, 17(7): 435–446. 延伸阅读 《趣说空泡》系列博文目录