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[转载]Quake -- 检测和修正测序reads中的错误: chinapubmed 2019-6-5 17:29; Quake使用最大似然方法结合质量值和核苷酸特异性错误识别率，检测和修正测序reads中的错误。使用Quake后，在从头装配和SNP检测中获得了大量改进。Quake能够用于任何大小的项目，包括超过10亿条人类reads。修正搜索每个（质量差的）节点，可以有3种修正状态（即共四种状态）。例如：T修正成A,C,G，三种状态。节点代表可能修正的reads，分枝代表修正。为每个节点分配一个likelihood。算法以likelihood降序访问每个节点，直到发现一条有效read或过阈值。下载： http://www.cbcb.umd.edu/software/quake 时间：20101129 参考： Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors; 个人分类: 软件|1667 次阅读|0 个评论

简化的说时间误差（改）: jiazhang55 2016-11-6 19:12; 简化的说，单位1是整数，那么单位圆周长同样为整数，那么就应该为2 3（），但这里实际并不是3，而是3.1415926......，为了更精确，就用（ /3）=单位1，这样的单位1，就更准确的接近实际了。; 个人分类: 交流感受|306 次阅读|0 个评论

科学思想3-盲人摸象: 热度 23 tianrong1945 2015-7-23 08:42; 科学思想 3-盲人摸象大家都听过盲人摸象的故事。据说来自佛经，说的是几位盲人被国王召去触摸一头大象，以判断大象长什么样。大象太大，每个盲人只能触摸到一个小部分。每个盲人摸到不同的部位，因而，众说纷纭。一人摸到了象腿，他说：“原来大象长得像一棵树”。另一位说：“原来大象是一根绳子”，因为他摸到的是象尾巴。摸到象鼻子的人说：“大象是一条水管”。还有其它的种种说法，说大象是一把扇子、一堵墙、一个洞…… 一般人们用这个故事来比喻和嘲笑看问题狭隘片面之人。但对我们科研工作者来说，不得不颇感遗憾地承认，科研的方法就是瞎子摸象。人们嘲笑摸象的瞎子，是因为国王和大多数的人有眼睛，不是瞎子，能够看到大象长什么模样。将此用来比喻科学研究时，就不一样了。我们大家，包括整个人类，都是“瞎子”，谁也没见过我们研究的“大象”是什么模样。这也就是为什么没有人嘲笑科学家，反而尊敬科学家的原因。大象，是故事中盲人们“触摸”的对象，就像科学家们企图研究探索的自然规律。盲人靠触摸，科学家靠实验。盲人触摸后得到对大象的结论，科学家们从实验总结出数学模型，得到科学理论。盲人只靠触觉，用手摸，科学家们除了使用自己的感官包括眼睛之外，还有各种各样的实验仪器和技术手段。盲人摸象和科学研究，两者大不相同，但是，思考一下在这个经典故事中，盲人易犯的一些错误，却能给我们的科研方法带来很多启迪。首先，每个盲人根据自己摸到的大象的局部而得出的印象，不能代表整个大象。显然，大象不是树，不是绳子，也不是水管、扇子，等等。顶多只能算是这一切近似描述的综合。物理学各个阶段得到的理论，比如牛顿经典力学，麦克斯韦电磁论，两个相对论，以致标准模型，都是物理学中的局部理论模型。其中任何一个都不能代表全部物理理论，更代表不了其他的学科。虽然标准模型已经统一了现有的所有物质以及三种基本作用，它仍然是一个局部理论模型，它不能用来解决宇宙中的星体运动，更不能用来说明细胞分裂、生命形成、以及复杂的人性。盲人对大象所下的结论，相当于科学家们解释实验现象所使用的数学模型。模型不应该是唯一的，摸到大象耳朵的盲人，有可能认为这东西有点像一片树叶，但另外一位盲人却可能认为这东西像一把扇子，还可能有人感觉它像是一床折叠起来的被子。也就是说，可以有不同的理论，来解释同样的实验事实。哪种理论更为正确？需要更多实验事实的检验。就是说，让瞎子们再多摸几遍，让不同的瞎子摸大象的同一个部位（比如耳朵）。多次反复实验的结果，大家也许觉得“树叶”理论更符合实验结果，便承认了“树叶”模型。物理学家对“光”的认识便经过了这样一个反反复复的漫长过程，从波动说，到粒子说，再到波动说，又到光量子，再到波粒二象性等，光有过很多种理论模型。并且，人类至今也很难说完全认识清楚了光的本质。此外，实验结果也有可能随时间而变化，某一个瞎子，专摸象的肚子，大象有时候是站着的，他摸到的肚子像是天花板或是墙。但有时候大象扑倒在地上，肚子摸起来像一座小山坡。因此，他对大象的肚子得到两种模型，有时需要用“墙壁”模型来解释，有时需要用“山坡”模型来解释。综合以上种种因素，科学理论需要不停地被修改，或者也可以说是修正错误，以符合更多的实验结果。物理理论正是这样逐次被修改，才得以完善。比如，以人类对太阳系的认识过程为例，可以说明理论如何随着观测资料的积累而不断地改正“错误”。地心说时代，人类曾经自以为是地认为自己所在的地球是宇宙的中心。古希腊时代的人就注意到，天上有七个会移动的光点，除了太阳和月亮之外的五个光点，分别被取名为“金、木、水、火、土”。后来，错误的地心说被日心说代替，人们又以为所有星球都绕着太阳转，这其中也包括了月亮。这些星球自已都不发光，而是反射太阳之光，因而被称为太阳系的“行星”。再后来，人类才认识到将月亮当作太阳的行星是一个“错误”，它应该看成是绕着地球转的地球卫星更为合理。紧接着，天文学家们又借助分辨率更高的望远镜，在 1781年和1846年，分别发现了天王星和海王星。 1930年之前，科学学家们发现海王星的运动轨道有一些异常的特性，后来汤博（Clyde Tombaugh）发现了冥王星，认为冥王星的存在可以解释海王星的轨道问题。于是从此后，冥王星成为太阳系的第九大行星。但后来发现这又是一个错误的概念。根据1931年的天文观测资料，估计冥王星的质量与地球质量差不多。但是后来，随着观测方法的改进，估算的冥王星质量逐年减小，到2006年时，天文学家们发现，冥王星的质量只有地球质量的0.00128倍，只有月亮质量的七分之一。并且，在太阳系还发现了许多小行星群，其中有一些小行星比冥王星还大，如果将这些都算成行星的话，在小学教科书上的太阳系行星数目，将会超过13万个。因而，天文学家们于2006年，严格制定了作为太阳系行星的标准，纠正原来的错误，将冥王星从太阳系的行星中“开除”出去。物理学中对真空的认识过程，也是一步一步纠正错误而修正的。从牛顿的绝对真空到现代充满各种“场”的量子场论真空，谁对谁错？并不是简单一句话能说清楚的。它们只是在不同历史阶段不同的理论模型，看哪一个模型能够更自洽、更符合逻辑，解释更多的实验结果。理论有缺陷是正常的，并不是一个值得大惊小怪之事。狄拉克当初提出的狄拉克海，认为真空中充满了负能量的电子。这一个理论预言了正电子的存在，并且之后被实验所证实。但是，就现代物理学的观点看来，它却很难被视为一个“正确”的理论。量子场论的真空概念也有其缺陷，但与狄拉克海比较起来，笔者认为显得要更“正确”一些。个别盲人根据他自己的“摸索”得到有关大象的结论，并不是大象本身。物理理论中的种种数学模型，与物理现实也是有区别的。模型可以有多种多样，现实实在却只有一个。物理学上将“大多数人”公认了的、被“多次”实验证实了的数学模型，叫做有效物理理论。这也没什么错，真理和模型之间总是需要一个人为界定的标准。有效物理理论并不能说就是唯一的、绝对的真理，只能说推翻它们的可能性微乎其微而已。理论物理发展过程中，也不乏此种实例。我们生活在三维空间中，或者是“四维时空”中，根据现代粒子物理学家建立的超弦理论，我们的空间是 10 维的， M 理论认为空间是 11 维的。这儿，对真实物理空间的“维数”，与数学模型的“维数”之区别，是否有所混淆？我们生活在三维的物理空间中。三维的意思表示需要 3 个数值来决定在空间中一点的位置。而在数学上，空间的维数 n 没有限制，可以是任何的正整数。狭义相对论将时间作为另外的一维，和三个空间维组合在一起，构成四维时空模型。这只是体现物理理论 “美” 之需要，是一种数学模型，并非描述物理实在的唯一的道路和方法。也就是说，如果仍然将空间和时间分开看，但只要不忽视它们之间的内在联系，即洛仑兹变换，也一样可以建立“相对论”，得到同样的结果，但那时候的理论，描述和计算均会很复杂，公式写起来也显得不对称、不漂亮了。换言之，虽然闵可夫斯基将时间与空间统一在一起，爱因斯坦又用对“同时性”的辩解，证明了时空之间的内在联系。但这一切并不能改变时间的本质，时间仍然是时间，空间仍然是空间，它们是不同的物理对象，具有不同的物理本质。因为它们互相关联，所以将它们统一在一个数学空间中，目的是为了更方便简洁地表现它们之间的内在联系。这也就是 “统一” 理论的意义所在。人们追求统一之美，并不只是为了满足数学家和理论物理学家的“美感”，也不仅仅是为了使得计算更简单，还为了更深入地理解理论的内在本质，更容易发现新的自然规律，发展再下一层次的理论。一个简洁而统一的数学框架，更有利于发展新理论，预测新现象。广义相对论之后的卡鲁扎 - 克莱因模型，在四维时空的基础上增加了一个空间维，用五维空间的数学模型，成功地将电磁场与时空统一在一起。为什么一定要将电磁作用和描述引力的时间空间统一在一起呢？引力场方程和麦克斯韦方程不是分别工作得好好的吗？其原因之一也是企图用统一的数学空间来简洁地表现物理定律，以便有可能发现新的、更深一层的物理本质。电磁现象，以及强弱相互作用，都是发生在时空中的事件，它们必定与时空有着内在的、紧密的、深刻的联系。用增加维数的方法，将它们统一在一个数学“大空间”中，应该是正确的方向。但是，这是描述物理现象的数学模型之空间维数的增加，是否有必要一定要将这些额外维度解释成我们的真实物理空间的维度？是一个有待商榷的问题。; 个人分类: 科学思想|17470 次阅读|25 个评论

对“判断素数简便方法”的补充、修正: 可变系时空多线矢主人 2015-2-10 22:00; 对“判断素数简便方法”的补充、修正本人博文： http://blog.sciencenet.cn/blog-226-865853.html 给出了由整数的末位数，能被整除的条件，判断其不是素数，并给出：除了 2 和 5 ，这两个素数，而外，所有的素数，必是末位数为： 1 、 3 、 7 、 9 ，且以上各种做法，都不成立，的整数。必须作如下的补充、修正。 1 ．对于个位数素数必能整除就不是素数的条件应补充为：所有的偶数都可被 2 整除，就不是素数，因此，末位数为： 2 、 4 、 6 、 8 、 0 ，的任何整数，就都不是素数。 5 与任何数相乘，其末位数必为： 5 或 0 ，因此，末位数为： 5 和 0 的任何整数，就都不是素数。对于末位数为： 1 、 3 、 7 、 9 的任何整数，则： 3 与任何数相乘，其各位数之和，都必可被 3 整除，就不是素数，因此，各位数之和可被 3 整除的整数，就都不是素数。若不能被 3 整除：且其各位数都是 7 ，可被 7 整除，就不是素数。且其末位数为 3 ，则，去掉其末位数后，减 6 ，如前，判断其是否能被 7 或 9 整除；若能，该整数就能被 7 或 9 整除，若不能，其末位数，又为 3 ，则重复如上做法；直到最后只剩下 2 位数，若 =63 ，则该整数就能被 7 或 9 整除，就不是素数。且其末位数为 9 ，则，去掉其末位数后，减 4 ，如前，判断其是否能被 7 整除；若能，该整数就能被 7 整除，若不能，其末位数，又为 9 ，则重复如上做法；直到最后只剩下 2 位数，若 =49 ，则该整数就能被 7 整除，就不是素数。若以上各种情况，都不成立，且其末位数为 1 ，则 , 去掉其末位数后，减 2 ，判断其是否能被 7 整除；若能，该整数就能被 7 整除，若不能，其末位数，又为 1 ，则重复如上做法；直到最后只剩下 2 位数，若 =21 ，则该整数就能被 7 整除，就不是素数。若以上各种情况，都不成立，且其末位数为 1 ，则，去掉其末位数后，减 8 ，判断其是否能被 9 整除；若能，该整数就能被 9 整除，若不能，其末位数，又为 1 ，则重复如上做法；直到最后只剩下 2 位数，若 =81 ，则该整数就能被 9 整除，就不是素数。 2 ．对于高位数的整数，还必须考虑到是否能被更高位数的素数整除例如：末位数 =7 的 187 可被 11 ， 17 整除末位数 =9 的 2299 可被 11,19 整除等等，都须具体判定。 3 ．正因尚未解决判定是否能被大于 11 的各素数整除因而，就必须限制于小于 121 ，才能得出：任何整数，只要以上各种情况，有任何一种成立，就不是素数，如果所有情况都不成立，就必是末位数 =1 ， 3 ， 7 ， 9 的素数。虽然，还可以给出更多的条件，增大必须限制小于的数值，但是，这个数值不可能无穷大。; 个人分类: 数理|2264 次阅读|0 个评论

[转载]中华人民共和国专利法（2008修正）: IPLAWYER 2013-5-25 07:49; 中华人民共和国专利法（修正）　　（1984年3月12日第六届全国人民代表大会常务委员会第四次会议通过根据1992年9月4日第七届全国人民代表大会常务委员会第二十七次会议《关于修改〈中华人民共和国专利法〉的决定》第一次修正　根据2000年8月25日第九届全国人民代表大会常务委员会第十七次会议《关于修改〈中华人民共和国专利法〉的决定》第二次修正　根据2008年12月27日第十一届全国人民代表大会常务委员会第六次会议《关于修改〈中华人民共和国专利法〉的决定》第三次修正）　　目录　　第一章总则　　第二章授予专利权的条件　　第三章专利的申请　　第四章专利申请的审查和批准　　第五章专利权的期限、终止和无效　　第六章专利实施的强制许可　　　第七章专利权的保护　　第八章附则　　第一章　总则　　第一条为了保护专利权人的合法权益，鼓励发明创造，推动发明创造的应用，提高创新能力，促进科学技术进步和经济社会发展，制定本法。　　第二条本法所称的发明创造是指发明、实用新型和外观设计。　　发明，是指对产品、方法或者其改进所提出的新的技术方案。　　实用新型，是指对产品的形状、构造或者其结合所提出的适于实用的新的技术方案。　　外观设计，是指对产品的形状、图案或者其结合以及色彩与形状、图案的结合所作出的富有美感并适于工业应用的新设计。　　第三条国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。　　省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。　　第四条申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。　　第五条对违反法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。　　对违反法律、行政法规的规定获取或者利用遗传资源，并依赖该遗传资源完成的发明创造，不授予专利权。　　第六条执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位；申请被批准后，该单位为专利权人。　　非职务发明创造，申请专利的权利属于发明人或者设计人；申请被批准后，该发明人或者设计人为专利权人。　　利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造，单位与发明人或者设计人订有合同，对申请专利的权利和专利权的归属作出约定的，从其约定。　　第七条对发明人或者设计人的非职务发明创造专利申请，任何单位或者个人不得压制。　　第八条两个以上单位或者个人合作完成的发明创造、一个单位或者个人接受其他单位或者个人委托所完成的发明创造，除另有协议的以外，申请专利的权利属于完成或者共同完成的单位或者个人；申请被批准后，申请的单位或者个人为专利权人。　　第九条同样的发明创造只能授予一项专利权。但是，同一申请人同日对同样的发明创造既申请实用新型专利又申请发明专利，先获得的实用新型专利权尚未终止，且申请人声明放弃该实用新型专利权的，可以授予发明专利权。　　两个以上的申请人分别就同样的发明创造申请专利的，专利权授予最先申请的人。　　第十条专利申请权和专利权可以转让。　　中国单位或者个人向外国人、外国企业或者外国其他组织转让专利申请权或者专利权的，应当依照有关法律、行政法规的规定办理手续。　　转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。　　第十一条发明和实用新型专利权被授予后，除本法另有规定的以外，任何单位或者个人未经专利权人许可，都不得实施其专利，即不得为生产经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品，或者使用其专利方法以及使用、许诺销售、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品。　　外观设计专利权被授予后，任何单位或者个人未经专利权人许可，都不得实施其专利，即不得为生产经营目的制造、许诺销售、销售、进口其外观设计专利产品。　　第十二条任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。　　第十三条发明专利申请公布后，申请人可以要求实施其发明的单位或者个人支付适当的费用。　　第十四条国有企业事业单位的发明专利，对国家利益或者公共利益具有重大意义的，国务院有关主管部门和省、自治区、直辖市人民政府报经国务院批准，可以决定在批准的范围内推广应用，允许指定的单位实施，由实施单位按照国家规定向专利权人支付使用费。　　　第十五条专利申请权或者专利权的共有人对权利的行使有约定的，从其约定。没有约定的，共有人可以单独实施或者以普通许可方式许可他人实施该专利；许可他人实施该专利的，收取的使用费应当在共有人之间分配。　　除前款规定的情形外，行使共有的专利申请权或者专利权应当取得全体共有人的同意。　　第十六条被授予专利权的单位应当对职务发明创造的发明人或者设计人给予奖励；发明创造专利实施后，根据其推广应用的范围和取得的经济效益，对发明人或者设计人给予合理的报酬。　　第十七条发明人或者设计人有权在专利文件中写明自己是发明人或者设计人。专利权人有权在其专利产品或者该产品的包装上标明专利标识。　　第十八条在中国没有经常居所或者营业所的外国人、外国企业或者外国其他组织在中国申请专利的，依照其所属国同中国签订的协议或者共同参加的国际条约，或者依照互惠原则，根据本法办理。　　第十九条在中国没有经常居所或者营业所的外国人、外国企业或者外国其他组织在中国申请专利和办理其他专利事务的，应当委托依法设立的专利代理机构办理。　　中国单位或者个人在国内申请专利和办理其他专利事务的，可以委托依法设立的专利代理机构办理。　　专利代理机构应当遵守法律、行政法规，按照被代理人的委托办理专利申请或者其他专利事务；对被代理人发明创造的内容，除专利申请已经公布或者公告的以外，负有保密责任。专利代理机构的具体管理办法由国务院规定。　　第二十条任何单位或者个人将在中国完成的发明或者实用新型向外国申请专利的，应当事先报经国务院专利行政部门进行保密审查。保密审查的程序、期限等按照国务院的规定执行。　　中国单位或者个人可以根据中华人民共和国参加的有关国际条约提出专利国际申请。申请人提出专利国际申请的，应当遵守前款规定。　　国务院专利行政部门依照中华人民共和国参加的有关国际条约、本法和国务院有关规定处理专利国际申请。　　对违反本条第一款规定向外国申请专利的发明或者实用新型，在中国申请专利的，不授予专利权。　　第二十一条国务院专利行政部门及其专利复审委员会应当按照客观、公正、准确、及时的要求，依法处理有关专利的申请和请求。　　国务院专利行政部门应当完整、准确、及时发布专利信息，定期出版专利公报。　　在专利申请公布或者公告前，国务院专利行政部门的工作人员及有关人员对其内容负有保密责任。　　第二章　授予专利权的条件　　第二十二条授予专利权的发明和实用新型，应当具备新颖性、创造性和实用性。　　新颖性，是指该发明或者实用新型不属于现有技术；也没有任何单位或者个人就同样的发明或者实用新型在申请日以前向国务院专利行政部门提出过申请，并记载在申请日以后公布的专利申请文件或者公告的专利文件中。　　创造性，是指与现有技术相比，该发明具有突出的实质性特点和显著的进步，该实用新型具有实质性特点和进步。　　实用性，是指该发明或者实用新型能够制造或者使用，并且能够产生积极效果。　　本法所称现有技术，是指申请日以前在国内外为公众所知的技术。　　　第二十三条授予专利权的外观设计，应当不属于现有设计；也没有任何单位或者个人就同样的外观设计在申请日以前向国务院专利行政部门提出过申请，并记载在申请日以后公告的专利文件中。　　授予专利权的外观设计与现有设计或者现有设计特征的组合相比，应当具有明显区别。　　授予专利权的外观设计不得与他人在申请日以前已经取得的合法权利相冲突。　　本法所称现有设计，是指申请日以前在国内外为公众所知的设计。　　第二十四条申请专利的发明创造在申请日以前六个月内，有下列情形之一的，不丧失新颖性：　　（一）在中国政府主办或者承认的国际展览会上首次展出的；　　（二）在规定的学术会议或者技术会议上首次发表的；　　（三）他人未经申请人同意而泄露其内容的。　　第二十五条对下列各项，不授予专利权：　　（一）科学发现；　　（二）智力活动的规则和方法；　　（三）疾病的诊断和治疗方法；　　（四）动物和植物品种；　　（五）用原子核变换方法获得的物质；　　（六）对平面印刷品的图案、色彩或者二者的结合作出的主要起标识作用的设计。　　对前款第（四）项所列产品的生产方法，可以依照本法规定授予专利权。　　第三章　专利的申请　　第二十六条申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。　　请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。　　说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。　　权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。　　依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。　　第二十七条申请外观设计专利的，应当提交请求书、该外观设计的图片或者照片以及对该外观设计的简要说明等文件。　　申请人提交的有关图片或者照片应当清楚地显示要求专利保护的产品的外观设计。　　第二十八条国务院专利行政部门收到专利申请文件之日为申请日。如果申请文件是邮寄的，以寄出的邮戳日为申请日。　　第二十九条申请人自发明或者实用新型在外国第一次提出专利申请之日起十二个月内，或者自外观设计在外国第一次提出专利申请之日起六个月内，又在中国就相同主题提出专利申请的，依照该外国同中国签订的协议或者共同参加的国际条约，或者依照相互承认优先权的原则，可以享有优先权。　　申请人自发明或者实用新型在中国第一次提出专利申请之日起十二个月内，又向国务院专利行政部门就相同主题提出专利申请的，可以享有优先权。　　第三十条申请人要求优先权的，应当在申请的时候提出书面声明，并且在三个月内提交第一次提出的专利申请文件的副本；未提出书面声明或者逾期未提交专利申请文件副本的，视为未要求优先权。　　第三十一条一件发明或者实用新型专利申请应当限于一项发明或者实用新型。属于一个总的发明构思的两项以上的发明或者实用新型，可以作为一件申请提出。　　一件外观设计专利申请应当限于一项外观设计。同一产品两项以上的相似外观设计，或者用于同一类别并且成套出售或者使用的产品的两项以上外观设计，可以作为一件申请提出。　　第三十二条申请人可以在被授予专利权之前随时撤回其专利申请。　　第三十三条申请人可以对其专利申请文件进行修改，但是，对发明和实用新型专利申请文件的修改不得超出原说明书和权利要求书记载的范围，对外观设计专利申请文件的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。　　第四章专利申请的审查和批准　　第三十四条国务院专利行政部门收到发明专利申请后，经初步审查认为符合本法要求的，自申请日起满十八个月，即行公布。国务院专利行政部门可以根据申请人的请求早日公布其申请。　　第三十五条发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查；申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。　　国务院专利行政部门认为必要的时候，可以自行对发明专利申请进行实质审查。　　第三十六条发明专利的申请人请求实质审查的时候，应当提交在申请日前与其发明有关的参考资料。　　发明专利已经在外国提出过申请的，国务院专利行政部门可以要求申请人在指定期限内提交该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料；无正当理由逾期不提交的，该申请即被视为撤回。　　第三十七条国务院专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后，认为不符合本法规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改；无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。　　第三十八条发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后，国务院专利行政部门仍然认为不符合本法规定的，应当予以驳回。　　第三十九条发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。　　第四十条实用新型和外观设计专利申请经初步审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予实用新型专利权或者外观设计专利权的决定，发给相应的专利证书，同时予以登记和公告。实用新型专利权和外观设计专利权自公告之日起生效。　　第四十一条国务院专利行政部门设立专利复审委员会。专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，作出决定，并通知专利申请人。　　专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。　　第五章　专利权的期限、终止和无效　　第四十二条发明专利权的期限为二十年，实用新型专利权和外观设计专利权的期限为十年，均自申请日起计算。　　第四十三条专利权人应当自被授予专利权的当年开始缴纳年费。　　第四十四条有下列情形之一的，专利权在期限届满前终止：　　（一）没有按照规定缴纳年费的；　　（二）专利权人以书面声明放弃其专利权的。　　专利权在期限届满前终止的，由国务院专利行政部门登记和公告。　　第四十五条自国务院专利行政部门公告授予专利权之日起，任何单位或者个人认为该专利权的授予不符合本法有关规定的，可以请求专利复审委员会宣告该专利权无效。　　第四十六条专利复审委员会对宣告专利权无效的请求应当及时审查和作出决定，并通知请求人和专利权人。宣告专利权无效的决定，由国务院专利行政部门登记和公告。　　对专利复审委员会宣告专利权无效或者维持专利权的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。人民法院应当通知无效宣告请求程序的对方当事人作为第三人参加诉讼。　　第四十七条宣告无效的专利权视为自始即不存在。　　宣告专利权无效的决定，对在宣告专利权无效前人民法院作出并已执行的专利侵权的判决、调解书，已经履行或者强制执行的专利侵权纠纷处理决定，以及已经履行的专利实施许可合同和专利权转让合同，不具有追溯力。但是因专利权人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。　　依照前款规定不返还专利侵权赔偿金、专利使用费、专利权转让费，明显违反公平原则的，应当全部或者部分返还。　　第六章　专利实施的强制许可　　第四十八条有下列情形之一的，国务院专利行政部门根据具备实施条件的单位或者个人的申请，可以给予实施发明专利或者实用新型专利的强制许可：　　（一）专利权人自专利权被授予之日起满三年，且自提出专利申请之日起满四年，无正当理由未实施或者未充分实施其专利的；　　（二）专利权人行使专利权的行为被依法认定为垄断行为，为消除或者减少该行为对竞争产生的不利影响的。　　第四十九条在国家出现紧急状态或者非常情况时，或者为了公共利益的目的，国务院专利行政部门可以给予实施发明专利或者实用新型专利的强制许可。　　第五十条为了公共健康目的，对取得专利权的药品，国务院专利行政部门可以给予制造并将其出口到符合中华人民共和国参加的有关国际条约规定的国家或者地区的强制许可。　　第五十一条一项取得专利权的发明或者实用新型比前已经取得专利权的发明或者实用新型具有显著经济意义的重大技术进步，其实施又有赖于前一发明或者实用新型的实施的，国务院专利行政部门根据后一专利权人的申请，可以给予实施前一发明或者实用新型的强制许可。　　在依照前款规定给予实施强制许可的情形下，国务院专利行政部门根据前一专利权人的申请，也可以给予实施后一发明或者实用新型的强制许可。　　第五十二条强制许可涉及的发明创造为半导体技术的，其实施限于公共利益的目的和本法第四十八条第（二）项规定的情形。　　第五十三条除依照本法第四十八条第（二）项、第五十条规定给予的强制许可外，强制许可的实施应当主要为了供应国内市场。　　第五十四条依照本法第四十八条第（一）项、第五十一条规定申请强制许可的单位或者个人应当提供证据，证明其以合理的条件请求专利权人许可其实施专利，但未能在合理的时间内获得许可。　　第五十五条国务院专利行政部门作出的给予实施强制许可的决定，应当及时通知专利权人，并予以登记和公告。　　给予实施强制许可的决定，应当根据强制许可的理由规定实施的范围和时间。强制许可的理由消除并不再发生时，国务院专利行政部门应当根据专利权人的请求，经审查后作出终止实施强制许可的决定。　　第五十六条取得实施强制许可的单位或者个人不享有独占的实施权，并且无权允许他人实施。　　第五十七条取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题。付给使用费的，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。　　第五十八条专利权人对国务院专利行政部门关于实施强制许可的决定不服的，专利权人和取得实施强制许可的单位或者个人对国务院专利行政部门关于实施强制许可的使用费的裁决不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。　　第七章　专利权的保护　　第五十九条发明或者实用新型专利权的保护范围以其权利要求的内容为准，说明书及附图可以用于解释权利要求的内容。　　外观设计专利权的保护范围以表示在图片或者照片中的该产品的外观设计为准，简要说明可以用于解释图片或者照片所表示的该产品的外观设计。　　第六十条未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。　　第六十一条专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。　　专利侵权纠纷涉及实用新型专利或者外观设计专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人或者利害关系人出具由国务院专利行政部门对相关实用新型或者外观设计进行检索、分析和评价后作出的专利权评价报告，作为审理、处理专利侵权纠纷的证据。　　第六十二条在专利侵权纠纷中，被控侵权人有证据证明其实施的技术或者设计属于现有技术或者现有设计的，不构成侵犯专利权。　　第六十三条假冒专利的，除依法承担民事责任外，由管理专利工作的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以并处违法所得四倍以下的罚款；没有违法所得的，可以处二十万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。　　第六十四条管理专利工作的部门根据已经取得的证据，对涉嫌假冒专利行为进行查处时，可以询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况；对当事人涉嫌违法行为的场所实施现场检查；查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；检查与涉嫌违法行为有关的产品，对有证据证明是假冒专利的产品，可以查封或者扣押。　　管理专利工作的部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。　　第六十五条侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。　　权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。　　第六十六条专利权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯专利权的行为，如不及时制止将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为的措施。　　申请人提出申请时，应当提供担保；不提供担保的，驳回申请。　　人民法院应当自接受申请之时起四十八小时内作出裁定；有特殊情况需要延长的，可以延长四十八小时。裁定责令停止有关行为的，应当立即执行。当事人对裁定不服的，可以申请复议一次；复议期间不停止裁定的执行。　　申请人自人民法院采取责令停止有关行为的措施之日起十五日内不起诉的，人民法院应当解除该措施。　　申请有错误的，申请人应当赔偿被申请人因停止有关行为所遭受的损失。　　第六十七条为了制止专利侵权行为，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，专利权人或者利害关系人可以在起诉前向人民法院申请保全证据。　　人民法院采取保全措施，可以责令申请人提供担保；申请人不提供担保的，驳回申请。　　　人民法院应当自接受申请之时起四十八小时内作出裁定；裁定采取保全措施的，应当立即执行。　　申请人自人民法院采取保全措施之日起十五日内不起诉的，人民法院应当解除该措施。　　第六十八条侵犯专利权的诉讼时效为二年，自专利权人或者利害关系人得知或者应当得知侵权行为之日起计算。　　发明专利申请公布后至专利权授予前使用该发明未支付适当使用费的，专利权人要求支付使用费的诉讼时效为二年，自专利权人得知或者应当得知他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已得知或者应当得知的，自专利权授予之日起计算。　　第六十九条有下列情形之一的，不视为侵犯专利权：　　（一）专利产品或者依照专利方法直接获得的产品，由专利权人或者经其许可的单位、个人售出后，使用、许诺销售、销售、进口该产品的；　　（二）在专利申请日前已经制造相同产品、使用相同方法或者已经作好制造、使用的必要准备，并且仅在原有范围内继续制造、使用的；　　（三）临时通过中国领陆、领水、领空的外国运输工具，依照其所属国同中国签订的协议或者共同参加的国际条约，或者依照互惠原则，为运输工具自身需要而在其装置和设备中使用有关专利的；　　（四）专为科学研究和实验而使用有关专利的；　　（五）为提供行政审批所需要的信息，制造、使用、进口专利药品或者专利医疗器械的，以及专门为其制造、进口专利药品或者专利医疗器械的。　　第七十条为生产经营目的使用、许诺销售或者销售不知道是未经专利权人许可而制造并售出的专利侵权产品，能证明该产品合法来源的，不承担赔偿责任。　　第七十一条违反本法第二十条规定向外国申请专利，泄露国家秘密的，由所在单位或者上级主管机关给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。　　第七十二条侵夺发明人或者设计人的非职务发明创造专利申请权和本法规定的其他权益的，由所在单位或者上级主管机关给予行政处分。　　第七十三条管理专利工作的部门不得参与向社会推荐专利产品等经营活动。　　管理专利工作的部门违反前款规定的，由其上级机关或者监察机关责令改正，消除影响，有违法收入的予以没收；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。　　第七十四条从事专利管理工作的国家机关工作人员以及其他有关国家机关工作人员玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。　　第八章　附则　　　第七十五条向国务院专利行政部门申请专利和办理其他手续，应当按照规定缴纳费用。　　第七十六条本法自1985年4月1日起施行。; 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好的模型和研究结果需要不断修正吗？: wya 2013-5-23 15:51; 博主注：不知道牛顿和爱因斯坦等会不会哪天从坟墓里跳出来大喊：我要修正一下公式... 科学家对自己的研究负责，才会避免经常被人揪出来修正一下：）而国内科学家很喜欢做这样的事情，今天修正提高一下精度，明天修正提高一下速度，文章一篇接一篇。当然如果以国家的名义修正他们一定更喜欢，一是有大项目，二是有大钱！他们巴不得隔三差五被国家要求“修正”。没脸没皮！ http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=206819do=blogid=692194 回过头看，90版的地震区划图受限于多种因素，包括对于地震震源本身与地球内部介质等的认知程度，以及当时我们国家的经济发展条件等，到了今天，应该可以考虑进行进一步的修改了。事实上，2008年汶川地震过后，好像“相关部门”也在着手进行这方面的修订工作，这里希望新一版本的中国地震烈度区划图，能够尽早地制定并释放出来，作为相关工程与民居建设等方面的基准与参考。; 个人分类: 社会观察|2613 次阅读|0 个评论

关于PW91与PBE等的一些讨论: 热度 1 dwd0826 2012-12-6 20:50; PW91是Perdew和Wang1991年提出的GGA修正密度泛函公式,一般也称GGA91;后来PBE三个人在PRL上发表了对于PW91的修正理论,也称为PBE或者GGA96.GGA96和GGA91相比,前者的XC的空间变化比较平滑,从计算结果上看没有太大的区别.对于表面问题,如吸附能的计算,以PBE计算的结果一般认为是可以接受的.RPBE是1999年PRB上一篇文章提出的,是对于PBE的修正.现在也有使用GGA91的,不过不多.如果可能的话,对于某个特定体系,把PBE和RPBE比较一下. 其实还有对于GGA的修正,叫METAGGA,有什么改进很难说! GGA91和RPBE的区别可能比较大点,PBE和RPBE直觉上认为差别不大! 推荐使用PBE(GGA96).; 21686 次阅读|1 个评论

sh_get_ion脚本修正: zhoufcumt 2012-10-14 11:17; GAMIT的sh_get_ion脚本有点bug，如果是多天下载的话，只能下载最后一天的，因此将脚本重新改了下，可以正确运行下载多天IONEX数据。附改正后脚本： sh_get_ion; 个人分类: Gamit|3207 次阅读|0 个评论

【阅后即删】必须全面修正韬光养晦外交战略: Bobby 2012-9-14 16:56; 据说韬光养晦是邓小平阐述中国在当时情况下的外交战略方针，然而，一事有利即有弊，你埋头发展经济，尽量不惹事，而且有事还躲事，但别人不会闲着，你要和平崛起，别人就散布你的威胁论。为了消除威胁论的影响，就加紧作出和事猫的咪咪样，爪子有指甲要及时剪掉，以免让人感到威胁，结果呢？老鼠都来咬你的尾巴了。拳击上有句话叫“攻击是最好的防守”。不敢主动出击，不会主动出击，息事宁人，被动的接招已是输了半着，但总有局面撑不下去的时候，宋朝灭亡就是例子。; 个人分类: 科学感想|66 次阅读|0 个评论

图说中国"良心药"变身"黑胶囊": 热度 1 冯用军 2012-4-17 20:40; 一天一袋毒牛奶，毒死一片中国人一天一片毒胶囊，谁吃谁知道烂皮靴做毒胶囊，我看行 1、修正药业：“胶囊，请选择修正药业！良心药，放心药！！中国人就知道坑自己！中国老百姓集体路过！” 2、通化金马：“我的烂鞋子被你们拿去做胶囊了么？”“像这种名族企业的败类，中国黑客人人见而爆之！！” 3、格拉丹东：“要做良心药呀！！！坑谁别坑自己国家的人！！” 4、吉林省辉南天宇药业股份有限公司：我们是按国家2000版药典，不算超标! 5、...吉林长春海外制药集团公司...丹东市通远药业有限公司...通化颐生药业股份有限公司从毒牛奶、毒鱼、毒猪肉、毒香肠、毒奶粉到如今的毒胶囊...中国人百毒不侵前有河北三鹿三聚氰胺毒奶粉，后有河北衡水毒明胶蛋白胶囊，河南双汇毒火腿肠...内蒙蒙牛、伊利毒牛奶...; 个人分类: 315质量研究院|3176 次阅读|1 个评论

改革是什么？: 热度 4 hcrm 2012-3-30 12:37; 吴国清先生说，改革，不是不停地修订规则。这话说得不错，停留在“修订规则”上的，那不叫改革，最多也只是修正。过去有一种说法叫修正主义，吴国清先生说他不懂。其实，我也只能从字面上去理解，因为当时的语境可能是有历史背景的。那么，我们现在谈改革的社会背景是什么呢？前不久的一段时间里，人们又开始热议改革了，而趋于一致的基本观点是：必须继续坚持改革，不改革中国就没有希望，不改革历史就会倒退，甚至重现文革时期的混乱局面。在中国，改革最早的称谓是“变法”，如有名的商鞅变法和王安石变法。到了近代，变成了康梁的“百日维新”，算是新政了一回。接着，是孙中山的“辛亥革命”，以至于从旧民主主义向新民主主义革命迈进。解放后，又进行了社会主义改造，还有文化大革命。直到三十多年前，才开始今天的改革开放。这一路算下来，中国真的不乏“改革”，而且一直都在坚持着。那么，为什么要进行这些改革呢？按照吴国清先生的说法，“ 其实质在于把自己的人、自己的利及时地填到相应的坑里 ” 。他的话虽然说得很粗俗，却是有些“一语中的”的。从宏观上来讲，所谓改革就是对社会关系进行结构性调整，这其中当然含括人和利益的问题。说到微观上，又如吴国清先生所言，是“ 不停地修订规则 ”，包括政策法规及社会公约等。那么，我们又应该如何改革呢？说白一点，是不是所有一切都得改？当然不是，起码社会的核心价值不能改。一个缺乏道德公信力的社会，无论怎么改怎么都不会安稳。如果生活在没有安全感的环境里，人的生产力及关系的潜能如何会被激发呢？而如果原本已经理顺的正常关系，非得以改革的名义将其打乱重组，相信是不会有任何社会效益可言的，那就真的成了吴国清先生所说的“填坑”了。其实，改革还有两个十分关键的问题需要解决，即由哪些人来主导或参与这场改革？改革的终极目标和任务又是什么？小平同志曾说，让一部分人先富起来，再带动大家共同致富。这一条基本原则，如今执行得到底如何？我们是不是还将继续坚持下去？什么时候真能实现共同富裕？这些问题也应是改革者必须思考的，因为它关系到中国这艘巨轮的航向。毛泽东同志说，革命不是请客吃饭。如果我们将今天的改革看成是一场革命，那么同样不会很轻松，甚至还会流血牺牲。假如明白了这一层，我们就不难理解“改革是什么”了。 2012年3月30日; 个人分类: 科学论剑|2001 次阅读|11 个评论

“哈勃常数”的修正、确定，也不能肯定所谓“宇宙大爆炸论”: 热度 4 可变系时空多线矢主人 2012-2-17 12:15; “哈勃常数”的修正、确定，也不能肯定所谓 “宇宙大爆炸论” “哈勃常数”是用天文台望远镜观测星系距观测系 ( 地球或航天器 ) 的距离，用光谱仪观测星系的谱线红移，而得出：星系的距离与红移成正比的比例常数。并按通常的都普勒谱线红移公式，即：星系谱线的红移量与星系对观测系的相对运动速度成正比，而得出：星系谱线的红移量与星系对观测系的相对运动速度成正比，而成为所谓“宇宙大爆炸论”的主要依据。虽经对种种观测误差和错误的修正和纠正，改正了一些星系的距离，新的哈勃常数值： H 0 ＝ 180km /s, 比哈勃的原始数值小了 3 倍之多，但是，星系的距离与红移成正比的关系仍然成立。而纽约时报的新闻头条，却要以“宇宙的诞生追溯到了大爆炸时代”，以此再为“宇宙大爆炸论”张目。但是，关键在于：现在用以确定星体的运动速度与其光频率的红移量成正比的所谓“ 哈勃规律“，只是由惯性牵引运动的大量光子动量时空统计得到的波的频率在两牵引运动系的变化规律。观测亽实际上，各星体的牵引运动却并非都是惯性的，而非惯性牵引运动的大量光子动量时空统计得到的波的频率在两牵引运动系的变化规律，却是与其光频率的红移量与星体的距离、运动速度、加速度，都有关的复杂函数。仅凭由一个超新星为基准，就不足以定位确定各星体的距离、运动速度、加速度，而必须多个超新星的有关数据联合求解确定。这样确定的结果，才是正确的，而它就可能得不出所谓 “宇宙大爆炸论”的荒谬结论。; 个人分类: 物理|3194 次阅读|12 个评论

简洁·目的性·细节设计: tengyi1960 2011-3-3 16:52; 最常见的演示文档误区及修正案例演示.pps （链接）整理处理的思路和步骤如下：简洁——图形表示——板书、讲稿——逻辑秩序目的性——分解目标——概念簇——罗马柱——链接细节设计——图表设计等。; 个人分类: 业余爱好|1644 次阅读|0 个评论

人类社会数量化分析基本模型的修正: HuangFengli 2010-8-25 07:18; 人类社会数量化分析基本模型的修正 (黄凤琳;中国社科院研究生院) 由于主体性的外部联系是人类的生物性，因此以经淀粉换算的人类DNA为主体性单位。设异质主体(可为阶级,可为政治或经济上的被殖民国家.后者在应用模型时,要剔除国家主体性.剔除方法是只加对被殖民国家的剥削量)X,Y,Z... 设异质主体的调和主体(可为国家,可为政治或经济上的殖民国家.后者在应用模型时,要剔除被殖民国家的国家主体性.剔除方法是只加对被殖民国家的剥削量)为G(不能由GDP或价格表征，因为后者只是一种分配制度的语言，看似精确最具体实则最抽象。模型应理解为价格和GDP的外部联系是所有制,更外部联系是资源的竞争所有或淀粉获取能力的竞争所有或主体异质性,更外部联系则是主体同质性,更外部联系则是淀粉/氨基酸/人类DNA。) 同质主体中个体主体的实践反映(或新知识,即主体性的增加,应理解为主体获取淀粉等的能力的增加)由于共享于同质主体内部的个体主体,因此对于同质主体的主体性的增加具有平方效应;而异质主体的实践反映由于实践类型或模式的不同.不共享于其他异质主体,因此对于调和主体的主体性的增加,只能是调和主体内部各异质主体主体性增加量的代数和. 则有X 2 +Y 2 +Z 2 +=G 2 还原历史,对照公式,我们可以注意到,调和主体主体性即G的增加可能来自于两方面:一是任何异质主体的实践反映即X 2 /Y 2 /Z 2 等中任何的增加;二是具有先进实践反映的同质主体的主体性增加一定量即大数增加一定量,同时其他具有落后实践反映的异质主体的主体性减少相应量即小数减少相应量.相反G的减少,则可能来自于这两方面相反方向的变动.大数异质主体总是竞争所有先进实践反映的统治阶级或殖民国家.小数异质主体则总是竞争所有落后实践反映的被统治阶级或被殖民国家.国内社会分工实践优化或阶级矛盾缓和或殖民剥削减弱,则G增加.相反,直至,主体的异质性消亡即阶级和国家消亡. 既然不能用价格表征主体性或价值，实际上任何社会存在都不能完全地表征主体性或价值即任何社会存在包括货币/价格等等都不可能通过数量化方法与主体性或淀粉或氨基酸或人类DNA化约，这也是传统社会科学是F（）1即只能用概念反映的原因，也是传统政治经济学不可能实现数量化的原因。本文的模型建立在人类社会的外部联系上，即以淀粉或氨基酸或人类DNA为1，理论上可以实现数量化，但是其实现途径不是通过社会存在的可数化开展的，而是应以DNA等的可数化开始，譬如，人口。各个集体主体如阶级或国家所拥有的人口数易得，但是集体主体之间的差别则因为涉及到社会存在，则不可数了。人类社会主体间性结构的数量化可以按照这个思路继续开展下去，不过可以想象是很困难的，而且似乎没有必要，或许概念描述就足以。本文的分析模型也只应用于简化主体间性结构的概念描述分析。 (2010 年 8 月 20 日 ); 3475 次阅读|1 个评论

修结构新番总结: 热度 1 alishay 2010-6-5 09:22; 这几天一直做在工作站前修结构，修的眼睛累死了~ qq，校内基本没来的及上~ 看见电脑就眼睛疼工作站果然很强大，比自己的本本好多了。额，闲话少叙，总结一下这几天的收获先~ 从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的model.pdb 及相应的 .sca .mtz文件后，我修结构开始大致经过了如下几个过程：（1）拿model.pdb做模板，对.mtz文件作分子置换。使用ccp4的MR程序。（2）分子置换后得到一个对应的 protein.pdb文件，这时要先把pdb文件对应着电子密度图用coot把残基都突变为自己蛋白序列的氨基酸。（一般情况下model为所研究目标蛋白的同源蛋白，所以序列并不一致）。因为我的model是硒代的蛋白晶体得到的，所以除了搭模后某些电子密度特别乱的位置为alanine外，老师都给搭好了。（3）进行完残基突变等初步修正过程后，用phenix.refine进行第一轮修正。第一轮phenix修正时以protein.pdb 和.sca文件进行。（4）用coot进行第一轮修正。（这也就是我头2天干的活儿，即先用ccp4做MR，然后接着用phenix.refine 进行修正，再用coot对应电子密度图进行手工修正。）（5）第一轮修正完成后，一般是进行第二轮phenix.refine.不过我在修正时发现我的B Chain 错误最少，即与电子密度符合最好，所以就想了一下，认为这时有2 options：a. 用第一轮修正后的.pdb进行phenix2的修正；b. 把B Chain 从protein.pdb中截出，作为新的model（model2）来做第二轮分子置换MR2。于是，分别尝试了2种options。结果发现option2 比option1 要好很多~ 以拉氏构象图的outlier数量来看，option1 有90个，而option2 只有68个。所以，之后的修正基于MR2的结果继续进行。（6）MR2之后随即用phenix修正，称为，phenix的关键结果包括一个data.mtz, 一个refine-pdb，一个coeff.mtz的电子密度图。其中data.mtz 再第二轮phenix时用来与pdb同时使用，代替的是.sca文件的位置。而电子密度图和pdb在下一步的coot修正中使用。（7）用coot手工修正MR2phenix1后的pdb。（8）手工修正完成后，我试了3种options a. 进行PHENIX2修正。 b.用MR2phenix1之后的好Chain做MR，然后再phenix c.用coot手工修完之后，phenix1之前的good Chain做MR 再phenix 结果表明option a最好，红点数有降低，R-WORK 和R-free 也有降低。这样看来各链之间还是有构象差异的，修的差不多之后再做MR起不到什么magic的作用。但是，5-MR2 确实很magic。初修的时候多一次MR确实很有用。这些就是到今天为止这几天的修正过程了。写的貌似不是很逻辑~因为之前在网上搜都没看到有蛋白结构解析和修正的实际操作流程呢，下一篇日志会更加理性和逻辑的总结一下修结构的流程；然后再下一篇就说一下这两天的小tips和问题吧。 ^_^ （因为自己看到长的日志就忍不住跳过，所以也不喜欢写长的日志，O(_)O~ 己所不欲勿施于人嘛哈哈）; 个人分类: 未分类|14295 次阅读|1 个评论

修结构新得: alishay 2010-5-30 11:33; 今天还在修第一轮结构，四聚体，现在在修第四条链了。新手乍练，有些心得，share一下。也希望有各位大牛飘过，指点一二。^_^ 修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 出问题最多的就是ALA GLY 和pro 密度很细肉眼分辨不出来正确的走象。 PRO 和Gly总是出现在拐角处，而拐角处的密度又往往是多方交集乱的很~ 拉氏构象图上的红点多是这种位置。 cys处也容易出红点。还有 alpha 螺旋和beta 折叠内部一般不会出什么问题。待续。。。^_^; 个人分类: 未分类|5158 次阅读|0 个评论

从单边霸权到“合作”称霸的修正: 黄安年 2010-1-5 10:29; 从单边霸权到合作称霸的修正黄安年文黄安年的博客 /2010 年 1 月 5 日发布奥巴马执政已近一年 , 在这一年里 , 他明显地对小布什政府时期的单边主义外交进行了大幅度的修正 , 因而获得了西方发达国家和俄罗斯的认可，也在加强与中国全面对话中取得了新进展。然而这种修整只是在内外交困中寻求钟摆的一次调整，是一种全球霸权战略的调整，从单边到合作，并不意味着霸权主义目标的改变和放弃，我们从美国的伊拉克撤军和长期控制伊拉克战略 , 从增兵阿富汗，开始奥巴马的阿富汗战争看的很清楚，也可以从美国的中东政策、伊朗政策、朝鲜政策、以及对华合作中对抗政策等领域看得较为清晰。下面附有华盛顿对外事务专家 Jim fisher-Thompson 华盛顿的短文《奥巴马总统任职第一年修正美国对外政策》（ 2009 年 12 月 31 日《美国参考》）不妨一看。 **************************8 2009.12.31 奥巴马总统任职第一年修正美国对外政策美国国务院国际信息局（ IIP ）《美国参考》 Jim fisher-Thompson 华盛顿对外事务专家指出，奥巴马总统就职一年来着手于大量极具挑战性的对外政策问题，更注重合作而不是对抗。曾于 1977 年至 1981 年担任卡特（ Jimmy Carter ）总统国家安全事务助理的布热津斯基（ Zbigniew Brzezinski ）说，奥巴马对核扩散到阿富汗战争等世界和平的种种威胁都处理得相当出色。布热津斯基曾为卡特政府处理过 1979 年伊朗人质危机和前苏联入侵阿富汗等多项棘手挑战。最近，他在《外交事务》（ Foreign Affairs ）杂志上发表文章说，奥巴马总统在反恐之战范围外重新界定了美国的世界观并使美国与 21 世纪的新的历史环境重新联系在一起。奥巴马在于 4 月在布拉格发表的首次重大对外政策演讲中，将新的环境界定为包容、合作以及被外交界人士称为的多边主义。他在谈到防止核扩散为外交要务时说，我们生活在一个日益彼此交融的世界，在这个世界里，对和平的全球性威胁要求我们互相倾听，共同努力，集中关注共同利益，而非偶尔出现的分歧。曾在美国国务院东亚与太平洋事务局（ Bureau of East Asian and Pacific Affairs ）任高级顾问的已退休的职业外交官戴明（ Rust Deming ）大使说，多边主义是朝着正确方向迈出的一步。戴明目前在约翰 ? 霍普金斯大学高级国际研究学院（ Johns Hopkins School of Advanced International Studies ）教授日本研究课程。戴明在接受《美国参考》采访时说，总统成就的最重要的事情之一是重新确定了美国对外政策的基调，强调我们需要其他国家的合作，我们需要利用包括联合国在内的国际机构。我认为，通过在联合国发表演讲和主持联合国安理会会议等做法，他有效地做到了这一点。我希望这种做法继续下去。戴明说，他的主要担忧是奥巴马政府对贸易的强调不足。他说：亚洲地区非常希望扩大国际贸易。但是，与韩国和其他国家的自由贸易协议取得进展没有被视为是奥巴马政府的优先议程。奥巴马起步很好，但言辞必须化为开放市场的具体行动，我期待今后能看到这点。宾夕法尼亚大学（ University of Pennsylvania ）政治学助理教授亚历克斯韦西格（ Alex Weisiger ）指出，在政治领域，奥巴马政府与上届政府的不同体现为如何看待世界冲突的来源。韦西格的研究方向是武力使用决策。他最近在宾大政治学系主办的奥巴马第一年执政评估研讨会上作了发言。韦西格说，奥巴马解决问题的方式不像布什政府那样从意识形态出发。奥巴马似乎更关注解除有可能走向对立的那些方面的担忧，而不是将他们归为善恶两类。例如，奥巴马更愿意解除俄罗斯的担忧将令俄方不安的导弹防御系统从东欧撤除。这位学者指出，但作为美国三军统帅，奥巴马在帮助伊拉克和阿富汗政府打击极端主义叛乱活动方面也显示出勇气。韦西格说，虽然奥巴马最近向阿富汗增兵 3 万的决定可能使民主党内一些反对美国继续参与阿富汗的人感到吃惊，但欧洲很快就承诺增加 7000 兵力。他认为，这是奥巴马减少对抗和意识形态色彩的外交政策的体现。韦西格说，从长远来看，这一合作式政策可能强化联盟，增加对美国的好感，而这对维持全球领导作用是必要的。曾在乔治 W 布什总统执政时担任负责国际组织事务的助理国务卿的金霍姆斯（ Kim Holmes ）表示，将导弹防御系统从欧洲撤出并非明智之举。霍姆斯现担任保守派政策研究机构传统基金会 (Heritage Foundation) 的副会长。他对《美国参考》说，取消美国支持的在东欧部署的导弹防御系统从各方面而言都是严重错误，其中包括我们自身的安全。霍姆斯说，撤除导弹拦截器和雷达将会使美国及欧洲受到来自伊朗的远程导弹威胁，同时还向俄罗斯表明，他们不需付出任何代价便可轻易获得这类让步。他说，虽然人们对奥巴马执政第一年的外交政策努力评估过高，但他仍对奥巴马在阿富汗问题上的决策感到一定满意，他但愿奥巴马不曾用那么长时间作出决定，并表示坦诚地说，我希望奥巴马增派更多的兵力，而且我不赞成采用时间表。奥巴马去年 12 月 1 日在美国西点军校讲话中承诺要把参与阿富汗冲突的美军人数增加到约 10 万人，同时表示将于 18 个月后开始把美军撤回国。霍姆斯说，撤军信号可能会限制奥巴马在阿富汗政策上的选择，我认为，一个时间表将给他制造困难，因为一年后他可能会发现并没有得到他所期望的那种改善，从而使他必须就是否在军事上继续支持阿富汗作出更为困难的决定。出生于德国的乔治敦大学外交事务学院（ Georgetown University s School of Foreign Service ）国际关系专业兼职教授迪特尔德特克（ Diter Dettke ）发表了与霍姆斯不同的、体现欧洲见解的观点。他赞扬奥巴马改善了同包括德国在内的北大西洋公约组织（ NATO ）伙伴国家的工作关系。德特克对《美国参考》表示，德国和欧洲的大多数人都认为，奥巴马在世界事务中产生的积极影响在很大程度上是由于他以合作方式处理国际关系和对待其他国家。德特克还说，这在阿富汗战争上表现得尤为明显。他说：奥巴马政府充分注意这场战争的复杂性，并就其错综复杂之处以其前任政府所不曾使用的方式与 NATO 伙伴进行磋商，使得 NATO 的政府和公众较为容易支持增兵措施。德特克表示，由于奥巴马的多边接触方式，我对盟国将跟进并至少在短期内向阿富汗增派军队持审慎乐观态度。德特克还强调，欧洲公众并不把所有的外交事务都放在反恐之战的背景下来看待。他说：我们不希望有不同文明之间的冲突，奥巴马理解这一点，这从他 6 月间发表的重申美国同穆斯林世界友好的开罗演说中得到体现。德特克最后表示，奥巴马对待他国的积极方式以及他对于多边主义的注重确确实实地使公众对美国的态度发生了更友好的转化，这也是他在德国民众中的支持率达到 88-90% 的一个原因。美国国务院国际信息局 http://www.america.gov/mgck http://www.america.gov/st/usg-chinese/2009/December/201001041408251ejrehsiF0.8891064.html?CP.rss=true; 个人分类: 美国问题研究(07-11)|4189 次阅读|0 个评论

被国人误传了几千年的八句俗语（转载）: jlxt33 2009-11-7 15:18; 博主前言：老朋友为了提高我的语文水平，发过来一篇小文章，让我学习，学过后，觉得挺有道理，就转发在这里，与众分享！出处不详，若有知情者请告知，先行谢过！ ===================================== 1、嫁鸡随鸡，嫁狗随狗，原为嫁乞随乞，嫁叟随叟意思是一个女人即使嫁给乞丐或者是年龄大的人也要随其生活一辈子。随着时代的变迁，这一俗语转音成鸡成狗了。 2、三个臭皮匠，顶个诸葛亮，皮匠实际上是裨将的谐音，裨将在古代是指副将，原意是指三个副将的智慧合起来能顶一个诸葛亮。流传中，人们将裨将说成了皮匠。 3、不见棺材不落泪，本是不见亲棺不落泪，并不是见了任何棺材都落泪。讹变为不见棺材不落泪，如果不管谁的棺材，只要见到就落泪，那就有点太莫名其妙了。 4、有眼不识金镶玉，本是有眼不识荆山玉。荆，指古代楚国；荆山玉，是玉匠在荆山发现的玉。 5、不到黄河心不死，本是不到乌江心不死。乌江，项羽他老人家自刎的地方。乌江讹变成黄河，真是让人无从解释了。（博主补充：另一种说法是讲原话是不见黄娥心不死，模模糊糊记得说的是一个痴情男子，寻觅其恋人黄娥的故事。这是李学宽老师提供的说法，也有道理哦。谢谢李老师） 6、舍不得孩子套不住狼，本是舍不得鞋子套不住狼意思是要打到狼，就要不怕跑路，不怕费鞋。不过这个我还能理解点，因为好像四川那边管鞋叫孩子。如果真的拿活生生的孩子去套狼，也太恐怖啦！（博主补充：山西的土话以及广州话中，鞋的发音也同孩子的孩） 7、狗屁不通，这个成语最初是狗皮不通。狗的表皮没有汗腺，酷夏，狗要借助舌头来散发体内的燥热。狗皮不通就是指狗的身体这个特点，屁是污浊的象征，对于文理不通的东西，以屁来喻，也就将就吧！ 8、王八蛋这是民间的一句骂人话。实际上，这句话的原来面目是忘八端。古代八端是指孝，悌，忠，信，礼，义，廉，耻，此八端指的是做人之根本，忘记了这八端也就是忘了基本的做人根本，可是后来却被讹变成王八蛋。; 个人分类: 海纳百川|4625 次阅读|8 个评论

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