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[简体字幕][高校入試][第2集]
lcj2212916 2012-12-3 19:57
【 中文 劇名】:高校入試 【日文劇名】:高校入試 【電視台】:富士台 【首 播】:2012-10-06 【回 數】:未知 【導 演】:星護、北川學 【編 劇】:湊かなえ 【制作人】:羽鳥健一、栁川由起子 【主題曲】:back number「青い春」 【格 式】:MP4 【語 言】:日語简中 【字 幕】:日菁字幕組 【演 員】:長澤まさみ,南沢奈央,中尾明慶,徳山秀典,斉木しげる,高橋ひとみ,山本圭,入江雅人,生田智子,中村倫也,姜暢雄,美山加戀,羽場裕一 【劇情介紹】: 以當地頗具聲望的名門縣立高中的中考為背景,一系列的案件發生了。有人想要破壞這場高考。到底是誰出於什麼目的制造了這一系列的案件!?登場的所有人物都有可能是犯人,不到最後一刻,事情的真相都無法揭開…。 本作品的主演是女優長澤雅美。這次長澤雅美所飾演的是高中英語老師春山杏子。她是一個直到高中都生活在國外的海歸派,因為在海外生活了太長的時間,她完全無法理解日本特有的傳統思想,習慣了說話直截了當。她和學生的關系很好,是個活力充沛的老師。很意外的是,這將是長澤雅美首次飾演高中教師。她將演繹出怎樣的一個高中教師,請關注她的全新姿態。本次的腳本是創作了《告白》《少女》《贖罪》等人氣作品的暢銷作家湊佳苗。對於挑戰電視連續劇腳本的嘗試,湊香苗說“我覺得小說是完成圖,腳本是設計圖,感覺是挑戰完全不同的事物。登場的每個人物都有自己的思想,我花了很多時間去寫這個部分,思考著該如何傳達給觀眾。剩下的就是導演和演員會展現出怎樣的世界,觀看的人會如何理解,對此我也很期待。”對於主演長澤雅美,湊香苗顯得期待滿滿,“每個作品都展現給觀眾不同面貌的長澤雅美,我很期待她會如何演繹新任的熱血教師。或許我們可以看到以前未曾見過的長澤雅美,一個只有長澤雅美才能演繹的老師”。 下载地址: http://www.ctdisk.com/file/12763992 http://radarew.5d6d.net/thread-925-1-1.html
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[简体字幕][高校入試][第1集]
lcj2212916 2012-12-2 20:14
【 中文 劇名】:高校入試 【日文劇名】:高校入試 【電視台】:富士台 【首 播】:2012-10-06 【回 數】:未知 【導 演】:星護、北川學 【編 劇】:湊かなえ 【制作人】:羽鳥健一、栁川由起子 【主題曲】:back number「青い春」 【格 式】:MP4 【語 言】:日語简中 【字 幕】:日菁字幕組 【演 員】:長澤まさみ,南沢奈央,中尾明慶,徳山秀典,斉木しげる,高橋ひとみ,山本圭,入江雅人,生田智子,中村倫也,姜暢雄,美山加戀,羽場裕一 【劇情介紹】: 以當地頗具聲望的名門縣立高中的中考為背景,一系列的案件發生了。有人想要破壞這場高考。到底是誰出於什麼目的制造了這一系列的案件!?登場的所有人物都有可能是犯人,不到最後一刻,事情的真相都無法揭開…。 本作品的主演是女優長澤雅美。這次長澤雅美所飾演的是高中英語老師春山杏子。她是一個直到高中都生活在國外的海歸派,因為在海外生活了太長的時間,她完全無法理解日本特有的傳統思想,習慣了說話直截了當。她和學生的關系很好,是個活力充沛的老師。很意外的是,這將是長澤雅美首次飾演高中教師。她將演繹出怎樣的一個高中教師,請關注她的全新姿態。本次的腳本是創作了《告白》《少女》《贖罪》等人氣作品的暢銷作家湊佳苗。對於挑戰電視連續劇腳本的嘗試,湊香苗說“我覺得小說是完成圖,腳本是設計圖,感覺是挑戰完全不同的事物。登場的每個人物都有自己的思想,我花了很多時間去寫這個部分,思考著該如何傳達給觀眾。剩下的就是導演和演員會展現出怎樣的世界,觀看的人會如何理解,對此我也很期待。”對於主演長澤雅美,湊香苗顯得期待滿滿,“每個作品都展現給觀眾不同面貌的長澤雅美,我很期待她會如何演繹新任的熱血教師。或許我們可以看到以前未曾見過的長澤雅美,一個只有長澤雅美才能演繹的老師”。 下载地址: http://www.ctdisk.com/file/12703335 http://radarew.5d6d.net/thread-925-1-1.html
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[转载]取消页码显示 remove page number
orient 2012-11-21 12:24
http://zeeshanr.blogspot.com/2008/09/removing-page-numbers-from-latex.html \maketitle \thispagestyle{empty} \pagestyle{empty}
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[转载]《虚数的图解》转载
热度 6 wbaoliang 2012-11-18 12:28
"我一直觉得虚数(imaginary number)很难懂。   中学老师说,虚数就是-1的平方根。      可是,什么数的平方等于-1呢?计算器直接显示出错!   直到今天,我也没有搞懂。谁能解释,虚数到底是什么?   它有什么用?" 帖子的下面,很多人给出了自己的解释,还推荐了一篇非常棒的文章 《虚数的图解》 。我读后恍然大悟,醍醐灌顶,原来虚数这么简单,一点也不奇怪和难懂! 下面,我就用自己的语言,讲述我所理解的虚数。 一、什么是虚数? 首先,假设有一根数轴,上面有两个反向的点:+1和-1。 这根数轴的正向部分,可以绕原点旋转。显然,逆时针旋转180度,+1就会变成-1。 这相当于两次逆时针旋转90度。 因此,我们可以得到下面的关系式:   (+1) * (逆时针旋转90度) * (逆时针旋转90度) = (-1) 如果把+1消去,这个式子就变为:   (逆时针旋转90度)^2 = (-1) 将"逆时针旋转90度"记为 i :   i^2 = (-1) 这个式子很眼熟,它就是虚数的定义公式。 所以,我们可以知道, 虚数 i 就是逆时针旋转90度,i 不是一个数,而是一个旋转量。 二、复数的定义 既然 i 表示旋转量,我们就可以用 i ,表示任何实数的旋转状态。 将实数轴看作横轴,虚数轴看作纵轴,就构成了一个二维平面。旋转到某一个角度的任何正实数,必然唯一对应这个平面中的某个点。 只要确定横坐标和纵坐标,比如( 1 , i ),就可以确定某个实数的旋转量(45度)。 数学家用一种特殊的表示方法,表示这个二维坐标:用 + 号把横坐标和纵坐标连接起来。比如,把 ( 1 , i ) 表示成 1 + i 。 这种表示方法就叫做复数(complex number),其中 1 称为实数部,i 称为虚数部。 为什么要把二维坐标表示成这样呢,下一节告诉你原因。 三、虚数的作用:加法 虚数的引入,大大方便了涉及到旋转的计算。 比如,物理学需要计算"力的合成"。假定一个力是 3 + i ,另一个力是 1 + 3i ,请问它们的合成力是多少? 根据"平行四边形法则",你马上得到,合成力就是 ( 3 + i ) + ( 1 + 3i ) = ( 4 + 4i )。 这就是虚数加法的物理意义。 四、虚数的作用:乘法 如果涉及到旋转角度的改变,处理起来更方便。 比如,一条船的航向是 3 + 4i 。 如果该船的航向,逆时针增加45度,请问新航向是多少? 45度的航向就是 1 + i 。计算新航向,只要把这两个航向 3 + 4i 与 1 + i 相乘就可以了(原因在下一节解释):   ( 3 + 4i ) * ( 1 + i ) = ( -1 + 7i ) 所以,该船的新航向是 -1 + 7i 。 如果航向逆时针增加90度,就更简单了。因为90度的航向就是 i ,所以新航向等于:   ( 3 + 4i ) * i = ( -4 + 3i ) 这就是虚数乘法的物理意义:改变旋转角度。 五、虚数乘法的数学证明 为什么一个复数改变旋转角度,只要做乘法就可以了? 下面就是它的数学证明,实际上很简单。 任何复数 a + bi,都可以改写成旋转半径 r 与横轴夹角 θ 的形式。 假定现有两个复数 a + bi 和 c + di,可以将它们改写如下:   a + bi = r1 * ( cosα + isinα )   c + di = r2 * ( cosβ + isinβ ) 这两个复数相乘,( a + bi )( c + di ) 就相当于   r1 * r2 * ( cosα + isinα ) * ( cosβ + isinβ ) 展开后面的乘式,得到   cosα * cosβ - sinα * sinβ + i( cosα * sinβ + sinα * cosβ ) 根据三角函数公式,上面的式子就等于   cos(α+β) + isin(α+β) 所以,   ( a + bi )( c + di ) = r1 * r2 * ( cos(α+β) + isin(α+β) ) 这就证明了,两个复数相乘,就等于旋转半径相乘、旋转角度相加。
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为何度符合幂函数分布的网络被称为无标度网络
热度 2 cosismine 2012-11-10 19:41
英语,看过,总觉得懂了。但过后,就又不知道所云了。英语,还是得翻译出来。不翻译出来,到底不能成为你自己的东西。很多年前,看过这么一段话,还自以为自己懂了,还在博客上写了,但最近在看这方面的问题,还是记不起来。所以,把相关文章翻出来,翻译出来,这回我想我是真的懂了这个问题了。 A Study of NK Landscapes’ Basins and Local Optima Networks A second important aspect in the study of networks has been the realization that in many real-world networks, the distribution of the number of neighbours (the degree distribution) is typically right-skewed with a "heavy tail", meaning that most of the nodes have less-than-average degree whilst a small fractions of hubs have a large number of connections. These qualitative description can be described mathematically by a power-law , which has the asymptotic form p(k)  k− . This means that the probability of a randomly chosen point having a degree k decays like a power of k, where the exponent (typically in the range ) determines the rate of decay. A distinguishing feature of power-law distributions is that when plotted on a double logarithmic scale, a powerlaw appears as a straight line with negative slope . This behavior contrasts with a normal distribution which would curve sharply on a log-log plot, such that the probability of a node having a degree greater than a certain "cutoff" value is nearly zero. The mean would then trivially represent a characteristic scale for the network degree distribution. Since networks with power-low degree distribution lack any such cutoff value, at least in theory, they are often called scale-free networks . Examples of such scale-free networks are the world-wide-web, the internet, scientific collaboration and citation networks, and biochemical networks. 在网络研究第二个重要方面是在很多现实世界的网络结构中,节点邻居数量的分布通常是有着厚重尾巴的右倾斜分布,这意味着大多数节点的度少于平均数,而很少一部分的节点有很大的节点。这种数量描述可以用数学中的幂律来描述,这种幂律有着渐近线是。。。这意味着随机选择一个度为k的节点的概率随着幂k而减少,指数通常在2-3之间,指数大小决定着衰减的速度。幂律分布的典型特征是如果把这些点房子双Log坐标轴上的话,幂律分布就是一条斜率为负数的直线。这种性质和其整台分布相对。正态分布要是画在双LOG坐标轴上的话,会急剧弯曲。这种正态分布,选择一个比一个截止值更大的度的概率近乎为零。平均值就明显地代表着网络度分布的一个标度。而幂律分布的网络没有这样一个截止值,至少在理论上缺乏这么一个截止值。符合幂律分布的网络就要无标度网络。无标度网络有万维网,internet, 科学合作网和引文网,,生物化学网等。
个人分类: 我美丽的秃瓢岁月|11589 次阅读|2 个评论
第二篇SCI被JGR接受
热度 4 zlip32 2012-11-2 21:56
今天收到JGR编辑Zhang的email,我的文章被JGR-Atmos接收了,虽然我是通讯作者,但也很开心。 Dear Dr. Zhao: I am pleased to accept "Statistical tests for a correlation between decadal variation in June precipitation in China and sunspot number" for publication in Journal of Geophysical Research - Atmospheres. 我会继续努力!我现在的方向是一个很有潜力的方向。
5275 次阅读|8 个评论
A template converting number type to string in C++
newmerce 2012-10-25 22:43
// usage: // string str = toStringdouble (10.0); templatetypename T std::string toString(const T inType) { std::stringstream retStr; retStr inType; return retStr.str(); }
个人分类: C/C++|2116 次阅读|0 个评论
R语言:Project Euler Problem 46
itellin 2012-10-18 16:20
It was proposed by Christian Goldbach that every odd composite number can be written as the sum of a prime and twice a square. 9 = 7 + 2 1 2 15 = 7 + 2 2 2 21 = 3 + 2 3 2 25 = 7 + 2 3 2 27 = 19 + 2 2 2 33 = 31 + 2 1 2 It turns out that the conjecture was false. What is the smallest odd composite that cannot be written as the sum of a prime and twice a square? require(gmp) n - 1:10000 p - n for (i in seq(3,10000,2)) { if (any(p==i)) next x - sqrt((i-p )/2) if (any(round(x) == x)) { next } else { cat (i, "\n") } } 5777
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R语言:Project Euler Problem 38
itellin 2012-10-7 11:10
Take the number 192 and multiply it by each of 1, 2, and 3: 192 1 = 192 192 2 = 384 192 3 = 576 By concatenating each product we get the 1 to 9 pandigital, 192384576. We will call 192384576 the concatenated product of 192 and (1,2,3) The same can be achieved by starting with 9 and multiplying by 1, 2, 3, 4, and 5, giving the pandigital, 918273645, which is the concatenated product of 9 and (1,2,3,4,5). What is the largest 1 to 9 pandigital 9-digit number that can be formed as the concatenated product of an integer with (1,2, ... , n) where n 1? is.pandigital = function(x){ g = 1:9 d = as.integer(unlist(strsplit(as.character(x),NULL))) setequal(d,g) } result = 0 for (i in 9387:9234) { result = paste(i, 2*i,sep='') if(is.pandigital(result)) break } "932718654"
1665 次阅读|0 个评论
Using Multitask Classification Methods to Investigate ...
xiaohai2008 2012-9-27 16:43
@ARTICLE{GXFF12, author = {Shan Gao and Shuo Xu and Yaping Fang and Jianwen Fang}, title = {Using Multitask Classification Methods to Investigate the Kinase-Specific Phosphorylation Sites}, journal = {Proteome Science}, year = {2012}, volume = {10}, pages = {S7}, number = {Suppl. 1}, abstract = {\textbf{Background:} Identification of phosphorylation sites by computational methods is becoming increasingly important because it reduces labor-intensive and costly experiments and can improve our understanding of the common properties and underlying mechanisms of protein phosphorylation. \textbf{Methods:} A multitask learning framework for learning four kinase families simultaneously, instead of studying each kinase family of phosphorylation sites separately, is presented in the study. The framework includes two multitask classification methods: the Multi-Task Least Squares Support Vector Machines (MTLS-SVMs) and the Multi-Task Feature Selection (MT-Feat3). \textbf{Results:} Using the multitask learning framework, we successfully identify 18 common features shared by four kinase families of phosphorylation sites. The reliability of selected features is demonstrated by the consistent performance in two multi-task learning methods. \textbf{Conclusions:} The selected features can be used to build efficient multitask classifiers with good performance, suggesting they are important to protein phosphorylation across 4 kinase families.}, } 全文见: Using multitask classification methods to investigate the kinase-specific phosph.pdf
个人分类: Bioinformatics|3681 次阅读|0 个评论
vim 用法
热度 1 cwjwang 2012-8-15 23:32
v:可视模式 可以一个个字符选择 V:可视行模式 可以选择行 ctrl+v:可视块模式 可以选择块 ,按方向键进行选择,按y复制,移到想要粘贴的地方,ESC---p复制。 在命令模式,大写R替换模式 插入模式 i /I o/O :新起一行 s/S:删除一行,插入 a/A:退一格进入插入模式 命令模式ZZ同样具有保存功能。 w只是保存,不退出 *G :命令模式,跳到多少行 末行模式:set number ,设置行号。 http://www.cnblogs.com/itech/archive/2009/04/17/1438439.html
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中文期刊前100名 (5年H指数)
热度 1 xupeiyang 2012-5-30 09:02
Publications h5-index is the h-index for articles published in the last 5 complete years. It is the largest number h such that h articles published in 2007-2011 have at least h citations each. hide h5-median for a publication is the median number of citations for the articles that make up its h5-index. hide Title h5-index h5-median 1. 经济研究 46 61 2. 中华护理杂志 38 52 3. 中华医院感染学杂志 37 44 4. 会计研究 36 60 5. 中国高教研究 31 48 6. 管理世界 31 44 7. 电网技术 31 42 8. 中国电机工程学报 30 37 9. 电力系统自动化 29 40 10. 石油学报 29 39 11. 软件学报 28 44 12. 地理学报 27 38 13. 岩石力学与工程学报 27 37 14. 中国实用外科杂志 27 35 15. 中国实用妇科与产科杂志 27 35 16. 中国工业经济 27 34 17. 中国职业技术教育 26 45 18. 广东气象 26 37 19. 中国感染与化疗杂志 25 45 20. 中国高等教育 25 43 21. 中国社会科学 25 38 22. 外语界 25 35 23. Chinese Nursing Research 25 31 24. 数量经济技术经济研究 25 31 25. 求是 24 38 26. 实验室研究与探索 24 32 27. 金融研究 24 32 28. 中国护理管理 24 31 29. 实用妇产科杂志 24 31 30. 教育研究 24 30 31. 实验技术与管理 24 29 32. 光学精密工程 24 28 33. 生态学报 24 28 34. 农业工程学报 24 26 35. 中国土地科学 23 37 36. 新华文摘 23 35 37. 中国图书馆学报 23 34 38. 大学图书馆学报 23 31 39. 安徽农业科学 23 27 40. 护士进修杂志 23 27 41. 中国大学教学 22 31 42. 中国沙漠 22 30 43. 农业经济导刊 22 30 44. 图书情报工作 22 28 45. 临床麻醉学杂志 22 27 46. 草业学报 22 27 47. 高等教育研究 22 27 48. 农业经济问题 22 26 49. 地震地质 21 40 50. 教育与职业 21 35 51. 中国药房 21 32 52. 世界经济 21 31 53. 实用儿科临床杂志 21 29 54. 高等工程教育研究 21 29 55. 中国法学 21 28 56. 天然气工业 21 28 57. 第四纪研究 21 28 58. 中国实用内科杂志 21 27 59. 图书馆论坛 21 27 60. 地理科学 21 27 61. 护理学杂志: 外科版 21 27 62. 电子学报 21 27 63. 中国农业科学 21 26 64. 旅游学刊 21 26 65. 水生生物学报 21 25 66. 中国人口资源与环境 20 30 67. 国际金融研究 20 30 68. 图书与情报 20 29 69. 高电压技术 20 29 70. 地理研究 20 28 71. 地球科学进展 20 27 72. 职教论坛 20 27 73. 计算机学报 20 26 74. 资源科学 20 26 75. 中华检验医学杂志 20 25 76. 中国行政管理 20 25 77. 建筑结构学报 20 25 78. 环境科学 20 25 79. 中国医院管理 20 24 80. 图书馆建设 20 24 81. 地球物理学报 20 24 82. 地球物理学进展 20 24 83. 山西建筑 20 24 84. 燃料化学学报 20 24 85. 图书馆 20 23 86. 中国全科医学 20 22 87. 社会学研究 19 36 88. 经济学 19 32 89. 中华流行病学杂志 19 29 90. 中国高等医学教育 19 28 91. 石油勘探与开发 19 28 92. 职业技术教育 19 28 93. 中国科学: D 辑 19 27 94. 中国血吸虫病防治杂志 19 27 95. 外语教学与研究: 外国语文双月刊 19 27 96. 色谱 19 27 97. 中国疫苗和免疫 19 26 98. 图书馆杂志 19 26 99. 地理科学进展 19 26 100. 思想理论教育导刊 19 26 谷歌 http://scholar.google.com/citations?view_op=top_venueshl=envq=cn
个人分类: 引证分析|3998 次阅读|2 个评论
【自】vim定位、搜索功能:
chnfirst 2012-5-11 13:09
http://blog.csdn.net/guoguo1980/article/details/2937151 如何显示行号: vi filename :set number :set nonumber http://hi.baidu.com/linux_shared/blog/item/488aecffffad672c4e4aea5b.html vim 跳转到指定行 2010-08-23 23:50 在命令行模式下输入 ngg 或者 nG 或者 :n n为指定的行数(如100) 100gg或者100G 跳转到第100行。 如果想打开文件即跳转,则可以用 vim +n FileName http://www.berlinix.com/vim_search.html Vim的搜索包括在一个文本中搜索字符串,以及在文件系统中搜索文件。 Vim搜索字符串 最简单的方式,是在Normal模式下,输入 /或?进入命令模式 ,并输入你要查找的字符串。 /将从前往后搜索 , ?将从后往前搜索,通过n或N控制在搜索目标中向前或向后跳转。 可以使用:se hlsearch开启或:se nohlsearch关闭搜索高亮。因为通常需要搜索高亮,所以我在~/.vimrc中配置了: :se hlsearch nmap F2 :nohCR 这里做了一个映射,在Normal模式下敲击F2取消高亮。 以下是Vim字符串搜索的命令小结: 命令 说明 :se hlsearch 启用高亮显示 :se nohlsearch 彻底禁用高亮显示 :nohlsearch 关闭高亮显示 选中本文段,然后搜索 方法1 Vim多个命令组合 v进入VisualMode hjlk高亮选中目标搜索文本 y 复制文本 / 进入搜索命令行 ctrl+r,并输入0,粘贴最近复制内容 方法2 用Vim脚本实现 为.vimrc添加一段代码 vnoremap silent * :C-U \let old_reg=getreg('"')Barlet old_regtype=getregtype('"')CR \gvy/C-RC-R=substitute( \escape(@", '/\.*$^~['), '\_s\+', '\\_s\\+', 'g')CRCR \gV:call setreg('"', old_reg, old_regtype)CR vnoremap silent # :C-U \let old_reg=getreg('"')Barlet old_regtype=getregtype('"')CR \gvy?C-RC-R=substitute( \escape(@", '?\.*$^~['), '\_s\+', '\\_s\\+', 'g')CRCR \gV:call setreg('"', old_reg, old_regtype)CR
个人分类: Linux|1 次阅读|0 个评论
不是问题的问题 -- SCI/EI 收录的 Accession Numbe
tengyi1960 2012-2-14 15:37
不是问题的问题 -- SCI/EI 收录的 Accession Numbe
当我们以前检索过,并得到文章收录的 Accession Numbe 后,建议记录下来。这样,当来年需要检索时可以方便的调出。做法是用“OR”链接所有的 Accession number,组成检索式选“所有字段”进行检索,一次可获得所有的收录条目。 SCI/EI 收录均可以这样做,但对于同一篇文献来说两库的 Accession number不同。 如果有新增的文章,您只有单独做一遍!请注意:有时 Accession number与出版的时间并不对应。 在准备申报材料的时候您也许会自己“预先检索”,请特别注意文件规定的要求(时间、格式等)。另外就是要在检索时注意选库准确,不然就会出问题罗。
个人分类: 工作感悟|2291 次阅读|0 个评论
[转载]Discovery Studio 分子动力学模拟基本步骤
yuanhui80 2012-2-14 09:56
1,先加溶剂分子,记住要加抗衡离子。Cell shape选择加水子最少的也许好点,记住最好把Minimum Distance From Boundary设置大一点,如12。不过计算会变慢。 2,然后把多肽进行Steepest Descent,即最陡下降法进行minimization,先限制多肽,用tools中的simulation中的constraints中的 create fix atom constraints处理,其中把模建最好的结果用CHARMm,作为input typed molecular的分子,max steps选择6000,electrostatics选择particle mesh ewald,algorithm为Steepest Descent,number of processors选择2,使RMS Gradient为0.1,用最陡下降法优化水分子6000步。 3,把结果用Conjugate Gradient即共轭梯度法优化6000步,限制为fix,rms gradient设为0.001,electrostatics选择particle mesh ewald,number of processors选择2,其它参数默认。 4,把fix删除。即在hierarchy中用delete删除。 5,进行Steepest Descent,即最陡下降法进行minimization, max steps选择6000,electrostatics选择particle mesh ewald,number of processors选择2,使RMS Gradient为0.1,用最陡下降法优化6000步。做完之后,用tools中的protein modeling中的protein health中的check structure处理,看看结构变好没有。有时候结果会很坏,那么就希望在以后的优化中,结果会越来越好。主要是把时间设置长一点。 6,用共轭梯度法优化6000步,rms gradient设为0.001(看实验而定),electrostatics选择particle mesh ewald,number of processors选择2,其它参数默认。做完之后,用protein model中的check structure处理,看看结构变好没有。有时候结果会很坏,那么就希望在以后的优化中,结果会越来越好。 7,进行dynamics(heating or cooling),其中input typed molecular为上步conjugate gradient法得到的outputfile(包含水分子和离子),steps设置为100000,save results frequency为1000,electrostatics为particle mesh ewald,heating save restart file为true,number of processors选择2,没有限制常数,其它参数默认。温度当然要看你的试验情况了。做完之后,用protein model中的check structure处理最后一个构象(需要把最后构象复制到新窗口,即选中最后一列数字,然后在hierarchy中点击右键选择copy,然后选择file-new-3d windows,然后paste),看看结构变好没有。 8,进行dynamics(equilibration),其中input typed molecular为上步dynamics(heating or cooling) 中的output中结果(要包括水分子和离子,不用复制最后构象到新窗口,只要打开含有全部构象的文件就行),记住把最后一个构象变为active(即选中最后一列数字),温度当然要看你的试验情况了,steps设置为500000,save results frequency为1000,constant pressure为true(根据实验而定),electrostatics为particle mesh ewald,equilibration save restart file为true,其中equilibration restart file为上步得到的output中的rst文件,number of processors选择2,其它参数默认。 9,进行dynamics(production),其中的input type molecular为上步dynamics(equilibration)中output中的结果(要包括水分子和离子,不用复制最后构象到新窗口,只要打开含有全部构象的文件就行),记住要把最后一个构象选中(即选中最后一列数字),使其变为active,温度当然要看你的试验情况了,steps设置为 1000000,save results frequency为1000,production type为NPT(根据你实验情况而定),electrostatics为particle mesh ewald,production restartfile为上步得到的output中的rst文件,production save restart file为true,number of processors选择2,其它参数默认。用proteinmodel中的check structure处理最后一个构象(需要把最后构象复制到新窗口),看看结构变好没有。时间可以设置更长,现在好象要求越来越长了。不过,我一般开始先跑500ps,然后才1ns。主要怕出错。 这是我的基本步骤,主要处理蛋白质的,并且加了水分子和离子,不知道有什么不足。对于小分子,可能没有这么麻烦,可以用最简单的方法进行优化(即进行minimization时,algorithm选择smart minimizer处理,其中implicit solvent model选择GBSW,max steps选择5000,其它默认)。对于蛋白质用隐形模型处理的话,Implicit Solvent Model最好选择GBSW, Electrostatics最好为Spherical Cutoff。综上,也许有不对之处请指出。谢谢! 说句题外话,分区格式最好为NTFS,因为FAT32最大支持文件为4G。 这是我的基本步骤,主要处理蛋白质的,不知道有什么不足。对于小分子,可以没有这么麻烦,可以用最简单的方法进行优化(即进行minimization 时,algorithm选择smart minimizer处理,其中implicit solvent model选择GBSW,max steps选择5000,其它默认 ),也许有不对之处请指
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Convert the string to number and compare
shenxzh 2012-2-1 15:19
Use bc $ echo "0.8 0.7" | bc 1 $ echo "0.8 0.7" | bc 0 $ echo ".08 0.7" | bc 0 use awk x = "0.80" y = "0.70" result = $ ( awk - vx = $x - vy = $y 'BEGIN{ print x=y?1:0}' ) if ; then echo "x more than y" fi
个人分类: Shell scripts|2520 次阅读|0 个评论
永远别说,随时可以!
热度 1 dxniu 2011-10-21 00:24
好不容易和敬仰的席宁老师互通了email,先赞一下席宁老师对待学生的态度,几乎是瞬间就回复了邮件,很客气的说: I would like to have a chance to chat with you over the phone. Could you please let me know what number and when it is convenient for me to call you? 兴奋之中,傻不拉几的就回复到:随时可以! 写在这里就是希望能给自己告诫,永远别说,随时可以! 人家问你什么时间方便,其实是一份很正式的约定,礼貌的做法是一定给出具体时间,哪怕对方不合适再修改。说随时可以就是放弃约定,对方也也就无从下手。 “随时可以”还体现出了对自己时间的不尊重,对方可不一定体谅你谦卑的心情,一旦认定你是个随意的人,自然也没有下文。 • 整理资料 找到很久前写下的话,声明一下原创。 铁杵能磨成针,但木杵只能磨成牙签,材料不对,再努力也没用 都是草,竹子可以比树长得高,芦苇也有天分,但是喝再多的水,晒再多的太阳也长不成参天大 草. 同样的一瓶饮料,便利店里卖3元,五星饭店里卖60元,很多的时候,一个人的价值取决于所 在的位置
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获取cpu逻辑核的数量
热度 1 hillpig 2011-1-18 20:23
在many-core程序的设计中,往往需要获取cpu核的数量,觉得这段代码很好,摘录下来: 摘自:http://stackoverflow.com/questions/150355/programmatically-find-the-number-of-cores-on-a-machine #ifdef _WIN32 #include windows.h #elif MACOS #include sys/param.h #include sys/sysctl.h #else #include unistd.h #endif int getNumCores () { #ifdef WIN32 SYSTEM_INFO sysinfo ; GetSystemInfo ( sysinfo ); return sysinfo . dwNumberOfProcessors ; #elif MACOS int nm ; size_t len = 4 ; uint32_t count ; nm = CTL_HW ; nm = HW_AVAILCPU ; sysctl ( nm , 2 , count , len , NULL , 0 ); if ( count 1 ) { nm = HW_NCPU ; sysctl ( nm , 2 , count , len , NULL , 0 ); if ( count 1 ) { count = 1 ; } } return count ; #else return sysconf ( _SC_NPROCESSORS_ONLN ); #endif } 加我私人微信,交流技术。
个人分类: postgresql|6075 次阅读|2 个评论
Zhang Effective Principal Quantum Number n*
baijiab 2009-12-27 08:26
Yonghe Zhang ionocovalent theory applications (4). I. Methods The Effective principal quantum number n is a term for describing the electron wavefunction. It determines the size and (in hydrogen atom) the energy of an orbital. The n is used to label electron shells and may take on integer values from 1 to infinity. Large n means a large valence shell. Based on the consideration ofthe spatial screening of the electron orbitals and the Zhengsionization energies , we have correlated a relationship with t he effective principal quantum number n* by observation-feedback calculation : n 1 2 3 4 5 6 7 n * 1(0.85) 1.99 2.89 3.45 3.85 4.36 4.36(4.99) And the n * has been widely adopted for derivation and calculation of new atomic and molecular parameters such as effective nuclear charges topological index, bond energy, lattice energy, molecular connectivity index and topological index m G . N.-W. Zheng, Ko Hsueh Tung Pao, 1977, 22 (12), 531 Y. Zhang, J. Molecular Science, (Chinese) 1981, 1 , 125. Y. Zhang,, Inorg Chem., 1982, 21, 3886 ; K. Li, and D. Xue, Phys. Stat. Sol. (b), 2007, 244, 6, 1982. D. Yu, J. Chongqing Normal University (Natural Science Ed.), 2006, 23, 3, 1-4. C.-J. Feng, Chemical Researches., 1999, 10, 2, 57-63. C.-J. Feng, Chinese Journal of Inorg, Chem., 1999, 15, 3, 1-9. C.-J. Feng, Chinese Journal of Inorg, Chem., 2000, 16, 5, 715-720 S.-Y. Xu, Z.-P. Zhang, M.-Y. Song, J.-Y. Xue, Journal of University of Science and Technology of China , 2006, 36, 9, 1015-1020.
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