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ATP——遗传密码的密码!
热度 12 Wildbull 2017-5-12 07:46
❶ 草根 出击,揭露遗传密码子的诡异身世 ...... 从密码子与生化系统的内在关联去窥视它们可能的协同演化机密—— 这虽不见得就是真理, 但至少会是一条通向真理之路 ! ❷ 关于密码子或生命起源的所有假说或理论既不能证实, 也无法证伪,过去和现在一样,将来亦可能如此,但这不是我们放弃探索的理由…… 遗传密码子的身世是现代生命科学的最大谜团之一(可谓绝世难题),虽然破译它已过去了半个多世纪 , 但真容”依然深藏于灰雾濛濛之中。近年 , 虽然对密码子变异或可塑性及其与氨基酸分配的关系等研究很多 , 但在密码子起源方面几乎没有取得实质性进展。大多数人悲观地认为,准确重建密码子的起源过程是不大可能的( Rauchfuss, 2008 )。毫无疑问 , 作为一种化学语言的遗传密码的设计绝不会依赖于所谓的上帝之手的干预 , 但我们也没有可信的化石证据 , 因为数十亿年的光阴已将生命演化早期的分子遗迹彻底抹灭( Leslie 2009 )。 在物质世界中 , 有了信息及其记载 , 历史才有意义。生命的独特本质之一就是获得了将物质信息化的能力 , 即将自身的生命过程储存于一种特殊的信息分子 DNA 之中。可以这样说 , 生命的诞生以信息系统的成功建立为标志 , 即出现了记载可重现个体发育信息的大分子—— DNA 。这种生命构建的可重现性就是“遗传”。其实,遗传信息本质上就是核酸与蛋白质之间的一种特殊的化学联系( 图 1 )。 图 1 三联体密码子 笔者从密码子与生化系统的内在关联之中探寻它们可能的协同演化机理 , 认为遗传密码是原始细胞从能量转化到信息化演化过程的产物 , 而三磷酸腺苷( ATP )扮演了最重要的角色,提出了“ ATP 中心假说”,将密码子的起源与光合作用介导的以 ATP 为核心的生化系统的演化相耦联。这一学说由一个核心和三个基本原则所组成。 1. 一个核心 生命始于水环境中光能驱动下的能量与物质的转换(电子和质子流动的元素重组为表征)。太阳光能驱动着各种分子中 / 间元素之间的相互作用,构成了各种形式的运动。生命系统的本质就是进行能量转换 , 它通过生化系统来运行。遗传密码是生化系统的一部分 , 它的本质是通过 3 个核苷酸编码一个氨基酸(称之为三联体密码子),构成所谓信息,并能遗传到子代(称之为遗传信息)。离开了生命世界 , 信息将毫无意义 , 因此 , 信息一定是生命的信息。 ATP 担当起了能量货币的角色,既可以储存太阳能,也可作为化学能而释放。原始生命构建了一个以 ATP 为核心的生化代谢体系。 ATP 是所有绿色植物光合作用的唯一的化能产品。因此,包括遗传密码子在内的生化系统都是以 ATP 为核心构建起来的。 ATP 在光合作用、代谢通路和遗传系统之间架起了桥梁( 图 2 ),导演了一系列的生化循环(如卡尔文循环、糖酵解和三羧酸循环等)及令人眼花缭乱的元素重组。 图 2 作为能量和信息载体的 ATP 在现代细胞中位于生化系统的中心 , 在光合作用、代谢通路和遗传信息之间架起了桥梁(谢平 2017 ) 2. 三个基本原则 ① 个体性原则 客观的物理世界都可以归结为化学元素,而任何物体及其运动变化都可归结为化学元素之间的相互作用。但是,为什么这种元素之间的化学作用能够转变为可以可遗传的信息呢?可遗传的信息必须是个体性(像细胞这样的个性系统)发展的产物( 图 3 )。在相对封闭系统(个体)中将太阳能转换成化学能的随机事件得到了自然的青睐。将太阳能转化为化学能的过程称之为光合作用,这是在绿色植物或藻类中进行的过程。 图 3 个体——无论是漂浮在海中的微藻,还是扎根大地的参天大树 ATP 并不是太阳光能的直接产物 , 它的生成需要跨膜质子( H + )梯度 , 因此 , 需要具有相对封闭的像脂质囊泡这样的结构。 利用跨膜 H + 梯度 , 将 ADP 和 Pi 成功地合成 ATP, 这是地球生命史上的一个重要事件。 ADP 和 ATP 应该是地球早期存在的生命构件 , 而 ATP 合成酶 (ATPase) 是后来演化的产物。形象地说 , ATP-ADP 就似一个微电池 , ATP 放电变成 ADP, 而 ATPase 似一个充电器 , 其电能则来自跨膜的 H + 梯度。大量的 H + 恰好是太阳光能裂解水的产物 , 同时 , 裂解水产生的电子也需要进行跨膜传递 , 这是借助一系列电子载体来实现的 , 即所谓的电子传递链。也就是说, 光合作用需要在相对封闭的环境中进行,需要跨膜 H + 梯度的存在,因此,没有个体性(通过半通透性的膜来表征)就没有光合作用。 个体性即意味着竞争、斗争乃至欲望 , 这即为动因 , 随后演化才能水到渠成。有了个体性 , 生化反应的节律化或规律化才有可能 , 这亦是所谓的原始适应性。这样的禀性延绵到了高等生物之中 , 譬如 , 我们熟知的动物的习性与本能就是如此。 ② 同质性原则 可遗传意味着个体存在保持同质性( 图 4 )的秉性。因此,个体性需从随机性走向同质性,因为,如果只有随机性,物质世界就会始终停留于混沌之中。其实,同质性个体亦是存在选择的一种客观结果,当然也是规律性产生的前提。 为何大自然不停留于有机汤的世界 ? 或者说为何它从混沌走向了秩序 ? 这从表象上来说是太阳光能不断输入的结果 , 但本质或许是因为可遗传的同质性个体得到了存在的青睐(恰如德国哲学家黑格尔的一句至理名言——“存在即合理”)。同质性是在个体的能量转换过程中发展起来的。 图 4 物种及其同质的个体 ③ 信息化原则 原始生命的演化是一个从能量转换到信息化的过程。能量转换系统的诞生既是偶然的 , 也是必然的。为了实现能量转换 , 原始生命首先必须是一个相对封闭的系统(因为跨膜电位是太阳能转化成化学能的必要条件) , 就如现代细胞被双分子层磷脂组成的薄膜所包裹一样(当然最初的细胞被膜不可能如此精致)。而自发生成的脂质囊泡(这是脂类在水溶液中的一种自然特性)及其所随机包裹的生命构件似乎应该具备生命演化始点的条件。原始地球上必定存在了诞生生命所必须的基本化学构件(如 ATP 这样的核苷酸、氨基酸、脂肪酸、糖类等),否则就会掉进设计论的陷阱。 太空生物学证据(土卫六、彗星和陨星)显示,细胞诞生之前,生命构件业已存在,譬如,陨石几乎备齐了原始生命及光合作用起源用的一些核心的有机化合物构件( 图 5 , 图 6 ,图 7 )。各种各样的氨基酸的存在使多肽链的出现顺理成章,腺嘌呤和类糖物质说不定就是生物能量的货币物质— ATP 以及核苷酸前体形成的基础,再加上烟酸的存在,氢载体 NADPH (或 NADH )的出现似乎有了可能;从芳香环的存在加上核苷酸,另一个重要的电子传递体— FAD 的出现似乎不会困难;碳同化(卡尔文循环)、糖酵解、三羧酸循环等关键代谢过程中的一些小分子有机化合物(如丙酮酸、琥珀酸、甘油酸、乳酸等)也已存在。能够在水中形成膜状囊泡的两亲物质的存在使这些有机物在水存在的条件下形成细胞膜这样的结构成为可能。从成簇的芳香环化合物的存在似乎看到了出现卟啉结构的希望,加上长脂肪烃的存在,似乎看到了叶绿素这样的感光物质的出现也已万事俱备(谢平 2014 ) 图 5 Murchison 陨石中不可溶有机碳的组成(引自 Pizzarello 2011 )。 图 6 Murchison 陨石中的可溶性有机化合物(引自 Pizzarello 2011 )。 图 7 一些光合色素的分子结构(引自 Taiz and Zeiger 2010 ) 脂类与蛋白质通道的随机耦联赋予了细胞膜对物质的选择通透性(这在今天看来好像是便于细胞对物质交流的管控)。脂双层膜的选择通透性:水、甘油、色氨酸、一个普通的蛋白质以及钠离子在卵磷脂膜中的相对渗透性分别为 109 、 10 6 、 10 2 、 1 和 1 ,这就是说,双层磷脂膜对大分子和带电离子是不通透的,而小的非带电分子有较高的通透性,因此,这样的半透膜建立了对不同类型(如极性、大小)分子选择性摄取或释放的体系,而生物大分子若在囊泡内形成,则能在囊泡内部很好地保存并行使生命功能( Stano and Luisi 2011) 。带电粒子不能自由穿越脂双层这一点十分重要,因为如果没有这一特性, H + 就不能形成跨膜电位,也就不能用于 ATP 的合成,更不会有现在生命系统的存在(谢平 2016 )! 可以设想 , 在悬浮于水溶液的膜结构中 , 太阳光能反复的随机性刺激 , 驱动了这种个性化结构中电子与质子的流动 , 藉此拉开了元素重组的大幕。这种膜结构对物质进出的非均衡性影响 , 容易导致大分子有机物质的积累与囊泡破裂 , 逐渐推动细胞分裂机制的形成、细胞内化学反应的秩序化与信息化 , 发展出个体性稳定传递的机制(即遗传) , 并最终迎来了具有现代生命特征的活细胞的降临。 细胞分裂机制是怎样产生的?细胞膜选择性控制物质的进出——允许养分的进入,排出一些废物;细胞还需处理光合产物的堆积问题,有三种可能的途径(谢平 2014 ): ❶ 细胞不断增大。但事实上,这是不可能的,因为对漂浮于水中的原始细胞来说,细胞的增大就会由于沉降的加速而使它们快速葬身海底的风险聚增; ❷ 细胞将合成的有机物迅速分解,排出体外; ❸ 随着有机物的堆积,细胞一分为二,不断重复新的合成—分裂之过程。显然,生命选择了第 3 种方案( 图 8 )。 图 8 细胞体积随细胞分裂的变化(引自 Wikimedia ) 这种策略似乎与现生细胞体积的周期性变化相吻合:细胞分裂形成的新细胞,最初体积较小,只有母细胞的一半,但它们能迅速合成新原生质,细胞随之增大,到母细胞一般大小时,便可继续分裂,如此循环往复……(谢平 2014 )。 在无数的有机分子中 , 之所以断定 ATP 是遗传密码子的始作俑者,因为 ATP 是能量和信息的双重载体—— ATP 可以衍生出其他核苷酸 , 这些核苷酸可以自身缩合成核酸;它还可活化氨基酸 , 为多肽链的缩合提供了能量基础。因此 , 只有 ATP 才能建立起核酸和蛋白质之间的联系,这是信息化——遗传密码子起源的关键( 图 9 )。 图 9 ATP 既能自身缩合(形成核酸)也能活化氨基酸(形成多肽),才能将两者关联起来,这是在碱基序列与氨基酸之间建立起对应关系的重要基础 所谓的信息化就是 从随机性中筛选出节律性的过程( 图 10 )。 原始生化系统的演化就是一种在个性系统中受太阳光能的驱动从随机性筛选节律性或循环的过程, 这种筛选就是通过个体的存在(亦可称之为合理)来实现的。各种生化循环(如卡尔文循环、糖酵解和三羧酸循环等)的起源亦如此, 但演化的轨迹早已消逝。 图 10 密码子的起源—光合作用介导的 ATP 中心假说( ATP-centered hypothesis )示意图。蓝色虚线表示前生命期的演化过程 , 红色实线表示演化或作用从前生命期一直延续到生命期。箭头表示作用或影响方向(谢平 2017 ) ATP 通过自身的转化与缩合将错综复杂的生命过程信息化——筛选出用4种碱基编码20多个氨基酸的三联体密码子系统(4 3 =64, 还有相当大的编码冗余), 精巧地构建了一套遗传信息的保存、复制、转录和翻译以及多肽链的生产体系。 ATP 演绎出蛋白质与核酸互为因果的反馈体系, 并在个体生存的方向性筛选中, 构筑了对细胞内成百上千种同步发生的生化反应进行秩序化管控(自组织)的复杂体系与规则, 并最终建立起个性生命的同质化传递机制——遗传。因此,ATP真正才是遗传密码中的密码,王中之王! 原始生命系统的演化就是一种光能驱动下的规律性的建构过程, 即大自然中的生命法则或规律(如各种生化循环)是从随机性中筛选或创造出来的, 这是一种从混沌走向秩序的过程。而所有筛选必须以生命的个体性存在为前提,进而物质世界从冷寂的化学关系跨入了热络的生命(遗传)信息。 遗传信息在节律化或规律化的过程中必然产生, 因为没有它, 节律或规律及其所构建的适应将失去意义, 而物质亦只能停留于随机的混沌之中。这样, 信息化就是生命系统演化的必经之路, 因此, 一个集编码、保存、复制和翻译等于一体的遗传信息系统的登场也就瓜熟蒂落了。 原始生化系统应该就是光合作用演化的产物, 在光合产物不断堆积、细胞不断破裂的循环过程中, 逐渐从混沌走向秩序, 在不断完善的信息化过程中, 实现了同质性个体(当然并非绝对)的生产, 最终形成了一套对生化系统进行有序管控并能在母体分裂过程中向子代稳定传递的密码系统。细胞只有能成功进行信息化管控, 重复产生出同质性个体, 才是真正生命实体的开端, 才出现了真正意义上的物种, 才开始了物种的演化历程。 3. 他山之“石”,可以攻玉? 迄今为止, 人们对遗传密码的结构及工作机制已相当清楚, 但对其起源却是一知半解。目前提出的主要假说如下: ① 凝固事件假说(frozen accident hypothesis) 英国分子生物学家克里克(FrancisCrick,DNA双螺旋的发现者之一,1962年获诺贝尔生理学或医学奖)提出了凝固事件假说, 认为密码子与氨基酸的关系是在某一时期固定的, 之后很难再改变。现在所有的生物几乎使用着同样一套密码, 似乎支持这一假说。笔者认为, 这只是对演化事件时间节点的一种推测, 并未说明密码系统是如何起源的。 克里克(FrancisCrick,1916-2004) 德国化学家艾根(ManfredEigen,1967年获诺贝尔化学奖)指出: “ 在达尔文物种进化的前面, 还有一个类似的分子进化的渐进过程, 由此导致了唯一的一种运用普适性密码的细胞机构。这种密码最终确定起来, 并不是因为它是唯一的选择, 而是由于一种特殊的‘ 一旦-永存’ 选择机制, 可以从任何随机分配开始”(Eigen and Schuster 1979)。 艾根(Manfred Eigen, 1927- ) ② 立体化学假说(stereochemical hypothesis) 美国微生物学家和生物物理学家韦斯(Carl Richard Woese,生命“三域”学说和RNA世界学说的提出者)等提出了立体化学假说, 认为氨基酸与它们相对应的密码子有选择性的化学结合力, 即遗传密码的起源和分配与RNA和氨基酸之间的直接化学作用密切相关, 或者说, 密码子的立体化学本质取决于氨基酸与相应的密码子之间物理和化学性质的互补性( Woese et al.1966) 。 韦斯(Carl RichardWoese, 1928-2012 ) 奥地利学者Polyansky等发现, mRNAs中不同核酸碱基的密度分布非常类似于它们所编码的蛋白质中这些相同核酸碱基的氨基酸亲电子密度分布(Polyansky et al.2013)。笔者认为, 氨基酸与密码子的立体联系固然重要, 但单凭这一点还无法诠释一个完整的机制, 这一假说也未涉及演化动因。还有, 如何解释1个氨基酸能对应6个之多的密码子呢? ③ 共进化假说(co-evolution hypothesis) 长期从事基因密码研究的华裔学者王子晖(J. Tze-Fei Wong)提出了共进化假说( 图11 ), 认为氨基酸和相应编码的忠实性反映的是氨基酸生物合成路径的相似性, 而并非物理化学性质的相似性( Wong 1975) 。笔者认为, 这也只是在推测密码子起源的一种可能路线, 并未说明为何如此演化。此外, 从简单的原料合成各种氨基酸可能发生在前生命演化末期。 图11 遗传密码的进化图谱:在实线框中的密码子与现生有机体中的密码子相对应(Wong 1975) ④ 综合性假说(synthetic hypothesis) 美国学者Knight等 (1999) 提出了综合性假说( 图12 ), 认为遗传密码是由选择、历史和化学三个因素在不同阶段起作用的。初期主要是由氨基酸和密码子之间的直接相互作用来决定; 在新氨基酸的引入和密码子扩展阶段, 共进化作用可能占据主导地位; 而随着tRNA的进化和蛋白质的功能增加, 逐渐去除了氨基酸和密码子的直接相互作用, 密码子在不同尺度上的交换在某些程度上允许通过密码子的重新分配进行优化。这是对几种主要假说的综合, 但依然未能涉及演化的动因。 图12 关于遗传密码起源的综合性假说(Knight et al. 1999) ⑤ 其他假说 1981 年Manfred Eigen提出了试管选择(in vitro selection)假说, 1989年英国化学家Leslie Orgel提出了解码(decoding)机理起源假说, 1988年比利时细胞生物学和生物化学家Christian de Duve提出了第二遗传密码(second genetic code)假说。 Wu 等(2005)推测, 三联体密码从两种类型的双联体密码逐渐进化而来。不过, 也有人推测三联体密码子是从更长的密码子(如四联体密码子quadruplet codons)演变而来, 因为长的密码子具有更多的编码冗余从而能抵御更大的突变压力( Baranov et al, 2009 ) 。肖景发和于军( Yu, 2007 ; Xiao Yu, 2007 ; 肖景发和于军, 2009 ) 提出了遗传密码的分步进化假说(stepwise evolution hypothesis)。 中国科学院北京基因组研究所于军教授 赵玉芬等( Zhao Cao, 1994 , 1996 ; Zhao et al, 1995 ; Zhou et al, 1996 ) 提出了核酸与蛋白共同起源的观点, 认为“ 磷是生命化学过程的调控中心” , 因为磷酰化氨基酸能同时生成核酸及蛋白, 又能生成LB膜及脂质体。但磷酰化氨基酸为何要导演核酸和蛋白质的共进化故事呢? 清华大学赵玉芬院士 也有人将关于密码子起源的各种学说分为以下几类: 化学原理、生物合成扩展、自然选择、信息通道、博弈论和终止密码等( Freeland et al, 2003 ; Itzkovitz Alon, 2007 ; Tlusty, 2008 ; Yarus et al, 2009 ; Jee et al, 2013 ; Sengupta Higgs, 2015 ) 。例如, 根据率失真模型(rate-distortion models)推测, 密码子起源取决于对多样的氨基酸需求、抵御复制错误以及资源最小成本化等三种相互冲突的进化力量的平衡( Sella Ardell, 2006 ; Tlusty, 2008 ) 。 迄今为止所有关于遗传密码子起源的假说都存在一定的局限: ❶ 虽然各自反映了密码子起源的某个侧面, 但都忽视了生化系统的整体演化过程; ❷ 即便将眼光扩大到密码子与氨基酸之间的可能关系( Ohama et al,2008 ), 从密码子本身也不可能窥见密码子演化的秘密( Sciarrino Sorba, 2013 ; Baranov et al, 2015 ) ; ❸ 密码子经历了从简单到复杂的演化过程, 这不言而喻, 但如何准确刻画却是一个问题; ❹ 密码子与氨基酸之间存在立体化学联系, 这亦毋庸置疑, 如果否认这一点, 就会坠入神创论或设计论的泥潭,但实际上这种联系又并不那么紧密; ❺ 最重要的问题是,密码子的演化必须有动因,即什么驱动了密码子的演化? 4. 主要参考文献 1) AtkinsJF, Gesteland RF, Cech TR (2011) RNA Worlds: from Life’s Origins to Diversityin Gene Regulation. 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捣练子·细胞呼吸
热度 19 kongmoon 2017-3-29 11:53
【有氧呼吸】 花怒放,鸟啼欢, 生命能源起哪端? 糖酵释氢燃氧气, 腺苷远处锁磷酸。 【产酒精的无氧呼吸】 苹果绿,荔枝红, 久置因何酒味浓? 糖变酮酸不见氧, 化醇能少暂通融。 【产乳酸的无氧呼吸】 长跑累,气难承, 何故腰肢次日疼? 糖变酮酸缺氧配, 乳酸肌刺换微能。 当初创作《词说科学》系列的时候,正带着高三,从来没有想到把这些词在课堂上应用。 2013 年 3 月吧,高三第一轮复习完成,我忽然心血来潮,将刚刚写完的《桂枝香·人类基因组计划》展示给学生看,我要求学生齐声朗读,然后要求他们用学过的知识来解释我的这首词: 螺旋双链,念上帝造人,也曾参辨。 人道遗传密码,碱基铺垫。 惜胸腺鸟胞排列,类难穷、次序无限。 释基因组,天书破译,六国同勉。 染色体、核酸客栈,恰人类基因,整组镶嵌。 降解切割,卅亿碱基通检。 十年测序耶威诧,四图重描亚当脸。 悲羞彭祖,依图把脉,寿星叠见。 理科生看到这些东西当然一下子说不出个所以然来,我说要动用你们考语文时的鉴赏思维,充分发挥想象力,分析我每一句话所用的白描或类比要表达的是那些我们学过的生物学知识。结果学生很快就归纳出了一大堆词中所蕴含的知识点,还对里面的宗教历史传说进行了“科学”的解读。一节课过得很快,很多学生意犹未尽,要求我继续写更多的词出来给他们鉴赏。由于高考临近,我也不敢大张旗鼓,毕竟担心这种文理结合的思维方式会干扰他们根深蒂固的应试思维。 不带毕业班后,生物课非常轻松,课堂上可以大谈词说科学,但是我们的高中生源毕竟很差,多数同学一开始还是比较难接受。我告诉同学们,读词的时候一定要在脑海里形成一幅幅与诗句语境同步的图像,这样不仅能够帮助记忆知识,还能享受知识升华所带来的乐趣。 在一次《细胞呼吸》的公开课上,我在课堂最后用了上面的三首《捣练子》作为总结,由于这个词牌读起来节奏紧凑,朗朗上口,从日常景象引入,呼吸过程中的糖、氧气、氢、腺苷、磷酸等都有形象的比喻,课堂效果几乎是震撼性的,学生兴奋异常,听课老师惊呆良久,着实让我得瑟了一段时间。
个人分类: 生物|8106 次阅读|35 个评论
线粒体跨膜细胞转移不太会是一种普遍现象
热度 1 yindazhong 2015-1-16 16:42
孙学军老师博文: 线粒体跨细胞转移可能是一种普遍现象 我们近来的研究表明线粒体跨膜不太会是一种普遍现象,现把我在该博文下面的评论转来贴在下面: 估计叶绿体、核糖体等不能在植物细胞间传送,因为植物细胞壁较厚,是刚性的。根据我们的最新研究观察,线粒体有可能在某些动物细胞间穿行,但非所有类型的细胞。乌龟红细胞为椭圆刚性形状,红细胞膜自身就能产能,用专染线粒体的詹纳斯绿B染色看不见里面有线粒体的存在。见下图: 欢迎大家评头论足,以至合作研究。
个人分类: 生命科学|3537 次阅读|1 个评论
9年前的热统报告5: 热力学的经典"bug"
jitaowang 2012-3-17 17:00
9年前的热统报告5: 热力学的经典"bug"
9 年前的热统报告 5: 热力学的经典" bug" 作者 : 王季陶 什么是热力学的经典 “bug”? 答案就是 : 长期来 , 把经典热力学放在热力学分类的顶级位置 . 忽略了爱因斯坦所说 “ 经典热力学适用范围 ” 的局限性 . 实际上也就是把经典热力学和热力学等同了起来 . 出现了一系列的逻辑矛盾 , 阻碍了热力学的现代化发展 . 请点击所附录音文件 ( 约 9 分钟 ): RT03-5a.MP3
个人分类: 现代热力学|3668 次阅读|0 个评论
燃烧ATP,创造新思想
zcgweb 2010-6-25 05:44
从某种意义上来讲,人本身就是一种‘转化器’——天生具备将生物能量(ATP)转化为思想和意识的能力,并的确能够实现和完成这一过程。与动植物相比,人类的思想活动和意识思考等问题更为突出和重要。千百年来人类历史文明及其传承都是人类脑力活动的结晶,因此,甚至可以说,能量和意识之间的关系是通过人脑来进行转化的。那么,活着的目的是什么呢?答案似乎已经蕴藏在此:活着是为了实现从能量向意识的转化,即‘能量(ATP)通过人脑转化为意识’。物质、能量、信息三者的关系与此十分密切,因为信息和意识之间具有不可分隔的关系,所以不妨也可以这样说:‘能量通过人脑转化为信息’。人类是自然界的精灵,其核心问题就在于此。除过人类以外,没有哪种动物或生物具备这种能力。 在此观点的框架和前提下,一个人的贡献的大小则相当于其将相同的能量转化为意识、思想或信息的程度,而这个过程中这个人所具有的能力就是创造力,这样就可以试图刻画一个人的科学贡献了。进一步可以考虑参考化学反应过程,将人作为酶(催化剂)、将ATP作为底物、将信息作为产物,建立一个化学反应方程,并试图去计算反应常数。这种反应常数就可以用来标定这个人的科研贡献了。更进一步,可以针对一个群体甚至一个国家建立这种方程,同样计算出这个群体的创造力。 具体操作上如何实现,尤其是‘意识、信息、思想’等如何量化描述?还需要深入思考。 CZ @ 2010.06.25 05:42:31
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诺奖--化学渗透耦合理论
jitaowang 2010-4-1 15:20
本博文和前文 诺奖 ATP 的生物合成 实际上是相同的题目但是内容上更是着重于现代热力学理论方面。一般来说,物理口的老师不太熟悉化学反应,有的更害怕复杂的生物化学反应。其实这样的顾虑是多余的,只要把生物化学或 化学 的反应看成一个从初态 A ( 二磷酸腺苷 ADP+ 无 机磷酸 Pi )到终态 B ( 三磷酸腺苷 ATP )的过程就行。为什么叫 耦合 ,就是同时还有一个从另一初态 C (高浓度的质子)到另一终态 D (高浓度的质子)的 渗透 过程,而且前者是需要能量(或称自由能)的非自发过程,后者是可以提供能量的自发过程,仅此而已。前者不能单独自发进行,通过和后者的 耦合 (或称克劳修斯的补偿)于是就可以进行了。早在 1865 年克劳修斯就说: 按我已经给出的第二基本原理形式 , 可以断言所有发生在自然界的转变可以沿着它们自己确定的方向 , 我设定为正 , 没有补偿地自己进行 ; 但是反过来说 , 它们要按负方向进行就只可能在同时发生的正转变的补偿下进行 . 请注意:克劳修斯的的正方向的转变 没有补偿地自己进行 就是我在上面所说的 自发反应 ;而克劳修斯的负方向的转变 就只可能在同时发生的正转变的补偿下进行 就是我在上面所说的 非自发反应 只可能在同时发生的自发反应的耦合下进行。 当然 克劳修斯在当时并没有把补偿的数学表达式写出来。 第一个提出热力学耦合或补偿数学表达式的人不是物理学家而是一位生物化学家 勃欧克 (Dean Burk ). 在 1931 年他是直接根据热力学第二定律提出热力学耦合的数学表达式 ,即现在的等温等压形式 。 请注意这时已经包含了等式和不等式两部分。 后来又逐步完善成普适的热力学耦合数学表达式 。注意: 热力学耦合数学表达式就是现代热力学第二定律的数学表达式,也同样包含了等式和不等式两部分。 一定要注意:任何用微观机理来否定热力学的宏观普适严谨结论的尝试都是不可能成功的,因为据我所知这在历史上没有成功先例的。 为了方便和帮助人们的理解,生物化学家很早就用两个相互交叉的箭头来表示生物化学中的大量热力学耦合现象。两个箭头的交叉点就是表示有能量的传递。例如,对化学渗透耦合理论可以简单地表示为图 1 ( a ) ,对更多的耦合反应就可以表示为图 1 ( b )。这两种表示方法都表示两个不可逆过程之间的热力学耦合。 图 1 热力学第二定律对热力学耦合的唯一限制就是等温等压下由初态 A 到终态过程中得到的吉布斯自由能不可能大于从另一初态 C 到另一终态 D 过程所提供的吉布斯自由能。于是就得到整个体系的吉布斯自由能变化等于零和小于零两部分,即 成立 。或者用熵产生来说,任何体系中负的过程熵产生不可能大于正的过程熵产生。于是就得到体系的熵产生等于零和大于零两部分,即 成立 。 最后还可以强调一下,热力学耦合的数学表达式中等式和不等式都没有也不可能违反热力学第二定律,因为这样的数学表达式同时就可以被称为是现代热力学第二定律的数学表达式。
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诺奖—ATP的生物合成
jitaowang 2010-3-6 09:18
三磷酸腺苷 (adenosine triphosphate, 简称 ATP) 在生命现象相当于是生命体中的 汽油 , 没有汽油汽车就无法驱动 . ATP 在人体中是从二磷酸腺苷 (adenosine diphosphate, 简称 ADP) 和无机磷酸 (H 3 PO 4 , 用 Pi 表示 ) 来合成的 . 从 ADP 合成 ATP 的反应不是一个自发过程 . 这一合成反应只能在同时有其他能量供应的情况下发生 . 那么刘翔在百米跨栏中不断用掉了身体里的 ATP ,又怎么能随时随刻重新合成 ATP 的呢 ? 对这个问题早在 1961 年英国生物化学家米切尔 (Peter D. Mitchell) 就首先提出的化学渗透耦合学说 (chemiosmotic coupling hypothesis), 但是当时很难得到其他学者的认同 . 17 年后终于得到普遍的认同 , 并于 1978 年米切尔荣获诺贝尔奖 . 相应地化学渗透耦合学说 就被称为化学渗透耦合理论 (chemiosmotic coupling theory) 或化学渗透耦合理论 . ATP 的生物合成是在非平衡的生命体中 随时随刻都在进行的 , 根本不可能在平衡态情况下进行 , 因此在经典热力学中是无法处理的 . 图 1 质子浓度梯度推动 ATP 合成 , F 1 /F 0 是 ATP 合成酶 概括地说 , 每一个生物细胞都有大量线粒体 , 线粒体内部还有内膜分隔 . 食物新陈代谢后 , 内膜的外侧的酸度 就增高( H + 离子浓度增高) (pH 值就 7, 中性时 pH 值 = 7), 当 H + 离子(又称质子)穿过内膜上的 ATP 合成酶,就推动了 ATP 的合成。 就这么简单。因为高浓度的 H + 离子和低浓度的 H + 离子相比, 蕴藏的化学势高。当 H + 离子穿过内膜时就释放出能量推动了 ADP+Pi 转变成 ATP 的非自发反应。 这也就是用热力学耦合(即克劳修斯的补偿)的观点来总结概括化学渗透学说 , 从低能量 ADP 转化成 ATP 的过程是一个非自发(负耗散)过程 , d i S 1 0; 而 H + 穿过内膜上的 F 1 /F 0 -ATP 合成酶返回基质时 , 是从高浓度到低浓度的自发(正耗散)扩散过程 , d i S 2 0; 这样只要整个体系符合正熵产生原理的 , ATP 生物合成就可以顺利完成 . 因此 , ATP 生物合成的化学渗透机理不仅仅完全符合热力学第二定律 , 也是热力学耦合现象的有力定性证明 . 米切尔的这项荣获诺贝尔奖的工作对现代热力学发展的意义是远远超过昂萨格和普利高京奖项对现代热力学发展的意义。因为其中不可逆过程之间的相互 耦合(或称补偿) 关系是非常直接的,也是定量的,即 d i S = d i S 1 + d i S 2 。既然如此,那么就不需要近似的昂萨格倒易关系,也不需要普利高京的动力学模型了。当然米切尔是一位生物化学家在当时并没有把他的工作和热力学的发展联系起来。因此米切尔的化学渗透理论除了成为生物化学教科书中心内容的一部分以外 , 很少有物理和化学学科的热力学教科书对此作出明确的介绍 .
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诺奖 — ATP的生物合成
jitaowang 2010-1-3 09:29
诺奖 ATP 的生物合成 现代热力学 17-ATP 首先要解除物理老师的顾虑,很可能有人认为:生物问题或化学问题太复杂,不是我们物理的事情。其实生物变化或化学反应都是我们所说的过程,有过程就涉及能量问题,于是就成为物理问题。 ATP (三磷酸腺苷 adenosine triphosphate ) 生物合成的化学渗透耦合学说( chemiosmotic coupling hypothesis )是英国生物化学家米切尔( P. Mitchell )在 1961 年提出来的,当时似乎是异想天开,但是经历了 17 年的考验,一再得到实验的证明,终于在 1978 年荣获诺贝尔奖。这一奖项实际上也验证了克劳修斯的补偿或称为热力学耦合,对现代热力学的发展有重要意义。 通俗的看法就是, ATP 是一种生命体中能够直接利用的能源,相当于是生命体中的 汽油 ,没有汽油汽车就无法驱动。身体中没有 ATP ,刘翔也就没法参加比赛。在食物的新陈代谢过程中以 ATP 的形式储存可利用的能量,以满足生命体的各种各样的能量供应需要,包括肌肉收缩,繁殖等。 ATP 释放能量时就转变成 ADP (二磷酸腺苷 adenosine diphosphate )和 Pi (无机磷酸 H 3 PO 4 )。反过来说 ATP 的合成也就是从 ADP 和 Pi 来得到。从 ADP 合成 ATP 的反应不是一个自发过程。这一合成反应只能在同时有其他能量供应的情况下发生。但是这个能量的来源问题一直困惑着许多科学家。 人类细胞中包含了成百成千的亚细胞器,线粒体 ( mitochondria )。这些细胞器和小的细菌差不多大小。它们具有双层膜结构包围着的基质( matrix )。线粒体内膜向内伸展形成许多称为线粒体嵴的褶叠,见图 1 。 图 1 线粒体构造和质子浓度梯度示意图 食物氧化的新陈代谢过程释放的能量就通过电子流动把质子( H + )从基质内侧穿过线粒体内膜被泵出到膜间空隙外侧,形成质子( H + )在内膜两侧的浓度梯度。线粒体内膜上容纳了酶和蛋白质的复杂排列。这种 蕴藏在 H + 浓度梯度中的自由能又称质子推动力。当 H + 从高浓度的膜间空隙外侧穿过内膜上的 F 1 /F 0 -ATP 合成酶返回基质内侧时,推动了 从 ADP 和 Pi 到 ATP 的合成,见 图 2 。 图 2 质子浓度梯度推动 ATP 合成, F 1 /F 2 是 ATP 合成酶 化学渗透学说能够很好解释新陈代谢所产生的自由能如何被用来从 ADP + Pi 来生产 ATP 。许多实验的结果都证实了这些反应机理。最有力的证明是人造的浓度梯度条件下的 ATP 合成,因此这一机理就逐步被普遍接受。这一理论是 1961 年首先由英国生物化学家米切尔提出的,当时很难得到其他学者的认同。经历了 17 年,终于得到普遍的认同, 1978 年米切尔荣获诺贝尔化学奖,相应地化学渗透耦合学说( chemiosmotic coupling hypothesis )也被称为化学渗透耦合理论( chemiosmotic coupling theory )或化学渗透理论( chemiosmotic theory )。对这一过程的更详细描述可以参见其他许多生物化学书籍。 如果用克劳修斯的补偿或热力学耦合的观点来总结概括化学渗透学说,极其简单,即 图 2 的核心就是两个箭头(过程)的耦合。第一个箭头: 从低能量 ADP 转化成高能量 ATP 的过程是一个非自发过程, ( D G 1 ) T , p 0; 而第二个箭头: H + 穿过内膜上的 F 1 /F 0 -ATP 合成酶返回基质时,是从高浓度到低浓度的自发扩散过程, ( D G 2 ) T , p 0 ;只要整个体系符合热力学耦合的判据式 ; ATP 生物合成就可以顺利完成。 因此, ATP 生物合成的化学渗透机理不仅仅完全符合热力学第二定律,也是 克劳修斯的补偿或 热力学耦合现象的有力定性证明。虽然米切尔荣获诺贝尔化学奖,可是化学渗透理论除了成为生物化学教科书中心内容的一部分以外很少有物理和化学学科的热力学教科书对此作明确的介绍。 这可能也就是各门学科之间往往各自为政,隔行如隔山的结果。等到问题明确以后,复杂性科学同行们是否会认为这一理论太简单而加以排斥在复杂性科学之外呢。
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