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离子通道与阻断剂
richor 2018-9-6 09:54
钾离子通道 根据功能特性的不同, K+ 通道可分为以下类型: ①慢 K+ 通道( K 通道) ,也就是 H-H 模型中的 K+ 通道。 单通道电流记录显示,单个 K 通道电导在 2 ~ 20pS ,通道平均开放寿命为数十毫秒。 该种通道可被四乙胺( TEA )等特异性阻断 , 通道对 K+ 有高度选择性 ,这种通道在 神经轴突 和骨骼肌细胞膜中有较高密度。 TEA 参与的 cation-pi 解读 paper : http://jgp.rupress.org/content/128/6/649 阻断剂方面的研究: https://wenku.baidu.com/view/074031a6f524ccbff121845d.html 离子通道病: http://www.docin.com/p-1202598376.html 家族性新生儿惊厥,癫痫。
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细菌离子通道的作用
richor 2018-6-22 16:34
KcsA 是由链霉菌中提取出来的,其属于放线菌。链霉菌可以分泌抗生素! KcsA has provided important insight into the behavior of other important voltage conducting proteins such as the drosophila( 果蝇 )-derived Shaker and the human hERG potassium channel. 重磅,细菌的离子通道的功能也是信号传导! http://www.guancha.cn/Science/2015_10_24_338746.shtml their work is on YugO, the only experimentally described potassium channel in B. subtilis.
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钠离子通道及各通道比较
richor 2018-6-12 09:44
颜宁课题组2017年新解析出结构: http://scitech.people.com.cn/n1/2017/0213/c1007-29075687.html sodium channels are responsible for the rising phase of action potentials 首个 Na 离子通道结构: 2007 年 , 鸡的上皮细胞。 https://www.nature.com/articles/nature06163 acid-sensing=voltage-independent, proton-activated receptors trimer assembly Such narrow pores would strip water molecules from sodium ions before the ions enter the channel. the pores' narrow shape would also account for the relatively low flow of ions through the channels, and for the fact that the channels select small metal ions — so sodium ions are preferred over the larger potassium ions. 也是脱水才能进的。但不全是, 该文章 指出acid-sensing channel同样可以不脱水。 而 Voltage-gated Na+ channels 是 tetrameric 的,不对称。 Prokaryotic Nav 也是对称的,不过和 eukaryotic 一样,是四条链结构。 Nav的selective filter可以允许partially hydrated Na+。 总之, Na+大部分不脱水 的。 bacteria Nav 的selectivity 还好,可以作为研究对象。 详细的包含 K ion channel 的比较,见书: https://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-319-21756-7_10 Kv ion channel 跟 KcsA 一样,是相同的四条链结构。 Ca 离子通道: Intracellular signaling messenger ,感受的是细胞内环境的变化。一般认为 Nav 是由 Cav 进化而来。 Cav 是原核生物所都有的,最基本。
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Hodgkin–Huxley(H-H)model(神经传导模型)
richor 2018-5-30 20:41
如何理解神经冲动的传递? 轴突末端释放递质分子,树突接受到,刺激产生离子梯度,得到初始压强差。然后沿神经元传导。轴突距离神经元主体比较远,一根很长的轴。所以,传出的时候,是一样的分开,接受的时候从不同的方位,还可以分辨。 V(x,t) 应该是一个峰值传递的样子。 V K , V Na 为二者的能斯特电势差,由浓度差决定。 电容怎么理解? 静息的时候,膜内电势低。大多数细胞的静息电位在 -10~-100mV 之间。 【能斯特势的理解】 电势低的地方,阳离子多;电势高的地方,阴离子多,这样才会达到一个平衡。因此膜内的电势要低,所以 K+ 多是平衡的。我们测的静息电位,是从外到内有一个电流,说明本身有电势差。 K+ 离子浓度的分布要平衡此电势差,才是平衡的。如果外面 K+ 离子多,膜对 K+ 离子又是通透的,那么 K+ 肯定是要进去的。能斯特势(离子梯度势)就是与静息电位抗衡的,所以是外 - 内+。而且能斯特势建立在膜的通透性的基础上。静息电位可以由离子泵产生。 Cable theory 可以给出: 这样就可以得到一个关于 V(x,t) 的方程。 该模型建立了神经信号传导与离子通道之间的关系。压控离子通道第一重要。 【动作电位传导过程】 静息电位和各离子的膜内外浓度差说明,静息的时候, K+ 离子通道开启, Na+,Ca2+ 离子通道关闭。刺激后, Na+ 通道开启,导致膜电位反转(说明静息电位靠 Na+ 离子浓度维持)。膜电位反转后, Na+ 离子通道关闭, K+ 离子通道使得 K+ 外流,膜电位恢复。但 Na+ , K+ 浓度倒转了,所以离子泵还需要加班工作。 https://wenku.baidu.com/view/5b0bed72af1ffc4ffe47ac48.html 从中可以明白,压控的 Na+ 离子通道很关键。 K+ 离子通道似乎并不是那么关键。
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关于钾离子通道KcsA的selectivity的调研报告
richor 2018-5-11 11:04
关于离子通道研究的review: https://wenku.baidu.com/view/e4a3cbb81a37f111f1855bd4.html 钾离子通道蛋白 KcsA 是首个被结晶的膜蛋白 , 其结构具有非常强的典型性。 KcsA 的结构是四个 domain ,离子从膜内向膜外流动(但该结构本身是 没有方向性 的)。离子通过的原理大致是这样的 :  1. 首先靠近膜内的部分感受到 pH 浓度 ( 也就是与质子结合 ), 会导致靠近膜内部分 alpha 螺旋之间距离的扩大 , 也就是通道的打开。这时候 , 不管 K+ 还是 Na+, 都是可以进来的 , 进到的区域大概是个球形 , 半径约 0.6 nm, 可以容纳水合离子和水分子。 2. 该球形区域 (cavity), 可以看作是一个候车室 , 离子等待进入最窄的区域。 3. 最窄的区域比较长 , 有 1.2nm 长 , 但半径只有约 0.3 nm 。 K+ 可以通过该窄通道 , 而 Na+ 很难通过 , 因此这个窄通道叫做 selective filter. 
 首先,关于 KcsA 的结构 ,文献 2001 nature 给出的 selective Filter 中, K 离子是完全脱水的: 结晶得到的 K 离子处于四条多肽链中心,与伸出的 C=O 上的氧的距离从上到下分别为: 2.8 /3.08 Å; 2.72 /2.83 Å; 2.85/2.70 Å; 2.94/2.88 Å 。这个距离正好是 K 离子与水合层中氧的距离 2.8 Å 。而水合 Na 离子中的 Na—O 距离约为 2.4 Å ,之所以 Na 不能通过该通道,其机制 可能是, K 水合层更容易失去,而 Na 水合层不容易失去 ,因此 K 被输送,而 Na 被阻隔。 比如这里的回答: \0 https://www.zhihu.com/question/38222828 常见的 Na channel 相比 K channel ,通道直径要更大,是 not dehydrated 状态通过。 K channel 是唯一 dehydrated 才通过的通道,因此展示出了超强的 selectivity 。 其次,关于近年来的一些研究文章。 关于 K 离子通过 selective filter 的方式上有两种 mechanism 的争议: 2014 年 science 文章 给出了 K 离子 translocation 的新机制,方法为经典 MD ,认为靠的是离子间的静电排斥力,否定了 2001 年的 nature 文章中 K-water-K-water 的排列方式输运。 作者采用的是经典MD方法,大量样本长时间计算。 C 、D为之前的K-water-K-water的输运方式(knock-on mechanism),E、F为作者提出的K-K输运方式(direct knock-on mechanism) 但随即 2016 年的 science 文章 对该机制进行了驳斥,该工作第一次应用了 2D IR 技术,该技术擅长动态成像(可是说是看到了微观构型!)。 2D IR 对通道selective filter内的动态成像 但这仍不能说确定了机制,目前还是处于争议中。 关于如何 dehydrated ,然后通过 selective filter : Zeng 老师课题组 15 年 PNAS 文章 研究了合成疏水纳米通道内离子的输运 , 展示了钾钠的区别: 不同环境下水合K/Na离子K/Na-O的距离,Na-O更近,Na的水合层更难脱掉。 思想这里已经有了 ,但这并不足以说服生物学家们。 目前生物领域的观点: https://www.quora.com/Why-cant-sodium-pass-through-a-potassium-channel-and-vice-versa Soren Wacker提到他做了模拟,看到了 Na+会吸附到带负电的地方 。question:那么Na+不就阻隔了通道了吗? 此外,更全面的review见: https://link.springer.com/book/10.1007%2F978-3-319-21756-7 提到了2005年的 science .比较重要。 没有找到 计算水合 Na 、 K 离子在 selective entryway 附近 dehydrate 过程的文章 , 总体上该 Na 、 K 的选择性机制目前还是有争议的。 3d view online : https://www.rcsb.org/3d-view/1BL8 The Structure of the Potassium Channel: Molecular Basis of K+ Conduction and Selectivity,Science, 1998, Mackinnon Chemistry of ion coordination and hydration revealed by a K+ channel–Fab complex at 2.0 Å resolution,2001, nature Kopfer D A, Song C, Gruene T, et al. Ion permeation in K ⁺ channels occurs by direct Coulomb knock-on. . Science, 2014, 346(6207): 352-355 Kratochvil, H. T. et al. Instantaneous ion configurations in the K ion channel selectivity filter revealed by 2D IR spectroscopy. Science 353, 1040–1044 (2016). Unraveling the mechanism of selective ion transport in hydrophobic subnanometer channels, Xiao Cheng Zeng et al. PNAS, 2015 [补充]
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又一小步:辣椒素敏感性的转移
myyf33 2016-6-14 06:43
发了不少文章,第一次让自己名字的中文显示出来!老板搞研究的历史更长,文章更多,可这篇也是他的第一次。 http://www.pnas.org/content/early/2016/06/07/1604180113.abstract 这篇PNAS文章里,我们实际上还是想回答一个大问题:人为什么能感觉到辣?已知的是,辣椒里面有个叫辣椒素的分子,它能引起辣的感觉;人体内有一个叫TRPV1的离子通道,它是我们的疼痛感受器。一旦TRPV1被辣椒素打开,我们就能感受到辣。我们的研究就是想具体地回答为什么辣椒素能打开TRPV1。 我们去年的研究已经为理解辣椒素激活TRPV1通道搭建了一个框架(见我去年写的 , 虽然严格意义上说,”辣“并不是一种味觉)。如果我们去年的理解是靠谱的话,那么理论上我们就能把辣椒素的敏感性引入到一个本来不敏感的离子通道上去。我们选择了TRPV2通道,因为它和TRPV1同属于一个家族,且三维结构相似性比较高。通过序列比对,可以清晰地看到在TRPV1上对辣椒素结合很重要的氨基酸在TRPV2上全突变掉了,变成了不让辣椒素结合的。所以,自然地思路就是把这些TRPV2上的位点变得和TRPV1上一样,这样就能让辣椒素结合在TRPV2上来激活它了。这样的氨基酸一共有4个,也不算多,所以把它们全突突掉不就得了? 研究从来没有这么简单,电生理一测,含这样4个突变的TRPV2还是不能被辣椒素激活。。。 但是,一个辣椒素的类似物,源自大戟属植物的树脂毒素resinifertoxin却能激活这个突变的TRPV2。这个resinifertoxin同时也是TRPV1的激动剂,说起来它应该是已知最辣的物质啦!更有意思的是,和我们最初的设计相反,辣椒素不但不能激活突变TRPV2,反而能抑制树脂毒素resinifertoxin对突变TRPV2的激活。这些都是为什么啊? 幸好,TRPV1的高分辨率三维结构在2013年得到解析,TRPV2的结构也在今年初解出来了。对比它俩的结构,其实疏水性,电荷分布这些性质都很相似,哪怕是在辣椒素结合的区域。唯一一点比较大的不同,就在于TRPV2的S4-S5 linker比较靠下,让这个辣椒素结合比TRPV1上的在空间上大了一些。这会导致上述实验观察到的差别吗? 这种情况下,就该计算登场了。和去年的研究一样,在Rosetta里使用了专门针对细胞膜环境的能量函数来做分子对接。既然树脂毒素resinifertoxin能激活TRPV1和突变TRPV2,就来先看看它的docking。在TRPV1上,resinifertoxin的构象和辣椒素类似,都是头朝下,尾巴朝上。但是,resinifertoxin的尾巴比辣椒素的尾巴大多了,所以它的尾巴能提供更多的范德华力,让resinifertoxin和TRPV1的结合很紧密。resinifertoxin的头可以让TRPV1的S4-S5 linker朝S1-S4 domain移动,这个构象变化很关键,因为这样一动就能让S4-S5 linker后面的S6外移,从而打开离子通道。我们的这些计算的结果和冷冻电镜的实验数据也很吻合。在突变TRPV2上,树脂毒素resinifertoxin的结合方式和它在TRPV1上十分相似,也是介导了S4-S5 linker的外移,所以它能打开这个离子通道。 那为啥辣椒素只能激活TRPV1,却抑制我们设计的突变TRPV2呢?计算的结果显示,其实辣椒素在这两个通道上的结合位置和方式都很相似,不同的是,因为TRPV1的S4-S5 linker比较靠上面,所以辣椒素的头部能和它形成氢键,把S4-S5 linker往外拉,让通道开放。但是在突变TRPV2上面,S4-S5 linker位置靠下,辣椒素的头部就够不着4-S5 linker了,所以它能很好的结合,但是结合上去之后却不能打开这个通道,还妨碍resinifertoxin的结合。这样辣椒素就是一个突变TRPV2的竞争性抑制剂了,就是占着茅坑不拉屎啊!我们的电生理数据很好地支持了计算的结果,在突变TRPV2上辣椒素确实能和树脂毒素resinifertoxin竞争。 科学研究,在我看来就是不光要知其然,还要抽丝剥茧,知其所以然。在这篇文章里我们再次结合电生理和计算,既验证了我们去年的工作,又解释了观察到的新现象,为今后的研究又指了方向。如果我们设计的这个突变TRPV2有什么实际用途的话,我想经过进一步改进,它可以作为chemogenetics的一个有效工具。 对自己而言,如果我的科研生涯有一个总体的目标的话,那就是如之前所写“我太想证明给整个生物学术圈看,计算的东西也能有价值,也能指导实验。” 如果还是用战争作比喻,去年的辣椒素研究里,计算起了一个装甲侦察兵的作用,它很快且很好的指明了目标,该突变哪些位点,该突变成啥样的。有了计算的火力侦查,分子生物学,电生理这些传统的生物学手段就像步兵,能更顺利地展开攻击,实打实地拿下阵地赢得胜利。这次的研究,则是步兵先上,攻克了部分阵地,但是碰上了难办的火力点。这时计算这个装甲兵再出手,帮步兵攻坚克难。 这两次的研究里,我对计算的价值,以及它的局限性,有了不少体会。在现在的生物研究中,绝大多数人没有把计算当回事儿。我完全理解这种现状,因为很大程度上这是由计算自身的局限性以及搞计算的人的随意造成的。记得开会时和程亦凡聊,他说他们最初解出TRPV1的高分辨率结构时,也找了做计算的人合作,想弄清辣椒素在TRPV1的结合构象。他们的docking结果是有时候辣椒素头朝下,有时候头朝上,他们的合作者说:你想让它朝下,我就给你朝下的结果;你想让它朝上,就给你朝上的结果... 搞得他完全不能相信这样的计算。要知道,做实验室的人,一旦决定了要依据某项计算结果来实验,就会投入大量的时间,人力和物力,计算的结果不可靠或者做计算的人不靠谱的话,有谁敢这样盲目地投入啊! 现在的计算,我指和蛋白质3维结构相关的modeling和docking这些,能达到的水平是能在有足够多的外部限制条件下(高分辨率的晶体或者冷冻电镜3维结构,活细胞状态下的其它的实验数据),回答一两个很具体的问题。所以,知道现在计算的水平,才能知道该在什么时候什么情况下用它。哪怕再强大的坦克,放在山地里用也会抓瞎,更何况现在的计算只相当于一战水平的坦克... 话说回来,哪怕仅仅是一战水平的坦克,放在索姆河战场也能产生震撼的效果,最主要的还是要看人怎么用。 致谢: NIH 的Feng Zhang 同学和我在这个课题上有很好的讨论,让我获益良多。他也发现可以用4个点突变让TRPV2变得对树脂毒素resinifertoxin敏感。他的 (https://elifesciences.org/content/5/e16409) 最近发表在eLife。最妙的是,虽然事先我们都互不知道,但是文章发表后把他的4个点突变和我的4个点突变一比较,其中有3个都是一样的,而且最关键的两个突变完全一样。这就是科学的魅力,真实就在那里。
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锥形蜗牛毒液:开发新药之源(附PNAS原文)
热度 7 zhpd55 2015-7-9 08:50
锥形蜗牛毒液:开发新药之源(附PNAS原文) 诸平 锥形蜗牛主要是生活在印度洋、太平洋以及大西洋西部。对于锥形蜗牛毒液的研究在 2011 年就有媒体报道, 锥形蜗牛 的毒性是非常显著的,仅是一滴毒液便足以杀死 20 人。 2012 年 10 月中旬,奥地利维也纳医科大学研究人员报道了他们的发现,一种热带蝴蝶翅膀上携带的毒素竟然与海螺的毒素相同。这种热带蝴蝶名为“大橙翅尖蝶 ( Hebomoia glaucippe ) ”,生活在南亚、东南亚至澳大利亚的广阔地区。它的翅展可达9 cm ,全身大部分为白色,只在翅尖部分呈现出橙色。研究人员发现,这种蝴蝶的翅膀上含有一种微型蛋白质毒素“ glacontryphan-M ”,在迄今已知的动物物种中,只有一种生活在印度洋和西太平洋地区的 大理石芋螺体内有这种毒素 ( In the wings of Hebomoia glaucippe is present glacontryphan-M, a peptide toxinbelonging to the family contryphan that are active constituents of thepoisonous venom produced by conesnail (genus conus ). In H. glaucippe this toxin should function as a defense against predators. )。研究人员还发现,这种蝴蝶的绝大多数天敌如鸟、螳螂等都知道其哪个部位有毒,并在食用时避开翅膀,但有一种绿眼壁虎却能不畏其毒整个吞下。这一研究报告 2012 年 9 月中旬美国《 国家科学院学报 》( PNAS )网站发表—— Narkhyun Bae, Lin Li, Martin Lödl, and Gert Lubec. Peptide toxinglacontryphan-M is present in the wings of the butterfly Hebomoia glaucippe (Linnaeus, 1758) (Lepidoptera: Pieridae) . PNAS, 2012, 109(44):17920–17924. 2014 年 12 月下旬,澳洲科学家报道过,对在印度洋、太平洋一带出没的一种锥形的蜗牛,它在捕捉猎物的时候,会向猎物注入毒液,导致猎物瘫痪,然后慢慢的享受。 澳洲科学家 从这种蜗牛的毒液里提炼出止痛药,效果比吗啡强五倍。 科学 家希望研发成口服药物,治疗严重的慢性神经痛。这种蜗牛的毒液含有几百种“芋螺毒素”小蛋白质。科学家用这种蛋白质制作出了 5 种止痛药,药效相当好。 锥形 蜗牛 是世界上 500 种最毒的物种之一,外表看上去是一种无伤害性的动物,但是,当它捕食猎物时,会运用其 鱼叉 一样的牙齿将 毒液 插入猎物的体内 ,对于这种毒素,目前还尚无有效的解药。其实除了锥形蜗牛,含有蜘蛛、蛇、河豚、蜜蜂以及蝴蝶等许多物种都含有神经毒素( Neurotoxins )。神经毒素对神经系统的影响,通常是通过阻断或激活离子通道 , 干扰神经和肌肉之间的信息传输。锥形蜗牛产生的神经毒素被称之为 conotoxins ,从构词学角度来分析其字面意思, cono- (来自于希腊语 konos, 锥 , 圆锥,或者来自于 Conus ,芋螺属) +toxin (毒素),故称其为锥形毒素,复数则加“类” , 但是也有以来源来命名的,将其称之为“芋螺毒素类”或者“蜗牛毒素”,无论叫什么,而该毒素会影响许多离子通道。蜗牛毒液中含有数百种不同的芋螺毒素 , 以确保猎物中毒瘫痪。中毒有 2 种类型,一种是“闪电式( lightning strike”. )”中毒,就像触电一样,一击即倒,不能再动,立即剧烈抽搐,发生迟缓性瘫痪( flaccid paralysis );另一种是“发动机式( motor cabal )” 中毒,毒素成分干扰神经肌肉传导,会出现兴奋毒性颤抖( excitotoxicshock )。 2004 年美国犹他大学( University of Utah )生物系和德国哥廷根马普实验医学研究院( Max-Planck-Institut fur Experimentelle Medizin, Gottingen )的研究人员合作,在《生理学评论》( Physiol Rev )杂志上,发表了一篇关于芋螺毒素:新离子通道目标多肽丰富资源的综述——( Heinrich Terlau, Baldomero M. Olivera. Conus Venoms: A Rich Source of Novel Ion Channel-Targeted Peptides . Physiol Rev , 2004, 84:41–68; doi: 10.1152/physrev.00020.2003 . 全文分 4 部分即 I. Overview of Cone Snails and Conotoxins (锥形蜗牛与蜗牛毒素概述) II. Conopeptides Targeted to Voltage-Gated Ion Channels (蜗牛多肽靶向电压门控离子通道) III. Conus Peptides Targeted to Ligand-Gated IonChannels (芋螺多肽靶向配体门控离子通道) IV. Overview of Conus Venom Components:Perspectives (芋螺毒素成分概述及展望) 全文共计 28 页,参考文献 196 条。 Anderson P D, Bokor G. Conotoxins:Potential Weapons from the Sea . JBioterr Biodef , 2012, 3: 120. doi: 10.4172/2157-2526.1000120 Bruce G. Livett, Ken R. Gayler, Zeinab Khalil. Drugsfrom the Sea: Conopeptides as Potential Therapeutics . CurrentMedicinal Chemistry , 2004, 11: 1715-1723. David J. Adams, Paul F. Alewood, David J.Craik, Roger D. Drinkwater, and Richard J. Lewis. Conotoxins and Their Potential Pharmaceutical Applications . Drug Development Research , 1999, 46 (3-4): 219-234. 据澳大利亚昆士兰大学分子生物科学研究所( Institute forMolecular Bioscience, The University of Queensland )的 Paul Alewood 教授介绍,他们研究小组使用生物化学和生物信息学工具,开发出一种分析毒液毒素结构的新方法 , 使得他们的研究比以往任何时候都更加深入。他说锥形蜗牛的毒液含有的毒素,已经被证明是 具有药物先导价值 , 而他们研究小组 2015 年 5 月下旬在 PNAS 杂志网站发表的研究论文,是对锥形蜗牛毒液中存在毒素,提供了一个前所未有的介绍。 “ 锥形蜗牛毒液是一种许多化学物质的复杂混合物 , 而这些毒素中的绝大多数在过去一直被人们忽视。 ” 所谓先导化合物是指通过生物测定,从众多的候选化合物中发现和选定的具有某种药物活性的新化合物,一般具有新颖的化学结构,并有衍生化和改变结构发展潜力,可用作研究模型,经过结构优化,开发出受专利保护的新药品种。 使用 Paul Alewood 等人的新方法 , 准确地测量和分析锥形蜗牛毒液中各种各样蛋白质的结构、活性和组成 , 研究人员在一种锥形蜗牛的毒液中发现了产生的最多数量的多肽类物质,其实也就是最小蛋白质 (mini-proteins) 。 Paul Alewood 教授说: “ 我们还发现了 6 个原始 “ 构架 ”——3 D 型的分子合适作为药物先导物 —— 我们预计将在不久的将来,这些构架会支持药物开发。”有 25 个已知构架是在过去的 25 年里就已经发现的 , 其中许多已经用于多种疾病的治疗药物开发或药物先导化合物。研究者希望这些新发现的构架也会导致新的药物产生 , 可用于治疗疼痛、癌症以及其他疾病。研究人员研究的锥形蜗牛是属于 Conus episcopatus ,是在澳大利亚东海岸发现的 , 它是 700 种不同种类锥形蜗牛之中的一种。研究者还希望在其它种类的锥形蜗牛毒液中,发现很多更有趣的分子 , 而且研究者也使用他们的新方法,在不断进行深入研究。这种新的分析方法也可以用于研究其他动物毒液 , 或应用于相关领域 , 如研究细胞的蛋白质表达。这将帮助我们更好地了解生物学 , 寻找疾病模式或发现潜在新药。更多信息请浏览原文—— Vincent Lavergne, Ivon Harliwong, Alun Jones, David Miller, Ryan J. Taft, and Paul F. Alewood. Optimized deep-targeted proteotranscriptomic profiling reveals unexplored Conus toxin diversity and novel cysteine frameworks . PNAS , PubDate May 27, 2015; http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1501334112
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[转载]EurekaAlert!中文版对我们辣椒素研究的报道
myyf33 2015-6-25 10:04
http://chinese.eurekalert.org/zh/pub_releases/2015-06/aaft-brt062415.php 公开发布日期: 2015年06月25日 联系人: Carole Gan cfgan@ucdavis.edu 加州大学戴维斯分校健康系统 人体对辛辣食物的响应指导新型止痛药的设计 (美国加利福尼亚州萨克拉门托)——美国加州大学戴维斯分校的科研人员识别出了能够让辣椒素激活身体的感受热与痛的主要受体的分子相互作用,这为设计出更具选择性和有效性的止痛药铺平了道路。他们的研究于6月8日在线发表在了《自然·化学生物学》(Nature Chemical Biology)杂志上。 辣椒素是让红辣椒辛辣的成分。人体对辛辣食物做出响应的同一个路径也在受伤或者免疫系统对细菌、病毒发起一场炎症应答的时候、或者在自体免疫疾病中对人体自身组织发起炎症应答的时候激活。 “尽管我们已经知道了辣椒素与TRPV1受体结合具有强烈的能力和选择性,但是我们不知道在原子层次上辣椒素究竟如何与TRPV1相互作用的重要细节,TRPV1是人体感受痛与热的主要受体之一,”美国加州大学戴维斯分校的生理学与膜生物学教授、该研究的资深作者Jie Zheng说。 使用基于原子力场的计算机模型和现有的对TRPV1-辣椒素复合体的低分辨率3-D重建,这组科研人员识别出了能够让辣椒素强烈地与TRPV1受体结合的几个结构区域。 “计算生物学方法正在变成非常强大的工具,用于预测并最终验证诸如辣椒素和TRPV1等重要生物蛋白和配体在相互作用时候它们的高分辨率结构,”美国加州大学戴维斯分校生理学与膜生物学助理教授、该研究的共同作者Vladimir Yarov-Yarovoy说。“当这些相互作用小而转瞬即逝、而且无法用传统实验方法以高分辨率轻易地捕捉到的时候,这些工具特别有用。” 美国加州大学戴维斯分校Zheng实验室的博士后研究人员、该论文的第一作者Fan Yang对此表示同意。 “与辣椒素的化学结构相比,在TRPV1-辣椒素复合体的低温电子显微结构中观察到的电子密度尺度远远更小,”Yang说。“凭借计算分子对接的方法,我们有能力获得辣椒素与TRPV1通道之间的原子相互作用的细节,然后使用其他实验方法验证这个分子架构。” 这组科研人员说,这个新的结构信息可能用于指导药物设计过程。 “正如我们能够在吃完饭的时候‘习惯于’辛辣的菜,我们相信有办法开发出高度特异性的分子,能让TRPV1对疼痛刺激的敏感度更低,”Zheng说。 这项研究还解释了为何辣椒素没有激活人体用于感觉温度的其他通道,以及为什么许多其他物种的TRPV1受体没有被辣椒素激活。例如,鸟类缺少两个关键的相互作用部位,这解释了为什么鸟类对于红辣椒的辛辣不敏感。 “人们认为,辣椒素的存在是植物的一个进化优势,保护它们免受吃叶子的物种的伤害,同时让鸟类能够摄入辣椒从而传播种子,”Zheng说。 这组科研人员还发现,青椒含有一种称为辣椒素酯的化合物,它与红辣椒的辣椒素几乎相同,但是有一个关键相互作用部位不同。 “这个不同之处足以让这种青椒化合物与TRPV1的结合非常不良,这可能是它尝起来不辣的部分原因,”Zheng说。“按照斯科维尔辣度,辣椒素的辣度是1600万,而辣椒素酯只有16000。” ### 该研究的其他作者包括来自美国加州大学戴维斯分校的Xian Xiao,来自中国大连医科大学的Wei Chen,来自中国浙江大学的Wei Yang 和Peilin Yu,以及来自浙江理工大学的Zhenzhen Song。 美国加州大学戴维斯分校卫生系统通过提供卓越的病人护理、进行突破性的研究、培育创新的、跨专业的教育,以及创建与社会结成的动态的、富有成效的伙伴关系,从而不断改善生活和让卫生保健转型。欲获取更多信息,请访问: http://healthsystem.ucdavis.edu . 链接到视频: https://www.youtube.com/watch?v=8wHgcOWgnBg 联系人:Carole Gan. 916-734-9047 电子邮件: cfgan@ucdavis.edu
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(自然杂志 2010年2月18日)新发现的依赖于钙离子,钙调素及压控钙离子通道相互作用的信号通路
ChanEngr 2010-2-9 02:25
钙信号通过钙调素作用于靶蛋白作为重要的生理调控机制,在很多生理过程中得到体现。钙离子通道作为膜蛋白是调节跨膜钙信号的最主要的通路之一。通道蛋白受控于刺激(比如跨膜电压)进入开放状态并将较高浓度的胞外钙导入,这一过程受到一系列的反馈调节以赋予钙信号丰富的时空信息。主要的反馈来自通道自身以及与通道密切相关的信号通路,对于压控钙通道而言是钙及钙调素。钙的浓度(近域和远域)是决定钙通道负反馈(CDI)强弱的重要因素,钙化钙调素与通道重要位点结合进而导致相应通道蛋白结构的变化,功能上反映为进入非导通状态(失活)。 通常认为对于CDI,钙调素与钙通道以1:1紧密作用,因此胞内普遍表达的内源钙调素足以确保每个通道都有钙调素与之相连。 这一研究发现了钙、钙调素及钙通道之间新的相互关联,并据此表明钙调素的浓度也是重要的信号。在机制方面,通道利用C-端与钙调素竞争成为无钙调素连接的通道,因此不能进入CDI状态,进而对钙信号施加重要影响。不同的C-端具有不同的与钙调素竞争的能力;对于特定的C-端,是否能通过竞争而结合通道取决于钙调素的浓度。生理和病理条件下,有证据表明钙调素的失衡同钙失调有密切相关性。可以预见,在分子、细胞乃至活体水平上刻画钙调素的动力学将成为新兴的基础和应用研究方向。 Liu et al Nature 463 , 968-972 (18 February 2010) Science Signaling: Editor's Choice Faculty of 1000 Biology : Gerald Zamponi and John Jeremy Rice Hopkins Press Media Coverage
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剑道空手道离子道
热度 1 小水獭 2010-1-3 16:36
剑道 空手 道 离子道 通道所对应的英文词汇是 Channel 。刚拿到 Bert Sakmann Erwin Neher 合著的 Single-Channel Recording 时,我误以为是记录单个离子通道的教材。看了前言才知道,这里的单通道( Single-Channel )的意思是记录电极是单个的。将一个记录电极插入细胞,来记录活细胞的电生理活动,是为单通道记录。 在前言中,作者谈到了 Channel (英文), canal (法文), Kanal (德文)都来源于拉丁文 canalis 。 Canalis 在拉丁文中的意思是一根充满水的管子【 a small water-filled tube or pipe 】。 Channel 这个词在埃及人语言中,与特指用于制造书写纸张的芦苇 reed 相近。而更加有趣的是, canon 【 a set of rules that have reached the status of official truth 】用以接近真理的一系列原则准则,在词汇起源上是多么的相近。 回到中文的道。道理朝闻道夕死可矣道高一尺魔高一丈这些道,和其他文化起源的 channel 是那么的相像。都是在前人,或是同时代的他人工作的基础上,使每个普通人有了一条途径去了解世界、自然、历史、其他人以及自己。人生道路也有许多种,比较主流的有:红道黄道和黑道。红道就是政治(五星红旗,党旗的红色),黄道就是经济(黄金就是黄澄澄的),黑道么,嘿嘿嘿,就是学术啦(博士帽博士服不都是庄重的黑色么?明辨是非的白纸黑字。水墨诗画的墨水色也即是黑色。)小水獭么,目前就是黑道中一只傻乎乎滴小白(小白=小白痴=菜鸟)啦。 再回到 single-channel recording 。我觉得这个技术简直太棒太神奇了。它直接记录活色生香的鲜活细胞,通过获得活细胞的电生理数据这一条途径来获知活细胞在各种条件( conditions )下面的反应以及变化。
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