二战之后，奧本海默的名声如日中天，成了华府的座上宾，媒体追逐的对象，公众眼中的科学代言人。 与此同时，原子弹在广岛和长崎的爆炸也彻底震醒了科学家们，洛斯阿拉莫斯科学家协会应运而生，一封有近300人签名的备忘录递交到了华府，呼吁政府成立原子能管理机构，来有效防止未来的核战争，和平利用与开发原子能。 成立原子能管理委员会（AEC）的法案很快被提交至国会并得到了通过，然而，和科学家们的初衷背道而驰的是，政府想藉着AEC来控制原子能技术的扩散，维持美国的核垄断地位。虽然由奧本海默任主席的AEC顾问委员会几乎是清一色的科学家，然而占据AEC要职、拥有决策权的，却大都是律师、政客和华尔街的银行家，其中便有左右了奧本海默后半生命运的刘易斯斯特劳斯。 出身平民的斯特劳斯只有高中学历，毕业后以推销鞋子为生，一战时在胡佛主持的援助欧洲难民的机构中谋得一份差事，以此为跳板进了华尔街的一家投资银行，凭着工作卖力与善于迎合，斯特劳斯娶到了银行合伙人的女儿，从此平步青云。成了百万富翁的斯特劳斯变得野心勃勃，开始利用金钱与关系进军政坛。奧本海默和斯特劳斯相遇时，斯特劳斯不仅是AEC的成员，还是普林斯顿高等研究院董事会的会员，正在为研究院招募新院长。斯特劳斯在政治上极端保守，对罗斯福的新政恨之入骨，他和奧本海默近二十年恩恩怨怨的纠缠，也反映了自由派知识分子和保守派政客在认知和理念上的尖锐冲突。 1947年的夏天，奧本海默把家从西海岸搬到了普林斯顿，正式出任高等研究院院长，这对奧本海默是件一举两得的事情。首先，普林斯顿学术环境得天独厚，研究院又有雄厚的资金做后盾，奧本海默可以充分施展自己的行政才能，构筑理想中的学术王国；其次，彼时的奧本海默频繁地出入于华府，是政府咨询有关核武器技术与政策的不二人选，普林斯顿和华盛顿DC间的近距离，替他省去不少旅途的劳顿。 奧本海默治下的高等研究院，除了有爱因斯坦、冯诺伊曼等诸多的大腕外，还有正在冉冉上升的新星，最著名的要数有着研究院四小金刚（the four musketeers）之称的派斯、戴森、杨振宁、李政道，他们四人日后均有重要工作问世，成为各自领域的领军人物。派斯晚年致力于科学史的创作，其写作也秉承了物理学的风格，以精准的理性分析代替似是而非的感性猜臆，文风简洁、优雅、流畅，令其他写同类题材的人望尘莫及。他为爱因斯坦写的传记（Subtle is the Lord）曾获国家图书奖，已成为研究爱因斯坦的必修书。派斯也曾为奧本海默立传，可惜书未完稿便与世长辞，后由他人补白付梓印刷。戴森如今已是耄耋之年，依然关心社会事务，笔耕不辍，无论为文或是作访谈，不管是论及气候变暖还是科学与宗教之冲突，其特有的犀利深刻与言简意赅，令人耳目一新。正是这样一批既在学术上卓有建树，又兼具人文情怀的学者，奠定了普林斯顿高等研究院在学术界令人瞩目的地位。 在研究院众多的重量级学者中，论学问和成就，许多人远在奥本海默之上，要管理好这些人并非易事。加上奥本海默本人挟领导曼哈顿工程之威，难免自负且盛气凌人，因此远非一个没有争议的院长。然而这些无非是学者之间在一些具体事务上的分歧，而他和董事会成员及副会长斯特劳斯的冲突，则为日后的政治迫害埋下了祸根。奧本海默虽然是由斯特劳斯亲自出面招为院长的，但两人在政治理念上相去甚远，所以奧本海默甫一任院长，便明示董事会斯特劳斯不宜出任董事会会长一职。对于斯特劳斯意欲购买离任教授的房产，以便近距离控制研究院的意图，奧本海默也迅速作出回应：以研究院的名义购下房产，并出租给后来的学者，以此向斯特劳斯传达了一个清晰的信号。 奧本海默和斯特劳斯更大的矛盾，则来自于在AEC的共事中。对于原子能技术和其在战后世界格局中的作用，早在洛斯阿拉莫斯时期，奧本海默便和玻尔在午夜的雪野中有过长谈。对于玻尔提出的通过公开与透明来抑制核竞争的主张，奧本海默不仅深表认同而且身体力行。不幸的是这样的立场不过是科学家们单纯的一厢情愿，无论是美帝还是苏修，都不会放弃作核大国的主张。而时任AEC主席的斯特劳斯，便是这样的核政策的制定者与推行者。 奧本海默和斯特劳斯最初的联手，或许有很强的互惠互利的成分，奧本海默希望以研究院为据点，建筑学术自由的精神王国，并通过涉足政坛来实现兼济天下的政治抱负；斯特劳斯则想利用奧本海默的声望，来牢牢控制住AEC，进一步实现他的政治野心。然而理念和本质上的差异使二人渐行渐远，直至最后分道扬镳。
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