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[转载]解放日报:抄得“不露痕迹”也是剽窃
热度 8 wych199771 2013-11-27 09:52
http://newspaper.jfdaily.com/jfrb/html/2013-11/22/content_1118677.htm 本市受理多起侵犯著作权案,法官释法“关键在比对” 抄得“不露痕迹”也是剽窃 2013年11月22日 12:12-社会 稿件来源:解放日报 作者:栾吟之 本报记者 栾吟之 最近,复旦大学一学生举报院士导师造假事件引发关注。近日,记者从黄浦、徐汇、普陀等多家法院获悉:今年以来,上述法院已受理多起侵犯著作权案。各种 “论文抄袭门”、“学术剽窃门”屡屡曝光,究竟哪些行为构成学术造假?法律法规对此又是如何规定的? 引用时未注明出处是抄袭 一次,从事“口才技能与创新思维训练研究”的张先生在书店看到陈某等编写的书籍中,竟有4页内容与自己的书一致,而且没有标明出处,为此他将该书作者和出版社一起告上黄浦区法院。 而陈某辩称,自己只是编者而不是作者,对张先生文字的引用不是抄袭,只不过是没有严谨注明出处而已。出版社也辩称,公司在涉案图书出版前已尽合理审查义务。 法院审理后认为,陈某出版的书里大约有4350字与张先生享有著作权的书籍文字基本一致,这已构成抄袭;出版社构成共同侵权。据此,法院判令陈某和出版社停止侵权,赔偿经济损失2000元,并登报道歉。 赔偿金额不高难令人满意 根据《著作权法》规定,侵权人应当按照权利人实际损失给予赔偿;实际损失难以计算的,可按违法所得给予赔偿。两者均不能确定的,由法院依情判决给予50万元以下的赔偿。不过,一般赔偿金额很难达到起诉一方的心理预期。 金先生曾与同事一起出版了一本健身俱乐部管理类丛书。出书第二年,他发现一本名字相似的书,里面有累计112页、占全书正文40.5%的内容与其出版物内容完全一致。为此,金先生把出版社和作者一起告上了法庭。 最终,双方在徐汇区法院主持下进行调解。双方达成一致,由作者向金先生郑重致歉,支付侵权赔偿款6万元。法官表示,如果是判决,金先生不一定能拿到这么高的赔偿。 网上叫卖抄写论文不可信 除出版物抄袭外,学术论文抄袭也为数不少。在互联网上,一些公开叫卖“论文抄袭改写”的人声称,他们可以把抄袭的论文修改得“不露痕迹”,以此收取数百、甚至数千元。对此,一些高校老师告诉记者,论文审查和检测包含计算机和人工两部分,即使抄袭作品改头换面,经验丰富的教授也能识破。 究竟哪些行为构成学术造假?法官解释,关键在于比对。除了全部照抄外,如果文字不一样而意思一样,且篇幅较大,也构成剽窃。对于一些专业性强的学术论文,法院也会引入第三方鉴定机构进行比对并出具报告。 此外,根据最高院相关司法解释规定,出版者对其出版行为的授权、稿件来源和署名、所编辑出版物的内容等未尽到合理注意义务的,也应承担赔偿责任。 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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[转载]光明日报:学术举报应由第三方独立调查
热度 1 wych199771 2013-11-26 22:34
http://news.gmw.cn/2013-11/22/content_9567161.htm 学术举报应由第三方独立调查 2013-11-22 03:31   来源: 光明网-《光明日报》   作者:胡乐乐   据《北京青年报》报道,近日,复旦大学附属眼耳鼻喉科医院医师王宇澄举报了其导师、中科院院士、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院王正敏教授涉嫌学历造假、学术抄袭、院士申报材料造假等问题。复旦大学回应称,经查未发现王正敏存在学术不端问题,但确有学术不规范之处,学校还将继续关注此事并及时作出回应。   在中国的伦理氛围中,对于学生就学术、师德等问题举报老师这样的事情,人们的反应比较复杂,第一着眼点往往不是“学术抄袭”,而是“学生举报”。一部分人强调“一日为师,终生为父”观念,并且深深认同孔子的“子为父隐”的做法;另一些人则认为,在学术这么严肃的事情上,真正该推崇的是古希腊著名哲学家亚里士多德的“吾爱吾师,吾更爱真理”的理念。   目前,在学术造假认定问题上,牵涉了太多道德判断甚至个人恩怨。换句话说,让学术的问题回归学术,首先就需要将学术问题从人际关系、利益关系中剥离出来。如果调查方本身不能摆脱这种利益关联性,不但调查进程、结论和处理可能无法满足大家的关切,结果本身也有公信力不足之虞。   那么,如何确保学术举报的调查结论和处理决定能够让大家信服呢?在目前的学术体制和高校自身利益之下,让被举报者所在的单位进行自我调查,公众很难不对其客观公正性存有疑虑。毕竟,要让一所高校认定其著名专家造假,几乎要有“壮士断臂”的决心。在这种情况下,一个可行的办法就是交由第三方独立调查。所谓第三方,严格来说,就是与举报者、被举报者和涉事的有关方面都没有任何利益关系的组织、机构。唯此,调查者才能依据客观事实独立调查,并得出有公信力的结论。   在学术制度成熟的国家,学术不端行为被举报有公开的调查程序和严肃的处理制度。比如,美国的某所大学接到学术不端行为举报后,大学将会尽快遴选中立的第三方,组织专门的调查委员会,启动调查程序。整个调查程序必须保密,防止外界施加不当压力,以保证调查人员的中立性,进而作出公正的认定。在此过程中,校方也同样尊重被举报者的正当权利与隐私,给予其陈述、举证和申辩机会。调查结束后,校方允许最终的调查与报告内容不公开,但处理决定必须公开,当事人不服则可以对簿公堂。这一整套程序和方法为我们提供了很好的经验。   此外,由于此事件涉及到当事人院士的身份,此事也在一定意义上展现了院士制度改革的意义。日前发布的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》指出,要“改革院士遴选和管理体制……实行院士退休和退出制度”。显然,打破院士的终身制,也能促进相关方高效、公正地处理涉及院士学术不端行为的举报。(胡乐乐) ] 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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[转载]北京青年报:学生举报老师,是非高于恩怨
热度 1 wych199771 2013-11-26 21:12
http://epaper.ynet.com/html/2013-11/15/content_24578.htm?div=-1 学生举报老师,是非高于恩怨 2013年11月15日 星期五 北京青年报 2013年11月8日,中科院院士、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院王正敏教授被他的学生兼前任助手王宇澄举报。王宇澄向中科院递交了举报材料,内容涉及王正敏论文数目造假、专著抄袭以及临床试验造假等多个方面,并指控王正敏利用不规范的专著、论文获得了院士头衔。 王宇澄举报王正敏,有人认为“是一场利益纠葛下的闹剧”,也有人打感情牌,认为老师再不对,学生也不该举报,否则有违伦理道德。 但人们应该看到,现代社会中的师生关系,毕竟不是古典意义上的师徒关系,因此不存在所谓的亲亲相隐。即便因为利益纠葛,也无碍于举报的正当性。一些贪官常被情妇或小三举报,这种内讧式的举报不能因为小三道德有亏,或因利益纠葛,就否定她们举报的权利。 一个最需理清的问题是,王宇澄举报得究竟属不属实?王正敏在院士评选中究竟有没有问题?比如,王正敏申报院士前,共发表论文271篇。其中有88篇在自己担任主编的《中国眼耳鼻喉科杂志》发表,除了14篇是从《耳显微外科》一书摘取之外,还有40余篇是非研究性文章,属不属于“凑”论文数目?此外,王宇澄称王正敏的第三本专著《王正敏耳显微外科学》中,两百多幅都是抄袭。而按照复旦大学在2011年的《复旦大学对学术不端行为的处理规定》的规定,“将他人论著中的内容,录作为自己的研究成果而不注明出处”,“将外文作品的全部或部分翻译或改写作为自己著作的内容,而不加明显的注释的行为等”均属于抄袭。 对待王宇澄举报王正敏一事,应该弃绝不论是非、只顾立场的做法。是就是是,非就是非,如果因为学生举报王正敏就大肆挞伐,既是对王宇澄的不公,也是对公义的蔑视。当然,王宇澄的举报必须基于事实,比如,他是否夸大其词?或无中生有?因此,针对王宇澄的举报,不仅复旦大学应该介入,中国科学院也应该介入,成立联合调查组,还原事件真相。 学生举报老师的,也有老师举报学生的,类似的举报难免让人思索。别让人情瓦解了真相,纠葛是纠葛,是非是是非,少一些贴标签,多一些尊重事实、尊重真理的精神,学术不端乃至学生腐败现象才能少一些。当然,更重要的是,监管制度不断推进,职能部门、高校与科研机构携手封堵,再加上整个学术圈都能形成一种零容忍的态度,使每个学术中人都有自律,才能使学术走上纯洁路。 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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[转载]北京青年报:复旦称被举报院士未发现学术不端
热度 2 wych199771 2013-11-26 21:01
http://epaper.ynet.com/html/2013-11/18/content_25071.htm?div=-1 中科院院士、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院王正敏教授被学生举报学术造假 复旦称被举报院士未发现学术不端 2013年11月18日 星期一 北京青年报 近日,复旦大学附属眼耳鼻喉科医院医师王宇澄举报其导师、中科院院士、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院王正敏教授涉嫌学历造假、学术抄袭、院士申报材料造假等问题。17日,复旦大学回应称,经查未发现王正敏存在学术不端,但确有学术不规范之处,校方还将继续关注并作出及时回应。 据了解,举报者王宇澄是王正敏的学生兼前任助手。早在2012年初,王宇澄已向校方提交过举报材料,复旦大学学术规范委员会随即启动调查工作,并于今年8月形成调查报告,同时上报中科院。 记者看到,这份对外公开的调查报告涉及三方面问题。其一,认定王正敏提供的医学博士学位证书已获教育部留学服务中心认定,学历造假问题不存在;其二,王正敏作为合作者之一发表的几篇中文论文中,有些论文内容高度重复,属重复发表,尽管王正敏均称其“是在毫不知情的情况下被列为论文的合作者”,但此做法在学术态度上是不实事求是的;其三,在王正敏编著或主编的《耳显微外科》等三本书中,在未取得国外著作版权的同意下,对原著图片重新描画,使用大量插图且未注明出处,“此做法不符合国际公认的学术规范”。 复旦大学学术规范委员会在处理意见中认为,王正敏必须就编写专著中存在的学术不规范行为向原作者作出书面道歉,以及就院士申报论文材料中的不实事求是做法向中国科学院作出说明。 对这一结果,王宇澄表示将继续收集王正敏在临床实验数据、论文数目、著作抄袭等方面的问题,进一步“反击”。王正敏对此则不愿多谈。 此事因涉及院士评选、学术造假、师生矛盾等问题,引起社会关注。有网民表示:“院士评选容不得半点瑕疵,每位院士申请人都必须对自己提供材料的真实性负责。” 复旦大学学术规范委员会主任周鲁卫坦言,当前学术界的很多问题确实是“历史遗留”问题,如何面对和处理,需要学术界充分重视、认真探讨并形成广泛共识,才能正本清源、行之有度。 周鲁卫表示,无论事情发生距今多久,只要举报者拿出确凿的证据,学校方面就一定会追查到底。“院士评选中的个别不规范行为确实有当时社会风气和法制建设等因素影响,拿今天的规则审视过去的行为,稍显苛刻。但每个年代都不缺非常严谨的学者,对待学术必须始终坚持最高标准。” 文/吴振东 俞菀 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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[转载]求是理论网:弟子举报院士:事实胜于立场
热度 2 wych199771 2013-11-26 20:52
http://www.qstheory.cn/kj/jygc/201311/t20131115_291583.htm 弟子举报院士:事实胜于立场 2013.11.15 14:39 来源: 中国青年报 作者: 字号:【 大 中 小 】   中科院院士、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院王正敏教授被举报了,举报者是其学生兼前任助手王宇澄。11月8日,王宇澄在京向中科院递交了举报材料,内容涉及论文数目造假、专著抄袭以及临床试验造假等多个方面,还指控王正敏利用不规范的专著、论文获得了院士头衔。王宇澄曾是导师在单位最亲密的伙伴,一度代为打理其传呼机和个人邮箱。2005年,王正敏以耳鼻咽喉头颈外科学家身份被增选为中科院院士。(《南方周末》11月14日)   亚里士多德有言:“吾爱吾师,吾更爱真理。”王宇澄的实名举报也许与热爱真理无关,而是出于个人恩怨。所以,有人质疑这“是一场利益纠葛下的闹剧”,甚至被安上“大逆不道”的罪名。还有人认为老师再不对,学生也不该举报,否则有违师生伦理。   举报曾经数年授业解惑的导师,确显绝情,但现代社会中的师生关系,毕竟不是古典意义上的师徒关系,更没有父子关系中的血缘纽带,因此不存在所谓“亲亲相隐”。即便事起利益纠葛甚至是“分赃”不均,也无碍于举报行为本身的正当性。或可类比的是,一些贪官常被情妇举报,举报的原因是情妇认为被冷落,官员未兑现当初承诺。这种内讧式举报越来越多,我们不能因为官员情妇道德有亏或事涉利益纠葛,就否定她们举报的法定权利。   就事论事,最需厘清的问题是,王宇澄举报的究竟属不属实?王正敏在院士评选中究竟有没有问题?比如,举报称,王正敏为当选院士“凑”论文数目,做法之一是将《耳显微外科》一书拆分成14篇论文,发表在《中国眼耳鼻喉科》杂志上,而该杂志自创刊起一直由王正敏担任主编。   再比如,截至2005年4月3日,王正敏申报院士前,共发表论文271篇,但其中88篇在《中国眼耳鼻喉科》杂志上发表。这88篇“论文”中,除了14篇是从《耳显微外科》一书摘取之外,还有40余篇是作为非研究性文章发表在“发刊词”、“专家笔谈”、“我如何做”等栏目的小品文。   此外,最值得关注的是,王正敏的著作是否涉嫌抄袭?王正敏的第三本专著《王正敏耳显微外科学》,出版于2005年院士增选之前。王宇澄称,他参与了该书出版,“那本书中三百多幅图,两百多幅都是抄袭。数十幅图片都是我按照王正敏的指示从其他书籍上抠下来的,英文的说明就翻译为中文,后来成书中并没有注明这些图片的来源。”按照2011年《复旦大学对学术不端行为的处理规定》的规定,“将他人论著中的内容,录作为自己的研究成果而不注明出处”,“将外文作品的全部或部分翻译或改写作为自己著作的内容,而不加明显的注释的行为等”均属于抄袭。中国工程院院士秦伯益表示,在候选院士的参选中,如果候选人有任何形式的造假被发现,必然会落选。2005年中科院增选院士时,一名候选人就仅仅因为论文署名排序不当而落选。   是就是是,非就是非。如果因为弟子举报王正敏就大肆挞伐,既是对王宇澄的不公,也是对公义的蔑视。当然,王宇澄的举报必须基于事实。他曾被王正敏冷落,因此心怀不满,所以,在举报情节上是否与事实有冲突,这是我们必须慎重考虑的。对于王宇澄的举报,不仅中国科学院应该介入,复旦大学也该介入,最好是成立联合调查组,最终还原事件真相。 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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[转载]中国共产党新闻网:《中国青年报》弟子举报院士 事实胜于立场
wych199771 2013-11-26 20:09
http://cpc.people.com.cn/pinglun/n/2013/1115/c78779-23551289.html 弟子举报院士:事实胜于立场   中科院院士、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院王正敏教授被举报了,举报者是其学生兼前任助手王宇澄。11月8日,王宇澄在京向中科院递交了举报材料,内容涉及论文数目造假、专著抄袭以及临床试验造假等多个方面,还指控王正敏利用不规范的专著、论文获得了院士头衔。王宇澄曾是导师在单位最亲密的伙伴,一度代为打理其传呼机和个人邮箱。2005年,王正敏以耳鼻咽喉头颈外科学家身份被增选为中科院院士。(《南方周末》11月14日)   亚里士多德有言:“吾爱吾师,吾更爱真理。”王宇澄的实名举报也许与热爱真理无关,而是出于个人恩怨。所以,有人质疑这“是一场利益纠葛下的闹剧”,甚至被安上“大逆不道”的罪名。还有人认为老师再不对,学生也不该举报,否则有违师生伦理。   举报曾经数年授业解惑的导师,确显绝情,但现代社会中的师生关系,毕竟不是古典意义上的师徒关系,更没有父子关系中的血缘纽带,因此不存在所谓“亲亲相隐”。即便事起利益纠葛甚至是“分赃”不均,也无碍于举报行为本身的正当性。或可类比的是,一些贪官常被情妇举报,举报的原因是情妇认为被冷落,官员未兑现当初承诺。这种内讧式举报越来越多,我们不能因为官员情妇道德有亏或事涉利益纠葛,就否定她们举报的法定权利。   就事论事,最需厘清的问题是,王宇澄举报的究竟属不属实?王正敏在院士评选中究竟有没有问题?比如,举报称,王正敏为当选院士“凑”论文数目,做法之一是将《耳显微外科》一书拆分成14篇论文,发表在《中国眼耳鼻喉科》杂志上,而该杂志自创刊起一直由王正敏担任主编。   再比如,截至2005年4月3日,王正敏申报院士前,共发表论文271篇,但其中88篇在《中国眼耳鼻喉科》杂志上发表。这88篇“论文”中,除了14篇是从《耳显微外科》一书摘取之外,还有40余篇是作为非研究性文章发表在“发刊词”、“专家笔谈”、“我如何做”等栏目的小品文。   此外,最值得关注的是,王正敏的著作是否涉嫌抄袭?王正敏的第三本专著《王正敏耳显微外科学》,出版于2005年院士增选之前。王宇澄称,他参与了该书出版,“那本书中三百多幅图,两百多幅都是抄袭。数十幅图片都是我按照王正敏的指示从其他书籍上抠下来的,英文的说明就翻译为中文,后来成书中并没有注明这些图片的来源。”按照2011年《复旦大学对学术不端行为的处理规定》的规定,“将他人论著中的内容,录作为自己的研究成果而不注明出处”,“将外文作品的全部或部分翻译或改写作为自己著作的内容,而不加明显的注释的行为等”均属于抄袭。中国工程院院士秦伯益表示,在候选院士的参选中,如果候选人有任何形式的造假被发现,必然会落选。2005年中科院增选院士时,一名候选人就仅仅因为论文署名排序不当而落选。   是就是是,非就是非。如果因为弟子举报王正敏就大肆挞伐,既是对王宇澄的不公,也是对公义的蔑视。当然,王宇澄的举报必须基于事实。他曾被王正敏冷落,因此心怀不满,所以,在举报情节上是否与事实有冲突,这是我们必须慎重考虑的。对于王宇澄的举报,不仅中国科学院应该介入,复旦大学也该介入,最好是成立联合调查组,最终还原事件真相。 分享到: 1 (责编:方蕊娟、谢磊) 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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[转载]中央人民广播电台中国之声《新闻纵横》的报道
wych199771 2013-11-26 19:53
http://china.cnr.cn/yaowen/201311/t20131116_514149588.shtml 学生举报导师申报院士材料造假 否认师生有利益纠葛 2013-11-16 08:18 来源:中国广播网    央广网上海11月16日消息(记者肖源 实习记者任玉茜)据中国之声《新闻纵横》报道,卫生部听觉医学重点实验室主任、上海医学会耳鼻喉科学会名誉主委、国际颅底学会创始委员、世界聋联听觉医学委员会委员、当今耳鼻喉学界唯一的一名中科院院士……这只是现年78岁的王正敏拥有的一小部分头衔。而这些荣誉,或许是许多科学家终其一生也无法企及的。   但是,王正敏被举报了。举报的理由是,其中科院院士的申报材料中,存在多项问题。而举报者,正是他的学生、前任助手、申报材料的协助制作者--王宇澄。这些举报是否属实?   王宇澄在科学网博客中的四十多篇博文,只有一个主题--王正敏教授申报院士材料中,以普通论文冒充学术论文、三本个人著作涉嫌抄袭、临床疗效数据造假、博士学位造假。    王宇澄:因为他有271篇论文申报院士,其中现在发现有57篇都不是正式研究论文。   王宇澄说,这57篇文章中,有43篇属于类似随笔的一般性文章,至少有6篇还存在一稿多投、篡改实验数据等问题。此外,还有14篇是从其本人的专著中拆解出来的,而这本专著,更是涉嫌抄袭。    王宇澄:这本专著,主要是抄袭了他国外的导师,没有经过原作者的同意,也没有经过原著者的出版社的书面同意,又不注明它的出处的话,是违反国际上通行的学术规范的标准。   王宇澄认为,论文充数、涉嫌抄袭,仅这两项,就是对代表着中国科学界最高荣誉称号--院士--的一种亵渎。更何况,王正敏院士还存在临床疗效数据造假的问题。    王宇澄:王正敏教授使用他当年从其老师Ugo Fisch教授那儿学来的旧技术、旧材料,却取得了Ugo Fisch教授在08年采用了新技术、新材料,也才取得的、也是现今世界最好的疗效,还要高3到6倍的好成绩?这个数据是不可能的,是个明显的造假,理论基础都是错的。   在王宇澄提供的材料里,还有一项最致命的指控--博士学位造假。根据王宇澄发布在科学网上的王正敏申报院士材料,在主要学历一栏,有这样的文字:1980年2月至1982年9月,在瑞士苏黎世大学耳鼻喉科,获博士学位。而王宇澄认为,这实际上是苏黎世大学授予进修身份的王正敏,一种博士头衔,而并非学位。    王宇澄:苏黎世大学的Ugo Fisch教授都已经讲得很清楚了,王正敏获得的这个证书,不代表他的博士学位,他说如果在我们这边获得博士学位的话,他要完成6年左右医学的学习。他用两年时间怎么可能获得苏黎世大学的博士学位呢? 对于自己学生的这种实名举报,王正敏教授的回答是,纯属诬陷。    王正敏:学校和医院各方面,以及中国科学院,都有了很明确的一个结论了,这个学生对我基本上就是一个诬陷、诬告了。   王正敏说,所谓的抄袭一事,根本不存在。    王正敏:讲我引用我自己老师的图,没有注明出处,这是不对的。我的书里边,就在本章里边都注明了这个出处,我不会说是连这点常识也不懂,不会的!我老师对我这个书的评价也很高,我大概跟你说这些。   至于王宇澄所反映的其他问题,王正敏表示,要咨询其他部门。   中科院院士申报材料有水分?这很难令人相信。因为,中国科学院院士,是我国在科学技术方面的最高学术称号,这个仅有700人左右的团队,是我国最优秀的科学精英和学术权威。已经当选的院士,被举报申报院士材料有问题,这恐怕在中科院的历史上,也是凤毛麟角。那么,对于王宇澄的这些指控,有关各方如何回应?   作为院士的主管部门,中国科学院如何认定王宇澄的举报?王宇澄说,早在去年,就曾向中科院提交过实名举报材料。    王宇澄:2012年12月1号,我就正式向中科院实名举报了,最新的答复,中科院讲,王正敏的问题,我们还在审议当中。   当记者致电中科院时,中科院学部工作局学术与文化处的一位负责人表示,不便透露。    负责人:我们有相应的一些处理的规则,有一定的程序,但是现在我不接受采访,所以我也不方便回答您这些问题。   那么,复旦大学对此事,又是什么态度?在复旦大学学术委员会的官方网站上,有一份今年9月9日发布的2012年6A号通告--《关于举报我校附属眼耳鼻喉科医院王正敏院士涉嫌学术不端行为的调查报告》,调查结论为:王正敏的三本著作中,在未取得国外著作版权的同意下,对其原著图片采取重新描画的做法,使用了大量插图,且未注明出处,虽不属于学术剽窃,但不符合国际公认的学术规范。至于文字抄袭,因其内容为解剖学描述,不属于抄袭;王正敏与他人合作发表的几篇论文中,有些内容高度重复,另有几篇论文曾使用相同的内容或图表,属于重复发表,这种做法在学术态度上也不是实事求是的。王正敏提供的医学博士学位证书,最终获国家教育部留学服务中心认定,故举报人质疑王伪造学历的问题是不存在的。据此,复旦大学作出以下处理意见:所有有王正敏署名、涉及内容重复发表的论文均不能作为科研成果列在个人简历和各种申报材料中;因发表这些论文而获得的科研奖励应予以收回;王正敏必须就三本专著中的学术不规范行为,向原作者做出书面道歉。眼耳鼻喉科医院学术委员会,应将本调查报告通知上述著作的出版社;王正敏应当就在院士申报论文材料中存在不实事求是的做法,向中国科学院做出说明;眼耳鼻喉科医院学术委员会和医院领导应该督促被举报人落实以上处理意见的建议。 那么,王正敏教授是否落实了复旦大学学术委员会的处理意见?记者致电复旦大学附属眼耳鼻喉科医院,这里的工作人员表示,对此事不太了解。    医院:今天我们领导也不在,他今天就是去沟通交涉这件事情,我们现在没有办法给你一个很准确的答复。而且,作为医院来讲,我们不可能去相信王宇澄个人的一面之词,王医生他个人对医院的贡献、对国家的贡献都是我们大家有目共睹的,不可能因为一个人的一面之词就整体推翻他的个人贡献,你说是吧?   实名举报自己的授业恩师,王宇澄究竟是为什么?    记者:当时他申报中科院院士的这些材料,应该是您经手的,对吧?   王宇澄:对。而且我们举报的这些东西,大部分90%的东西都是我到他这个地方来之前,他就已经造好假了,我们哪知道呢?这都是后来露出马脚的。要知情,我们跟他有半毛钱关系,我也不会来这么举报他。   至于外界盛传的与王正敏存在利益纠葛,王宇澄也是断然否认。    王宇澄:我跟他有什么利益呢?他是我老师,我跟他既没有什么位子争,也没有什么争。这个原因,也简单。因为他利用了一个学生对于一个专家和权威充满敬仰。然后呢,他发现我的造假已经成功了,我的目的达到了,所以他就立刻变脸。   举报的原因,在王宇澄看来,并不重要。重要的是,他的举报材料,被复旦大学部分地认可了。    王宇澄:冒充论文的性质,这个是中国科学院院士甄选当中的一条高压线,决不可逾越的红线。如果一篇论文有点瑕疵或者论文署名先后有一点问题的话,你都不能当选。   至今,复旦大学的调查结论,依然挂在该校学术委员会的官网上,而中科院的调查程序,仍在进行中。中科院能否认同复旦大学的调查结论?根据该结论,是否能够证明王正敏教授存在一定程度的学术不端行为?事件的相关进展,中国之声将持续关注。 我的联系方式:18918609550. wanghui20120227@aliyun.com
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美国联邦政府学术道德办公室(ORI)是否采用了双重标准?在我所举报的耶鲁科研造假案中ORI的作为(二)
bugenhu 2010-2-8 02:04
如我在上一篇博文(政府 ORI 的作 为之一)所述,事实已明白无误的告诉我这场博奕的艰难。在美国政治或社会层面我老板还有一个重要身份---干细胞研究的积极倡导者 , 鼓 励政府多拨款 , 私人多捐款, 以用于干 细胞研究。试想:如果将我老板自已有意伪造干细胞科研结果的真相暴光, 而且是史无前例的在方法学上的造假, 意味着对她们文章中用同样方法所得出的所谓实验结果数据是一个多米诺骨牌效应, 那这件丑闻在政治和社会层面的后续效应会怎样呢?我进入大学(七七级)以后所从事的就是自然科学。但我也深知, 在美国如果我的行为触犯了大人物的利益关系, 对我的职业(生命科学领域做科研)对我的实际生活(养家糊口)后果不堪设想。刚一发现问题,自然只能采取走为上计(我想这也是多数从国内来的科研人员在此种情况下的首选)。而现实情况是身不由已,一是走不了,二是老板非要将我当作为她铺洞的最佳技术人材, 我也只能以装傻和沉默守住底线而在狭缝中求生存。2007年11月底向耶鲁干细胞中心主任汇报老板团队在实验方法学上造假后,主任一直想让我对老板挑明这事。我告诉主任此案非比寻常,其一是太丑,其二是后续影响大。主任认为:只要我能确证作者的实验方法(protocols)无法得出其文章中的结果数据, 则此事很简单,让我相信耶鲁会秉公处理。我说:如果真能按游戏规则办事,则我打这假可以只须用对照样本直接实验验证作者的每一个实验方法而做到一步到位,简单明了,真可谓一剑封喉而使所有各方无话可说。因为只须让各位在显微镜下眼见为实。但万一裁判不公正呢?我将单枪匹马面对有权有势的利益集团所作的困兽之斗, 而老板只须在我背后几句抹黑我的话, 就可将我的生计彻底毁掉而让我无法养家糊口。所以我的原则就是:老板自已要知趣, 千万别强攻我的底线,否则我只得亮剑。主任说: 你这事我知道, 万一老板抹黑你,我可以帮你正名。我说: 老板一旦在本领域抹黑我,你能到哪里去帮我洗刷我的清白? 所以举报此案时我并未奢望裁判会做到真正的 公平, 公正, 只要不是离谱的偏袒, 这假也不难打下来。因为作者有意造假的七寸就是其Y FISH方法的低检出率即高漏检率,而文章中作者所写下的那组阳性对照组 - 公鼠骨髓细胞Y FISH实验数据:0.8 +/- 0.8% 细胞缺乏Y染色体即 Y 阴性,对于对方就是一局科学技术上的绝对死棋既超过了此项技术的瓶颈甚远。也是我作为无权无势的举报人检验任何官方是否真把学术道德当回事而能秉公处理的试金石。如连这种假都不打, 则其所谓调查的目的就不是打假,而是瞒假。 2008年11月初再次向政府机构ORI正式举报此案就只打击此组Y FISH数据。到目前为止这代表美国政府专门监管学术道德的ORI也未回复(我给ORI寄的全用挂号带回执,对方不能说未曾收到)。对方不会弱智到看不出我的目的,如它真想尽职, 则我的举报是好事一桩, 因为我在科学技术层面上已经明白无误的告诉ORI, 怎样轻而易举打掉这假, 且让对方还无话可说, 还可以连锁反应地扩大战果。等于让ORI白拣胜利成果, 历史上那有如此简单快速明了的打假歼灭战(应该可以作为打假范例)。如连 ORI也不想让如此丑陋的科研造假案暴光, 则我的目的对其为两难。这ORI代表美国联邦政府拥有无尽的资源, 包括各方面的技术团队, 真正懂DNA原位杂交的分子生物学家只须看一眼作者Y FISH 方法(protocol)中的DNA变性条件, 就应该对那组神奇数据有一种感觉: 大概有些离谱 。而我正式举报的就只有这组数据, 所以没人(包括ORI那位主管技术的主任,他本人就是生命科学领域的 PhD) 敢在给我的回复中 写下 :这作者的Y FISH方法能否产生那组神奇数据的问题, 既这ORI也不能去碰这个具体的实验方法和由其所产生的神奇数据。因为在美国只要是在台面上你自已写下来的东西是可以作为证据的, 而口说则无凭! ORI用了与名校耶鲁一样的策略- 回避 。我想这应该就是ORI无法回复我11月份那封举报信的根本原因。如何回复这封信, 就明白无误地试出了ORI的真实意图! 2008年12月老板即对我采取行动, 让我90天后走人 (详情请见博文:事件回放和 耶鲁的调查。因为只有耶鲁在2008年10月22日关闭案例, 以使我丧失实名举报人身份, 老板才能够开我, 否则违规)。 我得让ORI干些本职工作, 2009年元月初我再次向ORI举报(16页的信)详细列出整个事件的全过程 (我不能让它以后说不知情) 外加20多封作者和相关人员的电子邮件(全为对作者不利的直接证据,包括老板在2008年3月份内部方案执行时,以公司不再生产抗体-抗SPC(Chemicon, AB3428)为由, 而改由 Erica 提供一管她以前用过的AB3428,而在老板2008年7月份向校方写的报告却写成 AB3428 由公司订购,她以电子邮件的方式送给我以想让我认可, 而这种把戏我均早已向耶鲁校方指出) 。报告中我要求:1.由ORI(而不是耶鲁)直接进行的调查--还是那实验方法, 还是那组数据;2.将耶鲁已收缴我的相关记录本存于ORI报管直到案例解决; 3.正式要求ORI为我提供做为实名举报人应该享受的美国联邦政府保护方案, 以保证我的安全和工作直到此案水落石出。 注:由于我是这起造假案唯一的举报和未上贼船的知情人, 在美的中国朋友也提醒我须注意安全问题了。 2009年2月初收到ORI主管技术的主任和该办公室主任于1月下旬对我1月份举报的回复。方式仍然依旧:刻意不去碰我所举报的问题--实验方法和其实验数据, 连提也不提, 好象我根本没举报此类问题一样。只告诉我此案处于关闭状态, 所以不能提供保护方案, 让我找耶鲁要保护方案, 并告诉我:耶鲁的实名举报人的保护方案优于政府的方案。这两家联手将举报人放进一死胡同:正因为耶鲁无理关闭案例, 才能让老板将我踢出, 以免我在耶鲁非要实验验证作者的实验方法 (protocol) 和其所谓结果, 我才向你政府监管机构举报。难道只有耶鲁调查, 你ORI才能调查吗?而你ORI的作用本身就是监管那些拿了NIH基金(纳税人的钱)做科研的学校或研究机构的。这政府和耶鲁将举报人当猴耍, 玩得也太明显了。 你ORI与耶鲁还不同, 你代表美国政府如此玩弄的是公权力。既然如此我也没必要给各方再留面子了(详情请见我的博文:事件回放和耶鲁的调查)。 2009年2月初我在老板实验室严格按其文章 FASEB 2007 上所发表的Y FISH方法 (protocol) 在正常野生型公鼠骨髓细胞片子上做了Y FISH实验, 既实验验证作者的该实验方法(protocol verification or validation).我将片子本身(即真正的Y FISH实验结果), 40倍物镜下所摄的全景图像, 技术解释, 书面举报报告, 作者自已所写的电子邮件等直接送达耶鲁医学院院长办公室再次举报此案:只有一个实验方法和其完美的实验数据并让其眼见为实我所提供的物证-片子本身。同时让老板也在实验室亲眼看我所做的片子和图像。尔后再将一张片子, 含所摄图像的CD盘和相关材料寄给ORI, 让它请其专家也眼见为实。这次举报时我非常具体的要求耶鲁:1.让作者自已也实验验证其Y FISH方法, 中立方也验证此Y FISH方法(既让你交互验证由我举报人所提供的物证-- 片子本身, 而这才是此类形态学实验最真实的结果! ); 2.请耶鲁让作者从计算机中调出她们那些产生了完美公鼠骨髓 Y FISH数据的电子图像, 对这些完美结果作者所有的证据 就是文章中所写下的阿拉伯数字, 连任何相关的原始记录也无法提供; 3.耶鲁调查此实验方法和这组数据。 2009年2月5日向耶鲁再次举报此案后, 每隔一段时间, 我则用电子邮件的方式催问结果, 因为这次我举报的案例就只有一组公鼠Y FISH的数据, 老板实验室具有所需的所有材料试剂, 而这实验第二天下午结果就出来, 每次 Linda Mayes 回复都是耶鲁院方在认真评估研究(review)之类。2月下旬起我则以电邮方式反复向耶鲁要一个答案:我是否为此案的实名举报人?Linda Mayes 回复我的电邮, 但从不回答我的问题。她的两难:请见我的博文:事件回放和耶鲁的调查。 2009年2月26日Linda Mayes 送给我一电子邮件仍没有回答我是否为实名举报人,但她写下了: Following your letter of February 2009, we have initiated a separate academic fraud process to review your recent communications (including the one below) and any other materials you submit. We will make every effort to move that process along expeditiously, but thoroughly. I can assure you that we are taking your concerns very seriously.这段话最重要的是:自收到我2月份的举报信和其他材料后(她就是不提我做的片子本身),她们已经启动了另一个(以区别于前一个已关避的案例)学术造假的程序来评估我所提交的材料。再加上一些官话。 既然有案例就该有原告吧! 2009年2月27日我被老板如期踢出耶鲁。 2009年3月初我收到ORI对我2月7日所寄去材料的回复:他们就是看了片子也没用,因为他们没裁决权。但我将片子等材料给耶鲁院办是很合适的。也就是说ORI不以写下来的方式明确告诉举报人:他们是否看了我寄去的物证-按作者的Y FISH方法所标记的公鼠骨髓细胞的片子和其全景图像, 作为代表美国联邦政府的监管机构它ORI看了物证都没用,那在美国举报科研造假时,举报人该向谁去举报呢? 如果连ORI都想不让这荒谬的科研造假案暴光,则他们拿了我的物证-片子确实是两难,因为在所寄的信中我已明确要求ORI让其专家看片。他如说:看了片子,就必须承认在片子上大多数细胞被作者的Y FISH 方法标记为Y阴性即漏检,而决非小于1%的细胞为Y阴性,则此案已破。如说:举报人提供的物证无公信力,我一直是要求你们做这实验,既你政府,耶鲁,作者交互验证举报人所提供的物证 (cross-examination)。如它说:没看片子。则万一那天我能将其信在公众面前暴光对其肯定不是好事。所以还是 回避 ! 2009年3月4日我给ORI寄去了第五封信,外加整个2月份与耶鲁官方就举报科研造假案的所有电子邮件,包括 Linda Mayes 2月26日的电子邮件(如上所述:她自已都说耶鲁已启动了程序)。此信中我明确告诉ORI,耶鲁回避给我答案:我是否为此案的实名举报人。所以我只能找美国政府要答案,按美国政府的的定义或标准我是否为实名举报人?如果我不是,我也要书面解释(既我让它写下来)。至今为止,ORI也未回复我如此简单的问题。在我所举报的造假案中如果ORI想刻意不作为,则我在这里给它的是一个政治上,逻辑上的绝对两难。如它说我是,则耶鲁已有意违规(我2月27日已被踢出),如说我不是,则2月26日 Linda Mayes 代表耶鲁给我的电子邮件中那段话该作何解读(已启动了程序)。总不能因为我无权无势,而这案例也成了有案而无原告吧,美国至高无上的宪法都说人生来就平等,总不能所有这些台面上美国社会所崇尚的基本价值观念如公平,公正一到我这里就全失较吧!尽管我无权势,我也要以此案例让耶鲁,ORI在学术道德问题上自已揭去他们脸上的那块面纱。 等到2009年8月,我给ORI寄去了第六封信(42页)。从科学技术层面上详细阐述了: 1.为何我所打假的那组公鼠骨髓Y FISH数据只能是有意伪造的数字。 2. 一旦得到作者Y FISH方法具有低检出率的科学真相,则多米诺较应马上开始---只须用其高漏检率作为尺子去衡量作者文章中Y FISH实验数据, 再来科学评估看有那一个数据 能够 是真的Y FISH结果!3.文章中作者的假图像只能怎样制作而来,如何用对照证明我所说。既目前所打之假只是冰山一角!4.直接质疑耶鲁的所谓调查本身,索要我2月份所举报案的结果。5.寄上正常野生型公鼠和SPCKO公鼠肺切片和细胞片Y/SPC多重标记全景图像(用我自已的方法所做的,我博文: 图解中的图1-图5),和详细的图解说明(我博文:图解说明-英文版)。 2008年8月中旬也给美国联邦政府卫生和人力资源部部长本人(ORI的老板)去信。直接质疑官方对我所举报造假案调查的本身。 2009年9月底收到ORI9月21日的回复:刚收到耶鲁的结论。根据由耶鲁的两位本领域专家(subject matter experts)所作的评估,所以不能再调查下去了。此为耶鲁的结论: your concerns are due to honest differences of opinion and interpretation of the data。中文:你的顾虑是由于对结果(数据)看法和解读的诚实程度不同。这大概是说:举报人解读数据的诚实程度高于作者吧,所以才产生了这场误会。 2009年10月22日我给ORI写了第七封信(14页)。1.直接从逻辑上,科技上,事实 上,证据上反驳耶鲁的调查程序本身,和结论的荒谬。2.将我证明此Y FISH数据 只能是有意为造的数字的证据链放在ORI的面前,让他们也用其证据链来打断我的证据链。3.请ORI将所有能证明作者这组Y FISH数据不是伪造的证据, 作者真做了此实验的证据或根据全放上台面。4.怎样解释作者2008年3月6日的电子邮件。她自已都承认:从未能将Y/SPC双标记方法搞工作过,连FISH看来也不工作了。而文章中此二项结果数据却为完美数字----无人甚至能产生接近此类数字的Y FISH实验结果。可惜只有阿拉伯数字而无任何图像! 2009年10月22日也回复美国卫生部一为主管卫生公共健康助理部长(医学博士)于10月2日代表卫生部给我的回复。我在信中毫不留情地反驳了他的论据:1.他将建立一个好的Y FISH 方法(protocol)和使用一个已建立的Y FISH方法有意混为一谈。潜台词:所以别人拿着作者的Y FISH方法在公鼠样本上得不出作者那种完美数据看来是有道理的,完全忘了实验方法的可重复性这码事。我的反驳:建立好方法为真正的高科技,使用已建立的方法则为常规操作,一般技术员均可胜任。2.他说: 无法重复的结果也可能为 诚实的错误 ---honest error 。他居然不知: 在我举报的这案例中, 这是一张最愚蠢的牌 ---因为任何一双诚实的眼睛是无法在显微镜下将大百分之几十的Y- 细胞反复判别,记数为小于1% 的细胞为Y- 细胞的!当然其真实目的则暴露无遗----他也在玩弄公权力! ORI 2009年11月5日回复我10月22日的挑战。仍老调重弹:我未能提供新证据,所以此案就是关闭状态。但从不谈此案是什么---一个有缺陷的Y FISH方法产生了神奇的阿拉伯数字作为其Y FISH实验结果!这里是否在肆无禁忌地使用双重标准!作者方,耶鲁,ORI有何证据,事实来证明:1.作者是否真做了该实验---连原始记录都没有!2.科学上证明其Y FISH方法 能够 将99%的公鼠骨髓细胞标记成 Y+ !整个一个强盗逻辑。 2009年11月19日我给ORI寄去第八封信。直接反驳其谬论:1.我举报的打假案就是一个Y FISH实验方法的低检出率,所以无法产生作者文章中所写下的完美数据。2.我早已提供了物证---片子本身,让你们交互验证,作者Y FISH方法的硬伤---DNA 变性条件太差而无法使所有细胞中Y DNA双链打开。3.作者自已所写的电子邮件。4.我的证据链---证明作者完美数据只能是有意伪造的数字,而耶鲁,ORI 则无法打断我的证据链!也就是我提供了证明这假数据的必要和充足的证据,而作者,耶鲁,ORI连作者是否做了该实验的证据都无法提供,更别说证明作者的Y FISH方法能够将公鼠骨髓细胞片子标记成99%的细胞为Y+。最后我对ORI说:你这代表美国联邦政府的打假办还不如干脆告诉我,有意伪造一组阳性对照组的Y FISH实验数据并不涉及学术道德问题!你可以用手中之权力将我所举报案处于关闭状态,但你无法改变这个事实---作者Y FSIH方法的低检出率,这就是科学!(我的信息是:有那么一天你会有哭不出声的时候!) 2009年11月19日我只得又给卫生部部长去信,并附上我10月22日和11月19日给ORI的信。直接挑战她所领导的ORI的荒谬行为。我早已提供足以证明其Y FISH方法低检出率的证据,ORI有意视而不见,刻意回避这简单的科学事实。而对作者方,耶鲁则不要求对其Y FISH方法的任何证据。这种调查是永远看不见问题的, 因为ORI有意闭眼。 注:卫生部长又指定了一名ORI体制外的监管学术道德的官员来处理我举报的造假案。此人2009年底已给我寄来一信。几天前我已决定开局。与体制外官员的交道我会另写博文。有一点是肯定的:只打击其Y FISH方法的低检出率,其他一概不玩。我还真不信: 耶鲁就是集中全校科技资源它能攻克这简单的技术难关---建立一个Y FISH方法 (protocol) 能将99%的公鼠骨髓细胞标记成Y+!这一局科技游戏我非跟这世界名校和任何官方玩到底!
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敢问耶鲁: 你的学术道德底线在那里?你的公平, 公正, 和价值观是什么?
bugenhu 2010-2-8 01:08
我作 为耶鲁干细胞中心的( Dr. Krause's Lab) 前研究人 员,在极其困难和不正常的科研环境中,只因为坚守作为科研人员应具有的科学良心和学术道德,而在万般无奈的情况下, 以实名举报自已的老板团队在实验方法学上的荒谬造假案,既用其实验方法是无法得出其所发表在科研文章中的 完美 实验数据 ,而且 实验数据 相差很 远很远。而举报的结果是:造假者没有承担造假的后果,举报者却受到极不公正待遇。我何错之有?我也知道在耶鲁医学院经费开支中很大一部分来源于各位老板( PI )所 获的科研基金, 但我作为一线科研人员对自已所做的科学实验下结论时,首先我必须对科学本身负责,而不是对老板 想要的 结果 负责! 这难道不是耶鲁所提倡的科学态度和科研精神吗? 所有代表耶鲁参入我所举报的案例的人员均为资深医学教授专家,我承认: 你们不懂Y FISH实验方法和具体技术细节,但我反复详细对主管此案的负责人 Dr. Linda Mayes 解释,这就是一个检测或标记公鼠细胞核中Y染色体DNA的直接检测或标记实验方法。我用其Y FISH方法在正常公鼠样本上做Y检测, 而总是留下大百分之几十公鼠细胞被标记成Y阴性,作为任何一个医学教授专家不需要懂其方法的具体细节,同样也会作出与我一样的结论吧。这不是该方法的漏检,还会有何其他结论吗?况且作为任何医学专家, 更该懂得任何生物检测方法均有其一定的检测敏感度,而我通过实践就发现了这个非常简单明了的科学事实:作者在其文章中所用的Y FISH方法是一个具有低检出率既高漏检率的Y FISH方法, 而绝非其文章中所说: 具有超高检测敏感度(能将公鼠骨髓细胞片子标记成小于1%的细胞为Y阴性), 这就是我举报此案的科学技术,事实,和逻辑的立足点。所以作者文章中完美的Y FISH实验数据只能是有意伪造的数字,因为作者需要这完美的数字而作为其文章中所使用的逻辑推理前提,既作者有这种需求,否则此文章无法发表!也就是说在逻辑上和科学技术上评估我所举报的案例是前所未有的简单明了,既只需要知道一个科学事实,则此案已破:既只需搞清楚作者的Y FISH 方法倒底是一个独特的具有超高检出率的方法,还是只是一个具有低检出率的不好的Y FISH方法 。 再来看你们对如此简单明了的案例是怎样进行全面认真而严肃地调查: 1. 调查程序: 我与 Dr. Linda Mayes 的会谈中已明确无误的提出:举报人只要对所发表的科学实验数据提出科学技术上的合理质疑,则证明实验数据的责任就应转到作者的肩上, 既作者有责任至少能证明她们的实验方法 能够 产生其文中的所谓完美实验结果数据。如连这一关都过不了,那么你的实验结果数据能让人相信吗? Dr. Linda Mayes 也没提出异议,我想她应该比我更懂这种有涉科研造假的调查程序在举证方面与法庭上的无罪推论正好相反。那么事实又是怎样呢? 作为举报人在与 Dr. Linda Mayes 的会谈中,我提供了以上所说的证据链,外 加对作者直接不利的电子邮件,当然包括第一作者 Dr. Erica Herzog 2008年3月6日看完我用自已的Y/SPC多重标记方法所做的小鼠肺切片后所送的电邮:她自已都承认从未将Y/SPC双标记方法搞工作过,而且看来连FISH也不工作了。但其文章中此两项实验结果数据却是完美的, 而作为其文章中此二类方法的逻辑推理前提! 而作者方提供了何证据?除了其文章中所写下的完美阿拉伯数字。对于这种形态学的实验,连一张电子图像都没有!2008年9月11日收缴原始实验记录时,作者无法交出任何与其文章 FASEB 2007 相关实验记录,而只有一句话:全找不到了。最有说服力的原始实验记录,在此关键时候不翼而飞,能让人相信吗? 2.裁判行为:我与你 Dr. Linda Mayes 和所请的科技顾问耶鲁资深教授---- Dr. Michael Kashgarian 讨论Y FISH方法的技术问题,以有利于你作出科学评估,可你找来的资深学者 说: 他自已都说不懂这技术。你让我给他一个月时间去查这种技术的相关资料。可给了他一个月,回来后他自已都说: 根本没去查此类技术信息。 最后你的顾问还对我说: 我连你所打假的目标是什么都不知道。我与你多次会谈中,曾经反复告诉你:想要知道真相非常容易,既用作者的方法在公鼠骨髓片子上做一次Y FISH实验不就可以真相大白。这也是获得此真相的唯一方法,而不是你说,我说,或作者说。况且我还告诉你了:我自已的Y FISH方法比作者的方法好,但也无法得出那种 完美数据,事实上没有人的Y FISH方法能够得出作者文章中那种 完美数据, 这就是一个简单的技术瓶颈问题。在几个月与你多次会谈中, 你能告诉我解决了那些技术问题吗? 3. 逻辑漏洞:2008年10月22日你们关闭案例,因为没看到学术道德问题,院长说:太完美的实验数据不一定是有意造假, 别人无法重复可有多种原因。这里你们不觉得在逻辑上留下了很大的漏洞吗? 我举报的凭据是什么呢?在多次会谈中已讲得明明白白。就是按你们的玩法,这多种原因中最重要的一种难道不就是 :作者所用的Y FISH方法 不能够 产生那种完美实验数据,所以没人能重复实验。你们的调查科学地评估了这种可能的原因吗?别忘了第一作者自已都说其FISH 看来不工作了! 4. 判断简单: 2009年2月我只得将所有的举证负担全放在自已肩上,我将自已实验验证作者Y FISH方法所做的正常公鼠骨髓细胞片子,全景图像,技术解释全交给你们后, 再次举报此案 。 但只有一个实验方法Y FISH,和其结果 (野生型公鼠组骨髓细胞:0.8 +/- 0.8% 缺乏Y染色体)只能是有意伪造的数字。并让作者,中立方交互验证我所提供的物证。同时你们也用作者的方法在正常公鼠骨髓细胞片子上做一次Y FISH 实验,第二天下午在显微镜下一看,不就真相大白,而且我保证每人眼见为实的是大百分之几十的细胞被标记成Y阴性--漏检, 而绝非小于1% 的细胞为Y阴性。这结果看到后,你们自已再去对比作者文章 FASEB 2007 中的 Y FISH和Y/SPC双标记的结果,科学评估下看那一个结果会是真的!这不就象 1+1=2 那么简单明了吗? 5. 回避事实: 可你们的调查是什么呢?我反复问你 Dr. Linda Mayes 要一个非常简单, 但对举报人非常重要的答案:我是否为实名举报人?可你却刻意拒绝回答这问题,这样老板才能在不违规的前提下, 将举报人踢出!可是你2009年2月26日的电邮中却明白无误的写着:根据我的举报, 你们已启动了学术造假的程序来评估我所提供的材料!这岂不是有案而无举报人?更无法理解的是, 在该邮件中你还编了一个根本就不存在的故事。你说2008年秋我老板用于我的职位的基金就已到期,因当时我所举报的案例尚未了结,所以院办将我的雇佣期延长6个月。而事实却是:我老板2008年12月2日给我一信;说明从当日起用于我职位的那笔科研基金于90天后到期,且此基金无法再延。并注明此信也抄送给你。别忘了,你2008年5月30日给我的电子邮件。你们在2008年7月29日是给我提供了一个所谓的保护方案:既由院长基金来支付我的工资为一段时间, 而将我从老板的实验室调出, 以 保护我。别忘了, 会谈后你一连给我送了四封电子邮件催我赶快进入这保护 方案。可我就是没接受你们的方案而一直在老板的实验室工作。能告诉我编这故事的目的吗? 6. 结果离谱:你们的所有调查,刻意回避的就是我所举报的如此简单的科学事实,既作者Y FISH方法的低检出率或高漏检率,所以文章中完美的数据 (0.8 +/- 0.8 % 公鼠骨髓细胞缺乏Y染色体), 只能是100%有意伪造的数字,根本就不可能为Y FISH的实验数据! 你们的调查对这实验方法及其结果数据进行了科学评估吗?也就是你耶鲁的科学家在科学技术上认为作者的Y FISH方法能够产生那种公鼠骨髓细胞的神奇数据吗?作者自已都说FISH看来不工作了,对此你们如何解释呢?你们所谓的调查是否已离谱的没边了?或根本就没谱? 7.结论荒谬:经我去信索要,2009年9月底才从ORI得到你们刚完成的所谓调查的结论:your concerns are due to honest differences of opinion and interpretation of the data。中文:你的顾虑是由于对结果(数据)看法和解读的诚实程度不同。而这是由耶鲁的两位本领域专家(subject matter experts)所作的评估,所以不能再调查下去了。这大概是说:举报人解读数据的诚实程度高于作者,所以才产生了这场误会。这可是奇谭,真不知耶鲁又从那里冒出来两本领域专家(Y FISH实验技术才应该是本领域吧,因为我举报的依据就是作者Y FISH方法本身所具有的缺陷--低检出率,所以其完美 的Y FISH数据只能是伪造的数字!)。2008年你 Linda Mayes 找来耶鲁资深学者与我讨论本领域Y FISH实验方法的技术问题,折腾了几个月后,你们的资深学者对技术还是一无所知(请见我的博文:事件回放和耶鲁的调查)!当然在科技层面已无必要与你耶鲁再对话了。可就这结论我得跟ORI叫板(详情请见我博文:ORI是否采用了双重标准)。在本案例中,伪造结果数据只能发生在结果或数据采集阶段(data acquisition)如根本就没做此实验,或在显微镜下明明只能看到每个视野中为大百分之几十的细胞为Y-,而写成小于1% 的细胞为Y-,均是有意伪造Y FISH结果。而对结果数据的看法或解读---这种事件只能发生在结果数据采集事件完成以后!就是没做实验,如作者只要写下:0.8 +/- 0.8%细胞缺乏Y而作为其公鼠骨髓Y FISH结果,这数据的意思就已被作者所限定,读者只能解读为平均只有0.8%的公鼠骨髓细胞被标记为Y-,但读者无法知道这为真结果或假数字,因为外人并不知道作者Y FISH方法的缺陷---低检出率。所以这次耶鲁本领域专家在科学技术做了一个逻辑混乱和文不对题的科学结论! 我的科学挑战: 只是不知耶鲁这两位大学者是否有胆量报上姓名而与我草民就我所举报造假案的科学技术问题---Y FISH实验方法,为什么我所打假的Y FISH 数据只能是有意伪造的数字在公开的网络平台进行辩论,如中国科学网或任何西方公开的网络平台。我的团队就我一人,你们可尽用耶鲁之资源,如仍不够你还可雇校外专家。这就算我,举报人通过中国科学网平台向你世界名校耶鲁大学发出的公开挑战,请拿出你的气魄,尤其是那两位本领域专家。你敢吗, Do you dare?
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我在耶鲁举报科研造假案的经历之“耶鲁的调查”
bugenhu 2010-1-28 02:55
作 为举报人,我始终就只坚持一条:因为这是实验方法本身的问题,所以必须在对照上实验验证作者的实验方法,即 Y   FISH , Y/SPC 多重 标记。况且第一作者 3 月 6 日的 电邮中,她自已都说这两类实验她均不行,还得请我做几张 Y/SPC 多重 标记的片子。所以在台面上耶鲁作为世界名校无任何理由不去验证作者的实验方法,要么耶鲁能告诉我:作为名校他们的超级专家有更好,更确实,更简单明了的方法来获的这个非常简单的科学事实真相:作者的 Y   FISH 方法 (protocol) 到底是一个如作者在其文章中所吹嘘那 样超高检测敏感度的方法 ( 文章中可使大于 99% 的公鼠骨髓 细胞被标记成 Y+ ,但无任何 图像 ) 还是只是一个检出率很低即漏检率很高的 Y   FISH 方法。 遗憾的是耶鲁既不验证作者的实验方法,又不告诉我其超级专家的高招。耶鲁根本不提此案的关键点:作者实验方法的缺陷和由这种缺陷的实验方法所产生的别人无法在阳性对照上 ( 公鼠骨髓 细胞 ) 重复的, 魔 术般的, Y   FISH 的神奇 实验数据 。 说其象魔术般神奇一点也不过分, 因为第二年这魔术在作者手中也玩不转了 - 请见我贴上的 3 月 6 日的 电邮第一作者本人对我所做的坦白!这耶鲁是否在刻意回避我所举报科研造假案的关键点?难道拥有如此雄厚的科学技术资源(包括生命科学领域的大专家学者)和学术界享有盛誉的世界名校接不起我这一在逻辑上,科学上和实验技术上如此简单的一招?如真是这样岂不贻笑天下?因为我只是一个无权,无势,无资源,无学术盛誉,但具有做为一名科研人员而应具备的科学良心和科研态度 - 事实求是的普通草民, 既四无一有的平民百姓,况且我所出的招非常简单明了, 就是从经济和时间角度上也是最佳获取我所举报的科研造假案真相的方法: 一步到位,简单明了( 在显微镜下只须看一眼由作者的高科技生产线 - Y FISH方法所能够生产的产品 - Y FISH标记的公鼠骨髓片子则真相大白 - 真可使各方无话可说。这也是在整个举报造假案过程中,我一直所要求的: 为何不能给科学和事实一次说话的机会? )。 以下是我所 经历的耶鲁的所谓调查: 如我在事件回放中所述,由于作者和 中立方 的原因致使 内部方案 流 产(参见我的博文 : 事件回放)。我于 2008 年 4 月正式将此案 举报到耶鲁医学院 - 特 别办公室, 会见 了 Dr. Linda Mayes 并告 诉了她:我是如何发现老板的实验方法有问题,和抗体 - 抗 SPC ( Chemicon, AB3428) 的 问题。我明确说明这是实验方法本身的问题,即按作者的实验方法是无法得出其所发表文章中的相应 实验结果 的,而且 说明了 内部方案 (Action Plan) 是如何流 产的。她让我写出书面报告。 2008年5月我将书面报告交给 Dr. Linda Mayes (请见我的报告-英文版)。报告中我要求: 1.由中立方实验验证作者所有相关的实验方法(protocols); 2.由中立方重新检测作者3篇文章(FASEB 2007, Science 2004, Cell 2001)的实验组织样本 (组织的石蜡样本)。 2008年5月15日又会见 Dr.Linda Mayes,她以自已不懂技术(Y FISH,Y FISH和荧光免疫标记)为由,让我给她一点时间来找耶鲁的资深学者作为她的科技顾问来与我讨论技术问题。我告诉了她:作者的 Y FISH方法和Y/SPC双标记方法是不可能得出其相应实验结果的,我的相应方法比作者的好多了,但也得不出相应结果,这世上无人能得出那种实验结果- 这就是一个简单的技术瓶颈问题。作者方法最大的缺陷就是其Y FISH方法的低检测敏感度,即高漏检率,只需用对照实验验证其方法即可得真相,且这是唯一获得真相的方法。 2008年6月9日 Dr. Linda Mayes 和具有近50年经历的耶鲁资深学者 Dr. Michael Kashgarian 作为她的科技顾问与我讨论实验技术问题。此学者对我说: 他会看荧光免疫标记的片子,内部方案中的抗SPC片子是工作的。我只问了他一个问题: 那抗体-抗SPC (Chemicon, AB3428)是否从公司直接订购?他答: 不是,但他看了 装抗体的管子是 AB3428 。我说: 您打住,已没必要讨论这抗体的问题了(请见我的博文-事件回放)。现在我们来谈正事-Y FISH和Y/荧光免疫多重标记实验方法的问题。这位代表世界名校耶鲁资深学者的回答令我大跌眼镜,他说: 对于Y FISH实验技术除了这个名词以外,他一概不知 ,他需要时间上网去查相关信息。不是亲身经历,简直不敢相信此类黑色幽默,此人当然算资深学者, 但能否算这里所要讨论的 实验技术方面的专家? Linda Mayes 说: 给他一个月时间去查Y FISH的资料。对于这种拖延战术,我又能说什么呢?那位专家离去后,我对 Linda Mayes 说:在这一小小块我所打击的实验技术领域, 我敢说我自已就是目前世上最好的专家之一, 因为我已建好的此类实验方法 (protocols)能产生最好的此类实验的真结果。所以我可以用自己的生命和人格担保: 作者文中公鼠骨髓细胞Y FISH 的实验数据只能是100%有意伪造的数字! 注: 自2008年4月份以后,有关各方就对我施压以让我承认所谓内部方案验证的抗SPC(AB3428)的结果,但绝口不提为何不从公司订购该抗体?为何不做 Y/SPC双标记验证?那位资深学者就是通过院办 (Dean's Office)安排读片的独立(independent) 专家!漏洞在那里,请看我的博文: 事件回放( 管子里的抗体是可以调包的 )! 2008年7月10日特别办的 Linda Mayes 又约我与 Dr. Kashgarian 谈技术问题。可此学者还大谈抗SPC的事。我说: 您还是先打住,该谈正事了。您Y FISH方法的技术资料查得如何?他居然告诉我: 他根本就没查Y FISH技术的资料,但他咨询了本 领域的超级专家(super experts), 专家认为在致死照射后骨髓移植, 受体鼠骨髓细胞替换(engraftment)可达90%,半致死照射后,可达50%的替换(engraftment),而且此文(FASEB 2007)是经过审稿的(peer-reviewed)所以他看不出文章有何问题。( 注 :我不知道这位资深学者所指本领域为何领域,我只知道我们应该讨论的领域是Y FISH,Y/荧光免疫多重标记实验方法的技术问题) 我告诉他:作为一种专家学者的看法,我也赞成这看法,但这并不是我所挑战的问题。 我挑战的是作者文中那组公鼠骨髓细胞Y FISH实验数据: 小于1%的公鼠骨髓细胞为Y阴性,因为作者 所用实验方法具有大百份之几十的漏检率,也就是大百分之几十的公鼠细胞会被作者的方法所漏检成Y阴性而决非小于1%的公鼠细胞被漏检成Y阴性! 这问题有何难懂吗? 最后这位资深学者只得对我说: 步根, 实在抱歉我不知道你挑战是何问题 。这种幽默实在是不敢恭维, 一个代表世界名校的资深学者作为科技顾问与举报人来谈具体的实验技术问题, 而举报人举报此科研造假案的逻辑和科学实验依据就是 :作者具体的 实验方法本身的缺陷 ,即按其方法是不可能得出其文章中相应实验结果的。先是说:对此类技术Y FISH除了名字以外,其余一概不知。给您一个月时间去查资料吧,再告诉你: 他根本就没查!只差没说公鼠细胞均含Y染色体了。最后再告诉你: 挑战的目标为何物,他也不知道! 岂不象一场辩论完了后,对方对你说:这次辩论的主题我不知道!我应该有权质疑: 那您来干什么呢? 这可不是儿戏。此学者离去后, Linda Mayes 居然还敢问我: 让他再去查有关资料,过段时间再和他一起讨论有关技术问题。我答: 已无此必要了,你为何不能请外校具有中立立场而又能听得懂该些技术的学者来讨论此技术问题呢?她又说:她会再找耶鲁其他的资深学者再与我讨论实验技术问题。并说:希望我第二天能将我的实验记录本(含有我未发表的Y FISH和Y/荧光免疫多重标记方法)交到她办公室以确保 其安全。第二天我去了特别办给她看了下我的记录本,并对她说:不劳您驾,我自已会将记录本锁好。 注: 自从问题上台面,举报人的核心目标就是打击造假者的死穴- 实验方法本身, 如内部方案中实验验证其方法,而当时所有各方均知道我手中拥有最好的此类实验方法(protocols)。所以老板使用各种借口想得到我的方法, 当然我是不会让她如愿的。当时我在这种无助的情况下也数次送电子邮件给官方求援, 并表明就是开除我,在我所举报问题解决之前谁也别想见到我的实验方法!在官方验证作者的实验方法结果出来之前, 我为何须死保自已的方法被漏出去。只须用常识就不难理解。因为: 耶鲁作为世界名校不会不知道一旦实验验证作者的Y FISH单标记和Y/SPC双标记方法的片子一出来, 在荧光显微镜下只需看一眼则真相大白: 只能是大百分之几十的公鼠细胞被作者超高检测敏感度的Y FSIH方法而漏检被标记成Y阴性细胞,而绝非小于1%的细胞缺乏Y染色体!此乃事实胜于雄辩, 耶鲁作为名校也无法将用眼睛就能看到的大百分之几十的Y阴性细胞硬说成小于1%的公鼠细胞为Y阴性细胞吧,因为任何一双正常的眼睛就能判别此种差异,无须具备高科技知识,更无须只有名校的超级专家才能判别这种差异 - 荧光显微镜下判别大百分之几十与小于百分之一 Y阴性细胞的差别吧!(耶鲁, 作者总不能说大比例的正常公鼠细胞都必发生了Y染色体丢失吧, 因为不管其做多少张片子,结果都会一样。这就是科学!)请见我的博文:事件回放, 实验系统和实验技术的解释, 图解中图6 到图10是我用作者的Y FISH方法所做的正常公鼠骨髓细胞片的Y标记 ,当然是大多数细胞被漏检而为Y阴性!这就是作者Y FISH方法本身所具有的高漏检率所决定。 如我博文中所讲,其方法本身的硬伤是:Y DNA变性条件实在太差,73度 5分钟 - 这不足以打开所有细胞核中Y DNA 的双链,而此乃Y探针杂交的先决条件!随着其Y FISH方法高漏检率的暴光,则作者有意伪造相应实验数据的多米诺骨牌较应马上见较(如其他组小鼠骨髓细胞Y FISH的数据:含Y染色体即Y阳性率均大于93%!)。 2008年7月29日 Dr. Linda Mayes 又约见我, 并有该特别办前主任 Dr. Larry Cohen。首先这位前主任就将我与老板的关系定义为: 两人之间的个人关系不和(因为此前我曾告诉官方: 老板有意给我穿小鞋,但并未难倒我,因为均为技术上的所谓难题, 而这正是我的强项), 所以耶鲁想解决此问题。耶鲁提供给我一个保护方案(protection plan)即由院长特别基金支付我的工资为一定时期(certain period) 而将我调出老板实验室, 但这基金只管工资(即我被挂起来, 无法再做实验)。我当即纠正他的说法: 我与老板无任何个人恩怨,只是她逼我做假而我不干且举报她做假而已。从7月30日到8月7日 Linda Mayes 一连给我送了4封电子邮件以催促我赶快进入保护方案我当然不会犯傻。很简单,我不接球,我让你玩你自已的单边游戏(我一个多年的美国朋友告诉我:这是典型的由耶鲁律师们为你量身订做而设的套,你不接球,则他们没招。并提醒我:千万别在任何文件上签字,因为你读不懂那些法律名词,就让他们双手抱球吧。并告诉我应该向美国政府ORI举报此案了。这哥们当时正在学法律)。我是可以将她的电子邮件暴光的。 注:因为与老板个人关系不和,学校出钱出力来解决,在名校作 bench scientist 能有此类好事吗? 对我而言,这可成为潜在的陷井。在美国实验室干过的人均知,由老板科研基金所雇的人,只要与老板不和,可让你立马另找工作。但条例规定实名举报人须受到保护,所以老板无法开我。反观耶鲁的保护方案:一定时期的法律解释权均在耶鲁手中,即这可以是2个月也可为2年(基金可随时完了!),并且全为口说。 2008年8月我正式向美国政府监管机构ORI举报此案。我会另写博文讲ORI的作为。 2008年9月11日耶鲁收缴作者的原始记录时,作者无法交出与其文章 FASEB 2007有关的任何原始记录包括实验记录本。而只有一句话:所有的记录均找不到了。这篇文章可是篇规模不小的文章,用了60多只不同的小鼠,由多人所做的各种具体的实验, 难道大家的实验记录本均不约而同地一起消失? 另一方面则以保护我为由强迫我交出相关的实验记录本( 含有我自已未发表的Y FISH和Y/荧光免疫多重标记的实验方法 )。 2008年10月22日耶鲁关闭此案,没给我任何科学事实,证据,依据可用来反驳我的依据和论据。只说无学术道德问题。院长的信:太完美的实验数据不一定是有意造假,别人无法重复可有多种原因。 关闭案例对我而言就是丧失实名举报人身份。 注: 这里院长大人玩的是偷梁换柱的把戏。因为我举报作者有意伪造实验结果数据的依据是: 其所用实验方法本身的缺陷, 即用作者的方法是无法得出其相应 实验结果的 - 方法学上的造假!就是按其所玩把戏:别人无法重复可有多种原因这其中一种最重要的原因就是:作者所伪造的结果数据远超过了该实验技术的瓶颈很远, 即用这种实验技术是无法得到此类完美的实验数据的 - 逻辑上的不可能事件 (这里是作者公鼠骨髓细胞Y FISH实验的结果数据:0.8 +/- 0.8 % 的公细胞缺乏Y染色体-这结果是说:其Y FISH方法标记公鼠骨髓细胞后,大于99%的细胞被标记为Y阳性- 这是一个技术上的天方夜谈 )所以无人能重复!有兴趣的网友可以上网查查看能否发现一张全景图像(含50-100个细胞): 公鼠骨髓细胞被Y FISH方法标记后只有少与10%的细胞为Y阴性-即漏检,我是找不到此类图像, 也没见过任何文章敢说其Y FISH方法能将90%或以上的公鼠骨髓细胞标记成Y阳性 - 当然世界名校耶鲁的专家学者我老板的团队例外!遗憾的是我老板团队从不显示她们完美的公鼠样本Y FISH标记全景图像, 作为其研究项目的继任研究人员工作了二年多,在内部我也无这眼福-看一看这完美Y FISH标记图像。倒是进入2008年可能是作者的倒霉年, 因为其刚用过不久的魔法般的实验方法:Y FISH和Y/SPC 双标记似乎失灵了。第一作者 Dr. Erica Herzog 在看完我用自已的Y/SPC多重标记方法所做的实物-片子后,于2008年3月6日送给我的电子邮件,此邮件中她明白无误地坦白: 她从未能将Y/SPC双标记搞工作过 ...连FISH看来都不工作了。 她怎敢送如此邮件给我,请见我的博文-事件回放。为了便于直观理解,在这里上传用我的方法所做的Y/SPC多重标记的野生型公鼠肺切片图像, 和用作者Y FISH方法所做的野生型公鼠骨髓细胞片子的Y标记 - 即实验验证作者的Y FISH方法(在我的博文: 图解中有更多的图像和图像解释)。此文中我也贴上作者2008年3月6日和2007年6月18, 19日的电子邮件看她两人在不同的时候是如何谈她们的同一 Y FISH方法的。 2008年12月2日老板给我一信:通知我90天后支付我职位的基金就到期了。2008年下半年老板先将我的位子从最大的基金转到一个将到期的小基金支付,我知道这把戏又能怎样呢。谁让我不合作呢?注:随着耶鲁10月22日关闭案例,我已不是举报人了! 按理在举报人和被举报人之间耶鲁应该担当公正的裁判,作为世界名校其据有学术技术和逻辑的判断能力-如何得到我所举报案的真相。而获取真相这对举报方和被举报方均公平,如果我错了,则我为自己的行为承担所有后果包括面对作者,耶鲁,美国政府ORI的法律起诉因为我给各方找了麻烦,但如果我对了则作者须对她们自已的行为承担后果(在给官方邮件中我也写下了对自己的行为承担后果)。而正常用于这种涉及科研结果造假的程序是:只要举报人对发表的实验结果提出了科学技术上合理的质疑, 则自证清白的重担就转到作者的肩上了(proof of burden), 即作者必须拿出证据来证明其实验结果是真实的。也就是说这个程序与法庭上的无罪推论是相反的。耶鲁在这个程序中应该担当的是裁判或法官的角色,完全以证据本身作出判断和结论(可惜这里没有陪审员-在法庭上作有罪或无罪的决断)。 如果遵循程序, 即游戏规则(这也是美国最崇尚的基本价值观念之一),对双方的证据和证据的可靠度不采用双重标准,裁判还是裁判,则此案的解决太容易了。这是由于作者造假的方式所决定了的:在实验方法学上造假,即上演空城记且反复演此戏。其伪造的Y FISH实验结果不但远远超出其方法本身的检出率, 而且远超出此类实验技术的技术瓶颈 - 即这世上目前还没人拥有这种能达100%检出率的Y FISH方法 (protocol),况且也知道其方法检出率太低连包含几十个细胞均为Y阳性的假电子图像都无法做出,这么多年还敢这般玩法。真是无知才能无畏,连把戏不可久玩的道理都不懂! 作为举报人在第一次举报时我就告诉特别办:抗SPC抗体(Chemicon, AB3428)在我手中从不工作,作者Y FISH方法检出率低,所以其文章 FASEB 2007中阳性对照组-公鼠骨髓Y FISH的实验数据只能是100%的伪造的数字,根本不可能为Y FISH的实验数据,还提供了作者自已所写的相关电子邮件包括第一作者 Erica 3月6日送给我的邮件。我还告诉 Dr. Linda Mayes:你不必相信我所说的,但用对照实验验证作者的Y FSIH方法则结果一目了然,而这也是得到作者Y FISH方法低检出率真相的唯一方法,而不是你说,我说,或她说。 注:当时我是可以将作者所有用于组织切片,细胞片的Y FISH方法,Y/荧光免疫多重标记方法全都实验验证,然后将片子放到校方的桌上的。我没那么做,因为我想给各方留足面子。 而作者方 则提供不出任何证据能说明其文章中那组公鼠骨髓 Y   FISH 实验数据是真的实验数据,逻辑上至少你的方法要能够产生此类结果吧 ( 在公鼠骨髓片子上将 99% 以上的 细胞标记成 Y 阳性 ) 。 连是否做了此类 Y   FISH 实验的证据也没提供。 唯一的证据就是作者在文章中所写下的阿拉伯数字 。我反复向官方要求让他们检查已拷贝的硬盘看是否有与作者神奇 Y   FISH 数据相 对应的电子图像,可人家就是回避。作者连一丁点产生该文章的原始记录都无法提供:全找不到了 (2007 年 发表的文章 )! 在耶 鲁居然连这种借口也接受! 出于无奈, 2009 年 2 月初我再 举报此案时得将物证作好:将我自已按作者 Y   FISH 方法做的野生型公鼠骨髓 细胞片子,全景图像,作者的电子邮件,技术解释,书面报告等全交到院长办公室。也寄一份给美国政府 ORI 请他们 眼见为实! 并请作者,中立方来挑战我所提供的物证:你们自已实验验证作者的Y FISH方法。这非常合理吧, 免得对方说: 举报人提供的物证无公信力 。我主动让你交互验证(cross-examination)总可以吧。作这种骨髓细胞Y FISH实验,第二天下午就能得到标记好的片子,即可在荧光显微镜下一显真相: 片子上到底是小于1% 的细胞被标记成Y阴性还是大百分之几十的细胞被标记成Y阴性则一目了然,任何各方均无话可说, 即让简单的科学事实来说话! 从上一次举报到关案,我也学到不少东西。所以再举时报我全采用电子邮件方式,而避免上次那种闭门会谈: 被人一次次当猴耍了,还口说无凭。但写下来的东西总得认帐吧。再则就是使案例最简单化:只打击一个实验方法:用于骨髓细胞片子的Y FISH方法; 和一组该方法所产生的Y FISH实验数据: 阳性对照组-野生型公鼠骨髓细胞的数据: 0.8 +/- 0.8 % 的细胞缺乏Y然色体这结果是说: 在整组此公鼠的所有骨髓细胞片子上, 作者用其Y FISH方法标记Y染色体DNA, 其结果是平均只有0.8% 的细胞被标记为Y阴性,标准差或标准误也只有0.8% (作者还有意不将这0.8% 的Y阴性说成漏检,而说成缺乏Y染色体; 其潜台词是 : 她的方法本身的检出率还是 100%,这0.8% 的细胞是由于没有Y然色体,所以作者没测到。这潜台词是给审稿者看的, 表示作者的Y FISH方法确实具有100%的检出率而可作为其文章中的逻辑推理前提,所以在实验鼠样本中(含有公鼠细胞和母鼠细胞 - 供,受体鼠性别相反模型)对其Y FISH实验结果作者可以作如下反推理: 在所谓的公鼠细胞中如作者未能用其Y FISH方法检测到Y就等于Y染色体丢失! 对于她们自已用了多年的看家本事-Y FISH方法具有很低的检出率作者自已当然知道, 她们所蒙的是外人并不知此真相而信以为真。因为此领域使用该方法的实验室并不多。有关祥情请见我的博文:实验系统和实验技术解释。我怎么能知道真相呢?我是她们研究相目的继任者,即这方法学上所演的空城记的城中之人, 我当然得用她们的实验方法!)。 即再次举报造假案非常简单明了:次案的命运只系于一组公鼠骨髓细胞Y FISH的实验数据。 我举报的立足点或依据: 作者的Y FISH方法具有很低的检出率而绝非其文章中所称超高的检出率。用其方法 (protocol)标记任何正常公鼠骨髓细胞片子只能产生具有大百分之几十的细胞被标记成Y阴性的公鼠骨髓细胞片子;这就决定了在获取这组Y FISH实验数据时 (data acquisition),作者的双眼在荧光显微镜下所能看到的每一个视野只能是百分之几十的细胞被标记成Y阴性, 而绝非小于1% 的细胞被标记为Y阴性; 并且任何一双诚实的眼睛是无法将百分之几十的Y阴性细胞重复地判别,记数成小于1%的Y阴性细胞的;所以文章中那组Y FISH的所谓实验数据只能是100%的有意伪造的数字,而根本不可能为次类实验的数据。这就是我的证据链。证明完毕。在举报时我已将这些证据放上了台面,如果作者方, 耶鲁方想在科学上推翻我的结论,也必须用以科学技术为基础的证据链来打段我的证据链。逻辑上这组数据只能是真实验数据或伪造的数字,总不能亦真亦假吧?我证的是这只能为作者有意伪造的数字, 因为其所用方法(protocol)无法产生此神奇结果,而作者文章的发表又需要此神奇数字 - 则只能伪造,或者别发这文章!遗憾的是在整个所谓的调查过程中,我看不到耶鲁对作者的这个Y FISH实验方法(protocol)作出任何的科学评估即用这方法作者能否有可能得出其文章中的相应结果数据;更没看到耶鲁对那组神奇数据作出任何的科学评估即这神奇数据是否有可能是真的Y FISH实验的结果。 而事实上我再次举报的造假案就是这两个目标! 难到作为拥有如此强大的科研和学术实力的世界名校真接不起由我这个平民百姓所出的在科学技术上如此简单的招或不愿意接这招可又不便说出?作为纳税人我有权知道真相,因为那篇文章是由纳税人的钱-NIH基金资助的。而且我个人认为:科学面前人人平等;科学的基本精神就是事实求是;在实验科学上实践是检验真理的唯一标准也应该是普世真理!我深信这一点:科学就是自然法则(这也是我从小学到研究生所受的教育), 谁也无法将自然法则象面团一样任意揉捏。这也就是为何我敢叫板的根本原因。我还真不信有人能象舞台上变戏法一样用作者的Y FISH实验方法 (protocol)在任何公鼠骨髓细胞片子上将99%的细胞标记成Y阳性。就这个非常简单的科学技术问题我敢跟你名校耶鲁,美国政府的监管机构ORI打擂台,从理论上,实验原理上,实践上,为何作者的Y FISH方法只能是一个低检出率的方法,我所打击的数据只能是作者有意伪造的数字。如我输了,则承担所有后果,如我赢了,也只要求你名校,你政府机构回到你们自已所订的游戏规则和公平,公正的价值观上来。我所举报的科研造假案不是靠权力和所谓的公信力就能改变的,因为权力与所谓的公信力无法改变这样一个非常简单的科学事实:作者的Y FISH方法只能是低检出率的实验方法这是已被自然法则 (DNA 分子原位杂交的实验原理)所决定了的。在此我也呼吁世界上任何具有公信力的科学实验室: 愿意出面来实验验证作者用于小鼠骨髓细胞的Y FISH方法,我可以提供所有的技术支持。 更无法理解的是我反复送电子邮件给耶鲁,问其一个简单的问题:我是否为此案的实名举报人?对方回复我的邮件,但不回答我的问题。耶鲁怎么回答,如说我是,则老板精心安排想将我踢出的方案则会前功尽弃,如说不是吧,则太不合逻辑,所以还是回避! 这就是他们所谓非常严肃的调查。耶鲁的所谓结论我7个月以后才从ORI索取到,有多莫名奇妙我会在下一篇博文写出。 我并不是一个职业打假员,在极困难的环境下我仍在默默的干科研。不经意间科学给了我丰厚的回报。我在按照自已的想法所做的模型中偶然发现了整个成年干细胞发育可塑性研究领域谁也没见过的实验现像 (该领域从2004年以后基本处于仃摆状态),因为这是一株老板团队没做出任何名堂而准备杀掉的小鼠,也不属于她的科研基金项目。所以对我没雷池。我的发现是在同一个体的同一靶器官小鼠骨髓中的干细胞可以两种完全不同的途径变成特化的组织细胞:1.与宿主的细胞融合而变成该组织细胞(在 2004 年以前有 许多大文章证明此现像); 2.直接分化成为该组织的细胞 (此现象未被证明过)。由于靶器官的原因,如果第二种途径能被确证,则意味着我在不经意 间证明了一个当年这领域中许多大实验室均想证明而未能证明的一个非常重要基本概念:转分化。我的模型证明: 属于中胚层的骨髓细胞中含有成年多能干细胞其可以突破现存理论规定的胚胎种子层的限制而直接转分化成为只能来源于内胚层的上皮细胞。当我刚看到此现像时,我已有策略和技术方法去确证该现像。当我告诉老板这事时,她反而不让我去完成此证明。所以,我只得利用晚上和周末来做证明转分化的实验。2007年11月我将一些主要全景图像给干细胞中心主任看了,他也劝我以此为机会让老板自我纠错- 即送她一篇大文章而又指出她一,二篇文章中方法学上的缺陷,而让她自己体面的撤下这文章。我说: 早已试过此招,没用。 以下为附上的电子邮件,第一次的举报书面报告,两张图像(第一张为用我自已的Y/SPC多重标记的正常野生型公鼠肺切片以显示肺II型细胞在肺泡上的生理分布 - 即Y/SPC双阳性细胞,SPC+为胞浆很纯的绿荧光,第二张为实验验证作者的Y FISH方法 - 野生型公鼠骨髓细胞的Y标记:兰色为细胞核,核中很强的红色点为Y信号,即Y+,没红点的细胞核即为Y-,其它荧光均为自发荧光): ----- Forwarded message from Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu ----- Date: Thu, 06 Mar 2008 14:51:55 -0500 From: Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu Reply-To: Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu Subject: slides To: bugen.hu@yale.edu hi bugen i left the slides and results for you on the bench. were they in any way correct? i never was able to get pro-spc to work with fish because of the autofluor but if you are able to that's great. i always did prospc first and detected that way so the signal was really bright and then did fish after doing confocal. your control looked nice and like real signal. the few experimental cells that i saw that were possibly spc+ didn't look exactly like the control. anyway let me know how this compared with your results also since my lab cannot seem to get fish to work diane said you guys would be willing to collaborate if i gave you some slides for staining - if so can i bring you the slides sometime soon? best, erica Erica Herzog MD, PhD Assistant Professor Yale University School of Medicine Internal Medicine - Pulmonary and Critical Care Division 333 Cedar St TAC 441-S New Haven CT 06511 (203)785-3207 ----- End forwarded message ----- 注:她问我她的判片结果怎样(看了我的实验样本片)? 她不能将Y/SPC双标记方法搞工作的原因是其Y FISH方法本身和抗SPC抗体 (Chemicon, AB3428) 本身不工 作。对于这种Y/荧光免疫多重标记方法的有关详情,请见我的博文:实验系统和实验技术的解释。autofluor (自发荧光)总是存在的, 这根本就不是她的双标记方法 不工作的原因!在实验方法学上此人一贯狡辩。其 Y/SPC 双 标记的方法都不工作, 但敢在文章 FASEB 2007 中将此双 标记结果写成 1000 分之 1000 的双阳性( 8 只野生型公鼠肺石蜡切片,表 -2 p.2596). 她所 说其 lab 不能将 FISH 搞工作, 应该是指很 高的漏检率。当时她已不敢再对我说她们的 Y   FISH 是 100% 的 检 出率了 , 因为她 还等着我帮她一把。 请见她 2007 年 6 月 18,19 日 电邮, 看她们当时是怎样说她们的 同一Y FISH方法的。 当时她应该还不知道我老板已将我逼到死角, 我已别无选择, 准备打假了, 否则她不 会给我送这电子邮件。 ----- Forwarded message from Diane Krause diane.krause@yale.edu ----- Date: Tue, 19 Jun 2007 06:32:54 -0400 From: Diane Krause diane.krause@yale.edu Reply-To: Diane Krause diane.krause@yale.edu Subject: Re: Y loss in males To: Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu What % of the male into male transplants were Y-? At this point Bugen is using cytospins. So far, he's only done older transplanted and untransplanted SPC-/- and untransplanted WT males. So far, with cytospins, we never see 20% without a Y. Diane On Jun 18, 2007, at 9:29 PM, Erica Herzog wrote: age matched but not irradiated truly less than 1% were Y neg unlike the male into male transplants how old are his mice - are they the old ones for the Y loss project also depending on fixation, size of probe, length of permeablization etc there can be issues.depending on the PFA strength, age of reagents there can be big issues. how is his X staining? Hi Erica In rereading the FASEB paper, I see that we don't have the % of SPC+ cells in males that are Y- by confocal. Did you do this with any males? If so, were they age-matched or younger? I am concerned that we don't know the sensitivity of the assay to detect for Y loss after cell fusion . Bugen is seeing epithelial cells have no Y on lung cytospins from male mice. Thanks for any info that you have. Diane -- Diane Krause MD, PhD Yale University School of Medicine Associate Professor, Department of Laboratory Medicine PO Box 208035 New Haven, CT 06520-8035 Phone: (203) 688-4829 Fax: (203) 688-2748 Office: BML 462 Administrative Associate, Pat Sember: (203) 688-3265 Pager: (203) 412-0805 Krauselab website: http://info.med.yale.edu/labmed/faculty/labs/krauselab/index.html Erica Herzog MD, PhD Assistant Professor Yale University School of Medicine Internal Medicine - Pulmonary and Critical Care Division 333 Cedar St TAC 441-S New Haven CT 06511 (203)785-3207 ----- End forwarded message ----- 注: 这是老板看了我用自己的 Y/CK 多重 标记方法所做的公小鼠肺细胞片子后, 她与 Erica 之 间就所谓 Y   FISH 方法的 电子邮件 , 但有意转给我。她两人在 Y   FISH 方法漏 检 率的 问题 上 给 我演双簧 , 其实就是想逼我将我所做的公小鼠肺细胞上的 Y漏检 , 当 Y 丢失的结论。 老板已知道我当时刚建好的多重标记方法已 突破了她 们文章 FASEB 2007 中方法的技 术 瓶 颈 , 想让我用自己的方法做出 Y 丢失 的结果去 掩盖文章中谎谬的 Y 丢失结果和结论。两人装着一副好象不知道她们的 Y   FISH 方法有漏 检 似的 (因她们总是说其 Y   FISH 方法具有 100% 的 检出率)。 我当然是装 糊涂, 对这种双簧毫无反应, 所以老板也拿我没办法。请见 Erica 于 2008 年 3 月 6 日 给我的电子邮件, 看她是如何说她们的 Y   FISH 方法。 老板说: 步根在公鼠肺细胞片子上已看到 CK 阳性但 Y 阴性的细胞(其实就是 Y 漏 检) 也应该是警示 Erica : 其 实我已知道她们的秘密只是不说而已。 这里 Erica 的所 谓解释在技术上均是一派胡言。 这就是老板 2008 年 3 月 12 日在收到我的 邮件后,立马给我的回复。在上午一对一的会谈中我根本就没主动提过 Erica, 更没 说过 Erica 造假, 而只是 给老板看了她以前的 fellow-Erica 3 月 6 日送 给我的电子邮件,看完后她即失态。我还告诉她了一句有关抗 SPC 抗体( Chemicon, AB3428) 的 实话。尔后她即将我大骂一通,让我走人。此回复中居然请我别辞职,详情请见我的博文:事件回放。 ----- Forwarded message from Diane Krause diane.krause@yale.edu ----- Date: Wed, 12 Mar 2008 14:25:30 -0400 From: Diane Krause diane.krause@yale.edu Reply-To: Diane Krause diane.krause@yale.edu Subject: Re: Request for your comment on me. To: bugen.hu@yale.edu Bugen Please don't quit. I would really like to work this out. I have no issues with your scientific conduct, and I am very pleased with all that you have done in the laboratory. In fact, I think that you're terrific in the lab, and I couldn't ask for someone who works more diligently, and with more care. I am also completely content with negative data in your studies using SPC-/- recipients. Negative data, if it is definitively negative, is still excellent data. That is why I needed to see the RT-PCR data. What concerned me today, and it has been building, is your repetition of concern that Erica is dishonest. I have heard you, and I have neither agreed nor disagreed with you - I have remained neutral on the subject without data to support your claims. Let's try to work this out. I am sorry that I got angry this morning. Let's just talk about your data and leave concerns regarding Erica out of our discussions. Let me know what you think, Diane Dear Diane: First of all thank you very much for offering me the position in your lab in Oct., 2006. I really appreciated that opportunity by my research performance. Now I determined that enough is enough. Please write down what you said to me including your comments on me about my personality (including that I was fired from my previous job because I pissed off some person, and you have evidence for this claim), my attitude to science, and my performance of research, then you concluded that I am not suited for working in your lab. Please give me this form letter with your signature. I hope that you will give me two weeks grace period. Thank you for your attention. Sincerely, Bugen -- Diane Krause MD, PhD Yale University School of Medicine Professor, Department of Laboratory Medicine PO Box 208073 New Haven, CT 06520 Phone: (203) 737-1678 Fax: (203) 785-7095 Office: Amistad 237b Administrative Associate, Pat Sember: (203) 737-1685 Pager: (203) 412-0805 Krauselab website: http://info.med.yale.edu/labmed/faculty/labs/krauselab/index.html ----- End forwarded message ----- May 7, 2008 Dear Dr. Mayes Here is the report you requested after our discussion of April 16, 2008. 1. FASEB 2007 At page 2594, in the section Results Bone marrow engraftment: These Y chromosome counts differed from untransplanted male WT and Sp-C null controls, which contained occasional cells that lacked the Y chromosome (0.8+/- 0.8%, P0.001, 0.92+/- 1.03%, P0.001). As a reader, my understanding of this sentence is that on the BM cytospins the authors detected average more than 98% BM cells containing Y by interphase Y FISH for the male WT and Sp-C null (16 mice per group), in other words, their Y FISH detection sensitivity for mouse BM cytospin is more than 98%. I do not dare to say that the detection sensitivity of my interphase Y FISH for mouse BM cytospins is such high. I do not know of anyone other than Dr. Herzog and Dr. Krause who have claimed this sensitivity for interphase Y FISH on mouse BM cytospin. I am at a loss to explain how this number could have been produced by experimental data, my conclusion is that this number is fabricated number instead of experimental data. I did not see any evidence that the authors really did wt female bone marrow transplantation to spcko male recipients. The authors misinterpret experimental phenomenon of interphase Y FISH. When I raised this issue clearly during my one-to-one meeting, Dr. Krause became emotional. 2. Science 2004 The authors misinterpret experimental phenomenon of interphase Y FISH and Cre-Lox experimental system. Issue of the commercial anti-pro-spc antibody that was used for immunofluorescent staining on recipient lung cytospin to identify donor bone marrow stem cell derived type II pneumocyte. 3. Cell 2001 During our lab meeting around Oct. 2007, the major agenda was to ask everyones suggestion about research projects ( Cell, 2001). Dr. Krause presented some information about this report. After the publication of this paper, no one including Dr. Krause's lab could reproduce the results by even using 1000 stem cells. In 2002, Dr. Weissmans lab at Stanford did a very similar experimental project and published their results in Science (Little Evidence for Developmental Plasticity of Adult Hematopoietic Stem Cells, 27 September 2002 Vol. 297, Page 2256). There was a difference between two teams in the isolation of single hematopoietic stem cell. Dr. Krause said that Dr. Weissman admitted this minor difference. Dr. Weissman's team replied with a challenge: his team will give their cells to Dr. Krause's team, and her team would give his team their cells, then both teams will carry out the same two experiments by using the two kinds of cells. Dr. Krause said that for five years her team did not take Dr. Weissmans challenge because Saul Sharkis (co-author) refused to do so. Finally, she said that she received a small grant for this project years ago, and now she doesnt know whether her team should continue to do this kind project or stop. She asked for suggestions from the lab. There was no evidence that would convince me that Dr. Krause was sincerely willing to resolve this scientific discrepancy, otherwise I would have offered two proposals to resolve this scientific discrepancy: Plan 1. Provided the paraffin blocks of sample (that generated the data for the 2001 paper in Cell ), I could use my detection methods to reexamine the tissue samples because my detection methods are much better and more accurate than the methods used for identifying bone marrow derived tissue type cells in multiple organs in the paper. Based on the results, we could draw appropriate conclusions. Plan 2. Step1: Verify all the experimental protocols used in that paper in our own lab by using positive and negative controls to see if all work. If all protocols pass, go to the Step 2: Re-evaluate the protocols used for identifying bone marrow stem cell derived tissue type cells in multiple organs to see if these methods can really identify such cells based on commonly accepted criteria in this research area. If pass, then go to the Step 3: Use these protocols to reexamine the paraffin tissue samples. If such cells are identified in multiple organs, publish the results. Failure at any step would require Dr. Krause to decide what is the right thing to do. The paper (Cell 2001) is one of the most controversial papers in this research area; so far no one has been able to reproduce the results. Even an attempt by the authors could not reproduce the results using 1000 such stem cells. In 2003, the authors published a one page comment in Science (Comment on Little Evidence for Developmental Plasticity of Adult Hematopoietic Stem Cells Science vol 299 28 February 2003). In this paper the authors used unpublished data to argue that they used Y FISH, and its detection sensitivity is much higher than the GFP used by Dr. Weissmans team. In the paper the authors state for example, following transplantation of male Rosa marrow cells into lethally irradiated female wild type mice, the spleen showed 90% engraftment by Y chromosome analysis, As a reader, my understanding of this statement is: 1. in their female recipient, more than 90% spleen mass is replaced by donor bone marrow derived spleen cells. 2. the detection sensitivity of the authors Y FISH protocol (before Feb. 2003, I supposed the protocol they used in the paper in Cell 2001) is 90%. Detection sensitivity of the authors Y FISH can be easily verified by a neutral third party. I request that: all experimental protocols published in the papers related to stem cell derived tissue type cell by Dr. Diane Krause or Dr. Erica Herzog be verified by a neutral third party. all the samples involved in papers (Cell 2001, Science 2004, FASEB 2007) be reexamined by a neutral third party. I have decided to leave it to Yale University School of Medicine to draw conclusions. Thank you for your attention. Sincerely, Bugen Hu
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英文版图解(Figure legends for Y/IF multiple labeling)
bugenhu 2010-1-21 16:43
Bugen Hu August 7, 2009 Legend for the lung images by using my unpublished protocols of Y FISH and immunofluorescent staining contained in the CD All the images are coming from the original images when I examined the slides under fluorescent microscope, I did not do any art work or edit on any of such images. Amplification: 40X Wild type male mouse lung paraffin section labeled with Y FISH, anti-SPC (in-house guinea pig anti-spc serum from Jeffs lab), and anti-CD45/F4/80. Signals labeled as the following: Rhodamine for Y (intense pink dots in the DAPI counter stained blue nucleus), Alexafluor 488 for SPC (green in cytoplasmic part), Texas-Red for CD45 and F4/80 (orange red on cell membrane). If the authors could really get experimental protocols of Y FISH and immunofluorescent staining (anti-SPC, and anti-CD45) work, this image should be positive control image for the FASEB paper Fig 2A. This image can show the people, including the peer-reviewers, and readers how well the experimental methods (protocols) are, and what should be the positive markers for each labeling (Y/SPC/CD45), and these positive markers right locations on the slide and in the cell. The most important information of this image should show is that after all labeling is finished (Y FISH, and immunofluorescent staining), as a whole picture what really looks like (Y signal: what percentage of cells is labeled as Y positive, SPC signal: in the physiological locations of lung type II cells (on the alveoli) how well the type II cells are labeled as SPC positive, CD45 signal: whether or not membrane of leukocyte can be labeled as CD45 positive). In this image: a. The whole structure of alveoli is clearly shown up at normal exposure time due to autofluorescence of the tissue itself, b. Most of nuclei are labeled as Y positive, but there is still a small percentage of nuclei being labeled as Y negative (detection sensitivity of Y FISH protocol, but this image is still extremely good image in terms of Y FISH and SPC staining detection sensitivity if you have doubt about it, you can do literature search on internet to see if there is any image of lung paraffin section labeled with Y FISH and immunofluorescent staining in any published papers is better than this image). c. At right physiological locations of type II cells there are a lot of SPC and Y doubt positive cells (definitely certain percentage of type II cells must be stained as SPC negative because I dont think that my protocols can reach 100% detection sensitivity for anti-SPC immunofluorescent staining). d. There is no cell being SPC and CD45 double positive (in this field there is no obvious CD45 positive cell). spcko male mouse lung paraffin section labeled with Y FISH, anti-spc, anti-CD45, and anti-F4/80. Compared with the image of wt male control, overall spcko has much stronger autofluorescence (the whole alveoli structure is clearly shown up as very strong green autofluorescence even exposure conditions I used is the same as I used for wt male control section). For Formalin or PFA fixed tissues, lung is one of the tissues with the strongest autofluorescence, another one is GI tissue), and the alveoli have more fibers than the alveoli of wt male mouse. In this image: a. Most of nuclei are labeled as Y positive, but there is still a small percentage of nuclei being labeled as Y negative. b. No single cell is labeled as SPC positive, no single cell even really looks like the SPC positive cell in the wt male control image (even there are some cells with green in their cytosplasmic part look-like positive, but this so-called green signal is the same as that of alveoli fibers but different from the real SPC positive staining in the image of wt male slide, it is very easy to tell difference between signals of SPC specific staining and green autofluorescence when compared with the real positive cells in the wt male control). c. In this field there is obvious CD45 positive cell. If the authors protocols for Y FISH and anti-SPC really work, at least double-labeling image should be presented as the image of spcko male control Fig 2B for the paper FASEB 2007. Only using above mentioned wt male and spcko male multiple labeled sections can really function as controls to show: how well Y FISH protocol works in both wt male and spcko male tissues (whether or not Y can achieve similar detection sensitivity in both tissues), and clear-cut difference between wt male and spcko male sections in terms of SPC staining, and physiological distribution of SPC positive labeled type II cells in the lung. Paraffin section from the lung of spcko male recipient of wt female bone marrow transplantation (model mouse ID: spc-14) labeled with Y FISH, anti-SPC, anti-CD45, and anti-F4/80. This image shows chimera characteristics of such model. In this image: a. Whole structure of alveoli is clearly shown up (as green autofluorescence of thick fibers). b. Most nuclei of CD45 negative cells are labeled as Y positive, but there is still a small percentage of such cells being labeled as Y negative. c. There are several obvious CD45 positive and Y negative cells (leukocytes derived from donor bone marrow cells, that is, so-called engraftment). d. There is no single cell being SPC positive, in terms of SPC specific staining the situation is the same as I mentioned for the image of spcko male control mouse. If the authors actually did such model, and their published protocols of Y FISH and immunofluorescent staining really work, by using such model to identify and prove that in vivo donor bone marrow cell can derive into type II cell by the mechanism of fusion with recipient cell, this is the image the authors should present as the Fig 2C in the paper FASEB 2007 (at least to show people that the image is really coming from lung of such model, their image Fig 2C logically can come from any mouse lung, and so-called SPC positive could be anything including autofluorescence of cytoplasmic part). This is the image (spc-14) containing the two look-like positive cells with double positive Dr. Diane Krause really wanted and put huge pressure on me trying to force me change my own judgment call on the two cells from negative to positive cells (Y and spc double positive). When I put the images of wt male and spc-14 side by side, and asked her: Even when you compare image of the two cells with image of positive control (wt male), the color and staining pattern is same or not? She said: not same, but stem cell derived type II cell is not as same as real type II cell. And I repeated my principle by saying: As PI you can make your own judgment call on my slides any way you want, and it is perfectly fine with me, but I only hold responsibility for my own judgment call. Then she forced me to trust and accept the results form the paper (FASEB 2007), after I firmly refused she became so emotional and angry with me. Finally she sent an email to Dr. Erica Herzog to ask her as blinder to examine my slides under microscope and ask Dr. Erica Herzog to show us electronic images of anti-spB the authors used for the paper FASEB 2007 (the facts are: a. Erica never showed us any images of anti-spB she only said that she needs to find such images of anti-spB from the computer., but she never showed us any anti-spB image (I dont think that she has such anti-spB images). b. No single image of anti-spB was presented in the paper. c. In the inventory boxes for immunofluorescent reagents in Dr. Krauses lab I had never seen any vials of anti-spB antibody before February, 2008. I ordered my anti-spB from Chemicon in February 2008. I have the email to prove). On March 6, 2008 after looking at my slides under fluorescent microscope, Dr. Erica Herzog sent me that famous email. Normal wt male mouse lung cytospins slide labeled with Y FISH, anti-SPC, and anti-CD45. In this image: a. Most of nuclei of cells are labeled as Y positive, but a few cells being Y negative, for example, one cell at the bottom showing most part of its nucleus. b. There are three cells being labeled as Y and SPC double positive (one is located at left of the image, two are located in the middle). c. At the left of the image adjacent to the Y SPC double positive cell there are several cells being labeled as Y positive and with yellow-green autofluorescence in their cytosplamic parts (such Y positive cells with yellow-green autofluorescence in cytoplasmic parts are common on the male mouse lung cytospins slides labeled with just Y FISH without any other immunofluorescent staining, such cells with yellow-green autofluorescence in their cytoplasmic parts are common on the mouse lung cytospins slides without any labeling, that is, blank control for immunofluorescent staining if the samples are fixed with Formalin or PFA). d. There is a cell labeled as Y positive and look-like CD45 positive located in up-right area of the image. e. There is no single cell being labeled as SPC and CD45 double positive. This image can show real clear-cut difference between signal of real cytoplasmic marker (here is SPC) immunofluorescent staining and signal of cytoplasmic autofluorescence on the mouse lung cytospins. If the images of Fig 4A, 4B (paper FASEB 2007) are really coming from the lung of the model spcko female recipient of male marrow, and the authors published protocols of Y FISH and anti-CK staining really work, for Fig 4A, and 4B, the authors should present the images like this one showing Y and cytoplasmic marker positive cells plus information of signal of X FISH in nuclei, and cells adjacent to the identified positive cells. Normal spcko male mouse lung cytospins slide labeled with Y FISH, anti-SPC, and anti-CD45. In this image: a. Most of nuclei of cells are labeled as Y positive, but a few nuclei are labeled as Y negative, located at the bottom of the image. b. No single cell is stained as SPC positive, but there are a lot of cells with strong green autofluorescence in their cytoplasmic parts. c. There are several cells containing multiple dots of Y signal in its nucleus. And scientific fact is that every cell on the slide can only contain one molecule of Y chromosomal DNA, so this image can clearly demonstrate this scientific fact that one molecule of Y DNA can be detected as Y negative, one dot of Y signal, or multiple dots of Y signal in the nucleus by interphase Y FISH. Summary: These five images of mouse lung samples (paraffin sections and cytospins slides) labeled with Y FISH and immunofluorescent staining show: For Formalin or PFA fixed mouse lung samples, cytoplasmic autofluorescence is common and strong on both paraffin section and cytospins slide, but there is clear-cut difference or manifestation between specific immunofluorescent staining signal of cytosplasmic marker and cytosplasmic autofluorescence. Without showing the real image of real positively labeled control, people not having direct experience in this technique can be easily fooled by cytoplasmic autofluorescence especially when the authors just present images with a single cell or a few cells without reference system. For both paraffin section and cytospins slide, my unpublished Y FISH protocols can achieve much higher detection sensitivity. But I can say here that even using my own protocols I have never achieved 99% detection sensitivity for either paraffin or cytospins slide, even not close to 99% positive (my standard is whole slide, not just one chosen image). By using my protocols or protocols that can achieve similar detection sensitivity of Y, dishonest people can easily make fake image (containing 20, 30, or 50 cells) showing 100% cells being labeled as Y positive by just cutting off single cell or a few cells that are labeled as Y negative from the image. For example, by using my protocols of Y FISH and immunofluorescent staining (edited image), for male sample I can generate the double-labeled images (at 40x amplification, containing 20, 30, 50, or even 100 cells) showing 100% Y detection sensitivity, and beautiful immunofluorescent staining with preserved tissue and cell morphology by just cutting off a cell or a few cells labeled as Y negative from the image. If I was dishonest, and I need such logic premise: 100% detection sensitivity of Y FISH, I submit such images as results and claim that my Y FISH protocol can reach 100% detection sensitivity, definitely based on manifestation of the edited image this statement is true, but scientifically this image does not truthfully reflect the real experimental phenomenon of the slide because the Y negative cell or cells in the real image or whole picture were intentionally cutting off from the image presented (edited image). What the real images of mouse lung sample should look like after multiple labeling of Y FISH and immunofluorescent staining. In the nucleus of one normal male cell, one molecule of Y chromosomal DNA can be detected as Y negative, one dot of Y signal, or multiple dots of Y signal. Physiological distribution of type II cells labeled as Y and SPC double positive on alveoli of the normal male mouse lung paraffin section. For any people if their protocols of Y FISH and anti-SPC immunofluorescent staining really work, and the primary antibody of anti-SPC really works on Formalin or PFA fixed samples, they should be able to produce the similar images from the normal male mouse lung paraffin section as real wt positive control image if they want to use Y and anti-SPC dual markers to identify donor stem cell derived type II cell from the tissue of spc knockout sex-mismatched model. How important it is to have both positive and negative control slides and reference system on the same slide when experimental methods of interphase Y FISH and immunofluorescent staining are used to identify donor stem cell derived tissue type cells in the recipient tissues, that is, without the controls or reference system to compare with, the so-called identified positive cell in the electronic image could be anything but real positive cell. Because in this situation two different kinds of experimental methods, in situ DNA hybridization and antigen- antibody interaction (immune staining) are used, and none of the methods can achieve 100% detection sensitivity and none of immunofluorescent staining can achieve 100% detection accuracy. The authors, Dr. Diane Krause, and Dr. Erica Herzog should know this principle pretty well because they have been using such methods to identify donor stem cell derived tissue type cells from the tissues of sex-mismatched models for years, and published multiple papers. Feb. 4, 2009 Technical Information and Explanation of Erica Herzogs Experimental Protocol for Y FISH on Bone Marrow Cytospins Published in the FASEB Paper (2007) Here the most important step is missing: Denature the target DNA, i.e. Y chromosomal DNA (the size of this DNA is 97.5Mb, for C57 background mouse) to open the double stranded target DNA. The larger the size of the target DNA, the harsher condition is required to open the target DNA. To open the double stranded target DNA is precondition for any DNA hybridization experiment, otherwise the specific probe can not bind to the complement sequence on the target. So-called Denature step in the authors protocol is 73C for 5 mins. Actually the major function of this step is not to denature the target DNA, but the probe, just like for normal DNA hybridization or classic FISH some people do denature the probe 1 st at 70-80C for about 10 mins before apply the probe to the target. Under this denature condition (73C, 5 mins) there is only certain percentage of cells their Y chromosomal DNA getting partial denature, i.e. double stranded DNA opened in some sections of the Y chromosomal DNA. That is, sacrifice the detection sensitivity for retaining the cells on the slide and cell morphology. Here the probe we used for Y FISH is a mixture of DNA, sizes from 100 to 500 nucleotides, its complement sequences on the target will cover the whole Y chromosomal DNA except for super high repeated sequences that will also appear in other chromosomes (the other name of Y FISH is whole Y chromosome painting). When utilize Y FISH (identify the origin of donor) combined with immunofluorescent staining (identify the specific tissue marker) technique to identify the donor stem cell derived specific tissue cell in sex-mismatched models, the authors encounter technical dilemma: Y FISH requires very harsh condition which will destroy the tissue physiological structure and cells morphology including cytoplasmic and cell membrane component (like CD45) , while immunofluorescent staining is just antigen antibody interaction (here is protein and protein interaction) which requires mild condition. If just add these two different kinds of experimental methods together it will not work, regardless doing immunofluorescent staining 1 st or Y FISH 1 st because in order to identify donor stem cell (Y as marker of origin for donor or recipient) derived specific tissue type cell, after both experimental procedures the both signals need to be present on the same slide otherwise the mission is impossible. If the authors use the classic denature condition for Y FISH on tissue paraffin sections as they published, 1M sodium thiocyanate at 80C for 20 mins, then neutralized with 0.2N HCl at room temperature for 12 mins, after Y FISH for most cells only nuclei left. If the authors use such denature condition on cytospins, after Y FISH probably only a few nuclei left on the slide, or nothing left on the slide. And imagine even there is such biological event- bone marrow stem cell derives into specific tissue type cell (here is from BM to type II pneumocyte) happening in vivo, the frequency of such event is very low even based on the authors calculation (less than 1 per 1000). Since no immunofluorescent staining is 100% specific and accurate, the universal accepted standard to identify donor stem cell derived specific tissue cell is triple labeling: Y, tissue specific marker and CD45 in sex-mismatched models to exclude the leukocytes that can be present in any tissue. How to solve this technical dilemma, it took me about 6 months to solve the technical dilemma above mentioned: interphase Y FISH combined with immunofluorescent staining while keeping the tissue and cell morphology normal. The strategy I used is to find the common window of experimental conditions that will fit for both Y FISH and immunofluorescent staining, then hard working of error and try. Even I say that I solved the technical dilemma, but for Y FISH my protocols cannot get 99% detection sensitivity on either paraffin section or cytospin slide. Definition of detection sensitivity needs to be defined by thousands of cells on the same slide, but not by a few cells of electronic image of very small field. In order to test the detection sensitivity of Y FISH on bone marrow cytospins, and verify the authors experimental results generated by using such protocol, I just did Y FISH on bone marrow cytospins from the perfectly normal young wild type mouse by strictly following Dr Erica Herzog and Dr Diane Krause published protocol in their paper, FASEB vol.21 August 2007, p2592-2601. I will send the slide and a CD that contains the electronic images of such slides to the Deans Office, Yale School of Medicine. Here are technical parameters: Channel 1: DAPI to stain for DNA, blue color. Channel 2: FITC, green color. Channel 3: Rhodamine for Y signal, pink color (intense dot in nuclei). Merged image: besides the Y signal, some yellow, green signals are coming from autofluorescence. Amplification: 40x. Rhodamine-conjugated anti-digoxigenin antibody (Roche), the same as Dianes lab always used. Digoxigenin labeled Y probe, the same as Dianes lab always used. IPLAB software is used to capture images. After examine the whole slide under fluorescent microscope, my conclusion is: there is no way for the authors to obtain their experimental results as they claimed in their paper (FASEB 2007) because the Y FISH detection sensitivity is too low. So their results of Y FISH on bone marrow are just intentionally fabricated numbers, not scientific experimental results at all. Bugen Hu
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bugenhu 2010-1-21 16:33
所有 图像均为 40 倍物 镜下所拍摄。 图 1 到 图 5 (Fig.1-Fig.5) 是用我自己的 Y/SPC/CD45 多重免疫 标记所作的野生型和 SPCKO 公鼠肺切片和 细胞片的全景图像。 图 6 到 图 10 (Fig.6-Fig.10) 是我 2009 年 2 月份 实验验证作者文章 FASEB 2007 中 Y   FISH 方法在正常野生型公鼠骨髓 细胞片子的全景图像。 信号或 标记: SPC 为 Alexafluor 所 标记 - 胞 浆中绿色荧光。 Y 为 罗丹明所标记 - 在 DAPI 所染成的 兰色胞核中的芝麻大小的很强的红点。 CD45 为 Texas-Red 所 标 记 - 胞膜上桔 红色。 图 1. 野生型公鼠,可 见完整的肺泡结构, 大部分细胞被标记为 Y 阳性, 但也有很少 细胞为 Y 阴性 - 漏 检, 许多 Y/SPC 双阳性 细胞 - 肺 II 型 细胞相隔分布于肺泡上。如果作者的 Y/SPC 双 标记方法真能工作, 则其文章 FASEB 2007 中 图 2A 应该为此图像, 作 为双阳性对照。 图 2. SPCKO 公鼠,可 见完整的肺泡结构, 但整个结构有更强的绿色自发荧光, 大部分细胞被标记为 Y 阳性, 但也有很少 细胞为 Y 阴性 - 漏 检, 无 SPC 阳性 细胞, 但有不少细胞胞浆中有很强的绿色自发荧光 - 与真正的 SPC 所 标记的绿色荧光并不相同。如 果作者的 Y/SPC 双 标记真能工作, 则其文章 FASEB 2007 中 图 2B 因 该为此图像。 图 3. 模型 - 接受了野生型母鼠骨髓移植的 SPCKO 公鼠的肺,有不少 Y 阴性但 CD45 阳性的白 细胞 - 来自于供体 ( 母鼠)的干 细胞变成即所谓的 engraftment 。其他方面与 图 2 相似。如果作者的 Y/SPC 双 标记方法真能工作, 则其文章 FASEB 2007 图 2C 因 该为此图。这就是我的模型鼠14号的图像, 老板非要两个阳性细胞以证明她的融 合机理。 因 为作者的技术瓶颈: Y   FISH 方法的高漏 检率, 用于石蜡切片的 Y   FISH 方法 对组织和细胞结构的破坏, 抗体 - 抗 SPC (Chemicon, Ab3428) 不工作,只要具有任何 一条所指缺陷, 则作者无法显示我所显示的以上图像。况且作者的方法具有以上 所有的缺陷。事实上作者根本无法显示任何公鼠Y FISH的全景图像, 因为那将暴露其最大的秘密-其Y FISH方法的高漏检率。 图4. 野生型公鼠肺细胞片子, 大多数细胞为Y阳性, 但也有少量漏检。有3个Y/SPC双 阳性细胞, 不少细胞的胞浆中有黄到绿的自发荧光。如果作者的用于细胞片 (cytospins) 的Y/荧光免疫多重标记方法真能工作, 则其文章 FASEB 2007 中图4A, 4B 因该显示此类全景多重标记图像。还是因为其方法上的缺陷, 所以作者只能显 点 而 无法显面, 因为只要显面则露陷。文中的图像是假图像, 即并 非作者在图解中所说 (Figure legend)。更祥细的说明请看英文版的图解说明。 图5. SPCKO公鼠肺细胞片子, 大多数细胞为Y阳性, 但也有少量漏检。许多细胞胞浆中有很强的绿色自法荧光, 但无真正的SPC阳性细胞。此图最重要之点是显示有些 细胞胞核中含有多点Y信号, 这就明确无误的说明: 任何一个公鼠细胞在Y FISH以 后, 或为Y阴性-漏检, 或为含一点Y, 或为含多点Y信号。而这是由其实验原理所决定了的。 图6到图10均为正常野生型公鼠骨髓细胞片子, 严格按照文章 FASEB 2007 中作者所发表的Y FISH方法所做的Y FISH实验-即实验验证作者的Y FISH方法。这里只 有兰色胞核中的红色点-芝麻大小为Y信号, 其他颜色的均为自发荧光。核中有芝麻 大小红点的即为Y阳性, 无此Y信号的则为Y阴性-漏检(在这里每一个细胞核均含 有 一条Y染色体, 只是该Y FISH方法未能检测出而已)! 所有的图像中大部分公鼠骨 髓细胞核被标记成Y阴性-即漏检, 这就证明作者的Y FISH方法具有很高的漏检率, 也就是很低的检测敏感度!决非象作者长期以来所吹嘘的超高检测敏感度。这就在逻辑上实验技术上证明作者无法得出其文章中公鼠骨髓细胞Y FISH实验结果 的数据。此数据只能是由意伪造的数字。
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bugenhu 2010-1-21 16:17
所有 图像均为 40 倍物 镜下所拍摄。 图 1 到 图 5 (Fig.1-Fig.5) 是用我自己的 Y/SPC/CD45 多重免疫 标记所作的野生型和 SPCKO 公鼠肺切片和 细胞片的全景图像。 图 6 到 图 10 (Fig.6-Fig.10) 是我 2009 年 2 月份 实验验证作者文章 FASEB 2007 中 Y   FISH 方法在正常野生型公鼠骨髓 细胞片子的全景图像。 信号或 标记: SPC 为 Alexafluor 所 标记 - 胞 浆中绿色荧光。 Y 为 罗丹明所标记 - 在 DAPI 所染成的 兰色胞核中的芝麻大小的很强的红点。 CD45 为 Texas-Red 所 标 记 - 胞膜上桔 红色。 图 1. 野生型公鼠, 可 见完整的肺泡结构, 大部分细胞被标记为 Y 阳性, 但也有很少 细胞为 Y 阴性 - 漏 检, 许多 Y/SPC 双阳性 细胞 - 肺 II 型 细胞相隔分布于肺泡上。如果作者的 Y/SPC 双 标记方法真能工作, 则其文章 FASEB 2007 中 图 2A 应该为此图像, 作 为双阳性对照。 图 2. SPCKO 公鼠, 可 见完整的肺泡结构, 但整个结构有更强的绿色自发荧光, 大部分细胞被标记为 Y 阳性, 但也有很少 细胞为 Y 阴性 - 漏 检, 无 SPC 阳性 细胞, 但有不少细胞胞浆中有很强的绿色自发荧光 - 与真正的 SPC 所 标记的绿色荧光并不相同。如果作者 Y/SPC 双 标记真能工作, 则其文章 FASEB 2007 中 图 2B 因 该为此图像。 图 3. 模型 - 接受了野生型母鼠骨髓移植的 SPCKO 公鼠的肺, 有不少 Y 阴性但 CD45 阳性的白 细胞 - 来自于供体 ( 母鼠)的干 细胞变成即所谓的 engraftment 。其他方面与 图 2 相似。如果作者的 Y/SPC 双 标记方法真能工作, 则其文章 FASEB 2007 图 2C 因 该为此图。这就是我的模型鼠14号的图像, 老板非要两个阳性细胞以证明她的融 合机理。 因 为作者的技术瓶颈: Y   FISH 方法的高漏 检率, 用于石蜡切片的 Y   FISH 方法 对组织和细胞结构的破坏, 抗体 - 抗 SPC (Chemicon, Ab3428) 不工作,只要具有任何一条所指缺陷, 则作者无法显示我所显示的以上图像。况且作者的方法具有以上所有的缺陷。事实上作者根本无法显示任何公鼠Y FISH的全景图像, 因为那将暴露其最大的秘密-其YFISH 方法的高漏检率。 图4. 野生型公鼠肺细胞片子, 大多数细胞为Y阳性, 但也有少量漏检。有3个Y/SPC双阳性细胞, 不少细胞的胞浆中有黄到绿的自发荧光。如果作者的用于细胞片 (cytospins) 的Y/荧光免疫多重标记方法真能工作, 则其文章 FASEB 2007 中图4A, 4B 应该显示此类全景多重标记图像。还是因为其方法上的缺陷, 所以作者只能显 点 而 无法显面, 因为只要显面则露陷。文中的图像是假图像, 即并非作者在图解中所说 (Figure legend)。更祥细的说明请看英文版的图解说明。 图5. SPCKO公鼠肺细胞片子, 大多数细胞为Y阳性, 但也有少量漏检。许多细胞胞浆中有很强的绿色自法荧光, 但无真正的SPC阳性细胞。此图最重要之点是显示有些细胞胞核中含有多点Y信号, 这就明确无误的说明: 任何一个公鼠细胞在Y FISH以后, 或为Y阴性-漏检, 或为含一点Y, 或为含多点Y信号。而这是由其实验原理所决定了的。 图6到图10均为正常野生型公鼠骨髓细胞片子, 严格按照文章 FASEB 2007 中作者所发表的Y FISH方法所做的Y FISH实验-即实验验证作者的Y FISH方法。这里只有兰色胞核中的红色点-芝麻大小为Y信号, 其他颜色的均为自发荧光。核中有芝麻 大小红点的即为Y阳性, 无此Y信号的则为Y阴性-漏检(在这里每一个细胞核均含有 一条Y染色体, 只是该Y FISH方法未能检测出而已)! 所有的图像中大部分公鼠骨髓细胞核被标记成Y阴性-即漏检, 这就证明作者的Y FISH方法具有很高的漏检率, 也就是很低的检测敏感度!决非象作者长期以来所吹嘘的超高检测敏感度。这就在逻辑上实验技术上证明作者无法得出其文章中公鼠骨髓细胞Y FISH实验结果的数据。此数据只能是有意伪造的数字。 Bugen Hu August 7, 2009 Legend for the lung images by using my unpublished protocols of Y FISH and immunofluorescent staining contained in the CD All the images are coming from the original images when I examined the slides under fluorescent microscope, I did not do any art work or edit on any of such images. Amplification: 40X Wild type male mouse lung paraffin section labeled with Y FISH, anti-SPC (in-house guinea pig anti-spc serum from Jeffs lab), and anti-CD45/F4/80. Signals labeled as the following: Rhodamine for Y (intense pink dots in the DAPI counter stained blue nucleus), Alexafluor 488 for SPC (green in cytoplasmic part), Texas-Red for CD45 and F4/80 (orange red on cell membrane). If the authors could really get experimental protocols of Y FISH and immunofluorescent staining (anti-SPC, and anti-CD45) work, this image should be positive control image for the FASEB paper Fig 2A. This image can show the people, including the peer-reviewers, and readers how well the experimental methods (protocols) are, and what should be the positive markers for each labeling (Y/SPC/CD45), and these positive markers right locations on the slide and in the cell. The most important information of this image should show is that after all labeling is finished (Y FISH, and immunofluorescent staining), as a whole picture what really looks like (Y signal: what percentage of cells is labeled as Y positive, SPC signal: in the physiological locations of lung type II cells (on the alveoli) how well the type II cells are labeled as SPC positive, CD45 signal: whether or not membrane of leukocyte can be labeled as CD45 positive). In this image: a. The whole structure of alveoli is clearly shown up at normal exposure time due to autofluorescence of the tissue itself, b. Most of nuclei are labeled as Y positive, but there is still a small percentage of nuclei being labeled as Y negative (detection sensitivity of Y FISH protocol, but this image is still extremely good image in terms of Y FISH and SPC staining detection sensitivity if you have doubt about it, you can do literature search on internet to see if there is any image of lung paraffin section labeled with Y FISH and immunofluorescent staining in any published papers is better than this image). c. At right physiological locations of type II cells there are a lot of SPC and Y doubt positive cells (definitely certain percentage of type II cells must be stained as SPC negative because I dont think that my protocols can reach 100% detection sensitivity for anti-SPC immunofluorescent staining). d. There is no cell being SPC and CD45 double positive (in this field there is no obvious CD45 positive cell). spcko male mouse lung paraffin section labeled with Y FISH, anti-spc, anti-CD45, and anti-F4/80. Compared with the image of wt male control, overall spcko has much stronger autofluorescence (the whole alveoli structure is clearly shown up as very strong green autofluorescence even exposure conditions I used is the same as I used for wt male control section). For Formalin or PFA fixed tissues, lung is one of the tissues with the strongest autofluorescence, another one is GI tissue), and the alveoli have more fibers than the alveoli of wt male mouse. In this image: a. Most of nuclei are labeled as Y positive, but there is still a small percentage of nuclei being labeled as Y negative. b. No single cell is labeled as SPC positive, no single cell even really looks like the SPC positive cell in the wt male control image (even there are some cells with green in their cytosplasmic part look-like positive, but this so-called green signal is the same as that of alveoli fibers but different from the real SPC positive staining in the image of wt male slide, it is very easy to tell difference between signals of SPC specific staining and green autofluorescence when compared with the real positive cells in the wt male control). c. In this field there is obvious CD45 positive cell. If the authors protocols for Y FISH and anti-SPC really work, at least double-labeling image should be presented as the image of spcko male control Fig 2B for the paper FASEB 2007. Only using above mentioned wt male and spcko male multiple labeled sections can really function as controls to show: how well Y FISH protocol works in both wt male and spcko male tissues (whether or not Y can achieve similar detection sensitivity in both tissues), and clear-cut difference between wt male and spcko male sections in terms of SPC staining, and physiological distribution of SPC positive labeled type II cells in the lung. Paraffin section from the lung of spcko male recipient of wt female bone marrow transplantation (model mouse ID: spc-14) labeled with Y FISH, anti-SPC, anti-CD45, and anti-F4/80. This image shows chimera characteristics of such model. In this image: a. Whole structure of alveoli is clearly shown up (as green autofluorescence of thick fibers). b. Most nuclei of CD45 negative cells are labeled as Y positive, but there is still a small percentage of such cells being labeled as Y negative. c. There are several obvious CD45 positive and Y negative cells (leukocytes derived from donor bone marrow cells, that is, so-called engraftment). d. There is no single cell being SPC positive, in terms of SPC specific staining the situation is the same as I mentioned for the image of spcko male control mouse. If the authors actually did such model, and their published protocols of Y FISH and immunofluorescent staining really work, by using such model to identify and prove that in vivo donor bone marrow cell can derive into type II cell by the mechanism of fusion with recipient cell, this is the image the authors should present as the Fig 2C in the paper FASEB 2007 (at least to show people that the image is really coming from lung of such model, their image Fig 2C logically can come from any mouse lung, and so-called SPC positive could be anything including autofluorescence of cytoplasmic part). This is the image (spc-14) containing the two look-like positive cells with double positive Dr. Diane Krause really wanted and put huge pressure on me trying to force me change my own judgment call on the two cells from negative to positive cells (Y and spc double positive). When I put the images of wt male and spc-14 side by side, and asked her: Even when you compare image of the two cells with image of positive control (wt male), the color and staining pattern is same or not? She said: not same, but stem cell derived type II cell is not as same as real type II cell. And I repeated my principle by saying: As PI you can make your own judgment call on my slides any way you want, and it is perfectly fine with me, but I only hold responsibility for my own judgment call. Then she forced me to trust and accept the results form the paper (FASEB 2007), after I firmly refused she became so emotional and angry with me. Finally she sent an email to Dr. Erica Herzog to ask her as blinder to examine my slides under microscope and ask Dr. Erica Herzog to show us electronic images of anti-spB the authors used for the paper FASEB 2007 (the facts are: a. Erica never showed us any images of anti-spB she only said that she needs to find such images of anti-spB from the computer., but she never showed us any anti-spB image (I dont think that she has such anti-spB images). b. No single image of anti-spB was presented in the paper. c. In the inventory boxes for immunofluorescent reagents in Dr. Krauses lab I had never seen any vials of anti-spB antibody before February, 2008. I ordered my anti-spB from Chemicon in February 2008. I have the email to prove). On March 6, 2008 after looking at my slides under fluorescent microscope, Dr. Erica Herzog sent me that famous email. Normal wt male mouse lung cytospins slide labeled with Y FISH, anti-SPC, and anti-CD45. In this image: a. Most of nuclei of cells are labeled as Y positive, but a few cells being Y negative, for example, one cell at the bottom showing most part of its nucleus. b. There are three cells being labeled as Y and SPC double positive (one is located at left of the image, two are located in the middle). c. At the left of the image adjacent to the Y SPC double positive cell there are several cells being labeled as Y positive and with yellow-green autofluorescence in their cytosplamic parts (such Y positive cells with yellow-green autofluorescence in cytoplasmic parts are common on the male mouse lung cytospins slides labeled with just Y FISH without any other immunofluorescent staining, such cells with yellow-green autofluorescence in their cytoplasmic parts are common on the mouse lung cytospins slides without any labeling, that is, blank control for immunofluorescent staining if the samples are fixed with Formalin or PFA). d. There is a cell labeled as Y positive and look-like CD45 positive located in up-right area of the image. e. There is no single cell being labeled as SPC and CD45 double positive. This image can show real clear-cut difference between signal of real cytoplasmic marker (here is SPC) immunofluorescent staining and signal of cytoplasmic autofluorescence on the mouse lung cytospins. If the images of Fig 4A, 4B (paper FASEB 2007) are really coming from the lung of the model spcko female recipient of male marrow, and the authors published protocols of Y FISH and anti-CK staining really work, for Fig 4A, and 4B, the authors should present the images like this one showing Y and cytoplasmic marker positive cells plus information of signal of X FISH in nuclei, and cells adjacent to the identified positive cells. Normal spcko male mouse lung cytospins slide labeled with Y FISH, anti-SPC, and anti-CD45. In this image: a. Most of nuclei of cells are labeled as Y positive, but a few nuclei are labeled as Y negative, located at the bottom of the image. b. No single cell is stained as SPC positive, but there are a lot of cells with strong green autofluorescence in their cytoplasmic parts. c. There are several cells containing multiple dots of Y signal in its nucleus. And scientific fact is that every cell on the slide can only contain one molecule of Y chromosomal DNA, so this image can clearly demonstrate this scientific fact that one molecule of Y DNA can be detected as Y negative, one dot of Y signal, or multiple dots of Y signal in the nucleus by interphase Y FISH. Summary: These five images of mouse lung samples (paraffin sections and cytospins slides) labeled with Y FISH and immunofluorescent staining show: For Formalin or PFA fixed mouse lung samples, cytoplasmic autofluorescence is common and strong on both paraffin section and cytospins slide, but there is clear-cut difference or manifestation between specific immunofluorescent staining signal of cytosplasmic marker and cytosplasmic autofluorescence. Without showing the real image of real positively labeled control, people not having direct experience in this technique can be easily fooled by cytoplasmic autofluorescence especially when the authors just present images with a single cell or a few cells without reference system. For both paraffin section and cytospins slide, my unpublished Y FISH protocols can achieve much higher detection sensitivity. But I can say here that even using my own protocols I have never achieved 99% detection sensitivity for either paraffin or cytospins slide, even not close to 99% positive (my standard is whole slide, not just one chosen image). By using my protocols or protocols that can achieve similar detection sensitivity of Y, dishonest people can easily make fake image (containing 20, 30, or 50 cells) showing 100% cells being labeled as Y positive by just cutting off single cell or a few cells that are labeled as Y negative from the image. For example, by using my protocols of Y FISH and immunofluorescent staining (edited image), for male sample I can generate the double-labeled images (at 40x amplification, containing 20, 30, 50, or even 100 cells) showing 100% Y detection sensitivity, and beautiful immunofluorescent staining with preserved tissue and cell morphology by just cutting off a cell or a few cells labeled as Y negative from the image. If I was dishonest, and I need such logic premise: 100% detection sensitivity of Y FISH, I submit such images as results and claim that my Y FISH protocol can reach 100% detection sensitivity, definitely based on manifestation of the edited image this statement is true, but scientifically this image does not truthfully reflect the real experimental phenomenon of the slide because the Y negative cell or cells in the real image or whole picture were intentionally cutting off from the image presented (edited image). What the real images of mouse lung sample should look like after multiple labeling of Y FISH and immunofluorescent staining. In the nucleus of one normal male cell, one molecule of Y chromosomal DNA can be detected as Y negative, one dot of Y signal, or multiple dots of Y signal. Physiological distribution of type II cells labeled as Y and SPC double positive on alveoli of the normal male mouse lung paraffin section. For any people if their protocols of Y FISH and anti-SPC immunofluorescent staining really work, and the primary antibody of anti-SPC really works on Formalin or PFA fixed samples, they should be able to produce the similar images from the normal male mouse lung paraffin section as real wt positive control image if they want to use Y and anti-SPC dual markers to identify donor stem cell derived type II cell from the tissue of spc knockout sex-mismatched model. How important it is to have both positive and negative control slides and reference system on the same slide when experimental methods of interphase Y FISH and immunofluorescent staining are used to identify donor stem cell derived tissue type cells in the recipient tissues, that is, without the controls or reference system to compare with, the so-called identified positive cell in the electronic image could be anything but real positive cell. Because in this situation two different kinds of experimental methods, in situ DNA hybridization and antigen- antibody interaction (immune staining) are used, and none of the methods can achieve 100% detection sensitivity and none of immunofluorescent staining can achieve 100% detection accuracy. The authors, Dr. Diane Krause, and Dr. Erica Herzog should know this principle pretty well because they have been using such methods to identify donor stem cell derived tissue type cells from the tissues of sex-mismatched models for years, and publi shed multiple papers.
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实验系统和实验技术解释
bugenhu 2010-1-21 14:46
这篇博文专门解释与实验系统和实验方法相关的技术细节问题, 尤其是为何作者 Y FISH 方法漏 检率高就一定是作者有意伪造由该方法所得的实验数据?为何其 Y FISH 方法的高漏 检率的秘密对我老板团队如此重要, 一旦暴光就会象多米诺骨牌较 应等等问题?这里有一个事实: 在成年干细胞可塑性研究领域中使用 Y FISH 方法和 荧光免疫多重标记来鉴定由供体干细胞在受体鼠体内变成的组织特化细胞的实验 室并不多(其实是一个纯技术的原因, 请见我以下的技术解释), 我老板的实验室是 这方面的大老级实验室。 其 实整个成年干细胞发育可塑性研究的大命题就是一个: 体内是否还存在此类干细 胞?如有此类干细胞, 则此类干细胞能否在体内分化成某些组织特化细胞, 如有的话, 这个生物学事件也是一个很低概率事件。所以此领域研究的核心就是如何用实 验 的方法来证明这个生物学过程: 成年干细胞在体内分化为某种组织 特化细胞。 我在博文-事件回放中所说, 老板团队一直所用的实验系统就是: 供, 受体鼠性别相 反的模型(sex mismatched model) 即以公鼠作为骨髓干细胞的来源, 受体鼠则为致死 剂量照射的母鼠。即在宿主(母鼠) 组织中以Y染色体作为供体 (公鼠)干细胞来源的 识别标志。实验方法或手段就是: Y FISH 以标记Y作为来源于供体干细胞的证据, 和荧光免疫标记组织细胞特化蛋白, 如胞浆中的角质蛋白-CK就代表上皮细胞, 包 膜上的CD45代表白细胞。逻辑上和理论上这种实验系统非常简单明了, 是典型的 反推证明模式: 以Y/荧光免疫多重标记方式证明受体 (母鼠) 组织中此阳性细胞-Y阳性和细胞标志蛋白阳性但CD45阴性只能由供体 (公鼠) 细胞变成, 即中间过 程无需也无法证明。但这就要求在技术上多重标记的每个标志的真实性得以确证-在阳性和阴性甚至空白对照上。理论上Y FISH外加荧光免疫的多重标记是最直接和确实的鉴定方法。但当时世界上大多数本领域有名的实验室并不用此种Y /荧光 免疫多重标记方法以鉴定受体鼠组织中来源于供体鼠干细胞变成的组织特化细胞, 而最多使用的是绿荧光蛋白(GFP)作为供体干细胞来源的标志。其实原因 非常简 单, 纯技术上的原因。Y FISH其实就是DNA原位杂交, 而荧光 免疫标记就是抗原-抗体的反应, 这里是蛋白质-蛋白质的相互作用, 如CK和其相应抗体的结合- 这种结合力并不强 (与DNA分子杂交相比), 一旦遇上剧烈的实验条件如Y FISH 实验中的 DNA变性条件(DNA denature, Y DNA is 97.5Mbp, it requires very harsh conditions to open its double strands, which is precondition for the Y probes to bind to its complementary sequences on the target- Y DNA) 既使已结合在目标蛋白上的抗体也会解离 (dissociate), 即达不到双标记的目地。如果按传统的Y FSIH方法 (用于石蜡 切片的方法-硫氰酸 钠 80度处理, 再用盐酸室温下处理) 先作Y标记, Y FISH后则造成了组织和细胞结构 的很大破坏而使胞浆, 胞膜目标蛋白甚至不存在于片子上。即还是 达不到双标记目地。也就是这是两类实验条件不兼容的实验方法, 即技术上的两难 (dilemma)。 况且Y FISH的检测敏感度也不见得很高, 一般而论, 在公小鼠 组织石蜡切片上传统 的Y FISH方法标记后可达40%的细胞漏检而被标记成Y阴性。 如用更温和的条件下来作Y FISH以换取对组织和细胞结构的较轻破坏, 则Y FISH的检测敏感度会进一步 降低。所以即使有人应用Y FISH方法在母鼠组织中鉴定出了 Y 阳性细胞, 也只说该细胞来源于公鼠的供体细胞。没人会作如此反推理: 在公鼠样本中或公鼠细胞中未检测到Y就等于Y染色体丢式, 因为所有应用Y FISH方法的人均知道该方法有百分之几十的漏检率而将公鼠细胞标记成Y阴性 (除非他的Y FISH方法具有100% 的检测敏感度或检出率, 他才能作以上反推理。这在技术上是不可能的-技术瓶颈)。 所以老板的团队在其文章FASEB 2007 中得有意伪造一组Y FISH阳性对照组的完美的实验结果或数据以向审稿人证明作者在该文章中所用的逻辑推理前提是真实的: 即她们用于标记小鼠骨髓细胞片子 (bone marrow cytospins ) 的Y FISH方法 (protocol) 具有100%的检测敏感度-也就是漏检率为零, 所以在该文章中对于她们在实验样本中 (含公, 母鼠细胞-sex mismatched model) 的Y FISH结果作者可以做以上所讲的反 推理。该文章中作者所用的Y FISH阳性对照组就是正常的野生型公鼠骨髓细胞的Y FISH结果: 0.8 +/- 0.8 %的细胞缺乏Y染色体。这里作者还对这个假数据进行了偷梁 换柱的解读 (这 0.8 +/- 0.8% 的正常公鼠骨髓细胞是缺乏Y染色体-即作者所言的 Y 染色体丢失而不是其Y FISH方法的漏检) 以给审稿人送去信息: 即作者的Y FISH方法的检出率本身仍为100%, 而那 0.8 +/- 0.8 % 的正常公鼠骨髓细胞是由于Y染色体丢失导致作者未能测到。这可是实验方法学上一场彻头彻尾的骗局, 因为作者完全知道她们用了多年的Y FISH方法(protocol) 在公鼠细胞片子 (肺细胞, 骨髓细胞)上具有很低的检出率也就是很高的漏检率, 即Y FSIH标记完后, 片子上仍会有很大比例的公鼠细胞因漏检而被标记成Y 阴性。这就是为何作者从来不在其文章中显示 Y FISH实验阳性对照组全景图像 (包含有几十个公鼠 细胞在Y FISH以后的图像) 的根本原因。 作者Y FISH方法的实验原理如下: 这种方法的全称是间期细胞Y FISH(间期细胞中所谓染色体是成染色质状态-chromatin), Y探针是去与Y DNA上的互补序列杂交。探针的制备是以正常公鼠的Y DNA 为模板用 DOR-PCR先制备此探针的材料: 为500bp到几个Kb大小的DNA片段 , 涵盖几乎整个Y DNA序列 (极高重复序列除外-有可能出现在其他染色体DNA序列中), 尔后用商品试剂合 Dig-Nick(其实就是 nick-translation) 反应将 Dig (digoxigenin) 标记到 DOR-PCR 所制备的 DNA 片段上, Dig 标记完后其产物就为100-500bp(Dig 标记的Y探针) 大小的混合物, 即Y探针混合物分段杂交到Y DNA 上的相应互补序列, 信号则来自于罗丹明标记的抗-Dig(Roche公司)。所以其实验原理已决定: 任何一个公鼠细胞在Y FISH标记以后, 或为Y阴性 (漏检, 因为无人的Y FISH 能达 100%的检出率且相差甚远)或含一个Y信号 (核中芝麻大小的粉红点) 或含多个 Y 信号, 即根本就不存在胞核中一个Y信号就代表一条Y染色体的对应关系-这是其实验原理已决定了!这也正是任何做Y FISH实验的人会在荧光显微镜下看到的现象。 那怕就是用同样的Y探针和同样的抗-Dig, 不同的Y FISH方法 (protocol) 当然会在同样的阳性对照样本上 (正常公鼠组织细胞片或切片) 产生不同的检出率。因为不同 的方法(protocol) 对实验步骤规定了不同的实验条件(温度, 时间, pH 等等), 也就是说每一个不同的Y FISH方法 (protocol) 所具有的检出率已被其本身所决定, 例如我的Y FISH方法的检出率就远高于作者的Y FISH方法(因为我的 protocol 所规定的实验条件不同于作者的 protocol), 这就是科学技术。作者用于小鼠细胞片子 (cytospins) Y FISH 方法的硬伤是: 其 Y DNA 变性条件太差, 73度 5分钟, 此条件不足以打开所有细胞核中的 Y DNA 双链, 而这正是 Y 探针杂交的先决条件!而按照任何一个已建立的Y FISH方法 (protocol) 去做Y FISH实验则很简单, 即操作过程 并不复杂。 作者 Y FISH 方法 (protocol) 的高漏 检率与由这方法所得出的实验结果的关系: 仍以作者文章 FASEB 2007 该方法的阳性对照组为例: 正常野生型公鼠骨髓细胞片子 (bone marrow cytospins)Y FISH 结果 ; 平均 值正负标准差或标准误为: 0.8 +/- 0.8 % 的骨髓 细胞缺乏 Y 染色体 。 这里只要知道两个任何人也无法改变和否认的 事实, 则这组阳性对照组的 Y FISH 实验数据的命运就已被决定了。 1. 作者 Y FISH 方法本身所决定的高漏 检率, 而得到这个证据或事实的最确切和唯一的办法就是实验验证其方法本身, 即严格按照作者的方法在正常公鼠骨髓细胞片子上作 Y FISH 实验, 标记完片子后, 在荧光显微镜下则真相一目了然: 所看到的只能是大百分几十 的细胞因漏检而被标记成 Y 阴性细胞 - 即所称的假 阴性, 因为在片子上每一个细胞均含有一条 Y 染色体, 而只是作者的 Y FISH 方法检测不出而已。这正是由其方法 (protocol) 本身所具有的高漏 检率所决定的, 不管何人包括作者本人, 何时用这方法 (protocol) 在阳性 对照上都会得到同样的结果: 即大百分之几十的公鼠骨髓细胞因漏检而被标记成 Y 阴性细胞 , 即作者的 Y FISH 方法只能 产生高 比例的假 阴性而决非 小于 1% 的公鼠 细胞为 Y 阴性。此仍实践是检验真理的唯一标准, 而不是作者说或某 人说其 Y FISH 方法 (protocol) 能达 100% 的 检出率, 这方法就能真达 100% 检出 率! 这 里所遵循的是实验科学的一个基本原则:可重复性, 即任何实验方法必须在同 样的对照上产生同一趋式的结果。这里还有一个特点: 被检测目标为 Y 染色体 DNA, 这是所有正常公鼠细胞中的常态恒定成分 ( 这也是遗传学的基本原则, 所以 作者不能说其 Y FISH 方法在 2007 年以前能在公鼠 细胞上测出 100% 检出率, 现在不行了, 因被测目标 - Y DNA 与以前不同了)。2. 获 得 这种 Y FISH 实验结 果数据的唯一方式(data acquisition)就是作者必 须 用自已的双眼在 荧 光 显 微 镜 下去看由她 们 自已的 Y FISH方法所 标记 的正常公鼠骨髓 细 胞片子, 根据一个非常 简单 和明 显 的依据- 在被DAPI染成 兰 色的胞核中有或无Y信号(粉 红 色点)而 对每 一个 细 胞判 别为 Y+ 或 Y- 并分 类计 数, 一个 视 野接着一个 视 野(一 张 骨髓 细 胞片子包含几十个 视 野),而 获 得那 组 阳性 对 照的Y FISH 实验 数据(0.8 +/- 0.8 % 细 胞缺乏Y染色体)作者必 须 看,判 别 , 计 数几百个 这样 的 视 野。整个 过 程无高科技,而只需要正确的科研精神-即 诚实 或事 实 求是: 将自已所看到的真 实记录 下来以采集到真正的 Y FISH 实验结 果的数据。作者Y FISH方法的高漏 检 率就决定了在此Y FISH 实验结 果的数据采集 过 程中, 每 个 视 野她 们 只能看到大百分之几十的公鼠骨髓 细 胞因漏 检 而被 标记为 Y 阴 性 细 胞而决非小于1%的 细 胞 为 Y 阴 性,而任何一双 诚实 的眼睛是无法将 每 个 视 野下大百分之几十的 Y 阴 性 细 胞判 别 , 计 数成小于1%的Y 阴 性 细 胞的。 证 明完 毕 : 作者的 这组 Y FISH 实验 数据只能是有意 伪 造的一 组 数字。因 为 文章需要此完美的数据, 否 则 无法通 过审 稿(文章中的 逻辑 推理前提), 即作者以欺 诈 的方式而 获 得 这组 完美的Y FISH 实验 数据: 一 则 可能根本就没做此 实验 , 因 为 她 们 知道其Y FISH方法的高漏 检 率是无法真正得到那 种 她 们 所需的完美数据的,有 谁 会有意去做无用功呢?其二作者有意将 每 个 视 野下所看到的大百分之几十的Y 阴 性 细 胞写成 为 小于1% 的Y 阴 性 细 胞。不管是那 种 情况,作者都是有意 伪 造 实验 数据,在本案中 连 诚实 的 错误 (honest error)也失 较 ! 就象我再次 举报此案时反复对官方强调的那样, 此案可算史无前例。这是由作者的造假方式所决定的, 作者胆大妄为, 其有意伪造的 Y   FISH 实验数据不但远远 超出其方法的检测敏感度, 而且远超出该种实验技术的技术瓶颈。这种实验方法学上的 造假就决定了, 这种造假极易用逻辑上的反证法将其一步证死。作为举报人我可以 用对照样本证明在逻辑上和科学技术上用作者的实验方法是不可能得出其文章中相应的实验数据的并相差几十倍: 这里是公鼠骨髓细胞 Y   FISH 方法的漏 检率只能是大百分之几十, 但文章中作者白纸黑字写下了 0.8 +/- 0.8 % 细 胞缺乏 Y 染色体! 所以此案的 关键点就只有一个且非常简单: 到底作者 Y   FISH 方法的漏 检率是零还 是大百分之几十? 此真相一出则此案大白。所以我于 2009 年 2 月再次 举报此案时, 只打击一个实验方法和一组阳性对照组的 Y   FISH 实验结果数据 0.8 +/- 0.8 % 公 鼠骨髓 细胞缺乏 Y 染色体 。并将自已 实验验证的片子本身 (物证), 所照的全景图像, 技术解释等等给了耶鲁和 ORI 让官方眼见为实。而官方对我提供的铁证只能刻意回避, 因为对方无法面对这两难处境。官方可以说我作为举报人所提供的物证没公信力 (credential) ,但你可以 对 我所提供的最直接的物 证进行交互验证吧 (cross-examination), 你耶 鲁, ORI ,作者自己去 验证总可以吧。这正是我一直所要求的, 但 ORI 告 诉我: 他 们看了也没用, 因为他们没裁决权 ! 对方拿着我的物证是两难: 如说他们已看了我所做的片子, 则必须承认大多数 (majority) 公鼠骨髓 细胞漏检而被 标记成 Y 阴性, 即假阴性 , 这就必须承认作者有意伪造 Y   FISH 实验数据。如对方想挑战我的实验验证, 则他们须实验证明作者的方法可以产生漏检率为零或小于 1% 的公鼠骨髓片子。我也明确无 误 地告 诉 官方, 尽管我只打 击 一个 实验 方法和一 组 数据, 但只要其Y FISH方法的高漏 检 率暴光 则为 多米 诺 骨牌 较应 。 作者 Y   FISH 方法的高漏 检率和多米诺较应: 一旦其方法的高漏 检率暴光, 例如漏检率为 50% ,只 须用同理可得的道理则作者 FASEB 2007 文章中的下列 结果的命运会如何: SPCKO 公鼠 组骨髓细胞片子 Y   FISH 的 结果数据 : 0.92 +/- 1.03 % 细胞缺乏 Y 染色体, 即 Y 阴性 p.2594 ;接受了野生型公鼠骨髓移植的 SPCKO 母鼠 组骨髓细胞片子 Y   FISH 的 结果数据: 94.18 +/- 2.48 % 细胞含有 Y 染色体 , 即 Y 阳性; 接受了 SPCKO 公鼠骨髓移植的 SPCKO 母鼠 组骨髓细胞片子的 Y   FISH 的 结果数据: 93.28 +/- 1.78 % 细胞含有 Y 染色体,即 Y 阳性 p.2595 ; 图 4A , 图 4B 的 结果和作者所用的逻辑推理前提; 再验证作者用于石蜡切片的 Y   FISH 方法的漏 检率和 Y/SPC 双 标记方法, 则文中 8 只野生型公鼠肺切片的 Y/SPC 双 标记的结果数据: 1000 分之 1000 的双阳性 ( 请见第一作者 2008 年 3 月 6 日 给我 的电子邮件: 她从来没有将 Y/SPC 双 标记搞工作过, 她的实验室看来连 FISH 也不工作了 !) 和其他 Y/SPC 双 标记的实验结果的命运会如何呢 ? 作者的其他 Y/ 荧光免疫多重标记方法和其相应结果的 命运会如何呢?目前我得先推倒第一 张骨牌, 所以在 此对后续反应不作太多祥细分析。 老板团队在期刊Science上反击 Standford 团队对其文章 Cell 2001的挑战时所用的最大实验依据就是其Y FISH方法的超高检测敏感度(请见我的博文-事件回放), 在接 受了公鼠骨髓移植的母鼠的脾中她的团队检测到大于90%的脾细胞为Y阳性-所谓的 engraftment (意即她的Y FISH方法的检测敏感度本身仍为100%)。 这是一个双重谎言, 其一她的Y FISH方法的检测敏感度离90%还差的远, 漏检率为大百分之几十, 所以她无法在以上所说的脾中测出大于90%的脾细胞为Y阳性, 其二在这种小鼠模型中受体鼠的脾不可能发生大于90%的 engraftment (即大于90%的宿主脾细胞被来自于由供体干细胞变成的脾细胞所替代)。以下是我的实验证据: 因我的专业是免疫学, 出于好奇心我想看看在这种致死照射后接受骨髓移植, 会有多少脾细胞 (T, B淋巴细 胞)被替代, 所以在我做的模型收获时我也同时将脾收获并用我自己的Y FISH方法检测脾。在接受母鼠骨髓移植的公鼠脾中Y阳性 (宿主) 与Y阴性脾细胞成分隔区域 分布, 并且Y阳性细胞并不少, 应该有大百分之几十, 这与我在同一个体的骨髓细胞Y FISH所看的 engraftment不一致, 骨髓片子上只有很小比例的细胞为Y阳性-即绝大部分骨髓细胞已被来自于供体干细胞生成的骨髓细胞所替代。而且所有的模型鼠均是这种现象, 即受体鼠脾细胞被替带的比例并不是很大(我的Y FISH方法也有一定的漏 检率, 但我在受体鼠脾中仍能看到大比例的Y阳性细胞-宿主细胞)。仔细思考后我得出了自认为合理的解释: 致死照射杀死了绝大部分的骨髓细胞, 但并没有杀死大部分相对处于静态的脾细胞, 所以宿主骨髓细胞必须大量快速被供体来源的骨髓细胞所替代, 而其脾中被替代区域应该为生发中心(germinal center) 那里有活跃的淋 巴细胞的死亡和增殖, 但脾中其他相对静态的区域则没理由被替代。 以上的例子也说明其Y FISH方法的高漏检率秘密对老板团队的重要性。她在期刊细胞 (Cell 2001)上发表那篇大作后, 因无人能重复其结果, 所以该领域的主流实验室均质疑其结果。Stanford团队则是在期刊科学 (Science 2002) 上发表文章直接挑战。 老板团队反击 (Science 2003) 的档箭牌就是其Y FISH方法的超高检测敏感度, 即用你们的方法测不到, 但我的方法能测到。Stanford团队在老板团队的反击后, 又在期刊科学 (Science 2003)上对老板的反击进行了回击, 但还是没捉到要点, 因为外人并不知道其Y FISH方法的高漏检率。谁也没有想到其实老板团队一直在她的Y FISH 方法学上唱的是空城计!我作为继任她们研究项目的人当然会知此秘密, 2007年6月我用自己的Y/CK多重标记方法检测正常公鼠肺细胞片子上(Y丢失研究)CK阳性和Y阳性,CK阳性但Y阴性的肺上皮细胞(参见我博文-事件回放)。我有意让老板看我的片子本身, 让她明白在Y FISH方法的漏检率上与我玩把戏没意思并且也没用, 还是留着去骗外人吧 (我的方法检出率本就高于她的方法) 别逼我会将Y FISH 的漏检而结论为Y丢失!她看了我的片子后又与 Erica 一起演双簧给我看, 好象她们从未见过Y FISH在公鼠细胞上的漏检似的 (请见两人2007年6月18, 19日的电子邮 件 )。 成像系统和组织样本细胞上的自发荧光: 在福尔马林或PFA固定过的样本上自发荧光非常普遍而且可以很强。不同的组织可以不同, 肺自发荧光很强, 同一组织中不同的细胞或同一种细胞的不同个体均可以表现不同。自发荧光可以是广谱的, 从短光谱的兰光到长光谱的红光, 红外光, 红, 绿荧光极为常见而且可以很强(主要在细胞浆部分,胞膜上也可有)。老板实验室的成像系统为: 荧光显微镜上配有多个滤光片。滤片1: 允许兰光通过, 用于DAPI所染 的胞核, 滤片2: 允许绿光通过, 用于FITC标记, Alexafluor488等, 滤片3: 允许红光通过, 用于罗丹明-Y的信号, 滤片4: 允许红外光如Cy5通过-肉眼不可见, 滤片5: 允许红, 绿荧光通过, 看片子时一般先用此滤片看红, 绿荧光的标记。照像则为: 从滤片1开 始, 设定暴光时间后OK, 依次重复操作到滤片4, 最后OK后, 则一张彩色电子图像形成, 和各个滤片下所摄的一张黑白图像形成并自动贮存于所联的机算机。 也就是说在各个滤片下可以设定不同的暴光时间以改变不同颜色光在最后所形成的图像中的强度。所以这种实验手段和获取图像的方式为制作假电子图像留下了巨大的空 间。例如在小鼠肺石蜡切片或细胞片(cytospins)一个具有红, 绿自发荧光的细胞 (在 滤片5下, 肉眼可见为黄色), 只需调整滤片2和滤片3下的不同暴光比例 , 则这个细胞在最后形成的彩色图像中即可以是红色荧光标记, 也可以是绿色荧光标记。也就是说将胞浆中的自发荧光做假成特异性抗体标记的信号在这种电子图像中并不难。辩别这种假图像的最好方法就是与真正的阳性对照细胞图像作比较并且用全景图像-含有内参照系统。因为真正由抗体所产生的荧光信号来自于一种纯的荧光分子所发射, 如Alexafluor488, 这种荧光的光谱很窄, 所以颜色看起来很纯而与广谱的自发绿荧光不同。请见我上传的Y/荧光免疫多重标记的全景图像和图解, 尤其是英 文的图解 (Fig.legend)。作假的图像往往只能显点而不能显面, 即有意裁 切掉内参照系统-片子上其他细胞的信息。 ----- Forwarded message from Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu ----- Date: Thu, 06 Mar 2008 14:51:55 -0500 From: Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu Reply-To: Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu Subject: slides To: bugen.hu@yale.edu hi bugen i left the slides and results for you on the bench. were they in any way correct? i never was able to get pro-spc to work with fish because of the autofluor but if you are able to that's great. i always did prospc first and detected that way so the signal was really bright and then did fish after doing confocal. your control looked nice and like real signal. the few experimental cells that i saw that were possibly spc+ didn't look exactly like the control. anyway let me know how this compared with your results also since my lab cannot seem to get fish to work diane said you guys would be willing to collaborate if i gave you some slides for staining - if so can i bring you the slides sometime soon? best, erica Erica Herzog MD, PhD Assistant Professor Yale University School of Medicine Internal Medicine - Pulmonary and Critical Care Division 333 Cedar St TAC 441-S New Haven CT 06511 (203)785-3207 ----- End forwarded message ----- 注: 问我她的判片结果怎样?她不能将 Y/SPC 双 标记搞工作的原因是其 Y   FISH 方法本身和抗体本身不工作( Chemicon, AB3428). autofluor( 自 发荧光)总是存在的, 这 根本不是她的 Y/SPC 双 标记不工作的原因!在实验方法学上此人一贯狡辩。 其 Y/SPC 双 标记的方法都不工作, 但敢在文章 FASEB 2007 中将此双 标记结果写成 1000 分之 1000 的双阳性( 8 只野生型公鼠肺石蜡切片 表 -2 p.2596). 她所 说其 lab 不能将 FISH 搞工作, 应该是指很高的漏检率。当时她已不敢再对我说她们的 Y   FISH 是 100% 的 检出率了, 因为她还等着我帮她一把。请见她 2007 年 6 月 18 , 19 日的 电邮, 她是怎样说其 Y   FISH 方法的 检出率。 当 时她应该还不知道我老板已将我逼到死角, 我已别无选择, 准备打假了, 否则她不会给我送这电子邮件。 ----- Forwarded message from Diane Krause diane.krause@yale.edu ----- Date: Tue, 19 Jun 2007 06:32:54 -0400 From: Diane Krause diane.krause@yale.edu Reply-To: Diane Krause diane.krause@yale.edu Subject: Re: Y loss in males To: Erica Herzog erica.lyndrup@yale.edu What % of the male into male transplants were Y-? At this point Bugen is using cytospins. So far, he's only done older transplanted and untransplanted SPC-/- and untransplanted WT males. So far, with cytospins, we never see 20% without a Y. Diane On Jun 18, 2007, at 9:29 PM, Erica Herzog wrote: age matched but not irradiated truly less than 1% were Y neg unlike the male into male transplants how old are his mice - are they the old ones for the Y loss project also depending on fixation, size of probe, length of permeablization etc there can be issues.depending on the PFA strength, age of reagents there can be big issues. how is his X staining? Hi Erica In rereading the FASEB paper, I see that we don't have the % of SPC+ cells in males that are Y- by confocal. Did you do this with any males? If so, were they age-matched or younger? I am concerned that we don't know the sensitivity of the assay to detect for Y loss after cell fusion . Bugen is seeing epithelial cells have no Y on lung cytospins from male mice. Thanks for any info that you have. Diane -- Diane Krause MD, PhD Yale University School of Medicine Associate Professor, Department of Laboratory Medicine PO Box 208035 New Haven, CT 06520-8035 Phone: (203) 688-4829 Fax: (203) 688-2748 Office: BML 462 Administrative Associate, Pat Sember: (203) 688-3265 Pager: (203) 412-0805 Krauselab website: http://info.med.yale.edu/labmed/faculty/labs/krauselab/index.html Erica Herzog MD, PhD Assistant Professor Yale University School of Medicine Internal Medicine - Pulmonary and Critical Care Division 333 Cedar St TAC 441-S New Haven CT 06511 (203)785-3207 ----- End forwarded message ----- 注: 这是老板看了我用自己的 Y/CK 多重 标记方法所做的公小鼠肺细胞片子后, 她与 Erica 之 间就所谓 Y   FISH 方法的 电子邮件, 但有意转给我。她两人在 Y   FISH 方法漏 检率的问题上给我演双簧, 其实就是想逼我将我所做的公鼠肺细胞上的 Y 漏 检当 Y 丢失的结论。老板已知道我当时刚建好的多重标记方法已突破了她们文章 FASEB 2007 中方法的技 术瓶颈, 想让我用自己的方法做出 Y 丢失的结果去掩盖文章中谎谬 的 Y 丢失结果和结论。两人装着一副好象不知道她们的 Y   FISH 方法有漏 检率似的 (因她们总是说其 Y   FISH 方法具有 100% 的 检出率)。我当然是装糊涂, 对这种双簧毫无反应, 所以老板也拿我没办法。请见 Erica 于 2008 年 3 月 6 日 给我的电子邮件, 看她是如何说她们的 Y   FISH 方法。 老板 说步根在公鼠肺细胞片子上已看到 CK 阳性但 Y 阴性的细胞(其实就是 Y 漏 检)也应该是警示 Erica : 其 实我已知道她们的秘密只是不说而已。 这里 Erica 的所 谓解释在技术上均是一派胡言。
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