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流式细胞领域又出大事啦！: FlowJo 2018-8-23 07:20; 时间：10月24-26日地点：杭州 \0事件：第五届全国临床流式细胞术学组会议暨第四届中美流式细胞技术研讨会尊敬的各位专家和同仁：由中国免疫学会血液免疫分会临床流式细胞术学组和中国流式小组携手主办、浙江大学医学院公共技术平台协办、国际流式细胞术学会（ International Society for Advancement of Cytometry ， ISAC ）大力支持的第五届全国临床流式细胞术学组会议暨第四届中美流式细胞技术研讨会，将于 2018 年 10 月 24 日 -26 日在浙江杭州举行。我们诚挚邀请各位专家与同仁参与这一中国流式细胞学领域的盛会。第一届全国临床流式细胞术学组会议于 2010年在北京召开，第一届中美流式细胞技术研讨会于 2012年在上海举办，都是国内较早创办、较成熟的国际性学术兼培训会议。我们也成功申请到 2019年亚洲流式细胞学年会在上海召开。近年来，中国学术研究进展迅速、产业布局逐渐完善，世界目光聚焦，今年两会合并，让我们共襄中国流式美好未来。此次会议邀请多位国际著名专家，包括 ISAC 现场教育推进委员会主席、美国迈阿密大学 Awtar Krishan 教授， ISAC 前主席、美国 Scintillon 研究所 John P. Nolan 研究员，国际临床流式细胞术学会（ International Clinical Cytometry Society ）前主席、美国华盛顿大学 Brent L. Wood 教授，加拿大多伦多大学 Princess Margaret 医院 David W. Hedley 教授，《 Cytometry Part A 》杂志主编 Attila Tanork 博士，还邀请到天津医科大学总医院邵宗鸿教授、北京协和医院李太生教授、复旦大学附属儿科医院王晓川教授、中科院生物物理研究所杭海英研究员、厦门大学颜晓梅教授及付国教授、上海交通大学魏勋斌教授、中科院上海生命科学研究院肖意传研究员、北京大学吴后男研究员，山东大学苏绚涛教授等等诸多国内专家，做精彩的专题报告。会议内容除了包括流式细胞术在血液病、感染性疾病、免疫缺陷疾病中的临床应用之外，还涉及多色流式设计与分析、染色体分选、外泌体检测、细胞信号转导分析等技术应用和质量控制、资源共享平台构建等管理问题，涵盖流式细胞术与单细胞基因组学、质谱流式技术、影像流式技术等前沿技术，同时，还设计有实用技术的上机操作培训和流式仪器 DIY 搭建课程 ( 具体上机内容见文末 ) 。大会还安排了中国主题晚宴及社交活动。这次会议将成为交流经验、促进沟通、增进友谊、共谋发展的良好平台。会议部分报告为英文讲授，配备有同声传译。期待与您在美丽的杭州相聚！一、会议时间： 2018 年 10 月 24 日 -26 日（ 10 月 23 日 13:00 开始报到）二、会议地点：浙江省杭州市，紫金港国际饭店（西湖区申花路 796 号）三、注册费：（注册优惠 9月10日结束）学术报告： 1500 元 / 人， 9 月 10 日前注册可享受 1200 元 / 人优惠价，团体（同单位 5 人以上成团）注册费 1000 元 / 人、学生（凭有效学生证件）注册费 800 元 / 人（注：团体及学生优惠，需在 9 月 10 日前完成注册）学术报告 + 上机操作课程： 3500 元 / 人， 9 月 10 日前注册可享受 3000 元 / 人优惠价。上机操作名额有限，请尽早注册。四、学分：可授予国家级继续教育 I 类学分 6 分，学分证 30 元 / 人。务必于报到前 15 日反馈回执，学分证将在北京提前办理，过期不再受理。五、网上注册及缴纳注册费：报名途径 1 ：临床医师、诊断技师及需要国家级继续教育 I 类学分的参会人员，务必将姓名、工作单位、职称、联系电话和邮箱等详细信息发至邮箱 E-mail: ya_zhe2003@126.com （联系人：王亚哲电话：010-88324672）注册。付款途径：银行转账；收款人：中国免疫学会；开户银行：中国农业银行北京东单支行；银行账号： 11 1914 0104 0000 241。请在备注栏里注明“姓名及流式会议”，并发信至联系人邮箱确认付款成功。报名途径 2 ：非临床医师及不需要学分的参会人员，请登录 http://www.emeraldbiotech.com/isacworkshop2018/form 　注册。联系人：张南燕　电话： 400-6805527 ， E-mail ： info@emeraldbiotech.com 。付款途径：支付宝转账或银行转账；支付宝账号： info@emeraldbiotech.com ；　　银行转账收款人：杭州艾米绿生物科技有限公司；开户银行：中国农业银行杭州滨江支行；银行账号： 19-045101040019054。六、酒店预定：注册会议后，请提前预定住宿。会议在紫金港国际饭店举行，旁边是紫金港大酒店。参会人员可以自行联系预定任何一家。 10月份为酒店租用高峰期，请尽快预定，大会不保证酒店数量。会议协议价，预定时请提“流式会议”，并且请拨打下面的酒店会议专线（而非酒店前台电话，前台对会议预定情况不熟悉）杭州紫金港国际饭店地址：浙江省杭州市西湖区申花路 796号电话： 0571－89731046 价格：￥430/标间含早紫金港大酒店 (Zhejiang Zijingang Hotel) 地址：浙江省杭州市西湖区申花路 798号电话： 0571-89977006 价格：￥338/￥388 含早欢迎各临床医师及科研工作者，相关专业实验诊断人员，流式细胞术技术人员、流式仪器设计与制造技术人员、公共平台及流式仪器平台管理人员踊跃报名参会！另外，大会第一天欢迎晚宴为中国主题晚宴，还有有丰富的社交活动，以促进结识国内外同行、增进学术交流与合作，非常欢迎着中国元素服装及准备才艺表演！具体课程表及日程安排，请见会议网页 http://www.emeraldbiotech.com/isacworkshop2018/program; 个人分类: 流式知识|4810 次阅读|0 个评论

数据导出/数据联结（Export/Concatenate）: 热度 1 FlowJo 2012-11-15 13:17; 数据导出/数据联结（Export/Concatenate）作者：蔡何青，FlowJo 技术专员除了多色分析、软件补偿、周期分析、增殖分析和动力学分析之外，FlowJo还具有许多特色功能，本文中介绍的是数据导出/数据联结功能。通过数据导出/数据联结，在FlowJo中我们可以实现： 1. 将某个FCS数据导出为CSV格式数据，查看每个Event各项参数的数值（比如FSC-H、SSC-H、FL1-H） 2. 更改数据中的细胞总数，并将其重新导出为一个FCS数据。可以利用此功能将某个实验中所有的FCS数据导出为含有相同细胞数目的样本。 3. 将样本中某个细胞群的数据导出为一个FCS数据。 4. 将多个FCS数据联结为一个数据，此功能可以用在抗体滴定实验中，能非常直观的找到最适的抗体浓度。窗口介绍在“工作台”(Workspace)菜单栏中选择“导出/数据联结”(Export / Concatenate)，打开窗口，如下图所示：导出为CSV格式数据：从CSV格式数据中，能够查看到每个Event各个参数的数值。下面例子中的数据为一个补偿过的多色实验的数据。我们能从CSV表格中查看到补偿前后各个参数的数值，能够看到有的Event在补偿之后某个荧光参数出现了负值（红色标注部分）。更改细胞总数并重新导出为FCS数据：你可以将某个实验的所有样本都导出为含有同样细胞数目的样本，再进行比较。将样本中某个细胞群的数据导出为一个FCS数据下面的例子中，是需要将淋巴细胞群和单核细胞群导出为一个FCS数据。首先在工作台中将lymphocytes和monocytes选中，再进行导出。将多个FCS数据联结为一个数据下面例子中的数据来自于一个抗体滴定实验，抗体为CD8-FITC，Sample 1为空白对照，从Sample 2到Sample 8，抗体浓度进行了2倍梯度稀释。再进行数据联结的时候，先在工作台中将Sample 1到Sample 8全部选中，然后在Export/Concatenate窗口中勾选Concatenate，并选择导出的数据格式，如下图所示： Exprot后，得到的数据结果如下图所示：在分析的时候，X轴选择Sample ID，Y轴选择FL1-H（CD8-FITC），图中从左到右依次为Sample 1~ Sample 8，随着抗体浓度的递减，CD8-FITC阳性细胞群的FITC荧光强度发生变化，我们能够从图中很直观的看出Sample 4中所用的抗体浓度为最适浓度。滴定实验演示数据： Titration Data.rar; 个人分类: FlowJo使用|13512 次阅读|1 个评论

2012年10月 FlowJo讲座杭州行程安排: FlowJo 2012-9-12 09:33; 2012年10月11日，13:30-15:30 地点：浙江大学医学院内容：FlowJo流式数据分析 1. 数据分析理论讲解 2. FlowJo数据分析演示：数据分析流程、图形叠加、离线补偿、高级功能; 个人分类: FlowJo 会议及讲座安排|3328 次阅读|0 个评论

FlowJo分析单标记样品: FlowJo 2012-5-22 11:54; FlowJo 软件分析单标记样品作者：胡金涛单标记样品在 FlowJo 软件数据分析中的数据显示方式是单参数直方图。单参数直方图是一维数据用的最多的图形显示形式，既可以用于定性分析，又可以用于定量分析。根据放大器类型的不同，横坐标可以是线性标度或对数标度，单位用 “ 道数 ” 来表示，在流式检测中的含义是代表所检测的荧光或散射光的强度。纵坐标表示的是横坐标某一特定荧光强度的细胞频数。一般为细胞的相对数，而非绝对数。一、 FlowJo 分析单标记样品的过程 1. 把单标记阴性对照样品拖入 FlowJo 软件，双击打开原始数据。如 ( 图一 ) 所示： ( 图一 ) X 轴选择 FSC,Y 轴选择 SSC 。选择上图所示的淋巴细胞群进行分析。侧向散射 SSC 的含义：它对细胞膜、细胞质和核膜的折射更为敏感，其散射强度几乎与细胞内颗粒结构的质量成近似直线关系，也就是说，细胞内颗粒结构越复杂，质量越大，其 SSC 越大；反之则越小。前向散射 FSC 的含义：该值的大小与细胞的直径近似直线关系，也就说，对于不同的细胞，细胞越大，其 FSC 就越大；反之则越小。 SSC/FSC 图的设门原则：（1）全血样品的二维散点图一般需要进行裂解红细胞处理，二维散点图一般包含三群细胞（淋巴细胞、单核细胞、粒细胞）。根据细胞的物理特征利用设门工具对选中细胞群进行设门。（2）培养细胞的二维散点图比血液样品的二维散点图复杂，因为细胞要进行胰酶消化、离心洗涤。细胞状态会受到影响。这时设门是一般选择细胞状态比较的好的一群细胞进行分析。 2. 在 SSC/FSC 图中双击淋巴细胞群，如（图二）所示：（图二） X 轴选择 FL1LOG:Control FITC,Y 轴选择 Histogram 。使用双分门工具进行设门。（也可以使用区域门设门工具进行设门）。左边区域为阴性细胞区域，右边区域为阳性细胞区域。相应的百分比显示在图中。单参数直方图的设门原则（ 1 ）单参数直方图的图形为单峰时，阴性对照设门时选择的阳性率一般在 1% 到 2% 之间。如果样品细胞的状态不好，阳性率可以适当调高。（ 2 ）单参数直方图的图形为双峰时，阴性对照设门时选择在双峰之间设门。 3. 把阴性对照样品的设置应用到样品组中。得到 CD3-FITC 的分析结果如（图三）所示（图三）左边区域为阴性细胞区域，右边区域为 CD3+ 的区域。 CD3+ 的百分比为 82.3% 。其含义为在淋巴细胞中 T 细胞的比例为 82.3% 。二、单标记样品结果的分析技巧 1．先看横纵坐标，了解检测的目的，一般纵坐标代表细胞数。 2．看图形分布，直方图的峰形越往右移，代表其荧光强度越强。 3．阳性的确定是根据阴性对照细胞的基础荧光域值设定的，峰形右移，荧光信号大于基础荧光域值，表示阳性。 4．数据表示时，检测的目的物一般用各 Marker 区内的细胞所占百分比或者用荧光强度来表示。三、单标记样品的结果输出直方图的输出根据最终的需求可以有多种输出方式 1. 在双参数图上点击鼠标右键选择复制图片，可以把图片粘贴到 WORD 或 PPT 中。 2. 在图形分析窗口工具栏中选择 “ 文件 ” 并单击，选择下拉菜单中的 “ 另存为 ” ，选择保存位置、重新命名文件名以及文件保存的文件类型（ SVG 、 PNG 、 EMF 、 JPG ）。 3. 在 FlowJo 软件界面中单击打开布局编辑器，在工作台的样品空间把分析样品的结点逐个拖入布局编辑器中，在布局编辑器中可以改变图形的大小和位置。 4. 在布局编辑器中可以进行图片的叠加，操作步骤非常的简单，先把阴性对照样品拖入布局编辑器中，然后把要进行图片叠加的样品拖到阴性对照图片的上面软件就可以自动进行叠加。叠加后如（图四）所示。（图四）; 个人分类: FlowJo使用|30086 次阅读|0 个评论

Flow Jo软件分析调节性T细胞: 热度 2 FlowJo 2012-5-2 16:26; FlowJo 分析调节性 T 细胞作者：胡金涛调节性 T 细胞（ Treg ）是抑制性 T 细胞内的一种功能亚群。 Treg 细胞是一群表达特征为 CD4+CD25+Foxp3+ 的 T 淋巴细胞。 Treg 细胞来源于胸腺，占外周血 CD4+T 细胞的 2%-10% 。根据 Treg 的来源不同可以分为自然调节性 T 细胞（ nTreg ）和诱导产生的适应性调节 T 细胞（ a Treg ）两类。 Treg 细胞可以抑制 T 细胞增殖和分泌细胞因子，在防止发生自身免疫、控制肿瘤免疫和移植耐受方面发挥重要作用。 Treg 细胞缺陷或功能受损会引发很多自身免疫病，而 Treg 细胞增多则会抑制机体对病原体的免疫应答反应，因此， Treg 细胞是一群重要的免疫调节细胞，在调节机体免疫应答中起着不可或缺的作用。一、 FlowJo 分析 Treg 细胞数据的过程 1. 把 Treg 细胞样品的原始数据拖入 FlowJo 软件，双击打开原始数据。如 ( 图一 ) 所示： ( 图一 ) X 轴选择 FSC,Y 轴选择 SSC 。分析的细胞选择上图所示的淋巴细胞群进行分析。 2. 在 SSC/FSC 图中双击淋巴细胞群，（图二） X 轴选择 FITC-CD4, Y 轴选择 SSC, 圈出 CD4+ 的细胞。如（图二）所示： 3. 在 FITC-CD4/FSC 图中双击 CD4+ 的细胞群，（图三） X 轴选择 PE-CD25, Y 轴选择 APC- Foxp3 , 用四分门设门工具设门。如（图三）所示。二、 Treg 细胞结果分析 1. 结果分析的原则：检测 Treg 细胞一般采用三标记染色法。本实验中荧光抗体搭配如下： (CD4-FITC/CD25-PE/ Foxp3-APC) 。 Treg 细胞来源于 CD4+ 的细胞，分析时首先要圈出 CD4+ 的细胞，在 CD4+ 的细胞中分析双阳性细胞（ CD25+ Foxp3+ ），从而实现分析 Treg 细胞（ CD4+CD25+Foxp3+ ）。 2. 图三中 Q2 区域的细胞即为 Treg 细胞 (CD4+CD25+Foxp3+) ，检测的结果： 8.62% 。可以根据检测结果判断 Treg 细胞在调节机体免疫应答中的作用。三、 Treg 细胞结果输出分析结果的输出根据最终的需求可以有多种输出方式 1. 在细胞周期分析窗口工具栏中选择“文件”并单击，选择下拉菜单中的“另存为”，选择保存位置、重新命名文件名以及文件保存的文件类型（ SVG 、 PNG 、 EMF 、 JPG ）。 2. 把上述样品的分析应用到组中，在 Flow Jo 软件界面中单击打开布局编辑器，在工作台的样品空间把“淋巴细胞结点和 CD4+ 细胞结点”拖入布局编辑器中，单击布局编辑器右上角的 Batch 工具。输出整个实验组的数据。如（图四）所示：（图四）此博文中的原始FCS数据：原始FCS数据.zip 下载FlowJo分析数据：www.flowjochina.com; 个人分类: FlowJo使用|22244 次阅读|3 个评论

如何用FlowJo分析Accuri C6数据: 热度 3 FlowJo 2012-2-18 08:39; 如何用FlowJo分析Accuri C6数据作者：蔡何青，FlowJo 技术专员目前市场有很多流式仪器，包括几家大的公司如 BD, 贝克曼等。 FlowJo 做为一款优秀的流式数据分析软件，可以兼容几乎所有流式仪器采集的数据，可以弥补其它机器自带软件的分析功能不足的缺憾，这也是 FlowJo 备受欢迎及推崇的原因。今天将详细介绍如何用 FlowJo 来分析 BD 公司的机器 Accuri C6 采集的数据。 Accuri C6 是一款全功能、双激光的小型桌面流式细胞仪，有其独特的优势。但是 Accuri C6 自带的 CFlow 软件在分析流式数据方面还存在一些进步的空间，比如：缺乏完善的图片叠加功能，尤其是其直方图叠加的效果有待加强；缺乏细胞周期分析工具、增殖分析工具以及动力学分析工具。 FlowJo 是目前直接可以和它兼容的流式数据分析专业软件，满足用户的数据分析要求。实际上，用 FlowJo 分析 Accuri C6 的流式数据与用 FlowJo 分析其他流式细胞仪采集的流式数据是一样的。只不过由于 Accuri C6 在采集数据的时候不需要设置电压等特点，在分析 Accuri C6 数据的时候要做一些简单的处理。这篇博文将对这些处理步骤做详细的介绍。一、在 Accuri C6 将数据导出为 FCS 格式 ISAC 制定的流式数据的标准格式为 FCS 格式， Accuri C6 的 CFlow 软件默认的数据保存格式为其特有的 C6 格式。因此，在用 FlowJo 分析 Accuri C6 数据之前，需要将数据转换为 FCS 格式。可参考下面的操作步骤： 1. 打开 CFlow 软件，点击 File 菜单，在下拉菜单中选择 Open CFlow File or Template ，导入采集到的 C6 格式的数据 2. 点击 File 菜单，在下拉菜单中选择 Export FCS File 或者 Export ALL Sample as FCS 二者的区别是： Export FCS File ：将选定的某个 data well (sample) 输出为 FCS 格式的数据，并保存到用户自建的文件夹里 Export ALL Sample as FCS ：将所有的 data well (sample) 输出为 FCS 格式的数据，并保存到“ CFlow-FCS Exports ”文件夹里，这个文件夹一般在桌面上图1 二、调节坐标轴的范围由于 Accuri C6 在采集数据的时候不需要设置电压，而且 C6 能够采集到的信号范围位于 1-16777216 （ 10 0 -10 7.22 ），流式图中的细胞群可能会由于坐标轴的范围过大而被压缩在左下角的位置，如图 2 所示：图 2 这时我们需要合理调节坐标轴的范围，使细胞群显示于流式图的中间位置，从而能明显地看到细胞分群，便于我们设门。按照以下步骤操作： 1. 点击坐标轴右边的 T 按钮（图 3 ），在下拉菜单中选择 Change displayed parameter range 图 3 2. 打开调节坐标轴范围的对话框（图 4 ），在其中输入合适的范围， Min 为坐标轴的最小值， Max 为最大值图 4 3. 在修改坐标轴范围的时候，输入数值后，点击 Apply 按钮查看调整后的效果，如果效果不好，再重新输入数值，直到达到理想效果后（如图 5 ）再点击 OK 按钮图 5 三、对于已经在 Accuri C6 上进行过荧光补偿的数据对于在 Accuri C6 上进行过荧光补偿的数据， FlowJo 会默认对其进行双指数转换，并且双指数转换中 Positive decades 的默认值为 4.5 ，而 Accuri C6 的 Positive decades 值为 7.22 ，因此会导致在流式图上会显示出细胞群的压缩（如图 6 ），这种情况下不便于设门而且流式图的效果也不好。图 6 此时我们可以将双指数转换中 Positive decades 值调为 7.22 。具体方法是：点击 T 按钮，在下拉菜单中选择 Change transform values ，打开 Set Transform Values for 对话框，将 Positive decades 值调为 7.22 （图 7 ）图 7 调整之后，流式图中的细胞群显示正常，位于流式图的中央，便于设门，如图 8 所示图 8; 个人分类: FlowJo使用|24983 次阅读|4 个评论

2011 FlowJo Taiwan Workshop: FlowJo 2011-9-13 08:05; 2011 FlowJo Taiwan Workshop 的行程安排; 个人分类: FlowJo 会议及讲座安排|2306 次阅读|0 个评论

FlowJo 培训讲座 2010 之七－－台湾大学医学院: FlowJo 2010-3-29 11:01; FlowJo Data Analysis Seminar When: 2:30p.m-4:30p.m Mar 30th, 2010(Tuesday) Where: Conference Room 202,National Taiwan University College of Medicine FlowJo Data Analysis Seminar FlowJo basic and advanced training seminar Tips and tricks of FlowJo data analysis Powerful timesaving batch and template tools Compensation and bi-exponential transformation Special platforms: Cell Cycle, proliferation, multigraph overlay, backgating, movie... Seminar presented by Qianjun Zhang , Application Scientist, Treestar Inc.; 个人分类: FlowJo 会议及讲座安排|3120 次阅读|1 个评论

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