刚应邀在 NCI (国立癌症研究所)作了一场报告,报告的内容是如何借鉴中医的策略来开展癌症的系统生物学研究,主要谈了两点 中医辨证策略在疾病分型上的应用前景和基于中医整体调节的疾病干预新模式。马上还要在 NCI 开两天的植物药发展的策略性讨论会,所以就只能在 DC (华盛顿特区)附近呆着,当然也借机会把几个历史和艺术博物馆再看一遍。看来美国 NIH (国立卫生研究院)以及一些高校对中医药在近年来产生了浓厚的兴趣,记得去年 6 月的时候我(最后一次代表上海交通大学)出席了美国 NIH 举办的中医药研究的圆桌会议,中方派了 5 位专家,美方也派出了一批植物药和替代医学研究方面的科学家进行了两天的讨论,圆桌会议的第一天美国卫生部长和 FDA 的 Commissioner 都出席了,两人分别谈了一通对中医药及其重要性的认识。除去政治上的因素,还是可以看出美国的官方卫生研究机构对东方的医学思想关注有加 尤其是在当今主流医学对复杂性疾病难以取得突破性进展的研究状况下。 中医是个极具争议的话题。前两年出现了中医是否科学的大辩论,甚至有人提出了要废除中医。作为一名科研人员这些年来我一直认真拜读反方的代表性文章。我曾经在给上海交通大学的药学本科生上课时把学生分成两派进行中医药废存的争论,这批药学功底扎实、极富辩论才华的学生在课上互不相让,把两种观点碰撞得火花四溅,给我留下了深刻的印象。其实理性的学术辩论是正常的,我们在思考和争论中获得进步,正如 方舟子 先生在他的《科学大争论:不变的是科学方法》中说的那样,科学研究充满了争论。涉及的科学问题越是重大,引发的争论往往也越激烈。科学界可能是最好战、最不宽容的一个共同体。 要思考中医是否科学性的一系列问题,我觉得我们不妨可以把问题问得更深一点,我们要问医学本身是否是一门科学?经典的回答是 Webster 大辞典上的定义,医学是 the science and art dealing with the maintenance of health and the prevention, alleviation, or cure of disease ,也就是说医学不仅仅是一门科学,医学还包含了人文的因素。医学是与人类文明的发展同步的,所以我们今天的东西方医学思维上的差异很大程度上是根植于东西方文化发展上的差异。 中医是一种经验,其医疗实践是基于经验的主观推测,关注的是个体化特性 具有不可重复性;而现代科学方法强调客观性、可测量性和测量上的可重复性。因此从这个意义上说中医自然是不科学的。如果谁站出来说中医是一门科学,他要么不懂中医,要么不懂科学!但我们更应该问的是为什么基于现代科学的医学研究始终攻不下人类几个重大疾病呢?是否这个科学本身有着缺陷呢?是否科学的发展必须按照其原有的程式进行的呢? 科学的源头是古希腊的自然哲学,古希腊哲学家对自然现象提出了很多假说,但这些符合逻辑的假说有很多版本,大家莫衷一是。直到文艺复兴时期,人们才达成共识 - 通过做实验来验证假说,譬如伽利略提出的 计量一切可以计量的的实验原则迄今还在我们的科研中得以沿用 。一旦确立了实证方法,自然哲学就变成科学了。 刚在网上看了 武夷山 老师的一篇《物理学与世界观》的博文,其中介绍了题为 Trapped in a world view 文章中的一个观点 人们对自然规律的理解上其实还是有文化差异的。文中说 操阿尔冈昆语的人群持这样的世界观:世界是滚动、变动着的,实体涌现出来,又折返回世界的流动中。这正好引出我想在这个博文中表达的一个思想 科学在医学领域的发展可能会融入新的元素。现代科学(思想和方法)对物质世界的还原分析是空前成功的,但对于复杂性系统也许不是最合适的。道理很简单,因为复杂系统(譬如我们的身体、头顶上的天气)的运行是非线性的,它的每一个运行状态都是不可重现的,正如 古希腊 哲学 家赫拉克利特 说的人不能两次踏入同一条河流。对于人体和疾病,我们在科学地测度其物质基础的同时,更关键的是要认识物质的变化和物质之间的相互关系,而宏观地把握系统的整体运行特性和捕捉变化中的共性将是研究的核心所在。要达到这个目的,我们的研究策略和方法都将面临着很大的调整。科学应是发展的,科学从西方来,但在生命科学研究中,东方文化或许有更接近于生命本质的思维和理解方式,现代科学是否会在东方的国度得到进一步发展和更新将是我们很多学者十分关心的一个问题。 我们常常赞叹人类的科学知识和力量之伟大。抬头仰望星空,我们知道人类的科技已经越出地球,远达太阳系的边缘,而我们的天文望远镜已经穿越茫茫宇宙,在探测多少光年以外的恒星和黑洞的变化。但你有没有想过这么一个小问题 - 明天这个时候我们头顶上是否会下雨、什么时候下,我们的天气预报好像还没有农村里某一个毫无科学知识的老农说得更准确些。难道经验不重要么?
随着对网络性质的物理意义和数学特性的深入研究,人们发现许多实际网络都具有一个共同性质,即社区结构。也就是说,整个网络是由若干个社区或组构成的。每个社区内部的结点间的连接相对非常紧密,但是各个社区之间的连接相对来说却比较稀疏 。揭示网络的社区结构,对于深入了解网络结构与分析网络特性是很重要的。如社会网络中的社区代表根据兴趣和背景而形成的真实的社会团体;引文网络中的社区代表针对同一主题的相关论文;万维网中的社区就是讨论相关主题的若干网站 ;而生物化学网络或者电子电路中的网络社区可以是某一类功能单元 。发现这些网络中的社区有助于我们更加有效的理解和开发这些网络。 在复杂网络社区结构划分的研究中,社区结构划分算法所要划分的网络大致可分为两类,一类是比较常见的网络,即仅包含正联系的网络(网络中边的权值为正实数);另一类是符号社会网络,即网络中既包含正向联系的边,也包含负向联系的边。因此划分网络中社区结构的算法相应分为两大类,而对于第一类网络又提出了许多不同的社区结构划分算法,划分第一类网络社区的传统算法可分为两大类,第一类是基于图论的算法,比如K-L算法 、谱平分法 、随机游走算法 和派系过滤算法 等;第二类是层次聚类算法,比如基于相似度度量的凝聚算法 和基于边介数度量的分裂算法 等。最近几年从其他不同的角度又提出了许多划分第一类网络社区结构的算法,大致可划分如下:基于电阻网络性质的算法 、基于信息论的算法 、基于PCA的算法 和最大化模块度 的算法 等。对于符号网络,Doreian和Mrvar提出了一种利用局部搜索划分符号网络社区结构的算法 ,且Bo Yang等提出一种基于代理的启发式划分符号网络社区结构的算法(FEC) 。 尽管复杂网络的社区发现问题得到了大量的研究,但还存在一些尚未解决的基本问题,如社区概念虽然大量使用,但却缺少严格的数学定义;大多数社区发现算法虽然性能优越,但所需计算量却很大。这说明复杂网络中社区发现的研究还需要付出大量的努力。 关于复杂网络社区发现问题更加系统深入的最新进展情况请看2009长篇综述文章 Community Detection in graphs by Santo Fortunato (arXiv:0906.0612) 参考文献 Girvan M, Newman M E J. Community structure in social and biological networks . PNAS, 2001, 99(12): 7821-7826. Newman M E J. Fast algorithm for detecting community structure in networks . Physical Review E, 2004, 69(6): 066133. Fell D A, Wagner A. The small world of metabolism . Nature(Biotechnology, 2000, (18): 1121-1122. Pool l, Kochen M. Contacts and Influence . Social Networks, 1978, (1): 1-48. Milgram S. The small world problem . Psychology Today, 1967, (2): 60-67. Kernighan B W, Lin S. An efficient heuristic procedure for portioning graphs . Bell System Technical Journal, 1970, 49: 291-307. Fiedler M. Algebraic connectivity of graphs . Czechoslovak Mathematical Journal, 1973, 23(98): 298-305. Pothen A, Simon H, Liou K P. Partitioning sparse matrices with eigenvectors of graphs . SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications. 1990, 11(3): 430-452. P. Pons and M. Latapy. Computing Communities in Large Networks Using Random Walks . Computer and Information Sciences. 2005,284-293. G. Palla, I. Derenyi, I. Farkas et al. Uncovering the Overlapping Community Structure of Complex Networks in Nature and Society . Nature,2005 435(7043): 814-818. G. Palla, I. Farkas, P. Pollner, I. Derenyi et al. Directed network modules . Phys. New. J, 2007,186. Tyler J, Wilkinson D, Huberman B. Email as spectroscopy: Automated discovery of community structure within organizations . International Conference on Communities and Technologies, 2003, 81-96. F. Radicchi, C. Castellano, F. Cecconi et al. Defining and identifying communities in networks . Eur. Phys. J. B, 2004, 101: 2658-2663. Wu F, Huberman B A. Find communities in linear time: A physics approach . Euro. Phys. J B, 2003, 38: 331-338. Rosvall M, Bergstrom C T. An information-theoretic framework for resolving community structure in complex networks . PNAS, 2007, 104(18): 7327-7331. Chonghui Guo, Liang Zhang. An Analysis Method Based on PCA for the Community Structure in Complex Networks . Operations Research and Management Science, 2008, 17(6), 144-149. Newman M E J, Girvan M. Finding and evaluating community structure in networks . Physical Review E, 2004, 69 (2): 026113. Clauset A, Newman M E J, Moore C. Finding community structure in very large networks . Phys. Rev. E, 2004,70: 066111. Duch J, Arenas A. Community detection in complex networks using extreme optimization . Physical Review E,2005,72: 027104. R. Guimer and L. A. N. Amaral, Functional cartography of complex metabolic networks . Nature, 2005, 433: 895-900. A. Medus, G. Acua, and C. O. Dorso. Detection of community structures in networks via global optimization . Physica A, 2005, 358: 593-604. J. Reichardt and S. Bornholdt. Statistical Mechanics of Community Detection . Phys. Rev. E, 2006, 74: 016110. Newman M E J. Finding community structure in networks using the eigenvectors of matrices . Physical Review E, 2006, 74(3): 036104. P. Doreian and A. Mrvar. A Partitioning Approach to Structural Balance . Social Networks, 1996, 18(2): 149-168. Bo Yang, William K. Cheung, and Jiming Liu. Community Mining from Signed Social Networks . IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering. 2007, 19(10): 1333-1348.
关于差异的哲学概念 推荐 下载阅读CAJ格式全文 下载阅读PDF格式全文 【英文篇名】 On the Philosophy Concept of Discrepancy 【作者中文名】 乌杰 ; 【作者英文名】 WU Jie ; 【作者单位】 中国系统科学研究会 北京10081 ; 【文献出处】 系统科学学报 , Chinese Journal of Systems Science , 编辑部邮箱 2008年 02期 期刊荣誉:ASPT来源刊CJFD收录刊 【摘要】 1引言差异存在于一切客观事物系统及思维的过程中,并贯串于一切过程的始终。这 是不同于互相排斥、互相对立的矛盾的基本点。恩格斯讲:同一性自身包含着差异性,这一事实在每一个命题中都表现出来。(见《马克思恩格斯选集》第三卷。 人民出版社,1972年版,第537页)。恩格斯讲:两极对立在现时世界中,只是在危机时期才有。非此即彼是越来越不够了。(见《马克思恩格斯全 集》第20卷。人民出版社,1956年版,第554-555页)。否认事物系统的差异,就是否认了一切,就是否认世界上所有的存在,这是粗浅共通的道理, 古今中外,概莫能外。2差异的普遍性黑格尔讲:同一过渡为差异,差异又过渡为对抗。(见黑格尔《逻辑学》下册,人民出版社,1974年,第64-65 页)。以及他的反思规定的同一差异对立矛盾的公式。这里的同一,应该是宇宙大爆炸前的起始点奇点;就是奇点的状态,就是奇点的零 时空,也就是量子引力时代的虚时空。在奇点内聚集了450多种的粒子和这些粒子所携带的四种基本力(引力、强力、电磁力、弱力),这是原始粒子所带来的原 始差异,可以称为自在的差异,也是奇点的差异。这些差异引发的随意量子涨落、放大效应,... 【引用地址】 In this paper,based on the theouy of systen dialectic,the uniuersality and specialigation of discrepancy ane disussed respectively. 关于差异的哲学概念 从 系统科学学报-CNKI 作者: 乌杰; 【DOI】 CNKI:SUN:XTBZ.0.2008-02-001
http://ckrd.cnki.net/grid20/GetInfoByDOI.aspx?DOI=CNKI:SUN:XTBZ.0.2008-02-010 复合生态系统自组织特征分析 推荐 下载阅读CAJ格式全文 下载阅读PDF格式全文 【英文篇名】 Analysison on Characteristics of Compound Ecosystem of Self-organization 【作者中文名】 秦书生 ; 【作者英文名】 QIN Shusheng(Research Center of Science ; Technology and Society ; Northeastern University ; Shenyang 110004 ; China) ; 【作者单位】 东北大学科技与社会研究中心 辽宁沈阳 ; 【文献出处】 系统科学学报 , Chinese Journal of Systems Science , 编辑部邮箱 2008年 02期 期刊荣誉:ASPT来源刊CJFD收录刊 【关键词】 复合生态系统 ; 自组织 ; 可持续发展 ; 【英文关键词】 compound ecosystem ; self-organization ; sustainable development ; 【摘要】 自组织的生态自然观,是根据自然科学提供的事实材料进行概括、提升到哲学层次的 一种生态哲学观点。复合生态系统自组织特征包括:动态演化特征、非线性特征、自反馈特征、循环再生特征、协同共生特征。动态演化是复合生态系统自组织有序 之源。非线性是复合生态系统自组织的内在动因。自反馈是复合生态系统自组织运行的基本方法。循环再生是复合生态系统自组织运行的可靠保证。协同共生是复合 生态系统自组织运行的必然要求。 【英文摘要】 The natural view of the self-organization and ecology offer guidance view of global and method for sustainable development.To carry out sustainable development strategy is beneficial to promote operation of self-organization of compound ecosystem.Characteristics of Self-organization of compound ecosystem include: mechanism of the evolution of flow,characteristic of nonlinear,mechanism of self-fleedback,characteristic of circulation and renaissance,characteristic of synergy and symbiosis. 【DOI】 CNKI:SUN:XTBZ.0.2008-02-010