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痘病毒重组狂犬病疫苗对猫的持续免疫效果: 热度 6 yanjx45 2013-6-10 09:47; 以金丝雀痘病毒为载体的重组狂犬病疫苗在猫中持续免疫效果的研究目前动物和人的狂犬疫苗的效果都很好，但是狂犬病仍然是一种主要的人畜共患病。预防犬和猫的狂犬病是降低这种严重的致死性疾病在人群中传播危险性的重要手段。大多数兽用疫苗都是含佐剂的灭活疫苗，能提供一到四年的持续性免疫。为了研究不含佐剂的疫苗在猫体内的安全性，特别研制了一种以金丝雀痘病毒为载体的不含佐剂的猫科动物用狂犬病疫苗，进行持续性免疫效果的研究。目的在于评估基于初次接种、一年后再接种、然后每三年加强接种一次的接种程序的合理性。血清阴性的猫在 12 周龄时免疫接种，一年后再加强免疫一次。这种免疫程序引发了强烈和持续性的抗体反应，所有免疫后的动物在接种 3 年后在抵抗强毒的狂犬病毒攻毒时均能得到有效保护。这一结果证明，以金丝雀痘病毒为载体的无佐剂重组疫苗，按照一个完整的基础免疫程序即 12 周龄进行初次免疫、一年后加强免疫一次，能提供三年的持续免疫。; 个人分类: 狂犬病防治|6508 次阅读|11 个评论

对H7N9重组学说的思考: 热度 4 gaoshannankai 2013-4-13 06:17; 近期H7N9研究又集中到了病毒重组老调重弹啊，估计病毒领域至少玩了30多年了。好像有组人马，把数据分析了一下，还想发nature。据说被退了，还好，nature还是有眼光啊。首先，校正一下，流感RNA病毒不叫重组，叫重配（reassortment），重组是DNA level上的概念，重配很好理解，就是重新分配。当然非要叫重组也说得过去。流感病毒结构简单，就那么几个RNA序列，从鸟类病毒拿个头，再从猪病毒里面拿个屁股，就组成新的了。有那么简单么？首先，检测方法就有问题，现在来看只有通过高通量的手段，特别是深度测序，才能够说是否发生了重配，因为重配和共感染（co-infection）必须通过高灵敏度的手段区分。我们在研究很多重配数据时候，发现很多结论都是基于PCR等非高通量实验手段获取的数据，结论根本不严密。这么来说，你看到了鸟的头和猪的屁股，你就说发生了重配；你怎么证明没有鸟的屁股，和猪的头，如果都有，怎么办? 是重配还是共感染。即使是高通量测序，我们的取样还是来自一组序列，测序得到的仅仅是占dominant的consensus序列，说白了，也就是个大多数代表了极少数。这个中国人最好理解，因为我们小老百姓经常被代表，代表的是表叔，他就是中国人民所以你必须保证足够的深度，同时加上很好的数据处理和统计手段，否则很难说清楚。最理想的就是单细胞，单分子测序。; 2808 次阅读|18 个评论

中国情报学重组工作进展 2013-03: 热度 1 bfzhao2001 2013-4-2 20:05; 近期和包老师等一起做了一点情报学重组的工作： 1、《情报杂志》明确将英文Intelligence对应的经典情报学范畴（军事情报、外交情报、安全情报、公安情报、经济情报、科技情报等）作为选题范围，欢迎各界情报学人士向该刊投稿。 2、召集了部分情报学专家就情报学的重组问题进行初步商议，大家都提出了宝贵的意见，尽可能地做了部分推进工作。 3、一些纲领性的情报学文章将陆续在《情报杂志》发表，欢迎经典情报学界各位同仁积极提出反馈意见。 4、进一步的重组工作将继续展开，尽管这些工作困难重重！; 个人分类: 情报学|1771 次阅读|2 个评论

修订：重组中国情报学正在行动！: 热度 2 bfzhao2001 2013-3-3 18:42; 如果中国情报学连自己的学科都无法重整旗鼓，那说明中国的情报学还不成熟！空谈误国，中国情报学重在行动；脱离图信学，回归国家军事外交安全公安经济科技各个情报领域，正本清源，为国谋略！得道者多助，中国情报学大有可为！如果哪一天，中国情报学有了朗朗乾坤，我的目的达到了！; 个人分类: 情报学|2210 次阅读|2 个评论

铁道部重组应该慎行: 段伟文 2013-2-22 02:13; “改革是个好东西”，但怎么让改革成为好东西还真是不容易。且不说为什么要搞大部制，或者说究竟什么是大部制、大部制在什么样的行政架构下运行等等——决策层似乎也未必清楚；问题是在概念都不一定清楚的情况下，本只应该拿群众团体或文化这些风雅的部门试点，现在却传出以铁道部重组为突破口，乍一想铁老大早该给他改个底朝天，细一想这么一痛快未必靠谱。政治最终是实用主义，越是风险大的越要保守些。纵观世事，大刀阔斧往往不过呈一时之快，谨小慎微却总能事缓则圆。虚的不讲了，铁路是的巨大的复杂的系统工程，每一个部分与整体的整合，各个部分的接口等等必须保持其整体性与连续性。不要简单的把铁路说成政府部门或者企业，而是要想想这是中国的铁道部，世界上还有第二家吗？它的功能离开了中国的国情你怎么去跟别人比？去跟美国比、日本比、印度比还是跟瑞士比？铁道部的低效率当然与其大一统的系统有关系，但这既是整个体制架构所决定的，也跟中国的地域与当下人口流动对铁路的要求分不开。大道理不讲了，或者说实际上很多大道理不一定切近实际，必须认识的一个小道理是铁路建设与运输是一个复杂的知识工程。从知识管理的角度来看，铁道工程知识与管理知识大多是与具体运作的人相关的，他们的经验与在经验中形成的所谓默会知识是整个工程得以安全运行的关键。打个比方，将来改革了，如果在铁路运行管理中遇到了某个特殊的问题，原来负责的人重组到别处了，如何让那些人把他们的经验或知识主动地传递给后面的人。更重要的是，把铁道部这个大机器拆了，能不能有一个更可靠的机器去替代它。对于国家来说，铁道部有点像学习不太好的初高三的孩子，怎么让他考出理想的成绩，老师和家长如何监管是需要一点艺术的。在一个不成熟的社会，国家和个人都如同青春期的孩子，需要有人哄着，说你还不错，有进步，只要努力，前途一定一片光明。在青春期的国家，最好的共同成长的秘诀是每个人多准备些高帽子，然后互相戴，让大家在相互恭维的快乐中找到自新的信心——不成熟的人群最需要的可能是巧妙的表扬或说高明马屁而不是尖刻的批评或深刻的思想——这就是相互取暖、共举时艰之道。这是由人性加国民性决定的。（关于此方面的谬论见文后“外一篇-互为老子和儿子的不成熟年代”）高铁使中国踏上了高速时代，但每个人在心里最关心的是它的可靠性。保障铁路在前所未有的高速运行情况下的可靠性是改革必须优先考虑的，在某种程度上甚至在比用好纳税人的每一分钱更重要。为可靠性计，铁道部重组应该慎行——多花点时间研究，制定一个不那么操之过急的路线图和时刻表。你不能总不能因为儿子考不上二本就跟他断绝父子关系吧，只管多表扬些，没准上高职的孩子比隔壁上哈佛的还有出息也未可知。早年间，老北京都知道，不少菜鸟级的骆驼祥子在三伏天被痛快的大碗茶给噎死了。改革不是大碗茶，而是功夫茶;谋万世太平，岂在一时之功。外一篇：互为老子和儿子的不成熟的年代要解决当下的很多问题，还真不能像更年期的父母对高三成绩不好的孩子那样瞎着急。认真想想，所谓发展中国家如同青春期的孩子的意思是什么呢？那就是大家都不成熟，什么叫不成熟啊？就是看到公共卫生间里的手纸就会情不自禁地多扯一点放兜里，这是不用手纸的过去或每个公共卫生间都有手纸的未来不会发生的现象。我们究竟生活在一个什么样的时代呢？每个人都有不同的看法，赚得盆满钵满三妻四妾的心里挺美但半夜常常会喝咖啡催眠，没赚到的当然是戾气填膺。如果超越点，打个荒唐的比方，如果能将这个时代界定为互为老子和儿子的不成熟的年代，大家也许会找到一条走向成熟的路。什么是互为老子和儿子呢？就是人们常说的换位思考，那就是国家可以把人民当孩子，人民同时也把国家当孩子，干部可以把群众当孩子，群众也可以把干部当孩子。这想法来自我小时候跟一个叫刘律的同学的发明。那时候，我们发现同学们经常为了相互声称是对方的爹而发生冲突，我们就想如果互为爹不就没矛盾了吗，当然前提是姑且不论他妈的意见。再后来在英国听人讲圣经，就发现圣父对圣子还是挺不错的，啥事老子都会帮儿子罩着，不像中国皇帝老是什么为了证明“君叫臣死臣不得不死”的合法性，编造出什么“父叫子亡子不得不亡”，都像高宗对岳飞、李靖对哪吒，这还能叫老子吗？幸亏大多数父母对孩子还是本着圣父对圣子的情怀。因此，如果在一个社会还没有成熟的时候，也就是相互之间还有老子与儿子之分的不成熟的年代，互为父母或者说互为孩子，不失为一条走向成熟的康庄大道。这样一来，大家都有一颗耶和华对耶稣似的红亮的心。有人一定会问，成熟的社会是什么样社会呢？那就是互为爹久了，大家发现彼此都长大了，不再需要爹妈给信心，国家与人民，干部与群众彼此也就成了兄弟了，最后就从家长作风(paternalism)嬗变为伙伴关系（partnership）了。到了都是咱哥们的时候，大家就生活在成熟年代了。政府是咱哥们，干部是兄弟，人民是连襟，群众是表兄，互相打打闹闹不亦乐乎，谁还会在乎谁是谁爹谁是谁孩子。那时候就是父子合体的时代，但离弥赛亚或自由人的自由联合还有点距离，因为只能做到二位一体，离圣父、圣子、圣灵三位一体或天下大同且合而不同还有那么一段路要走。还是回到当下这不成熟的时代。为什么要彼此互为爹呢？这是因为大家都是迷途的羔羊，都需要一种父母的爱来相互鼓励与帮助。本可以从弗洛伊德或荣格那里找点理论依据，但实话告诉你，理论依据一般都是鬼扯，所有的与人有关的观点的论证无一不是——因为这样所以这样，或者说，因为要证明这个观点所以要这样证明。四人帮的梁校天才们把这点讲得最透彻，就是主题先行，什么内容、形式、逻辑、历史都是主题的小媳妇。那咱就回到主题，当下的社会要走向成熟，就得制造一些没来由的信心，就像一些西方人那样，孩子会 1+1=2 也得夸他是天才，因为至少不是白痴。试想想，把一个调皮捣蛋的孩子送到工读学校还是天天想办法表扬他发现他的优点，哪个结果更好？再做一个思想实验，在两个山洞里各有一群混蛋，一个互相揭露对方的无人性，另一个彼此发现义气与人性，最后结果会如何呢？实际上，就算不拿青春期的孩子打比方，每个人都是俗人，难免做些俗事。那么拯救之道何在？那就是每个人都喜欢人给他戴高帽子，这恐怕是俗人喜欢的俗事中危害最不大的了。罗曼罗兰说什么来着，真正的光明，不是没有黑暗的时候，只是不会永远被黑暗所遮蔽；真正的英雄不是没有卑下的情操，只是不会永远被卑下的情操所控制。那么怎么摆脱卑下的情操呢？固然偶尔有通过深刻的自我反省而幡然顿悟者，但那多半要么对人特别是对己已造成无可挽回的恶果，要么是八宝山前眼里落下的小雨滴，真正靠自我悔悟而转成大器者大多是伟人的传说或名人传记中的叙事。对于大多数人来说，最大的本性是懦弱，而其中最体现人性的懦弱的是对自己可以变好没有信心，这就需要其他人的鼓励。美女是在欣赏的目光中变成美女的，或者说没有色鬼就没有美女。在一个太多人都很混蛋的社会或者说混蛋抓不完的社会，只能先放下对混蛋的评判、批评或处罚，采取相互哄的办法，让大家都看到变好的希望。国家得哄着人民，人民也得哄着国家，群众得哄着领导，领导得哄着群众，这样大家才少些情绪化，少些逆反，慢慢的才能变好点、转白点，对自己的评价也越来越有自信，最后才能慢慢的听得进稍微客观的话，并对照着慢慢改进。如果群众觉得自己是父母，国家是孩子，就应该更耐心些、更宽厚些，孩子再不好也是自己的。反过来，如果国家觉得自己是父母，也是类似。鬼扯了这么多，突然想到表扬也是一门艺术，弄得不好会惯坏孩子，其中怎么拿捏还真是门学问。如何在捧与谏之间找到一种平衡，是魏征们真正的高明之处，究竟是捧而谏之，还是谏而捧之，真的是玄之又玄、妙之又妙啊。; 个人分类: 纵论|161 次阅读|0 个评论

[转载]演化: zhangqw 2013-2-15 13:04; 百科名片 http://baike.baidu.com/view/712348.htm 演化演化又称进化，指生物在不同世代之间具有差异的现象，以及解释这些现象的各种理论。演化的主要机制是生物的可遗传变异，以及生物对环境的适应和物种间的竞争。自然选择的过程，会使物种的特征被保留或是淘汰，甚至使新物种诞生或原有物种灭绝。现今生物学家认为，地球上的所有生命，是来自30多亿年前形成的共同祖先，之后生物持续不断的演化。直到今天，世界上现存估计大约有13,500,000个物种。与演化思想密切相关的新兴交叉学科还有：演化证券学、演化金融学、演化经济学等。目录汉语词语生物学名词基因遗传基因变异基因机制演化历程演化结果展开汉语词语生物学名词基因遗传基因变异基因机制演化历程演化结果基本信息【词目】演化【拼音】 yǎn huà 【基本解释】指生态的群落或自然群落的逐渐进化详细解释 1. 推广教化。唐骆宾王《上兖州崔长史启》：“是以佐龟阴而演化，务肃百城升值成就空间一般会显现出山峰与山谷。” 前蜀杜光庭《孟彦晖西亭子南北斗醮词》：“伏闻大道孕灵，天尊演化，乘机诞瑞，命世降贤。”《景德传灯录·子比丘》：“以僧伽棃衣密付斯多，俾之他国，随机演化。” 2. 演变。胡适《国语文法概论》：“国语是古文慢慢的演化出来的；国语的文法是古文的文法慢慢的改革修正出来的。” 柯岩《奇异的书简》五：“这些论文……为理解这类星体的演化，找到了新的规律。” 编辑本段生物学名词概念解释演化的理论为演化论，虽然以用进废退理论著名的拉马克，是最早把演化建立为一门学问的生物学家之一。但是达尔文与华莱士所提出的物竞天择与适者生存等观念，才是后来的生物学家接受的理论。在达尔文的《物种源起》一书中，天择第一次被提出作为演化的机制。始祖鸟复原模型由于演化的观念与宗教信仰，尤其是人类起源的观点有所冲突，因此导致从达尔文时代至今，持续不断的宗教、社会与哲学层面的诸多争议。近年来出现整合生物学各分支学门，以研究生物演化的现代综合理论。例如种系发生学（phylogeny），应用了生物化学与分子生物学的 DNA 序列和蛋白质序列分析，和古生物学的化石比较等方式，研究物种演化史与物种之间的关系；以及以数学模式描述演化动力影响下，等位基因分布和改变的群体遗传学。此外演化还衍生出演化发育生物学、系统分类学与人类演化学等学门。现今生物学家所了解的演化过程，已经能够总结成演化时间表。概述演化又称进化，在生物学中是指族群里的遗传性状在世代之间的变化。所谓性状则是指基因的表现，这些基因在繁殖过程中，会经由复制而传递到子代。而基因的突变会使性状改变，或者产生新的性状，进而造成个体之间的遗传变异。新性状又会因为迁移或是物种之间的水平基因转移，而随著基因在族群中传递。当这些遗传变异受到非随机的自然选择或随机的遗传漂变影响，而在族群中变得较为普遍或稀有时，就表示发生了演化。自然选择能使有利于生存与繁殖的遗传性状变得更为普遍，并使有害的性状变得更稀有。这是因为带有较有利性状的个体，能将相同的性状转移到更多的下一代。经过了许多世代之后，性状产生了连续、微小且随机的变化，自然选择则挑出了最适合所处环境的变异，使适应得以发生。相对而言，遗传漂变会使性状在族群中的所占比例产生一些随机的变化，来自一些使个体能古代大陆间有陆桥连结够成功繁殖的偶然因素。物种是指一群可以互相进行繁殖行为的个体。当一个物种分离成杂交受到阻碍的不同族群时，再加上突变、遗传漂变，与不同环境对于不同性状的青睐，会使变异逐代累积，进而产生新的物种。生物之间的相似性显示所有已知物种皆是从共同祖先（或是祖先基因池）逐渐分化产生。以自然选择为基础的演化理论，最早是由查尔斯·达尔文与亚尔佛德·罗素·华莱士所提出，并且在达尔文出版于1959年的书籍《物种起源》中详细阐述。1930年代，达尔文自然选择与孟德尔遗传合而为一，形成了现代综合理论。连结了演化的“单位”（基因）与演化的“机制”（自然选择）。这种有力的解释以及具预测性的理论成文了现代生物学的中心原则，使地球上的生命多样性得以作统一的解释。词源英文中的“evolution”一词，起源于拉丁文的“evolvere”，原本的意思是将一个卷在一起的东西打开，也可以指任何事物的生长、变化或发展。包括恒星的演变，化学的演变，文化的演变或者观念的演变。自从19世纪以后，演化通常用来指生物学上，不同世代之间外表特征与基因频率的改变。达尔文并未对“evolution”下过定义，在1859年出版的《物种起源》第一版中，也并未使用“evolution”这个字。当时达尔文是使用“经过改变的继承”（descent with modification）、“改变过程”（process of modification）或是“物种改变的原理”（doctrine of 脊椎动物同源构造的相互比较 the modification of species）等。evolution这个字在当时生物学上的意义，指的是胚胎发育的过程，并且在当时的一般用语中具有“进步”的意含，而达尔文反对将“进步”之类的用语来描述生物改变的过程。他曾在《物种起源》第7章中说：“（天择）的最后结果，包括了生物体的进步（advance）及退步（retrogression）两种现象”。而后来包括达尔文在内，之所以改用evolution来描述生物演化现象，是经由英国哲学家赫伯特·史宾赛在许多著作里进行的名词统一。（1）进化与演化原本中文对“evolution”这个字有两种翻译。“进化”一词是来自日语（日制汉语）。而严复则是最早反对使用“进化”的人之一，后人在《天演论》书尾的名词表中写到：“evolution一词，严氏译为天演，近人撰述多以进化二字当之。赫胥黎于本书导言中实尝有一节，立evolution之界说；谓为初指进化而言，继则兼包退化之义。严氏于此节略而未译，然其用天演两字，固守赫氏之说也”。也就是说，严复主张以“ 天演 ”取代“进化”。根据台湾教育部所编辑的辞典，“进化”定义为生物由低级到高级、由简单到复杂的发展过程，并将“退化”定义为进化的反义词。而“演化”则定义为生物物种为了因应时空的嬗变，而在形态和与行为上与远祖有所差异的现象。目前中文对于如何翻译“evolution”仍有争议。支持使用“演化”的学者认为，演化在字面上的意义比较中性，能表达连续与随机的意义；进化则带有“进步”的含意。而且由于汉语中“进”与“退”是代表相反意义的两个字，因此若使用进化，则在逻辑上不易将“退化”定义为进化的一种类型。对翻译的争论也表现了人们对进化论理解的变化，过去 “进化”多表示生物朝适应环境的方向演化，而当前多认为生物的演化是随机的，并没有进步退步之分。演化模型（1）微观演化与宏观演化演化可以依据时间长短与差异程度，分成“ 微观演化”（微演化）与“ 宏观演化”（广演化）。微观演化指几个世代中，基因频率小范围的变化，例如现今世界各地人类的差异。宏观演化指长时间的演化过程，例如人类与灭绝祖先的关系。宏观演化的历史中可能包括生物群在化石纪录中的突然出现、丢失的环节、物种长期停滞等难以解释的现象。例如寒武纪地层中保存大量化石的现象。（2）演化速率关于宏观演化的过程，有许多不同的理论，主要是用来解释化石纪录中难以解释的现象。传统的观念认为，许多微观演化的累积，经历足够时间之后便形成新物种，这样的理论称为渐变论。而渐变论又有许多形式，例如由杰伊·古尔德与尼尔斯·艾尔德里奇在1972年提出的疾变平衡论。这种学说认为物种演化是通过短时间内的快速变化来实现的，而这些发生快速变化的短暂时期又被一个个很少或者没有变化的漫长时期所分隔。根据这种学说，当物种内的部分群体被隔离后会迅速的演化， DNA结构，碱基位于中心使自己能适应新的环境。现在，大多数科学家则认为演化在某些时候可能是循序渐进的，但在另一些时候则可能十分迅速。而且这两种演化方式在地球漫长的历史中都曾经发生过。这种理论认为生物的演化历史是许多走走停停的过程，在大多数时间并没有太大的变化。而某些个体中存在关键基因（如同源异形盒），可能导致新物种迅速形成并大量繁殖，之后再恢复平衡。如此便能够合理的解释化石纪录不平均的问题。其实古尔德经常以批判渐变论的姿态出现在大众媒体，但是道金斯认为，疾变平衡论只是渐变论的一种形式。而极端的渐变论，认为演化过程是以等速进行，对于化石数量的不平均，则以“化石纪录本身并不完整”来解释。极端的渐变论，仍然经常使用在分子层次，并发展出分子时钟的观念。但是近年的研究发现，分子时钟也并非等速进行，而是在不同物种或是不同年代具有不同的演化速度。且不同的研究中，对分子演化速率的推算差异相当大。另外有一种跃进论，认为物种只需要一个世代就能够形成，且可能具有创造论与灾变论等形式。创造论与灾变论都是源自宗教，如《创世纪》与大洪水，不过现在的灾变论已将火山爆发、陨石撞击等所有来自地球内外的影响包含在内。（3）数学模式生物的变异可以量化为数字，因此也能够建立出数学模型。较早的数值分类学（numerical taxonomy）将生物的特征量化为数字，并且依照这些数字进行分类，借此找出它们的亲缘关系。现在的科学家一般认为生物型体的演化，是源自于基因的变异（基因中心演化观点）。而且由于基因突变具有一些规律性，因此复杂的演化过程，可以简化成数学模型。早期的新达尔文主义科学家使用线性的模型，例如将为每一个对偶基因定下一个“天择系数”，借此估计此对偶基因在每一世代中的基因频率。现今则多用非线性的方式分析，例如一种称为生殖成就空间（fitness landscape）的曲面图形，可以用来表达生物个体在繁殖上的能力，与其特征之间的相关性。由图形可以看出具有不同特征的生物可能同时皆有较高的生殖成就。由于这些生物的变异可以化成许多种不同的变量，因此数学上用来处理多维空间的技巧，便可应用在生物关系的分析。此外这些数学方法的优点是计算过程上相当精确，缺点是其正确性取决于人为的判断与假设。演化证据（1）古生物学与化石纪录古生物学是以生物化石为基础，以研究生物亲缘关系的一种研究。当生物个体死亡之后，它的尸体通常会经由微生物分解而腐化，使得生存痕迹消失。但有时候这些遗迹可能会因为某些因素而被保存。只要是来自古代生物造成的痕迹，或是生物体本身，都可以称为化石。化石对于了解生物演化历程而言将当重要，因为化石是较为直接的证据，且带有许多详细的资讯。在化石形成过程中，生物体外的痕迹由于快速地受到掩埋，因此不会发生风化与分解的情形。而较为常见的化石，则通常源自骨骼或外壳等坚硬部位，并经由类似铸模的过程形成。坚硬的骨骼在动物死亡之后，会因为有机物的腐败，而产生一些漏洞。将骨骼掩埋的砂石或矿物，则会经由这些漏洞侵入骨骼内部，并将其填满。这种过程称为置换作用，属于型体的保留，而不是生物体本身的以16SrRNA的基因序列所建立的种系发生树保留。也有一些化石是生物体本身，例如被冰冻的猛犸象、琥珀里的昆虫。此外，古代动物的脚印，或是植物在地底下因为温度与压力的作用而碳化，都可称为化石。不同时代的生物化石，会出现的在不同的地层中，如此便能够研究古生物之间，以及它们与现代生物之间的关系。“失落的环结”指演化过程可能出现过，却尚未发现的物种；而连接两个物种之间化石，则称为“过渡化石”。例如可能位在鸟类与恐龙中间的始祖鸟（Archaeopteryx）化石；以及最近所发现的一种具有四肢的大型浅水鱼（Tiktaalik），可能是鱼类与两栖类的过渡化石。化石纪录对于古生物的研究有所限制，因为形成化石并不容易。举例而言，软体动物身上并没有太多能够形成化石的部分，还有一些生物生存在难以形成化石的环境当中。即使化石形成之后，也有可能因为某些原因被摧毁，使得大多数化石皆是零散的状态，只有少数化石能够保持完整。而当演化上的改变在族群当中只占有少部分，或是环境变化使族群规模缩小，都会使它们形成化石的机率相对较小。此外，化石几乎无法用来研究生物内部器官构造和机制。（2）生物地理学与物种分布由于板块移动造成的大陆漂移（如南美洲与非洲），以及冰河时期前后造成的海平面高度的变化（如白令海峡陆桥），改变了陆地之间的相连性，使得一些相差遥远的地区，虽然能够在地底下挖出许多相似的生物化石，如今却因为海洋或山脉的隔离，而使现有的物种具有相当大的差异。例如在南美洲的新世界猴、美洲豹与骆马；以及非洲的旧世界猴、狮子与长颈鹿。此外，与世界上其他地方的胎盘动物相比较为原始的有袋类动物，虽已大多灭绝，但澳洲大陆却依然保留如袋鼠与无尾熊等许多有袋类。除了不同陆块之间具有这种现象之外，在大陆与其邻近岛屿，也因为曾经在地理上相连，而能够找到相似但具有变异的物种。例如台湾、中国大陆与日本的猕猴之间的差异。（3）型态比较脊椎动物五趾肢的比较，支持了脊椎动物具有共同祖先的理论。举例而言，虽然人类、猫、鲸鱼与蝙蝠的五趾肢在型态上有所差异，但是主要架构都很相似。这些“同源”的构造，适应了不同的功能，如抓握、行走、游泳与飞行。此外有一些构造在功能上相似，但却具有不同的型态。例如蝙蝠、鸟类与昆虫的翅膀；昆虫与脊椎动物的腿；章鱼与脊椎动物的眼睛；鱼类、鲸鱼与龙虾的鳍等。这类“异源”的构造，适应了相同的功能，如飞行、行走、感光与游泳。（4）发育过程　所有的脊椎动物胚胎在发育初期都非常相似，在发育的过程中，这样的相似会逐渐减少，最后形成各物种的型态。举例而言，虽然各种成熟的脊椎动物差异很大，但是它们的胚胎型态在发育初期却非常相似，腮裂仍然出现在已经没有腮的爬虫类、鸟类与哺乳类胚胎中。鱼类的二孔雀显眼又花枝招展的尾羽房心会被保留到成体，而人类的胚胎虽然也有这种构造，却会在胚胎成熟后消失。 1870年代提出胚胎重演学说的恩斯特· 海克尔，认为不同物种在同一段发育时期的差异也会显现出这些物种在演化上的亲近程度，而且这些生物演化历史的重复表现，能够出现在任何生物的胚胎发育过程。但是到了1997年，海克尔的理论正式被推翻。理察森与先前的一些研究发现，胚胎发育的型态，并不完全符合演化上的亲近程度。即使如此，现今的某些中学生物教科书依然继续使用海克尔的理论。在胚胎重演论提出直到被推翻的期间，胚胎学对于演化机制的解释并没有太大的进展。但是近年的演化发育生物学（Evolitionary developmental biology、Evo Devo）研究，将分子生物学与发育生物学等学门结合，解释基因的改变对于动物形态的控制过程。同时也发现外表差异相当大的动物之间，也拥有相同的调控基因。以及相同的基因在不同的时间与空间，具有不同的作用。这些调控动物发育过程的基因，主要为一类 Hox基因。（5）分子证据分子生物学与生物化学可以利用构成生命的各种分子，来研究生物的亲缘关系。这些分子包括了核糖核酸（RNA）、去氧核糖核酸（ DNA ）、蛋白质与醣体等。现在的科学家已经可以用机器与电脑将这些分子的碱基序列、氨基酸序列定序。研究这些序列的学门分别为基因体学、蛋白质体学。此外还有一种更为复杂的醣体学，专门分析醣类构造。基因体学透过去氧核糖核酸序列的比较，可以建立出与传统分类学大致符合的种系发生树。这种方法通常用来确认并增强分类学的研究，将其他演化证据的漏洞修补或是修正。例如人类的DNA序列与黑猩猩的差异约为1.2%，与大猩猩的差异约为1.6%，与狒狒则为6.6%，如此就能推断并量化人类与猿类的亲缘关系。此外一种组成核糖体的16S rRNA序列，也是研究亲缘关系的重要分子，这些研究导致了三域系统的出现，将真核生物、古生菌与细菌分开。蛋白质体学也支持了生物具有共同祖先的说法，因为许多生命所需的蛋白质，例如核糖体、DNA聚合酶与 RNA聚合酶，不但出现在较原始的细菌，也出在复杂的哺乳类体内。这些蛋白质的核心部分在不同生物中保有相似的构造与功能，而较复杂的生物具有较多的蛋白质次单位（protein subunit），以调控更复杂的蛋白质相互作用。生物体内有一种去氧核糖核酸片段，虽然与已知基因具有相似的四种物种形成过程的比较图序列，但是却无法发挥作用并完成蛋白质的制造。这类无用的核酸片段称为伪基因，是支持生物具有共同祖先的证据之一。它们之所以无法正常作用，是因为在演化过程中，基因突变累积过多的缘故。（6）抗药性微生物与病毒的抗药性，在医学上是重要问题，也是演化证据之一。例如金黄葡萄球菌在1943年时仍可使用青霉素（盘尼西林）治疗，到了1947年就已经发现具抗药性的菌株。1960年代改用甲氧苯青霉素，同样因为抗药性菌种的散布，使得1980年代改用万古霉素，2002年时，已发现抗万古霉素的菌种。编辑本段基因遗传生物体的遗传是发生在一些不连续性状上，也就是生物的特定特征。以人类为例，眼睛的色彩是一个是一项特征，可遗传自父母的其中一个。遗传性状是由基因所控制，而在生物个体基因组中完整的一套基因，则成为基因型。完整的一套可观察性状，可形成生物的构造或是行为，称为表现型。这些性状来自基因型与环境的交互作用。因此生物体的表现型并非完全来自遗传，例如皮肤的晒黑情况，是决定于个人的基因型与阳光的照射。每个人之所以对阳光有不同的反应，是因为基因型的差异，较显著的例子是拥有白化性状的个体，这类个体不会晒黑，且相当容易晒伤。基因是DNA分子中一些含有遗传讯息的区域，DNA则是含有四种碱基的长链分子。不同的基因具有不同的碱基序列，这些序列以编码形式形成遗传讯息。细胞里的DNA长链会与蛋白质聚集形成一种生为染色体的构造，染色体上的特定位置，则称作基因座（locus）。有时基因座上的序列在不同个体之间有所差异，这些各式各样变化型态称为等位基因（allele）。突变可使基因序列改变，产生新的等位基因。当突变发生虞基因时，新形成的等位基因可能会影响此基因所控制的性状，使表现型改变。不过单一等位基因对应单一性状的情形较少，多数的性状更为复杂，而且是由许多进行交互作用的基因来控制。编辑本段基因变异（1）突变突变是指遗传的物质发生改变，广义的突变包括染色体数目和结构变异。不过一般所说的突变，是核酸序列的改变，也就是基因突变。基因突变是产生遗传变异的最根本原因，细胞中的遗传物质（通常是脱氧核糖核酸或核糖核酸）能够经由许多方式改变，例如细胞分裂时的复制错误、放射线的照射、化学物质的影响或是病毒感染。多细胞生物的基因突变，可依照发生的细胞种类分为两种。生殖细胞突变能够遗传到下一代；体细胞突变则通常限制在个体中。基因突变可能对个体有害，也可能对个体有益，或是两者兼具。有害的隐性基因因为不会出现症状而被保留，当这些隐性基因配成对时，就可能使个体得到病变或是死亡。有一些基因虽然可能会造成病变，但是也可以使个体具有某些优势，例如带有一个镰刀型红血球疾病基因的人，对疟疾更有抵抗力。对生物个体无益也无害的突变称为中性突变，在族群中的出现频率主要受到突变机率影响。由于这些突变不影响个体的生存机会，因此大多数物种的基因组在没有天择的状况下，依然会有稳定数量的的中性突变不断发生。单一碱基对的变换称为点突变，当一个或多个碱基对插入或是最知名的已灭绝动物之一，渡渡鸟删除时，通常会使基因失去作用。转座子（transposon）是生物的基因组片段，并且在基因组的演化上扮演重要角色。它们能够移动并插入基因组中，或是取代原有的基因，产生演化上的变异和多样性。DNA复制也被认为每百万年间，会在动物的基因组中产生数十到数百的新基因。（2）重组在无性生殖的过程中，染色体上的任何一对等位基因都会一起遗传到下一代。但是对于行有性生殖的物种而言，亲代同源染色体中的等位基因，在制造生殖细胞的减数分裂过程中，会发生基因重组。这是一种不同的脱氧核糖核酸段落断裂并重新组合的过程。原核生物之间能够透过接合等方式，直接交换彼此的基因，因此重组在原核生物中也比较常见。而较复杂的动物与植物，则通常是在制造生殖细胞的减数分裂时期，因为染色体的交接（crossover）而发生重组。减数分裂重组的发生频率较低，而且排列位置较接近的等位基因，也较不易交换。因此可以由等位基因的重组率计算出基因的相对位置。此外有性生殖中的孟德尔遗传规则，能够使有害的突变被清除，有益的突变被保留。且因为具有这种清除有害突变效果，因此当一个等位基因无法进行基因重组的时候（例如孤立的 Y染色体），便因为有害突变逐渐累积，而使族群的有效族群大小（英语：effective population size、简写：Ne）缩减，这种现象称为希尔 —罗伯森效应（Hill-Robertson effect）。若是染色体逐渐退化，则称为缪勒氏齿轮（Muller's ratchet），这种现象比较容易出现在无性生殖的生物中。编辑本段基因机制遗传变异一方面经由生殖而传递到下一个世代（被称为垂直基因转移），另一方面也可以透过水平基因转移（英语：horizontal gene transfer，简写：HGT），在物种之内或是物种之间传递。尤其是细菌经常使用这种方式交换基因，最近的研究更发现可能有跨物种的水平基因转移存在。基因流（gene flow）则是指基因在生物个体之间转移。基因型（遗传因子）是产生表现型（外在表现）的根本。而表现型本身也拥有表型可塑性（phenotypic plasticity），能够在基因型未改变的状况下有所变化，并且能够遗传到下一世代。除了基因本身的改变，染色体的重新排列虽然不能改变基因，但是能够产生生殖隔离，并使新物种形成。一般来说，选择包括了“天择”（自然选择）与“性择”（性选择）。天择的主要原因是物种所居住环境的改变，包括物种之间关系的变化；性择则是物种在繁殖的需求下而产生的选择。而这些性择所留下的性状，可能会有害于个体本身的生存能力。各种选择的分类事实上并不明确，也有一些分类以天择表示所有选择作用，并分为生态选择（ecological selection）与性择。（1）基因流基因流也称为迁移（migration），当族群之间并未受到地理或是文化上的阻碍时，基因变异会经由一些个体的迁移，使基因在不同族群间扩散，这样的情形称为基因流。恩斯特·麦尔认为基因流类似一种均质化（homogenising）的过程，因此能够抵销选择适应的作用。当基因流受到某种阻碍，例如染色体的数目或是地理的隔阂，便会产生生殖隔离，这是物种形成的条件之一。族群中等位基因的自由移动，也受到族群结构的阻碍，例如族群的大小或是地理分布。虽然理想状态中族群的生殖对象完全自由且完全随机，但是现实世界中并非如此，因此地理上的亲近程度会对这些基因的移动造成庞大的影响。而且当迁移数量较少的时候，基因流对演化的影响也较低。（2）遗传漂变基因漂变指的是族群中等位基因频率在每一个世代之间的随机的变化。位在美国冰川国家公园的前寒武纪叠层石这种变化能够以数学表达，哈蒂－温伯格平衡描述了理想状态情况下（不考虑天择等因素）的数学模型。在理想状态中，后代的等位基因频率将接近随机分布。当族群规模较大，基因漂变的机率会较低；当族群规模较小的时候，基因漂变的现象较为明显。当一个少数族群从原先族群之中分离而出，且两者的基因频率有所不同，若是分离而出的少数族群与原先族群的基因无法继续交流，则两者的基因频率将渐行渐远。这种现象称为奠基者效应。例如从德国迁移到美国宾夕法尼亚的阿米什人，起源大约仅有200人，且习惯族内通婚。这个族群的埃利伟氏综合症（Ellis-van Creveld syndrome）出现频率较其他族群高。（3）水平基因转移水平基因转移（英语：horizontal gene transfer，简写：HGT），是个体将遗传物质传递到其他非本身后代个体的过程。这种机制使遗传物质得以在无直系关系的个体之间产生基因流。水平基因转移也可以经由抗原转移（antigenic shift）、基因重整（reassortment）与杂交反应（hybridisation）等现象观察。病毒能够透过转导作用（transduction）在物种间传递基因。细菌则能够与死亡的细菌合体、经由转形作用（transformation），以及与活细菌进行接合（conjugation），而获得新的基因。而新的基因则能够以质体的形式，加入宿主细菌的基因组中。杂交的现象在植物中最显著，此外目前已知还有10种以上的鸟类物种能够杂交。另外在哺乳动物与昆虫中，也有杂交的例子，只是通常杂交后代不具有生殖能力。HGT也是细菌传递抗药性的方式之一，而且有些发现表明HGT是原核生物与真核生物的演化重要机制。由于HGT的存在，使种系发生学更加复杂，也使早期物种的演化过程出现一种隐藏关系（metaphor）。遗传资讯在生殖作用之外，也能在物种之间传递。这使科学家必须在解释演化关系的时候，表达出物种的隐藏关系，并且将不同的演化历程组合。（4）自然选择由于各种基因的变异，使同一个族群中，不同个体的生存方式和繁殖方式有所不同，当环境发生改变，便会产生天择作用。之所以称为天择，是因为这种选择并非如基因漂变或基因突变一样随机，当环境改变发生时，将只有某些带有特定特征的群体能够通过这些考验。天择有一些特例，有时候被视为与天择拥有相等地位的选择方式。其中包括性择、人择等等。性择指某个个体因为比起其他个体拥有较高的繁殖机会，因此它们的基因会被保留，使后代继续保有相同的优势。人择指人类为了本身的生存或是喜好而对不同的基因变异进行筛选，通常发生在农业、畜牧业或是宠物的育种上。此外，优生学则是人类对人类所进行的筛选行为。不过人类事实上只是自然界的一部分，因此人择与并天择没有明确的分别。由于这些特殊的选择机制，导致对于生物适应环境有益的特征，并非在演化过程中一定会出现或是被保留。举例而言，拥有更多的手指对人类的生活可能会更加方便，但是这种方便几乎不会增加任何繁殖机会，甚至反而会减少。编辑本段演化历程（1）生命演化历程、地球历史和演化树对于最初始的生命起源，目前尚未明了。而且生物学的演化研究，通常不包括这段初始过程。因为这段过程牵涉到太阳系与地球的形成过程，所以对于生命起源的研究，许多是来自物理学与化学。例如1952年的一项实验中，米勒（Stanley Miller）与尤瑞（Harold Urey）以氨、甲烷、氢气、氰酸与水等分子，模拟地球的原始状态，并首次在实验室中制造出氨基酸。而近年的研究发现，作为氨基酸原料的有机分子，有可能是来自太空中，或是海底火山。而关于包括遗传物质在内的有机分子演化过程，现在科学家一般认为核糖核酸比蛋白质与脱氧核糖核酸更早出现，之后出现类似反转录酶的蛋白质，最后才有脱氧核糖核酸达尔文开创了进化论，不过这些理论的证据并不多。脂肪酸的出现则构成了原始的细胞膜，之后经由内共生等过程，形成最早的单细胞生物。（2）演化主要事件在演化过程中，有许多关键性的生物分化，配合地质时间与演化历程，能够归纳出演化时间表。目前已知的化石纪录中，最早生命遗迹是出现在约38亿年前，原核单细胞生物则出现在33亿年前。到了22亿年前，才出现最早的真核单细胞生物，如蓝绿菌。6亿年前藻类与软体无脊椎动物出现。再此之前的年代称为前寒武纪。古生代是由5亿4千3百万年前到5亿1千万年前所发生的寒武纪大爆发开始，此时大多数现代动物在分类上的门已经出现。之后海中藻类大量出现，而且植物与节肢动物开始登上陆地。最早的维管束植物在4亿3千9百万到4亿9百万年前出现。接著是硬骨鱼类、两栖类与昆虫的出现。3亿6千3百万年前到2亿9千万年前，维管束植物开始发展成大型森林，同时最早的种子植物与爬虫类出现，并由两栖类支配地球。最后爬虫类开始发展，并分化出类似哺乳类的爬虫类，随后发生二叠纪灭绝事件，古生代结束。中生代开始于2亿4千5百万年前，这时以恐龙为主的爬虫类与裸子植物逐渐支配地球。1亿4千4百万年前到6千5百万年前，开花植物出现，最后中生代结束于白垩纪灭绝事件。 6千5百万年前之后则称为新生代，哺乳类、鸟类与能够为开花植物授粉的昆虫开始发展。开花植物与哺乳动物在这段时间取代了裸子植物与爬虫类，成为支配地球的生物。可能是人类祖先的类人猿出现在360万年前，直到10万年前，现代人（学名：Homo sapiens）才诞生。编辑本段演化结果（1）适应在天择的作用影响之后，生物能够更加适应它们所处的环境。只要是能够使个体拥有更大生存优势的过程，都可以称为适应。不过需要注意的是，适应并非放诸四海皆准，在一个环境中拥有优势的特征，可能会在另一个环境中成为缺陷，这种现象也能解释为何演化并没有任何缺省方向和目的，只有适应或是不适应。即使“进步”在演化过程中并非必要，但是物种之间的竞争关系，仍能使物种在最基本的环境适应之外，进行更进一步的变化。这些竞争类似人类的军备竞赛（arms race），且能够依照物种的关系而分成两类。一种是不对称竞争，指物种受到不同条件的选择，如掠食者与猎物的关系；另一种是对称竞争，指物种受到相同的条件选择，如森林中树木对阳光的争取。此外性择也具有竞争的特性，有些物种在繁殖机会的竞争压力之下，会逐渐发展出相当奇特的外观或行为，例如鲜艳羽毛与吞食异性。（2）物种形成物种形成受到许多类型的机制影响，主要可以分成2种类型。一种是异域性物种形成（allopatric speciation），发生在族群受到地理隔离，而形成新物种的情况。例如大峡谷两侧的松鼠，由于峡谷地形的阻隔，形成两个物种。不过地理隔离不一并会使物种分化，当两个物种再度接近，有可能会产生杂交。例如台湾的白头翁与乌头翁，原本受到山脉阻隔而发展出不同型态，近年来纯种乌头翁却逐渐与白头翁交配而减少数量。同域性物种形成（sympatric speciation），是指新物种与固有物种在相同的地区生存，因为繁殖或是沟通等行为而产生生殖隔离。例如印尼的一种蝙蝠由于声音的不同，产生三个从未杂交的族群。另外还有两种较特殊的物种形成方式。边域性物种形成（peripatric speciation）介于异域性与同域性之间，指物种原先受地理隔离，之后因族群扩大而与固有物种接触，却已经形成两个物种。边域性物种形成是由恩斯特·麦尔所提出，这种理论同时支持了疾变平衡理论，且与奠基者效应有关，是小族群作为演化关键的例子。临域性物种形成（parapatric speciation）指物种虽然生存在相连的区域，但是因为交流的困难而产生新物种。最著名的现象是环状物种（ring species），例如北极圈周围的黑脊鸥（Larus argentatus）。（3）灭绝灭绝指物种或是某个分类上的族群消失，并减少生物多样性。某一物种的最后个体死亡，就是物种灭绝的时刻，即使灭绝前就已经失去了任何繁殖的可能。由于物种的潜在范围可能相当大，因此确定物种灭绝时刻相当困难。地球上曾经有过多次大规模的灭绝，其原因大多是因为环境，尤其是气候的大幅改变。其中最严重的5次，分别是奥陶纪后期（4亿4千万年前）、泥盆纪后期（3亿6千万年前）、二叠纪后期（2亿5千万年前）、三叠纪后期（2亿1千万年前）与白垩纪末期（6千5百万年前）。其中二叠纪后期的二叠纪灭绝事件，大约95%的海洋生物与70%的陆地动物消失。白垩纪末期的白垩纪灭绝事件，则因为恐龙的灭绝而著名。编辑本段演化思想史早在古希腊时代，类似演化的思想已经出现，例如阿那克西曼德认为人类祖先来自海中。到了18世纪与19世纪，就已经有许多关于生命起源来自共同祖先的观念。建立生物学的拉马克，是第一位为演化提出科学理论的科学家。而达尔文与华莱士所提出，以天择为主要机制的演化论，成为第一个具有说服力的解释。在达尔文发表著作并成名之后，有许多先前尚未发表，发展较少的类似理论被发现。此外，达尔文在当时还未知任何遗传机制，因此他无法解释为何不同世代具有不同特征。尤其当时流行子代的性状为两位亲代性状混合的概念，使得任何变异理论上似乎会逐渐消失。孟德尔发现遗传性状的分离现象，解决了原本性状混合的难题，然而一开始却受到忽略。而且原本遗传学家并不接受达尔文的天择观念，而是以突变作为演化原动力。直至20世纪，数学家罗纳德·费雪、生物学家莱特（Sewall Wright）与霍尔登（J. B. S. Haldane）才建立了群体遗传学，并与演化论结合。再加上汤玛斯·摩根、特奥多修斯·多布然斯基、朱利安·赫胥黎、恩斯特·麦尔、乔治·辛普森、斯特宾斯（G. L. Stebbins）等人的研究，又称为新达尔文主义的现代综合理论在1920年到1940年代开始成形。至于详细的遗传机制，则要等到埃弗里发现核酸为遗传物质，以及华生与克里克，根据富兰克林（Rosalind Franklin）的研究，发表脱氧核糖核酸双螺旋结构，以及分子生物学的建立之后。到了1960年代，许多生物学家开始以基因中心演化观点探讨演化过程。道金斯更认为，基因是唯一的天择单位。此外还有汉弥尔顿提出以利他行为为基础的亲属选择。与之同时，古尔德与艾崔奇对演化的速率重新诠释，提出疾变平衡论，认为生物的演化速度是长期的停滞与短暂的爆发所组合。之后演化生物学成形，并且发展出许多分支。（1）现今的研究与应用演化生物学是研究演化的主要学门，探讨物种的起源和改变，以及物种之间的亲缘关系。这些研究影响了传统的分类学，并导致系统分类学的出现。演化发育生物学（evo-devo）比较不同动物在发育过程中的变化，由此探讨它们之间的关系与演化过程。体质人类学专注于人类的起源与演化，并探讨人种的差异，又称为生物人类学。为了更深入研究演化过程与机制的细节，许多相关的分支学门产生。例如生态遗传、人类演化、分子演化与种系发生。由于生物学是奠基在其他更基础的自然科学之上，因此数学、统计学、物理学与化学对于了解演化机制也相当重要。例如为基因流、基因漂变等现象提供数学模式的群体遗传学，研究在演化动力影响下，等位基因的分布和改变。遗传算法则是应用演化与遗传的各种机制，并结合电脑的运算能力来解决许多问题。应用的层面包含工程、设计与通讯科技等。（2）演化在社会学的应用有些演化研究专注在社会性生物上，称为社会演化学。例如汉弥尔顿提出亲属选择，解释利他行为与邪恶的存在。不久之后，艾德华·威尔森出版的《社会生物学:新综合》，解释了社会性生物的各种行为，并在最后讨论套用在人类行为的可能性。 1976年，道金斯在《自私的基因》一书中，认为人类的文化也能以演化解释。他根据基因（gene）这个词，将文化的演化单位称为迷因（meme、在中文也被音译为迷米）。类似作为遗传因子的基因，迷因为文化的遗传因子，也经由复制（模仿）、变异与选择的过程而演化。社会演化学与迷因学的差异在于，社会演化仍然是一种基因中心观点，以遗传物质分子为天择单位；而迷因学则是以非基因的文化为天择单位。（3）演化在经济学的应用演化经济学是现代西方经济学研究的一个富有生命力和发展前景的新领域，与新古典经济学的静态均衡分析相比，演化经济学注重对“变化”的研究，强调时间与历史在经济演化中的重要地位，强调制度变迁。由于中国正处于经济制度变迁的历史潮流中，因此，近年来中国学术界对演化经济学的发展倾注了高度的热情。马克思是现代演化经济学的思想前驱，此后广义的演化经济学（具有演化思想的经济学）源于凡勃伦，狭义的现代演化经济学源于熊彼特和西蒙。熊彼特对创新过程的研究使演化经济学真正成为一个独立的理论分支，西蒙的理论贡献主要在于提出了“有限理性”概念，演化经济学借此概念批判新古典经济学，并将之视为自身理论框架的重要基点之一。实际上，早在1898年，凡伯伦就向经济学家们提出了，“经济学为什么不是一门进化的科学？” 马歇尔也宣称，“经济学家的麦加应当在于经济生物学，而非经济力学”。然而，演化经济学的发展却历经坎坷，到了20世纪五、六十年代，它已被绝大多数经济学家所遗忘。只是到了20世纪八十年代，演化经济学才开始被越来越多的经济学家所注意。因此，日本京都大学教授八木纪一郎认为，如果以演化思想为基础的经济学重建算是科学革命的话，那末，这种科学革命就是被推迟了一个多世纪之后才又重新开始的。　（4）演化在证券学的应用演化证券学是运用生物进化原理系统阐释股市运行机理的新兴交叉学科，是证券投资研究的一个具有生命力和丰富内涵的新领域。与现代金融学的“理性人”、“有效市场”相关假设不同，演化分析法重视对“生物本能”和“竞争与适应”的研究，强调人性和市场环境在股市演化中的重要地位，是揭示股市生存法则最有潜力的前沿科学。其开山之作《股市真面目》颠覆了股市运行机理的传统理论，可称为达尔文式的范式革命。　演化证券学的理论精髓，在于它摒弃了机械论的思维方式和理想化假设，揭示股市运作背后的生物进化逻辑，指出股市波动在本质上是一种复杂多变的“生命运动”，而不是传统经济学认为的钟摆式的“机械运动”，其典型特征包括：代谢性、趋利性、适应性、可塑性、应激性、变异性和节律性等。这就是为什么股市波动既有一定规律可循，又难以被定量描述和准确预测的最根本原因。编辑本段社会争议（1）理论与事实有时候演化会被人们强调为理论、学说或假说，而非真实。例如美国前总统里根曾在1980年的一场竞选活动中表示：“演化是一个理论，只是一个科学理论，直到现在依然在科学界中受到挑战，并且尚未被科学界认为绝对正确。”这类说法强调演化只是一个理论，所以并不是真实存在的事物。然而对科学家而言，理论并非与真实对立。真实是指经验上所得的资料或数据，理论则是对事实的解释与想法。（2）进步、复杂化与退化有些物种（如人类），常被认为是比其他的物种更高级，甚至是演化的方向与目的所在。且认为演化的过程必定会使生物愈来愈复杂，或是进行与演化相反的退化。而现在的生物学家认为演化是没有方向的过程，也没有任何预先计划的目标。虽然在已知的演化过程中，确实具有逐渐复杂的现象，但是依然有许多物种保持在较简单的状态，如细菌。因此复杂性可能增加也可能减少，或是维持不变，结果取决于天择的机制。（3）物种形成物种形成有时后被认为是无法直接观察的现象，并得出演化是不科学的结论。但是科学的发现不仅是经由可重复的实验，均变说（uniformitarianism）使科学家得以用经验来推论事物的原因。此外物种形成的例子也出现在植物。还有刺鱼（stickleback）的外胚叶发育不全（ectodysplasin）等位基因，被用来当作研究基因转变与物种形成的模型。有一种类似的观点，认为微观演化是可以观察，而宏观演化则无法观察。但是由于宏观演化的机制与微观演化相同，所以宏观演化事实上已经在微观演化中被观察。而且物种之间基因序列的比较，也显示少量的遗传变异，就可以导致外表相当大的变化。（4）熵与生命有些观点认为演化增加复杂性的情形，违反了热力学第二定律。熵是物理学上的乱度，这个定律是指在一个孤立系统中，熵只会增加或是维持不变，可以使用的自由能逐渐减少，最终反应逐渐趋于动态平衡。这种观点忽略了生态系事实上并非孤立系统，所有生态系中生物所获得的自由能，都是来自太空中，尤其是太阳。太阳、地球与太空的系统并不违反热力学第二定律，因为太阳与地球辐射所产生的自由能，远超过生物演化所需。（5）宗教与社会争议自从《物种源起》出版之后，演化论在宗教、社会与哲学层面的争议就持续不断。最大的争议，便是关于人类演化的部分，因为一神教大多是认为人类由神所亲自创造，例如《圣经》中的《创世纪》。由于演化论的出现，也导致了许多类似创造论的理论出现。例如天主教，将其信仰与演化论调和为神导演化论。而除了传统的创造论之外，也有一种称为智慧设计的理论出现，这种理论并不强调造物者是谁，只是认为生物的出现必定受到某种智慧体的安排。在美国，这种创造论与演化论的争议已经进到法院与政治层面。例如2005年的美国宾州多佛学区案中，法官判决学校在2004年开始教授的智慧设计论违反法律。以及同年美国总统布什公开赞成学校同时教授智慧设计论与演化论。另一种对于演化论的批评，对象则是社会达尔文主义，以及衍生而出的种族主义、优生学与生育控制等19世纪末与20世纪初的产物。这类思想主要是起源于哲学家与政治人物对达尔文主义的借用，例如最早提出类似理论的赫伯特·史宾赛。而演化学者中也有一些本身具有优生学与种族主义等思想，例如提出胚胎重演论的海克尔。; 2171 次阅读|0 个评论

重塑中国人文精神——写在才子文化团队重组之时: hcrm 2013-2-4 11:06; 在才子文化团队以开放式思维重组的时候，新进来的成员往往会问这样的问题：这个团队是做什么的？我时常告诉他们，我们要重塑中国的人文精神。中国传统的人文精神常被冠以“博大精深”的定语，原因是我们有五千年的文明史，基本形成了“三教共存”的文化传统，即儒、释、道三足鼎立。这三家思想洪流浸蚀了我们中国人的灵魂上千年，最终的结果是使我们越来越落后于世界，在近代一百年间徘徊不定，以西方文明的引入而结束纷争。中国人创造了五千年的璀璨文明，这一点不容否认。然而，世界在发生深刻的变化，人类对宇宙已有的认识常常被我们自己所否定，我们越来越明白探索未知世界的道路仍任重道远，不可能一蹴而就。因为我们每个人存世的时间有限，所以我们更迫切地想知道未来是怎样的，或者说会变成怎样？可事物的发展永远不可能以人类的意志为转移，我们所做的一切均归属于整个宇宙的变化和运动之中，我们必须遵从于现在所知的自然规律，包括我们建立的人类社会的发展。我们现有的主要矛盾仍然是人类的愿望与自然的规律之间的问题，我们想让世界为我所用，按照我们的设想来发展变化，在过去的几千年里我们确实做到了一些，使以自然意志为统治的宇宙中有了人的意志，这是我们所取得的辉煌成就！而事实上伴随着人类的发展，人类内部的战争和杀戮从没停止过，完全的和平在过去几千年里确乎不存在。在这样一个大的背景之下，我们有了宗教、文化和法律，这些无一例外地在试图解决人类的痛苦，让人类能够过上幸福的生活。现实却一再提醒我们，目前我们无法实现世界大同，战争与和平是一对孪生兄弟，依然控制着我们的生活和命运。在此思维之下，我们形成了忍受、抗争和期望的内在精神，仿佛唯有如此方可安身立命。儒家说：“君子和而不同。”佛家说：“我佛慈悲。”道家说：“无为即有为。”总之，是人生安身之道。由于历史的局限性，我们过去一直将人文与科学分而治之，人文当中感性的东西似乎多些，科学之中理性的成份比例较高，这样便使人的思维时常处于纷乱状态，我们不得不十分矛盾地生活在世间上。随着各种神秘面纱被一层一层剥开，科学的光芒逐渐放射出灿烂之彩，我们的世界观、人生观和价值观均在发生嬗变，因为我们越来越接近事物本来面目。不可否认，我们永远不可能洞悉一切，我们只有总体地把握自己和世界。基于科学的实质和内涵，传统的人文精神必须如同社会一样进行变革，这种变革其实正在发生之中，我们已然能感受到它所带来的冲击，尤为明显的即是东、西方两个文化体系的碰撞。坦率地讲，西方文化的侵入远比东方文化的传播要快要深刻，我们今天每个个体身上所具备的已然不再是纯粹的中国人文精神，包括那些以传统文化者自居的人士。文言文不代表传统，白话文不代表现代，因为我们有新的语言形式，夹杂着科技创新及外来语言成份的网络语言。在这样的时代里，以才子文化为起点的重塑运动，既是社会发展的需求，也是我们自觉的行动。我们不是不可以改变世界，只是改变需要我们行动起来，用我们的实践和创造来阐释生命的价值，让一代人的努力为中国乃至世界的发展贡献力量，最终以崭新的姿态屹立于地球之颠！ 2013年2月4日; 个人分类: 科学论剑|2089 次阅读|0 个评论

[转载]Epigenet. Chromatin：操纵组蛋白H3.3或可抹除细胞“记忆”: crossludo 2013-1-23 00:22; 取出一个成熟细胞并移除其身份，从而使其可成为任何种类细胞——核重组，在修复受损组织及在化疗后替换骨髓等领域具有广阔前景。2012年诺贝尔医学奖得主约翰·格登博士最新发表在《表观遗传学和染色质研究》（Epigenetics Chromatin）杂志上的论文表明，由Hira蛋白存储的组蛋白H3.3，是将细胞核恢复多能性，即发展成为多种细胞类型的关键一步。所有个体的细胞都有相同的DNA（脱氧核糖核酸），随着生物体的成熟，这些细胞可被重组为心脏、肺、大脑等不同类型。为实现这一目标，不同的基因或多或少会在每个细胞谱系中永久关闭。随着胚胎的生长，经一定数量的分化后，沿着某条道路走下去的细胞将不再变成其他的东西。例如，心脏细胞不能转化为肺组织，肌肉细胞也不能形成骨头。重组DNA的一个方法是，将一个成熟细胞的细胞核转移到一个未受精的卵子中。卵子中的蛋白质及其他因子，将使DNA打开某些基因的同时关闭其他基因，直到它类似于一个多能细胞的DNA。但是，以这种方法完全抹去细胞的“记忆”似乎不太容易。调节基因活性的机制之一是染色质，特别是组蛋白。DNA缠绕在组蛋白上，其缠绕方式的变化将改变细胞可用的基因。为了了解核重组的工作原理，格登博士领导的研究团队将小鼠的细胞核移植到青蛙的卵母细胞中，并透过显微注射方式添加了荧光标记组蛋白，以观察组蛋白在细胞和细胞核内的什么地方聚集。研究小组使用实时显微镜明显观察到，从第10小时起，在卵母细胞中表达的H3.3组蛋白（参与基因的激活）开始并入移植的细胞核内。当研究人员查看Oct4基因（参与形成细胞多能性）处的细节情况时，他们发现H3.3组蛋白也被纳入Oct4，与此同时基因开始转录。研究小组还发现，Hira组蛋白（需要H3.3协同进入染色质）也需要核重组。遗传专家指出，操纵H3.3的路径，或许可为完全抹除细胞“记忆”并产生一个真正的多能细胞提供一种新方法。研究表明，染色质是防止临床上常用的人为诱导重组的关键所在。; 个人分类: 细胞生物|1070 次阅读|0 个评论

[转载]操纵组蛋白H3.3或可抹除细胞“记忆”: crossludo 2012-12-10 12:17; 操纵组蛋白H3.3或可抹除细胞“记忆” 核重组制作干细胞再向前推进一步取出一个成熟细胞并移除其身份，从而使其可成为任何种类细胞——核重组，在修复受损组织及在化疗后替换骨髓等领域具有广阔前景。2012年诺贝尔医学奖得主约翰·格登博士最新发表在《表观遗传学和染色质研究》杂志上的论文表明，由Hira蛋白存储的组蛋白H3.3，是将细胞核恢复多能性，即发展成为多种细胞类型的关键一步。所有个体的细胞都有相同的DNA（脱氧核糖核酸），随着生物体的成熟，这些细胞可被重组为心脏、肺、大脑等不同类型。为实现这一目标，不同的基因或多或少会在每个细胞谱系中永久关闭。随着胚胎的生长，经一定数量的分化后，沿着某条道路走下去的细胞将不再变成其他的东西。例如，心脏细胞不能转化为肺组织，肌肉细胞也不能形成骨头。重组DNA的一个方法是，将一个成熟细胞的细胞核转移到一个未受精的卵子中。卵子中的蛋白质及其他因子，将使DNA打开某些基因的同时关闭其他基因，直到它类似于一个多能细胞的DNA。但是，以这种方法完全抹去细胞的“记忆”似乎不太容易。调节基因活性的机制之一是染色质，特别是组蛋白。DNA缠绕在组蛋白上，其缠绕方式的变化将改变细胞可用的基因。为了了解核重组的工作原理，格登博士领导的研究团队将小鼠的细胞核移植到青蛙的卵母细胞中，并透过显微注射方式添加了荧光标记组蛋白，以观察组蛋白在细胞和细胞核内的什么地方聚集。研究小组使用实时显微镜明显观察到，从第10小时起，在卵母细胞中表达的H3.3组蛋白（参与基因的激活）开始并入移植的细胞核内。当研究人员查看Oct4基因（参与形成细胞多能性）处的细节情况时，他们发现H3.3组蛋白也被纳入Oct4，与此同时基因开始转录。研究小组还发现，Hira组蛋白（需要H3.3协同进入染色质）也需要核重组。遗传专家指出，操纵H3.3的路径，或许可为完全抹除细胞“记忆”并产生一个真正的多能细胞提供一种新方法。研究表明，染色质是防止临床上常用的人为诱导重组的关键所在。; 个人分类: 遗传进化|1001 次阅读|0 个评论

[转载]解码保定腺病毒: zhangqw 2012-3-14 16:10; 本文来源于《财经》杂志引发保定疫情的腺病毒55型攻击性虽不强，但越来越多的腺病毒出现了基因重组且存在未解之谜，使未来疾控风险增加. 　　“经与解放军总后卫生部核实，此次疫情确诊为腺病毒55型引起的呼吸道感染。”2月27日，卫生部新闻发言人邓海华再次就部队疫情进行澄清。　　此前两天，25日，卫生部新闻办公室针对网络上沸沸扬扬的“保定某军队医院出现非典变异病毒”的说法发布消息，“河北省保定市解放军第二五二医院收治的呼吸道感染发热病人，已排除非典、甲流、人感染高致病性禽流感等。”这是同一事件中，卫生部在三天内两次出面，对外发布部队疫病信息。　　根据保定公安部门后来公布的信息，早在2月19日，网上就出现“保定再现非典”的传言。《财经》记者调查了解到，在2月19日之前，病毒的全部检验就已经完成，且被锁定为腺病毒55型（Ad55）。疫情出现后，病患被送至河北省保定市解放军第二五二医院进行隔离治疗。病患表现出呼吸道急性感染，并伴有发热等症状。医务人员选用抗生素类药物治疗无效，于是排除了细菌引发疫情的可能。为确认病原体，医务人员用棉签擦拭病患的咽喉取样，紧急送往位于北京的解放军疾病控制中心进行检测。　　“各军区疾控中心一般不具备鉴定未知病毒的条件，更多起到疫情监控的作用。全国的样本都送往位于北京的实验室检测。”一位参与检测的部队专家说。　　由于部队疫情属机密，此次疾病监控亦完全独立于普通民众视线之外，相关数据也未对外发布，因此，传言一度愈演愈烈。　　追索变异基因　　解放军疾病控制中心承担检测工作的团队分为两组，以前方采集的血清标本和咽喉拭子为样本，分别进行血清学检测和核酸检测。　　血清学检测运用的是免疫学原理，免疫反应具有特异性，即抗体与病毒一一对应，可以通过已知的一方推测另一方；核酸检测运用的则是分子生物学原理，通过解读病毒的基因，判断病毒的身份。　　上述部队专家告诉《财经》记者，两种方法都可独立鉴定出病毒的身份，但各有利弊，为了保证试验结果的可靠性，两组平行开展，互为验证，以排除“错检”的可能。　　拿到样本的核酸检测团队首先开始基因的扩增。基因扩增的目的是将病毒的基因片段通过添加引物，完成在病毒体外的复制——基因序列需要被复制放大至千万倍才可被分辨解读。　　而基因扩增的关键就在于引物的选择。“不同的病毒引物不同。SARS、禽流感、腺病毒的引物互不相同，如果引物选择错误，扩增就会失败。”这名专家告诉《财经》记者，引物选择的过程本身也是一种对病毒的初筛，“既然病患出现了发烧和上呼吸道感染，根据经验就可以圈定出一些病毒”。　　经过三小时，基因扩增完毕。添加不同引物的反应管逐一通过电泳，以检验扩增的有效性,由此将SARS、禽流感等可引发呼吸道急性感染的病毒一一排除。基因扩增亦设立两个平行小组。最终，两个小组的试验结果均锁定在腺病毒。　　腺病毒（Ad）在1953年被首次发现。其后每确定一种腺病毒，即按排序命名。由于不同型的腺病毒特性不同，因此，样本被送往下一个实验室进行更准确的鉴定——序列检测。　　序列检测相当于对病毒基因进行解码，并对照基因图谱锁定病毒的身份。此番被解密的基因表现与Ad14高度相似。Ad14是一种致病性较强的腺病毒。2006年至2007年间，美国四个州共确诊了140例Ad14感染者。其中，17％的病人住进重症监护室，死亡率5％。　　但与以往Ad14引发的疫情相比，保定疫情表现不同，其住院的病人虽然也有发热和咽喉肿痛，但多为轻症病人，死亡病例尚未出现。所以，专家认为其致病性与Ad11更接近。　　随后，研究人员从Ad14的基因骨架中找到与Ad11相似的序列。这段序列即六邻体蛋白，该蛋白往往决定着病毒能够引发何种类型的抗体，因此饱含抗体的血清都是依据六邻体蛋白产生。　　经过五个多小时的基因序列分析，研究员最终判定，该病毒与2006年在陕西岐山暴发的病毒QS-DLL极为相似，属于同一个祖先，即Ad55。　　识破“特洛伊木马” 　　核酸检测完成不久，血清学组也加班加点地赶出检测结果，样品病毒被判定为Ad11。“其实这算是对核酸检测结果的一种证实。”上述部队专家解释说，两组检测结果均为腺病毒，排除了实验被污染、误检的可能，再加上Ad55的血清学反应本身就与Ad11一致，因此，样本病毒最终被确定为Ad55。　　Ad55是在中国最早发现并被鉴定，2009年才获正式命名。其由两种腺病毒重组产生，一种是肾脏病毒（Ad11），一种是呼吸道病原体（Ad14）。　　2006年，陕西岐山县一所中学内暴发发热疫情。中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所和陕西省疾病预防控制中心合作对该疫情展开研究，将病毒命名为QS-DLL。这也是该病毒首次在中国出现聚集性病例。　　研究人员通过对QS-DLL进行血清学检测，发现该种病毒可以与Ad11抗体结合。于是，QS-DLL被判定为Ad11的变异体。2010年前，国际间对腺病毒的分型一直以血清型为准。“但是，仅用血清型对病毒进行分型是片面的。” 南方医科大学公共卫生与热带医学学院张其威博士向《财经》记者介绍，“血清型取决于六邻体蛋白，仅由约900个氨基酸组成，相较于腺病毒整个基因组来说，这只是很短的一部分，不能如实反映病毒及其他蛋白的情况。” 　　美国国立卫生研究院人类腺病毒研究组主席唐纳德·司徒（Donald Seto）长期研究腺病毒，他在2009年与中方展开合作，尝试以全基因组序列对QS-DLL进行再分型，张其威博士也参与了这次研究。他们很快发现这是一种不寻常的呼吸道病原体，“它由肾脏病毒Ad11和呼吸道病原体Ad14重组产生，重组后的病毒对人体免疫系统来说就如同‘特洛伊木马’，它看起来很像肾脏病原体，实际上攻击的却是呼吸系统”。唐纳德·司徒向《财经》记者解释。　　由此QS-DLL被确定为一种新型的重组腺病毒，且被命名为Ad55。唐纳德·司徒特意强调，55型的“型”与11型不同，前者为基因组型（type），后者为血清型（serotype）。目前，腺病毒家族已有论文证实的共55种，前51种以血清型命名，后4种以基因组型命名。　　“Ad55型并不是第一个也不会是最后一个重组的腺病毒。现在越来越多的腺病毒出现了重组。”张其威说。　　Ad55的未解之谜　　保定疫情病毒检测整个过程耗时约48小时。　　据卫生部公布，截至2月25日8时，发热病例以轻症为主，无危重病人，无死亡病例。但并未披露具体感染人数。　　上述部队专家表示，保定疫情之前，部队就曾检测出过腺病毒。为了全面准确地了解此次病毒，实验室对Ad55做了全基因组分析，结果发现保定疫情的腺病毒与2006年陕西岐山疫情虽同属一个祖先，不过经过六年的繁衍，病毒也发生了些许变化，但是总体变化不大。　　“腺病毒作为以DNA为遗传物质的病毒，其遗传特性较为稳定，基因较难发生突变。”唐纳德·司徒印证了此说法。　　通过分析病毒全部基因组，可以部分预测病毒的性状。但是，对Ad55的致病性和传染性，目前科学界还未有统一的说法。原因是Ad55被定性至今三年来，在中国被明确的规模暴发仅两次，另外，由于个体抵抗力差异很大，由此判断其致病性及传播性很难。　　但是，部分信息可以从已发生的疫情进行推断。可以肯定的是，病毒基因变异得越小，病毒的特性改变也会越少。因此，从已发生的疫情可以一窥Ad55的致病性和传播性。　　以陕西岐山疫情为例， 2006年3月7日，当地一名高中生出现发热症状，体温达38.5摄氏度。随后一个月中，共出现254人感染，其中一名原先患有骨髓巨幼细胞性贫血症的高中生死亡。　　此前2005年，新加坡也曾分离出一种相似的株体，被称为SNG122。该病毒与2006年岐山病毒含有同样的基因组，但也存在一定差异。“我们分析认为这两株分离出的病毒有着同样的祖先。”唐纳德·司徒说，“毒株在新加坡也引发了相似的疫病，共254名感染者，未出现死亡病例。” 　　依据已有案例,张其威判断，就目前流行的情况看，这种新病毒的传染性比较高，只要具备合适的条件，Ad55有可能波及老人和儿童,“据我推测，重组后的病毒比重组前的两种病毒对人类的危害性更大，更容易逃避人体自身的免疫抵抗，使人体不能轻易清除它”。　　唐纳德·司徒也认为，该病毒有大范围传播的可能，但不会产生SARS那样的影响。因为SARS致病性很强，可致使身体健康的人死亡，而腺病毒仅表现出对患基础性疾病的人有生命威胁。　　只要人群聚集，腺病毒都可能发生一定范围内的传播，由于其症状与感冒相似，并不引人重视。“ 不过，即使是感冒这样的疾病，也会影响部队的战斗力，所以像腺病毒、流感等常见病，部队常备检测所需材料。”上述部队专家说，目前全球医学界对Ad55了解甚少，尚有诸多未知待突破，“谁也不知道病毒是在什么时候传入中国，也没有人知道病毒在哪里、在什么地方完成的基因重组。” 　　虽然最早被准确鉴定的Ad55疫情出现在中国，但是这并不足以作为病毒发源地的判定依据。因为基因重组过程必须在感染对象体内完成，这意味着只有一个人同时感染了Ad11和Ad14，重组才有可能发生。中国常见的腺病毒类型为3型和7型，11型也曾在中国检测出来，但还没有信息表明，中国出现过14型或14型变异体。　　若想对腺病毒进行更深入的分析，需要为腺病毒建立更广泛、全面的监控资料。中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所研究员许文波表示：“与世界大多数国家一样，中国目前还没有建立腺病毒感染常规监测点。” 　　【作者：《财经》记者许竞】 (责任编辑：闫祺); 个人分类: 科学|2824 次阅读|1 个评论

The Gratuitous Repair on Undamaged DNA Misfold: duke01361 2012-1-30 14:03; The Gratuitous Repair on Undamaged DNA Misfold Xuefeng Pan, Peng Xiao, Hongqun Li, Dongxu Zhao and Fei Duan Source: DNA Repair ISBN 978-953-307-697-3 Edited by: Inna Kruman Publisher: InTech, November 2011 Usage: 240 views, 60 downloads 赶紧去凑个热闹，帮我增加点电击率和下崽率！谢了！ http://www.intechopen.com/articles/show/title/the-gratuitous-repair-on-undamaged-dna-misfold; 个人分类: Science in action|2609 次阅读|0 个评论

关于基因重组: liwei999 2011-7-16 23:54; “这个桂鸣还生活在斯大林时代。”（方舟子）方的这个理解也很肤浅。 (97989) Posted by: mirror Date: July 17, 2007 10:03AM 这一点以前就与方有分歧。至少镜某认为方在学术思考上是相当“保守”的。而另一面则是很“激进”的。有没有基因层的重组是个新问题。如今有了这样的报稿，就是需要重新审视。古典的分类学本身都要从新考虑，如果有必要的话。最简单的例子就是周期表了。做的时候是按质量排列和化学特性排的。但是今天，这样排的理由与当年的就不同了，结果虽然一样。深入认识的结果就是途径不是唯一的。技术有技术的价值，艺术有艺术的价值。 -------- 就“是”论事儿，就“事儿”论是，就“事儿”论“事儿”。当年就保留了意见了。 (98002) Posted by: mirror Date: July 17, 2007 10:17AM 是论到“物种”，如何定义“物种”的时候。镜某的意见是有新技术、新指标，就可以有新的分类，不必厮守着原始的定义。而方作为“原旨教”，比较忠实于原装的定义。但是由于对量子力学的理解不足，在探讨前沿问题时往往不得要领。量子力学不单是物理的问题，还是个哲学的、思想的问题。 -------- 就“是”论事儿，就“事儿”论是，就“事儿”论“事儿”。; 个人分类: 镜子大全|1890 次阅读|0 个评论

罗氏研发, 老子继续让儿子独立: jinwsapa 2010-9-23 10:53; 罗氏收购基因泰克之后,按照承诺不改变后者的企业结构和文化.继续保持其独立运营.同时还把美国罗氏归并在基因泰克旗下.但外界还是有疑问,罗氏自身的研发团队和机制是否会因此而改变. 罗氏CEO 最近接受路透社采访时,给与明确的答复, No! 首席执行官Severin Schwan 认为没有必要把研发队伍合二为一,应该继续让二种不同模式的研发平行推进,不然会打断阵营,破坏创新.罗氏最近宣布将进行人员裁减和重组,希望到2013年节省19亿美元的费用.Severin Schwan坦承:罗氏这一调整与公司最近连续遭受研发挫折以及在美欧市场面临药价压力有关.罗氏颇有前途的糖尿病新药taspoglutide; 因为出现副作用被迫暂停,治疗关节炎的抗体药物trastuzumab-DM1遭到FDA的拒绝,阿瓦斯丁用于乳腺癌的适应症可能被FDA撤销.这些不利的消息将大大削弱罗氏未来几年的赢利能力和业绩成长.罗氏这次打算裁人,是否伤及基因泰克研发队伍目前还不清楚,在收购基因泰克之后,罗氏一直保护后者的研发队伍,裁减人员主要从罗氏这边下手.估计这次恐怕难以让基因泰克的研发队伍幸免于裁.基因泰克已经失去二员研发大将,二人先后都区著名学府担任校长和院长.从商多年,再杀回学术圈,应该别有一番风味,如何保持基因泰克与有浓厚的学术界创新探索的氛围,对罗氏高层仍然颇有挑战.; 个人分类: 医药产业|4908 次阅读|3 个评论

小虎队重组只是一个遥不可及的梦: hep 2010-5-8 21:48; 我今天整理硬盘，再一次看到春晚的视频。就一边看着节目，一边整理。结果发现还真没几个能看得下去的，也就郭冬临牛莉《一句话的事》等寥寥几个还算凑合，尽管细节上还颇为粗糙。想了半天才想起来，我之所以留着这好几个G的视频没删除，是因为有久违的小虎队。其实小虎队上春晚的消息提前一个来月就知道了，一直就颇为期待。像小虎队是二十年前的组合，解散了十几年，还是有这么多人期待，实在是非常难得的事情。当然昔日的小虎们都已经奔四，变成了老虎队，所以大家在欣喜同时有一些淡淡的失望也是情理之中。在我刚上小学的时候，电视上时常播小虎队的节目。三个青春阳光的大男孩，在电视上边唱边跳。大概印象最深的就是《爱》了，那个手语一度成为小伙伴们竞相模仿的热点。后来在街边上买了一盘很粗糙的磁带，第一首歌是《蝴蝶飞呀》，第六首是《爱》，所以这两首歌印象都比较深刻。现在如果跑到KTV，应该都能唱下来。《青苹果乐园》印象不深，大概是这首歌比较早，而当时我太小的缘故吧。记得后来有一阵电视上时常播他们mv，小孩子也看不懂，隐约知道是离别的主题。说我是小虎队的粉丝，实在是抬举我了。因为那时候看电视总共也没多少节目，翻来覆去就几个台。而且小虎队的节目仅限于一点点电视节目和一盘盗版磁带，连他们三个人叫什么名字都不知道。后来其实在电视上看到过，比如93年的CCTV一个什么晚会苏有朋出来唱歌，比如《还珠格格》苏有朋饰演五阿哥、陈志朋饰演尔泰，《情深深雨濛濛》、《老房有喜》、《倚天屠龙记》、《杨门虎将》等电视剧都有苏有朋的身影，《小侠龙旋风》吴奇隆和陈志朋扮演一对兄弟，《侠女闯天关》吴奇隆和赵薇合作，等等。当然有时候一下子也认不出来。大概是04年左右，换到某电视台，看到有个歌友会。一个胡子拉碴的人，连蹦带跳，唱的歌也很熟悉：不是小虎队的《爱》吗？这个人唱这首歌干嘛呢？后来定睛一瞧陈志朋歌友会。这个这个变化也太大了吧？之前看过彩排照片，后来又看过春晚视频，终于看到期待中的小虎队。不得不承认，时间可以改变很多东西，二十年的岁月总会留下明显的痕迹。吴奇隆是变化最小的：外表几乎和二十年前一样，声音也没多少变化，只是感觉比以前沧桑了一些。陈志朋外表似乎有些变化，发型、皮肤？我不太有印象了。声音状态是三个人里面最好的，清澈响亮。苏有朋是变化最大的了：皮肤黑了，头发立起来了，挽着袖子，声音也变得有些沙哑，完全不是当年乖乖虎的样子。其实前几年《情深深雨濛濛》的时候，感觉里面的苏有朋变化不大，但是春晚这次就很不一样。当我刚看到彩排照片时，第一感觉是：吴奇隆和陈志朋旁边的这个开拖拉机的大爷是谁啊？你想啊：我们印象中的农民伯伯，就是黑黑的脸膛，短短的头发，白色小褂敞着怀、挽着袖子，很符合苏有朋的春晚造型。跟前两年胡子拉碴的陈志朋有得一拼。更重要的是，不知道是感冒了还是怎么，声音明显不如之前的好听。一开始三人合唱的时候就觉得声音异样，《蝴蝶飞呀》分开唱的更是明显。大家觉得春晚的小虎队和印象中差别很大，那也是情理之中了。昔日的小虎队如今的小虎队，抑或老虎队其实我觉得，大家没必要过于埋怨小虎队。二十年前三人都不到二十，而且天天训练，当然动作轻松美观，嗓音清澈动听。而现在，他们三人都已三十好几岁，临时聚到一起为春晚排练节目，仓促之间能有如此效果已经很棒了。而三人排除万难再聚首，各自都牺牲了很多时间和精力，甚至赚大钱的机会。这一举动值得敬佩。至于重组，我看还是免了吧。毕竟二十多年过去，小虎队变成了老虎队，再去玩青春阳光，再去又蹦又跳，已经难以再现旧日风采，而且这么大岁数也不像以前抗折腾了不是？更何况，三人都是档期满满，抛开手头上的诸多事情，做一个很难再现昔日风采、只许成功不许失败的事情，实在是过于为难。强行组合进行巡演，只怕连昔日固有在大家脑海里的美好形象都被破坏了。当然有人说，纵贯线组合也是几个功成名就的中年人进行组合并巡演，效果不是也非常好吗？其实这和小虎队很不一样。罗大佑、李宗盛、周华健、张震岳，都是实力派歌手，打的是实力牌，越老越吃香；而当年的小虎队组合，是靠青春阳光的形象加上唱歌表演赢得观众，属于偶像派。偶像派就是吃青春饭的，当岁月沧桑写满小虎队成员的额头脸颊，小虎队已经不再是当年的小虎队了。不能重组，当然不排除苏有朋等人为自己利益着想的因素。然而，与其再聚首蹦蹦跳跳，让大家一再慨叹时光飞逝，倒不如见好就收，把最美好的回忆留在大家的脑海。不管重组与否，小虎队只是广大青年观众心中一个遥远的梦想。; 个人分类: 杂感随笔|5570 次阅读|3 个评论

辉瑞并购惠氏大案终获联邦批文: jinwsapa 2009-10-16 11:46; 今年三月宣布的辉瑞收购惠氏一案, 在经过联邦政府的反复审核, 辉瑞对合并后的资产处置, 避免某些产品的垄断嫌疑, 终于在昨天获得政府批准通过。惠氏这家百年老厂终于将写完历史最后一页。辉瑞在经历第三次超级并购之后，又再度成为世界最大的药厂。接下来的问题，就是如何兑现并购所依据的理由，实现整合，发挥协同优势，更直白些，就是如何下手砍人？辉瑞公司早先曾表示过，公司合并后将裁减约15%的公司员工，相当于20000个工作岗位。这一数字包括大约8000个工作岗位，这是辉瑞公司在1月就承诺要削减的雇员数目。这些被裁员的岗位将涉及销售，制造，研发和行政组织。在研发以外的部门调整，已经大势所趋，裁减没有多大悬念。外界特别关注的是研发部门和人员的重组。几个月前，辉瑞已经宣布高层管理班子的调整，从部门设置和部门总裁的任命，已经大致构划了辉瑞并购惠氏之后的研发机购的框架。辉瑞将主导小分子化学药研发，惠氏将主导生物药和疫苗的开发。在这样安排的前提下，自然会有猜测，两边重复的研究部门和人员会被削减。谁主导某领域的开发，自然会多保留自己的旧部。一个辉瑞公司发言人告诉华尔街日报的记者，辉瑞内部的整编削减已经开始。但具体的裁减方式和那些部门和人员被裁减目前并没有很清晰的方案。辉瑞的研发总部在康涅狄格州，该州的一份报纸The Day，昨天早上的新闻报道中提到，现在来预测辉瑞会关闭在康州的哪一营运部门还为时过早。而在宾州的一份报纸，时代先驱报，引述了一封由惠氏公司总裁伯纳德-普索昨天签发的信，提到关于惠氏营运部门及设施关停并转的有关事项及未来安排。信中说：在过去几个月，辉瑞经过反复论证和讨论后确定，惠氏公司的两个总部的设施-在新泽西州麦迪逊和在宾西法尼亚州Collegeville市的制药厂总部将予以保留，并成为辉瑞未来重要的运营场所。一位惠氏发言人证实，时代先驱报所报道的普索所发出的信属实。估计许多心神不安的辉瑞和惠氏的研发人员现在正等待最后的裁减决定。据说，辉瑞这次给出的遣散补偿计划，与当年收购沃伦-兰伯特时的待遇相差甚远。让服务多年的老员工颇为遗憾，但经济形势不好，企业股票表现欠佳，实在是无奈。至于哪些人留下，哪些人走人，不日将逐渐公布。对双边的项目和运作肯定是有很大影响的。在这点上，并购双方和华尔街是很少把机会成本和效率损失考虑进去的，或许有人知道，但只是装糊涂。因为大型并购给相关方面带来几亿美元的收入，谁愿意自打耳光啊？堵自己的财路？根据并购重组的一般规律，胜者为王。所以，可以肯定的是，辉瑞的化学药研发部门受影响会小些，惠氏生物药和疫苗部门的人会更受器重照顾，但双边都会裁减一些相关研发人员，并招纳对方最优秀的人员。有的部门，如服务部门，运气不佳，可能会被一锅端。其中必有很优秀的人才。很可惜的是，估计有1000多人是华人科学家，他（她）们的工作会受到影响或冲击。也许有的已经在考虑加入中小生物技术企业，甚至下海自己创业。在美国有不少中小生物技术企业就是在大公司裁员和清理项目时创办的。有魄力和眼光的科学家，现在是最好的创业机会，谈判获取自己看好的资源和无形资产，募集部分资金，做自己想做的事。现在正是时候。当然有人选择回国服务，也应该有不少机会。但心态要调整好。在外十多年甚至二十年以上，国内的体制，文化和管理不同于国外大公司。海归需要有过度和适应，才能发挥优势和作用。毕竟做生物医药开发是要靠团队作战，需要资金和其他资源支持。没有办法与投资者或企业老总沟通和有能力领导好研发队伍的人无法在国内机构和企业中长期生存。; 个人分类: 医药产业|3823 次阅读|0 个评论

CPL与CNLC“闪婚闪离”中的失与得: 肖立志 2009-2-13 14:32; CPL和CNLC二次重组的消息已经好几天了，本来不想写这一篇，但看到网友们的有关留言太多，这几天出差也有些感受，故对中国石油天然气集团公司测井业重组再谈点看法。中国石油集团测井有限公司（CPL）与中油测井有限公司（CNLC）于2008年2月合并，当时我是满怀兴奋，写了一篇观察，憧憬中国石油测井业的兴旺之路。很不幸，CPL与CNLC磨合不到一年又分道扬镳，CNLC加入长城钻探集团，留下CPL孤独前行。这这么短的时间里进行二次重组，在国内外大企业兼并重组历史上恐怕也不多见，称之为闪婚闪离大概不算过分。在这次闪婚闪离中究竟失去了什么，得到了什么，不得不值得我们深思！我个人感觉，二次重组对中国石油旗下的测井力量是一次重创！可以说，失远远大于得，而最大的失是让测井人们失去了信心和希望！人们不得不怀疑，在这种重组思路的主导下，CPL这个中国石油旗下的测井大旗还能打多久？她那国内第一，国际一流的目标只能越来越远。测井这个行业是需要多年经营才见成效的，而想让它垮掉却是很容易、很快的！如果说，第一次的重组还算有点章法，只是犯了局部性的错误，那这第二次的重组则是让人雾里看花，也许正在犯一个全局性的错误！在第一次重组中，CNLC是一份优质资产，是一个先进生产力，让它投奔到CPL，确实勉为其难。但是，如果反过来，那就会不一样，让CPL加入CNLC，保持CNLC的全部建制，把CPL的技术中心全部搬到北京，制造中心仍然放在西安，华北事业部，长庆事业部，青海事业部，吐哈事业部，塔里木事业部，以及海外按地域再划分各大洲的事业部，按照CNLC的管理模式和新酬标准，及时解决CPL员工的家属等一系列问题，那么，中国石油的测井完全可以快速实现国内第一，国际一流的目标！按照第二次的重组，CNLC将与辽河一起并入长城钻探集团，实际上是CNLC与辽河合并，两者的磨合甚至会不如CNLC与CPL的磨合，因为辽河测井的企业文化，与CPL又是根本不同的！而在这个方案中，CPL失去了一个有力支撑和前进动力，归入到自生自灭的行列。未来几年，中国石油的测井将更加无序，更加动荡！这个做法无疑在与历史开玩笑，扑通一声，使中国石油的测井后退五年！; 个人分类: 个人偏见|3195 次阅读|28 个评论

全力迎接喜人的主升浪来临: 唯我独尊 2009-2-6 15:15; 经过一年多巨幅下跌的A股，不顾大小非上市的高峰，无视国内外经济危机的影响，毅然放量突破半年线，吹响了迈向牛市的进军号。建议投资者积极迎接这次难得的主升浪，全力以赴地参与，并争取获得最大的收益。投资恰当，完全可挽回2008年的亏损。这轮行情是从2008年10月28日国家出台4万亿元经济刺激措施开始的。自那时起，嗅觉灵敏的游资就开始建仓相关板块，并时而掀起层层波浪。而后从中央至地方政府，及各大型企业，都高度认识到，在股市与经济的低迷时期是企业并购的绝好时机。为此，资产并购与资产重组板块（低价亏损股）开始呈现强势特征。可以认为，前三个月仍是主力的建仓期。随着国家银根松动和外资的涌入，目前市场资金相当充沛（自去年11月以来，金融机构新增贷款开始出现全面回升。2008年12月金融机构的新增贷款达到了7718亿元人民币，同比增速18.76%。2009年1月的前20天，银行业金融机构新增贷款达到9000亿元，差不多完成了全年信贷目标的五分之一），且国家鼓励并购的措施不断出台，A股或将暴发一个井喷式的530行情，所不同的是，这个行情不会像上次一样受到严厉的打击。从股指期货指数走势来看，原来市场的主力基金与保险机构前期并不认同这轮行情，且也未在低位建仓。因此，暂应回避其重仓股和大市值绩优股（待确认为中级以上行情再考虑是否纳入为重点投资品种）。不过从近期债券资金大量回流股市，以及近一个月机构增仓的情况来看，上述主力也想趁这轮行情捞一匙汤。在此合力的作用，这轮行情或将十分火暴，涨幅将十分可观，沪指第一目标可到2700点，第二目标或可上摸3500点（涨幅210%），深指或可上摸13880点（涨幅250%），强势个股可上涨3－5倍！对两个市场的走势与换手率比较表明，主战场在深圳；从分类指数来看，以机械、电子、证券与医药及中小板走势最强。须注意的是，该轮行情结束后，经济困难依旧，大小非压力更大，充满大量泡沫的股市或将出现急速暴跌。该轮行情上涨或可持续11－15周以上，随后将步入漫长的调整，调整时间应在半年以上。建议积极参与和珍惜这次行情，同时要把握好时机在高位及时退出。个股可关注000686、600837，涨幅不大，题材丰富。 . 股市上涨内因：利好不断出台，新股暂停；资金充裕，跌幅巨大。警惕负面因素：新股开闸大市值股票抽血，创业板推出后大量公司上市，大小非高峰。; 个人分类: 证券投资|3469 次阅读|2 个评论

分子遗传学阅读文献：重组与副突变: Bobby 2008-8-30 10:26; Finding a match-How do homologous sequences get together for recombination Barzel A, Kupiec M. Finding a match: how do homologous sequences get together for recombination? Nat Rev Genet. 2008 Jan; 9 (1): 27-37. Decades of research into homologous recombination have unravelled many of the details concerning the transfer of information between two homologous sequences. By contrast, the processes by which the interacting molecules initially colocalize are largely unknown. How can two homologous needles find each other in the genomic haystack? Is homologous pairing the result of a damage-induced homology search, or is it an enduring and general feature of the genomic architecture that facilitates homologous recombination whenever and wherever damage occurs? This Review presents the homologous-pairing enigma, delineates our current understanding of the process and offers guidelines for future research. Recent advances in plant recombination Li J, Hsia AP, Schnable PS. Recent advances in plant recombination. Curr Opin Plant Biol. 2007 Apr; 10 (2): 131-5. Epub 2007 Feb 8. Recombination is an essential cellular process and a source of genetic diversity. Recent studies have demonstrated the effects of various factors (e.g. DNA sequence similarity and activation of transposons) on rates of recombination and the distribution of recombination breakpoints in plants. These studies have also provided detailed characterizations of interchromatid and interhomolog recombination events. New approaches offer the promise of achieving the long-awaited goal of gene targeting in plants. Plant genome modification by homologous recombination Hanin M, Paszkowski J. Plant genome modification by homologous recombination. Curr Opin Plant Biol. 2003 Apr; 6 (2): 157-62. The mechanisms and frequencies of various types of homologous recombination (HR) have been studied in plants for several years. However, the application of techniques involving HR for precise genome modification is still not routine. The low frequency of HR remains the major obstacle but recent progress in gene targeting in Arabidopsis and rice, as well as accumulating knowledge on the regulation of recombination levels, is an encouraging sign of the further development of HR-based approaches for genome engineering in plants. Recombination-an underappreciated factor in evolution of plant genomes Gaut BS, Wright SI, Rizzon C, Dvorak J, Anderson LK. Recombination: an underappreciated factor in the evolution of plant genomes. Nat Rev Genet. 2007 Jan; 8 (1): 77-84. Our knowledge of recombination rates and patterns in plants is far from being comprehensive. However, compelling evidence indicates a central role for recombination, through its influences on mutation and selection, in the evolution of plant genomes. Furthermore, recombination seems to be generally higher and more variable in plants than in animals, which could be one of the primary reasons for differences in genome lability between these two kingdoms. Much additional study of recombination in plants is needed to investigate these ideas further. Genetics: paramutable possibilities Soloway PD. Genetics: paramutable possibilities. Nature. 2006 May 25; 441 (7092): 413-4 Paramutation: an encounter leaving a lasting impression Stam M, Mittelsten Scheid O. Paramutation: an encounter leaving a lasting impression. Trends Plant Sci. 2005 Jun; 10 (6): 283-90. Paramutation is the result of heritable changes in gene expression that occur upon interaction between alleles. Whereas Mendelian rules, together with the concept of genetic transmission via the DNA sequence, can account for most inheritance in sexually propagating organisms, paramutation-like phenomena challenge the exclusiveness of Mendelian inheritance. Most paramutation-like phenomena have been observed in plants but there is increasing evidence for its occurrence in other organisms, including mammals. Our knowledge of the underlying mechanisms, which might involve RNA silencing, physical pairing of homologous chromosomal regions or both, is still limited. Here, we discuss the characteristics of different paramutation-like interactions in the light of arguments supporting each of these alternative mechanisms. Paramutation and transgene silencing: A common responsive to invasive DNA? Finding a match-How do homologous sequences get together for recombination Recent advances in plant recombination Plant genome modification by homologous recombination Recombination-an underappreciated factor in evolution of plant genomes Genetics-paramutable possibilities Paramutation-an encounter leaving a lasting impression Paramutation and transgene silencing-A common responsive to invasive DNA From centiMorgans to base-pairs: homologous recombination in plants From centiMorgans to base-pairs: homologous recombination in plants; 个人分类: 科学感想|9802 次阅读|3 个评论

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标签: 重组

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