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[转载]Cell 年度十大论文终于出炉,你读过几篇?
zodiac0318 2018-5-19 21:34
日前,《细胞》杂志刊登了其评选出的2017十大最佳论文(Best of 2017),其领域涵盖神经科学、干细胞、以及免疫疗法等多个近年来的热门话题。在今天的这篇文章中,我们也将为各位读者盘点这十篇论文的内容。 作者 Chen 编辑 悠然 来源 生物探索(ID: biodiscover) 1# 人工智能又厉害了!构建最大规模的“神经-行为”蓝图 Mapping the Neural Substrates of Behavior DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2017.06.032 人类大脑有 860 亿个神经元,果蝇只有约 10 万个神经元,因此科学家们热衷于选择果蝇作为研究行为神经学的模式动物。然而,即便是果蝇,记录支配飞行、行走、求偶等行为的神经回路也是繁杂而沉重的任务。 2017 年 7 月 13 日发表在 Cell 杂志上的这项研究中,来自霍华德休斯医学研究所的科学家们借助于人工智能(AI),投入 40 万只果蝇,分析 1000 亿个注解,耗时 6 年完成了一个史诗级别的项目——创建了成年果蝇整个大脑神经回路图谱,并将这些回路与特定的行为对应起来。 这一研究规模空前、处理数据量超乎想象。业内很多学者将这一图谱评价为“金矿”,认为它为后续研究提供了很好的基础。 2# 别怪夜猫子自制力差,他们可能是基因突变了! Mutation of the Human Circadian Clock Gene CRY1 in Familial Delayed Sleep Phase Disorder DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.027 2017年4月6日发表在Cell杂志上的这项研究中,洛克菲勒大学的研究人员发现,基因CRY1的突变减慢了体内的生物钟。携带这种“夜猫子”突变的人比大多数人有更长的昼夜周期,这使得他们保持清醒的时间被推迟。 事实上,认为自己是夜猫子的人经常被诊断为睡眠相位后移综合症(DSPD)。这类人的24小时睡眠-觉醒周期(sleep-wake cycle)会被推迟,使他们在大多数人睡着很久以后还能保持精力充沛。 当对DSPD患者的DNA进行检测时,研究人员发现,名为CRY1的基因发生了突变。研究中,科学家们还分析了DSPD患者家庭中的其他成员,并发现有5名亲属也携带了CRY1基因的突变。 随后,他们又考察了来自世界各地的大型遗传数据库,以确定CRY1突变的流行程度。通过与土耳其研究人员合作,他们发现了几十名携带CRY1突变的土耳其人。 最后,在搜索了更大的遗传数据库后,研究小组估计,在非芬兰人的欧洲血统中(non-Finnish European descent)每75人就有1人(one in 75 people)携带至少一个拷贝的DSPD突变。特别值得一提的是,DSPD突变是显性的,这意味着只携带一个拷贝也可能会导致睡眠障碍。 3# 让癌症免疫疗法更精准 Innate Immune Landscape in Early Lung Adenocarcinoma by Paired Single-Cell Analyses DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2017.04.014 2017年5月4日,发表在Cell杂志上的两项独立研究描绘了围绕肿瘤的免疫细胞明细图(Detailed maps)。这些重要的发现有望帮助判断开始癌症治疗的最佳时间,进而开发出更精准的癌症免疫疗法。 在题为“Innate Immune Landscape in Early Lung Adenocarcinoma by Paired Single-Cell Analyses”的论文中,来自美国的一个科学家小组对肺癌进行了研究,结果发现,早期肿瘤也会扰乱免疫细胞的活性。 论文的通讯作者Miriam Merad说:“我们发现,免疫细胞在肿瘤形成非常早期时就开始功能失调了,但癌症免疫疗法通常在患者病情复发和癌症晚期时才被使用。我们希望倡导在癌症的更早阶段开始使用免疫治疗,以免为时过晚。” 具体来说,Merad的研究组调查了28名早期或晚期肺腺癌患者的肿瘤样本和正常组织。结果发现,1期肿瘤(Stage 1 tumors)已经显示出大量抑制性巨噬细胞和T细胞的聚集,以及NIK细胞的损耗。这些肿瘤通常是通过手术切除,虽然它们预后良好,但仍有25%的患者复发。 Merad说:“在这一研究中,我们鉴定出了很多免疫抑制变化。我们对这些结果感到非常兴奋,因为我们相信,与在肿瘤体积更大时释放免疫攻击相比,在肿瘤很小的阶段就靶向肿瘤细胞,清除所有肿瘤细胞的机会更大。” 4# 报道大麻素受体的结构生物学研究结果 Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1 DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.10.004 人源大麻素受体(human Cannabinoid Receptor 1, CB1)是人的中枢神经系统中表达量最高的G蛋白偶联受体(GPCR),也是治疗疼痛、炎症、肥胖症以及药物滥用的潜在靶点。然而,由于长期以来缺乏CB1的结构信息,基于CB1的药物研发并不顺利。 在这篇Cell论文中,包括中国科学家在内的国际研究小组解析了CB1-AM6538复合物2.8埃分辨率的晶体结构。该晶体结构揭示了CB1中拮抗剂小分子AM6538复杂的疏水结合口袋。AM6538非共价的紧密结合模式使其具备了成为长效缓释药物分子的巨大潜力,该特性也是治疗成瘾障碍药物的基本要求。此外,通过基于CB1的三维结构的分子对接及动力学模拟分析,研究人员还获得了不同类型的小分子激动剂与CB1的结合方式,揭示了配体小分子与CB1相互作用的一些新模式和新见解。 总结来说,该研究揭示出的CB1的三维精细结构对设计更加特异和副作用更小的拮抗剂类药物具有极大的推动作用。 5# 干细胞里程碑!科学家首次培育出人猪嵌合体胚胎 Interspecies Chimerism with Mammalian Pluripotent Stem Cells DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2016.12.036 2017年1月26日,发表在Cell杂志上的这项研究中,来自Salk研究所的科学家小组借助“魔剪”CRISPR技术首次成功培育出了人-猪嵌合体胚胎。 培育嵌合体胚胎分为两个阶段。首先,利用CRISPR技术删除猪胚胎内形成器官的关键基因,创造遗传“空位”;其次,把人类诱导多能干细胞注入猪胚胎内。 具体来说,研究人员将人类诱导多能干细胞与猪的胚胎相结合,然后将这些嵌合体胚胎植入代孕母猪体内后,让这些胚胎发育仅3周或4周,以检查人类细胞是否发挥了作用。研究中,他们共将超过2000个人猪嵌合体胚胎植入到41只代孕母猪体内,一个月后,有186个胚胎存活。然而,许多胚胎远小于正常胚胎,似乎长得更慢。 值得一提的是,科学家们共使用了3种不同状态的诱导多能干细胞。结果显示,中间态多能干细胞(intermediate hPSC)最适合形成嵌合体。 该研究的通讯作者 Juan Carlos Izpisua Belmonte表示,这是干细胞研究领域的一个里程碑。该研究的最终目标是在动物体内培育出可供移植的人类细胞、组织和器官。 6# 溶瘤病毒能让癌症免疫疗法更有效 Oncolytic Virotherapy Promotes Intratumoral T Cell Infiltration and Improves Anti-PD-1 Immunotherapy DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2017.08.027 目前,如何扩大能够获益于癌症免疫疗法的患者群体是这一领域最热门的研究方向之一。免疫联合疗法被很多人认为是解决这一难题的最终手段。2017年9月7日,Cell杂志上发表的这篇论文带来了一个“好消息”。在一项涉及21名患者的1b期临床试验中,研究人员测试了PD-1抗体Keytruda与溶瘤病毒T-VEC联合疗法的安全性和有效性。结果表明,Keytruda+T-VEC联合治疗的缓解率(response rate)为62%,可能比单独使用其中任何一种疗法效果都好。 具体来说,试验中,患者肿瘤间隔3周被注射了两次T-VEC。从第6周开始,患者每两周接受Keytruda治疗,同时接受额外的T-VEC注射。结果显示,在第6周时(2次T-VEC治疗后,Keytruda治疗开始前),大多数肿瘤被浸润了T细胞。在第30周时,T细胞依然保留在这一区域,但大部分肿瘤细胞消失了。 参与这一1b期多中心试验的21名转移性黑色素瘤患者总缓解率为62%,这意味着他们的肿瘤缩小了。其中,三分之一患者为完全缓解,意味着他们的肿瘤已无法被检测到了。这一联合疗法的缓解率比单独使用Keytruda或T-VEC治疗的预期缓解率(通常约为35%-40%)要高得多。 让人欣喜的是,除了有效性的提升,Keytruda+T-VEC联合治疗的副作用也没有比单独使用其中一种药物带来的副作用更糟,包括疲劳寒颤(fatigue chills)和发烧。 7# 对抗寨卡病毒感染的mRNA 疫苗 Modified mRNA Vaccines Protect against Zika Virus Infection DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2017.02.017 2017年3月9日,发表在Cell杂志上的这篇论文中,疫苗开发人员通过注射编码病毒蛋白质的合成信使RNA成功帮助小鼠抵抗了寨卡病毒。论文的共同通讯作者Giuseppe Ciaramella说:“寨卡病毒会将它们的RNA注入细胞质中,然后‘劫持’细胞的翻译机制来产生抗原。我们的mRNA疫苗能够让细胞做同样的事情。” 具体来说,这种疫苗包含了用于编码2种寨卡病毒蛋白质的RNA,当疫苗RNA进入小鼠细胞后,核糖体会利用它来构建对应的蛋白质。这两种蛋白质不能感染任何其它细胞,但它们足以让小鼠免疫系统学会识别寨卡病毒,建立免疫力。 事实上,由于寨卡病毒可以进入大脑,因此,研究人员一直在犹豫是否要使用减毒的寨卡病毒让机体产生免疫力。一些科学家担心,减毒的病毒可能仍会对大脑造成一些损伤。可喜的是,RNA疫苗可以解决这一担心,因为RNA不会到达大脑。 除了这一点,使用RNA疫苗的另一个关键优势在于它们的可变性。生物学家在改变RNA链方面已有很多经验,这使得定制RNA疫苗更加容易。 8# 帕金森病竟然是肠道微生物作怪? Gut Microbiota Regulate Motor Deficits and Neuroinflammation in a Model of Parkinson’s Disease DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.018 肠道菌群已经成为近年来最火爆的研究领域之一。在这篇论文中,来自加州理工学院的科学家们首次证实肠道细菌和帕金森病(PD)之间的功能联系。研究表明,肠道菌群的组成变化,或是肠道细菌本身的改变,都可能对帕金森病中运动能力的恶化产生极大影响。 作为第二常见的神经退行性疾病,PD在全世界范围内影响着1000万人,其症状主要包括震颤、步行困难、大脑黑质中多巴胺能神经元的缺失、大脑和肠内的细胞出现α-突触核蛋白(α-Syn)的聚集、脑内出现炎症分子等等。此外,75%的PD患者都出现了胃肠道功能异常,其中最主要是便秘。 由于胃肠道问题通常在运动症状出现之前就已经发生了,因此,研究人员推断肠道微生物可能是导致PD的罪魁祸首之一。 为了证实这一猜想,研究人员使用了过表达α-Syn并表现出帕金森症状的小鼠。其中,一组小鼠具有复杂的肠道菌群;另一组则为无菌小鼠(在完全无菌的环境中繁殖,因此缺乏肠道细菌)。通过测试两组小鼠的运动技能,研究人员发现,无菌小鼠的表现明显优于具有完整微生物组的小鼠;同时,帕金森病的典型症状在无菌小鼠中都消失了。基于这些结果,科学家们确定,肠道菌群在帕金森病症状中扮演着重要角色。 9# 证明“饿肚子”能治糖尿病 Fasting-Mimicking Diet Promotes Ngn3-Driven b-Cell Regeneration to Reverse Diabetes DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.01.040 2017年2月23日,Cell杂志报道的一篇来自美国南加州大学的研究表明,模仿空腹效果的节食方式能促进生产胰岛素的胰腺细胞的再生,在小鼠中减轻1型和2型糖尿病的症状。 具体来说,该研究证实,每周四天空腹禁食的小鼠在糖尿病方面有显著的扭转(即使在疾病晚期的小鼠中也是如此),它们恢复了健康的胰岛素生产,降低了胰岛素抵抗,并表现出了更稳定的血糖水平。 机制探索表明,模拟空腹的饮食策略在成年小鼠中开启了通常只在胚胎小鼠胰腺发育时活跃的基因。这些基因促进一个被称为neurogenin-3的蛋白质的生产,最终产生了新的、健康的、能生产胰岛素的β细胞。 10# DNA损伤期间,基因转录会发生什么变化? UV Irradiation Induces a Non-coding RNA that Functionally Opposes the Protein Encoded by the Same Gene DOI: https : //doi.org/10.1016/j.cell.2017.01.019 当DNA受到损伤时,细胞会激活相关的基因来修复损伤,并减缓很多其他基因的转录。2016年,英国Francis Crick研究所的Jesper Svejstrup及其同事们鉴定出了紫外线诱导DNA损伤后(after UV-induced DNA damage)与转录相关变化有关的一些因素(factors associated with transcription-related changes),包括ASCC3(该基因编码了参与调控基因表达的蛋白)的转录。 在2017年2月23日发表于Cell杂志上的这篇论文中,Svejstrup等发现,正常情况下较长的ASCC3转录物(transcripts)会在DNA受到损伤后变得更短。而敲除短的ASCC3转录物(在紫外线照射后产生的)会阻止细胞恢复正常的转录水平。“如果没有短的ASCC3转录物,细胞就不再能对DNA损伤做出正确的反应,并且会死亡。”Svejstrup解释道。 不过,对于短版的ASCC3转录物是如何帮助修复损伤的,科学家们还未找到答案。 *获得此次盘点的更多信息,请访问 Cell 官方网站申请论文下载( http://info.cell.com/best-of-cell-2017) 参考资料 1)Best of Cell 2017 2)Study identifies 'night owl' gene variant 3)刘志杰课题组在《Cell》报道大麻素受体的结构生物学研究结果 4)More evidence that Zika mRNA vaccines can stop viral replication in mice 5)What happens to gene transcription during DNA damage? 6)Noncoding RNA Helps Cells Recover from DNA Damage 往期阅读: Cell:2016年度最佳文章出炉! --PaperRSS-- 年尾将至,各大网站开启了年终盘点的工作。近日,Cell期刊推出“年度最佳文章”合集。今年的“Best of Cell 2016”共列出10篇最佳文章以及4篇综述,围绕CRISPR、免疫疗法、类器官、阿尔兹海默症、Zika病毒等研究热点进行了回顾。 一、年度最佳文章TOP10 1、线粒体“协助”癌症免疫疗法 Mitochondrial Dynamics Controls T Cell Fate through Metabolic Programming 2016年6月9日,来自于Max Planck免疫生物学和表观遗传学研究所的科学家们在《Cell》发文证实,线粒体的形态调控T细胞代谢,从而影响T细胞对抗癌变细胞的能力。线粒体是细胞代谢活动的重要枢纽,负责能量供应。研究发现,激活的效应T细胞拥有分裂的线粒体,而记忆T细胞维持它们的线粒体为融合网状物(Fused Networks)。 更关键的是,研究人员通过药物强制激活T细胞中线粒体的融合,发现激活T细胞产生了记忆T细胞的特征,这类经处理的细胞获得了更长的寿命以及更强的控制肿瘤生长的能力。这意味着,我们可以利用药物靶向线粒体,从而制备出更强大的T细胞用于癌症免疫治疗。 2、PD-1抗体为何对有些患者无效? Genomic and Transcriptomic Features of Response to Anti-PD-1 Therapy in Metastatic Melanoma 2016年3月24日,《Cell》期刊发表一篇文章揭示了PD-1疗法在一些患者身上效果不佳的原因。来自于加利福尼亚大学洛杉矶分校的研究团队试图通过分析治疗前黑色素瘤活组织样本的mutanomes和转录组,鉴定出影响患者对PD-1疗法敏感性或抵抗性的因素。结果发现,整体高突变负荷与改善生存相关,响应PD-1疗法的患者拥有丰富的BRCA2突变。 相反,先天抵抗PD-1疗法的肿瘤则展示了一种转录特征(Transcriptional Signature),其中同时表达上调的基因参与了间充质转化调节、细胞粘附、细胞外基质重塑、血管再生和伤口愈合。该研究成果有助于解析为什么不同的患者对PD-1疗法的响应程度不同。 3、蛇为什么没有脚? Progressive Loss of Function in a Limb Enhancer during Snake Evolution 虽然蛇属于爬行动物,但是几乎所有的蛇都没有脚。但是一亿多年前,蛇原本是有脚的。这种退变是因为什么呢?2016年10月20日,一篇发表在《Cell》期刊的文章揭示了这一进化背后的分子机制。他们证实,蛇肢体形成基因附近的一个增强子区域发生了突变,从而导致蛇足的消失。 至今蟒蛇体内还存在微小的腿骨,这表明它们体内还残存着构建肢体的分子通路。研究人员比较蟒蛇和其他蛇类比如毒蛇和眼镜蛇的基因组,后者体内没有残余的腿骨。结果发现,音猬因子(Sonic hedgehog)基因上游的一段增强子序列存在缺失和突变,从而阻断了该基因的表达,最终导致了蛇足的缺失。当然,研究人员强调,音猬因子增强子的突变只是蛇形态进化的主要原因,还有很多未知值得探索。 4、啤酒酵母的被驯化史 Domestication and Divergence of Saccharomyces cerevisiae Beer Yeasts 家畜、农作物的驯化都有据可查,但是我们对于工业酵母菌株的进化史却知之甚少。2016年9月8日,《Cell》期刊发表一篇文章描述了这些微生物的遗传谱系,特别是啤酒酵母,并由此揭示了酵母首次被驯化的时间、最早的啤酒制造者,以及人类是如何塑造了这个有机体的发展。 来自于比利时鲁汶和VIB大学酵母遗传学家Kevin Verstrepen带领团队对157个用于生产啤酒、葡萄酒、烈酒、清酒、面包,和生物乙醇燃料以及一些用于实验室研究的不同酵母菌株的基因组进行了测序,来探讨这个物种的进化历史。Verstrepen认为:“啤酒的风味主要取决于酵母。我们现在能喝到最好的啤酒,是因为古代的酿造者足够聪明,远在知道他们自己在做什么之前,开始培养酵母。这真的是一门艺术。” 5、Zika病毒会导致小鼠出生缺陷 Zika Virus Infection during Pregnancy in Mice Causes Placental Damage and Fetal Demise Zika病毒(ZIKV)之所以会成为国际高度关注的突发性公共卫生事件,是因为这一蚊媒病毒可能会导致新生儿小头畸形和格林-巴利综合征(吉兰-巴雷综合征)。为了弄清楚Zika病毒感染的具体机制,华盛顿大学的研究团队于2016年5月19日《Cell》期刊发表文章表明,他们成功构建了被病毒感染的小鼠模型,并证实ZIKV会导致小鼠胎盘损伤和胎儿死亡。 为了绕过小鼠的免疫防御,研究妊娠过程中的病毒传播,研究团队开发了两种小鼠模型:一种是经过遗传学改造,免疫系统有缺陷的母鼠;另一种是注射免疫抑制性抗体的母鼠。他们发现ZIKV更倾向于感染胎盘,且会进一步感染滋养层细胞,损伤胎儿毛细血管。许多感染ZIKV的小鼠胎儿还未出生就夭折了。侥幸活下来的小鼠体型明显更小,大脑和中枢神经系统都有病毒在复制。 6、孕妇高脂肪饮食为什么易引发小孩自闭? Microbial Reconstitution Reverses Maternal Diet-Induced Social and Synaptic Deficits in Offspring 2016年6月16日,《Cell》期刊新发表一篇文章阐明了母亲孕期高脂肪饮食易导致宝宝出现神经类疾病的原因。来自于贝勒医学院的神经科学副教授Mauro Costa-Mattioli博士带领团队证实,缺少一种特殊的肠道菌株会导致小鼠出现社交缺陷。而且,这种肠道菌群的失衡多与小鼠妈妈怀孕期间摄取高脂肪食物有关联。 他们发现,由高脂肪饮食母亲生下的小鼠,它们体内乳酸杆菌的含量比正常小鼠下降了9倍。当他们认为将乳酸杆菌添加到受影响小鼠的肠道中,能够逆转它们的行为障碍。 7、冷冻电镜分辨率突破2Å Breaking Cryo-EM Resolution Barriers to Facilitate Drug Discovery 2016年6月16日,来自于美国国家癌症研究所(NCI)的Sriram Subramaniam带领团队在《Cell》期刊发表最新突破:他们使用冷冻电镜(cryo-EM)突破了可视化蛋白质的技术壁垒,成功获得了小于100 kDa的蛋白复合体结构,并使其分辨率突破了2 Å。 研究人员通过单颗粒冷冻电镜解析了异柠檬酸脱氢酶(IDH1,93 kDa)的高分辨率结构,鉴定了小分子抑制剂(ML309)与IDH1结合时的构象改变;同时还报告了乳酸脱氢酶(145 kDa) 和谷氨酸脱氢酶(334 kDa)的结构,分辨率分别达到2.8Å和1.8Å。Subramaniam表示,能够利用cryo-EM在如此高的细节层面上可视化潜在候选药物复合物的结构是非常令人兴奋的。这将加速和改变药物研发的过程。 8、利用CRISPR技术追踪RNA Programmable RNA Tracking in Live Cells with CRISPR/Cas9 2016年4月7日,《Cell》期刊发表一篇文章表明,加州大学伯克利分校化学、分子与细胞生物学教授、Howard Hughes医学研究所研究员Jennifer A. Doudna和加州大学圣地亚哥分校教授Gene W. Yeo合作首次利用CRISPR/Cas9体系在活细胞中追踪RNA。 研究团队设计出一种特殊的短核酸PAMmer,促使Cas9能够在不损伤靶分子的情况下有效地识别RNA而非DNA。同时,他们通过荧光标记Cas9,从而实现了对RNA分子的实时监控。 9、CRISPR助力蛋白质的亚细胞定位 High-Throughput, High-Resolution Mapping of Protein Localization in Mammalian Brain by In Vivo Genome Editing 如何对内源性蛋白质实现亚细胞定位对于从分子水平解析细胞至关重要。来自于马克斯普朗克佛罗里达神经科学研究所的Ryohei Yasuda团队开发出一种方法——SLENDR(通过CRISPR/Cas9介导的同源指导修复单细胞标记内源性蛋白),能够对哺乳动物大脑单个细胞的内源性蛋白实现高通量、高分辨率的分析。Yasuda表示:“SLENDR将作为一种宝贵的工具,实现蛋白质的亚细胞定位,有助于研究人员确定蛋白质的功能。” 10、比14年诺奖更上层楼的荧光成像技术 Ultra-High Resolution 3D Imaging of Whole Cells 2016年8月11日,耶鲁大学的研究团队在《Cell》期刊发表最新研究成果。他们开发出一种新型荧光显微镜,能够以10-20纳米的分辨率揭示细胞内部结构及其蛋白复合体。 继2014年诺贝尔奖化学奖获得者Stefan W. Hell发明的STED和SMSN荧光成像技术突破了衍射限制之后,荧光纳米显微技术或者超高分辨率的显微镜,已经成为细胞生物学研究的重要工具。现在,耶鲁团队开创了4Pi单分子转换纳米显微镜(W-4PiSMSN),进一步提高了整个细胞的成像能力,并在之前的基础上增强了分辨率和定位精度。 二、年度最佳综述TOP4 1、CRISPR/Cas9系统的机制和应用 Biology and Applications of CRISPR Systems: Harnessing Nature’s Toolbox for Genome Engineering 这一综述由CRISPR“女神”Jennifer Doudna及其团队完成。CRISPR/Cas9系统作用机制分成3个阶段:获得间隔序列、合成CRISPR RNAs、靶向和感染侵入序列。其中,Cas9是由CRISPR RNA和tracrRNA(反式激活crRNA)引导、切割特定DNA序列的核酸酶,它是“魔剪”得以编辑基因的关键酶类。该综述围绕Cas蛋白响应外源核酸多种机制的最新进展进行了讨论,并阐述了在多种物种中这些系统如何被用于精准的基因组操纵。 2、肿瘤免疫疗法的基础 The Basis of Oncoimmunology 肿瘤异质性的存在预示着即便是同一种肿瘤,其扩散速度、侵袭能力、治疗效果、预后等方面都会表现出个体差异,而免疫系统的活跃度会影响肿瘤个性化治疗的有效性,改善癌症治疗的效果。A. Karolina Palucka和Lisa M. Coussens围绕肿瘤免疫学的基础,讨论了癌症免疫响应的组成、癌症中慢性炎症和Leukocyte Compartments的改变、基于TH2的抗癌疗法、T细胞免疫靶向治疗、微生物在调节系统癌症风险和响应治疗中的作用以及肿瘤免疫治疗模式等内容。 3、类器官 Modeling Development and Disease with Organoids 3D细胞培养技术为细胞提供一个更加接近体内生存条件的微环境,让胚胎干细胞以及成体干细胞能够在体外依然保持着自我更新、复制的能力。科学家们以干细胞为材料,通过3D培养技术培育出类似于肾、肺、肠道、大脑、视网膜等器官组织的模型。这些微型器官可以真实模拟人体器官的结合和功能,从而用作疾病模型或者药物筛选平台,甚至于有望成为器官移植的来源。Hans Clevers在综述中表示,类器官开创了再生医学的新窗口,可以与当下热门的基因编辑、基因疗法等技术结合,有着广阔的应用前景。 由多能干细胞培育而来的多种类器官(图片参考:Lancaster and Knoblich, 2014) 4、阿尔兹海默症 The Cellular Phase of Alzheimer’s Disease 20年以来,“淀粉样蛋白假说”一直被认为是阿尔兹海默症(AD)的主要致病机理,它主张β-淀粉样蛋白(Aβ)是导致神经衰亡的直接原因。Bart De Strooper和d Eric Karran围绕神经退化各阶段,从分子生物、细胞病理、临床诊断3个维度探讨了AD病情发展规律,并对大脑星形胶质细胞、小神经胶质细胞和脉管系统长期而复杂的变化过程进行了详细阐述。 备注:文章部分内容参考自生物通。 往期文章精彩推荐:(直接点击浏览) 荐读 | 施一公:如何成为一名优秀的博士生? 2017年高影响论文(Top Papers) 分布 PaperRSS:硕博生,怎么不能关注这个号? 2018年顶级学术期刊影响因子预测! 《Nature》重磅!哈佛著名华裔科学家再度开发出革命性基因编辑工具! 史上最全的30个生物实验技术及原理 教育减负:一场寒门的灾难 32岁海归女博士临终感言:别把最好的留到最后 研究生为何成为弱势群体了? 这些期刊已被SCI剔除!投稿需谨慎! 留法博士写擀面论文火了 博士: 只为幽默一把 西湖大学:耶鲁大学许田教授加盟;西湖区兑现施一公等团队两亿元 重磅:1个亿,河南首富捐款西湖大学 美国教授开除中国研究生:我就不该录取你! 一年内连发三篇Nature ! 准80后女科学家回国7年,拿遍各种奖励 中科院遗传发育所水稻籽粒大小调控研究中取得新进展 有一种科研叫“中国式科研”! 中科院院士北大演讲:学问外的一切只是副产品 专业电子书神器:Library Genesis,但愿此网站万世不倒 油菜花茶,邀君来品—江西农大青年教授成果转化篇 重磅Nature: 中国科学家领衔完成3,010份亚洲栽培稻基因组变异 Nat commun:中国科学家揭示名贵中药材天麻与蜜环菌的共生机制 年薪60万起!130万安家费!重大高薪引进专业人才 中国院士第一县:走出26位院士,近百位大学校长,一万名教授! 有一种科研叫“中国式科研”! 院士临终一幕,让人恸然落泪:他是99%国人不识的顶尖科学家 重磅!中国科学家2天发表4篇CNS文章 【名师谈】万建民:给学生“跳一跳”才够得着的压力和空间 2018高校博士招聘:沈阳师范大学;淮北师范大学;西华大学 综述 :2017 年基因编辑、大数据育种和单倍体技术 浙大医学生SCI论文致谢林俊杰-追星追出新高度! 2004年-2017年自然生命科学领域(金额100万)项目分析 北大校长致歉信: 很抱歉,在校庆大会的致辞中读错了“鸿鹄”的发音。 院士临终一幕,让人恸然落泪:他是99%国人不识的顶尖科学家 8大植物学主刊,发现中国学者总共发表了4080篇文章 2018高校公布预算:清华大学仍是全国唯一所预算超200亿元高校 2017审核增列博士硕士学位授予单位名单公布 23岁发Nature,24岁拿牛津博士学位,25岁上教授博导,28岁成为副院长 浙大医学生SCI论文致谢林俊杰-追星追出新高度! 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[转载]2014年最令人难忘的十件撤稿大事
zhpd55 2015-1-8 17:45
The Top 10 Retractions of 2014 A look at this year’s most memorable retractions By Adam Marcus and Ivan Oransky | December 23, 2014 FLICKR, JUDY VAN DER VELDEN This year, stories about scientific retractions were dominated by big numbers—60 at once in one case, 120 in one fell swoop in another—as well as the eyebrow-raising practice of researchers submitting fake peer reviews , often ones they themselves had written . Here are our picks for the top 10 stories, in no particular order. 1. It would be difficult to chronicle 2014’s key retractions without noting the two STAP stem cell paper retractions from Nature . Readers detected significant problems with the research, and Haruko Obokata, who led the studies, was ultimately unable to replicate the findings . Nature has defended its decision to publish the articles, saying editors couldn’t have detected the errors . Science , however, had earlier rejected one of the manuscripts for being too flawed to publish. One of Obokata’s colleagues, Yoshiki Sasai, was not responsible for any misconduct, but committed suicide following the scandal . 2. Although this story technically broke last year, it was late enough not to make our 2013 list , and the retraction happened in 2014 : A former researcher at Iowa State University (ISU) spiked rabbit blood samples with human blood to make it look as though his HIV vaccine was working. Dong-Pyou Han is now facing criminal charges, and ISU was forced to pay back nearly $500,000 of his salary —both rare events. 3. In July, the publisher SAGE retracted 60 articles from the Journal of Vibration and Control after an investigation revealed a “peer review and citation ring” in which at least one professor in Taiwan, Peter Chen, allegedly assumed false identities to promote his own work. 4. Just two weeks after publishing a paper on the psychology of Facebook users, PNAS issued an Expression of Concern about the work . The article’s many critics complained that the study violated ethical norms because it did not alert participants that they were taking part in a research project. As The Atlantic put it: “ Even the Editor of Facebook’s Mood Study Thought It Was Creepy .” 5. Two major publishers were caught out after having published more than 120 bogus papers produced by the random text generator SCIgen . French computer scientist Cyril Labbé of Joseph Fourier University in Grenoble catalogued computer-generated papers that made it into more than 30 published conference proceedings between 2008 and 2013. Sixteen appeared in publications by Springer, and more than 100 were published by the Institute of Electrical and Electronic Engineers (IEEE). 6. So much for science in the public interest: Bowing to commercial pressure, the authors of a paper in the African Journal of Food Sciences on cassava yanked it after a company claimed the article was damaging to its business . 7. A highly controversial 2012 study retracted in 2013 resurfaced this year . The paper by Gilles-Eric Séralini and colleagues on genetically modified organisms (GMOs) and rats was republished— without going through peer review , according to the editor of the journal where it ran. 8. The investigation into the work of social psychologist Jens Förster, which has been going on for most of the year, resulted in its first retraction in November . Förster, who is accused of manipulating data, has vehemently denied wrongdoing. 9. Stem cell research popped up on Retraction Watch a number of times this year. In one significant case, Circulation retracted a 2012 study by a group of Harvard heart specialists over concerns of corrupt data, and the university is investigating. There has also been an expression of concern in The Lancet . The group was led by Piero Anversa, a leading cardiologist, who along with a colleague filed suit against the institution on the grounds that the inquiry was damaging to his career prospects. 10. Finally, in the last few weeks of the year, Elsevier retracted 16 papers by one researcher after it became clear that fake peer reviews were behind the acceptances of Khalid Zaman’s papers. Adam Marcus and Ivan Oransky are co-founders of Retraction Watch.
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中国医学研究(2008-2012)高引top10
zhpd55 2014-3-9 08:39
中国医学研究(2008-2012)高引top10 诸平 通过微软学术搜索对于亚太地区的研究机构进行研究,选择医学领域近5年(2008-2012)累计被引次数进行排序,前400名中有我国研究机构125家,再对其进行平均被引频次进行计算并排名后,其中平均被引频次的Top10(由于并列其实是11家机构)如下: 中国 125 家机构近 5 年来 医学研究平均被引排序表 Ranking Organizations Publications Citation Citation/ Publication 1 Shandong Institute of Light Industry 52 607 11.67 2 Inner Mongolia University 283 933 3.30 3 Hangzhou Normal University 184 573 3.11 4 Wuhan University of Technology 235 702 2.99 5 Hong Kong University of Science Technology 1200 3424 2.85 6 Chinese Academy of Medical Sciences Peking Union Medical College 1664 4664 2.80 7 National Health Research Institutes, Taiwan 941 2505 2.66 8 Yangzhou University 624 1617 2.59 9 Chinese Center for Disease Control and Prevention 1009 2567 2.54 10 Shantou University 622 1535 2.47 10 Shaanxi University of Science Technology 275 678 2.47
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2013《科学美国人》最受喜欢的故事
热度 2 zhpd55 2013-12-31 09:53
2013《科学美国人》最受喜欢的故事 诸平 2013年12月30日,《科学美国人》( Scientific American )网站推出了在即将过去的一年中,发表的最受喜欢的10个故事和以前发表的最受读者喜欢的10个故事,摘引如下供大家参考。 Scientific American 's most popular stories published in 2013 included the following: 1. The Awesomest 7-Year Postdoc or: How I Learned to Stop Worrying and Love the Tenure-Track Faculty Life 2. Just a Theory: 7 Misused Science Words 3. Dear American Consumers: Please Don't Start Eating Healthfully. Sincerely, the Food Industry 4. Tread Lightly: Labels That Translate Calories into Walking Distance Could Induce People to Eat Less 5. The sheepshead fish has human teeth, but it's okay because it won't give you a psychedelic crisis 6. You Are Less Beautiful Than You Think 7. How to Really Eat Like a Hunter-Gatherer: Why the Paleo Diet Is Half-Baked 8. The Rich See a Different Internet Than the Poor 9. Carbon Planets Turn Earth's Chemistry on Its Head 10. Psychologists Identify the Best Ways to Study Below are are some of the most popular stories viewed this year that were published prior to 2013: Men and Women Can't Be Just Friends: Scientific American Why do cats purr? How long can a person survive without food? How Brainless Slime Molds Redefine Intelligence Why does lactic acid build up in muscles? And why does it cause soreness? What is the function of the human appendix? Did it once have a purpose that has since been lost? Scientists Discover Children's Cells Living in Mothers' Brains Strange but True: Drinking Too Much Water Can Kill How long can humans stay awake? The Unleashed Mind: Why Creative People Are Eccentric
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2013最难忘的撤稿十件事
zhpd55 2013-12-31 09:02
2013最难忘的撤稿十件事 诸平 据 《科学家》( The Scientist ) 杂志网站 2013 年 12 月 30 日 报道,援引“撤稿观察”( Retraction Watch )的信息,自 2010 年创办该博客以来,科学文献的撤稿情况接二连三,可以说是络绎不绝。据汤姆森科技知网( Thomson Scientific’s Web of Knowledge )报道, 有 511 篇论文撤稿。作者( Adam Marcus and Ivan Oransky )根据读者的反应和其他 “ 科学 ” 的因素列出了 2013 年撤稿最令人难忘的前 10 名,排名不分先后,具体内容摘引如下供大家参考。 FLICKR, JUDY VAN DER VELDEN 1. One of our favorite stories this yearwas about a 15-year-old retraction by David Vaux, of the Walter and Eliza HallInstitute of Medical Research. Vaux, who has fought the good fight forscientific integrity many times, had a heck of a time publishing a rebuttal toa flawed piece of research in Nature. So he decided to retract his own essay about that study . 2. Another retraction story took a page outof a spy novel: Investigators looking into research by a star researcher wereforced to install hidden cameras that revealed he was tampering with the evidence . He has now retracted three papers from the literature. 3. Graduate students take note: Faking datain your dissertation can still get you a PhD, as long as the thesis remains “ scientifically valid .” That would seem to be the take-homemessage of the tale of Nitin Aggarwal, whom the Office of Research Integrity(ORI) found guilty of misconduct . The case has led to one retraction so far . 4. Speaking of ORI investigations, werecommend reading about the case of Michael W. Miller , who faked data on his federal grantapplications and had several papers retracted in 2012. This year, however,Miller bounced back, landing a job as, you guessed it, a consultant for grant applications ! (He lost that gig afterwe called his employers to ask if they knew about his past.) 5. For sheer controversy value, one of thebiggest retractions of 2013 has to be that of a 2012 paper on genetically modified maize and rats by Gilles Séraliniand colleagues. In the retraction—which Séralini strongly opposed—the editor of Foodand Chemical Toxicology didn’t cite any of the usual reasons forretraction, such as fraud or gross error, instead basically saying that thepaper shouldn’t have passed peer review to begin with . 6. The flip side of author objections mightbe, “What does it take to get your own paper retracted?” That question occurredto anyone who had followed the story of Robert Trivers, who finally succeededin having a 2005 Nature paper he’d co-authored—and soon doubted— retracted in November . 7. We have to hand it this year toscientists who’ve done the right thing , which in our case means retractingpapers even if it comes at great professional cost. Biologists PamelaRonald and Daniel St. Johnston , who voluntarily retracted papers from Science and Nature,respectively, are on that list. And scientists reward that kind of behaviortoo, it appears . 8. In January, we wrote about a successfuleffort by “ Clare Francis ,” the pseudonymous scourge of journalsworldwide, to force a retraction of a 2006 paper in the Journal of CellBiology —providing proof positive of our contention that anonymouswhistleblowers deserve a fair hearing by editors. Love him or hate him—and yes,Clare is a “he”— Francis is right more often than a broken clock, to mangle afavorite phrase of Ivan’s father. 9. We have several candidates in a category we call “ Plagiarism Euphemism of the Year .” There’s “unattributedoverlap,” “a significant originality issue,” and an “approach.” Why, we wonder,do journals have such a hard time naming It That Cannot Be Named? 10. For some comic . . . well, not quiterelief, given the subject, but the retraction of “ Penile Strangulation by Metallic Rings ” deserves a mention. Finally, although it was not a retraction,an honorable mention goes to Serbian academics who managed to get an Alan Sokal-esque paper citing Borat and porn star Ron Jeremy publishedin a Romanian magazine. Happy 2014! Here’s hoping you don’t have toretract too many of your New Year’s resolutions. Ivan Oransky and Adam Marcus areco-founders of RetractionWatch .
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[转载]施普林格2011年最受科研人员欢迎书籍Top10
pikeliu 2012-8-8 13:58
来源: 科学网 www.sciencenet.cn 发布时间:2012-1-12 16:25:12 选择字号: 小 中 大 施普林格2011年最受科研人员欢迎书籍Top10 新年伊始,Springer公布了2011年最受科研人员喜爱的书籍Top 10(具体排名请见下表),涵盖数学与统计学、经济学、计算机科学和教育学等学科。 English for Writing Research Papers作为英语学术写作系列书籍中的一本位列榜首。在国际期刊上发表研究论文对于科研人员至关重要,为了提高投稿的命中率及避免一些英语语言上的表达错误,该书列举了5000多篇英语非母语作者的研究论文和500多篇博士研究生的论文综述中常见的英语语言错误,并有超过1000小时的英文研究论文写作的指导课程。 欲了解更多书籍信息,请您链接 http://www.springer.com/booksellers?SGWID=8-120-0-0-0 Springer 2011年最受科研人员欢迎书籍Top10 Ranking ISBN-13 Author / Editor Title No. 1 978-1-4419-7921-6 Wallwork English for Writing Research Papers No. 2 978-1-85233-896-1 Dekking A Modern Introduction to Probability and Statistics No. 3 978-3-642-19362-0 Plattner In-Memory Data Management No. 4 978-1-4419-8163-9 Hummel Electronic Properties of Materials No. 5 978-0-387-31073-2 Bishop Pattern Recognition and Machine Learning No. 6 978-3-642-18365-2 Langtangen A Primer on Scientific Programming with Python No. 7 978-1-85233-919-7 Otto An Introduction to Programming and Numerical Methods in MATLAB No. 8 978-3-540-42688-2 Arbarello Geometry of Algebraic Curves No. 9 978-0-387-79053-4 Dalgaard Introductory Statistics with R No. 10 978-1-4419-6590-5 Wallwork English for Presentations at International Conferences 分享到: 打印 发E-mail给: 以下评论只代表网友个人观点,不代表科学网观点。  2012-5-10 8:09:58 Ryanlex 希望这些书我能找到!
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亚洲大学排名名单:top10及 国内高校排名
eaglezxw 2010-5-14 13:14
亚洲前10位排名名单: 1 1 香港大学 University of Hong Kong 香港 2 4 香港科技大学 The Hong Kong University of Science and Technology 香港 3 10= 新加坡国立大学 National University of Singapore (NUS) 新加坡 4 2 香港中文大学 The Chinese University of Hong Kong 香港 5 3 东京大学 The University of Tokyo 日本 6 8 首尔国立大学 Seoul National University 韩国 7 6 大阪大学 Osaka University 日本 8 5 京都大学 Kyoto University 日本 9 13 东北大学 Tohoku University 日本 10 12 名古屋大学 Nagoya University 日本 国大陆地区名校排名:(共39所) 12= PEKING University China 1.北京大学 15= TSINGHUA University China 2.清华大学 24 University of Science and Technology of ... China 3.中国科技大学 26 FUDAN University China 4.复旦大学 27 NANJING University China 5. 南京大学 29 SHANGHAI JIAO TONG University China 6.上海交通大学 32 ZHEJIANG University China 7.浙江大学 70 TIANJIN University China 8.天津大学 75 XI'AN JIAOTONG University China 9.西安交通大学 94 TONGJI University China 10.同济大学 95 SOUTHEAST University China 11.东南大学 101= SHANDONG University China 12.山东大学 110= BEIJING Normal University China 13.北京师范大学 116 JILIN University China 14.吉林大学 121 NANKAI University China 15.南开大学 125= SUN YAT-SEN University China 16.中山大学 140 EAST CHINA University of Science and Tec... China 17.华东理工大学 143 HUNAN University China 18.湖南大学 144= NANJING Agricultural University China 19.南京农业大学 146 BEIJING Institute of Technology China 20.北京理工大学 148 EAST CHINA Normal University China 21.华东师范大学 150= LANZHOU University China 22.兰州大学 151= XIAMEN University China 23.厦门大学 151= YUNNAN University China 23.云南大学 151= DALIAN University of Technology China 23.大连理工大学 161= DONGHUA University China 26.东华大学 161= SOOCHOW University China 26.苏州大学 161= China Agricultural University China 26.中国农业大学 161= NANJING University of Aeronautics and As... China 26.南京航空航天大学 161= HUAZHONG University of Science and Techn... China 26.华中科技大学 171= RENMIN University of China China 31.中国人民大学 171= NORTHWESTERN Polytechnical University China 31.西北工业大学 181= BEIHANG University (former BAUU) China 33.北京航空航天大学 181= SICHUAN University China 33.四川大学 181= CENTRAL SOUTH University China 33.中南大学 181= SOUTD CHINA University of Technology 33.华南理工大学 191= NANJING Normal University China 37.南京师范大学 191= NORTHEAST Normal University China 37.东北师范大学 191= BEIJING FOREIGN STUDIES University China 37.北京外国语大学
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