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从DNA序列预测RFLP—seqRFLP软件包简介: zjlcas 2010-7-3 15:24; 从 DNA 序列预测 RFLP 和 TRFLP seq R FLP 软件包简介丁琼张金龙中国科学院植物研究所 1. seq R FLP 简介 RFLP 和 TRFLP 等技术在生物多样性研究中十分广泛。随着测序技术的日趋普及，在进行 RFLP 或 TRFLP 之前，用户很可能已经获得了 DNA 序列。为了对 RFLP 和 TRFLP 的结果进行更好的分析，特别是选择合适的内切酶，对模糊的电泳条带进行确认，基于 RFLP/TRFLP 及序列分别对物种进行鉴定等显得日趋重要，但是目前还缺乏这样一种已知序列就能获得 RFLP/TRFLP 的分析平台。为此我们编写了 seq R FLP 软件。 seq R FLP 是用来对 DNA 序列进行模拟酶切、模拟 PCR 引物筛选的软件包，目前版本是 1.0.0 。用开源的 R 语言 ( http://www.r-project.org/ ) 写成，可以在 Linux, Windows ， MacOS 等多种计算机平台上运行。 seqRFLP 已经被 RCRAN 接收，用户可以在 R 的任何一个镜像下载。本说明假设用户使用 Windows ，其他平台用户的使用方法与之类似，均需先安装 R 软件。 2. seq R FLP 的下载和安装首先下载和安装 R 软件。建议选择较新的版本，如 Windows: R- 2.11.1 ，其下载地址之一为 : http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.11.1-win32.exe 下载到本地后，双击 R- 2.11.1 -win32.exe 开始安装，各选项默认即可。安装完成后双击开始所有程序 RR 2.11.1 输入命令 : install.packages(seqRFLP) R 将提示选择 CRAN, 选择距离较近的 CRAN 镜像，将软件包自动下载和安装好。导入 seqRFLP 程序包： library(seqRFLP) 3. 查询 seq R FLP 的帮助 seq R FLP 的每个函数都有详细的帮助文件，要查询帮助可输入 : ?seqRFLP 查看详尽的帮助手册 : 用户也可以在 CRAN 上下载 pdf 版本的帮助手册。 seq R FLP 符合 GPL-2 协议，用户可以免费使用并拷贝该软件，也可以更改其源代码。运行 seqRFLP 实例 : example(seqRFLP) 致谢感谢马克平研究员、梁宇博士的指导，感谢博士研究生孙秀峰及龙恩熙对软件的测试，感谢软件包的编写有过帮助的研究组各同学和老师。参考文献 Saiki RK, Scharf S, Faloona F, Mullis KB, Erlich HA, Arnheim N (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 230 (4723):1350-4 Roberts, R.J., Vincze, T., Posfai, J., Macelis, D. (2010) REBASEa database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes. Nucl. Acids Res. 38: D234-D236. http://rebase.neb.com; 个人分类: 未分类|7764 次阅读|1 个评论

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