科学网 › 标签 › JBC

标签: JBC

相关帖子	版块	作者	回复/查看	最后发表

没有相关内容

相关日志

为什么大家认可JBC为一流杂志: 热度 9 dgjguoxue 2013-7-1 18:25; 几个月前，当我在读DNA聚合酶的发现者及1959年诺贝尔生理或医学奖得主阿瑟.科恩伯格 (Arthur Kornberg,1918-2007，其子 Roger David Kornberg因真核转录研究获得2006年诺贝尔奖 )所写传记性读物《酶的情人》时，在书中《DNA的合成》这一章节讲述了一件很有趣的事情。我把原文摘录如下：我们在两篇文章中记述了这些发现，标题为“脱氧核糖核酸的酶法合成”，副标题是“1.底物的制备和大肠杆菌的酶的部分提纯”和“2.反应的共性”。在1957年10月，他们都被送到《JBC》（生物化学杂志）。大约一个月后，手稿被认为无法接受，被退了回来。《JBC》没有反对论文的内容——第一次描述了DNA“建筑模块”的三磷酸新形式、他们的合成步骤以及分离出聚合他们的酶；也没有批评我们产物的特征——除了认为不应该把它称为“DNA”。在那些不记名的评审人中，包括10个研究核酸的权威，一些人坚持，应该用精确而无生气的名字“聚脱氧核糖核苷酸”称呼合成的产物而不是用“DNA”。一个评阅者，鲜明无误地显露出他苛刻的文风，声称我们必须证明我们合成的物质具有遗传活性，使得称得上“DNA”。为什么？JBC杂志上只有不到2%的有关“DNA”的论文能达到这个标准。交涉几个回合后，我决定撤回论文。这时，John Edsall知道了这场争议。此人将在一个月内担任该杂志的主编。他想让论文发表，就要求我等一等。最后，论文很快发表在《JBC》1958年5月号上。当然，这篇1958年历经曲折的论文成就了科恩伯格1959年问鼎诺贝尔生理医学奖。我当时看书的时候，不禁一想，JBC真的蛮牛啊，虽然今天看来影响因子不及5分，但是影响力依然存在。JBC也是生命科学期刊里面的一朵奇葩，不以提升期刊影响因子为目的，办刊标准明确，不被别人牵着鼻子走。值得一说的是，史上被引用次数最多的一篇论文也是来自JBC，JBC每年的论文总引用次数文具所有期刊中的前10。下面再说说我今天主要想说的内容，前面的就算是引子了。下午吃完晚饭回来，打开Nature的主页浏览，忽然发现一个熟悉的明星分子“TET”相关的文章，文题为“ Vitamin C induces Tet-dependent DNA demethylation and a blastocyst-like state in ES cells”。咋一看也没有多少特别之处，原因在于近3个月以前（JBC Papers in Press, April 2, 2013）类似的工作已经发表在JBC上了，文题为“Ascorbate Induces Ten-Eleven Translocation (Tet) Methylcytosine Dioxygenase-mediated Generation of 5-Hydroxymethylcytosine” （ Ascorbate= Vitamin C ）。然而我最早得知相关工作却是在另一篇发表在化学类顶尖期刊《JACS》上的文章，题为“Ascorbic Acid Enhances Tet-mediated 5-Methylcytosine Oxidation and Promotes DNA Demethylation in Mammals”，这篇JACS在文末特别注明了在审稿期间，相关的JBC已经online了，note如下： During the revision of this manuscript, Dr. Gaofeng Wang’s lab (at the University of Miami) reported a stimulation of Tet-mediated hydroxylation of 5mC by ascorbate at cellular level. 说到这里，我也就想简单了表达了自己的一点看法，即影响因子的高低并不能简单的代表文章内容质量的高低，如果我们国内的科研评价仅仅是依赖于那些仅仅是靠数影响因子的人员来评定成果高下的话，中国未来的科研状况十分堪忧，科研的评定岂可当做小学数学题目来对待？以Nature今年的IF约38，JACS约10，JBC约5，上文所写的那篇Nature的质量和影响力真的就是JBC的7倍多吗？上述三篇文章置于附件中，有需要的朋友可下载认真研究，我还未来得及进行深入比较。 2013-nature-抗坏血酸Vitamin C induces Tet-dependent DNA demethylation and .pdf 2013-JACS-抗坏血酸Ascorbic Acid Enhances Tet-mediated 5-Methylcytosine Oxida.pdf 2013-JBC-抗坏血酸Ascorbate Induces Ten-Eleven Translocation (Tet) Methylcyto.pdf; 87454 次阅读|11 个评论

JBC vs PLoS ONE: 鹿死谁手?: 热度 17 wsyokemos 2011-4-19 11:13; 科学网上的网友尤其是搞生化研究的估计几乎无人不知道 JBC (Journal of Biological Chemistry), 这一百年名刊具有巨大的影响力和知名度。我们知道一个期刊的影响力除了和其影响因子（ impact factor, IF ）直接相关外，还有一个可以说更重要的参考指标，就是总的引用次数，这一指标是 IF 和被引次数 / 发文量的综合。有的期刊尽管影响因子很高，但其影响力和知名度并不见得如何，一个典型的例子就是现在全球科技期刊的 IF 最高的 CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS （ IF 高达近 90 分！参见我的另一博文） , 由于该刊发文量很低，所以尽管其 IF 高居第一，总的引用次数却根本排不上号，其知名度，别说和 SCIENCE 、 NATURE 这样的牛刊比，即使是搞生物医学研究的，知道此刊的也并不多，我相信除了业内（临床肿瘤医生）的专业人士，没有几个人知道此刊。但是 JBC 则不同，在 2006 之前，该刊一直是全球所有科技期刊中被引用次数一直是最高的。但是从 2007 年以后，由于其 IF 从 1999 年的 7.666 持续下降到现在的 5.328, 其总的被引用次数已经逐渐被 Nature, PNAS 和 Science 超过，位居第四位。这种下降的趋势至今没有看到停止的趋势，但是 “ 廋死的骆驼比马大 ” （并且 JBC 还远远没有到 “ 廋死 ” 的地步）， JBC 在生化领域的影响力至今仍然是无可替代。但是将来有没有？我觉得 PLoS ONE 应该是最有可能取代 JBC 的影响力的（反映在总的被引用次数上）。在介绍 PLOS One 之前，有必要科普一下 PLOS, 是公共科学图书馆 ( Public Library of Science) 的缩写，是一些包括诺贝尔奖获得者在内的著名科学家在 2003 年创办的，根据 Wiki 上的介绍， PLOS 的定位是：“ a nonprofit open-access scientific publishing project aimed at creating a library of open access journals and other scientific literature under an open content license. ”所以 , PLOS 的一大特点是其旗下所有包括 PLOS One 在的 7 种期刊都是采用开放获取 (open access, OA) 方式出版 , PLOS 和另一知名出版公司 BioMed Central(BMC) 被认为是开创 OA 出版方式的领先者。 PLoS ONE 是 PLOS 系列期刊中，是最年轻（ 2006 年创刊）也是最大的（指发文量）。 PLoS ONE 在世界科技期刊出版史上可谓是一匹黑马， 2010 年刚有 IF 就达到 4.351( 指 2009 年的 IF) ，可谓是闪亮登场。它的成功肯定有很多因素，个人觉得除了其比较特别的 peer-review 的方式和选文方式外， PLOS 其他系列的巨大成功（不少 IF~10 甚至更高）也使其诞生那天（ 2006 年底）起，就显得出身不凡（不是 “ 官二代 ” 就是 “ 富二代 ” ？），另外其自由获取 (open access, OA) 出版方式也是其 IF 较高的重要原因。现在总的被引用次数在全球根本排不上号，但是它却可能是未来的当年的 JBC （总被引用次数全球第一），缘何这样说？最重要的原因就是该刊的发文量太惊人啦！该刊自从 2006 年底创刊以来，其年度发文量迄今为止（截止至 2011 年 4 月 18 ），在 Web of Science 上可以查到的各类论文总数，分别为： 137 （ 2006 年）、 1230 （ 2007 ）、 2717 （ 2008 ）、 4404 （ 2009 ）、 6714 （ 2010 ），像这种火箭式的快速增长（年年翻番有时都不止），我还没有听说过第二家。 PLoS ONE 在 2009 年就已经是全球第三大（根据发文量）科技期刊。今年无疑它将坐上冠军的宝座，并且其发文量还会继续增长，考虑到其 IF 有直奔甚至超过 JBC 之势，可以说 PLoS ONE 的总被引用次数列全球第一应该是指 “ 年 ” 可待，但无论如何， PLoS ONE 现在的影响力越来越大是不争的事实，可能用不了几年，在生物医学领域，就几乎无人不知，无人不晓了。另外： PLoS ONE 刊名中的 ONE 取得很有意思，让我想起了现在流行的多功能打印机： “all-in-one", 所以该刊的文章研究领域非常之广泛，真正 “all-in-one"! 另外，很多人，包括我自己，过去或现在对 PLoS ONE 是很不屑的，我在 2010 年初的曾经看过一个标题为“ Down the impact factor ladder ”录像，这个由一些科研人员整的比较搞笑的录像挺有意思，在 youtube 和土豆网上都可看到，这个录像就将 PLoS ONE 恶心的不轻，误以为 PLoS ONE 是和 BBRC( BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, IF=2.548) 一样并非同行评审 (peer review) 期刊，我当时也是受此影响，现在看来， PLoS ONE 尽管显然不算什么牛刊，但显然已经非 BBRC 可比，并且有严格的包括同行评审在内的质量控制体系。顺便处于好奇，就预测一下这两个期刊的 2010 年的 IF （请注意：今年发布的事 2010 年的 IF ），根据两刊去年的 IF ，以及 Web of Science 的引文数据，我预测 JBC 的 IF 还将很不幸的进一步下滑，至 ~5.0 ，今年应该还在 5 分以上，但是目前的趋势来看， JBC 以后保住 5 分已经很困难了。而 PLoS ONE 基本保持去年的 IF ，并有很有幅度的上升， IF~4.4 。 2 个月后官方结果即会发布，让我们拭目以待。综上， JBC 和 PLoS ONE 的 IF 是一个此消彼长的过程，在加上 PLoS ONE 的发文量已经远超 JBC （2010年发文量: 6714v.s. 4314) ，所以前者的影响力和 JBC 以后还真有的一拼。另外，有网友评论说，只有中国关注 IF ，国外没人 care ，我自己的经历告诉我：至少在欧美，尽管没有我国那么看重 IF ，如果说完全不看，我绝对不相信，事实上 IF 的高低还是大家投稿的一个重要（如果不是最重要的话）参考，据我了解，在美国的不少搞肿瘤研究的 PI ，以前喜欢投 JBC ，现在转投 IF 更高的 Cancer Research(IF=7-8) 了。再顺便说点题外话， PLOS One 可以说是“名利”双收，“名”方面，显然该刊已经声名鹊起；“利”方面，不算广告、捐赠等收入，光出版费（每篇是 1350 美元）收入近一千万美元，当然有些作者由于种种原因，出版费会有不同程度的减免，但是显然也仍然是一笔很大的收入。 PLOS One 这种成功模式，现在已经刺激了许多新创期刊效仿，比较典型的例子是的 2010 年 4 月才创刊的 NATURE 的新子刊， Nature Communications(刚从一位网友得知：更合适的例子应该是Scientific Reports, 但是该刊虽然属于NPG旗下，不是Nature的子刊）, 该刊和 PLOS One类似，接受几乎所有自然学科的投稿，但是不同之处也是显而易见的： 1 ） Nature Communications 的发文量特别少，创刊至今，才只有 300 余篇论文发表（ Web of Science 已经收录，大树下面确实好乘凉啊），和 PLOS One 现在年发文近7千篇相比，可以说是微不足道； 2 ）和 PLOS One 不同， OA 出版方式是由作者选择的，也就是说，作者自己可以选择是否交高达 5000 美元 / 每篇的出版费，当然不交的代价就是没有了 OA ，读者就不能自由、免费下载作者的论文。从上面的分析来看， Nature Communications 的定位似乎为“小而精”，我个人猜测，该刊之所以如此定位是由于：１） NATURE 的东家 Nature Publishing Group （ NPG ）“ 不差钱 ”，很难想像，这个世界还有哪所能称得上大学的图书馆能不订阅 NATURE, NPG 旗下的上百种期刊（其中包括我国的至少三种期刊，例如 Cell Research ）每年为 NPG 带来数以亿计的收入。我国的 Cell Research 等期刊借 NPG 这条又大又著名的“船”出海，自然要支付不菲的借船费。所以 NPG 不像 PLOS ，要靠 PLOS One 来“吸稿”（同时也是“吸金”）；２） Nature Communications “不差稿” ，因为 NATURE 及其子刊每年有海量的投稿被拒，这其中当然不乏很出色的稿件，这些据稿会被编辑们推荐到 Nature Communications ，所以，该刊稿源很好。综上所述，这个新期刊的 IF 以后低不了。　（王守业草于 2010 年 12 月，修改于 2011 年 4 月 18 日，引文地址： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=563591do=blogquickforward=1id=434889 ）; 个人分类: 期刊出版|84737 次阅读|37 个评论

[转载]直言了：　方舟子论文没条件造假吗？: fs007 2010-7-30 21:22; 周末到今日，收到多位网友来信，问了个问题：科学网推荐文章说方舟子论文没条件造假。在美国，是不是那样的？回答网友之前，让我们简单回顾一下事件背景：事件背景：有笔名pentax者发文（http://blog.sina.com.cn/s /blog_69edb8a10100jcwq.html，2010-07-17 22:02:59）指出，方舟子于1996年发表在JBC-杂志的论文为其唯一的第一作者的论文，而那论文中的图象数据有造假现象，即图象为手工拼凑伪造而不是来自实验原始数据。如果这个指控成立，那么，不但进一步说明所谓打假人士方舟子自己就是作假的，而且，他的学位也可能面临难保之危。该指控文章在海内外中文网页网站得到足够多的转载和议论。就此事件，科学网推荐了朱猛进的文章《方舟子造假？谣言可以休矣！》（2010-7-26 16:27:54，科学网）。该文说：方某论文是在1996年发表于JBC-杂志的，而那时候的科研硬件设备极少能做出今天这样漂亮的结果，凝胶拼接应该是很普遍的事情，我们不应用今天先进设备所能呈现的标准来否定以前在设备还不怎么先进条件下的不漂亮结果的真实性云云。简单说，朱猛进说的意思是：在 1996年的计算机硬件条件下，方舟子没条件搞图象造假，拼凑图象不属于造假。网友问题：在美国，真实情况是朱猛进说的那样吗？本人答复：非也；他的那些话，不是信口开河的瞎扯，就是故意散布假话和忽悠读者。首先，1996年，美国市场已经具有胜任照片图象作业的计算机硬件系统、同时具有多种照片图象转换处理软件（不是朱猛进所言的、只看硬件条件），中国大陆也有汉化版本。就设备条件来说，1996年有足够的设备条件使科研人员从事完整图象处理，当然，要搞拼凑图象也是完全可以做到的。其次，也是更重要的，已发生案情的事实更有说服力。不说别的杂志、就单拿方某发论文的JBC-杂志来说吧：2006年03月，美国政府学术诚信办公室公布了JBC-论文作假调查结果和处理方案，而该案情发生于1995年（比方某发文的时间早了一年左右），详见： Case Summary - Susan M. Aronica，，连接：http://ori.hhs.gov/misconduct/cases/Aronica.shtml。大致案情是：一位名叫苏姗阿罗尼卡的博士生，于1995年在JBC-发表了论文；后来调查发现，该论文的数据图象系伪造。---看看，1995 年，JBC-杂志的论文就有数据图象作弊造假了；到了1996年、计算机等设备条件更好了一些，反倒没有造假条件可能了？对比已发生和已处理案情事实看，显然，朱猛进所言是说假话。其实，美国政府相关办公室早就提供了论文图象作假的典型案例、还用实例介绍了鉴别造假的方法，以便帮助各界读者提高鉴别力。对照那些案例，可清楚看到方舟子当时具有造假条件。譬如图解：附图：论文图象造假鉴别案例（来源：美国政府学术诚信办公室），详见： Tools - Data Imaging，ORI 'Forensic Images Samples' for the quick examination of scientific images. 连接：http://ori.hhs.gov/tools/principles.shtml 。图一（点击图象看大图）：图二（点击图象看大图）：美国政府主管部门的案例解释说：图一：左边的图象为某论文图象，似乎很好。调整亮度后，可明显看到，最右边的#32图象其实是最左边的#67图象的颠倒后的拷贝粘贴；之后把亮度调高，不做分析就看不出那是伪造了。图二：该图象造假手段跟图一的差不多、但更高明些，因而要用放大等更多手段才能看出那是造假图象。两个案例的共同特征是拼凑和拷贝粘贴、然后改变图片亮度以掩盖伪造痕迹，那些图象没有规范完整的原始实验数据的支持而系伪造之作。参照美国政府主管部门的案例，可以看到，笔名pentax者对方舟子的论文图象的造假指控，使用的鉴别手段跟美国政府主管部门介绍的鉴别方法一致；显然，朱猛进所言是讲假话。当然，pentax的指控能否成立，那就由JBC-杂志去调查和决定了。简而言之，朱猛进文章之说法是信口开河的假话，至少，其论断既不符合JBC-杂志已处理过的且比方某论文更早发表的同类案情的事实，也不符合美国政府主管部门颁布的图象造假鉴别手段的事实。换句话说，朱猛进说pentax的披露批评是谣言，其实，朱猛进应该用谣言两个字看看自己的文章是否对号。这里顺便回答一些网友留言提出的问题：JBC-是有百多年历史的老牌学术杂志，同行评议怎么会有问题？怎么可能让方舟子论文造假呢？本人回答：再名牌老牌的学术杂志，也有同行评审被造假者骗过的时候，JBC-也不例外。就其已经处理的案件来说吧：譬如，仅就在美国联邦政府挂号处理的案件来说，JBC-已处理了两起本杂志论文造假的案例。再譬如，《自然》杂志2009年12月22日报道说，H.M.K.Murthy的论文批量造假竟然骗过了一些主要学术刊物的同行评议，事件震惊了美国高等院校和科研学术界；而那个批量论文造假事件的起始地之一，就是JBC-杂志；当然，JBC-杂志已经做了撤文处理。又譬如，2007年处理的JKUNDU论文造假事件，震动了印度学界政界，而该论文发表于JBC-杂志。还譬如，曾让许多日本学者在美国学界感到大为丢脸的论文造假而被JBC-做撤文处理的事件，是做博士后研究的日本学者Tanaka发表在JBC-的论文，该论文不但骗过JBC-同行评议、也骗过了美国卫生部的专家人员。以上发生在JBC-杂志的论文造假而被处理被撤文的事件，都是在美国和国际学界颇有震动影响的事件。可见，某杂志是否名牌权威和有无同行评议，并非是判断论文真假的尺度。本人的一贯看法是：人间世界没有100%纯净的角落。问题不在于有没有造假，而在于如何面对和如何处理造假。根据历史记录看，JBC-杂志一旦发现造假，不管造假者是谁和来自何处，都严格地依法办事和做出处理，无愧于知名老牌的学术杂志的声誉。因此，本人认为，如果相关指控内容足以支持立案，那么，JBC- 有足够的管理经验对方舟子论文是否造假的问题做出公正公平的调查和结论，也有足够的管理经验对调查过程和各方私人信息依法保密，同时能有效地保护举报人、被举报人和调查人员等等所有各方当事人的权益安全。不然的话，诚如北大前主任崔克明最近发文所说，JBC-杂志就会变得一文不值了（大意如此）；当然，那一来，其编委管理人员也无法向学界做交代，至少他们再找同类工作就会很难了。; 个人分类: 人物评论|3284 次阅读|1 个评论

[转载]网友来信：方舟子不严谨但未造假: fs007 2010-7-25 23:19; 按：不以好恶论是非，这是学人的基本操守，方舟子的论文究竟如何，一定要弄个清楚明白当然，尽可能地弄个清楚明白。以下内容转自刘实新浪博客，估计是业内人士针对该事件的评论，以享读者。刘实前辈你好，本人乐意为方舟子做些解答。我个人认为方舟子的JBC文章没有造假！但是有些地方不够严谨。 1.竞争性结合实验只重复两次不够。相应图每个数据点应该至少重复3次，并以标上SD大小。但是我想方舟子当年表达较多突变体，又要一一纯化、测定活性和结合分析，应该说工作量还是不小的。这可能也是方舟子当然这些蛋白质相互作用实验每个只作的两次的一个原因吧。我想这点方文章已有说明，且reviewers和方的老板都没意见，看来算当时可以大体接受吧。只能说从目前来看数据还不太严谨，但没造假。 2.Rap30/74, TFIIB等的标注不严谨，不应只是标上30、74、IIB等（这样的标注似乎可以看出方舟子对他当年的研究可能没有多少兴趣。但他的老板和reviewers对这种不严谨的标注也没有意见。所以也许也不一定，也许是他那个领域的惯例）。 3. 拼在一起电泳图谱（图4B），他的western blot 结果比较清楚地说明了问题。但这样拼在一起的图确实不严谨，为什么方不合一起重新做一次呢？我想造假是绝对不可能的，因为这种结果是可以重复的。所以对于我刚才那个疑问，估计可能是方对做科研的兴趣不大所致。pentax对方文的western blotting结果就不用怀疑了，（western根本不用分子量ladder），否则反倒是楼主门外汉、见识少、大惊小怪了。对于anti TFIIB抗血清检测TFIIB的准确性，我想这个需要查看下相关文献。我相信方的老板，做为那个领域的多年的研究学者，让方使用anti TFIIB anti serum检测TFIIB不会有什么太大问题。所以Pentax在不了解方舟子的研究领域情况还是少说话比较好。 4，关于说方简历里列了挂名的文章，其实这非常正常也合理，毕竟方是参与了文章部分工作的，别人才会挂他的名字。所以请不要随意扯远了，并进行人身攻击。（因本人不是做方舟子当年的那个研究方向，所以也无多少时间去细看，但是我还是大致看了文中各图谱的，因为方舟子先生为中国净化学院和社会诚信风气付出了非常大的努力和牺牲，做为一个有良知中国青年，有必要就实事说几句公道话。我相信方舟子的品格。并希望有更多人来支持方舟子先生的公益事业）; 个人分类: 人物评论|3360 次阅读|0 个评论

[转载]刘实：方舟子导师承认拼凑，方舟子回避质询: 热度 1 fs007 2010-7-25 23:09; 网上近日甚传打假皇帝方舟子竟靠数据造假起家，十年磨一剑的JBC论文（美国《生物化学杂志》）最关键数据竟是七拼八凑而来。对比，方舟子除漫骂告假者为活宝外，还真说不出为何原因他那这篇以读了六年博士的学位论文为基础的、博士毕业后才写和发表的、毕生唯一的科学结晶竟含如此低劣的杂质。而想帮方舟子下台或打圆场的人也不得不承人那数据的七拼八凑，只不过他们不敢相信一个非常正义的打假皇帝自己会造假。有人说不要给方舟子上纲上线到学术不端，顶多批评他一下不太严谨算了。还说那可能是因为方舟子对他当年的研究可能没有多少兴趣。其实，方舟子是否是有意进行论文关键数据造假只有他自己一个人知道，而他对我的去信（包括以《科学伦理》(Scientific Ethics)主编的名义写的信）的置之不理，那种态度本身就可能说明一些问题。一般来讲，心里没鬼的人是不怕鬼叫门的。方舟子的老板（博导）、他那篇JBC的唯一共同作者见了我这杂志主编的信都马上回信，而他的回信也间接承认了该论文中的数据拼凑。但他也不太可能知道方舟子进行这数据拼凑的动机。面对读者的质疑，方舟子应当做的是拿出被拼凑数据的原始数据，以此证明拼凑的合理和合法。另外，方舟子还要解释的是：如果非要以同时排列显示才能说明问题的关键数据作为论文的核心，为何不做一个重复实验把该比的东西在同一条件同一时间下RUN一下呢？是没经费还是没时间那样做？可方舟子除了对微软的批评者进行漫骂外，就是对实硬的批评者躲躲闪闪。在此情况下，有人写信给杂志反映情况有何奇怪？不过这被显示出来的一个告假者竟称自己是北大的饶某。这点的确让人不可理解。; 个人分类: 人物评论|7133 次阅读|4 个评论

更多...

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

标签: JBC

相关帖子

相关日志

关闭安全验证